AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0080049102.01

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MsG0080049102.01.T01 AT5G13160 40.541 185 105 3 3 184 179 361 2.33e-43 152
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MsG0080049102.01.T01 AT4G02630 37.619 210 130 1 3 212 255 463 2.72e-42 150
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MsG0080049102.01.T01 AT5G02800 41.530 183 106 1 3 184 166 348 3.37e-42 147
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MsG0080049102.01.T01 AT1G56720 36.464 181 114 1 6 186 274 453 1.04e-35 132
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MsG0080049102.01.T01 AT1G55200 38.144 194 118 2 3 195 469 661 3.07e-35 132
MsG0080049102.01.T01 AT1G55200 38.144 194 118 2 3 195 469 661 3.07e-35 132
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MsG0080049102.01.T01 AT1G49100 39.583 192 104 4 5 191 674 858 4.93e-34 129
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MsG0080049102.01.T03 AT1G61360 51.724 203 94 3 1 200 505 706 4.38e-61 204
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MsG0080049102.01.T03 AT1G70740 43.460 237 121 3 2 226 140 375 6.02e-58 189
MsG0080049102.01.T03 AT4G04500 47.805 205 103 2 2 202 435 639 9.33e-57 191
MsG0080049102.01.T03 AT1G11330 67.969 128 41 0 1 128 613 740 1.51e-54 186
MsG0080049102.01.T03 AT1G70520 42.241 232 126 4 2 227 415 644 6.23e-54 183
MsG0080049102.01.T03 AT4G23180 68.504 127 40 0 2 128 438 564 6.90e-54 182
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MsG0080049102.01.T03 AT5G24080 38.542 192 117 1 5 196 624 814 2.26e-39 144
MsG0080049102.01.T03 AT4G28350 36.898 187 102 3 4 183 442 619 2.46e-39 144
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MsG0080049102.01.T03 AT4G32300 37.156 218 127 4 5 213 586 802 2.73e-39 144
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MsG0080049102.01.T03 AT1G07570 39.106 179 107 2 6 183 173 350 1.38e-32 122
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MsG0080049102.01.T04 AT1G61430 47.541 122 63 1 7 128 633 753 7.76e-31 117
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MsG0080049102.01.T02 AT1G61420 51.741 201 96 1 2 202 586 785 5.11e-63 210
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MsG0080049102.01.T02 AT5G07280 41.436 181 104 2 4 183 1010 1189 4.63e-40 147
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MsG0080049102.01.T02 AT5G24080 38.542 192 117 1 5 196 624 814 2.26e-39 144
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MsG0080049102.01.T02 AT4G22130 35.602 191 121 2 6 195 492 681 1.58e-35 133
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MsG0080049102.01.T02 AT5G60300 37.173 191 118 2 2 192 433 621 1.96e-35 133
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MsG0080049102.01.T02 AT1G07570 39.106 179 107 2 6 183 57 234 2.31e-33 122
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MsG0080049102.01.T02 AT1G34210 38.889 180 107 2 6 183 401 579 2.72e-33 127
MsG0080049102.01.T02 AT5G47070 39.011 182 101 4 6 183 190 365 2.73e-33 124
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MsG0080049102.01.T02 AT1G01540 52.830 106 49 1 6 111 249 353 3.38e-33 124
MsG0080049102.01.T02 AT2G04300 39.227 181 98 4 5 180 675 848 3.50e-33 127
MsG0080049102.01.T02 AT1G52540 33.333 198 128 2 3 198 129 324 3.69e-33 123
MsG0080049102.01.T02 AT3G09010 53.333 105 48 1 6 110 141 244 3.83e-33 122
MsG0080049102.01.T02 AT5G16500 37.500 184 113 2 3 184 167 350 3.84e-33 126
MsG0080049102.01.T02 AT5G61350 37.143 175 109 1 6 180 624 797 4.09e-33 126
MsG0080049102.01.T02 AT5G59660 36.813 182 108 3 3 183 576 751 4.84e-33 126
MsG0080049102.01.T02 AT5G59660 36.813 182 108 3 3 183 579 754 5.18e-33 126
MsG0080049102.01.T02 AT3G49670 36.866 217 110 6 6 213 785 983 5.65e-33 126
MsG0080049102.01.T02 AT5G59660 36.813 182 108 3 3 183 554 729 5.70e-33 126
MsG0080049102.01.T02 AT5G59700 36.000 175 112 0 6 180 575 749 6.40e-33 126
MsG0080049102.01.T02 AT5G60280 32.743 226 146 6 6 229 431 652 7.85e-33 125
MsG0080049102.01.T02 AT1G17750 37.696 191 109 5 3 185 887 1075 8.67e-33 125
MsG0080049102.01.T02 AT2G41970 36.872 179 113 0 5 183 172 350 8.89e-33 122
MsG0080049102.01.T02 AT1G73080 37.696 191 108 5 2 183 919 1107 9.42e-33 125
MsG0080049102.01.T02 AT3G62220 37.755 196 88 4 5 183 74 252 9.56e-33 120
MsG0080049102.01.T02 AT1G06700 38.764 178 109 0 6 183 169 346 9.92e-33 122
MsG0080049102.01.T02 AT1G06700 38.764 178 109 0 6 183 169 346 9.92e-33 122
MsG0080049102.01.T02 AT1G06700 38.764 178 109 0 6 183 169 346 9.92e-33 122
MsG0080049102.01.T02 AT1G21230 32.727 220 138 4 6 216 502 720 1.04e-32 125
MsG0080049102.01.T02 AT5G56460 37.989 179 109 2 6 183 179 356 1.06e-32 122
MsG0080049102.01.T02 AT5G38280 30.973 226 135 5 6 219 424 640 1.12e-32 125
MsG0080049102.01.T02 AT5G38280 30.973 226 135 5 6 219 424 640 1.15e-32 125
MsG0080049102.01.T02 AT4G39110 38.857 175 106 1 6 180 619 792 1.30e-32 125
MsG0080049102.01.T02 AT1G51890 39.344 183 95 5 5 180 390 563 1.35e-32 124
MsG0080049102.01.T02 AT1G07570 39.106 179 107 2 6 183 173 350 1.38e-32 122
MsG0080049102.01.T02 AT1G07570 39.106 179 107 2 6 183 173 350 1.38e-32 122
MsG0080049102.01.T02 AT1G07570 39.106 179 107 2 6 183 173 350 1.38e-32 122
MsG0080049102.01.T02 AT1G51790 35.676 185 105 3 5 183 720 896 1.39e-32 125
MsG0080049102.01.T02 AT2G16750 34.807 181 118 0 3 183 365 545 1.42e-32 124
MsG0080049102.01.T02 AT2G16750 34.807 181 118 0 3 183 365 545 1.42e-32 124

Find 30 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 101 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ACATAAAATGCTGGTCTTCT+TGG 0.275854 contig70end:-10089 None:intergenic
ATATCCCTTGAATATGGATT+TGG 0.292673 contig70end:+11286 MsG0080049102.01.T01:three_prime_UTR
ACTCCTTCCATGGCATATTC+TGG 0.300723 contig70end:-9680 None:intergenic
TCTACCTCTTGTGAAGTAGA+AGG 0.310097 contig70end:+10185 MsG0080049102.01.T01:CDS
GATCGTCCACTAAATCTAAT+AGG 0.344872 contig70end:+9791 MsG0080049102.01.T01:CDS
ATGAAAACGTACATACAATA+AGG 0.369691 contig70end:-11361 None:intergenic
ACATGTCCTATTAGATTTAG+TGG 0.382386 contig70end:-9797 None:intergenic
GATATAACTTCAGACATTGT+AGG 0.397943 contig70end:-10032 None:intergenic
TGGTGAATATCTAACGCTAA+TGG 0.418863 contig70end:+9917 MsG0080049102.01.T01:CDS
ATAAACCAAATCCATATTCA+AGG 0.453566 contig70end:-11291 None:intergenic
GTTAGAAGAGAGATCTTTGA+GGG 0.454482 contig70end:+10110 MsG0080049102.01.T01:CDS
AAGTCTGACGTCTATAGCTT+TGG 0.456291 contig70end:+9713 MsG0080049102.01.T01:CDS
TTGCTACTTGAAATTATTTG+TGG 0.466270 contig70end:+9740 MsG0080049102.01.T01:CDS
AGAAATTGCTGTCGTAGAAT+AGG 0.473676 contig70end:-10165 None:intergenic
TCAAACAAATCATTTAATGT+TGG 0.502615 contig70end:-9942 None:intergenic
ATTAATAGGCATGGGAGCTA+TGG 0.510326 contig70end:+9889 MsG0080049102.01.T01:intron
CTACCTCTTGTGAAGTAGAA+GGG 0.514744 contig70end:+10186 MsG0080049102.01.T01:CDS
TGTTAGAAGAGAGATCTTTG+AGG 0.537764 contig70end:+10109 MsG0080049102.01.T01:CDS
TCTCTTCTAACATAAAATGC+TGG 0.538543 contig70end:-10098 None:intergenic
TGTAGAACAAACTCCTTCCA+TGG 0.562420 contig70end:-9690 None:intergenic
TAAACCAAATCCATATTCAA+GGG 0.581476 contig70end:-11290 None:intergenic
TTTCCCTTCTACTTCACAAG+AGG 0.582523 contig70end:-10189 None:intergenic
TAGAAGAGAGATCTTTGAGG+GGG 0.590029 contig70end:+10112 MsG0080049102.01.T01:CDS
GCATGGGAGCTATGGAATGA+TGG 0.593901 contig70end:+9897 MsG0080049102.01.T01:CDS
TTGATCGTGATGAAGTGAAA+AGG 0.600177 contig70end:+9961 MsG0080049102.01.T01:CDS
TGCTGTCGTAGAATAGGTGT+CGG 0.613816 contig70end:-10159 None:intergenic
CATGTCTCCAGAATATGCCA+TGG 0.619976 contig70end:+9673 MsG0080049102.01.T01:CDS
TCTCCAGAATATGCCATGGA+AGG 0.622019 contig70end:+9677 MsG0080049102.01.T01:CDS
TTAGAAGAGAGATCTTTGAG+GGG 0.661113 contig70end:+10111 MsG0080049102.01.T01:CDS
GTGAAAAGGTGCATTCATGT+TGG 0.676720 contig70end:+9975 MsG0080049102.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ATATATATATATATATATAT+AGG + contig70end:10916-10935 MsG0080049102.01.T01:intron 0.0%
!! TATATATATATATATATATA+GGG + contig70end:10917-10936 MsG0080049102.01.T01:intron 0.0%
!! ATAAAATATAATTATATACG+TGG + contig70end:10757-10776 MsG0080049102.01.T01:intron 10.0%
!! ATAAAGTAATATTATGTAAT+TGG - contig70end:10352-10371 None:intergenic 10.0%
!! TAAAATCTATTATGATTTAT+TGG + contig70end:10571-10590 MsG0080049102.01.T01:intron 10.0%
!! TATATATATATATATGACAT+AGG + contig70end:10222-10241 MsG0080049102.01.T01:intron 10.0%
!! TATTAAAAAAAAAAACTCAA+TGG - contig70end:9836-9855 None:intergenic 10.0%
!! AACAATATATGTATATATAG+GGG - contig70end:11204-11223 None:intergenic 15.0%
!! ATTAAATTATTAATAGGCAT+GGG + contig70end:9881-9900 MsG0080049102.01.T01:intron 15.0%
!! GAACAATATATGTATATATA+GGG - contig70end:11205-11224 None:intergenic 15.0%
!! GTAAAAAAAAAAATCTGAAA+TGG + contig70end:11337-11356 MsG0080049102.01.T01:three_prime_UTR 15.0%
!! TGAACAATATATGTATATAT+AGG - contig70end:11206-11225 None:intergenic 15.0%
!! TGTTTATAATAGAAAAACAT+GGG + contig70end:11104-11123 MsG0080049102.01.T01:intron 15.0%
!! TTGTTTATAATAGAAAAACA+TGG + contig70end:11103-11122 MsG0080049102.01.T01:intron 15.0%
!! AAAAAAAAAACTCAATGGAA+CGG - contig70end:9831-9850 None:intergenic 20.0%
!! AAAGTTTAATAGTGACAAAA+GGG - contig70end:11040-11059 None:intergenic 20.0%
!! AATCTATTATGATTTATTGG+TGG + contig70end:10574-10593 MsG0080049102.01.T01:intron 20.0%
!! ACAATATATGTATATATAGG+GGG - contig70end:11203-11222 None:intergenic 20.0%
!! ATCTATTATGATTTATTGGT+GGG + contig70end:10575-10594 MsG0080049102.01.T01:intron 20.0%
!! GATTAAATTATTAATAGGCA+TGG + contig70end:9880-9899 MsG0080049102.01.T01:intron 20.0%
!! TAAAGTTTAATAGTGACAAA+AGG - contig70end:11041-11060 None:intergenic 20.0%
!! TCAAACAAATCATTTAATGT+TGG - contig70end:9945-9964 None:intergenic 20.0%
!! TTTAATTATTTGTCTCTTTG+TGG - contig70end:10725-10744 None:intergenic 20.0%
! AATATTATGTAATTGGCGAA+AGG - contig70end:10345-10364 None:intergenic 25.0%
! ATAAACCAAATCCATATTCA+AGG - contig70end:11294-11313 None:intergenic 25.0%
! GTAAAAATATCCCTTGAATA+TGG + contig70end:11280-11299 MsG0080049102.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
! TAAACCAAATCCATATTCAA+GGG - contig70end:11293-11312 None:intergenic 25.0%
! TGAACCCTAAATTTCAATTT+GGG + contig70end:10452-10471 MsG0080049102.01.T01:intron 25.0%
! TTTCTATGTACTCTTAGAAT+TGG - contig70end:10790-10809 None:intergenic 25.0%
!! AAGGCTTGTAATTTTCTATA+TGG + contig70end:10312-10331 MsG0080049102.01.T01:intron 25.0%
!! TTGCTACTTGAAATTATTTG+TGG + contig70end:9740-9759 MsG0080049102.01.T01:CDS 25.0%
!!! TATATTGGATGTTGCTTTTT+TGG + contig70end:10650-10669 MsG0080049102.01.T01:intron 25.0%
!!! TGTTTTAGTAAAGTACAAGT+AGG - contig70end:11017-11036 None:intergenic 25.0%
!!! TGTTTTGGTAAATAACTAGT+AGG + contig70end:11127-11146 MsG0080049102.01.T01:intron 25.0%
AAAGCCCCAAATTGAAATTT+AGG - contig70end:10460-10479 None:intergenic 30.0%
AAGCCCCAAATTGAAATTTA+GGG - contig70end:10459-10478 None:intergenic 30.0%
AATTATCGTAATACTCGCAT+TGG - contig70end:10546-10565 None:intergenic 30.0%
ACATGTCCTATTAGATTTAG+TGG - contig70end:9800-9819 None:intergenic 30.0%
ATATCCCTTGAATATGGATT+TGG + contig70end:11286-11305 MsG0080049102.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
ATGACAGAGATTCTAATATC+AGG - contig70end:10512-10531 None:intergenic 30.0%
CTTTGATCAAATAGAATCGA+CGG - contig70end:10295-10314 None:intergenic 30.0%
GAACCCTAAATTTCAATTTG+GGG + contig70end:10453-10472 MsG0080049102.01.T01:intron 30.0%
GATATAACTTCAGACATTGT+AGG - contig70end:10035-10054 None:intergenic 30.0%
GCATATAAACAGGAAACTTA+TGG + contig70end:10686-10705 MsG0080049102.01.T01:intron 30.0%
GTGAACCCTAAATTTCAATT+TGG + contig70end:10451-10470 MsG0080049102.01.T01:intron 30.0%
TCTCTTCTAACATAAAATGC+TGG - contig70end:10101-10120 None:intergenic 30.0%
TGTAGTTGTGTATGGTATAT+TGG + contig70end:10635-10654 MsG0080049102.01.T01:intron 30.0%
! AAGAGTACATAGAAATCAAG+AGG + contig70end:10795-10814 MsG0080049102.01.T01:intron 30.0%
! ATAGAAAAACATGGGTGTTT+TGG + contig70end:11112-11131 MsG0080049102.01.T01:intron 30.0%
!!! TAACTTGCACCTTGTTTTTT+AGG + contig70end:11160-11179 MsG0080049102.01.T01:intron 30.0%
AGAAATTGCTGTCGTAGAAT+AGG - contig70end:10168-10187 None:intergenic 35.0%
CATGAAACTGTAGTTGTGTA+TGG + contig70end:10627-10646 MsG0080049102.01.T01:intron 35.0%
CTCACATCTTTCAATCACAT+CGG - contig70end:10836-10855 None:intergenic 35.0%
GATCGTCCACTAAATCTAAT+AGG + contig70end:9791-9810 MsG0080049102.01.T01:CDS 35.0%
GTTAGAAGAGAGATCTTTGA+GGG + contig70end:10110-10129 MsG0080049102.01.T01:CDS 35.0%
GTTTCCTGTTTATATGCCAA+AGG - contig70end:10683-10702 None:intergenic 35.0%
TGGTGAATATCTAACGCTAA+TGG + contig70end:9917-9936 MsG0080049102.01.T01:CDS 35.0%
TGTTAGAAGAGAGATCTTTG+AGG + contig70end:10109-10128 MsG0080049102.01.T01:CDS 35.0%
TTAGAAGAGAGATCTTTGAG+GGG + contig70end:10111-10130 MsG0080049102.01.T01:CDS 35.0%
TTGATCGTGATGAAGTGAAA+AGG + contig70end:9961-9980 MsG0080049102.01.T01:CDS 35.0%
TTTGCCTTTGGCATATAAAC+AGG + contig70end:10676-10695 MsG0080049102.01.T01:intron 35.0%
TTTGTCTCTTTGTGGTTGAA+TGG - contig70end:10717-10736 None:intergenic 35.0%
! ATTTCAATTTGGGGCTTTGT+TGG + contig70end:10462-10481 MsG0080049102.01.T01:intron 35.0%
!! ACATAAAATGCTGGTCTTCT+TGG - contig70end:10092-10111 None:intergenic 35.0%
!! CGTCGATTCTATTTGATCAA+AGG + contig70end:10293-10312 MsG0080049102.01.T01:intron 35.0%
!!! TTGCACCTTGTTTTTTAGGT+GGG + contig70end:11164-11183 MsG0080049102.01.T01:intron 35.0%
AAGTCTGACGTCTATAGCTT+TGG + contig70end:9713-9732 MsG0080049102.01.T01:CDS 40.0%
AGAATCTCTGTCATGAATCC+AGG + contig70end:10518-10537 MsG0080049102.01.T01:intron 40.0%
AGGGGGAAACAACTTCTAAA+GGG + contig70end:10129-10148 MsG0080049102.01.T01:CDS 40.0%
ATTAATAGGCATGGGAGCTA+TGG + contig70end:9889-9908 MsG0080049102.01.T01:intron 40.0%
CGATGTGATTGAAAGATGTG+AGG + contig70end:10834-10853 MsG0080049102.01.T01:intron 40.0%
CTACCTCTTGTGAAGTAGAA+GGG + contig70end:10186-10205 MsG0080049102.01.T01:CDS 40.0%
TAGAATCGACGGTTGAGATT+TGG - contig70end:10284-10303 None:intergenic 40.0%
TCTACCTCTTGTGAAGTAGA+AGG + contig70end:10185-10204 MsG0080049102.01.T01:CDS 40.0%
TGTAGAACAAACTCCTTCCA+TGG - contig70end:9693-9712 None:intergenic 40.0%
TTGCACCCACCTAAAAAACA+AGG - contig70end:11172-11191 None:intergenic 40.0%
TTTCCCTTCTACTTCACAAG+AGG - contig70end:10192-10211 None:intergenic 40.0%
! ACATAGAAATCAAGAGGTGC+TGG + contig70end:10801-10820 MsG0080049102.01.T01:intron 40.0%
! GCTTGCACCTTAGTGTTTTT+AGG - contig70end:10982-11001 None:intergenic 40.0%
! GTGAAAAGGTGCATTCATGT+TGG + contig70end:9975-9994 MsG0080049102.01.T01:CDS 40.0%
! TAGAAGAGAGATCTTTGAGG+GGG + contig70end:10112-10131 MsG0080049102.01.T01:CDS 40.0%
!! CATAGAAATCAAGAGGTGCT+GGG + contig70end:10802-10821 MsG0080049102.01.T01:intron 40.0%
!!! CTTGCACCTTGTTTTTTAGG+TGG + contig70end:11163-11182 MsG0080049102.01.T01:intron 40.0%
!!! CTTTTTTGGCTCTTTGCCTT+TGG + contig70end:10664-10683 MsG0080049102.01.T01:intron 40.0%
!!! GCACCTTAGTGTTTTTAGGT+GGG - contig70end:10978-10997 None:intergenic 40.0%
!!! TGCACCTTAGTGTTTTTAGG+TGG - contig70end:10979-10998 None:intergenic 40.0%
ACATAGGATTCGTTGACACC+AGG + contig70end:10238-10257 MsG0080049102.01.T01:intron 45.0%
ACTCCTTCCATGGCATATTC+TGG - contig70end:9683-9702 None:intergenic 45.0%
CATGTCTCCAGAATATGCCA+TGG + contig70end:9673-9692 MsG0080049102.01.T01:CDS 45.0%
GAGGGGGAAACAACTTCTAA+AGG + contig70end:10128-10147 MsG0080049102.01.T01:CDS 45.0%
GCACCCACCTAAAAACACTA+AGG + contig70end:10972-10991 MsG0080049102.01.T01:intron 45.0%
TCTCCAGAATATGCCATGGA+AGG + contig70end:9677-9696 MsG0080049102.01.T01:CDS 45.0%
TGCTGTCGTAGAATAGGTGT+CGG - contig70end:10162-10181 None:intergenic 45.0%
!! CGGTTGAGATTTGGTGTCAA+CGG - contig70end:10275-10294 None:intergenic 45.0%
!! GTAATACTCGCATTGGTTCC+TGG - contig70end:10539-10558 None:intergenic 45.0%
!! AATTTGATTAAATTATTAAT+AGG + contig70end:9875-9894 MsG0080049102.01.T01:intron 5.0%
!! ATTAATAATTTAATCAAATT+AGG - contig70end:9875-9894 None:intergenic 5.0%
!!! TAAACTTTATTTTAATTAAA+AGG + contig70end:11052-11071 MsG0080049102.01.T01:intron 5.0%
GCATGGGAGCTATGGAATGA+TGG + contig70end:9897-9916 MsG0080049102.01.T01:CDS 50.0%
TCGTTGACACCAGGTGTCAA+CGG + contig70end:10247-10266 MsG0080049102.01.T01:intron 50.0%
TCAACGGATCCGTTGACACC+TGG - contig70end:10282-10263 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
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Gene Sequence

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>MsG0080049102.01.T03

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>MsG0080049102.01.T02

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Protein sequence

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