AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180001469.01

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MsG0180001469.01.T01 AT1G63130 24.781 456 307 7 108 540 157 599 2.42e-35 140
MsG0180001469.01.T01 AT1G63130 23.729 472 304 6 100 538 114 562 1.11e-34 139
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MsG0180001469.01.T01 AT1G12700 20.785 433 310 5 99 525 190 595 1.56e-26 114
MsG0180001469.01.T01 AT1G12700 20.866 254 201 0 287 540 73 326 1.07e-15 80.5
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MsG0180001469.01.T01 AT3G09060 22.857 525 371 10 44 544 122 636 4.64e-32 131
MsG0180001469.01.T01 AT3G09060 21.294 479 311 8 64 540 8 422 2.20e-23 104
MsG0180001469.01.T01 AT3G09060 23.474 426 308 7 124 546 154 564 2.55e-20 95.5
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MsG0180001469.01.T01 AT1G62590 23.421 380 283 3 162 540 91 463 5.07e-32 130
MsG0180001469.01.T01 AT1G62590 22.407 482 312 7 94 538 110 566 3.04e-30 125
MsG0180001469.01.T01 AT1G62590 22.976 457 292 6 101 540 190 603 5.00e-29 122
MsG0180001469.01.T01 AT1G62590 19.844 257 206 0 282 538 65 321 1.28e-13 73.9
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MsG0180001469.01.T01 AT3G16710 23.098 368 253 10 98 445 149 506 1.60e-21 98.6
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MsG0180001469.01.T01 AT1G64580 23.656 372 276 3 153 522 144 509 3.16e-26 112
MsG0180001469.01.T01 AT1G64580 22.097 267 170 3 275 538 49 280 2.18e-12 70.1
MsG0180001469.01.T01 AT1G52620 25.833 360 257 3 162 519 281 632 5.82e-28 119
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MsG0180001469.01.T01 AT1G77360 19.658 234 187 1 305 538 171 403 9.21e-13 71.2
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MsG0180001469.01.T01 AT1G05600 21.694 484 338 10 64 518 10 481 1.35e-20 95.5
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MsG0180001469.01.T01 AT1G79490 21.181 491 323 8 40 526 141 571 1.02e-18 90.5
MsG0180001469.01.T01 AT1G79490 22.407 241 187 0 304 544 245 485 2.78e-15 79.7
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MsG0180001469.01.T01 AT1G02060 24.265 272 199 4 278 543 149 419 1.28e-17 87.0
MsG0180001469.01.T01 AT1G02060 25.532 235 163 6 321 546 84 315 4.63e-13 72.4
MsG0180001469.01.T01 AT2G37230 23.551 276 210 1 271 545 154 429 3.09e-20 95.1
MsG0180001469.01.T01 AT2G37230 17.975 484 322 8 63 534 110 530 6.94e-15 78.2
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MsG0180001469.01.T01 AT1G71210 20.440 455 296 10 104 537 323 732 5.99e-12 68.9
MsG0180001469.01.T01 AT3G04130 21.834 229 177 2 316 543 169 396 3.97e-16 81.6
MsG0180001469.01.T01 AT3G04130 20.085 468 309 8 81 545 100 505 2.47e-11 66.6
MsG0180001469.01.T01 AT3G04130 21.834 229 177 2 316 543 169 396 3.97e-16 81.6
MsG0180001469.01.T01 AT3G04130 20.085 468 309 8 81 545 100 505 2.47e-11 66.6
MsG0180001469.01.T01 AT2G41720 19.721 573 390 12 32 546 214 774 5.03e-16 82.0
MsG0180001469.01.T01 AT2G41720 20.278 503 352 6 86 540 127 628 6.36e-15 78.6
MsG0180001469.01.T01 AT2G41720 19.721 573 390 12 32 546 214 774 5.70e-16 82.0
MsG0180001469.01.T01 AT2G41720 20.278 503 352 6 86 540 127 628 6.66e-15 78.6
MsG0180001469.01.T01 AT5G47360 26.316 228 163 3 289 511 152 379 7.77e-16 80.5
MsG0180001469.01.T01 AT5G47360 19.608 459 302 7 78 529 71 469 8.46e-14 74.3
MsG0180001469.01.T01 AT4G21170 23.517 472 327 13 38 496 37 487 1.56e-15 80.1
MsG0180001469.01.T01 AT3G02650 21.538 390 253 8 158 538 194 539 2.72e-15 79.3
MsG0180001469.01.T01 AT3G02650 23.423 444 274 12 82 519 171 554 1.37e-13 73.9
MsG0180001469.01.T01 AT5G27270 21.634 453 335 7 94 538 570 1010 3.65e-15 79.3
MsG0180001469.01.T01 AT5G27270 22.744 277 210 2 258 534 183 455 6.98e-11 65.9
MsG0180001469.01.T01 AT3G09650 22.870 223 170 2 276 496 426 648 4.94e-15 79.0
MsG0180001469.01.T01 AT3G09650 25.098 255 178 6 293 538 405 655 6.80e-14 75.1
MsG0180001469.01.T01 AT5G27270 21.634 453 335 7 94 538 365 805 6.87e-15 78.6
MsG0180001469.01.T01 AT5G27270 21.634 453 335 7 94 538 365 805 6.87e-15 78.6
MsG0180001469.01.T01 AT5G15280 19.891 367 256 5 190 538 833 1179 7.65e-15 78.6
MsG0180001469.01.T01 AT1G16830 21.212 462 325 10 78 534 49 476 8.40e-15 77.8
MsG0180001469.01.T01 AT1G16830 22.464 276 205 3 162 437 288 554 6.49e-13 72.0
MsG0180001469.01.T01 AT1G16830 26.106 226 159 3 319 542 125 344 8.18e-11 65.1
MsG0180001469.01.T01 AT3G49240 20.113 353 232 8 193 518 132 461 1.11e-14 77.4
MsG0180001469.01.T01 AT3G49240 21.429 406 292 9 149 538 121 515 2.65e-13 73.2
MsG0180001469.01.T01 AT3G59040 18.490 384 304 3 161 541 144 521 1.30e-14 77.0
MsG0180001469.01.T01 AT1G80150 26.636 214 145 3 324 531 164 371 1.53e-14 76.3
MsG0180001469.01.T01 AT3G59040 18.490 384 304 3 161 541 151 528 1.60e-14 77.0
MsG0180001469.01.T01 AT5G43820 23.887 247 185 2 295 540 144 388 2.60e-14 76.3
MsG0180001469.01.T01 AT5G43820 19.799 399 257 6 86 448 135 506 4.69e-14 75.5
MsG0180001469.01.T01 AT5G43820 22.179 257 194 3 264 519 151 402 1.74e-11 67.0
MsG0180001469.01.T01 AT5G39980 20.728 357 267 7 152 504 254 598 3.40e-14 75.9
MsG0180001469.01.T01 AT5G39980 19.767 344 270 1 183 526 147 484 3.19e-13 72.8
MsG0180001469.01.T01 AT5G39980 20.532 263 209 0 278 540 201 463 1.44e-11 67.8
MsG0180001469.01.T01 AT5G52850 24.207 347 241 9 195 538 364 691 3.56e-14 76.3
MsG0180001469.01.T01 AT3G18020 23.197 319 237 5 224 538 195 509 6.55e-14 75.1
MsG0180001469.01.T01 AT3G25210 25.153 163 122 0 288 450 209 371 1.08e-13 73.2
MsG0180001469.01.T01 AT1G77405 22.903 310 209 6 225 507 126 432 1.10e-13 73.9
MsG0180001469.01.T01 AT2G35130 19.525 379 267 4 194 538 158 532 1.33e-13 73.9
MsG0180001469.01.T01 AT2G35130 20.906 287 220 3 255 539 147 428 1.13e-12 70.9
MsG0180001469.01.T01 AT5G13770 24.342 304 194 4 270 537 215 518 1.40e-13 73.9
MsG0180001469.01.T01 AT5G36300 27.536 207 137 3 326 519 104 310 1.91e-13 72.0
MsG0180001469.01.T01 AT1G63630 28.667 150 100 2 398 546 1 144 1.99e-13 68.6
MsG0180001469.01.T01 AT1G63630 23.626 182 98 2 217 398 1 141 4.73e-13 67.4
MsG0180001469.01.T01 AT1G19520 19.293 311 244 3 224 533 347 651 2.12e-13 73.6
MsG0180001469.01.T01 AT4G39620 23.704 270 197 5 279 539 106 375 2.30e-13 73.2
MsG0180001469.01.T01 AT1G63320 26.374 182 108 2 359 540 3 158 2.33e-13 69.3
MsG0180001469.01.T01 AT4G39620 23.704 270 197 5 279 539 106 375 3.01e-13 72.8
MsG0180001469.01.T01 AT1G61870 25.114 219 163 1 317 534 166 384 3.49e-13 72.0
MsG0180001469.01.T01 AT4G36680 20.209 287 219 5 157 441 103 381 5.09e-13 71.6
MsG0180001469.01.T01 AT5G25630 19.452 365 276 7 159 515 67 421 1.07e-12 70.9
MsG0180001469.01.T01 AT5G25630 19.452 365 276 7 159 515 118 472 1.44e-12 70.9
MsG0180001469.01.T01 AT4G01030 24.055 291 180 7 276 534 102 383 1.50e-12 70.9
MsG0180001469.01.T01 AT3G13150 21.552 232 181 1 304 534 159 390 3.83e-12 69.3
MsG0180001469.01.T01 AT3G13150 23.353 167 127 1 373 538 158 324 1.31e-11 67.4
MsG0180001469.01.T01 AT3G13150 21.875 320 201 6 166 479 132 408 5.35e-11 65.5
MsG0180001469.01.T01 AT4G16390 21.068 337 191 5 194 495 178 474 4.60e-12 69.3
MsG0180001469.01.T01 AT3G17370 25.000 172 116 3 375 546 17 175 6.34e-12 65.5
MsG0180001469.01.T01 AT5G46580 18.482 303 207 5 193 495 223 485 6.85e-12 68.6
MsG0180001469.01.T01 AT1G55890 19.544 307 202 3 162 464 115 380 7.05e-12 67.8
MsG0180001469.01.T01 AT1G80880 23.256 215 161 1 304 518 296 506 7.17e-12 68.6
MsG0180001469.01.T01 AT1G80880 23.256 215 161 1 304 518 296 506 7.17e-12 68.6
MsG0180001469.01.T01 AT1G80880 23.256 215 161 1 304 518 296 506 7.17e-12 68.6
MsG0180001469.01.T01 AT2G35130 20.690 290 220 4 255 539 169 453 1.14e-11 67.8
MsG0180001469.01.T01 AT2G35130 19.110 382 268 5 194 538 180 557 1.56e-11 67.4
MsG0180001469.01.T01 AT5G14080 21.503 479 342 7 64 538 45 493 1.19e-11 67.8
MsG0180001469.01.T01 AT5G14080 22.656 256 175 5 247 501 329 562 1.59e-11 67.4
MsG0180001469.01.T01 AT5G25630 21.316 380 259 11 159 524 118 471 1.20e-11 67.8
MsG0180001469.01.T01 AT1G53330 22.727 286 182 6 182 433 144 424 1.40e-11 67.4
MsG0180001469.01.T01 AT2G35130 20.690 290 220 4 255 539 147 431 1.56e-11 67.4
MsG0180001469.01.T01 AT2G35130 19.110 382 268 5 194 538 158 535 1.97e-11 67.0
MsG0180001469.01.T01 AT5G03560 25.828 151 108 2 389 538 182 329 1.97e-11 66.2
MsG0180001469.01.T01 AT5G03560 25.828 151 108 2 389 538 182 329 1.97e-11 66.2
MsG0180001469.01.T01 AT5G03560 25.828 151 108 2 389 538 182 329 1.97e-11 66.2
MsG0180001469.01.T01 AT5G36300 27.374 179 120 3 326 494 74 252 1.99e-11 65.5
MsG0180001469.01.T01 AT1G53330 22.727 286 182 6 182 433 40 320 2.39e-11 65.9
MsG0180001469.01.T01 AT5G27270 22.491 289 220 2 258 546 183 467 2.52e-11 67.0
MsG0180001469.01.T01 AT5G27270 22.491 289 220 2 258 546 183 467 3.20e-11 66.6
MsG0180001469.01.T01 AT2G28050 20.053 379 262 7 98 440 80 453 3.50e-11 65.9
MsG0180001469.01.T01 AT3G14580 21.250 320 246 2 216 534 85 399 5.71e-11 65.1

Find 112 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 125 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ATCCTAATGTTGTTACTTTC+AGG 0.166187 1:-21812663 MsG0180001469.01.T01:CDS
ATGATGCAGAGAAGTATTTA+AGG 0.182900 1:-21811850 MsG0180001469.01.T01:CDS
GAAACTGTTTGGGAGGTTTA+TGG 0.189347 1:-21812709 MsG0180001469.01.T01:CDS
ATTCGTTATATCGATGAATT+AGG 0.207540 1:-21812796 MsG0180001469.01.T01:CDS
TAGAGTTAGGTTAGGGGATT+TGG 0.239583 1:-21812398 MsG0180001469.01.T01:CDS
TTGACTCTGTTGTTAGATAA+AGG 0.253923 1:-21812043 MsG0180001469.01.T01:CDS
TATAGTTGGATGCGCGAATT+TGG 0.269764 1:-21812197 MsG0180001469.01.T01:CDS
ACTTATTCTGATTTGATAGA+TGG 0.273560 1:-21812001 MsG0180001469.01.T01:CDS
CATTCAGAACAAAACAAAAC+TGG 0.301481 1:-21813197 MsG0180001469.01.T01:CDS
TTGTTGTTCATCGTTTAATA+AGG 0.323339 1:-21812116 MsG0180001469.01.T01:CDS
ATTGGATATTGAAGTGATTA+TGG 0.328047 1:+21813221 None:intergenic
TGTCGTCGATTCTCTCTTAA+AGG 0.335824 1:-21812911 MsG0180001469.01.T01:CDS
AAATGGAAGGGAAAGGGTTA+AGG 0.355266 1:-21812246 MsG0180001469.01.T01:CDS
TAATCGATTTGAAACTGTTT+GGG 0.355484 1:-21812719 MsG0180001469.01.T01:CDS
TCGCAATGAAATGGCTTCAT+TGG 0.366629 1:-21811729 MsG0180001469.01.T01:CDS
TGCGAGAAAAGACGAGGTTC+AGG 0.367994 1:-21811975 MsG0180001469.01.T01:CDS
CAGCACGAACCGTATGGGTT+TGG 0.368666 1:+21812932 None:intergenic
GTAATCGATTTGAAACTGTT+TGG 0.375661 1:-21812720 MsG0180001469.01.T01:CDS
ATAGTTGGATGCGCGAATTT+GGG 0.379530 1:-21812196 MsG0180001469.01.T01:CDS
TGATTGTTCATGTTAGAGTT+AGG 0.383636 1:-21812411 MsG0180001469.01.T01:CDS
ATTGATGCTCTTTGTAAAGA+AGG 0.386788 1:-21812634 MsG0180001469.01.T01:CDS
GTTCATGTTAGAGTTAGGTT+AGG 0.392444 1:-21812406 MsG0180001469.01.T01:CDS
TGACTCTGTTGTTAGATAAA+GGG 0.404920 1:-21812042 MsG0180001469.01.T01:CDS
TTTGAGGATATGCTGAGTGC+TGG 0.406541 1:-21812148 MsG0180001469.01.T01:CDS
TTCATGTTAGAGTTAGGTTA+GGG 0.412165 1:-21812405 MsG0180001469.01.T01:CDS
GTCTCATATATACTCACATT+TGG 0.413710 1:+21811803 None:intergenic
TGTTCAGCTTCGCAATGAAA+TGG 0.414211 1:-21811738 MsG0180001469.01.T01:CDS
AGCACGAACCGTATGGGTTT+GGG 0.415051 1:+21812933 None:intergenic
GAGTAAGAGATTGATGATAA+TGG 0.418376 1:+21813014 None:intergenic
TTTAGCGTCGGTTATTAGAT+TGG 0.419936 1:+21812987 None:intergenic
GCGAAGTTCACATTCGCCTT+CGG 0.426665 1:-21812566 MsG0180001469.01.T01:CDS
ATCCTGAAAGTAACAACATT+AGG 0.426899 1:+21812661 None:intergenic
TCTTAAGATATATTATGAAA+TGG 0.432108 1:-21811948 MsG0180001469.01.T01:CDS
GAAGAATTTGATTGGTGATT+CGG 0.439302 1:-21812446 MsG0180001469.01.T01:CDS
GCGGAGAAGCTTTGTGAGGA+TGG 0.446161 1:-21812091 MsG0180001469.01.T01:CDS
AATGGAAGGGAAAGGGTTAA+GGG 0.455130 1:-21812245 MsG0180001469.01.T01:CDS
GATATTGAGAATGTTGGAAA+AGG 0.465881 1:-21812524 MsG0180001469.01.T01:CDS
GATAATGTTGATCGGATTGT+TGG 0.466795 1:-21812592 MsG0180001469.01.T01:CDS
GTTGTTTGAGGAGTTGTTGA+AGG 0.470380 1:+21813248 None:intergenic
ATCCAGTGTTTCTGCCGTCT+TGG 0.471662 1:-21811881 MsG0180001469.01.T01:CDS
AAGAGAAAGAGATTCGAGTA+AGG 0.471893 1:+21812963 None:intergenic
TTAATTAACAGATCAAGAAC+CGG 0.471907 1:+21812862 None:intergenic
GTGTTTCTGCCGTCTTGGTA+AGG 0.472665 1:-21811876 MsG0180001469.01.T01:CDS
ATTGAGAATGTTGGAAAAGG+AGG 0.474397 1:-21812521 MsG0180001469.01.T01:CDS
TTGGAAAAGGAGGGAGAAGA+AGG 0.475311 1:-21812511 MsG0180001469.01.T01:CDS
CGACGACAGCACGAACCGTA+TGG 0.478006 1:+21812926 None:intergenic
ACTTATGAATGTGTTATAGT+TGG 0.480094 1:-21812211 MsG0180001469.01.T01:CDS
TGTCTCCGGTTCGAACCCTC+CGG 0.482555 1:-21812881 MsG0180001469.01.T01:CDS
TGAGGGAAATGGAAGGGAAA+GGG 0.483007 1:-21812252 MsG0180001469.01.T01:CDS
GTGTTGAAAACGGTGCGTTT+TGG 0.487680 1:+21813053 None:intergenic
ACGCATTAAGTTTCTTCCAC+TGG 0.488444 1:-21813080 MsG0180001469.01.T01:CDS
CGTCGGTTATTAGATTGGAA+TGG 0.502774 1:+21812992 None:intergenic
TTAAAGGACTCTGTTGTCTC+CGG 0.502788 1:-21812895 MsG0180001469.01.T01:CDS
CGGAGAAGCTTTGTGAGGAT+GGG 0.506060 1:-21812090 MsG0180001469.01.T01:CDS
TTGAGGATATGCTGAGTGCT+GGG 0.510401 1:-21812147 MsG0180001469.01.T01:CDS
GGACGGATTGATGTAGCGGT+TGG 0.513642 1:-21812280 MsG0180001469.01.T01:CDS
GGTTGGATTGATGAGGGAAA+TGG 0.513813 1:-21812263 MsG0180001469.01.T01:CDS
GAGTATAAGTCTATGTGTCC+TGG 0.514177 1:-21811926 MsG0180001469.01.T01:CDS
TTGTTCATCGTTTAATAAGG+TGG 0.514631 1:-21812113 MsG0180001469.01.T01:CDS
GATTATGAAAATTCGATCGC+TGG 0.515578 1:-21811828 MsG0180001469.01.T01:CDS
AATTAACCTCGCTTTCGCAT+AGG 0.516046 1:+21812837 None:intergenic
AAGAACCGGAGGGTTCGAAC+CGG 0.518387 1:+21812876 None:intergenic
TACCAAGACGGCAGAAACAC+TGG 0.520829 1:+21811879 None:intergenic
TTGTTGCAGAAGAATTTGAT+TGG 0.523742 1:-21812454 MsG0180001469.01.T01:CDS
TGGGACGGTTGAAAGAGTGT+TGG 0.527822 1:-21812177 MsG0180001469.01.T01:CDS
TTGTTGTATGTGAGTGTAAG+TGG 0.529346 1:+21813271 None:intergenic
AGATTTGTTCAGCTAGTGAA+GGG 0.532674 1:+21813136 None:intergenic
GATTATGGTATTGTTGTTTG+AGG 0.543726 1:+21813236 None:intergenic
TGAGGATGGGGAAGTCGAGA+AGG 0.554539 1:-21812077 MsG0180001469.01.T01:CDS
GAGTTTGATATTGAGAATGT+TGG 0.556284 1:-21812530 MsG0180001469.01.T01:CDS
GCGAGAAAAGACGAGGTTCA+GGG 0.561217 1:-21811974 MsG0180001469.01.T01:CDS
TTGAGAATGTTGGAAAAGGA+GGG 0.565302 1:-21812520 MsG0180001469.01.T01:CDS
GATCACTGGTCACATGCAGA+AGG 0.566440 1:-21811777 MsG0180001469.01.T01:CDS
GACGACAGCACGAACCGTAT+GGG 0.566530 1:+21812927 None:intergenic
AAGATTTGTTCAGCTAGTGA+AGG 0.567026 1:+21813135 None:intergenic
ATATATGAGACGTTGATCAC+TGG 0.567197 1:-21811791 MsG0180001469.01.T01:CDS
ATGAGGGAAATGGAAGGGAA+AGG 0.570228 1:-21812253 MsG0180001469.01.T01:CDS
GCAGAAGGGAAACGACGAAA+GGG 0.571409 1:-21811762 MsG0180001469.01.T01:CDS
GTAAAGAAGGATTGTTACAG+AGG 0.575313 1:-21812621 MsG0180001469.01.T01:CDS
GATGAATAAACAGACAATCC+AGG 0.578447 1:+21811908 None:intergenic
TAGTGAAGGGGTTATTTCGA+TGG 0.578631 1:+21813149 None:intergenic
AATGAAGAGTGTGTTGAAAA+CGG 0.580128 1:+21813043 None:intergenic
GGAGAAGCTTTGTGAGGATG+GGG 0.582421 1:-21812089 MsG0180001469.01.T01:CDS
TCGATTTGAAACTGTTTGGG+AGG 0.582784 1:-21812716 MsG0180001469.01.T01:CDS
TGCAGAAGGGAAACGACGAA+AGG 0.590604 1:-21811763 MsG0180001469.01.T01:CDS
GGATTGTTGATAATGTTGAT+CGG 0.597041 1:-21812600 MsG0180001469.01.T01:CDS
TTCATCGTTTAATAAGGTGG+CGG 0.597484 1:-21812110 MsG0180001469.01.T01:CDS
TTCGAGTAAGGCTTTAGCGT+CGG 0.602415 1:+21812975 None:intergenic
TTTGGAGATGTATAATGAGA+TGG 0.605674 1:-21812368 MsG0180001469.01.T01:CDS
ATGTAGCGGTTGGATTGATG+AGG 0.609119 1:-21812270 MsG0180001469.01.T01:CDS
TTGGATGCGCGAATTTGGGA+CGG 0.615583 1:-21812192 MsG0180001469.01.T01:CDS
TCAGAATAAGTAACATCACT+CGG 0.615983 1:+21812013 None:intergenic
TTAAAACCTATGCGAAAGCG+AGG 0.620198 1:-21812843 MsG0180001469.01.T01:CDS
ATTCAGAACAAAACAAAACT+GGG 0.625071 1:-21813196 MsG0180001469.01.T01:CDS
GGATTGATGAGGGAAATGGA+AGG 0.626810 1:-21812259 MsG0180001469.01.T01:CDS
ATCACTGGTCACATGCAGAA+GGG 0.627067 1:-21811776 MsG0180001469.01.T01:CDS
TATAATGAGATGGTGAGAAG+AGG 0.629962 1:-21812358 MsG0180001469.01.T01:CDS
GATTGATGAGGGAAATGGAA+GGG 0.637041 1:-21812258 MsG0180001469.01.T01:CDS
TGTAGCGGTTGGATTGATGA+GGG 0.637683 1:-21812269 MsG0180001469.01.T01:CDS
CTCAAATTAACAACAACCGA+AGG 0.647052 1:+21812550 None:intergenic
GATTTGTTCAGCTAGTGAAG+GGG 0.647562 1:+21813137 None:intergenic
CATCATCAACCTTACCAAGA+CGG 0.647781 1:+21811867 None:intergenic
GAAGGGACGGATTGATGTAG+CGG 0.648160 1:-21812284 MsG0180001469.01.T01:CDS
ATTAACAGATCAAGAACCGG+AGG 0.649029 1:+21812865 None:intergenic
TTAACAGATCAAGAACCGGA+GGG 0.662986 1:+21812866 None:intergenic
TCATGTTAGAGTTAGGTTAG+GGG 0.664880 1:-21812404 MsG0180001469.01.T01:CDS
GTGAGTGTAAGTGGAGCTTG+TGG 0.694335 1:+21813280 None:intergenic
TTATTAAACGATGAACAACA+AGG 0.701157 1:+21812118 None:intergenic
CTTTGCTTCATGTTGCACAG+AGG 0.714648 1:-21812744 MsG0180001469.01.T01:CDS
GGTGGCGGAGAAGCTTTGTG+AGG 0.716473 1:-21812095 MsG0180001469.01.T01:CDS
TGGTTATGCGAGAAAAGACG+AGG 0.730014 1:-21811981 MsG0180001469.01.T01:CDS
ACAAAACGCTCGTATAAACG+AGG 0.731728 1:+21812309 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TCTTAAGATATATTATGAAA+TGG - Chr1:21813094-21813113 MsG0180001469.01.T01:CDS 15.0%
! ACTTATGAATGTGTTATAGT+TGG - Chr1:21812831-21812850 MsG0180001469.01.T01:CDS 25.0%
! ATTCAGAACAAAACAAAACT+GGG - Chr1:21811846-21811865 MsG0180001469.01.T01:CDS 25.0%
! ATTCGTTATATCGATGAATT+AGG - Chr1:21812246-21812265 MsG0180001469.01.T01:CDS 25.0%
! ATTGGATATTGAAGTGATTA+TGG + Chr1:21811824-21811843 None:intergenic 25.0%
! TTAATTAACAGATCAAGAAC+CGG + Chr1:21812183-21812202 None:intergenic 25.0%
! TTATTAAACGATGAACAACA+AGG + Chr1:21812927-21812946 None:intergenic 25.0%
!! ACTTATTCTGATTTGATAGA+TGG - Chr1:21813041-21813060 MsG0180001469.01.T01:CDS 25.0%
!! GATGAATTAGGATTTTGTAT+CGG - Chr1:21812258-21812277 MsG0180001469.01.T01:CDS 25.0%
!! TTGTTGTTCATCGTTTAATA+AGG - Chr1:21812926-21812945 MsG0180001469.01.T01:CDS 25.0%
!!! TAATCGATTTGAAACTGTTT+GGG - Chr1:21812323-21812342 MsG0180001469.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTGTTTTGTTCTGAATGAAT+TGG + Chr1:21811842-21811861 None:intergenic 25.0%
ATCCTGAAAGTAACAACATT+AGG + Chr1:21812384-21812403 None:intergenic 30.0%
ATTGATGCTCTTTGTAAAGA+AGG - Chr1:21812408-21812427 MsG0180001469.01.T01:CDS 30.0%
CATTCAGAACAAAACAAAAC+TGG - Chr1:21811845-21811864 MsG0180001469.01.T01:CDS 30.0%
GAGTTTGATATTGAGAATGT+TGG - Chr1:21812512-21812531 MsG0180001469.01.T01:CDS 30.0%
GATATTGAGAATGTTGGAAA+AGG - Chr1:21812518-21812537 MsG0180001469.01.T01:CDS 30.0%
GTCTCATATATACTCACATT+TGG + Chr1:21813242-21813261 None:intergenic 30.0%
TCAGAATAAGTAACATCACT+CGG + Chr1:21813032-21813051 None:intergenic 30.0%
TGACTCTGTTGTTAGATAAA+GGG - Chr1:21813000-21813019 MsG0180001469.01.T01:CDS 30.0%
TGATTGTTCATGTTAGAGTT+AGG - Chr1:21812631-21812650 MsG0180001469.01.T01:CDS 30.0%
TTCATGTTAGAGTTAGGTTA+GGG - Chr1:21812637-21812656 MsG0180001469.01.T01:CDS 30.0%
TTGACTCTGTTGTTAGATAA+AGG - Chr1:21812999-21813018 MsG0180001469.01.T01:CDS 30.0%
TTGTTCATCGTTTAATAAGG+TGG - Chr1:21812929-21812948 MsG0180001469.01.T01:CDS 30.0%
TTGTTGCAGAAGAATTTGAT+TGG - Chr1:21812588-21812607 MsG0180001469.01.T01:CDS 30.0%
TTTGGAGATGTATAATGAGA+TGG - Chr1:21812674-21812693 MsG0180001469.01.T01:CDS 30.0%
! AATGAAGAGTGTGTTGAAAA+CGG + Chr1:21812002-21812021 None:intergenic 30.0%
! GAAGAATTTGATTGGTGATT+CGG - Chr1:21812596-21812615 MsG0180001469.01.T01:CDS 30.0%
! GAGTAAGAGATTGATGATAA+TGG + Chr1:21812031-21812050 None:intergenic 30.0%
!! ATCCTAATGTTGTTACTTTC+AGG - Chr1:21812379-21812398 MsG0180001469.01.T01:CDS 30.0%
!! ATGATGCAGAGAAGTATTTA+AGG - Chr1:21813192-21813211 MsG0180001469.01.T01:CDS 30.0%
!! GATTATGGTATTGTTGTTTG+AGG + Chr1:21811809-21811828 None:intergenic 30.0%
!! GGATTGTTGATAATGTTGAT+CGG - Chr1:21812442-21812461 MsG0180001469.01.T01:CDS 30.0%
!! GTAATCGATTTGAAACTGTT+TGG - Chr1:21812322-21812341 MsG0180001469.01.T01:CDS 30.0%
!!! ACTTAATGCGTTTTTTGCAT+CGG + Chr1:21811953-21811972 None:intergenic 30.0%
AAGAGAAAGAGATTCGAGTA+AGG + Chr1:21812082-21812101 None:intergenic 35.0%
ATATATGAGACGTTGATCAC+TGG - Chr1:21813251-21813270 MsG0180001469.01.T01:CDS 35.0%
ATTGAGAATGTTGGAAAAGG+AGG - Chr1:21812521-21812540 MsG0180001469.01.T01:CDS 35.0%
CTCAAATTAACAACAACCGA+AGG + Chr1:21812495-21812514 None:intergenic 35.0%
GATAATGTTGATCGGATTGT+TGG - Chr1:21812450-21812469 MsG0180001469.01.T01:CDS 35.0%
GATGAATAAACAGACAATCC+AGG + Chr1:21813137-21813156 None:intergenic 35.0%
GATTATGAAAATTCGATCGC+TGG - Chr1:21813214-21813233 MsG0180001469.01.T01:CDS 35.0%
GTAAAGAAGGATTGTTACAG+AGG - Chr1:21812421-21812440 MsG0180001469.01.T01:CDS 35.0%
GTTCATGTTAGAGTTAGGTT+AGG - Chr1:21812636-21812655 MsG0180001469.01.T01:CDS 35.0%
TAAAAACACCCAAACCCATA+CGG - Chr1:21812101-21812120 MsG0180001469.01.T01:CDS 35.0%
TATAATGAGATGGTGAGAAG+AGG - Chr1:21812684-21812703 MsG0180001469.01.T01:CDS 35.0%
TCATGTTAGAGTTAGGTTAG+GGG - Chr1:21812638-21812657 MsG0180001469.01.T01:CDS 35.0%
TTCATCGTTTAATAAGGTGG+CGG - Chr1:21812932-21812951 MsG0180001469.01.T01:CDS 35.0%
TTGAGAATGTTGGAAAAGGA+GGG - Chr1:21812522-21812541 MsG0180001469.01.T01:CDS 35.0%
TTGTTGTATGTGAGTGTAAG+TGG + Chr1:21811774-21811793 None:intergenic 35.0%
! AAGATTTGTTCAGCTAGTGA+AGG + Chr1:21811910-21811929 None:intergenic 35.0%
! AGATTTGTTCAGCTAGTGAA+GGG + Chr1:21811909-21811928 None:intergenic 35.0%
!! TTTAGCGTCGGTTATTAGAT+TGG + Chr1:21812058-21812077 None:intergenic 35.0%
!!! AGAGTGTTGGAATGTTTTTG+AGG - Chr1:21812878-21812897 MsG0180001469.01.T01:CDS 35.0%
AAATGGAAGGGAAAGGGTTA+AGG - Chr1:21812796-21812815 MsG0180001469.01.T01:CDS 40.0%
AATGGAAGGGAAAGGGTTAA+GGG - Chr1:21812797-21812816 MsG0180001469.01.T01:CDS 40.0%
AATTAACCTCGCTTTCGCAT+AGG + Chr1:21812208-21812227 None:intergenic 40.0%
ACAAAACGCTCGTATAAACG+AGG + Chr1:21812736-21812755 None:intergenic 40.0%
ACGCATTAAGTTTCTTCCAC+TGG - Chr1:21811962-21811981 MsG0180001469.01.T01:CDS 40.0%
ATAGTTGGATGCGCGAATTT+GGG - Chr1:21812846-21812865 MsG0180001469.01.T01:CDS 40.0%
ATTAACAGATCAAGAACCGG+AGG + Chr1:21812180-21812199 None:intergenic 40.0%
CATCATCAACCTTACCAAGA+CGG + Chr1:21813178-21813197 None:intergenic 40.0%
GAAACTGTTTGGGAGGTTTA+TGG - Chr1:21812333-21812352 MsG0180001469.01.T01:CDS 40.0%
GAGTATAAGTCTATGTGTCC+TGG - Chr1:21813116-21813135 MsG0180001469.01.T01:CDS 40.0%
GATTGATGAGGGAAATGGAA+GGG - Chr1:21812784-21812803 MsG0180001469.01.T01:CDS 40.0%
GTTGTTTGAGGAGTTGTTGA+AGG + Chr1:21811797-21811816 None:intergenic 40.0%
TAGAGTTAGGTTAGGGGATT+TGG - Chr1:21812644-21812663 MsG0180001469.01.T01:CDS 40.0%
TATAGTTGGATGCGCGAATT+TGG - Chr1:21812845-21812864 MsG0180001469.01.T01:CDS 40.0%
TCGCAATGAAATGGCTTCAT+TGG - Chr1:21813313-21813332 MsG0180001469.01.T01:CDS 40.0%
TGTTCAGCTTCGCAATGAAA+TGG - Chr1:21813304-21813323 MsG0180001469.01.T01:CDS 40.0%
TTAAAACCTATGCGAAAGCG+AGG - Chr1:21812199-21812218 MsG0180001469.01.T01:CDS 40.0%
TTAAAGGACTCTGTTGTCTC+CGG - Chr1:21812147-21812166 MsG0180001469.01.T01:CDS 40.0%
TTAACAGATCAAGAACCGGA+GGG + Chr1:21812179-21812198 None:intergenic 40.0%
! AGGGGATTTGGATTTTGCTT+TGG - Chr1:21812656-21812675 MsG0180001469.01.T01:CDS 40.0%
! ATACGAGCGTTTTGTGAGAA+GGG - Chr1:21812741-21812760 MsG0180001469.01.T01:CDS 40.0%
! CGTCGGTTATTAGATTGGAA+TGG + Chr1:21812053-21812072 None:intergenic 40.0%
! GATTTGTTCAGCTAGTGAAG+GGG + Chr1:21811908-21811927 None:intergenic 40.0%
! TAGTGAAGGGGTTATTTCGA+TGG + Chr1:21811896-21811915 None:intergenic 40.0%
! TATACGAGCGTTTTGTGAGA+AGG - Chr1:21812740-21812759 MsG0180001469.01.T01:CDS 40.0%
! TCGATTTGAAACTGTTTGGG+AGG - Chr1:21812326-21812345 MsG0180001469.01.T01:CDS 40.0%
!! TGTCGTCGATTCTCTCTTAA+AGG - Chr1:21812131-21812150 MsG0180001469.01.T01:CDS 40.0%
!!! AATGCGTTTTTTGCATCGGT+TGG + Chr1:21811949-21811968 None:intergenic 40.0%
!!! ATGCGTTTTTTGCATCGGTT+GGG + Chr1:21811948-21811967 None:intergenic 40.0%
ATCACTGGTCACATGCAGAA+GGG - Chr1:21813266-21813285 MsG0180001469.01.T01:CDS 45.0%
ATGAGGGAAATGGAAGGGAA+AGG - Chr1:21812789-21812808 MsG0180001469.01.T01:CDS 45.0%
ATGTAGCGGTTGGATTGATG+AGG - Chr1:21812772-21812791 MsG0180001469.01.T01:CDS 45.0%
CTTTGCTTCATGTTGCACAG+AGG - Chr1:21812298-21812317 MsG0180001469.01.T01:CDS 45.0%
GGATTGATGAGGGAAATGGA+AGG - Chr1:21812783-21812802 MsG0180001469.01.T01:CDS 45.0%
GGTTGGATTGATGAGGGAAA+TGG - Chr1:21812779-21812798 MsG0180001469.01.T01:CDS 45.0%
TGAGGGAAATGGAAGGGAAA+GGG - Chr1:21812790-21812809 MsG0180001469.01.T01:CDS 45.0%
TGGTTATGCGAGAAAAGACG+AGG - Chr1:21813061-21813080 MsG0180001469.01.T01:CDS 45.0%
TGTAGCGGTTGGATTGATGA+GGG - Chr1:21812773-21812792 MsG0180001469.01.T01:CDS 45.0%
TTGAGGATATGCTGAGTGCT+GGG - Chr1:21812895-21812914 MsG0180001469.01.T01:CDS 45.0%
TTGGAAAAGGAGGGAGAAGA+AGG - Chr1:21812531-21812550 MsG0180001469.01.T01:CDS 45.0%
TTTGAGGATATGCTGAGTGC+TGG - Chr1:21812894-21812913 MsG0180001469.01.T01:CDS 45.0%
! GTGTTGAAAACGGTGCGTTT+TGG + Chr1:21811992-21812011 None:intergenic 45.0%
! TTCGAGTAAGGCTTTAGCGT+CGG + Chr1:21812070-21812089 None:intergenic 45.0%
! TTGAAAACGGTGCGTTTTGG+TGG + Chr1:21811989-21812008 None:intergenic 45.0%
AGCACGAACCGTATGGGTTT+GGG + Chr1:21812112-21812131 None:intergenic 50.0%
GATCACTGGTCACATGCAGA+AGG - Chr1:21813265-21813284 MsG0180001469.01.T01:CDS 50.0%
GCAGAAGGGAAACGACGAAA+GGG - Chr1:21813280-21813299 MsG0180001469.01.T01:CDS 50.0%
GCGAAGTTCACATTCGCCTT+CGG - Chr1:21812476-21812495 MsG0180001469.01.T01:CDS 50.0%
GCGAGAAAAGACGAGGTTCA+GGG - Chr1:21813068-21813087 MsG0180001469.01.T01:CDS 50.0%
GTGAGTGTAAGTGGAGCTTG+TGG + Chr1:21811765-21811784 None:intergenic 50.0%
TACCAAGACGGCAGAAACAC+TGG + Chr1:21813166-21813185 None:intergenic 50.0%
TGCAGAAGGGAAACGACGAA+AGG - Chr1:21813279-21813298 MsG0180001469.01.T01:CDS 50.0%
TGCGAGAAAAGACGAGGTTC+AGG - Chr1:21813067-21813086 MsG0180001469.01.T01:CDS 50.0%
TTGGATGCGCGAATTTGGGA+CGG - Chr1:21812850-21812869 MsG0180001469.01.T01:CDS 50.0%
! ATCCAGTGTTTCTGCCGTCT+TGG - Chr1:21813161-21813180 MsG0180001469.01.T01:CDS 50.0%
! CGGAGAAGCTTTGTGAGGAT+GGG - Chr1:21812952-21812971 MsG0180001469.01.T01:CDS 50.0%
! GAGCGTTTTGTGAGAAGGGA+CGG - Chr1:21812745-21812764 MsG0180001469.01.T01:CDS 50.0%
! GGAGAAGCTTTGTGAGGATG+GGG - Chr1:21812953-21812972 MsG0180001469.01.T01:CDS 50.0%
! GTGTTTCTGCCGTCTTGGTA+AGG - Chr1:21813166-21813185 MsG0180001469.01.T01:CDS 50.0%
! TGGGACGGTTGAAAGAGTGT+TGG - Chr1:21812865-21812884 MsG0180001469.01.T01:CDS 50.0%
!! GAAGGGACGGATTGATGTAG+CGG - Chr1:21812758-21812777 MsG0180001469.01.T01:CDS 50.0%
AAGAACCGGAGGGTTCGAAC+CGG + Chr1:21812169-21812188 None:intergenic 55.0%
CAGCACGAACCGTATGGGTT+TGG + Chr1:21812113-21812132 None:intergenic 55.0%
GACGACAGCACGAACCGTAT+GGG + Chr1:21812118-21812137 None:intergenic 55.0%
TGAGGATGGGGAAGTCGAGA+AGG - Chr1:21812965-21812984 MsG0180001469.01.T01:CDS 55.0%
! GCGGAGAAGCTTTGTGAGGA+TGG - Chr1:21812951-21812970 MsG0180001469.01.T01:CDS 55.0%
!! GGACGGATTGATGTAGCGGT+TGG - Chr1:21812762-21812781 MsG0180001469.01.T01:CDS 55.0%
CGACGACAGCACGAACCGTA+TGG + Chr1:21812119-21812138 None:intergenic 60.0%
! TGTCTCCGGTTCGAACCCTC+CGG - Chr1:21812161-21812180 MsG0180001469.01.T01:CDS 60.0%
!! GGTGCGTTTTGGTGGACCAG+TGG + Chr1:21811981-21812000 None:intergenic 60.0%
!! GGTGGCGGAGAAGCTTTGTG+AGG - Chr1:21812947-21812966 MsG0180001469.01.T01:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 21811712 21813352 21811712 ID=MsG0180001469.01;Name=MsG0180001469.01
Chr1 mRNA 21811712 21813352 21811712 ID=MsG0180001469.01.T01;Parent=MsG0180001469.01;Name=MsG0180001469.01.T01;_AED=0.18;_eAED=0.18;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|546
Chr1 exon 21811712 21813352 21811712 ID=MsG0180001469.01.T01:exon:13611;Parent=MsG0180001469.01.T01
Chr1 CDS 21811712 21813352 21811712 ID=MsG0180001469.01.T01:cds;Parent=MsG0180001469.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180001469.01.T01

ATGAGTTTCAGTTCGAAACACTTGAAGCTGTTAAGCAGAATCACTTTCTACCACAAGCTCCACTTACACTCACATACAACAACCTTCAACAACTCCTCAAACAACAATACCATAATCACTTCAATATCCAATTCATTCAGAACAAAACAAAACTGGGACACAATCACACACAAATTCACTTCCATCGAAATAACCCCTTCACTAGCTGAACAAATCTTACTAAATCTAAACAACCCAACCGATGCAAAAAACGCATTAAGTTTCTTCCACTGGTCCACCAAAACGCACCGTTTTCAACACACTCTTCATTCTTATTCCATTATCATCAATCTCTTACTCCATTCCAATCTAATAACCGACGCTAAAGCCTTACTCGAATCTCTTTCTCTTAAAAACACCCAAACCCATACGGTTCGTGCTGTCGTCGATTCTCTCTTAAAGGACTCTGTTGTCTCCGGTTCGAACCCTCCGGTTCTTGATCTGTTAATTAAAACCTATGCGAAAGCGAGGTTAATTGACGCTGCTTTCGATGTTATTCGTTATATCGATGAATTAGGATTTTGTATCGGTTTATCGAGTTTTAATGCTTTGCTTCATGTTGCACAGAGGTGTAATCGATTTGAAACTGTTTGGGAGGTTTATGGTTACATGATTGAGAAAAGAGTTTATCCTAATGTTGTTACTTTCAGGATTATGATTGATGCTCTTTGTAAAGAAGGATTGTTACAGAGGATTGTTGATAATGTTGATCGGATTGTTGGAAAGCGAAGTTCACATTCGCCTTCGGTTGTTGTTAATTTGAGTTTGATATTGAGAATGTTGGAAAAGGAGGGAGAAGAAGGTAAGTTAGTTAAGTTTGTTACACTGTTGAAGAGATTGTTGCAGAAGAATTTGATTGGTGATTCGGTTGCTTATTCGTTGATTGTTCATGTTAGAGTTAGGTTAGGGGATTTGGATTTTGCTTTGGAGATGTATAATGAGATGGTGAGAAGAGGTTTTAGTGAGAATTCGTTTGTTTACACCTCGTTTATACGAGCGTTTTGTGAGAAGGGACGGATTGATGTAGCGGTTGGATTGATGAGGGAAATGGAAGGGAAAGGGTTAAGGGCTTATCGTGAGACTTATGAATGTGTTATAGTTGGATGCGCGAATTTGGGACGGTTGAAAGAGTGTTGGAATGTTTTTGAGGATATGCTGAGTGCTGGGTTTGTTCCTTGTTGTTCATCGTTTAATAAGGTGGCGGAGAAGCTTTGTGAGGATGGGGAAGTCGAGAAGGTGAATGATATGTTGACTCTGTTGTTAGATAAAGGGTTTTTGCCGAGTGATGTTACTTATTCTGATTTGATAGATGGTTATGCGAGAAAAGACGAGGTTCAGGGAGTTCTTAAGATATATTATGAAATGGAGTATAAGTCTATGTGTCCTGGATTGTCTGTTTATTCATCAATGATCCAGTGTTTCTGCCGTCTTGGTAAGGTTGATGATGCAGAGAAGTATTTAAGGATTATGAAAATTCGATCGCTGGCTCCAAATGTGAGTATATATGAGACGTTGATCACTGGTCACATGCAGAAGGGAAACGACGAAAGGGCTGTTCAGCTTCGCAATGAAATGGCTTCATTGGAGTTGCAGAGTAGTTAG
Protein sequence

>MsG0180001469.01.T01

MSFSSKHLKLLSRITFYHKLHLHSHTTTFNNSSNNNTIITSISNSFRTKQNWDTITHKFTSIEITPSLAEQILLNLNNPTDAKNALSFFHWSTKTHRFQHTLHSYSIIINLLLHSNLITDAKALLESLSLKNTQTHTVRAVVDSLLKDSVVSGSNPPVLDLLIKTYAKARLIDAAFDVIRYIDELGFCIGLSSFNALLHVAQRCNRFETVWEVYGYMIEKRVYPNVVTFRIMIDALCKEGLLQRIVDNVDRIVGKRSSHSPSVVVNLSLILRMLEKEGEEGKLVKFVTLLKRLLQKNLIGDSVAYSLIVHVRVRLGDLDFALEMYNEMVRRGFSENSFVYTSFIRAFCEKGRIDVAVGLMREMEGKGLRAYRETYECVIVGCANLGRLKECWNVFEDMLSAGFVPCCSSFNKVAEKLCEDGEVEKVNDMLTLLLDKGFLPSDVTYSDLIDGYARKDEVQGVLKIYYEMEYKSMCPGLSVYSSMIQCFCRLGKVDDAEKYLRIMKIRSLAPNVSIYETLITGHMQKGNDERAVQLRNEMASLELQSS*