AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680035213.01

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MsG0680035213.01.T01 AT3G07290 22.832 346 203 10 69 407 587 875 6.78e-14 75.5
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MsG0680035213.01.T01 AT4G11690 28.986 483 293 5 14 447 66 547 1.29e-64 221
MsG0680035213.01.T01 AT4G11690 29.769 346 242 1 205 550 96 440 7.69e-56 197
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MsG0680035213.01.T01 AT1G74580 31.317 463 309 3 93 550 246 704 1.86e-76 257
MsG0680035213.01.T01 AT1G74580 29.645 479 333 2 45 519 230 708 5.22e-76 256
MsG0680035213.01.T01 AT1G74580 27.252 444 323 0 105 548 83 526 6.32e-64 223
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MsG0680035213.01.T01 AT2G01740 25.000 376 277 1 69 444 169 539 8.13e-45 167
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MsG0680035213.01.T01 AT4G19890 31.659 458 308 3 93 549 247 700 9.13e-69 235
MsG0680035213.01.T01 AT4G19890 25.661 378 280 1 174 550 153 530 6.63e-47 174
MsG0680035213.01.T01 AT4G19890 24.383 324 242 1 70 393 365 685 8.06e-28 118
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MsG0680035213.01.T01 AT4G26800 30.523 344 239 0 199 542 9 352 9.83e-55 189
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MsG0680035213.01.T01 AT4G26800 33.091 275 184 0 263 537 3 277 5.55e-43 157
MsG0680035213.01.T01 AT4G26800 30.952 252 174 0 299 550 4 255 5.12e-38 144
MsG0680035213.01.T01 AT4G26800 26.384 307 224 1 69 373 54 360 9.98e-34 132
MsG0680035213.01.T01 AT4G26800 25.874 143 106 0 403 545 3 145 2.38e-11 65.9
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MsG0680035213.01.T01 AT4G31850 27.345 501 355 7 30 522 607 1106 1.46e-53 196
MsG0680035213.01.T01 AT4G31850 26.519 543 356 7 49 549 416 957 5.25e-52 192
MsG0680035213.01.T01 AT4G31850 28.293 410 235 5 193 548 129 533 3.12e-40 157
MsG0680035213.01.T01 AT4G31850 27.874 348 248 3 75 419 761 1108 3.96e-40 156
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MsG0680035213.01.T01 AT1G13040 27.021 433 307 4 68 495 84 512 1.06e-56 198
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MsG0680035213.01.T01 AT1G13040 26.562 320 215 2 57 356 194 513 1.80e-30 125
MsG0680035213.01.T01 AT1G13040 23.563 348 261 3 206 550 12 357 3.53e-27 115
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MsG0680035213.01.T01 AT5G21222 23.517 472 353 4 35 498 286 757 2.51e-50 186
MsG0680035213.01.T01 AT5G21222 24.824 427 312 5 104 524 325 748 2.01e-46 174
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MsG0680035213.01.T01 AT4G26680 25.063 399 281 4 170 550 117 515 2.30e-41 156
MsG0680035213.01.T01 AT4G26680 23.409 440 312 4 46 479 94 514 1.73e-33 134
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MsG0680035213.01.T01 AT2G35130 22.043 372 254 2 69 439 234 570 9.60e-28 117
MsG0680035213.01.T01 AT2G35130 24.333 300 221 3 256 549 136 435 2.93e-27 116
MsG0680035213.01.T01 AT2G35130 19.853 272 214 1 84 351 320 591 3.28e-13 72.8
MsG0680035213.01.T01 AT1G52640 29.032 341 241 1 205 544 140 480 1.52e-45 168
MsG0680035213.01.T01 AT1G52640 25.959 339 250 1 103 440 143 481 3.48e-41 156
MsG0680035213.01.T01 AT1G52640 30.515 272 189 0 276 547 141 412 4.02e-39 150
MsG0680035213.01.T01 AT1G52640 25.641 351 260 1 164 513 134 484 9.71e-38 146
MsG0680035213.01.T01 AT1G52640 24.830 294 220 1 68 360 178 471 7.98e-29 120
MsG0680035213.01.T01 AT1G52640 23.125 320 245 1 86 404 161 480 2.99e-27 115
MsG0680035213.01.T01 AT1G52640 24.554 224 134 1 325 548 155 343 4.91e-17 84.7
MsG0680035213.01.T01 AT5G40400 25.173 433 314 4 102 528 170 598 1.96e-45 169
MsG0680035213.01.T01 AT5G40400 28.198 344 246 1 202 544 165 508 8.42e-40 153
MsG0680035213.01.T01 AT5G40400 24.641 418 279 1 166 547 164 581 7.89e-39 150
MsG0680035213.01.T01 AT5G40400 25.594 379 281 1 85 462 188 566 9.21e-38 147
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MsG0680035213.01.T01 AT5G40400 25.434 173 129 0 377 549 165 337 4.37e-14 75.5
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MsG0680035213.01.T01 AT5G40400 25.434 173 129 0 377 549 236 408 3.85e-14 75.9
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MsG0680035213.01.T01 AT4G01570 24.155 414 263 8 72 466 136 517 1.62e-32 133
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MsG0680035213.01.T01 AT4G01400 30.476 315 191 4 14 328 134 420 5.55e-36 140
MsG0680035213.01.T01 AT4G01400 26.667 255 187 0 219 473 171 425 4.11e-31 126
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MsG0680035213.01.T01 AT4G01400 24.823 282 211 1 74 354 130 411 3.35e-27 115
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MsG0680035213.01.T01 AT1G77360 26.364 330 240 3 74 403 179 505 9.02e-37 143
MsG0680035213.01.T01 AT1G77360 25.936 374 273 4 170 543 100 469 1.98e-39 150
MsG0680035213.01.T01 AT1G77360 27.089 347 250 3 203 549 98 441 2.97e-39 150
MsG0680035213.01.T01 AT1G77360 26.364 330 240 3 74 403 143 469 4.38e-37 144
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MsG0680035213.01.T01 AT3G04130 26.389 360 246 8 55 404 113 463 1.75e-29 122
MsG0680035213.01.T01 AT3G04130 23.599 339 255 4 135 470 157 494 7.99e-26 111
MsG0680035213.01.T01 AT3G04130 26.071 280 200 4 272 549 122 396 2.93e-22 100
MsG0680035213.01.T01 AT3G04130 22.084 403 232 8 185 510 102 499 1.02e-21 99.0
MsG0680035213.01.T01 AT3G04130 28.808 302 210 4 250 547 130 430 4.84e-39 149
MsG0680035213.01.T01 AT3G04130 26.389 360 246 8 55 404 113 463 1.75e-29 122
MsG0680035213.01.T01 AT3G04130 23.599 339 255 4 135 470 157 494 7.99e-26 111
MsG0680035213.01.T01 AT3G04130 26.071 280 200 4 272 549 122 396 2.93e-22 100
MsG0680035213.01.T01 AT3G04130 22.084 403 232 8 185 510 102 499 1.02e-21 99.0
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MsG0680035213.01.T01 AT3G62470 23.292 322 246 1 72 393 238 558 8.78e-31 127
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MsG0680035213.01.T01 AT4G01030 21.968 437 279 11 97 517 290 680 6.20e-21 97.4
MsG0680035213.01.T01 AT4G01030 24.746 295 214 3 234 528 120 406 6.60e-20 94.4
MsG0680035213.01.T01 AT4G01030 22.483 298 223 2 252 549 68 357 3.22e-18 89.0
MsG0680035213.01.T01 AT4G01030 22.449 294 207 7 72 356 296 577 1.55e-12 70.9
MsG0680035213.01.T01 AT1G73400 27.401 354 248 4 204 549 160 512 1.79e-36 143
MsG0680035213.01.T01 AT1G73400 27.835 291 206 2 199 486 230 519 9.64e-33 132
MsG0680035213.01.T01 AT1G73400 25.507 345 252 3 139 480 205 547 1.73e-31 129
MsG0680035213.01.T01 AT1G73400 20.842 475 297 8 14 445 128 566 1.79e-27 117
MsG0680035213.01.T01 AT1G74750 29.433 282 199 0 70 351 366 647 6.92e-36 143
MsG0680035213.01.T01 AT1G74750 26.280 293 216 0 163 455 354 646 2.15e-34 139
MsG0680035213.01.T01 AT1G74750 24.217 351 253 2 157 496 315 663 1.18e-31 130
MsG0680035213.01.T01 AT1G74750 26.259 278 205 0 272 549 358 635 2.27e-30 126
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MsG0680035213.01.T01 AT2G17670 24.865 185 136 2 70 252 166 349 3.25e-15 77.8
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MsG0680035213.01.T01 AT5G14820 22.981 322 247 1 72 393 237 557 4.34e-30 125
MsG0680035213.01.T01 AT3G15200 25.568 352 250 4 204 550 144 488 1.43e-34 137
MsG0680035213.01.T01 AT3G15200 26.578 301 215 3 82 380 197 493 6.49e-31 126
MsG0680035213.01.T01 AT3G15200 25.305 328 229 4 234 549 129 452 3.71e-29 121
MsG0680035213.01.T01 AT3G15200 22.689 357 255 6 67 415 150 493 2.56e-23 103
MsG0680035213.01.T01 AT5G43820 25.000 372 278 1 170 541 153 523 3.23e-34 136
MsG0680035213.01.T01 AT5G43820 22.310 381 293 2 72 451 160 538 9.48e-31 126
MsG0680035213.01.T01 AT5G43820 22.475 396 302 3 93 487 146 537 1.49e-29 122
MsG0680035213.01.T01 AT5G43820 27.928 222 157 2 330 550 173 392 6.20e-25 108
MsG0680035213.01.T01 AT3G62540 23.714 350 265 2 163 512 190 537 6.68e-34 136
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MsG0680035213.01.T01 AT3G62540 23.256 344 262 2 206 549 198 539 4.42e-33 134
MsG0680035213.01.T01 AT3G62540 24.348 345 259 2 73 417 205 547 1.30e-30 126
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MsG0680035213.01.T01 AT1G68930 22.222 387 282 7 41 426 184 552 1.13e-18 90.5
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MsG0680035213.01.T01 AT3G23020 23.249 357 269 3 105 458 478 832 1.96e-25 111
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MsG0680035213.01.T01 AT4G02750 23.121 519 299 15 23 474 87 572 3.48e-26 114
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MsG0680035213.01.T01 AT1G79490 22.727 374 251 3 102 439 247 618 7.25e-24 106
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MsG0680035213.01.T01 AT1G79490 24.060 266 198 2 289 550 185 450 4.09e-16 82.4
MsG0680035213.01.T01 AT1G79490 21.429 308 233 4 70 373 320 622 8.70e-12 68.6
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MsG0680035213.01.T01 AT1G53600 23.379 509 282 14 84 521 71 542 2.47e-29 123
MsG0680035213.01.T01 AT1G53600 21.660 494 321 13 74 530 188 652 4.34e-26 113
MsG0680035213.01.T01 AT1G53600 20.625 320 203 6 69 387 347 616 2.42e-11 67.0
MsG0680035213.01.T01 AT2G03380 22.594 478 318 10 106 549 220 679 3.56e-29 122
MsG0680035213.01.T01 AT2G03380 23.058 412 274 9 167 544 206 608 2.93e-18 89.0
MsG0680035213.01.T01 AT2G03380 18.750 560 356 12 58 544 39 572 5.65e-17 84.7
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MsG0680035213.01.T01 AT5G18390 22.118 425 285 5 16 435 66 449 1.47e-26 113
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MsG0680035213.01.T01 AT5G27270 20.236 509 367 8 67 542 261 763 4.88e-21 97.8
MsG0680035213.01.T01 AT5G27270 19.961 516 370 7 13 491 308 817 2.78e-17 85.9
MsG0680035213.01.T01 AT5G27270 18.571 490 387 7 62 549 326 805 4.29e-14 75.9
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MsG0680035213.01.T01 AT1G08070 25.271 277 195 3 244 520 1 265 1.30e-21 99.4
MsG0680035213.01.T01 AT1G08070 21.429 420 276 8 81 462 13 416 4.13e-15 79.0
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MsG0680035213.01.T01 AT3G53360 20.956 544 368 12 16 521 58 577 6.98e-19 90.9
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MsG0680035213.01.T01 AT1G05750 24.068 295 207 5 231 521 29 310 6.99e-16 80.9
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MsG0680035213.01.T01 AT1G05750 24.378 402 256 9 105 470 43 432 6.65e-24 105
MsG0680035213.01.T01 AT1G05750 22.762 391 229 12 203 544 36 402 3.23e-20 94.4
MsG0680035213.01.T01 AT1G05750 24.068 295 207 5 231 521 29 310 6.99e-16 80.9
MsG0680035213.01.T01 AT1G05750 21.757 239 181 3 30 267 139 372 2.73e-11 66.6
MsG0680035213.01.T01 AT3G23330 24.022 358 258 5 191 546 86 431 9.52e-24 105
MsG0680035213.01.T01 AT3G23330 22.903 310 230 3 169 477 99 400 6.98e-22 100
MsG0680035213.01.T01 AT2G46050 22.844 429 298 13 93 514 172 574 1.08e-23 105
MsG0680035213.01.T01 AT2G46050 24.430 307 207 9 229 527 62 351 2.69e-12 69.7
MsG0680035213.01.T01 AT4G13650 19.169 433 328 5 70 502 336 746 1.37e-23 106
MsG0680035213.01.T01 AT4G13650 19.213 432 333 5 97 527 454 870 3.83e-17 85.9
MsG0680035213.01.T01 AT4G13650 21.401 514 344 12 71 549 99 587 4.37e-17 85.5
MsG0680035213.01.T01 AT4G13650 20.879 455 306 8 102 519 155 592 1.07e-16 84.3
MsG0680035213.01.T01 AT3G61170 22.770 527 354 12 57 544 81 593 1.46e-23 105
MsG0680035213.01.T01 AT3G61170 23.294 425 300 8 99 519 29 431 2.69e-23 104
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MsG0680035213.01.T01 AT4G39530 22.198 455 335 5 70 521 221 659 1.53e-23 105
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MsG0680035213.01.T01 AT4G18840 21.591 352 231 6 226 544 92 431 6.73e-19 90.5
MsG0680035213.01.T01 AT4G18840 22.572 381 277 6 96 474 103 467 7.23e-23 102
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MsG0680035213.01.T01 AT3G46610 21.983 464 323 8 94 544 183 620 3.58e-21 98.2
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MsG0680035213.01.T01 AT5G08510 23.279 305 222 5 241 544 50 343 6.27e-18 87.4
MsG0680035213.01.T01 AT5G08510 21.307 352 256 8 80 427 64 398 1.61e-14 76.6
MsG0680035213.01.T01 AT1G28690 22.222 387 268 11 93 467 64 429 5.76e-22 99.8
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MsG0680035213.01.T01 AT2G20540 23.552 259 180 7 97 351 144 388 5.21e-12 68.9
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MsG0680035213.01.T01 AT4G16470 19.599 449 300 11 105 547 83 476 2.28e-11 66.6
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MsG0680035213.01.T01 AT1G34160 22.478 347 252 8 132 477 61 391 1.62e-17 86.3
MsG0680035213.01.T01 AT3G16610 21.095 493 332 10 95 548 65 539 4.10e-19 91.7
MsG0680035213.01.T01 AT3G16610 23.575 386 266 8 95 470 268 634 1.40e-18 89.7
MsG0680035213.01.T01 AT3G22690 18.919 481 341 7 102 549 103 567 4.15e-19 92.0
MsG0680035213.01.T01 AT3G22690 21.995 391 256 7 97 485 301 644 2.66e-18 89.4
MsG0680035213.01.T01 AT3G22690 19.545 440 289 11 124 520 55 472 4.48e-16 82.4
MsG0680035213.01.T01 AT3G22690 20.602 432 323 7 81 509 219 633 6.42e-13 72.4

Find 96 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 118 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TAAATTCCATTTGTTGAAAA+AGG 0.123358 6:-100684282 None:intergenic
CATCAATTCTTTCTGTCAAT+TGG 0.168297 6:+100684342 MsG0680035213.01.T01:CDS
CAACAACATCATTGTTATTA+TGG 0.193818 6:-100684153 None:intergenic
TTTCAACAAATGGAATTTAT+AGG 0.228129 6:+100684286 MsG0680035213.01.T01:CDS
AGTTATAGTATCTTGATTAA+TGG 0.244143 6:+100685063 MsG0680035213.01.T01:CDS
ATAAGGAATGAAATTGAATT+TGG 0.263605 6:-100684110 None:intergenic
ACATACACTATTCTTATTGA+TGG 0.276400 6:+100685378 MsG0680035213.01.T01:CDS
CCGACGAGTTGATGGGAAAT+TGG 0.278584 6:+100684603 MsG0680035213.01.T01:CDS
GATTACTTACAATTCTATAT+TGG 0.289788 6:+100685269 MsG0680035213.01.T01:CDS
GTTATAGTATCTTGATTAAT+GGG 0.301225 6:+100685064 MsG0680035213.01.T01:CDS
ATTTACACAAACCATCAATA+AGG 0.302156 6:-100685179 None:intergenic
AGTTATGGGACCTTGATTAA+TGG 0.305622 6:+100684538 MsG0680035213.01.T01:CDS
TTTGTTCAATAAAATGATAT+TGG 0.312248 6:+100684807 MsG0680035213.01.T01:CDS
ATCAATTCTTTCTGTCAATT+GGG 0.313791 6:+100684343 MsG0680035213.01.T01:CDS
GTGGATGAAGTTGAAGAATA+AGG 0.320451 6:-100684127 None:intergenic
CCTAGTTAAAGAAGTGAATA+AGG 0.324245 6:+100684987 MsG0680035213.01.T01:CDS
CATTTCTTCAAAGAGATTCA+TGG 0.328931 6:-100685115 None:intergenic
TGTGTATACCTTTAGTATAT+TGG 0.330120 6:+100684846 MsG0680035213.01.T01:CDS
TATTGATGGTTTGTGTAAAT+CGG 0.336073 6:+100685182 MsG0680035213.01.T01:CDS
ACCTTTAGTATATTGGTTGA+TGG 0.346656 6:+100684853 MsG0680035213.01.T01:CDS
CAATTGAACCAAGTTAGTTA+TGG 0.349219 6:+100684523 MsG0680035213.01.T01:CDS
ATACTATAACTGTGAATATC+AGG 0.351062 6:-100685051 None:intergenic
ACTTACAGTGCTTTAATTAG+TGG 0.361903 6:+100684748 MsG0680035213.01.T01:CDS
AATTGAACCAAGTTAGTTAT+GGG 0.363138 6:+100684524 MsG0680035213.01.T01:CDS
AAGAACAGCGTGGTAATGTT+TGG 0.363925 6:-100684257 None:intergenic
ATGTTGCAATTGACTAAGTT+AGG 0.371203 6:-100684316 None:intergenic
CATGAAAGTGCAATGCTTGA+TGG 0.376427 6:-100684477 None:intergenic
ACTTACAATTCCCTTATTGA+TGG 0.380904 6:+100685168 MsG0680035213.01.T01:CDS
ATAGTGTATGTGTACATATT+TGG 0.384139 6:-100685366 None:intergenic
GTAGTGAAGGTTATGGTATC+TGG 0.386123 6:-100684421 None:intergenic
ATTGATGGTTTGTGTAAATC+GGG 0.390070 6:+100685183 MsG0680035213.01.T01:CDS
CCACCCGCCTTCGAATTTGT+AGG 0.404734 6:+100684220 MsG0680035213.01.T01:CDS
ATTTCATAAGTAACGGCGTC+TGG 0.405283 6:-100685576 None:intergenic
CCTTATTCACTTCTTTAACT+AGG 0.406106 6:-100684987 None:intergenic
GAATTGTAAGTAATCATATC+AGG 0.431925 6:-100685261 None:intergenic
CAATTGCTCCGACGAGTTGA+TGG 0.433861 6:+100684595 MsG0680035213.01.T01:CDS
TTTACACAAACCATCAATAA+GGG 0.457291 6:-100685178 None:intergenic
ATACTAAAGGTATACACATC+CGG 0.461966 6:-100684841 None:intergenic
CATGACAAGCTGGTAGCGCT+TGG 0.466016 6:+100684496 MsG0680035213.01.T01:CDS
TATATTCAACACTATGGCTC+AGG 0.467418 6:+100685017 MsG0680035213.01.T01:CDS
CAACTCGTCGGAGCAATTGA+AGG 0.482163 6:-100684591 None:intergenic
TCAAGGTCCCATAACTAACT+TGG 0.483114 6:-100684531 None:intergenic
TAAGAGTATATTCAACACTA+TGG 0.484675 6:+100685011 MsG0680035213.01.T01:CDS
ACATATACCGTTATGATCCA+TGG 0.485344 6:+100685483 MsG0680035213.01.T01:CDS
GAGTTGATGGGAAATTGGTT+CGG 0.488241 6:+100684608 MsG0680035213.01.T01:CDS
GGTGAATTGAAAGATGCAAT+TGG 0.489005 6:+100684784 MsG0680035213.01.T01:CDS
TTTACACAAGCCATTAATCA+AGG 0.489448 6:-100684548 None:intergenic
GGGCTTGTTTGATGAAGCAT+TGG 0.489653 6:+100685518 MsG0680035213.01.T01:CDS
AACCTTCACTACACTCATCA+AGG 0.491635 6:+100684432 MsG0680035213.01.T01:CDS
GCACTGTAAGTAACAACATC+AGG 0.495896 6:-100684736 None:intergenic
GAATTGTAAGTTACCACATC+AGG 0.497337 6:-100685156 None:intergenic
ACTTATAACTCTTTAATGGA+TGG 0.498759 6:+100684958 MsG0680035213.01.T01:CDS
CATCTTTATCAAACAGAGAA+CGG 0.508300 6:-100685605 None:intergenic
CTTATTGATGGATTGTGTAA+AGG 0.509350 6:+100685390 MsG0680035213.01.T01:CDS
TGATAAAGATGAAAATGATA+AGG 0.509358 6:+100685617 MsG0680035213.01.T01:CDS
AATTGCTCCGACGAGTTGAT+GGG 0.512324 6:+100684596 MsG0680035213.01.T01:CDS
TCCATCAACCAATATACTAA+AGG 0.515251 6:-100684854 None:intergenic
ATCATTGTTATTATGGAATG+TGG 0.529180 6:-100684146 None:intergenic
AATTCGAAGGCGGGTGGAGT+GGG 0.530549 6:-100684214 None:intergenic
AAATTCGAAGGCGGGTGGAG+TGG 0.530646 6:-100684215 None:intergenic
GATGAGTGTAGTGAAGGTTA+TGG 0.543715 6:-100684428 None:intergenic
CATATACCGTTATGATCCAT+GGG 0.544376 6:+100685484 MsG0680035213.01.T01:CDS
GTCAATGAGATGCATGATAG+AGG 0.553265 6:+100685231 MsG0680035213.01.T01:CDS
ATCAAGGGTCTCTGTCTCAA+AGG 0.556847 6:+100684448 MsG0680035213.01.T01:CDS
GTACTGTACATTACCACATC+AGG 0.558918 6:-100684631 None:intergenic
TACTAAAGGTATACACATCC+GGG 0.561682 6:-100684840 None:intergenic
GATGATTATTTCATAAGTAA+CGG 0.563888 6:-100685583 None:intergenic
CAATCGCCCTGTCAACCTGA+TGG 0.567536 6:-100685308 None:intergenic
ATTGCACTTTCATGACAAGC+TGG 0.569134 6:+100684486 MsG0680035213.01.T01:CDS
ATTCTCCTTCGATGTTGCTG+AGG 0.569378 6:+100684020 None:intergenic
ACCCTTGATGAGTGTAGTGA+AGG 0.571175 6:-100684434 None:intergenic
GAACCTACAAATTCGAAGGC+GGG 0.585916 6:-100684223 None:intergenic
ATATTCAACACTATGGCTCA+GGG 0.590971 6:+100685018 MsG0680035213.01.T01:CDS
ATTAACAAAATTGAAAGACC+AGG 0.592313 6:+100685335 MsG0680035213.01.T01:CDS
ACAAAACCCATGGATCATAA+CGG 0.595085 6:-100685490 None:intergenic
GTGTAAAGGTGGAAGACTAG+AGG 0.597752 6:+100685404 MsG0680035213.01.T01:CDS
ATTCAACACTATGGCTCAGG+GGG 0.598664 6:+100685020 MsG0680035213.01.T01:CDS
TAAAGATGAAAATGATAAGG+CGG 0.598818 6:+100685620 MsG0680035213.01.T01:CDS
ATTGATGGATTGTGTAAAGG+TGG 0.599049 6:+100685393 MsG0680035213.01.T01:CDS
AACTCGTCGGAGCAATTGAA+GGG 0.602311 6:-100684590 None:intergenic
GATATTGGAAAACATCATCC+CGG 0.607166 6:+100684822 MsG0680035213.01.T01:CDS
ACCTTCACTACACTCATCAA+GGG 0.608014 6:+100684433 MsG0680035213.01.T01:CDS
AAGGGAACCTACAAATTCGA+AGG 0.608724 6:-100684227 None:intergenic
AGCCCTTGTTACAAAACCCA+TGG 0.608793 6:-100685500 None:intergenic
ACATATTTGGTCGAATACCC+TGG 0.610365 6:-100685353 None:intergenic
TTGATGGTTTGTGTAAATCG+GGG 0.611570 6:+100685184 MsG0680035213.01.T01:CDS
GGTAATGTTTGGATTTGACA+AGG 0.613231 6:-100684246 None:intergenic
TTAACAAAATTGAAAGACCA+GGG 0.615614 6:+100685336 MsG0680035213.01.T01:CDS
GTAATGTTTGGATTTGACAA+GGG 0.630430 6:-100684245 None:intergenic
CCTACAAATTCGAAGGCGGG+TGG 0.638187 6:-100684220 None:intergenic
CTTCGTGAAATGATTACGAG+AGG 0.649907 6:+100685651 MsG0680035213.01.T01:CDS
GGAACCTACAAATTCGAAGG+CGG 0.656966 6:-100684224 None:intergenic
GAAATTGGTTCGGCCTGATG+TGG 0.661211 6:+100684618 MsG0680035213.01.T01:CDS
CCAATTTCCCATCAACTCGT+CGG 0.662965 6:-100684603 None:intergenic
TATTCAACACTATGGCTCAG+GGG 0.724957 6:+100685019 MsG0680035213.01.T01:CDS
TTCAACACTATGGCTCAGGG+GGG 0.753017 6:+100685021 MsG0680035213.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TTTGTTCAATAAAATGATAT+TGG + Chr6:100684807-100684826 MsG0680035213.01.T01:CDS 15.0%
!!! TTTTACTTATAACTCTTTAA+TGG + Chr6:100684954-100684973 MsG0680035213.01.T01:CDS 15.0%
!!! TTTTGATTTATATTCTGAAA+TGG + Chr6:100684696-100684715 MsG0680035213.01.T01:CDS 15.0%
!! AGTTATAGTATCTTGATTAA+TGG + Chr6:100685063-100685082 MsG0680035213.01.T01:CDS 20.0%
!! ATAAGGAATGAAATTGAATT+TGG - Chr6:100684113-100684132 None:intergenic 20.0%
!! GAGTTATAAGTAAAAACATT+AGG - Chr6:100684949-100684968 None:intergenic 20.0%
!! GATGATTATTTCATAAGTAA+CGG - Chr6:100685586-100685605 None:intergenic 20.0%
!! GATTACTTACAATTCTATAT+TGG + Chr6:100685269-100685288 MsG0680035213.01.T01:CDS 20.0%
!! GTTATAGTATCTTGATTAAT+GGG + Chr6:100685064-100685083 MsG0680035213.01.T01:CDS 20.0%
!! TGATAAAGATGAAAATGATA+AGG + Chr6:100685617-100685636 MsG0680035213.01.T01:CDS 20.0%
!! TTTCAACAAATGGAATTTAT+AGG + Chr6:100684286-100684305 MsG0680035213.01.T01:CDS 20.0%
!!! AAATTCCATTTGTTGAAAAA+GGG - Chr6:100684284-100684303 None:intergenic 20.0%
!!! GTTTTGTAAGATTAAAATGA+TGG + Chr6:100685086-100685105 MsG0680035213.01.T01:CDS 20.0%
!!! TAAATTCCATTTGTTGAAAA+AGG - Chr6:100684285-100684304 None:intergenic 20.0%
!!! TGAAAAGAATGAAACTTTTT+TGG - Chr6:100684076-100684095 None:intergenic 20.0%
! AATTGAACCAAGTTAGTTAT+GGG + Chr6:100684524-100684543 MsG0680035213.01.T01:CDS 25.0%
! ACATACACTATTCTTATTGA+TGG + Chr6:100685378-100685397 MsG0680035213.01.T01:CDS 25.0%
! ACTTATAACTCTTTAATGGA+TGG + Chr6:100684958-100684977 MsG0680035213.01.T01:CDS 25.0%
! ATACTATAACTGTGAATATC+AGG - Chr6:100685054-100685073 None:intergenic 25.0%
! ATAGTGTATGTGTACATATT+TGG - Chr6:100685369-100685388 None:intergenic 25.0%
! ATCAATTCTTTCTGTCAATT+GGG + Chr6:100684343-100684362 MsG0680035213.01.T01:CDS 25.0%
! ATTAACAAAATTGAAAGACC+AGG + Chr6:100685335-100685354 MsG0680035213.01.T01:CDS 25.0%
! ATTTACACAAACCATCAATA+AGG - Chr6:100685182-100685201 None:intergenic 25.0%
! GAATTGTAAGTAATCATATC+AGG - Chr6:100685264-100685283 None:intergenic 25.0%
! TAAAGATGAAAATGATAAGG+CGG + Chr6:100685620-100685639 MsG0680035213.01.T01:CDS 25.0%
! TGTGTATACCTTTAGTATAT+TGG + Chr6:100684846-100684865 MsG0680035213.01.T01:CDS 25.0%
! TTAACAAAATTGAAAGACCA+GGG + Chr6:100685336-100685355 MsG0680035213.01.T01:CDS 25.0%
! TTCACAAAGATTCTCAAAAA+TGG + Chr6:100684391-100684410 MsG0680035213.01.T01:CDS 25.0%
! TTTACACAAACCATCAATAA+GGG - Chr6:100685181-100685200 None:intergenic 25.0%
!! ATCATTGTTATTATGGAATG+TGG - Chr6:100684149-100684168 None:intergenic 25.0%
!! CAACAACATCATTGTTATTA+TGG - Chr6:100684156-100684175 None:intergenic 25.0%
!! TAAGAGTATATTCAACACTA+TGG + Chr6:100685011-100685030 MsG0680035213.01.T01:CDS 25.0%
!! TATTGATGGTTTGTGTAAAT+CGG + Chr6:100685182-100685201 MsG0680035213.01.T01:CDS 25.0%
ACTTACAATTCCCTTATTGA+TGG + Chr6:100685168-100685187 MsG0680035213.01.T01:CDS 30.0%
ACTTACAGTGCTTTAATTAG+TGG + Chr6:100684748-100684767 MsG0680035213.01.T01:CDS 30.0%
ATGTTGCAATTGACTAAGTT+AGG - Chr6:100684319-100684338 None:intergenic 30.0%
CAATTGAACCAAGTTAGTTA+TGG + Chr6:100684523-100684542 MsG0680035213.01.T01:CDS 30.0%
CAGAAAAATTATTCCTGATG+TGG + Chr6:100685143-100685162 MsG0680035213.01.T01:CDS 30.0%
CATCAATTCTTTCTGTCAAT+TGG + Chr6:100684342-100684361 MsG0680035213.01.T01:CDS 30.0%
CATCTTTATCAAACAGAGAA+CGG - Chr6:100685608-100685627 None:intergenic 30.0%
CATTTCTTCAAAGAGATTCA+TGG - Chr6:100685118-100685137 None:intergenic 30.0%
CCTAGTTAAAGAAGTGAATA+AGG + Chr6:100684987-100685006 MsG0680035213.01.T01:CDS 30.0%
CCTTATTCACTTCTTTAACT+AGG - Chr6:100684990-100685009 None:intergenic 30.0%
GTAATGTTTGGATTTGACAA+GGG - Chr6:100684248-100684267 None:intergenic 30.0%
TCCATCAACCAATATACTAA+AGG - Chr6:100684857-100684876 None:intergenic 30.0%
TTTACACAAGCCATTAATCA+AGG - Chr6:100684551-100684570 None:intergenic 30.0%
! ACCTTTAGTATATTGGTTGA+TGG + Chr6:100684853-100684872 MsG0680035213.01.T01:CDS 30.0%
! ATACTAAAGGTATACACATC+CGG - Chr6:100684844-100684863 None:intergenic 30.0%
! ATTGATGGTTTGTGTAAATC+GGG + Chr6:100685183-100685202 MsG0680035213.01.T01:CDS 30.0%
! TTTGAGGATCTTTTAGTCAA+AGG + Chr6:100685441-100685460 MsG0680035213.01.T01:CDS 30.0%
! TTTGGAACAAAAAGAGAAAC+AGG - Chr6:100684058-100684077 None:intergenic 30.0%
!! CTTATTGATGGATTGTGTAA+AGG + Chr6:100685390-100685409 MsG0680035213.01.T01:CDS 30.0%
!!! ATTGGTTGATGGATTTTGTA+AGG + Chr6:100684864-100684883 MsG0680035213.01.T01:CDS 30.0%
!!! TCTTTCCCTTTTTCAACAAA+TGG + Chr6:100684276-100684295 MsG0680035213.01.T01:CDS 30.0%
ACAAAACCCATGGATCATAA+CGG - Chr6:100685493-100685512 None:intergenic 35.0%
ACATATACCGTTATGATCCA+TGG + Chr6:100685483-100685502 MsG0680035213.01.T01:CDS 35.0%
AGTTATGGGACCTTGATTAA+TGG + Chr6:100684538-100684557 MsG0680035213.01.T01:CDS 35.0%
ATATTCAACACTATGGCTCA+GGG + Chr6:100685018-100685037 MsG0680035213.01.T01:CDS 35.0%
CATATACCGTTATGATCCAT+GGG + Chr6:100685484-100685503 MsG0680035213.01.T01:CDS 35.0%
GAATTGTAAGTTACCACATC+AGG - Chr6:100685159-100685178 None:intergenic 35.0%
GATATTGGAAAACATCATCC+CGG + Chr6:100684822-100684841 MsG0680035213.01.T01:CDS 35.0%
GGTAATGTTTGGATTTGACA+AGG - Chr6:100684249-100684268 None:intergenic 35.0%
GGTGAATTGAAAGATGCAAT+TGG + Chr6:100684784-100684803 MsG0680035213.01.T01:CDS 35.0%
GTGGATGAAGTTGAAGAATA+AGG - Chr6:100684130-100684149 None:intergenic 35.0%
TATATTCAACACTATGGCTC+AGG + Chr6:100685017-100685036 MsG0680035213.01.T01:CDS 35.0%
! ATGGATTTTGTAAGGAAGGA+AGG + Chr6:100684872-100684891 MsG0680035213.01.T01:CDS 35.0%
! ATTAGTGGCTTTTGCATTGT+TGG + Chr6:100684763-100684782 MsG0680035213.01.T01:CDS 35.0%
! TACTAAAGGTATACACATCC+GGG - Chr6:100684843-100684862 None:intergenic 35.0%
! TGGATTTTGTAAGGAAGGAA+GGG + Chr6:100684873-100684892 MsG0680035213.01.T01:CDS 35.0%
! TTGATGGTTTGTGTAAATCG+GGG + Chr6:100685184-100685203 MsG0680035213.01.T01:CDS 35.0%
!! ATCCATGGGTTTTGTAACAA+GGG + Chr6:100685498-100685517 MsG0680035213.01.T01:CDS 35.0%
!! ATTGATGGATTGTGTAAAGG+TGG + Chr6:100685393-100685412 MsG0680035213.01.T01:CDS 35.0%
!! GGATGCACAAAATGTTTTTG+AGG + Chr6:100685425-100685444 MsG0680035213.01.T01:CDS 35.0%
!!! GTTGATGGATTTTGTAAGGA+AGG + Chr6:100684868-100684887 MsG0680035213.01.T01:CDS 35.0%
AACCTTCACTACACTCATCA+AGG + Chr6:100684432-100684451 MsG0680035213.01.T01:CDS 40.0%
AAGGGAACCTACAAATTCGA+AGG - Chr6:100684230-100684249 None:intergenic 40.0%
ACATATTTGGTCGAATACCC+TGG - Chr6:100685356-100685375 None:intergenic 40.0%
ACCTTCACTACACTCATCAA+GGG + Chr6:100684433-100684452 MsG0680035213.01.T01:CDS 40.0%
ATTGCACTTTCATGACAAGC+TGG + Chr6:100684486-100684505 MsG0680035213.01.T01:CDS 40.0%
ATTTCATAAGTAACGGCGTC+TGG - Chr6:100685579-100685598 None:intergenic 40.0%
CTTCGTGAAATGATTACGAG+AGG + Chr6:100685651-100685670 MsG0680035213.01.T01:CDS 40.0%
GATGAGTGTAGTGAAGGTTA+TGG - Chr6:100684431-100684450 None:intergenic 40.0%
GCACTGTAAGTAACAACATC+AGG - Chr6:100684739-100684758 None:intergenic 40.0%
GTACTGTACATTACCACATC+AGG - Chr6:100684634-100684653 None:intergenic 40.0%
GTAGTGAAGGTTATGGTATC+TGG - Chr6:100684424-100684443 None:intergenic 40.0%
GTCAATGAGATGCATGATAG+AGG + Chr6:100685231-100685250 MsG0680035213.01.T01:CDS 40.0%
TATTCAACACTATGGCTCAG+GGG + Chr6:100685019-100685038 MsG0680035213.01.T01:CDS 40.0%
TCAAGGTCCCATAACTAACT+TGG - Chr6:100684534-100684553 None:intergenic 40.0%
TGCTTTGTGCAAAAACCATC+AGG + Chr6:100685293-100685312 MsG0680035213.01.T01:CDS 40.0%
! AAGAACAGCGTGGTAATGTT+TGG - Chr6:100684260-100684279 None:intergenic 40.0%
! CATGAAAGTGCAATGCTTGA+TGG - Chr6:100684480-100684499 None:intergenic 40.0%
!! CAAAAACCATCAGGTTGACA+GGG + Chr6:100685302-100685321 MsG0680035213.01.T01:CDS 40.0%
!! GAGTTGATGGGAAATTGGTT+CGG + Chr6:100684608-100684627 MsG0680035213.01.T01:CDS 40.0%
!! GATCCATGGGTTTTGTAACA+AGG + Chr6:100685497-100685516 MsG0680035213.01.T01:CDS 40.0%
AACTCGTCGGAGCAATTGAA+GGG - Chr6:100684593-100684612 None:intergenic 45.0%
ACCCTTGATGAGTGTAGTGA+AGG - Chr6:100684437-100684456 None:intergenic 45.0%
AGCCCTTGTTACAAAACCCA+TGG - Chr6:100685503-100685522 None:intergenic 45.0%
ATCAAGGGTCTCTGTCTCAA+AGG + Chr6:100684448-100684467 MsG0680035213.01.T01:CDS 45.0%
ATTCAACACTATGGCTCAGG+GGG + Chr6:100685020-100685039 MsG0680035213.01.T01:CDS 45.0%
CCAATTTCCCATCAACTCGT+CGG - Chr6:100684606-100684625 None:intergenic 45.0%
GAAAAAGGGAAAGAACAGCG+TGG - Chr6:100684270-100684289 None:intergenic 45.0%
GAACCTACAAATTCGAAGGC+GGG - Chr6:100684226-100684245 None:intergenic 45.0%
GGAACCTACAAATTCGAAGG+CGG - Chr6:100684227-100684246 None:intergenic 45.0%
GTGTAAAGGTGGAAGACTAG+AGG + Chr6:100685404-100685423 MsG0680035213.01.T01:CDS 45.0%
! GGGCTTGTTTGATGAAGCAT+TGG + Chr6:100685518-100685537 MsG0680035213.01.T01:CDS 45.0%
!! AATTGCTCCGACGAGTTGAT+GGG + Chr6:100684596-100684615 MsG0680035213.01.T01:CDS 45.0%
!! GCAAAAACCATCAGGTTGAC+AGG + Chr6:100685301-100685320 MsG0680035213.01.T01:CDS 45.0%
CAACTCGTCGGAGCAATTGA+AGG - Chr6:100684594-100684613 None:intergenic 50.0%
TTCAACACTATGGCTCAGGG+GGG + Chr6:100685021-100685040 MsG0680035213.01.T01:CDS 50.0%
! CAATTGCTCCGACGAGTTGA+TGG + Chr6:100684595-100684614 MsG0680035213.01.T01:CDS 50.0%
!! CCGACGAGTTGATGGGAAAT+TGG + Chr6:100684603-100684622 MsG0680035213.01.T01:CDS 50.0%
!! GAAATTGGTTCGGCCTGATG+TGG + Chr6:100684618-100684637 MsG0680035213.01.T01:CDS 50.0%
AAATTCGAAGGCGGGTGGAG+TGG - Chr6:100684218-100684237 None:intergenic 55.0%
AATTCGAAGGCGGGTGGAGT+GGG - Chr6:100684217-100684236 None:intergenic 55.0%
CAATCGCCCTGTCAACCTGA+TGG - Chr6:100685311-100685330 None:intergenic 55.0%
CCACCCGCCTTCGAATTTGT+AGG + Chr6:100684220-100684239 MsG0680035213.01.T01:CDS 55.0%
CCTACAAATTCGAAGGCGGG+TGG - Chr6:100684223-100684242 None:intergenic 55.0%
! CATGACAAGCTGGTAGCGCT+TGG + Chr6:100684496-100684515 MsG0680035213.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 100684031 100685683 100684031 ID=MsG0680035213.01;Name=MsG0680035213.01
Chr6 mRNA 100684031 100685683 100684031 ID=MsG0680035213.01.T01;Parent=MsG0680035213.01;Name=MsG0680035213.01.T01;_AED=0.44;_eAED=0.44;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|550
Chr6 exon 100684031 100685683 100684031 ID=MsG0680035213.01.T01:exon:20637;Parent=MsG0680035213.01.T01
Chr6 CDS 100684031 100685683 100684031 ID=MsG0680035213.01.T01:cds;Parent=MsG0680035213.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680035213.01.T01

ATGTTGCTGAGGTACTGTGTTGTTCCTGTTTCTCTTTTTGTTCCAAAAAAGTTTCATTCTTTTCAATTTCTGAAAAACACCAAATTCAATTTCATTCCTTATTCTTCAACTTCATCCACATTCCATAATAACAATGATGTTGTTGATGCTGTTTCATCGTTCAATTGCTTGCTTCATCGAAATCCCACTCCACCCGCCTTCGAATTTGTAGGTTCCCTTGTCAAATCCAAACATTACCACGCTGTTCTTTCCCTTTTTCAACAAATGGAATTTATAGGAATTAAACCTAACTTAGTCAATTGCAACATTCTCATCAATTCTTTCTGTCAATTGGGTCTTATCTCTTTTGCTTTTTCTGTATTCACAAAGATTCTCAAAAATGGTTACGAGCCAGATACCATAACCTTCACTACACTCATCAAGGGTCTCTGTCTCAAAGGTGACATCCATCAAGCATTGCACTTTCATGACAAGCTGGTAGCGCTTGGATTTCAATTGAACCAAGTTAGTTATGGGACCTTGATTAATGGCTTGTGTAAAGTTAGTGAAACAAGAGCAGCCCTTCAATTGCTCCGACGAGTTGATGGGAAATTGGTTCGGCCTGATGTGGTAATGTACAGTACGATTATTGATAGTATGTGCAAAGTTAAACTTGTAAATGATGCTTTTGATTTATATTCTGAAATGGTTTCTAAGAGAATTTCTCCTGATGTTGTTACTTACAGTGCTTTAATTAGTGGCTTTTGCATTGTTGGTGAATTGAAAGATGCAATTGGTTTGTTCAATAAAATGATATTGGAAAACATCATCCCGGATGTGTATACCTTTAGTATATTGGTTGATGGATTTTGTAAGGAAGGAAGGGTGAAAGAAGCTAAAAATGTGTTCGCTATGATGATGAAACAAGATATTAAACCTAATGTTTTTACTTATAACTCTTTAATGGATGGATATTGCCTAGTTAAAGAAGTGAATAAGGCTAAGAGTATATTCAACACTATGGCTCAGGGGGGAGTGAATCCTGATATTCACAGTTATAGTATCTTGATTAATGGGTTTTGTAAGATTAAAATGATGGATGAAGCCATGAATCTCTTTGAAGAAATGCATTGCAGAAAAATTATTCCTGATGTGGTAACTTACAATTCCCTTATTGATGGTTTGTGTAAATCGGGGAAAATCTCTTATGCTTTGAAGCTAGTCAATGAGATGCATGATAGAGGTCAAGCACCTGATATGATTACTTACAATTCTATATTGGATGCTTTGTGCAAAAACCATCAGGTTGACAGGGCGATTGCATTATTAACAAAATTGAAAGACCAGGGTATTCGACCAAATATGTACACATACACTATTCTTATTGATGGATTGTGTAAAGGTGGAAGACTAGAGGATGCACAAAATGTTTTTGAGGATCTTTTAGTCAAAGGCTATAATATAACTGTCAACACATATACCGTTATGATCCATGGGTTTTGTAACAAGGGCTTGTTTGATGAAGCATTGGCTTTGTTGTCAAAAATGAAAGACAATAGTTGCATTCCAGACGCCGTTACTTATGAAATAATCATCCGTTCTCTGTTTGATAAAGATGAAAATGATAAGGCGGAGAAACTTCTTCGTGAAATGATTACGAGAGGCCTATTGTAA
Protein sequence

>MsG0680035213.01.T01

MLLRYCVVPVSLFVPKKFHSFQFLKNTKFNFIPYSSTSSTFHNNNDVVDAVSSFNCLLHRNPTPPAFEFVGSLVKSKHYHAVLSLFQQMEFIGIKPNLVNCNILINSFCQLGLISFAFSVFTKILKNGYEPDTITFTTLIKGLCLKGDIHQALHFHDKLVALGFQLNQVSYGTLINGLCKVSETRAALQLLRRVDGKLVRPDVVMYSTIIDSMCKVKLVNDAFDLYSEMVSKRISPDVVTYSALISGFCIVGELKDAIGLFNKMILENIIPDVYTFSILVDGFCKEGRVKEAKNVFAMMMKQDIKPNVFTYNSLMDGYCLVKEVNKAKSIFNTMAQGGVNPDIHSYSILINGFCKIKMMDEAMNLFEEMHCRKIIPDVVTYNSLIDGLCKSGKISYALKLVNEMHDRGQAPDMITYNSILDALCKNHQVDRAIALLTKLKDQGIRPNMYTYTILIDGLCKGGRLEDAQNVFEDLLVKGYNITVNTYTVMIHGFCNKGLFDEALALLSKMKDNSCIPDAVTYEIIIRSLFDKDENDKAEKLLREMITRGLL*