AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene062046

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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Find 61 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TTGAGCTGTTTGTTCACTTC+TGG 0.121538 2.3:+44666509 None:intergenic
CTTTCAAGGTTGTGGCAGTT+TGG 0.234955 2.3:+44662637 None:intergenic
CTTTAATCTTGTCCAACTTC+TGG 0.246151 2.3:+44667066 None:intergenic
CAGCTGGTTACTTTGTCTAT+TGG 0.273105 2.3:+44667040 None:intergenic
TGAGCTGTTTGTTCACTTCT+GGG 0.274585 2.3:+44666510 None:intergenic
GGAGCTGGAGGCGCCAATCC+TGG 0.275218 2.3:+44661826 None:intergenic
TTTCAAGGTTGTGGCAGTTT+GGG 0.302727 2.3:+44662638 None:intergenic
TGAACTTACTTGGCCTTTCA+AGG 0.384292 2.3:+44662623 None:intergenic
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CCTCAAGTGGAGCAGATTCA+TGG 0.410127 2.3:-44670440 MS.gene062046:CDS
AATCAAGAACTTATAAATGC+TGG 0.421675 2.3:-44662809 MS.gene062046:CDS
TTCCGATCTCCTTCACAAGC+TGG 0.426038 2.3:+44662448 None:intergenic
CAGAAATGGCTTCCAGAAGT+TGG 0.427223 2.3:-44667078 MS.gene062046:CDS
TCCCTGTGAGTTCTTCCAGC+TGG 0.431475 2.3:+44667024 None:intergenic
AAAAGCCTCCTGGTCGGAGC+TGG 0.446002 2.3:+44661811 None:intergenic
TACTTGGCCTTTCAAGGTTG+TGG 0.454866 2.3:+44662629 None:intergenic
AGCTGTTTGTTCACTTCTGG+GGG 0.460105 2.3:+44666512 None:intergenic
TCCGATCTCCTTCACAAGCT+GGG 0.461441 2.3:+44662449 None:intergenic
AATTCAGTTCTCAATTAAGA+AGG 0.463648 2.3:-44662475 MS.gene062046:CDS
GAGCTGGAGGCGCCAATCCT+GGG 0.464083 2.3:+44661827 None:intergenic
GAAAATGTTCAATTGGCATC+AGG 0.465173 2.3:-44664857 MS.gene062046:intron
AATTGCCATCATTGTTGTAA+AGG 0.471683 2.3:-44662283 MS.gene062046:intron
GACGATGGATGAAACTGATC+AGG 0.474838 2.3:-44662780 MS.gene062046:CDS
CGTGAAATTAAAGATGAAGA+TGG 0.477484 2.3:-44666542 MS.gene062046:CDS
CAATTACACCACAGACGATA+AGG 0.479487 2.3:+44662301 None:intergenic
AGCCTCCTGGTCGGAGCTGG+AGG 0.485326 2.3:+44661814 None:intergenic
GAGCTGTTTGTTCACTTCTG+GGG 0.497180 2.3:+44666511 None:intergenic
GGCTATAGAAAGATCTAAGC+AGG 0.501232 2.3:-44662759 MS.gene062046:intron
ATCAAGAACTTATAAATGCT+GGG 0.502792 2.3:-44662808 MS.gene062046:CDS
CAAACTGCCACAACCTTGAA+AGG 0.503625 2.3:-44662636 MS.gene062046:CDS
TGATACCTTTACAACAATGA+TGG 0.507547 2.3:+44662278 None:intergenic
GTACATCAAACAATTGAAGT+AGG 0.511074 2.3:-44662663 MS.gene062046:CDS
TGGCGCCTCCAGCTCCGACC+AGG 0.516723 2.3:-44661819 MS.gene062046:CDS
CAATAGACAAAGTAACCAGC+TGG 0.517827 2.3:-44667039 MS.gene062046:CDS
TTGAGGAGTCATCTGCAATC+CGG 0.523808 2.3:+44670457 None:intergenic
TCTCTAATATCTTTGTTGTG+TGG 0.527853 2.3:+44661853 None:intergenic
GGAAGATGAGGGAGTGCAAA+GGG 0.533469 2.3:-44667004 MS.gene062046:intron
TATTAGAGATATCCCAGGAT+TGG 0.535138 2.3:-44661839 MS.gene062046:CDS
TGTGAAGGAGATCGGAAGAA+AGG 0.540410 2.3:-44662442 MS.gene062046:intron
TCCCAGCTTGTGAAGGAGAT+CGG 0.543339 2.3:-44662450 MS.gene062046:CDS
CCATGAATCTGCTCCACTTG+AGG 0.547843 2.3:+44670440 None:intergenic
CAAGAAACTAAATTCATATG+TGG 0.548041 2.3:-44665256 MS.gene062046:CDS
CAATGATGAAAAGCAATCAA+TGG 0.557115 2.3:-44666489 MS.gene062046:intron
TTTCTGTTCCTTATCGTCTG+TGG 0.557552 2.3:-44662309 MS.gene062046:CDS
AAGAACTCACAGGGAAGATG+AGG 0.558682 2.3:-44667016 MS.gene062046:CDS
AACCAGCTGGAAGAACTCAC+AGG 0.566661 2.3:-44667026 MS.gene062046:CDS
TACATCAAACAATTGAAGTA+GGG 0.569693 2.3:-44662662 MS.gene062046:CDS
CGCCTCCAGCTCCGACCAGG+AGG 0.578460 2.3:-44661816 MS.gene062046:CDS
GGCAGGGTCAAGTCAACCCA+TGG 0.583571 2.3:-44664885 MS.gene062046:CDS
CCTTGCATACAAAAGCCTCC+TGG 0.583817 2.3:+44661801 None:intergenic
GAAGGCTTCCCAGCTTGTGA+AGG 0.586477 2.3:-44662457 MS.gene062046:CDS
AATAGGTACATGAGTACACT+TGG 0.600694 2.3:-44664938 MS.gene062046:intron
TCACCGGCGACAATGGCTAC+CGG 0.603266 2.3:-44670476 None:intergenic
ATTGCAGATGACTCCTCAAG+TGG 0.605254 2.3:-44670453 MS.gene062046:CDS
GGGAAGATGAGGGAGTGCAA+AGG 0.614547 2.3:-44667005 MS.gene062046:CDS
AGAACTCACAGGGAAGATGA+GGG 0.620040 2.3:-44667015 MS.gene062046:CDS
AAAGATATTAGAGATATCCC+AGG 0.626294 2.3:-44661844 MS.gene062046:CDS
GCTGTTTGTTCACTTCTGGG+GGG 0.641159 2.3:+44666513 None:intergenic
AAATGCTGGGACGAAGACGA+TGG 0.653074 2.3:-44662795 MS.gene062046:CDS
GCATACAAAAGCCTCCTGGT+CGG 0.681321 2.3:+44661805 None:intergenic
ACCAGCTGGAAGAACTCACA+GGG 0.683376 2.3:-44667025 MS.gene062046:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr2.3 gene 44661792 44670486 44661792 ID=MS.gene062046
chr2.3 mRNA 44661792 44670486 44661792 ID=MS.gene062046.t1;Parent=MS.gene062046
chr2.3 exon 44670410 44670486 44670410 ID=MS.gene062046.t1.exon1;Parent=MS.gene062046.t1
chr2.3 CDS 44670410 44670486 44670410 ID=cds.MS.gene062046.t1;Parent=MS.gene062046.t1
chr2.3 exon 44667005 44667097 44667005 ID=MS.gene062046.t1.exon2;Parent=MS.gene062046.t1
chr2.3 CDS 44667005 44667097 44667005 ID=cds.MS.gene062046.t1;Parent=MS.gene062046.t1
chr2.3 exon 44666490 44666583 44666490 ID=MS.gene062046.t1.exon3;Parent=MS.gene062046.t1
chr2.3 CDS 44666490 44666583 44666490 ID=cds.MS.gene062046.t1;Parent=MS.gene062046.t1
chr2.3 exon 44665243 44665280 44665243 ID=MS.gene062046.t1.exon4;Parent=MS.gene062046.t1
chr2.3 CDS 44665243 44665280 44665243 ID=cds.MS.gene062046.t1;Parent=MS.gene062046.t1
chr2.3 exon 44664858 44664955 44664858 ID=MS.gene062046.t1.exon5;Parent=MS.gene062046.t1
chr2.3 CDS 44664858 44664955 44664858 ID=cds.MS.gene062046.t1;Parent=MS.gene062046.t1
chr2.3 exon 44662760 44662839 44662760 ID=MS.gene062046.t1.exon6;Parent=MS.gene062046.t1
chr2.3 CDS 44662760 44662839 44662760 ID=cds.MS.gene062046.t1;Parent=MS.gene062046.t1
chr2.3 exon 44662632 44662688 44662632 ID=MS.gene062046.t1.exon7;Parent=MS.gene062046.t1
chr2.3 CDS 44662632 44662688 44662632 ID=cds.MS.gene062046.t1;Parent=MS.gene062046.t1
chr2.3 exon 44662443 44662535 44662443 ID=MS.gene062046.t1.exon8;Parent=MS.gene062046.t1
chr2.3 CDS 44662443 44662535 44662443 ID=cds.MS.gene062046.t1;Parent=MS.gene062046.t1
chr2.3 exon 44662284 44662358 44662284 ID=MS.gene062046.t1.exon9;Parent=MS.gene062046.t1
chr2.3 CDS 44662284 44662358 44662284 ID=cds.MS.gene062046.t1;Parent=MS.gene062046.t1
chr2.3 exon 44661792 44661884 44661792 ID=MS.gene062046.t1.exon10;Parent=MS.gene062046.t1
chr2.3 CDS 44661792 44661884 44661792 ID=cds.MS.gene062046.t1;Parent=MS.gene062046.t1
Gene Sequence

>MS.gene062046

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Protein sequence

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