AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038729.01

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MsG0780038729.01.T01 AT1G63150 22.022 277 165 5 219 494 18 244 4.77e-11 65.9
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MsG0780038729.01.T01 AT2G17525 22.115 208 153 3 127 330 393 595 9.34e-12 68.2
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MsG0780038729.01.T01 AT3G23330 21.905 315 234 5 187 498 90 395 1.08e-11 67.8
MsG0780038729.01.T01 AT1G31920 22.840 324 207 8 226 514 95 410 1.23e-11 67.8
MsG0780038729.01.T01 AT4G21170 20.330 364 269 8 132 485 163 515 1.33e-11 67.8
MsG0780038729.01.T01 AT2G20540 24.631 203 147 3 126 327 180 377 1.36e-11 67.4
MsG0780038729.01.T01 AT3G15130 21.333 300 195 6 192 457 40 332 1.71e-11 67.4
MsG0780038729.01.T01 AT1G09190 22.302 417 247 14 127 528 72 426 2.96e-11 66.2
MsG0780038729.01.T01 AT3G22690 22.980 396 261 11 127 508 104 469 3.21e-11 66.6
MsG0780038729.01.T01 AT5G59600 27.027 222 142 5 269 484 57 264 3.35e-11 66.2
MsG0780038729.01.T01 AT5G60960 21.212 297 211 7 120 401 173 461 3.39e-11 66.2
MsG0780038729.01.T01 AT5G46460 22.449 294 194 9 191 477 64 330 3.59e-11 66.2
MsG0780038729.01.T01 AT3G22690 22.980 396 261 11 127 508 104 469 4.38e-11 66.2
MsG0780038729.01.T01 AT4G14050 23.827 277 166 7 225 499 168 401 4.98e-11 65.9
MsG0780038729.01.T01 AT3G22690 22.980 396 261 11 127 508 104 469 5.08e-11 65.9
MsG0780038729.01.T01 AT5G15300 21.543 311 222 6 213 514 25 322 5.12e-11 65.5
MsG0780038729.01.T01 AT3G57430 22.939 279 204 5 199 474 68 338 5.20e-11 65.9
MsG0780038729.01.T01 AT2G27610 20.294 340 245 9 176 510 349 667 5.56e-11 65.9
MsG0780038729.01.T01 AT4G02820 21.942 278 203 7 182 450 146 418 6.32e-11 65.5
MsG0780038729.01.T01 AT3G29290 21.405 299 224 6 191 482 140 434 6.46e-11 65.5
MsG0780038729.01.T01 AT3G29290 21.405 299 224 6 191 482 140 434 6.46e-11 65.5
MsG0780038729.01.T01 AT3G29290 21.405 299 224 6 191 482 140 434 6.46e-11 65.5
MsG0780038729.01.T01 AT3G29290 21.405 299 224 6 191 482 140 434 6.46e-11 65.5
MsG0780038729.01.T01 AT3G29290 21.405 299 224 6 191 482 140 434 6.46e-11 65.5
MsG0780038729.01.T01 AT1G26900 22.072 444 294 13 127 531 95 525 7.13e-11 65.1
MsG0780038729.01.T01 AT5G36300 23.432 303 212 9 197 483 15 313 8.27e-11 63.9
MsG0780038729.01.T01 AT1G22830 22.295 305 214 6 161 457 153 442 8.38e-11 65.1
MsG0780038729.01.T01 AT1G22830 22.295 305 214 6 161 457 153 442 8.38e-11 65.1
MsG0780038729.01.T01 AT4G14820 21.614 347 230 8 192 505 176 513 8.88e-11 65.1

Find 7 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 269 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GAGCGCAATGCAATGATTTA+TGG 0.154331 7:+52012151 MsG0780038729.01.T01:exon
ATTGATGGCTCTTGGGATTA+TGG 0.197411 7:+52012221 MsG0780038729.01.T01:exon
CATAGGTTGAATGTGTTCTT+TGG 0.235422 7:+52012010 MsG0780038729.01.T01:intron
TTCGTAGAATTGATGGCTCT+TGG 0.326575 7:+52012213 MsG0780038729.01.T01:exon
TGTTCTTTGGCTTAGTTTAG+TGG 0.335747 7:+52012023 MsG0780038729.01.T01:exon
TCGTAGAATTGATGGCTCTT+GGG 0.441604 7:+52012214 MsG0780038729.01.T01:exon
AATGAAATAACGTGAGCGAG+TGG 0.639396 7:+52012072 MsG0780038729.01.T01:exon

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! TCCTATATTTTTTATATTAA+CGG + Chr7:52011938-52011957 MsG0780038729.01.T01:intron 10.0%
!! ACCGTTAATATAAAAAATAT+AGG - Chr7:52011942-52011961 None:intergenic 15.0%
!! AGAAATTAATATATAGATAG+CGG + Chr7:52011907-52011926 MsG0780038729.01.T01:intron 15.0%
!! ATATTACAACTAACAACATT+CGG - Chr7:52010628-52010647 None:intergenic 20.0%
!! TATAAACAACTCAAATAAAG+TGG - Chr7:52011862-52011881 None:intergenic 20.0%
!!! ATTAAAGGATTTTGTAAAGT+TGG + Chr7:52011387-52011406 MsG0780038729.01.T01:CDS 20.0%
!!! TAGTTGTAATATTTTGCTTA+AGG + Chr7:52010636-52010655 MsG0780038729.01.T01:CDS 20.0%
!!! TGCTTTTAAATGATTGAATT+GGG + Chr7:52012186-52012205 MsG0780038729.01.T01:exon 20.0%
! AATGAAACAAGAAATCAACA+AGG + Chr7:52011518-52011537 MsG0780038729.01.T01:CDS 25.0%
! ACCTACACTATATTAATTGA+CGG + Chr7:52011477-52011496 MsG0780038729.01.T01:CDS 25.0%
! GTAGTATAACTAACAACATT+AGG - Chr7:52010733-52010752 None:intergenic 25.0%
! TAACTAATGTTTAGTATGAC+TGG + Chr7:52011777-52011796 MsG0780038729.01.T01:intron 25.0%
! TAATGCATTGTTGAATTCTT+TGG + Chr7:52010534-52010553 MsG0780038729.01.T01:CDS 25.0%
! TCCTTTAATCAACATGTTAT+AGG - Chr7:52011376-52011395 None:intergenic 25.0%
!! ACCTATAACATGTTGATTAA+AGG + Chr7:52011372-52011391 MsG0780038729.01.T01:CDS 25.0%
!! ATTTTTGTAAAACCTGTTGT+GGG + Chr7:52011588-52011607 MsG0780038729.01.T01:CDS 25.0%
!! GTTAGTTATACTACTGTTTT+GGG + Chr7:52010739-52010758 MsG0780038729.01.T01:CDS 25.0%
!! TGTTAGTTATACTACTGTTT+TGG + Chr7:52010738-52010757 MsG0780038729.01.T01:CDS 25.0%
!!! ATGTTATAGGTAAAAGCATT+AGG - Chr7:52011363-52011382 None:intergenic 25.0%
!!! CTGCTTTTAAATGATTGAAT+TGG + Chr7:52012185-52012204 MsG0780038729.01.T01:exon 25.0%
!!! GTGTTTTGATGATTAATCTT+TGG + Chr7:52012125-52012144 MsG0780038729.01.T01:exon 25.0%
!!! TATTTTTGTAAAACCTGTTG+TGG + Chr7:52011587-52011606 MsG0780038729.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTTTGGTGTTTAAGAATTG+TGG + Chr7:52010583-52010602 MsG0780038729.01.T01:CDS 25.0%
AGGAATATGTTTGATGAGTT+TGG + Chr7:52011219-52011238 MsG0780038729.01.T01:CDS 30.0%
CAAAATATTGAAGATGAGTG+TGG - Chr7:52010000-52010019 None:intergenic 30.0%
CCTACACTATATTAATTGAC+GGG + Chr7:52011478-52011497 MsG0780038729.01.T01:CDS 30.0%
GGAATATGTTTGATGAGTTT+GGG + Chr7:52011220-52011239 MsG0780038729.01.T01:CDS 30.0%
TATGATTCAGGCTTATTGTA+AGG + Chr7:52010963-52010982 MsG0780038729.01.T01:CDS 30.0%
TATTGTAAGGAGAAGAAATC+CGG + Chr7:52010976-52010995 MsG0780038729.01.T01:CDS 30.0%
TCAGAATAAGCGTTATAGAT+TGG + Chr7:52010558-52010577 MsG0780038729.01.T01:CDS 30.0%
TTTAGAGAGTTTAAGGAAGA+TGG - Chr7:52010329-52010348 None:intergenic 30.0%
! ACGTATAATTCATTGATTGC+TGG + Chr7:52011267-52011286 MsG0780038729.01.T01:CDS 30.0%
!! ATAGTGTAGGTTGATTTGTT+GGG - Chr7:52011468-52011487 None:intergenic 30.0%
!! TACTTATGGTGTTATGATTC+AGG + Chr7:52010951-52010970 MsG0780038729.01.T01:CDS 30.0%
!! TATAGTGTAGGTTGATTTGT+TGG - Chr7:52011469-52011488 None:intergenic 30.0%
!! TGTGACTAGTTATACTGTTT+TGG + Chr7:52010840-52010859 MsG0780038729.01.T01:CDS 30.0%
!!! AATGCTGCTTTTAATTGGTT+GGG + Chr7:52011816-52011835 MsG0780038729.01.T01:intron 30.0%
!!! TATGGAATGCTGCTTTTAAT+TGG + Chr7:52011811-52011830 MsG0780038729.01.T01:intron 30.0%
!!! TGACTGGTTTTGTGTTAATA+TGG + Chr7:52011793-52011812 MsG0780038729.01.T01:intron 30.0%
AACAACTCAAATAAAGTGGC+TGG - Chr7:52011858-52011877 None:intergenic 35.0%
AATCAACAAGGTAGTTTCAC+TGG + Chr7:52011530-52011549 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
ACACCATAAGTAACCTCATT+AGG - Chr7:52010943-52010962 None:intergenic 35.0%
ACAGTATAACTAGTCACATC+CGG - Chr7:52010838-52010857 None:intergenic 35.0%
AGCGGAATTTAGAGAGTTTA+AGG - Chr7:52010336-52010355 None:intergenic 35.0%
ATGGATATTATGGAGGAGAA+TGG + Chr7:52010910-52010929 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
ATGTTTGATGAGTTTGGGAA+GGG + Chr7:52011225-52011244 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
CCCGTCAATTAATATAGTGT+AGG - Chr7:52011481-52011500 None:intergenic 35.0%
TAATCCATAACCGCGAATAA+CGG - Chr7:52010437-52010456 None:intergenic 35.0%
TATGTTTGATGAGTTTGGGA+AGG + Chr7:52011224-52011243 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
TGGATATTATGGAGGAGAAT+GGG + Chr7:52010911-52010930 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
TGTTTAAGAATTGTGGAGAG+AGG + Chr7:52010590-52010609 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
TTGTAAAGTTGGAAATGCCA+AGG + Chr7:52011398-52011417 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
TTGTGAGTACGCTTATACAT+TGG + Chr7:52011166-52011185 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
! CATAGGTTGAATGTGTTCTT+TGG + Chr7:52012010-52012029 MsG0780038729.01.T01:intron 35.0%
! GATCCTGTTTGTTCTTTTAG+CGG + Chr7:52010019-52010038 MsG0780038729.01.T01:exon 35.0%
! GTTTTGTAGGTTAGGGAAAT+TGG + Chr7:52010870-52010889 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
! TGCTTAAGGCGTTATGTAAA+GGG + Chr7:52010650-52010669 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
! TGTTCTTTGGCTTAGTTTAG+TGG + Chr7:52012023-52012042 MsG0780038729.01.T01:exon 35.0%
! TTGCTTAAGGCGTTATGTAA+AGG + Chr7:52010649-52010668 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
!! AGTTATACTACTGTTTTGGG+TGG + Chr7:52010742-52010761 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
!! ATACATTGGCTTTGCAAGAA+GGG + Chr7:52011180-52011199 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
!! GACTAGTTATACTGTTTTGG+TGG + Chr7:52010843-52010862 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
!! GTTATACTACTGTTTTGGGT+GGG + Chr7:52010743-52010762 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
!! TATACATTGGCTTTGCAAGA+AGG + Chr7:52011179-52011198 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
!! TGAAGTTGCTGTTAAGGTTT+TGG + Chr7:52010681-52010700 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
!! TTTTGAGGATCGAATCGTTT+GGG + Chr7:52010488-52010507 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
!! TTTTTGAGGATCGAATCGTT+TGG + Chr7:52010487-52010506 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
!!! AGTTATACTGTTTTGGTGGA+TGG + Chr7:52010847-52010866 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
!!! GAATGCTGCTTTTAATTGGT+TGG + Chr7:52011815-52011834 MsG0780038729.01.T01:intron 35.0%
!!! GCGTTATAGATTGGCTTTTT+TGG + Chr7:52010567-52010586 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
!!! GGGTTTTTTCGTAGAATTGA+TGG + Chr7:52012206-52012225 MsG0780038729.01.T01:exon 35.0%
!!! GTTATACTGTTTTGGTGGAT+GGG + Chr7:52010848-52010867 MsG0780038729.01.T01:CDS 35.0%
AAAAGAGCCATGGGCATATA+TGG - Chr7:52011698-52011717 None:intergenic 40.0%
AAAGTTGGAAATGCCAAGGA+GGG + Chr7:52011402-52011421 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
AAGATTTGAAGGGAGAGATG+AGG - Chr7:52010247-52010266 None:intergenic 40.0%
AATCAAGTTAACCGCTTCTC+CGG - Chr7:52010998-52011017 None:intergenic 40.0%
AATGAAATAACGTGAGCGAG+TGG + Chr7:52012072-52012091 MsG0780038729.01.T01:exon 40.0%
AATGAGAGATGAGAGGAGTT+TGG - Chr7:52010209-52010228 None:intergenic 40.0%
AGAGTTTAAGGAAGATGGCT+TGG - Chr7:52010324-52010343 None:intergenic 40.0%
AGATTTGAAGGGAGAGATGA+GGG - Chr7:52010246-52010265 None:intergenic 40.0%
ATGAGAGATGAGAGGAGTTT+GGG - Chr7:52010208-52010227 None:intergenic 40.0%
ATGGTTTCGAGGAAGAATTG+TGG + Chr7:52011126-52011145 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
ATTGATTGCTGGATTGTGTG+AGG + Chr7:52011278-52011297 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
GAATTGTGGAGAGAGGTTTA+AGG + Chr7:52010597-52010616 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
GAGCCTAATGAGGTTACTTA+TGG + Chr7:52010937-52010956 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
GAGCGCAATGCAATGATTTA+TGG + Chr7:52012151-52012170 MsG0780038729.01.T01:exon 40.0%
GATTGAGGATATGATTGCGA+AGG + Chr7:52011014-52011033 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
GCATTAACTGATCTAACCGA+GGG - Chr7:52010520-52010539 None:intergenic 40.0%
GGATATGATTGCGAAGGATT+TGG + Chr7:52011020-52011039 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
GGATATTATGGAGGAGAATG+GGG + Chr7:52010912-52010931 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
GTTCCGCTAAAAGAACAAAC+AGG - Chr7:52010025-52010044 None:intergenic 40.0%
TAAAGTTGGAAATGCCAAGG+AGG + Chr7:52011401-52011420 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
TAGAACTCTAATACCCTCCT+TGG - Chr7:52011418-52011437 None:intergenic 40.0%
TAGAGGAGATGTTGGAAAAC+AGG + Chr7:52011436-52011455 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
TGAGGCAGGCTCTATTTAAT+TGG + Chr7:52011717-52011736 MsG0780038729.01.T01:intron 40.0%
TGCACTGTGATAATACTGTG+AGG + Chr7:52011659-52011678 MsG0780038729.01.T01:exon 40.0%
TGCATTAACTGATCTAACCG+AGG - Chr7:52010521-52010540 None:intergenic 40.0%
TTGATGTGTTGTGTGAGGAA+GGG + Chr7:52011073-52011092 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
TTGATTGCTGGATTGTGTGA+GGG + Chr7:52011279-52011298 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
TTGTAGGTTAGGGAAATTGG+TGG + Chr7:52010873-52010892 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
! AGAAGCGGTTAACTTGATTG+AGG + Chr7:52010999-52011018 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
! ATTGACGGGATTTTGCTTTC+AGG + Chr7:52011492-52011511 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
! ATTGATGGCTCTTGGGATTA+TGG + Chr7:52012221-52012240 MsG0780038729.01.T01:exon 40.0%
! ATTGCGAAGGATTTGGTTGT+GGG + Chr7:52011027-52011046 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
! GTTGGATTTTGTAGGACTGT+GGG - Chr7:52010153-52010172 None:intergenic 40.0%
! TCGTAGAATTGATGGCTCTT+GGG + Chr7:52012214-52012233 MsG0780038729.01.T01:exon 40.0%
! TGAGGTTGAAGTTGCTGTTA+AGG + Chr7:52010675-52010694 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
! TGGGATGATATGGTGGAAAA+GGG + Chr7:52011330-52011349 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
! TTCGTAGAATTGATGGCTCT+TGG + Chr7:52012213-52012232 MsG0780038729.01.T01:exon 40.0%
!! GATCAGGGTGATGGATATTA+TGG + Chr7:52010900-52010919 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
!! GATTGGTGGTTGGATTTTGT+AGG - Chr7:52010161-52010180 None:intergenic 40.0%
!! TACATTGGCTTTGCAAGAAG+GGG + Chr7:52011181-52011200 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
!! TAGAGTTCTAGAGGAGATGT+TGG + Chr7:52011428-52011447 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
!! TGGATGGGTTTTGTAGGTTA+GGG + Chr7:52010863-52010882 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
!! TTTAAGGAAGATGGCTTGGT+AGG - Chr7:52010320-52010339 None:intergenic 40.0%
!! TTTTGGTGGATGGGTTTTGT+AGG + Chr7:52010857-52010876 MsG0780038729.01.T01:CDS 40.0%
AGGAAGAATTGTGGCCTCAA+CGG + Chr7:52011135-52011154 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
AGGTGTGGTTGTTGTGTTAG+CGG - Chr7:52010125-52010144 None:intergenic 45.0%
ATTAGCTGGAAAGCCTGTAC+GGG + Chr7:52010453-52010472 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
CAGTTCAGTAGATGTGCTTG+CGG + Chr7:52011882-52011901 MsG0780038729.01.T01:intron 45.0%
CCACTTGTAACCGTTATTCG+CGG + Chr7:52010424-52010443 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
CCATCATCATTACCCACAAC+AGG - Chr7:52011603-52011622 None:intergenic 45.0%
CCTGTTGTGGGTAATGATGA+TGG + Chr7:52011600-52011619 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
CTCTCTAAATTCCGCTGCTT+CGG + Chr7:52010340-52010359 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
GAATGTTGAGAAGGCTTGTG+AGG + Chr7:52011095-52011114 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
GGCGTGAAGGAAGATTTGAA+GGG - Chr7:52010257-52010276 None:intergenic 45.0%
GGCGTTATGTAAAGGGAATG+AGG + Chr7:52010657-52010676 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
GGTTGTTGATGTGTTGTGTG+AGG + Chr7:52011068-52011087 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
GTAACCGTTATTCGCGGTTA+TGG + Chr7:52010430-52010449 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
GTTGATGTGTTGTGTGAGGA+AGG + Chr7:52011072-52011091 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
GTTTGGGGGTTATGGTAGAA+GGG - Chr7:52010298-52010317 None:intergenic 45.0%
GTTTGTTTGGAGGGGTGATA+TGG + Chr7:52010765-52010784 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
TGAGAGATGAGAGGAGTTTG+GGG - Chr7:52010207-52010226 None:intergenic 45.0%
TGAGGAAGGGAATGTTGAGA+AGG + Chr7:52011086-52011105 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
TGATGAGTTTGGGAAGGGAT+CGG + Chr7:52011230-52011249 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
TGTTGGAGTCTGTGCTTCAT+AGG + Chr7:52011993-52012012 MsG0780038729.01.T01:intron 45.0%
TGTTGTGTTAGCGGCAATTG+CGG - Chr7:52010116-52010135 None:intergenic 45.0%
TTTGGGGGTTATGGTAGAAG+GGG - Chr7:52010297-52010316 None:intergenic 45.0%
! ATATGCCCATGGCTCTTTTG+AGG + Chr7:52011699-52011718 MsG0780038729.01.T01:intron 45.0%
! GAAATTGGTGGATGCGATCA+GGG + Chr7:52010885-52010904 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
! GAAGGATTTGGTTGTGGGTT+CGG + Chr7:52011032-52011051 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
! GAGGGTTTTTCGTGAGGTTT+TGG + Chr7:52010798-52010817 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
! GATTAGCTGGAAAGCCTGTA+CGG + Chr7:52010452-52010471 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
! GATTGCGAAGGATTTGGTTG+TGG + Chr7:52011026-52011045 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
! GATTTTGTAGGACTGTGGGA+GGG - Chr7:52010149-52010168 None:intergenic 45.0%
! GGTTGGATTTTGTAGGACTG+TGG - Chr7:52010154-52010173 None:intergenic 45.0%
! GTGGGATGATATGGTGGAAA+AGG + Chr7:52011329-52011348 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
! GTTGACTCCATATATGCCCA+TGG + Chr7:52011688-52011707 MsG0780038729.01.T01:intron 45.0%
! TGCTATGAGGGTTTTTCGTG+AGG + Chr7:52010792-52010811 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
! TTTGGGTGGGTTTGTTTGGA+GGG + Chr7:52010756-52010775 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
!! AAGATGGCTTGGTAGGTTTG+GGG - Chr7:52010313-52010332 None:intergenic 45.0%
!! ATTCGCGGTTATGGATTAGC+TGG + Chr7:52010439-52010458 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
!! CAGGGTGATGGATATTATGG+AGG + Chr7:52010903-52010922 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
!! CTGGAGTTGATGCTGATTTG+TGG + Chr7:52011562-52011581 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
!! CTGTTTTGGGTGGGTTTGTT+TGG + Chr7:52010752-52010771 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
!! GAAGATGGCTTGGTAGGTTT+GGG - Chr7:52010314-52010333 None:intergenic 45.0%
!! GGAGGGTATTAGAGTTCTAG+AGG + Chr7:52011419-52011438 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
!! GTGGATGGGTTTTGTAGGTT+AGG + Chr7:52010862-52010881 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
!! GTTGTGGGTAATGATGATGG+TGG + Chr7:52011603-52011622 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
!! TGATATGGAGGGTGCTATGA+GGG + Chr7:52010780-52010799 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
!! TTTTGGGTGGGTTTGTTTGG+AGG + Chr7:52010755-52010774 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
!!! AAGGTTTTGGATGAGATGCC+TGG + Chr7:52010694-52010713 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
!!! AGGTTTTGGATGAGATGCCT+GGG + Chr7:52010695-52010714 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
!!! GGGCTCTCAAGACTTTTTTG+AGG + Chr7:52010473-52010492 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
!!! TTCGTGAGGTTTTGGATCGA+GGG + Chr7:52010806-52010825 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
!!! TTTCGTGAGGTTTTGGATCG+AGG + Chr7:52010805-52010824 MsG0780038729.01.T01:CDS 45.0%
AAAGTCTTGAGAGCCCGTAC+AGG - Chr7:52010469-52010488 None:intergenic 50.0%
AAGATGAGTGTGGCAGCTCT+TGG - Chr7:52009990-52010009 None:intergenic 50.0%
ACTCAATTTCGCCGAAGCAG+CGG - Chr7:52010354-52010373 None:intergenic 50.0%
AGCATCAACTCCAGTCGACA+TGG - Chr7:52011556-52011575 None:intergenic 50.0%
CCGCGAATAACGGTTACAAG+TGG - Chr7:52010427-52010446 None:intergenic 50.0%
CGACTTGTCAGTTTCGTGTC+AGG + Chr7:52011964-52011983 MsG0780038729.01.T01:intron 50.0%
CTTGGTAGGTTTGGGGGTTA+TGG - Chr7:52010306-52010325 None:intergenic 50.0%
GAAGAATTGTGGCCTCAACG+GGG + Chr7:52011137-52011156 MsG0780038729.01.T01:CDS 50.0%
GAATGGGGTTGAGCCTAATG+AGG + Chr7:52010927-52010946 MsG0780038729.01.T01:CDS 50.0%
GGAAGAATTGTGGCCTCAAC+GGG + Chr7:52011136-52011155 MsG0780038729.01.T01:CDS 50.0%
GGAGAAGAAATCCGGAGAAG+CGG + Chr7:52010984-52011003 MsG0780038729.01.T01:CDS 50.0%
GGCAGCTCTTGGAACCAAAA+CGG - Chr7:52009979-52009998 None:intergenic 50.0%
GGGCGTGAAGGAAGATTTGA+AGG - Chr7:52010258-52010277 None:intergenic 50.0%
GGGTTCGGAGTTGTGTTGTA+AGG + Chr7:52011047-52011066 MsG0780038729.01.T01:CDS 50.0%
GGTTTGGGGGTTATGGTAGA+AGG - Chr7:52010299-52010318 None:intergenic 50.0%
GTGGTGAAGCTGAACTGGAT+AGG + Chr7:52011622-52011641 MsG0780038729.01.T01:CDS 50.0%
GTTTGGAGGGGTGATATGGA+GGG + Chr7:52010769-52010788 MsG0780038729.01.T01:CDS 50.0%
TATGGTAGAAGGGGGGTTTG+TGG - Chr7:52010288-52010307 None:intergenic 50.0%
TCCAACCACCAATCAAACCC+TGG + Chr7:52010167-52010186 MsG0780038729.01.T01:CDS 50.0%
TGTTTGGAGGGGTGATATGG+AGG + Chr7:52010768-52010787 MsG0780038729.01.T01:CDS 50.0%
TTAGGAACCAAACCCATCCC+AGG - Chr7:52010715-52010734 None:intergenic 50.0%
TTCGTGTCAGGTGTCTGTGT+TGG + Chr7:52011976-52011995 MsG0780038729.01.T01:intron 50.0%
TTGAGAAGGCTTGTGAGGTG+TGG + Chr7:52011100-52011119 MsG0780038729.01.T01:CDS 50.0%
TTGGATGAGATGCCTGGGAT+GGG + Chr7:52010700-52010719 MsG0780038729.01.T01:CDS 50.0%
TTGGGGGTTATGGTAGAAGG+GGG - Chr7:52010296-52010315 None:intergenic 50.0%
TTTGGATGAGATGCCTGGGA+TGG + Chr7:52010699-52010718 MsG0780038729.01.T01:CDS 50.0%
! ATCGTTTGGGATTCGACCCT+CGG + Chr7:52010501-52010520 MsG0780038729.01.T01:CDS 50.0%
! ATGAGAGGAGTTTGGGGTTG+AGG - Chr7:52010201-52010220 None:intergenic 50.0%
! GACGGGATTTTGCTTTCAGG+TGG + Chr7:52011495-52011514 MsG0780038729.01.T01:CDS 50.0%
! GGAAATTGGTGGATGCGATC+AGG + Chr7:52010884-52010903 MsG0780038729.01.T01:CDS 50.0%
! GGATTTTGTAGGACTGTGGG+AGG - Chr7:52010150-52010169 None:intergenic 50.0%
! TTGCAAGAAGGGGAAGGTGT+TGG + Chr7:52011191-52011210 MsG0780038729.01.T01:CDS 50.0%
! TTGGGTGGGTTTGTTTGGAG+GGG + Chr7:52010757-52010776 MsG0780038729.01.T01:CDS 50.0%
!! AGATGGCTTGGTAGGTTTGG+GGG - Chr7:52010312-52010331 None:intergenic 50.0%
!! GGAAGATGGCTTGGTAGGTT+TGG - Chr7:52010315-52010334 None:intergenic 50.0%
!! GTGATATGGAGGGTGCTATG+AGG + Chr7:52010779-52010798 MsG0780038729.01.T01:CDS 50.0%
!! TGATGGTGGTGAAGCTGAAC+TGG + Chr7:52011617-52011636 MsG0780038729.01.T01:CDS 50.0%
!! TTGGCTTTGCAAGAAGGGGA+AGG + Chr7:52011185-52011204 MsG0780038729.01.T01:CDS 50.0%
AACTGCGGAGGCTGGATAAG+AGG - Chr7:52010378-52010397 None:intergenic 55.0%
ACTGCGGAGGCTGGATAAGA+GGG - Chr7:52010377-52010396 None:intergenic 55.0%
AGAAGGCTTGTGAGGTGTGG+AGG + Chr7:52011103-52011122 MsG0780038729.01.T01:CDS 55.0%
AGAGATGAGGGTCGTGTTGG+CGG - Chr7:52010234-52010253 None:intergenic 55.0%
AGCCTGCCTCAAAAGAGCCA+TGG - Chr7:52011708-52011727 None:intergenic 55.0%
AGGTGTGGAGGATGGTTTCG+AGG + Chr7:52011115-52011134 MsG0780038729.01.T01:CDS 55.0%
GAGGCTGTGGGATGATATGG+TGG + Chr7:52011323-52011342 MsG0780038729.01.T01:CDS 55.0%
GCCTGCCTCAAAAGAGCCAT+GGG - Chr7:52011707-52011726 None:intergenic 55.0%
GGCGGGAAATGAGAGATGAG+AGG - Chr7:52010216-52010235 None:intergenic 55.0%
GTTTCACTGGCCATGTCGAC+TGG + Chr7:52011543-52011562 MsG0780038729.01.T01:CDS 55.0%
TCACAACAACAGCCCCGTTG+AGG - Chr7:52011152-52011171 None:intergenic 55.0%
TGAGGGAGAAGAGCTCTGTG+AGG + Chr7:52011296-52011315 MsG0780038729.01.T01:CDS 55.0%
TGGGGGTTATGGTAGAAGGG+GGG - Chr7:52010295-52010314 None:intergenic 55.0%
TGTGTTAGCGGCAATTGCGG+CGG - Chr7:52010113-52010132 None:intergenic 55.0%
TTGTAGGACTGTGGGAGGGA+AGG - Chr7:52010145-52010164 None:intergenic 55.0%
TTTGGATCGAGGGTGGAGTC+CGG + Chr7:52010816-52010835 MsG0780038729.01.T01:CDS 55.0%
! AGAGGAGTTTGGGGTTGAGG+CGG - Chr7:52010198-52010217 None:intergenic 55.0%
! GCCAGGGTTTGATTGGTGGT+TGG - Chr7:52010171-52010190 None:intergenic 55.0%
! TGAGATGCCTGGGATGGGTT+TGG + Chr7:52010705-52010724 MsG0780038729.01.T01:CDS 55.0%
!! AGAATCGGTGGTGGTGGTTG+TGG - Chr7:52010078-52010097 None:intergenic 55.0%
!! AGATGGTGGAGGAGAATCGG+TGG - Chr7:52010090-52010109 None:intergenic 55.0%
!! AGGGGAAGGTGTTGGAAGCA+AGG + Chr7:52011199-52011218 MsG0780038729.01.T01:CDS 55.0%
!! CGGAGATGGTGGAGGAGAAT+CGG - Chr7:52010093-52010112 None:intergenic 55.0%
!! GAATCGGTGGTGGTGGTTGT+GGG - Chr7:52010077-52010096 None:intergenic 55.0%
!!! GTGAGGTTTTGGATCGAGGG+TGG + Chr7:52010809-52010828 MsG0780038729.01.T01:CDS 55.0%
GGCGAGGCTGTGGGATGATA+TGG + Chr7:52011320-52011339 MsG0780038729.01.T01:CDS 60.0%
GGCTTGTGAGGTGTGGAGGA+TGG + Chr7:52011107-52011126 MsG0780038729.01.T01:CDS 60.0%
GGGAGAAGAGCTCTGTGAGG+CGG + Chr7:52011299-52011318 MsG0780038729.01.T01:CDS 60.0%
GGGAGAGATGAGGGTCGTGT+TGG - Chr7:52010237-52010256 None:intergenic 60.0%
GGTAGAAGGGGGGTTTGTGG+TGG - Chr7:52010285-52010304 None:intergenic 60.0%
GGTGGATGCGATCAGGGTGA+TGG + Chr7:52010891-52010910 MsG0780038729.01.T01:CDS 60.0%
TGGGGCCAGGGTTTGATTGG+TGG - Chr7:52010175-52010194 None:intergenic 60.0%
TGGTGGAGGAGAATCGGTGG+TGG - Chr7:52010087-52010106 None:intergenic 60.0%
! AATTGCGGCGGAGATGGTGG+AGG - Chr7:52010101-52010120 None:intergenic 60.0%
! AGGGGGGTTTGTGGTGGTGT+TGG - Chr7:52010279-52010298 None:intergenic 60.0%
! AGTTTGGGGTTGAGGCGGTG+GGG - Chr7:52010193-52010212 None:intergenic 60.0%
! GAGATGAGGGTCGTGTTGGC+GGG - Chr7:52010233-52010252 None:intergenic 60.0%
! GAGTTTGGGGTTGAGGCGGT+GGG - Chr7:52010194-52010213 None:intergenic 60.0%
! GGGGGGTTTGTGGTGGTGTT+GGG - Chr7:52010278-52010297 None:intergenic 60.0%
! TGGAGGAGAATCGGTGGTGG+TGG - Chr7:52010084-52010103 None:intergenic 60.0%
! TGTGGTGGTGTTGGGCGTGA+AGG - Chr7:52010270-52010289 None:intergenic 60.0%
!!! GCCCATGGCTCTTTTGAGGC+AGG + Chr7:52011703-52011722 MsG0780038729.01.T01:intron 60.0%
AAGAGCTCTGTGAGGCGGCG+AGG + Chr7:52011304-52011323 MsG0780038729.01.T01:CDS 65.0%
AGCAGTGCGGGGGAGAACTG+CGG - Chr7:52010393-52010412 None:intergenic 65.0%
AGCGGCAATTGCGGCGGAGA+TGG - Chr7:52010107-52010126 None:intergenic 65.0%
AGTTCTCCCCCGCACTGCTG+CGG + Chr7:52010394-52010413 MsG0780038729.01.T01:CDS 65.0%
CGGTGGGGCCAGGGTTTGAT+TGG - Chr7:52010178-52010197 None:intergenic 65.0%
GGACTGTGGGAGGGAAGGTG+TGG - Chr7:52010140-52010159 None:intergenic 65.0%
GGCAATTGCGGCGGAGATGG+TGG - Chr7:52010104-52010123 None:intergenic 65.0%
GGTTCTTCCCCGCAGCAGTG+CGG - Chr7:52010406-52010425 None:intergenic 65.0%
GTTCTTCCCCGCAGCAGTGC+GGG - Chr7:52010405-52010424 None:intergenic 65.0%
TTCTTCCCCGCAGCAGTGCG+GGG - Chr7:52010404-52010423 None:intergenic 65.0%
! GGAGTTTGGGGTTGAGGCGG+TGG - Chr7:52010195-52010214 None:intergenic 65.0%
! GGTGGTGGTTGTGGGAGGGA+AGG - Chr7:52010069-52010088 None:intergenic 65.0%
!! CGGTGGTGGTGGTTGTGGGA+GGG - Chr7:52010073-52010092 None:intergenic 65.0%
!! TCGGTGGTGGTGGTTGTGGG+AGG - Chr7:52010074-52010093 None:intergenic 65.0%
AGTGCGGGGGAGAACTGCGG+AGG - Chr7:52010390-52010409 None:intergenic 70.0%
CTGTGAGGCGGCGAGGCTGT+GGG + Chr7:52011311-52011330 MsG0780038729.01.T01:CDS 70.0%
GTTCTCCCCCGCACTGCTGC+GGG + Chr7:52010395-52010414 MsG0780038729.01.T01:CDS 70.0%
TCTGTGAGGCGGCGAGGCTG+TGG + Chr7:52011310-52011329 MsG0780038729.01.T01:CDS 70.0%
TCTTCCCCGCAGCAGTGCGG+GGG - Chr7:52010403-52010422 None:intergenic 70.0%
TTCTCCCCCGCACTGCTGCG+GGG + Chr7:52010396-52010415 MsG0780038729.01.T01:CDS 70.0%
CGGGGGAGAACTGCGGAGGC+TGG - Chr7:52010386-52010405 None:intergenic 75.0%
GGGTTGAGGCGGTGGGGCCA+GGG - Chr7:52010187-52010206 None:intergenic 75.0%
! GGGGTTGAGGCGGTGGGGCC+AGG - Chr7:52010188-52010207 None:intergenic 80.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 52009972 52012291 52009972 ID=MsG0780038729.01;
Chr7 mRNA 52009972 52012291 52009972 ID=MsG0780038729.01.T01;Parent=MsG0780038729.01
Chr7 exon 52009972 52011680 52009972 ID=MsG0780038729.01.T01.exon;Parent=MsG0780038729.01.T01
Chr7 CDS 52010055 52011668 52010055 ID=MsG0780038729.01.T01.cds;Parent=MsG0780038729.01.T01
Chr7 exon 52012015 52012291 52012015 ID=MsG0780038729.01.T01.exon;Parent=MsG0780038729.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780038729.01.T01

ATGCGTTCTCTCCTTCCCTCCCACAACCACCACCACCGATTCTCCTCCACCATCTCCGCCGCAATTGCCGCTAACACAACAACCACACCTTCCCTCCCACAGTCCTACAAAATCCAACCACCAATCAAACCCTGGCCCCACCGCCTCAACCCCAAACTCCTCTCATCTCTCATTTCCCGCCAACACGACCCTCATCTCTCCCTTCAAATCTTCCTTCACGCCCAACACCACCACAAACCCCCCTTCTACCATAACCCCCAAACCTACCAAGCCATCTTCCTTAAACTCTCTAAATTCCGCTGCTTCGGCGAAATTGAGTCCCTCTTATCCAGCCTCCGCAGTTCTCCCCCGCACTGCTGCGGGGAAGAACCACTTGTAACCGTTATTCGCGGTTATGGATTAGCTGGAAAGCCTGTACGGGCTCTCAAGACTTTTTTGAGGATCGAATCGTTTGGGATTCGACCCTCGGTTAGATCAGTTAATGCATTGTTGAATTCTTTGGTTCAGAATAAGCGTTATAGATTGGCTTTTTTGGTGTTTAAGAATTGTGGAGAGAGGTTTAAGGTTTTACCGAATGTTGTTAGTTGTAATATTTTGCTTAAGGCGTTATGTAAAGGGAATGAGGTTGAAGTTGCTGTTAAGGTTTTGGATGAGATGCCTGGGATGGGTTTGGTTCCTAATGTTGTTAGTTATACTACTGTTTTGGGTGGGTTTGTTTGGAGGGGTGATATGGAGGGTGCTATGAGGGTTTTTCGTGAGGTTTTGGATCGAGGGTGGAGTCCGGATGTGACTAGTTATACTGTTTTGGTGGATGGGTTTTGTAGGTTAGGGAAATTGGTGGATGCGATCAGGGTGATGGATATTATGGAGGAGAATGGGGTTGAGCCTAATGAGGTTACTTATGGTGTTATGATTCAGGCTTATTGTAAGGAGAAGAAATCCGGAGAAGCGGTTAACTTGATTGAGGATATGATTGCGAAGGATTTGGTTGTGGGTTCGGAGTTGTGTTGTAAGGTTGTTGATGTGTTGTGTGAGGAAGGGAATGTTGAGAAGGCTTGTGAGGTGTGGAGGATGGTTTCGAGGAAGAATTGTGGCCTCAACGGGGCTGTTGTTGTGAGTACGCTTATACATTGGCTTTGCAAGAAGGGGAAGGTGTTGGAAGCAAGGAATATGTTTGATGAGTTTGGGAAGGGATCGGTTGCGAGTCTGTTGACGTATAATTCATTGATTGCTGGATTGTGTGAGGGAGAAGAGCTCTGTGAGGCGGCGAGGCTGTGGGATGATATGGTGGAAAAGGGTGTTGCTCCTAATGCTTTTACCTATAACATGTTGATTAAAGGATTTTGTAAAGTTGGAAATGCCAAGGAGGGTATTAGAGTTCTAGAGGAGATGTTGGAAAACAGGTGTTTGCCCAACAAATCAACCTACACTATATTAATTGACGGGATTTTGCTTTCAGGTGGAATGAAACAAGAAATCAACAAGGTAGTTTCACTGGCCATGTCGACTGGAGTTGATGCTGATTTGTGGAATATTTTTGTAAAACCTGTTGTGGGTAATGATGATGGTGGTGAAGCTGAACTGGATAGGATATTATTAGAGAATGCACTGTGA
Protein sequence

>MsG0780038729.01.T01

MRSLLPSHNHHHRFSSTISAAIAANTTTTPSLPQSYKIQPPIKPWPHRLNPKLLSSLISRQHDPHLSLQIFLHAQHHHKPPFYHNPQTYQAIFLKLSKFRCFGEIESLLSSLRSSPPHCCGEEPLVTVIRGYGLAGKPVRALKTFLRIESFGIRPSVRSVNALLNSLVQNKRYRLAFLVFKNCGERFKVLPNVVSCNILLKALCKGNEVEVAVKVLDEMPGMGLVPNVVSYTTVLGGFVWRGDMEGAMRVFREVLDRGWSPDVTSYTVLVDGFCRLGKLVDAIRVMDIMEENGVEPNEVTYGVMIQAYCKEKKSGEAVNLIEDMIAKDLVVGSELCCKVVDVLCEEGNVEKACEVWRMVSRKNCGLNGAVVVSTLIHWLCKKGKVLEARNMFDEFGKGSVASLLTYNSLIAGLCEGEELCEAARLWDDMVEKGVAPNAFTYNMLIKGFCKVGNAKEGIRVLEEMLENRCLPNKSTYTILIDGILLSGGMKQEINKVVSLAMSTGVDADLWNIFVKPVVGNDDGGEAELDRILLENAL*