AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0580028168.01


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MsG0580028168.01.T02 AT4G33710 45.600 125 66 1 1 123 42 166 1.65e-34 117
MsG0580028168.01.T02 AT1G01310 45.968 124 66 1 1 123 96 219 3.20e-33 116
MsG0580028168.01.T02 AT4G31470 43.548 124 69 1 1 123 62 185 4.72e-32 112
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MsG0580028168.01.T02 AT4G30320 47.200 125 63 3 1 123 38 161 2.61e-31 109
MsG0580028168.01.T02 AT2G19970 41.791 134 65 5 1 123 46 177 3.03e-31 109
MsG0580028168.01.T02 AT5G57625 44.800 125 67 2 1 123 83 207 4.08e-31 110
MsG0580028168.01.T02 AT4G25790 44.800 125 67 2 1 123 86 210 8.58e-31 109
MsG0580028168.01.T02 AT4G25780 47.107 121 59 2 8 123 70 190 1.42e-30 108
MsG0580028168.01.T02 AT5G02730 43.651 126 68 2 1 123 68 193 8.39e-29 104
MsG0580028168.01.T02 AT3G09590 42.063 126 70 2 1 123 61 186 4.36e-28 101
MsG0580028168.01.T02 AT2G19980 43.697 119 58 5 12 123 49 165 2.78e-26 96.7
MsG0580028168.01.T02 AT1G50050 45.600 125 66 2 1 123 38 162 3.97e-26 96.3
MsG0580028168.01.T02 AT5G66590 41.860 129 69 3 1 123 57 185 2.12e-25 94.7
MsG0580028168.01.T02 AT1G50050 41.463 123 70 2 1 121 38 160 7.11e-22 86.7

Find 34 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 37 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TTGGTGTTGGTCCACTTTCT+TGG 0.232057 5:+76047688 MsG0580028168.01.T01:CDS
AACCCAACCATTCTTACATT+TGG 0.275936 5:-76047970 None:intergenic
TTAGAGTGATAATCATAATT+AGG 0.290359 5:-76047867 None:intergenic
TTGTGAGCTTGAGCACTCTA+TGG 0.304876 5:+76047764 MsG0580028168.01.T01:CDS
GTACGGATTCAGTGAAGTTT+TGG 0.323671 5:+76047832 MsG0580028168.01.T01:CDS
GAGCACTCTATGGGCCCTTA+TGG 0.362773 5:+76047774 MsG0580028168.01.T01:CDS
GAGAACATTGCTTCAGGTTA+TGG 0.364276 5:+76047798 MsG0580028168.01.T01:CDS
TTGGTGCATAGTTGAAGTTT+TGG 0.369604 5:+76048056 MsG0580028168.01.T04:CDS
TATGGTGAGAACATTGCTTC+AGG 0.389059 5:+76047792 MsG0580028168.01.T01:CDS
GAAGCAATGTTCTCACCATA+AGG 0.419111 5:-76047789 None:intergenic
TGCCGTAATACTGTTCATCT+TGG 0.432886 5:+76047936 MsG0580028168.01.T01:CDS
TGCACCAATCTCCTTCAATA+AGG 0.444589 5:-76048041 None:intergenic
AGTCCAAATGTAAGAATGGT+TGG 0.453283 5:+76047967 MsG0580028168.01.T01:CDS
ACGACCTTATTGAAGGAGAT+TGG 0.459198 5:+76048037 MsG0580028168.01.T04:CDS
GTCCAAATGTAAGAATGGTT+GGG 0.466932 5:+76047968 MsG0580028168.01.T01:CDS
AACCAAGATGAACAGTATTA+CGG 0.481036 5:-76047938 None:intergenic
GAGCATAGGCTTCAAGGGTG+TGG 0.483579 5:-76047713 None:intergenic
GTGCTAAAATTGTTGAGTGT+TGG 0.491483 5:+76047895 MsG0580028168.01.T01:CDS
CGTTGTCCTTCAATATTGCC+TGG 0.494327 5:-76048017 None:intergenic
AAGGACAACGACCTTATTGA+AGG 0.499263 5:+76048030 MsG0580028168.01.T01:CDS
AAGCAATGTTCTCACCATAA+GGG 0.528935 5:-76047788 None:intergenic
TGTGAGCTTGAGCACTCTAT+GGG 0.543947 5:+76047765 MsG0580028168.01.T01:CDS
AGGGTGTGGTTCCAAGAAAG+TGG 0.547176 5:-76047699 None:intergenic
TCACCACCAGGCAATATTGA+AGG 0.549092 5:+76048011 MsG0580028168.01.T01:CDS
GAGCTTGATTATGTACCTCA+AGG 0.560143 5:-76047656 None:intergenic
GCTAAGTCCAAATGTAAGAA+TGG 0.566456 5:+76047963 MsG0580028168.01.T01:CDS
GCTCGAAAAGAGGTTGGTGT+TGG 0.599022 5:+76047675 MsG0580028168.01.T01:CDS
ACATAATCAAGCTCGAAAAG+AGG 0.599086 5:+76047665 MsG0580028168.01.T01:CDS
AATCAAGCTCGAAAAGAGGT+TGG 0.601925 5:+76047669 MsG0580028168.01.T01:CDS
ATTTGTAGCTATTCACCACC+AGG 0.611970 5:+76047999 MsG0580028168.01.T01:CDS
TTATGGTGAAACGAATGGTA+CGG 0.614603 5:+76047815 MsG0580028168.01.T01:CDS
TCAGGTTATGGTGAAACGAA+TGG 0.623664 5:+76047810 MsG0580028168.01.T01:CDS
CTCCCCTTAAGATTACCTTG+AGG 0.722334 5:+76047641 None:intergenic
TGTCCTTCAATATTGCCTGG+TGG 0.737824 5:-76048014 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TTAGAGTGATAATCATAATT+AGG - Chr5:76047870-76047889 None:intergenic 20.0%
AACCAAGATGAACAGTATTA+CGG - Chr5:76047941-76047960 None:intergenic 30.0%
AACCCAACCATTCTTACATT+TGG - Chr5:76047973-76047992 None:intergenic 35.0%
AAGCAATGTTCTCACCATAA+GGG - Chr5:76047791-76047810 None:intergenic 35.0%
ACATAATCAAGCTCGAAAAG+AGG + Chr5:76047665-76047684 MsG0580028168.01.T01:CDS 35.0%
AGTCCAAATGTAAGAATGGT+TGG + Chr5:76047967-76047986 MsG0580028168.01.T01:CDS 35.0%
GCTAAGTCCAAATGTAAGAA+TGG + Chr5:76047963-76047982 MsG0580028168.01.T01:CDS 35.0%
GTCCAAATGTAAGAATGGTT+GGG + Chr5:76047968-76047987 MsG0580028168.01.T01:CDS 35.0%
GTGCTAAAATTGTTGAGTGT+TGG + Chr5:76047895-76047914 MsG0580028168.01.T01:CDS 35.0%
TTATGGTGAAACGAATGGTA+CGG + Chr5:76047815-76047834 MsG0580028168.01.T01:CDS 35.0%
! TTGGTGCATAGTTGAAGTTT+TGG + Chr5:76048056-76048075 MsG0580028168.01.T04:CDS 35.0%
!!! AGTTGAAGTTTTGGATTCGT+AGG + Chr5:76048065-76048084 MsG0580028168.01.T04:CDS 35.0%
!!! GTTTGCATAGTTTTGAGCAT+AGG - Chr5:76047730-76047749 None:intergenic 35.0%
AAGGACAACGACCTTATTGA+AGG + Chr5:76048030-76048049 MsG0580028168.01.T01:CDS 40.0%
AATCAAGCTCGAAAAGAGGT+TGG + Chr5:76047669-76047688 MsG0580028168.01.T01:CDS 40.0%
ACGACCTTATTGAAGGAGAT+TGG + Chr5:76048037-76048056 MsG0580028168.01.T04:CDS 40.0%
ATTTGTAGCTATTCACCACC+AGG + Chr5:76047999-76048018 MsG0580028168.01.T01:CDS 40.0%
GAAGCAATGTTCTCACCATA+AGG - Chr5:76047792-76047811 None:intergenic 40.0%
GAGCTTGATTATGTACCTCA+AGG - Chr5:76047659-76047678 None:intergenic 40.0%
TATGGTGAGAACATTGCTTC+AGG + Chr5:76047792-76047811 MsG0580028168.01.T01:CDS 40.0%
TCAGGTTATGGTGAAACGAA+TGG + Chr5:76047810-76047829 MsG0580028168.01.T01:CDS 40.0%
TGCACCAATCTCCTTCAATA+AGG - Chr5:76048044-76048063 None:intergenic 40.0%
TGCCGTAATACTGTTCATCT+TGG + Chr5:76047936-76047955 MsG0580028168.01.T01:CDS 40.0%
! GAGAACATTGCTTCAGGTTA+TGG + Chr5:76047798-76047817 MsG0580028168.01.T01:CDS 40.0%
! GTACGGATTCAGTGAAGTTT+TGG + Chr5:76047832-76047851 MsG0580028168.01.T01:CDS 40.0%
!! GTTTTGAGCATAGGCTTCAA+GGG - Chr5:76047721-76047740 None:intergenic 40.0%
!!! AGTTTTGAGCATAGGCTTCA+AGG - Chr5:76047722-76047741 None:intergenic 40.0%
CGTTGTCCTTCAATATTGCC+TGG - Chr5:76048020-76048039 None:intergenic 45.0%
TCACCACCAGGCAATATTGA+AGG + Chr5:76048011-76048030 MsG0580028168.01.T01:CDS 45.0%
TGTCCTTCAATATTGCCTGG+TGG - Chr5:76048017-76048036 None:intergenic 45.0%
TGTGAGCTTGAGCACTCTAT+GGG + Chr5:76047765-76047784 MsG0580028168.01.T01:CDS 45.0%
TTGTGAGCTTGAGCACTCTA+TGG + Chr5:76047764-76047783 MsG0580028168.01.T01:CDS 45.0%
!! TTGGTGTTGGTCCACTTTCT+TGG + Chr5:76047688-76047707 MsG0580028168.01.T01:CDS 45.0%
AGGGTGTGGTTCCAAGAAAG+TGG - Chr5:76047702-76047721 None:intergenic 50.0%
!! GCTCGAAAAGAGGTTGGTGT+TGG + Chr5:76047675-76047694 MsG0580028168.01.T01:CDS 50.0%
GAGCACTCTATGGGCCCTTA+TGG + Chr5:76047774-76047793 MsG0580028168.01.T01:CDS 55.0%
GAGCATAGGCTTCAAGGGTG+TGG - Chr5:76047716-76047735 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr5 gene 76047651 76048086 76047651 ID=MsG0580028168.01;Name=MsG0580028168.01
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Chr5 exon 76047678 76048049 76047678 ID=MsG0580028168.01.T02:exon:15500;Parent=MsG0580028168.01.T02
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Chr5 exon 76047982 76048086 76047982 ID=MsG0580028168.01.T05:exon:15503;Parent=MsG0580028168.01.T05
Chr5 CDS 76047982 76048086 76047982 ID=MsG0580028168.01.T05:cds;Parent=MsG0580028168.01.T05
Gene Sequence

>MsG0580028168.01.T05

ATGGTTGGGTTTTTGTCATTTGTAGCTATTCACCACCAGGCAATATTGAAGGACAACGACCTTATTGAAGGAGATTGGTGCATAGTTGAAGTTTTGGATTCGTAG

>MsG0580028168.01.T03

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>MsG0580028168.01.T01

GATTACCTTGAGGTACATAATCAAGCTCGAAAAGAGGTTGGTGTTGGTCCACTTTCTTGGAACCACACCCTTGAAGCCTATGCTCAAAACTATGCAAACAAGAGAATTAACGATTGTGAGCTTGAGCACTCTATGGGCCCTTATGGTGAGAACATTGCTTCAGGTTATGGTGAAACGAATGGTACGGATTCAGTGAAGTTTTGGCTAAGTGAAAAGCCTAATTATGATTATCACTCTAACTCTTGTGCTAAAATTGTTGAGTGTTGGCATTATACTCAAATTATTTGCCGTAATACTGTTCATCTTGGTTGTGCTAAGTCCAAATGTAAGAATGGTTGGGTTTTTGTCATTTGTAGCTATTCACCACCAGGCAATATTGAAGGACAACGACCTTATTGA

>MsG0580028168.01.T04

ATGATTATCACTCTAACTCTTGTGCTAAAATTGTTGAGTGTTGGCATTATACTCAAATTATTTGCCGTAATACTGTTCATCTTGGTTGTGCTAAGTCCAAATGTAAGAATGGTTGGGTTTTTGTCATTTGTAGCTATTCACCACCAGGCAATATTGAAGGACAACGACCTTATTGAAGGAGATTGGTGCATAGTTGAAGTTTTGGATTCGTAG

>MsG0580028168.01.T02

CGAAAAGAGGTTGGTGTTGGTCCACTTTCTTGGAACCACACCCTTGAAGCCTATGCTCAAAACTATGCAAACAAGAGAATTAACGATTGTGAGCTTGAGCACTCTATGGGCCCTTATGGTGAGAACATTGCTTCAGGTTATGGTGAAACGAATGGTACGGATTCAGTGAAGTTTTGGCTAAGTGAAAAGCCTAATTATGATTATCACTCTAACTCTTGTGCTAAAATTGTTGAGTGTTGGCATTATACTCAAATTATTTGCCGTAATACTGTTCATCTTGGTTGTGCTAAGTCCAAATGTAAGAATGGTTGGGTTTTTGTCATTTGTAGCTATTCACCACCAGGCAATATTGAAGGACAACGACCTTATTGA

Protein sequence

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>MsG0580028168.01.T02

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