AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0480018334.01

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MsG0480018334.01.T01 AT3G09010 42.379 269 154 1 16 284 50 317 5.51e-75 235
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MsG0480018334.01.T01 AT3G25560 43.223 273 149 3 16 286 317 585 1.20e-69 227
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MsG0480018334.01.T01 AT5G18610 43.866 269 148 3 18 283 89 357 2.30e-69 224
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MsG0480018334.01.T01 AT4G13190 42.199 282 160 3 5 283 64 345 5.44e-68 216
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MsG0480018334.01.T01 AT3G13690 42.647 272 153 3 16 286 415 684 2.83e-67 223
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MsG0480018334.01.T01 AT4G23280 41.155 277 154 5 16 287 348 620 1.68e-66 219
MsG0480018334.01.T01 AT3G02810 40.299 268 155 3 18 280 70 337 1.85e-66 217
MsG0480018334.01.T01 AT1G26150 48.131 214 109 1 15 228 433 644 4.46e-66 218
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MsG0480018334.01.T01 AT2G13800 39.416 274 163 2 16 286 279 552 4.58e-66 217
MsG0480018334.01.T01 AT4G02630 39.427 279 165 2 15 289 165 443 4.82e-66 214
MsG0480018334.01.T01 AT4G23270 41.328 271 154 4 16 283 330 598 6.67e-66 218
MsG0480018334.01.T01 AT5G11020 41.155 277 159 3 8 283 76 349 7.06e-66 211
MsG0480018334.01.T01 AT1G29720 40.702 285 165 2 4 286 663 945 7.60e-66 222
MsG0480018334.01.T01 AT4G23270 41.328 271 154 4 16 283 330 598 8.11e-66 217
MsG0480018334.01.T01 AT4G23270 41.328 271 154 4 16 283 330 598 8.11e-66 217
MsG0480018334.01.T01 AT5G11020 40.794 277 160 3 8 283 99 372 8.39e-66 211
MsG0480018334.01.T01 AT1G29730 43.262 282 142 4 16 288 644 916 8.42e-66 222
MsG0480018334.01.T01 AT5G11020 41.155 277 159 3 8 283 103 376 1.00e-65 211
MsG0480018334.01.T01 AT5G11020 41.155 277 159 3 8 283 137 410 1.30e-65 212
MsG0480018334.01.T01 AT5G55830 41.176 272 157 3 18 286 371 642 1.51e-65 217
MsG0480018334.01.T01 AT1G53430 41.606 274 160 0 15 288 631 904 1.58e-65 221
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MsG0480018334.01.T01 AT3G45860 41.516 277 154 4 16 287 355 628 2.08e-65 217
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MsG0480018334.01.T01 AT1G55200 41.544 272 156 2 16 286 383 652 2.08e-65 217
MsG0480018334.01.T01 AT1G55200 41.544 272 156 2 16 286 383 652 2.08e-65 217
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MsG0480018334.01.T01 AT2G35620 43.173 271 146 5 18 286 310 574 1.29e-64 213
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MsG0480018334.01.T01 AT1G26970 39.649 285 154 7 13 284 84 363 1.39e-61 201
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MsG0480018334.01.T01 AT2G02800 38.869 283 158 5 13 283 84 363 1.48e-61 201
MsG0480018334.01.T01 AT4G11460 38.351 279 162 5 16 287 350 625 1.52e-61 207
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MsG0480018334.01.T01 AT4G23190 39.130 276 163 4 16 287 354 628 1.74e-61 206
MsG0480018334.01.T01 AT2G28250 38.889 288 161 6 18 292 216 501 1.81e-61 204
MsG0480018334.01.T01 AT2G28250 38.889 288 161 6 18 292 216 501 1.81e-61 204
MsG0480018334.01.T01 AT2G28250 38.889 288 161 6 18 292 216 501 1.81e-61 204
MsG0480018334.01.T01 AT2G28250 38.889 288 161 6 18 292 216 501 1.81e-61 204
MsG0480018334.01.T01 AT2G28250 38.889 288 161 6 18 292 216 501 1.81e-61 204
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MsG0480018334.01.T01 AT4G23200 39.855 276 159 4 16 287 340 612 2.15e-61 206
MsG0480018334.01.T01 AT5G16500 39.326 267 158 3 18 280 80 346 2.26e-61 205
MsG0480018334.01.T01 AT2G26290 38.849 278 158 5 16 284 92 366 2.36e-61 201
MsG0480018334.01.T01 AT2G07180 40.214 281 156 5 13 284 91 368 2.37e-61 201
MsG0480018334.01.T01 AT2G07180 40.214 281 156 5 13 284 91 368 2.37e-61 201
MsG0480018334.01.T01 AT4G23250 41.489 282 160 4 8 287 352 630 2.66e-61 209
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MsG0480018334.01.T01 AT5G02290 38.380 284 162 4 13 284 69 351 4.51e-61 199
MsG0480018334.01.T01 AT4G32000 40.221 271 155 4 16 283 133 399 5.51e-61 199
MsG0480018334.01.T01 AT4G32000 40.221 271 155 4 16 283 134 400 5.64e-61 199
MsG0480018334.01.T01 AT4G32300 37.050 278 173 2 9 285 490 766 5.93e-61 207
MsG0480018334.01.T01 AT4G23290 39.636 275 161 4 16 287 324 596 6.40e-61 204
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MsG0480018334.01.T01 AT4G23130 38.909 275 163 4 16 287 344 616 8.04e-61 204
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MsG0480018334.01.T01 AT1G06700 36.496 274 167 3 18 284 74 347 9.15e-61 197
MsG0480018334.01.T01 AT1G06700 36.496 274 167 3 18 284 74 347 9.15e-61 197
MsG0480018334.01.T01 AT4G23290 39.636 275 161 4 16 287 367 639 9.41e-61 205
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MsG0480018334.01.T01 AT2G30740 35.689 283 173 4 11 284 68 350 8.46e-60 195
MsG0480018334.01.T01 AT2G30740 35.689 283 173 4 11 284 68 350 8.46e-60 195
MsG0480018334.01.T01 AT2G30740 35.689 283 173 4 11 284 68 350 8.46e-60 195
MsG0480018334.01.T01 AT2G30740 35.689 283 173 4 11 284 68 350 8.46e-60 195
MsG0480018334.01.T01 AT2G30740 35.689 283 173 4 11 284 68 350 8.46e-60 195
MsG0480018334.01.T01 AT2G30740 35.689 283 173 4 11 284 68 350 8.46e-60 195
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MsG0480018334.01.T01 AT2G30740 35.689 283 173 4 11 284 68 350 8.46e-60 195
MsG0480018334.01.T01 AT2G30740 35.689 283 173 4 11 284 68 350 8.46e-60 195
MsG0480018334.01.T01 AT2G30740 35.689 283 173 4 11 284 68 350 8.46e-60 195
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MsG0480018334.01.T01 AT2G30740 35.689 283 173 4 11 284 68 350 8.46e-60 195
MsG0480018334.01.T01 AT2G30740 35.689 283 173 4 11 284 68 350 8.46e-60 195
MsG0480018334.01.T01 AT5G01540 40.076 262 152 2 26 286 381 638 9.94e-60 202
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MsG0480018334.01.T01 AT4G04540 41.667 276 150 5 15 287 356 623 1.47e-59 201
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MsG0480018334.01.T01 AT5G65700 38.462 286 164 7 5 283 685 965 3.26e-59 204
MsG0480018334.01.T01 AT4G27290 42.537 268 149 4 16 280 469 734 3.30e-59 202
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MsG0480018334.01.T01 AT1G29750 38.148 270 167 0 16 285 670 939 3.71e-59 204
MsG0480018334.01.T01 AT1G61390 41.697 271 150 4 16 283 524 789 3.87e-59 202
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MsG0480018334.01.T01 AT3G59350 35.689 283 173 4 11 284 110 392 4.04e-59 194
MsG0480018334.01.T01 AT4G27290 42.537 268 149 4 16 280 515 780 4.12e-59 202
MsG0480018334.01.T01 AT3G59350 35.689 283 173 4 11 284 125 407 4.39e-59 194
MsG0480018334.01.T01 AT3G53380 39.350 277 158 3 18 287 382 655 4.42e-59 201
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MsG0480018334.01.T01 AT2G47060 38.516 283 164 5 10 284 70 350 4.68e-59 193
MsG0480018334.01.T01 AT4G11470 39.362 282 154 6 15 287 342 615 4.88e-59 200
MsG0480018334.01.T01 AT4G11470 39.362 282 154 6 15 287 347 620 5.24e-59 200
MsG0480018334.01.T01 AT5G54590 38.043 276 143 5 18 283 119 376 6.27e-59 194
MsG0480018334.01.T01 AT5G54590 38.043 276 143 5 18 283 119 376 6.27e-59 194
MsG0480018334.01.T01 AT5G54590 38.043 276 143 5 18 283 119 376 6.27e-59 194
MsG0480018334.01.T01 AT4G04570 40.876 274 155 4 15 287 351 618 6.52e-59 199
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MsG0480018334.01.T01 AT4G28670 38.828 273 158 3 17 283 336 605 9.00e-59 198
MsG0480018334.01.T01 AT1G77280 38.909 275 164 3 15 286 407 680 9.17e-59 200
MsG0480018334.01.T01 AT1G77280 38.909 275 164 3 15 286 407 680 9.17e-59 200
MsG0480018334.01.T01 AT5G40380 40.000 280 158 4 11 283 312 588 9.54e-59 199
MsG0480018334.01.T01 AT3G49670 39.161 286 162 7 5 283 681 961 9.68e-59 202
MsG0480018334.01.T01 AT2G01950 39.731 297 157 5 18 293 844 1139 1.02e-58 202
MsG0480018334.01.T01 AT3G08870 39.259 270 159 2 18 286 374 639 1.02e-58 199
MsG0480018334.01.T01 AT5G03140 38.267 277 159 5 18 287 380 651 1.09e-58 199
MsG0480018334.01.T01 AT4G29050 40.143 279 156 7 13 285 345 618 1.13e-58 199
MsG0480018334.01.T01 AT3G28690 36.972 284 164 4 13 284 27 307 1.25e-58 192
MsG0480018334.01.T01 AT2G39660 39.437 284 159 4 13 284 68 350 1.43e-58 192
MsG0480018334.01.T01 AT3G46330 40.149 269 156 3 18 284 572 837 1.52e-58 201
MsG0480018334.01.T01 AT4G29050 40.511 274 152 7 18 285 364 632 1.55e-58 199
MsG0480018334.01.T01 AT3G08870 39.259 270 159 2 18 286 395 660 1.59e-58 199
MsG0480018334.01.T01 AT2G37050 38.007 271 166 2 11 279 602 872 1.67e-58 201
MsG0480018334.01.T01 AT3G46330 40.149 269 156 3 18 284 548 813 1.69e-58 201
MsG0480018334.01.T01 AT3G16030 39.362 282 163 5 16 292 408 686 1.77e-58 199
MsG0480018334.01.T01 AT2G37050 38.007 271 166 2 11 279 603 873 1.82e-58 201
MsG0480018334.01.T01 AT4G23150 37.956 274 168 2 15 287 339 611 1.98e-58 198
MsG0480018334.01.T01 AT1G61420 39.560 273 163 2 16 287 498 769 2.20e-58 200
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MsG0480018334.01.T01 AT1G61420 39.560 273 163 2 16 287 500 771 2.21e-58 200
MsG0480018334.01.T01 AT4G23220 38.768 276 161 5 16 287 341 612 2.28e-58 198
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MsG0480018334.01.T01 AT5G03320 35.971 278 164 6 18 283 87 362 2.30e-58 192
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MsG0480018334.01.T01 AT1G61430 39.781 274 163 2 15 287 469 741 2.67e-58 199
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MsG0480018334.01.T01 AT4G00330 37.544 285 160 5 17 289 124 402 1.55e-56 187
MsG0480018334.01.T01 AT3G46420 38.628 277 166 3 9 284 528 801 1.62e-56 195
MsG0480018334.01.T01 AT4G23210 36.396 283 166 4 11 287 357 631 1.64e-56 193
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MsG0480018334.01.T01 AT3G59350 36.694 248 150 3 18 258 119 366 1.70e-56 186
MsG0480018334.01.T01 AT2G39360 38.144 291 164 5 11 290 484 769 1.78e-56 195
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MsG0480018334.01.T01 AT1G67520 38.947 285 162 6 15 292 499 778 1.92e-56 195
MsG0480018334.01.T01 AT2G47060 39.689 257 145 5 10 258 70 324 2.12e-56 187
MsG0480018334.01.T01 AT5G37450 41.007 278 143 6 16 284 611 876 2.35e-56 195
MsG0480018334.01.T01 AT4G20450 37.818 275 167 3 11 284 590 861 2.74e-56 195
MsG0480018334.01.T01 AT1G67520 38.947 285 162 6 15 292 506 785 2.74e-56 194
MsG0480018334.01.T01 AT4G21410 38.489 278 164 4 15 287 360 635 2.81e-56 192
MsG0480018334.01.T01 AT5G37450 41.007 278 143 6 16 284 635 900 3.07e-56 195
MsG0480018334.01.T01 AT1G11350 38.909 275 166 2 16 289 516 789 3.18e-56 194
MsG0480018334.01.T01 AT1G52310 39.051 274 161 6 16 284 271 543 3.21e-56 190
MsG0480018334.01.T01 AT1G61430 39.350 277 163 3 15 287 492 767 3.22e-56 194
MsG0480018334.01.T01 AT3G55450 39.085 284 159 5 13 283 62 344 3.28e-56 186
MsG0480018334.01.T01 AT3G59420 40.590 271 155 4 18 284 518 786 3.46e-56 194
MsG0480018334.01.T01 AT1G07570 38.028 284 163 4 13 284 69 351 3.58e-56 187
MsG0480018334.01.T01 AT1G07570 38.028 284 163 4 13 284 69 351 3.58e-56 187
MsG0480018334.01.T01 AT1G07570 38.028 284 163 4 13 284 69 351 3.58e-56 187
MsG0480018334.01.T01 AT5G37450 41.007 278 143 6 16 284 659 924 3.61e-56 195
MsG0480018334.01.T01 AT2G28930 37.324 284 165 4 13 284 70 352 3.75e-56 187
MsG0480018334.01.T01 AT2G28930 37.324 284 165 4 13 284 73 355 4.03e-56 187
MsG0480018334.01.T01 AT1G49100 37.591 274 167 3 11 283 580 850 4.22e-56 194
MsG0480018334.01.T01 AT1G17750 39.373 287 152 6 11 281 791 1071 4.63e-56 195
MsG0480018334.01.T01 AT1G07570 38.028 284 163 4 13 284 80 362 5.60e-56 186
MsG0480018334.01.T01 AT2G28930 37.324 284 165 4 13 284 81 363 5.87e-56 186
MsG0480018334.01.T01 AT5G16900 37.091 275 169 3 11 284 386 657 7.18e-56 191
MsG0480018334.01.T01 AT5G65530 37.634 279 161 7 15 288 147 417 7.44e-56 187
MsG0480018334.01.T01 AT2G29000 38.182 275 166 3 11 284 564 835 8.26e-56 193
MsG0480018334.01.T01 AT1G75820 37.500 288 162 7 13 289 693 973 8.30e-56 194
MsG0480018334.01.T01 AT1G61490 38.828 273 165 2 16 287 494 765 8.31e-56 193
MsG0480018334.01.T01 AT1G61490 38.828 273 165 2 16 287 494 765 8.31e-56 193
MsG0480018334.01.T01 AT1G61490 38.828 273 165 2 16 287 494 765 8.31e-56 193
MsG0480018334.01.T01 AT1G61490 38.828 273 165 2 16 287 494 765 8.31e-56 193
MsG0480018334.01.T01 AT1G61490 38.828 273 165 2 16 287 468 739 8.37e-56 192
MsG0480018334.01.T01 AT1G61490 38.828 273 165 2 16 287 468 739 8.37e-56 192
MsG0480018334.01.T01 AT3G55450 39.085 284 159 5 13 283 99 381 9.22e-56 186
MsG0480018334.01.T01 AT1G51805 38.007 271 164 3 11 280 576 843 1.16e-55 193
MsG0480018334.01.T01 AT1G51805 38.007 271 164 3 11 280 552 819 1.18e-55 193
MsG0480018334.01.T01 AT5G63930 37.413 286 158 7 11 283 737 1014 1.25e-55 194
MsG0480018334.01.T01 AT4G38830 40.072 277 161 4 15 287 347 622 1.29e-55 191
MsG0480018334.01.T01 AT5G24080 35.943 281 180 0 9 289 400 680 1.30e-55 192
MsG0480018334.01.T01 AT5G24080 35.943 281 180 0 9 289 400 680 1.30e-55 192
MsG0480018334.01.T01 AT1G79620 39.927 273 149 5 16 281 642 906 1.34e-55 193
MsG0480018334.01.T01 AT4G13190 42.920 226 127 2 5 228 64 289 1.44e-55 182
MsG0480018334.01.T01 AT5G63930 37.413 286 158 7 11 283 801 1078 1.45e-55 194
MsG0480018334.01.T01 AT3G05140 41.392 273 151 5 15 285 146 411 1.47e-55 186
MsG0480018334.01.T01 AT1G79620 39.927 273 149 5 16 281 668 932 1.52e-55 193
MsG0480018334.01.T01 AT5G59260 36.861 274 169 3 13 285 356 626 1.61e-55 190
MsG0480018334.01.T01 AT1G11340 42.182 275 144 7 16 283 519 785 1.68e-55 192
MsG0480018334.01.T01 AT1G51810 36.237 287 175 4 11 292 449 732 1.84e-55 191
MsG0480018334.01.T01 AT4G00960 43.939 198 107 2 16 210 60 256 2.22e-55 181
MsG0480018334.01.T01 AT1G51830 36.900 271 167 3 11 280 392 659 2.41e-55 190
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MsG0480018334.01.T01 AT2G04300 37.638 271 165 3 11 280 540 807 2.70e-55 192
MsG0480018334.01.T01 AT3G45430 38.545 275 158 4 15 285 347 614 3.17e-55 189
MsG0480018334.01.T01 AT3G45430 38.545 275 158 4 15 285 347 614 3.17e-55 189
MsG0480018334.01.T01 AT3G45430 38.545 275 158 4 15 285 347 614 3.17e-55 189
MsG0480018334.01.T01 AT3G05140 41.392 273 151 5 15 285 194 459 3.19e-55 186
MsG0480018334.01.T01 AT5G10520 36.594 276 164 6 15 286 156 424 3.24e-55 186

Find 68 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 136 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CAAACCCAATAATGTGTTAT+TGG 0.179587 4:-3480455 MsG0480018334.01.T01:CDS
TGAATCCAATAACACATTAT+TGG 0.208685 4:+3480450 None:intergenic
TGCAGTTGAAATTGAGATAT+TGG 0.222026 4:-3481098 MsG0480018334.01.T01:CDS
GGACTTTGGCAATGTGTATT+GGG 0.232529 4:-3481295 MsG0480018334.01.T01:CDS
TGGGAGAACAAGTTAAAATT+TGG 0.241546 4:+3480992 None:intergenic
TAGCTTTGGTATCCTCCTTC+TGG 0.244272 4:-3480278 MsG0480018334.01.T01:CDS
CGAGCTCGAATCGGTGGTTT+CGG 0.260084 4:-3480421 MsG0480018334.01.T01:CDS
CAGTGAAAAGATTGAAAGTT+TGG 0.260248 4:-3481144 MsG0480018334.01.T01:CDS
TTACCTGATATAGCATATTC+TGG 0.282189 4:+3480325 None:intergenic
GAATCCAATAACACATTATT+GGG 0.288219 4:+3480451 None:intergenic
ATTGCTGATCCAAGACTAAA+TGG 0.307960 4:-3480151 MsG0480018334.01.T01:CDS
CTTAAAAGAGTTGTTATTGC+TGG 0.310747 4:-3480109 MsG0480018334.01.T01:CDS
TATTGGGTTTGATATCTCTA+TGG 0.311038 4:+3480467 None:intergenic
GTCACTTGTGTTGCTCCATC+AGG 0.318625 4:+3480382 None:intergenic
CAGCAGAATGCCTTCTTGAT+TGG 0.333568 4:-3480952 MsG0480018334.01.T01:CDS
TGAAGAAAACAATAGTTGAT+TGG 0.346166 4:-3480210 MsG0480018334.01.T01:CDS
GAGCTCGAATCGGTGGTTTC+GGG 0.370150 4:-3480420 MsG0480018334.01.T01:CDS
GGGACTTTGGCAATGTGTAT+TGG 0.373728 4:-3481296 MsG0480018334.01.T01:CDS
GCACCAGAATATGCTATATC+AGG 0.378061 4:-3480328 MsG0480018334.01.T01:CDS
ACAAGTGACTGCAAATGTTA+AGG 0.381788 4:-3480368 MsG0480018334.01.T01:CDS
GAAGAAAACAATAGTTGATT+GGG 0.392814 4:-3480209 MsG0480018334.01.T01:CDS
CAAGTGACTGCAAATGTTAA+GGG 0.416430 4:-3480367 MsG0480018334.01.T01:CDS
AATTAACCGTTCTTGTCCTT+CGG 0.421945 4:+3481030 None:intergenic
AGTTGTGATGTTTATAGCTT+TGG 0.426376 4:-3480292 MsG0480018334.01.T01:CDS
AAGCTTGGAGAAGGGGACTT+TGG 0.434500 4:-3481309 MsG0480018334.01.T01:CDS
ATGTGTATTGGGGCCAACTT+TGG 0.446689 4:-3481284 MsG0480018334.01.T01:CDS
TTTGGAGCAACAAAGCAGAT+AGG 0.452076 4:-3481126 MsG0480018334.01.T01:CDS
CTTGAGATCCATTCCAAAGT+TGG 0.453491 4:+3481271 None:intergenic
TTCAGCTATGACAACAAGCT+TGG 0.457752 4:-3481324 MsG0480018334.01.T01:intron
GCAAATGTTAAGGGTACCTT+AGG 0.464950 4:-3480358 MsG0480018334.01.T01:CDS
TCGGTGGTTTCGGGTTCGCT+AGG 0.473749 4:-3480411 MsG0480018334.01.T01:CDS
CTGATCGTGGTTCATGAAGA+TGG 0.477168 4:+3480972 None:intergenic
TCAGATTTCCGAGCTCGAAT+CGG 0.483622 4:-3480430 MsG0480018334.01.T01:CDS
AGTTGATTGGGCATTGCCAT+TGG 0.495620 4:-3480197 MsG0480018334.01.T01:CDS
TTCGCTAGGTTGATCCCTGA+TGG 0.500148 4:-3480397 MsG0480018334.01.T01:CDS
ACATAGTTACCATTTAGTCT+TGG 0.501676 4:+3480142 None:intergenic
GGATGATACGTGGCGTTGCT+TGG 0.510236 4:+3480488 None:intergenic
GATTTCCGAGCTCGAATCGG+TGG 0.514011 4:-3480427 MsG0480018334.01.T01:CDS
TGATGTGGTTGAGTTATTGA+AGG 0.514818 4:-3480041 MsG0480018334.01.T01:CDS
TTGGAGCAACAAAGCAGATA+GGG 0.519754 4:-3481125 MsG0480018334.01.T01:CDS
CGACGAATGAATATTGCCAT+TGG 0.524229 4:-3480926 MsG0480018334.01.T01:CDS
TATGACAACAAGCTTGGAGA+AGG 0.532592 4:-3481318 MsG0480018334.01.T01:CDS
ATTGCCATTGGATGCGCTGA+AGG 0.538378 4:-3480914 MsG0480018334.01.T01:CDS
GACTTTGGCAATGTGTATTG+GGG 0.551362 4:-3481294 MsG0480018334.01.T01:CDS
AATTTCTTCTCACAAACCAA+TGG 0.562045 4:+3480181 None:intergenic
TCACTTGTGTTGCTCCATCA+GGG 0.564856 4:+3480383 None:intergenic
TTCTGGTGCAACATAGCCTA+AGG 0.567191 4:+3480342 None:intergenic
TGACAACAAGCTTGGAGAAG+GGG 0.573068 4:-3481316 MsG0480018334.01.T01:CDS
CTCCTTCTGGAACTAGCTAG+TGG 0.573511 4:-3480265 MsG0480018334.01.T01:CDS
ATGACAACAAGCTTGGAGAA+GGG 0.577846 4:-3481317 MsG0480018334.01.T01:CDS
TATTGGGGCCAACTTTGGAA+TGG 0.581480 4:-3481279 MsG0480018334.01.T01:CDS
CGAAACCACCGATTCGAGCT+CGG 0.582431 4:+3480422 None:intergenic
TTCGTCGATTCCAATCAAGA+AGG 0.589298 4:+3480942 None:intergenic
TCCCACTAGCTAGTTCCAGA+AGG 0.601008 4:+3480263 None:intergenic
TTACGTGGATATTGTGCCGA+AGG 0.603681 4:-3481046 MsG0480018334.01.T01:CDS
TCAACCACATCAAGCATGGT+AGG 0.611246 4:+3480052 None:intergenic
TCCTTCTGGAACTAGCTAGT+GGG 0.615943 4:-3480264 MsG0480018334.01.T01:CDS
TAACTCAACCACATCAAGCA+TGG 0.623221 4:+3480048 None:intergenic
AAGAATCTTATTAGTTTACG+TGG 0.624920 4:-3481061 MsG0480018334.01.T01:CDS
GTTGCGGAAATACTTCGGAT+CGG 0.629007 4:-3482262 MsG0480018334.01.T01:intron
CACTAGCTAGTTCCAGAAGG+AGG 0.630116 4:+3480266 None:intergenic
GATGTGGTTGAGTTATTGAA+GGG 0.633368 4:-3480040 MsG0480018334.01.T01:CDS
TGATCGTGGTTCATGAAGAT+GGG 0.639395 4:+3480973 None:intergenic
AACTCCTTCAGCGCATCCAA+TGG 0.645259 4:+3480910 None:intergenic
AGAAGGCATTCTGCTGATCG+TGG 0.645386 4:+3480959 None:intergenic
AAGACCTACCATGCTTGATG+TGG 0.688812 4:-3480056 MsG0480018334.01.T01:CDS
ATATCTCTATGGATGATACG+TGG 0.724450 4:+3480478 None:intergenic
ATTGTGCCGAAGGACAAGAA+CGG 0.750584 4:-3481036 MsG0480018334.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAGGAAAATAAATAAATAAT+AGG - Chr4:3480748-3480767 MsG0480018334.01.T01:intron 10.0%
!! AGGAAAATAAATAAATAATA+GGG - Chr4:3480749-3480768 MsG0480018334.01.T01:intron 10.0%
!! TTATCATATATTTGTTTATT+AGG - Chr4:3480459-3480478 MsG0480018334.01.T01:CDS 10.0%
!!! AAAAATTGATATATTTCTAA+AGG - Chr4:3480393-3480412 MsG0480018334.01.T01:CDS 10.0%
!!! AAAATTGATATATTTCTAAA+GGG - Chr4:3480394-3480413 MsG0480018334.01.T01:CDS 10.0%
!! GGAAAATAAATAAATAATAG+GGG - Chr4:3480750-3480769 MsG0480018334.01.T01:intron 15.0%
!!! AAATTGATATATTTCTAAAG+GGG - Chr4:3480395-3480414 MsG0480018334.01.T01:CDS 15.0%
!!! GAAAAAAAAGTATTAGAAAA+GGG - Chr4:3480516-3480535 MsG0480018334.01.T01:intron 15.0%
!! AAACTTAGTCATAATTCATA+AGG + Chr4:3480601-3480620 None:intergenic 20.0%
!! AAATAATTGTTCATGTTGTT+TGG - Chr4:3480073-3480092 MsG0480018334.01.T01:CDS 20.0%
!! AAATATATTGCATCTAAACT+TGG - Chr4:3480421-3480440 MsG0480018334.01.T01:CDS 20.0%
!! AACTTAGTCATAATTCATAA+GGG + Chr4:3480600-3480619 None:intergenic 20.0%
!! AATATATTGCATCTAAACTT+GGG - Chr4:3480422-3480441 MsG0480018334.01.T01:CDS 20.0%
!! ATAGTAAAAAAGTCGTATTT+GGG + Chr4:3481537-3481556 None:intergenic 20.0%
!! TGGGAAAAAATCAATTATAA+AGG - Chr4:3482039-3482058 MsG0480018334.01.T01:intron 20.0%
!! TGTATTGTATTATACATGTA+GGG - Chr4:3480256-3480275 MsG0480018334.01.T01:CDS 20.0%
!! TTGTATTGTATTATACATGT+AGG - Chr4:3480255-3480274 MsG0480018334.01.T01:CDS 20.0%
!!! AATTGATATATTTCTAAAGG+GGG - Chr4:3480396-3480415 MsG0480018334.01.T01:CDS 20.0%
!!! CTTTTATAAGCTGAATAAAT+AGG + Chr4:3480304-3480323 None:intergenic 20.0%
!!! GGAAAAAAAAGTATTAGAAA+AGG - Chr4:3480515-3480534 MsG0480018334.01.T01:intron 20.0%
! GAAGAAAACAATAGTTGATT+GGG - Chr4:3482075-3482094 MsG0480018334.01.T01:intron 25.0%
! GAATCCAATAACACATTATT+GGG + Chr4:3481836-3481855 None:intergenic 25.0%
! GATAGTAAAAAAGTCGTATT+TGG + Chr4:3481538-3481557 None:intergenic 25.0%
! GTTTACAACTTATTAATGCA+TGG - Chr4:3480617-3480636 MsG0480018334.01.T01:intron 25.0%
! TAGTAAAAAAGTCGTATTTG+GGG + Chr4:3481536-3481555 None:intergenic 25.0%
! TGAAGAAAACAATAGTTGAT+TGG - Chr4:3482074-3482093 MsG0480018334.01.T01:intron 25.0%
! TGAATCCAATAACACATTAT+TGG + Chr4:3481837-3481856 None:intergenic 25.0%
!! AACTATTGTTTTCTTCAATG+TGG + Chr4:3482071-3482090 None:intergenic 25.0%
!! AAGAATCTTATTAGTTTACG+TGG - Chr4:3481223-3481242 MsG0480018334.01.T01:intron 25.0%
!! GCATGAACTTCAATAATTTT+AGG + Chr4:3481445-3481464 None:intergenic 25.0%
!! TATTGAAGTTCATGCTATTT+AGG - Chr4:3481450-3481469 MsG0480018334.01.T01:intron 25.0%
!! TCTCTCAAAAAAACTGTTTT+AGG - Chr4:3481728-3481747 MsG0480018334.01.T01:intron 25.0%
!! TTTTCTTGATAAGGACTTAA+GGG + Chr4:3480782-3480801 None:intergenic 25.0%
!! TTTTTCTTGATAAGGACTTA+AGG + Chr4:3480783-3480802 None:intergenic 25.0%
!!! TTTCATTGAGTTTTTTTACC+TGG - Chr4:3480663-3480682 MsG0480018334.01.T01:intron 25.0%
AATTTCTTCTCACAAACCAA+TGG + Chr4:3482106-3482125 None:intergenic 30.0%
ACATAGTTACCATTTAGTCT+TGG + Chr4:3482145-3482164 None:intergenic 30.0%
AGGAAAAGGCTATTAAATCT+TGG - Chr4:3481620-3481639 MsG0480018334.01.T01:intron 30.0%
AGTCTAAGTTACTAAGGAAA+AGG - Chr4:3481606-3481625 MsG0480018334.01.T01:intron 30.0%
AGTTGTGATGTTTATAGCTT+TGG - Chr4:3481992-3482011 MsG0480018334.01.T01:intron 30.0%
CAAACCCAATAATGTGTTAT+TGG - Chr4:3481829-3481848 MsG0480018334.01.T01:intron 30.0%
CAGTGAAAAGATTGAAAGTT+TGG - Chr4:3481140-3481159 MsG0480018334.01.T01:CDS 30.0%
GTTCACATTAAAATCATACG+AGG + Chr4:3480196-3480215 None:intergenic 30.0%
TATTGGGTTTGATATCTCTA+TGG + Chr4:3481820-3481839 None:intergenic 30.0%
TCCTTAGTAACTTAGACTTT+GGG + Chr4:3481604-3481623 None:intergenic 30.0%
TGCAGTTGAAATTGAGATAT+TGG - Chr4:3481186-3481205 MsG0480018334.01.T01:intron 30.0%
TGGGAGAACAAGTTAAAATT+TGG + Chr4:3481295-3481314 None:intergenic 30.0%
TTAATGTGAACAAACTTTGC+AGG - Chr4:3480205-3480224 MsG0480018334.01.T01:CDS 30.0%
TTACCTGATATAGCATATTC+TGG + Chr4:3481962-3481981 None:intergenic 30.0%
TTCCTTAGTAACTTAGACTT+TGG + Chr4:3481605-3481624 None:intergenic 30.0%
! AGATTGTGTGTGATTTTAAG+AGG - Chr4:3480494-3480513 MsG0480018334.01.T01:CDS 30.0%
! CTTAAAAGAGTTGTTATTGC+TGG - Chr4:3482175-3482194 MsG0480018334.01.T01:intron 30.0%
! CTTATCAAGAAAAAGCACAA+TGG - Chr4:3480789-3480808 MsG0480018334.01.T01:intron 30.0%
! TAGAAAAGGGTTTAAGATCA+GGG - Chr4:3480529-3480548 MsG0480018334.01.T01:intron 30.0%
! TTAGAAAAGGGTTTAAGATC+AGG - Chr4:3480528-3480547 MsG0480018334.01.T01:intron 30.0%
! TTCTTGAAGATTTTGCAGTT+AGG + Chr4:3481496-3481515 None:intergenic 30.0%
! TTTAAGATCAGGGTTAATCT+AGG - Chr4:3480539-3480558 MsG0480018334.01.T01:intron 30.0%
!!! CATTGTGCTTTTTCTTGATA+AGG + Chr4:3480791-3480810 None:intergenic 30.0%
!!! GAGTACTAGCTTTAGTTTTT+CGG - Chr4:3481401-3481420 MsG0480018334.01.T01:intron 30.0%
!!! TAGCTTTAGTTTTTCGGATT+CGG - Chr4:3481407-3481426 MsG0480018334.01.T01:intron 30.0%
!!! TTGTGCAAGAGTTTTAGATT+TGG + Chr4:3481699-3481718 None:intergenic 30.0%
!!! TTTTTTACCTGGAGATAACT+TGG - Chr4:3480674-3480693 MsG0480018334.01.T01:intron 30.0%
AATTAACCGTTCTTGTCCTT+CGG + Chr4:3481257-3481276 None:intergenic 35.0%
ACAAGTGACTGCAAATGTTA+AGG - Chr4:3481916-3481935 MsG0480018334.01.T01:intron 35.0%
ATATCTCTATGGATGATACG+TGG + Chr4:3481809-3481828 None:intergenic 35.0%
ATTGCTGATCCAAGACTAAA+TGG - Chr4:3482133-3482152 MsG0480018334.01.T01:intron 35.0%
CAAGTGACTGCAAATGTTAA+GGG - Chr4:3481917-3481936 MsG0480018334.01.T01:intron 35.0%
GATGTGGTTGAGTTATTGAA+GGG - Chr4:3482244-3482263 MsG0480018334.01.T01:intron 35.0%
TGATGTGGTTGAGTTATTGA+AGG - Chr4:3482243-3482262 MsG0480018334.01.T01:intron 35.0%
!! GTTTTGTTGCGGAAATACTT+CGG - Chr4:3480017-3480036 MsG0480018334.01.T01:CDS 35.0%
!!! ATGGCTTTTTGGTTTTGTTG+CGG - Chr4:3480006-3480025 MsG0480018334.01.T01:CDS 35.0%
ACTCAATGAAACACACACCT+TGG + Chr4:3480654-3480673 None:intergenic 40.0%
AGTACTTCCAAGTTATCTCC+AGG + Chr4:3480684-3480703 None:intergenic 40.0%
ATCTATTGATGCAGCACAAG+AGG - Chr4:3480871-3480890 MsG0480018334.01.T01:intron 40.0%
ATGACAACAAGCTTGGAGAA+GGG - Chr4:3480967-3480986 MsG0480018334.01.T01:CDS 40.0%
CATCTAAACTTGGGTGCTTA+TGG - Chr4:3480431-3480450 MsG0480018334.01.T01:CDS 40.0%
CGACGAATGAATATTGCCAT+TGG - Chr4:3481358-3481377 MsG0480018334.01.T01:intron 40.0%
CTTGAGATCCATTCCAAAGT+TGG + Chr4:3481016-3481035 None:intergenic 40.0%
GACTTTGGCAATGTGTATTG+GGG - Chr4:3480990-3481009 MsG0480018334.01.T01:CDS 40.0%
GAGGAAGTGAACGATTTAGA+TGG - Chr4:3480893-3480912 MsG0480018334.01.T01:intron 40.0%
GCACCAGAATATGCTATATC+AGG - Chr4:3481956-3481975 MsG0480018334.01.T01:intron 40.0%
GCCCAAAGTCTAAGTTACTA+AGG - Chr4:3481600-3481619 MsG0480018334.01.T01:intron 40.0%
GGACTTTGGCAATGTGTATT+GGG - Chr4:3480989-3481008 MsG0480018334.01.T01:CDS 40.0%
TAACTCAACCACATCAAGCA+TGG + Chr4:3482239-3482258 None:intergenic 40.0%
TAGGGATGAAGTTCGAACTT+CGG - Chr4:3480274-3480293 MsG0480018334.01.T01:CDS 40.0%
TATGACAACAAGCTTGGAGA+AGG - Chr4:3480966-3480985 MsG0480018334.01.T01:CDS 40.0%
TGATCGTGGTTCATGAAGAT+GGG + Chr4:3481314-3481333 None:intergenic 40.0%
TTCAGCTATGACAACAAGCT+TGG - Chr4:3480960-3480979 MsG0480018334.01.T01:CDS 40.0%
TTGGAGCAACAAAGCAGATA+GGG - Chr4:3481159-3481178 MsG0480018334.01.T01:intron 40.0%
! TTTGGAGCAACAAAGCAGAT+AGG - Chr4:3481158-3481177 MsG0480018334.01.T01:intron 40.0%
!! GAATCGTGCTACTTTCAGTA+GGG - Chr4:3481574-3481593 MsG0480018334.01.T01:intron 40.0%
!! GCAAATGTTAAGGGTACCTT+AGG - Chr4:3481926-3481945 MsG0480018334.01.T01:intron 40.0%
!! TGAATCGTGCTACTTTCAGT+AGG - Chr4:3481573-3481592 MsG0480018334.01.T01:intron 40.0%
!! TTCGTCGATTCCAATCAAGA+AGG + Chr4:3481345-3481364 None:intergenic 40.0%
AAGACCTACCATGCTTGATG+TGG - Chr4:3482228-3482247 MsG0480018334.01.T01:intron 45.0%
AGTGAACGATTTAGATGGCG+CGG - Chr4:3480898-3480917 MsG0480018334.01.T01:intron 45.0%
ATGTGTATTGGGGCCAACTT+TGG - Chr4:3481000-3481019 MsG0480018334.01.T01:CDS 45.0%
ATTGTGCCGAAGGACAAGAA+CGG - Chr4:3481248-3481267 MsG0480018334.01.T01:intron 45.0%
CAGCAGAATGCCTTCTTGAT+TGG - Chr4:3481332-3481351 MsG0480018334.01.T01:intron 45.0%
CTGATCGTGGTTCATGAAGA+TGG + Chr4:3481315-3481334 None:intergenic 45.0%
GAAACACACACCTTGGTGAA+TGG + Chr4:3480647-3480666 None:intergenic 45.0%
GGGACTTTGGCAATGTGTAT+TGG - Chr4:3480988-3481007 MsG0480018334.01.T01:CDS 45.0%
GTTGCGGAAATACTTCGGAT+CGG - Chr4:3480022-3480041 MsG0480018334.01.T01:CDS 45.0%
TATTGATGCAGCACAAGAGG+AGG - Chr4:3480874-3480893 MsG0480018334.01.T01:intron 45.0%
TCAACCACATCAAGCATGGT+AGG + Chr4:3482235-3482254 None:intergenic 45.0%
TCAGATTTCCGAGCTCGAAT+CGG - Chr4:3481854-3481873 MsG0480018334.01.T01:intron 45.0%
TGACAACAAGCTTGGAGAAG+GGG - Chr4:3480968-3480987 MsG0480018334.01.T01:CDS 45.0%
TTACGTGGATATTGTGCCGA+AGG - Chr4:3481238-3481257 MsG0480018334.01.T01:intron 45.0%
TTCTGGTGCAACATAGCCTA+AGG + Chr4:3481945-3481964 None:intergenic 45.0%
! AGCATGGTAGGTCTTTTCTC+AGG + Chr4:3482223-3482242 None:intergenic 45.0%
! AGTTGATTGGGCATTGCCAT+TGG - Chr4:3482087-3482106 MsG0480018334.01.T01:intron 45.0%
! TATTGGGGCCAACTTTGGAA+TGG - Chr4:3481005-3481024 MsG0480018334.01.T01:CDS 45.0%
! TCACTTGTGTTGCTCCATCA+GGG + Chr4:3481904-3481923 None:intergenic 45.0%
!! TAGCTTTGGTATCCTCCTTC+TGG - Chr4:3482006-3482025 MsG0480018334.01.T01:intron 45.0%
!! TCCTTCTGGAACTAGCTAGT+GGG - Chr4:3482020-3482039 MsG0480018334.01.T01:intron 45.0%
!!! TTTTTTAGATATATATAAAA+AGG - Chr4:3480729-3480748 MsG0480018334.01.T01:intron 5.0%
AACTCCTTCAGCGCATCCAA+TGG + Chr4:3481377-3481396 None:intergenic 50.0%
AAGCTTGGAGAAGGGGACTT+TGG - Chr4:3480975-3480994 MsG0480018334.01.T01:CDS 50.0%
ATTGCCATTGGATGCGCTGA+AGG - Chr4:3481370-3481389 MsG0480018334.01.T01:intron 50.0%
CACACACCTTGGTGAATGGT+TGG + Chr4:3480643-3480662 None:intergenic 50.0%
CACTAGCTAGTTCCAGAAGG+AGG + Chr4:3482021-3482040 None:intergenic 50.0%
GTGAACGATTTAGATGGCGC+GGG - Chr4:3480899-3480918 MsG0480018334.01.T01:intron 50.0%
TCCCACTAGCTAGTTCCAGA+AGG + Chr4:3482024-3482043 None:intergenic 50.0%
! GTCACTTGTGTTGCTCCATC+AGG + Chr4:3481905-3481924 None:intergenic 50.0%
!! AGAAGGCATTCTGCTGATCG+TGG + Chr4:3481328-3481347 None:intergenic 50.0%
!! CGTGCTACTTTCAGTAGGGT+CGG - Chr4:3481578-3481597 MsG0480018334.01.T01:intron 50.0%
!! CTCCTTCTGGAACTAGCTAG+TGG - Chr4:3482019-3482038 MsG0480018334.01.T01:intron 50.0%
!! TTCGCTAGGTTGATCCCTGA+TGG - Chr4:3481887-3481906 MsG0480018334.01.T01:intron 50.0%
CGAGCTCGAATCGGTGGTTT+CGG - Chr4:3481863-3481882 MsG0480018334.01.T01:intron 55.0%
GAGCTCGAATCGGTGGTTTC+GGG - Chr4:3481864-3481883 MsG0480018334.01.T01:intron 55.0%
GATTTCCGAGCTCGAATCGG+TGG - Chr4:3481857-3481876 MsG0480018334.01.T01:intron 55.0%
GCATGGCCAACCATTCACCA+AGG - Chr4:3480634-3480653 MsG0480018334.01.T01:intron 55.0%
GGATGATACGTGGCGTTGCT+TGG + Chr4:3481799-3481818 None:intergenic 55.0%
! GGCGCGGGTGTTTTCTTTGA+AGG - Chr4:3480914-3480933 MsG0480018334.01.T01:CDS 55.0%
!! CGAAACCACCGATTCGAGCT+CGG + Chr4:3481865-3481884 None:intergenic 55.0%
!! TCGGTGGTTTCGGGTTCGCT+AGG - Chr4:3481873-3481892 MsG0480018334.01.T01:intron 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr4 gene 3480006 3482300 3480006 ID=MsG0480018334.01;Name=MsG0480018334.01
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Chr4 exon 3482263 3482300 3482263 ID=MsG0480018334.01.T01:exon:1003;Parent=MsG0480018334.01.T01
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Chr4 CDS 3480006 3480522 3480006 ID=MsG0480018334.01.T01:cds;Parent=MsG0480018334.01.T01
Gene Sequence

>MsG0480018334.01.T01

ATGGCTTTTTGGTTTTGTTGCGGAAATACTTCGGATCGCTATGACAACAAGCTTGGAGAAGGGGACTTTGGCAATGTGTATTGGGGCCAACTTTGGAATGGATCTCAAATTGCAGTGAAAAGATTGAAAGTTTGGAGCAACAAAGCAGATAGGGAATTTGCAGTTGAAATTGAGATATTGGCAAGAGTACAACACAAGAATCTTATTAGTTTACGTGGATATTGTGCCGAAGGACAAGAACGGTTAATTGTGTATGATTATATGCCAAATTTTAACTTGTTCTCCCATCTTCATGAACCACGATCAGCAGAATGCCTTCTTGATTGGAATCGACGAATGAATATTGCCATTGGATGCGCTGAAGGAGTTGTATATCTTCATCACCAAGCAACGCCACGTATCATCCATAGAGATATCAAACCCAATAATGTGTTATTGGATTCAGATTTCCGAGCTCGAATCGGTGGTTTCGGGTTCGCTAGGTTGATCCCTGATGGAGCAACACAAGTGACTGCAAATGTTAAGGGTACCTTAGGCTATGTTGCACCAGAATATGCTATATCAGGTAAAGTAACTGAAAGTTGTGATGTTTATAGCTTTGGTATCCTCCTTCTGGAACTAGCTAGTGGGAAAAAATCAATTATAAAGGTTAGTTCCACATTGAAGAAAACAATAGTTGATTGGGCATTGCCATTGGTTTGTGAGAAGAAATTCAATGAAATTGCTGATCCAAGACTAAATGGTAACTATGTAGAAGAAGAACTTAAAAGAGTTGTTATTGCTGGATTGATATGTGCTCAAGTTTTTCCTGAGAAAAGACCTACCATGCTTGATGTGGTTGAGTTATTGAAGGGAGAATCTAAAGATAAATTTTCACATATAGAGTAG
Protein sequence

>MsG0480018334.01.T01

MAFWFCCGNTSDRYDNKLGEGDFGNVYWGQLWNGSQIAVKRLKVWSNKADREFAVEIEILARVQHKNLISLRGYCAEGQERLIVYDYMPNFNLFSHLHEPRSAECLLDWNRRMNIAIGCAEGVVYLHHQATPRIIHRDIKPNNVLLDSDFRARIGGFGFARLIPDGATQVTANVKGTLGYVAPEYAISGKVTESCDVYSFGILLLELASGKKSIIKVSSTLKKTIVDWALPLVCEKKFNEIADPRLNGNYVEEELKRVVIAGLICAQVFPEKRPTMLDVVELLKGESKDKFSHIE*