AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0480022608.01

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MsG0480022608.01.T01 AT3G45430 35.152 623 336 19 11 589 49 647 3.62e-95 307
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MsG0480022608.01.T01 AT5G60300 33.662 609 338 19 13 583 51 631 1.59e-89 295
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MsG0480022608.01.T01 AT3G45440 35.052 582 350 12 11 574 48 619 9.99e-87 285
MsG0480022608.01.T01 AT5G59270 31.796 607 322 15 63 611 102 674 1.05e-86 285
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MsG0480022608.01.T01 AT5G59270 32.554 599 312 17 63 611 102 658 1.88e-84 278
MsG0480022608.01.T01 AT3G59740 32.671 554 321 11 97 612 114 653 1.19e-83 276
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MsG0480022608.01.T01 AT2G43700 30.835 587 360 14 16 572 42 612 3.25e-79 264
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MsG0480022608.01.T01 AT2G43690 30.754 504 301 10 102 572 125 613 4.42e-70 240
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MsG0480022608.01.T01 AT4G11460 41.115 287 164 4 283 565 333 618 1.41e-66 231
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MsG0480022608.01.T01 AT4G23130 39.535 301 169 5 283 575 327 622 2.83e-66 229
MsG0480022608.01.T01 AT1G11340 35.870 368 215 9 225 575 435 798 2.88e-66 233
MsG0480022608.01.T01 AT4G11460 40.690 290 164 4 283 565 333 621 3.33e-66 230
MsG0480022608.01.T01 AT4G23130 39.535 301 169 5 283 575 331 626 3.38e-66 229
MsG0480022608.01.T01 AT1G56145 35.580 371 198 6 230 571 630 988 3.62e-66 235
MsG0480022608.01.T01 AT1G11300 36.612 366 210 8 223 575 430 786 4.03e-66 232
MsG0480022608.01.T01 AT1G10620 42.561 289 158 4 284 566 358 644 4.10e-66 230
MsG0480022608.01.T01 AT4G00970 33.010 412 243 10 189 575 228 631 4.85e-66 229
MsG0480022608.01.T01 AT4G23190 35.635 362 213 8 225 575 285 637 5.57e-66 229
MsG0480022608.01.T01 AT4G23240 38.487 304 171 6 283 575 15 313 8.24e-66 220
MsG0480022608.01.T01 AT3G24550 40.203 296 171 3 284 574 268 562 9.68e-66 228
MsG0480022608.01.T01 AT3G17420 39.661 295 173 3 284 575 142 434 1.21e-65 223
MsG0480022608.01.T01 AT1G11303 36.314 369 213 8 223 578 430 789 1.57e-65 231
MsG0480022608.01.T01 AT4G11480 37.758 339 195 7 269 593 298 634 2.43e-65 227
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MsG0480022608.01.T01 AT1G56720 39.590 293 172 3 284 572 167 458 1.35e-63 218
MsG0480022608.01.T01 AT1G56720 39.590 293 172 3 284 572 167 458 1.35e-63 218
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MsG0480022608.01.T01 AT1G61360 36.676 349 209 7 239 576 437 784 3.26e-59 213
MsG0480022608.01.T01 AT1G67520 40.278 288 164 6 284 565 247 532 3.46e-59 209
MsG0480022608.01.T01 AT5G53890 40.864 301 169 5 282 577 740 1036 3.78e-59 214
MsG0480022608.01.T01 AT4G23180 46.977 215 110 3 283 494 335 548 3.82e-59 208
MsG0480022608.01.T01 AT1G74490 40.391 307 174 7 272 572 67 370 4.18e-59 204
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MsG0480022608.01.T01 AT4G27290 40.357 280 162 4 287 562 456 734 4.84e-59 212
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MsG0480022608.01.T01 AT1G67520 39.735 302 170 7 284 575 276 575 5.12e-59 209
MsG0480022608.01.T01 AT3G13690 39.590 293 168 5 281 568 396 684 5.12e-59 211
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MsG0480022608.01.T01 AT3G13690 39.590 293 168 5 281 568 396 684 5.12e-59 211
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MsG0480022608.01.T01 AT2G02800 39.933 298 164 6 282 566 69 364 6.49e-59 204
MsG0480022608.01.T01 AT3G07070 38.832 291 173 3 282 567 65 355 6.56e-59 203
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MsG0480022608.01.T01 AT5G02290 39.000 300 164 7 282 565 54 350 9.86e-59 202
MsG0480022608.01.T01 AT1G61390 35.027 374 228 7 227 591 447 814 1.02e-58 211
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MsG0480022608.01.T01 AT5G18610 40.345 290 166 4 284 567 71 359 1.29e-56 200
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MsG0480022608.01.T01 AT3G02810 37.201 293 177 3 282 567 50 342 6.18e-56 199
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MsG0480022608.01.T01 AT1G51870 35.393 356 214 7 221 566 503 852 7.05e-56 204
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MsG0480022608.01.T01 AT2G18470 33.705 359 165 8 223 512 145 499 1.21e-55 198
MsG0480022608.01.T01 AT1G51850 35.777 341 205 6 235 566 513 848 1.22e-55 203
MsG0480022608.01.T01 AT1G70520 37.072 321 186 7 271 579 302 618 1.30e-55 200
MsG0480022608.01.T01 AT2G23200 37.162 296 176 5 286 578 478 766 1.47e-55 202
MsG0480022608.01.T01 AT1G29730 45.852 229 121 3 284 510 661 888 1.75e-55 203
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MsG0480022608.01.T01 AT4G35030 37.586 290 173 4 282 565 90 377 2.24e-55 195
MsG0480022608.01.T01 AT4G35030 37.586 290 173 4 282 565 90 377 2.24e-55 195
MsG0480022608.01.T01 AT5G35580 36.657 341 191 8 284 601 64 402 2.77e-55 196
MsG0480022608.01.T01 AT5G35580 36.657 341 191 8 284 601 76 414 3.03e-55 196
MsG0480022608.01.T01 AT3G46400 37.676 284 169 5 282 562 564 842 3.13e-55 202
MsG0480022608.01.T01 AT1G51860 35.165 364 216 9 216 566 353 709 3.13e-55 201
MsG0480022608.01.T01 AT4G35030 38.112 286 169 4 282 561 90 373 3.14e-55 192
MsG0480022608.01.T01 AT1G78530 36.897 290 177 4 224 511 3 288 3.50e-55 189
MsG0480022608.01.T01 AT2G20300 37.631 287 175 3 282 567 335 618 3.80e-55 200
MsG0480022608.01.T01 AT5G57670 36.364 286 172 7 284 565 255 534 4.84e-55 197
MsG0480022608.01.T01 AT1G51820 35.191 341 207 6 235 566 251 586 4.89e-55 198
MsG0480022608.01.T01 AT4G00960 38.431 255 148 4 330 575 2 256 5.94e-55 189
MsG0480022608.01.T01 AT1G17230 33.875 369 211 13 210 565 724 1072 6.49e-55 202
MsG0480022608.01.T01 AT1G17230 33.875 369 211 13 210 565 724 1072 6.98e-55 202
MsG0480022608.01.T01 AT4G23210 34.700 317 196 6 283 593 347 658 8.18e-55 198
MsG0480022608.01.T01 AT1G06840 36.103 349 204 8 224 565 558 894 1.08e-54 201
MsG0480022608.01.T01 AT2G28930 37.874 301 166 7 282 565 58 354 1.12e-54 192
MsG0480022608.01.T01 AT1G51820 35.191 341 207 6 235 566 513 848 1.15e-54 201
MsG0480022608.01.T01 AT2G28930 37.874 301 166 7 282 565 55 351 1.30e-54 192
MsG0480022608.01.T01 AT5G56460 39.116 294 166 7 284 565 64 356 1.32e-54 192
MsG0480022608.01.T01 AT1G51860 35.165 364 216 9 216 566 497 853 1.36e-54 200
MsG0480022608.01.T01 AT1G79620 34.971 346 209 7 230 563 565 906 1.71e-54 201
MsG0480022608.01.T01 AT1G72540 39.519 291 166 6 284 565 72 361 1.76e-54 192
MsG0480022608.01.T01 AT2G28250 38.158 304 169 8 283 570 197 497 2.00e-54 195
MsG0480022608.01.T01 AT2G28250 38.158 304 169 8 283 570 197 497 2.00e-54 195
MsG0480022608.01.T01 AT2G28250 38.158 304 169 8 283 570 197 497 2.00e-54 195
MsG0480022608.01.T01 AT2G28250 38.158 304 169 8 283 570 197 497 2.00e-54 195
MsG0480022608.01.T01 AT2G28250 38.158 304 169 8 283 570 197 497 2.00e-54 195
MsG0480022608.01.T01 AT2G28250 38.158 304 169 8 283 570 197 497 2.00e-54 195
MsG0480022608.01.T01 AT2G19230 38.462 286 170 4 282 565 557 838 2.11e-54 200
MsG0480022608.01.T01 AT2G28930 37.874 301 166 7 282 565 66 362 2.19e-54 191
MsG0480022608.01.T01 AT1G79620 34.971 346 209 7 230 563 591 932 2.40e-54 200
MsG0480022608.01.T01 AT3G46370 38.380 284 167 5 282 562 475 753 3.44e-54 198
MsG0480022608.01.T01 AT3G46370 38.380 284 167 5 282 562 475 753 3.44e-54 198
MsG0480022608.01.T01 AT1G70450 37.500 296 174 6 284 571 37 329 3.49e-54 190
MsG0480022608.01.T01 AT2G19230 38.462 286 170 4 282 565 558 839 4.05e-54 200
MsG0480022608.01.T01 AT3G58690 35.119 336 200 6 284 611 75 400 4.91e-54 190
MsG0480022608.01.T01 AT1G51880 38.542 288 168 5 282 566 554 835 5.08e-54 199
MsG0480022608.01.T01 AT1G61430 39.427 279 159 6 239 511 432 706 5.35e-54 197
MsG0480022608.01.T01 AT1G61430 39.427 279 159 6 239 511 432 706 5.35e-54 197
MsG0480022608.01.T01 AT1G61430 39.427 279 159 6 239 511 409 683 5.86e-54 196
MsG0480022608.01.T01 AT5G16900 39.024 287 167 5 282 565 375 656 6.04e-54 196
MsG0480022608.01.T01 AT1G51880 38.542 288 168 5 282 566 572 853 6.07e-54 199
MsG0480022608.01.T01 AT3G23750 38.811 286 168 4 287 565 569 854 7.37e-54 199
MsG0480022608.01.T01 AT1G51880 38.542 288 168 5 282 566 580 861 7.44e-54 198
MsG0480022608.01.T01 AT5G37450 33.696 368 219 8 216 565 336 696 9.72e-54 196
MsG0480022608.01.T01 AT2G14510 34.706 340 203 7 231 566 508 832 9.78e-54 198
MsG0480022608.01.T01 AT1G74360 38.144 291 164 8 284 565 802 1085 1.05e-53 199
MsG0480022608.01.T01 AT2G14510 34.706 340 203 7 231 566 516 840 1.12e-53 197
MsG0480022608.01.T01 AT4G39400 38.750 320 174 11 254 564 848 1154 2.08e-53 198
MsG0480022608.01.T01 AT1G55610 36.957 322 173 7 219 515 767 1083 2.15e-53 198
MsG0480022608.01.T01 AT1G55610 36.957 322 173 7 219 515 767 1083 2.15e-53 198
MsG0480022608.01.T01 AT1G70250 32.552 384 229 12 230 597 405 774 2.42e-53 196
MsG0480022608.01.T01 AT1G69270 36.301 292 178 6 284 570 249 537 2.95e-53 191
MsG0480022608.01.T01 AT4G32000 34.232 371 219 9 220 581 56 410 3.00e-53 188
MsG0480022608.01.T01 AT4G00960 38.340 253 144 4 330 575 2 249 3.41e-53 184
MsG0480022608.01.T01 AT4G32000 33.243 370 225 8 220 581 56 411 4.00e-53 188
MsG0480022608.01.T01 AT1G20650 38.721 297 168 6 282 569 64 355 4.27e-53 187
MsG0480022608.01.T01 AT5G18910 35.640 289 178 6 282 568 178 460 4.64e-53 190
MsG0480022608.01.T01 AT1G52540 35.117 299 189 3 284 579 25 321 5.47e-53 186
MsG0480022608.01.T01 AT5G37450 33.696 368 219 8 216 565 539 899 5.59e-53 196
MsG0480022608.01.T01 AT2G28960 37.282 287 172 5 282 565 429 710 5.60e-53 194
MsG0480022608.01.T01 AT5G16900 39.024 287 167 5 282 565 561 842 5.63e-53 196
MsG0480022608.01.T01 AT5G16900 39.024 287 167 5 282 565 561 842 5.63e-53 196
MsG0480022608.01.T01 AT5G37450 33.807 352 213 7 227 565 531 875 5.78e-53 196

Find 104 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 130 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TCCTCTAAATTTAAGATTTC+TGG 0.064574 4:+74610606 MsG0480022608.01.T01:CDS
CGATACCACTTCCATCTATT+TGG 0.143986 4:-74609069 None:intergenic
TATTTGGGACATAGGAAAAT+TGG 0.150664 4:-74609053 None:intergenic
GATTGGGTTTGGGAACTTTA+TGG 0.197388 4:+74610360 MsG0480022608.01.T01:CDS
CTACCAGATTGGGTTGAATT+TGG 0.198023 4:+74609394 MsG0480022608.01.T01:CDS
TTTGCAAATGAACACAAAAT+TGG 0.208255 4:+74609721 MsG0480022608.01.T01:CDS
AATACAAAGCTTGGAGATTT+CGG 0.213837 4:+74610132 MsG0480022608.01.T01:CDS
AAAATTGGAGCTGGAGGTTT+TGG 0.220465 4:+74609736 MsG0480022608.01.T01:CDS
ATACAAAGCTTGGAGATTTC+GGG 0.222875 4:+74610133 MsG0480022608.01.T01:CDS
ATTCAAAATTGTTTCATCTT+TGG 0.228305 4:+74608921 MsG0480022608.01.T01:CDS
AATTTAGCTGTCACATTTAC+AGG 0.234724 4:+74609310 MsG0480022608.01.T01:CDS
AGATGGCATCACCTTCTATT+TGG 0.258363 4:+74609024 MsG0480022608.01.T01:CDS
TCTTCATAGGTAAATTTCTT+AGG 0.286599 4:-74609676 None:intergenic
ACCAGAAATCTTAAATTTAG+AGG 0.293059 4:-74610607 None:intergenic
TTGATACATTTGTTAATGAT+TGG 0.294790 4:+74609161 MsG0480022608.01.T01:CDS
AGAATTGAAAGATGTATTAT+AGG 0.310027 4:-74610580 None:intergenic
TTTACTTGGTGGATTGGGTT+TGG 0.316627 4:+74610349 MsG0480022608.01.T01:CDS
ATCCCAACATGATCATATTT+AGG 0.316883 4:-74609187 None:intergenic
TTACTTGGTGGATTGGGTTT+GGG 0.327453 4:+74610350 MsG0480022608.01.T01:CDS
TATGATTAGGCAAGTTGTTC+AGG 0.330048 4:+74610503 MsG0480022608.01.T01:CDS
GAATCTGATGTATATAGTTT+TGG 0.331110 4:+74610261 MsG0480022608.01.T01:CDS
GCAGCTGATTCAAGATTATA+TGG 0.342811 4:+74610402 MsG0480022608.01.T01:CDS
TTTCCTATGTCCCAAATAGA+TGG 0.344769 4:+74609058 MsG0480022608.01.T01:CDS
CTAGCTATATTATATCTTAC+TGG 0.345107 4:-74610009 None:intergenic
TCTAATTTCAATACAAAGCT+TGG 0.362517 4:+74610123 MsG0480022608.01.T01:CDS
TTTGGATTCACTTCAGCAAC+AGG 0.369001 4:+74609412 MsG0480022608.01.T01:CDS
ATTTGGGACATAGGAAAATT+GGG 0.377292 4:-74609052 None:intergenic
AACATATTTACTTGGTGGAT+TGG 0.377377 4:+74610343 MsG0480022608.01.T01:CDS
TGATACATTTGTTAATGATT+GGG 0.378317 4:+74609162 MsG0480022608.01.T01:CDS
GGCTGGTTTGTCTCTTGAAA+TGG 0.381195 4:+74609575 MsG0480022608.01.T01:CDS
TGATCTAGCAAGTTCTTCAT+AGG 0.381249 4:-74609689 None:intergenic
TTTCCTCTAGTAGCAGCTTC+AGG 0.384571 4:-74610228 None:intergenic
AAATGGAAGTTGAGGAATAA+AGG 0.392996 4:+74609592 MsG0480022608.01.T01:CDS
ACATATTTACTTGGTGGATT+GGG 0.394561 4:+74610344 MsG0480022608.01.T01:CDS
GATACCACTTCCATCTATTT+GGG 0.402669 4:-74609068 None:intergenic
GTGTTCATTTGCAAAGTTGT+TGG 0.410387 4:-74609713 None:intergenic
TGAGAGATGTTCTACCAGAT+TGG 0.425475 4:+74609383 MsG0480022608.01.T01:CDS
AAGAATTTAGTTCAACTCTT+CGG 0.428908 4:+74609886 MsG0480022608.01.T01:CDS
AATCCAAATTCAACCCAATC+TGG 0.431068 4:-74609397 None:intergenic
GTAGAGAGGTTAATGATAGT+TGG 0.433344 4:+74610444 MsG0480022608.01.T01:CDS
GGAAATTGCTTGTGGTAGAA+AGG 0.435156 4:+74610296 MsG0480022608.01.T01:CDS
TTGTCTTTGATTCTGTCTCA+TGG 0.439332 4:-74610173 None:intergenic
AAGGAAAAGGTTTGCTGACA+TGG 0.440112 4:+74609986 MsG0480022608.01.T01:CDS
AACTCATGTTGCAATTAAGA+AGG 0.442115 4:+74609792 MsG0480022608.01.T01:CDS
AAGTACGACAAAGACAGTTT+AGG 0.444523 4:+74608887 MsG0480022608.01.T01:CDS
CTTCCATCTATTTGGGACAT+AGG 0.445707 4:-74609061 None:intergenic
GAGAGATGTTCTACCAGATT+GGG 0.445901 4:+74609384 MsG0480022608.01.T01:CDS
ATCCTAAATATGATCATGTT+GGG 0.447558 4:+74609185 MsG0480022608.01.T01:CDS
GGTTAATGATAGTTGGACTT+TGG 0.449187 4:+74610451 MsG0480022608.01.T01:CDS
CACAAAAGAAAATCCATTTG+TGG 0.453753 4:+74609129 MsG0480022608.01.T01:CDS
CAACATAAAACAGGTGCTGT+TGG 0.459005 4:-74609354 None:intergenic
TCAGATTAACAACATAAAAC+AGG 0.461242 4:-74609363 None:intergenic
ATTGGGGCGTGCCAAATAGA+AGG 0.464220 4:-74609035 None:intergenic
ACTTTGTGAGTTGGAGGACT+TGG 0.464818 4:-74608868 None:intergenic
CTTTGTCGTACTTTGTGAGT+TGG 0.464830 4:-74608877 None:intergenic
TTTGATTTGTGTTATTGGGC+TGG 0.466501 4:+74609558 MsG0480022608.01.T01:CDS
GTCTCTTGAAATGGAAGTTG+AGG 0.473732 4:+74609584 MsG0480022608.01.T01:CDS
TCAAATTCAACAGCCACAAA+TGG 0.475865 4:-74609142 None:intergenic
AAAATCAAGCAATGTTATGT+TGG 0.476007 4:+74610098 MsG0480022608.01.T01:CDS
ATATAATATAGCTAGAGGTT+TGG 0.485289 4:+74610017 MsG0480022608.01.T01:CDS
TGAAGAACATATTTACTTGG+TGG 0.486911 4:+74610338 MsG0480022608.01.T01:CDS
GTAGATGCATTCATCTGTAA+TGG 0.489078 4:-74610558 None:intergenic
TGTCGTACTTTGTGAGTTGG+AGG 0.489509 4:-74608874 None:intergenic
ATCTTCAGAGACCTATGATT+AGG 0.490783 4:+74610490 MsG0480022608.01.T01:CDS
TTGAAGTTGAGGTCCCAGTT+TGG 0.491532 4:-74610641 None:intergenic
TGAACAACTTGCCTAATCAT+AGG 0.495831 4:-74610501 None:intergenic
CAAATAGATGGAAGTGGTAT+CGG 0.508133 4:+74609070 MsG0480022608.01.T01:CDS
GTTTGGGAACTTTATGGCAT+AGG 0.511638 4:+74610366 MsG0480022608.01.T01:CDS
GTTGTAGGACTCAGTGTTGG+TGG 0.511679 4:+74609526 MsG0480022608.01.T01:CDS
TAGTGAAGAACATATTTACT+TGG 0.514562 4:+74610335 MsG0480022608.01.T01:CDS
TACACAATGGTTCACTAGCA+TGG 0.519816 4:+74609240 MsG0480022608.01.T01:CDS
ATTTAGTTCAACTCTTCGGC+TGG 0.532705 4:+74609890 MsG0480022608.01.T01:CDS
ATATGTTCTTCACTAAGACT+TGG 0.533716 4:-74610327 None:intergenic
AATGAACACAAAATTGGAGC+TGG 0.537993 4:+74609727 MsG0480022608.01.T01:CDS
TCAAAGTCATTAGTCAATTG+AGG 0.538031 4:+74609860 MsG0480022608.01.T01:CDS
GATCCTAAATATGATCATGT+TGG 0.539418 4:+74609184 MsG0480022608.01.T01:CDS
TGTAATGGAAGAGTAGGTAA+TGG 0.542336 4:-74610543 None:intergenic
AACAAAAGTTATCATGGAGA+TGG 0.549489 4:+74609007 MsG0480022608.01.T01:CDS
TTAGTGAGAAGGAAGTAGAG+AGG 0.554253 4:+74610430 MsG0480022608.01.T01:CDS
TTATGTAGAAGTGCAGCTGA+TGG 0.556221 4:-74610720 None:intergenic
AGTGCTATTACTTGAAGTTG+AGG 0.556392 4:-74610652 None:intergenic
GTTTCTAAAGAATCAAATCA+AGG 0.557964 4:+74609814 MsG0480022608.01.T01:CDS
ATATGGTGAATTTAGTGAGA+AGG 0.568177 4:+74610419 MsG0480022608.01.T01:CDS
ACTGAGTCCTACAACAAGTC+CGG 0.574948 4:-74609518 None:intergenic
TTCACTAGCATGGATGAAAG+AGG 0.579092 4:+74609250 MsG0480022608.01.T01:CDS
GTTGAGGAATAAAGGCATGA+AGG 0.579852 4:+74609600 MsG0480022608.01.T01:CDS
ATGTCCCAAATAGATGGAAG+TGG 0.581123 4:+74609064 MsG0480022608.01.T01:CDS
TCAAGTAATAGCACTCTCAC+AGG 0.581414 4:+74610660 MsG0480022608.01.T01:CDS
TGATGGAGATATGACTTCAA+AGG 0.595847 4:-74610703 None:intergenic
TTCATCTGTAATGGAAGAGT+AGG 0.598288 4:-74610549 None:intergenic
AGTATCATACTCTTAGCTCA+TGG 0.604252 4:+74609446 MsG0480022608.01.T01:CDS
GAACACAAAATTGGAGCTGG+AGG 0.611643 4:+74609730 MsG0480022608.01.T01:CDS
ATTGCTCACACTCTTCATGC+AGG 0.619475 4:-74610056 None:intergenic
TCACCTGAAGCTGCTACTAG+AGG 0.621261 4:+74610225 MsG0480022608.01.T01:CDS
TTTGGGACATAGGAAAATTG+GGG 0.624940 4:-74609051 None:intergenic
TGAAGCTGCTACTAGAGGAA+AGG 0.628362 4:+74610230 MsG0480022608.01.T01:CDS
GTAAGATATAATATAGCTAG+AGG 0.629419 4:+74610012 MsG0480022608.01.T01:CDS
TCACTAGCATGGATGAAAGA+GGG 0.635442 4:+74609251 MsG0480022608.01.T01:CDS
GTTGCTTTGGAAATTGCTTG+TGG 0.638223 4:+74610288 MsG0480022608.01.T01:CDS
CTTGTTGTAGGACTCAGTGT+TGG 0.665639 4:+74609523 MsG0480022608.01.T01:CDS
TTGGATTCACTTCAGCAACA+GGG 0.665832 4:+74609413 MsG0480022608.01.T01:CDS
GCACTAATCACACTACACAA+TGG 0.716240 4:+74609227 MsG0480022608.01.T01:CDS
TTGGATTATTCAATTGCACG+CGG 0.718521 4:-74609102 None:intergenic
ATGCAGGTACAATAACGCTG+AGG 0.754748 4:-74610040 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AGAATTGAAAGATGTATTAT+AGG - Chr4:74610583-74610602 None:intergenic 20.0%
!! ATTCAAAATTGTTTCATCTT+TGG + Chr4:74608921-74608940 MsG0480022608.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATTGTTTTGATTTGTGTTAT+TGG + Chr4:74609553-74609572 MsG0480022608.01.T01:CDS 20.0%
!!! TGATACATTTGTTAATGATT+GGG + Chr4:74609162-74609181 MsG0480022608.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTAGATTCTTATCTTTTCAA+AGG + Chr4:74609967-74609986 MsG0480022608.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTGATACATTTGTTAATGAT+TGG + Chr4:74609161-74609180 MsG0480022608.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTGTTTTGATTTGTGTTATT+GGG + Chr4:74609554-74609573 MsG0480022608.01.T01:CDS 20.0%
! AAAAAAGATGGAACAAAAAC+CGG + Chr4:74609499-74609518 MsG0480022608.01.T01:CDS 25.0%
! AAAATCAAGCAATGTTATGT+TGG + Chr4:74610098-74610117 MsG0480022608.01.T01:CDS 25.0%
! ACCAGAAATCTTAAATTTAG+AGG - Chr4:74610610-74610629 None:intergenic 25.0%
! ATATAATATAGCTAGAGGTT+TGG + Chr4:74610017-74610036 MsG0480022608.01.T01:CDS 25.0%
! ATCCTAAATATGATCATGTT+GGG + Chr4:74609185-74609204 MsG0480022608.01.T01:CDS 25.0%
! CTAGCTATATTATATCTTAC+TGG - Chr4:74610012-74610031 None:intergenic 25.0%
! GTAAGATATAATATAGCTAG+AGG + Chr4:74610012-74610031 MsG0480022608.01.T01:CDS 25.0%
! GTTTATGAGTTTGTGAAAAA+TGG + Chr4:74609940-74609959 MsG0480022608.01.T01:CDS 25.0%
! TAGTGAAGAACATATTTACT+TGG + Chr4:74610335-74610354 MsG0480022608.01.T01:CDS 25.0%
! TCAGATTAACAACATAAAAC+AGG - Chr4:74609366-74609385 None:intergenic 25.0%
! TCTAATTTCAATACAAAGCT+TGG + Chr4:74610123-74610142 MsG0480022608.01.T01:CDS 25.0%
! TCTTCATAGGTAAATTTCTT+AGG - Chr4:74609679-74609698 None:intergenic 25.0%
! TTTGCAAATGAACACAAAAT+TGG + Chr4:74609721-74609740 MsG0480022608.01.T01:CDS 25.0%
!! AAGAATTTAGTTCAACTCTT+CGG + Chr4:74609886-74609905 MsG0480022608.01.T01:CDS 25.0%
!! GAATCTGATGTATATAGTTT+TGG + Chr4:74610261-74610280 MsG0480022608.01.T01:CDS 25.0%
!! GGATTTTCTTTTGTGTAATT+TGG - Chr4:74609124-74609143 None:intergenic 25.0%
!! GTTTCTAAAGAATCAAATCA+AGG + Chr4:74609814-74609833 MsG0480022608.01.T01:CDS 25.0%
!! TCCTCTAAATTTAAGATTTC+TGG + Chr4:74610606-74610625 MsG0480022608.01.T01:CDS 25.0%
!! TCTTATCTTTTCAAAGGAAA+AGG + Chr4:74609973-74609992 MsG0480022608.01.T01:CDS 25.0%
!!! GTTTTGAAAATAACCAAACT+GGG + Chr4:74610628-74610647 MsG0480022608.01.T01:CDS 25.0%
AAATGGAAGTTGAGGAATAA+AGG + Chr4:74609592-74609611 MsG0480022608.01.T01:CDS 30.0%
AACAAAAGTTATCATGGAGA+TGG + Chr4:74609007-74609026 MsG0480022608.01.T01:CDS 30.0%
AACTCATGTTGCAATTAAGA+AGG + Chr4:74609792-74609811 MsG0480022608.01.T01:CDS 30.0%
AATACAAAGCTTGGAGATTT+CGG + Chr4:74610132-74610151 MsG0480022608.01.T01:CDS 30.0%
AATTTAGCTGTCACATTTAC+AGG + Chr4:74609310-74609329 MsG0480022608.01.T01:CDS 30.0%
ATATGGTGAATTTAGTGAGA+AGG + Chr4:74610419-74610438 MsG0480022608.01.T01:CDS 30.0%
ATATGTTCTTCACTAAGACT+TGG - Chr4:74610330-74610349 None:intergenic 30.0%
ATCCCAACATGATCATATTT+AGG - Chr4:74609190-74609209 None:intergenic 30.0%
CACAAAAGAAAATCCATTTG+TGG + Chr4:74609129-74609148 MsG0480022608.01.T01:CDS 30.0%
GATCCTAAATATGATCATGT+TGG + Chr4:74609184-74609203 MsG0480022608.01.T01:CDS 30.0%
TCAAAGTCATTAGTCAATTG+AGG + Chr4:74609860-74609879 MsG0480022608.01.T01:CDS 30.0%
TGAAGAACATATTTACTTGG+TGG + Chr4:74610338-74610357 MsG0480022608.01.T01:CDS 30.0%
! AACATATTTACTTGGTGGAT+TGG + Chr4:74610343-74610362 MsG0480022608.01.T01:CDS 30.0%
! ATCTCCATGATAACTTTTGT+TGG - Chr4:74609008-74609027 None:intergenic 30.0%
! ATTTGGGACATAGGAAAATT+GGG - Chr4:74609055-74609074 None:intergenic 30.0%
! CAACTCAAGTTTAGATTTTG+AGG + Chr4:74609474-74609493 MsG0480022608.01.T01:CDS 30.0%
! TATTTGGGACATAGGAAAAT+TGG - Chr4:74609056-74609075 None:intergenic 30.0%
! TCTCCATGATAACTTTTGTT+GGG - Chr4:74609007-74609026 None:intergenic 30.0%
!! ACATATTTACTTGGTGGATT+GGG + Chr4:74610344-74610363 MsG0480022608.01.T01:CDS 30.0%
!! ATCACATTTTGATCTTGCAA+TGG + Chr4:74609627-74609646 MsG0480022608.01.T01:CDS 30.0%
!! GTTGGATTGTTTTGTTATCT+TGG - Chr4:74609339-74609358 None:intergenic 30.0%
!!! GATTTTGAGGCAAAAAAAGA+TGG + Chr4:74609487-74609506 MsG0480022608.01.T01:CDS 30.0%
!!! GGTTTTGAAAATAACCAAAC+TGG + Chr4:74610627-74610646 MsG0480022608.01.T01:CDS 30.0%
AAGTACGACAAAGACAGTTT+AGG + Chr4:74608887-74608906 MsG0480022608.01.T01:CDS 35.0%
AATCCAAATTCAACCCAATC+TGG - Chr4:74609400-74609419 None:intergenic 35.0%
AATGAACACAAAATTGGAGC+TGG + Chr4:74609727-74609746 MsG0480022608.01.T01:CDS 35.0%
AGTATCATACTCTTAGCTCA+TGG + Chr4:74609446-74609465 MsG0480022608.01.T01:CDS 35.0%
ATACAAAGCTTGGAGATTTC+GGG + Chr4:74610133-74610152 MsG0480022608.01.T01:CDS 35.0%
ATCTTCAGAGACCTATGATT+AGG + Chr4:74610490-74610509 MsG0480022608.01.T01:CDS 35.0%
CAAATAGATGGAAGTGGTAT+CGG + Chr4:74609070-74609089 MsG0480022608.01.T01:CDS 35.0%
GATACCACTTCCATCTATTT+GGG - Chr4:74609071-74609090 None:intergenic 35.0%
GGTTAATGATAGTTGGACTT+TGG + Chr4:74610451-74610470 MsG0480022608.01.T01:CDS 35.0%
GTAGAGAGGTTAATGATAGT+TGG + Chr4:74610444-74610463 MsG0480022608.01.T01:CDS 35.0%
GTAGATGCATTCATCTGTAA+TGG - Chr4:74610561-74610580 None:intergenic 35.0%
GTGTTCATTTGCAAAGTTGT+TGG - Chr4:74609716-74609735 None:intergenic 35.0%
TATGATTAGGCAAGTTGTTC+AGG + Chr4:74610503-74610522 MsG0480022608.01.T01:CDS 35.0%
TCAAATTCAACAGCCACAAA+TGG - Chr4:74609145-74609164 None:intergenic 35.0%
TGAACAACTTGCCTAATCAT+AGG - Chr4:74610504-74610523 None:intergenic 35.0%
TGATCTAGCAAGTTCTTCAT+AGG - Chr4:74609692-74609711 None:intergenic 35.0%
TGATGGAGATATGACTTCAA+AGG - Chr4:74610706-74610725 None:intergenic 35.0%
TTGGATTATTCAATTGCACG+CGG - Chr4:74609105-74609124 None:intergenic 35.0%
TTGTCTTTGATTCTGTCTCA+TGG - Chr4:74610176-74610195 None:intergenic 35.0%
TTTCCTATGTCCCAAATAGA+TGG + Chr4:74609058-74609077 MsG0480022608.01.T01:CDS 35.0%
! AGTGCTATTACTTGAAGTTG+AGG - Chr4:74610655-74610674 None:intergenic 35.0%
! CTCCATGATAACTTTTGTTG+GGG - Chr4:74609006-74609025 None:intergenic 35.0%
! GCAGCTGATTCAAGATTATA+TGG + Chr4:74610402-74610421 MsG0480022608.01.T01:CDS 35.0%
! TCCATGATAACTTTTGTTGG+GGG - Chr4:74609005-74609024 None:intergenic 35.0%
! TGTAATGGAAGAGTAGGTAA+TGG - Chr4:74610546-74610565 None:intergenic 35.0%
! TTCATCTGTAATGGAAGAGT+AGG - Chr4:74610552-74610571 None:intergenic 35.0%
! TTTGGGACATAGGAAAATTG+GGG - Chr4:74609054-74609073 None:intergenic 35.0%
!! TTTGATTTGTGTTATTGGGC+TGG + Chr4:74609558-74609577 MsG0480022608.01.T01:CDS 35.0%
!!! ACTGTTTTAGCTGGAACATA+TGG + Chr4:74610195-74610214 MsG0480022608.01.T01:CDS 35.0%
!!! TAGTTTTGGAGTTGTTGCTT+TGG + Chr4:74610275-74610294 MsG0480022608.01.T01:CDS 35.0%
!!! TCAAAGACAACTGTTTTAGC+TGG + Chr4:74610186-74610205 MsG0480022608.01.T01:CDS 35.0%
ACCCCCAACAAAAGTTATCA+TGG + Chr4:74609001-74609020 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
AGATGGCATCACCTTCTATT+TGG + Chr4:74609024-74609043 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
ATGTCCCAAATAGATGGAAG+TGG + Chr4:74609064-74609083 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
CGATACCACTTCCATCTATT+TGG - Chr4:74609072-74609091 None:intergenic 40.0%
CTTTGTCGTACTTTGTGAGT+TGG - Chr4:74608880-74608899 None:intergenic 40.0%
GAGAGATGTTCTACCAGATT+GGG + Chr4:74609384-74609403 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
GATTGGGTTTGGGAACTTTA+TGG + Chr4:74610360-74610379 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
GCACTAATCACACTACACAA+TGG + Chr4:74609227-74609246 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
GGAAATTGCTTGTGGTAGAA+AGG + Chr4:74610296-74610315 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
GTCTCTTGAAATGGAAGTTG+AGG + Chr4:74609584-74609603 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
GTTTGGGAACTTTATGGCAT+AGG + Chr4:74610366-74610385 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
TACACAATGGTTCACTAGCA+TGG + Chr4:74609240-74609259 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
TCAAGTAATAGCACTCTCAC+AGG + Chr4:74610660-74610679 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
TCACTAGCATGGATGAAAGA+GGG + Chr4:74609251-74609270 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
TGAGAGATGTTCTACCAGAT+TGG + Chr4:74609383-74609402 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
TTAGTGAGAAGGAAGTAGAG+AGG + Chr4:74610430-74610449 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
TTCACTAGCATGGATGAAAG+AGG + Chr4:74609250-74609269 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
TTGGATTCACTTCAGCAACA+GGG + Chr4:74609413-74609432 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
TTTGGATTCACTTCAGCAAC+AGG + Chr4:74609412-74609431 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
! AAAATTGGAGCTGGAGGTTT+TGG + Chr4:74609736-74609755 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
! ATTTAGTTCAACTCTTCGGC+TGG + Chr4:74609890-74609909 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
! CAACATAAAACAGGTGCTGT+TGG - Chr4:74609357-74609376 None:intergenic 40.0%
! CTTCCATCTATTTGGGACAT+AGG - Chr4:74609064-74609083 None:intergenic 40.0%
! GTTGAGGAATAAAGGCATGA+AGG + Chr4:74609600-74609619 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
! TTATGTAGAAGTGCAGCTGA+TGG - Chr4:74610723-74610742 None:intergenic 40.0%
! TTCAGCAACAGGGTTTTTCT+GGG + Chr4:74609423-74609442 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
!! AAGGAAAAGGTTTGCTGACA+TGG + Chr4:74609986-74610005 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
!! ACAAAAACCGGACTTGTTGT+AGG + Chr4:74609511-74609530 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
!! CTACCAGATTGGGTTGAATT+TGG + Chr4:74609394-74609413 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
!! GTTGCTTTGGAAATTGCTTG+TGG + Chr4:74610288-74610307 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
!! TTACTTGGTGGATTGGGTTT+GGG + Chr4:74610350-74610369 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
!! TTTACTTGGTGGATTGGGTT+TGG + Chr4:74610349-74610368 MsG0480022608.01.T01:CDS 40.0%
ACTGAGTCCTACAACAAGTC+CGG - Chr4:74609521-74609540 None:intergenic 45.0%
ATGCAGGTACAATAACGCTG+AGG - Chr4:74610043-74610062 None:intergenic 45.0%
ATTGCTCACACTCTTCATGC+AGG - Chr4:74610059-74610078 None:intergenic 45.0%
GAACACAAAATTGGAGCTGG+AGG + Chr4:74609730-74609749 MsG0480022608.01.T01:CDS 45.0%
TGAAGCTGCTACTAGAGGAA+AGG + Chr4:74610230-74610249 MsG0480022608.01.T01:CDS 45.0%
TTGAAGTTGAGGTCCCAGTT+TGG - Chr4:74610644-74610663 None:intergenic 45.0%
TTTCCTCTAGTAGCAGCTTC+AGG - Chr4:74610231-74610250 None:intergenic 45.0%
! ACTTTGTGAGTTGGAGGACT+TGG - Chr4:74608871-74608890 None:intergenic 45.0%
! CTTCAGCAACAGGGTTTTTC+TGG + Chr4:74609422-74609441 MsG0480022608.01.T01:CDS 45.0%
! CTTGTTGTAGGACTCAGTGT+TGG + Chr4:74609523-74609542 MsG0480022608.01.T01:CDS 45.0%
! TGTCGTACTTTGTGAGTTGG+AGG - Chr4:74608877-74608896 None:intergenic 45.0%
!! GGCTGGTTTGTCTCTTGAAA+TGG + Chr4:74609575-74609594 MsG0480022608.01.T01:CDS 45.0%
!!! AGGTTTTGGAGCAGTGTACA+AGG + Chr4:74609750-74609769 MsG0480022608.01.T01:CDS 45.0%
!!! GGTTTTGGAGCAGTGTACAA+GGG + Chr4:74609751-74609770 MsG0480022608.01.T01:CDS 45.0%
ATTGGGGCGTGCCAAATAGA+AGG - Chr4:74609038-74609057 None:intergenic 50.0%
TCACCTGAAGCTGCTACTAG+AGG + Chr4:74610225-74610244 MsG0480022608.01.T01:CDS 50.0%
! GTTGTAGGACTCAGTGTTGG+TGG + Chr4:74609526-74609545 MsG0480022608.01.T01:CDS 50.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr4 gene 74608836 74610746 74608836 ID=MsG0480022608.01;Name=MsG0480022608.01
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Chr4 exon 74608836 74610746 74608836 ID=MsG0480022608.01.T01:exon:22924;Parent=MsG0480022608.01.T01
Chr4 CDS 74608836 74610746 74608836 ID=MsG0480022608.01.T01:cds;Parent=MsG0480022608.01.T01
Gene Sequence

>MsG0480022608.01.T01

ATGAATTTTTTTGGTGATGTCGAACAAGACAACCAAGTCCTCCAACTCACAAAGTACGACAAAGACAGTTTAGGCAGAGTCACATATTCAAAATTGTTTCATCTTTGGAACATAAACACAAGTGAAGTCACAGATTTCACTACTCGTTTCAAATTTTCTATCAACACCCCCAACAAAAGTTATCATGGAGATGGCATCACCTTCTATTTGGCACGCCCCAATTTTCCTATGTCCCAAATAGATGGAAGTGGTATCGGTCTCGCAAGCCGCGTGCAATTGAATAATCCAAATTACACAAAAGAAAATCCATTTGTGGCTGTTGAATTTGATACATTTGTTAATGATTGGGATCCTAAATATGATCATGTTGGGATTGATGTTAATTCTATTAGCACTAATCACACTACACAATGGTTCACTAGCATGGATGAAAGAGGGTATGATGCTGAAGTGAGTTATGATTCAAGTTCAAACAATTTAGCTGTCACATTTACAGGTTACCAAGATAACAAAACAATCCAACAGCACCTGTTTTATGTTGTTAATCTGAGAGATGTTCTACCAGATTGGGTTGAATTTGGATTCACTTCAGCAACAGGGTTTTTCTGGGAGTATCATACTCTTAGCTCATGGTCATTCAACTCAAGTTTAGATTTTGAGGCAAAAAAAGATGGAACAAAAACCGGACTTGTTGTAGGACTCAGTGTTGGTGGAGCTATTGTTTTGATTTGTGTTATTGGGCTGGTTTGTCTCTTGAAATGGAAGTTGAGGAATAAAGGCATGAAGGATGAATCACATTTTGATCTTGCAATGGATAGTGATTTTGAAAGAAGCTCTCTACCTAAGAAATTTACCTATGAAGAACTTGCTAGATCAACCAACAACTTTGCAAATGAACACAAAATTGGAGCTGGAGGTTTTGGAGCAGTGTACAAGGGATTTATAAGAGACTTGAAAACTCATGTTGCAATTAAGAAGGTTTCTAAAGAATCAAATCAAGGAGTGAAAGAATATGCATCTGAAGTCAAAGTCATTAGTCAATTGAGGCATAAGAATTTAGTTCAACTCTTCGGCTGGTGTCATAAGCAGAATGATCTGCTTTTAGTTTATGAGTTTGTGAAAAATGGAAGCTTAGATTCTTATCTTTTCAAAGGAAAAGGTTTGCTGACATGGCCAGTAAGATATAATATAGCTAGAGGTTTGGCCTCAGCGTTATTGTACCTGCATGAAGAGTGTGAGCAATGTGTGCTTCATAGAGACATAAAATCAAGCAATGTTATGTTGGATTCTAATTTCAATACAAAGCTTGGAGATTTCGGGCTCGCTAGACTAATGAACCATGAGACAGAATCAAAGACAACTGTTTTAGCTGGAACATATGGATATCTATCACCTGAAGCTGCTACTAGAGGAAAGGCTAGTAGAGAATCTGATGTATATAGTTTTGGAGTTGTTGCTTTGGAAATTGCTTGTGGTAGAAAGGCAATTGAACCAAGTCTTAGTGAAGAACATATTTACTTGGTGGATTGGGTTTGGGAACTTTATGGCATAGGTGATCTTCTTAAAGCAGCTGATTCAAGATTATATGGTGAATTTAGTGAGAAGGAAGTAGAGAGGTTAATGATAGTTGGACTTTGGTGTACTCTTGTAGATCATCTTCAGAGACCTATGATTAGGCAAGTTGTTCAGGTGCTTAATTTTGATGCTCCATTACCTACTCTTCCATTACAGATGAATGCATCTACCTATAATACATCTTTCAATTCTGTGTCCTCTAAATTTAAGATTTCTGGTTTTGAAAATAACCAAACTGGGACCTCAACTTCAAGTAATAGCACTCTCACAGGCTCATCACAATCAAGCACAACCTTTGAAGTCATATCTCCATCAGCTGCACTTCTACATAAATAA
Protein sequence

>MsG0480022608.01.T01

MNFFGDVEQDNQVLQLTKYDKDSLGRVTYSKLFHLWNINTSEVTDFTTRFKFSINTPNKSYHGDGITFYLARPNFPMSQIDGSGIGLASRVQLNNPNYTKENPFVAVEFDTFVNDWDPKYDHVGIDVNSISTNHTTQWFTSMDERGYDAEVSYDSSSNNLAVTFTGYQDNKTIQQHLFYVVNLRDVLPDWVEFGFTSATGFFWEYHTLSSWSFNSSLDFEAKKDGTKTGLVVGLSVGGAIVLICVIGLVCLLKWKLRNKGMKDESHFDLAMDSDFERSSLPKKFTYEELARSTNNFANEHKIGAGGFGAVYKGFIRDLKTHVAIKKVSKESNQGVKEYASEVKVISQLRHKNLVQLFGWCHKQNDLLLVYEFVKNGSLDSYLFKGKGLLTWPVRYNIARGLASALLYLHEECEQCVLHRDIKSSNVMLDSNFNTKLGDFGLARLMNHETESKTTVLAGTYGYLSPEAATRGKASRESDVYSFGVVALEIACGRKAIEPSLSEEHIYLVDWVWELYGIGDLLKAADSRLYGEFSEKEVERLMIVGLWCTLVDHLQRPMIRQVVQVLNFDAPLPTLPLQMNASTYNTSFNSVSSKFKISGFENNQTGTSTSSNSTLTGSSQSSTTFEVISPSAALLHK*