AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880042196.01

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MsG0880042196.01.T01 AT5G45210 36.190 105 61 2 7 111 415 513 1.23e-15 72.0
MsG0880042196.01.T01 AT5G45210 36.190 105 61 2 7 111 415 513 1.32e-15 72.0
MsG0880042196.01.T01 AT5G45260 36.792 106 64 3 6 111 366 468 5.27e-15 70.1
MsG0880042196.01.T01 AT5G45260 36.792 106 64 3 6 111 366 468 5.27e-15 70.1
MsG0880042196.01.T01 AT5G45260 36.792 106 64 3 6 111 366 468 5.50e-15 70.1
MsG0880042196.01.T01 AT5G18360 38.393 112 63 3 2 110 404 512 5.76e-15 70.1
MsG0880042196.01.T01 AT1G27180 39.806 103 59 2 13 113 253 354 1.60e-14 68.9
MsG0880042196.01.T01 AT1G27180 39.806 103 59 2 13 113 253 354 1.60e-14 68.9
MsG0880042196.01.T01 AT1G27180 39.806 103 59 2 13 113 253 354 1.60e-14 68.9
MsG0880042196.01.T01 AT1G27180 39.806 103 59 2 13 113 427 528 1.67e-14 68.9
MsG0880042196.01.T01 AT1G27180 39.806 103 59 2 13 113 427 528 1.67e-14 68.9
MsG0880042196.01.T01 AT1G27180 39.806 103 59 2 13 113 429 530 1.77e-14 68.9
MsG0880042196.01.T01 AT4G19500 37.037 108 65 3 4 111 426 530 1.79e-14 68.6
MsG0880042196.01.T01 AT4G19500 37.037 108 65 3 4 111 949 1053 1.80e-14 68.9
MsG0880042196.01.T01 AT1G27180 39.806 103 59 2 13 113 591 692 1.87e-14 68.6
MsG0880042196.01.T01 AT1G27180 39.806 103 59 2 13 113 429 530 1.98e-14 68.6
MsG0880042196.01.T01 AT4G12020 40.476 84 50 0 28 111 1052 1135 3.93e-14 67.8
MsG0880042196.01.T01 AT4G12020 40.476 84 50 0 28 111 1052 1135 3.97e-14 67.8
MsG0880042196.01.T01 AT4G12020 40.476 84 50 0 28 111 1052 1135 4.01e-14 67.8
MsG0880042196.01.T01 AT4G12020 40.476 84 50 0 28 111 985 1068 4.04e-14 67.8
MsG0880042196.01.T01 AT4G12020 40.476 84 50 0 28 111 1052 1135 4.05e-14 67.8
MsG0880042196.01.T01 AT4G12020 40.476 84 50 0 28 111 1052 1135 4.63e-14 67.8
MsG0880042196.01.T01 AT4G12020 40.476 84 50 0 28 111 1052 1135 4.63e-14 67.8
MsG0880042196.01.T01 AT4G12020 40.476 84 50 0 28 111 1052 1135 4.67e-14 67.4
MsG0880042196.01.T01 AT4G12020 40.476 84 50 0 28 111 1052 1135 5.32e-14 67.4
MsG0880042196.01.T01 AT4G12020 40.476 84 50 0 28 111 1052 1135 5.51e-14 67.4
MsG0880042196.01.T01 AT4G12020 40.476 84 50 0 28 111 1052 1135 5.51e-14 67.4
MsG0880042196.01.T01 AT2G17050 37.624 101 60 3 11 111 238 335 7.58e-14 67.0
MsG0880042196.01.T01 AT2G17050 37.624 101 60 3 11 111 238 335 8.41e-14 67.0
MsG0880042196.01.T01 AT2G17050 37.624 101 60 3 11 111 238 335 8.52e-14 67.0
MsG0880042196.01.T01 AT4G36140 41.304 92 51 3 19 110 813 901 1.10e-13 66.6
MsG0880042196.01.T01 AT4G36140 41.304 92 51 3 19 110 628 716 1.15e-13 66.6
MsG0880042196.01.T01 AT1G72860 32.110 109 73 1 3 111 406 513 7.13e-13 64.3
MsG0880042196.01.T01 AT1G72860 32.110 109 73 1 3 111 406 513 7.62e-13 63.9
MsG0880042196.01.T01 AT1G72860 32.407 108 72 1 4 111 407 513 1.03e-12 63.5
MsG0880042196.01.T01 AT4G19510 38.614 101 60 2 11 111 413 511 1.15e-12 63.5
MsG0880042196.01.T01 AT4G19510 38.614 101 60 2 11 111 413 511 1.27e-12 63.5
MsG0880042196.01.T01 AT4G19510 38.614 101 60 2 11 111 453 551 1.28e-12 63.5
MsG0880042196.01.T01 AT4G19510 38.614 101 60 2 11 111 426 524 1.36e-12 63.2
MsG0880042196.01.T01 AT4G19510 38.614 101 60 2 11 111 453 551 1.40e-12 63.2
MsG0880042196.01.T01 AT4G19510 38.614 101 60 2 11 111 453 551 1.40e-12 63.2
MsG0880042196.01.T01 AT4G19510 38.614 101 60 2 11 111 453 551 1.40e-12 63.2
MsG0880042196.01.T01 AT1G72840 37.963 108 62 2 4 111 241 343 1.42e-12 63.2
MsG0880042196.01.T01 AT1G72840 37.963 108 62 2 4 111 407 509 1.49e-12 63.2
MsG0880042196.01.T01 AT1G72840 37.963 108 62 2 4 111 407 509 1.49e-12 63.2
MsG0880042196.01.T01 AT4G19510 38.614 101 60 2 11 111 426 524 1.54e-12 63.2
MsG0880042196.01.T01 AT1G72840 37.963 108 62 2 4 111 407 509 2.08e-12 62.8
MsG0880042196.01.T01 AT5G17970 33.636 110 72 1 1 110 411 519 3.09e-12 62.4
MsG0880042196.01.T01 AT5G46450 34.579 107 65 3 7 110 408 512 1.28e-11 60.5
MsG0880042196.01.T01 AT5G46450 34.579 107 65 3 7 110 408 512 1.36e-11 60.5
MsG0880042196.01.T01 AT5G46450 34.579 107 65 3 7 110 385 489 1.44e-11 60.5
MsG0880042196.01.T01 AT1G17600 35.632 87 55 1 12 98 414 499 2.07e-11 60.1
MsG0880042196.01.T01 AT5G46470 36.082 97 60 2 14 110 420 514 2.87e-11 59.7
MsG0880042196.01.T01 AT4G16950 32.727 110 68 2 1 110 401 504 3.01e-11 59.7
MsG0880042196.01.T01 AT4G16950 32.727 110 68 2 1 110 401 504 3.07e-11 59.7
MsG0880042196.01.T01 AT4G16950 32.727 110 68 2 1 110 401 504 3.11e-11 59.7
MsG0880042196.01.T01 AT4G16950 32.727 110 68 2 1 110 401 504 3.13e-11 59.3
MsG0880042196.01.T01 AT4G16950 32.727 110 68 2 1 110 401 504 3.14e-11 59.3
MsG0880042196.01.T01 AT4G16950 32.727 110 68 2 1 110 401 504 3.16e-11 59.3
MsG0880042196.01.T01 AT4G08450 34.694 98 63 1 14 110 416 513 8.21e-11 58.2
MsG0880042196.01.T01 AT5G22690 31.818 110 74 1 1 110 406 514 8.34e-11 58.2
MsG0880042196.01.T01 AT5G22690 31.818 110 74 1 1 110 406 514 8.78e-11 58.2
MsG0880042196.01.T01 AT5G40060 32.727 110 72 2 1 110 213 320 8.81e-11 58.2
MsG0880042196.01.T01 AT4G08450 34.694 98 63 1 14 110 416 513 8.87e-11 58.2
MsG0880042196.01.T01 AT5G40060 32.727 110 72 2 1 110 213 320 9.54e-11 58.2
MsG0880042196.01.T01 AT5G22690 31.818 110 74 1 1 110 406 514 9.85e-11 58.2

Find 23 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 23 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GACATATGTTGTTTCTTTAT+CGG 0.237173 8:+5257566 MsG0880042196.01.T01:CDS
TTCTCTTGCACTTGATCATT+GGG 0.300006 8:-5257488 None:intergenic
AATAAGCTATGATGGTTTAA+AGG 0.304033 8:+5257517 MsG0880042196.01.T01:CDS
GAGGTTCAAAAGATATTAAA+TGG 0.311476 8:+5257602 MsG0880042196.01.T01:CDS
TTTCTCTTGCACTTGATCAT+TGG 0.333023 8:-5257489 None:intergenic
TGATGGTTTAAAGGATGATA+TGG 0.363029 8:+5257526 MsG0880042196.01.T01:CDS
GCTCTTTCGTTGAACTTTCA+CGG 0.385181 8:-5257745 None:intergenic
TGTGAACTTTATGTAGGTAT+TGG 0.397789 8:+5257626 MsG0880042196.01.T01:CDS
AATGGTTGTGAACTTTATGT+AGG 0.433568 8:+5257620 MsG0880042196.01.T01:CDS
AAATTGAGAATAAGCTATGA+TGG 0.498635 8:+5257509 MsG0880042196.01.T01:CDS
GAAAGTTCAACGAAAGAGCT+TGG 0.561467 8:+5257749 MsG0880042196.01.T01:CDS
ATGTTGTTTCTTTATCGGCA+AGG 0.570290 8:+5257571 MsG0880042196.01.T01:CDS
TAACTTTCCTTGCAGAGCGG+AGG 0.577479 8:+5257651 MsG0880042196.01.T01:CDS
TTACAAGCCTCCGCTCTGCA+AGG 0.583070 8:-5257658 None:intergenic
GCATGATTTAATAAGAGACA+TGG 0.592895 8:+5257709 MsG0880042196.01.T01:CDS
TATCGGCAAGGACAGAGTTG+AGG 0.597380 8:+5257583 MsG0880042196.01.T01:CDS
TTTAAAGGATGATATGGCAA+AGG 0.601660 8:+5257532 MsG0880042196.01.T01:CDS
AAGTAGATTGTGGTATCGTG+AGG 0.605438 8:+5257778 MsG0880042196.01.T01:CDS
AGTAGATTGTGGTATCGTGA+GGG 0.609626 8:+5257779 MsG0880042196.01.T01:CDS
CATGATTTAATAAGAGACAT+GGG 0.612652 8:+5257710 MsG0880042196.01.T01:CDS
GTAGATTGTGGTATCGTGAG+GGG 0.654884 8:+5257780 MsG0880042196.01.T01:CDS
TTGGTAAACGAAGTAGATTG+TGG 0.688202 8:+5257768 MsG0880042196.01.T01:CDS
GAATAACTTTCCTTGCAGAG+CGG 0.697831 8:+5257648 MsG0880042196.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
! AAATTGAGAATAAGCTATGA+TGG + Chr8:5257509-5257528 MsG0880042196.01.T01:CDS 25.0%
! AATAAGCTATGATGGTTTAA+AGG + Chr8:5257517-5257536 MsG0880042196.01.T01:CDS 25.0%
! CATGATTTAATAAGAGACAT+GGG + Chr8:5257710-5257729 MsG0880042196.01.T01:CDS 25.0%
! GAGGTTCAAAAGATATTAAA+TGG + Chr8:5257602-5257621 MsG0880042196.01.T01:CDS 25.0%
!!! GACATATGTTGTTTCTTTAT+CGG + Chr8:5257566-5257585 MsG0880042196.01.T01:CDS 25.0%
AATGGTTGTGAACTTTATGT+AGG + Chr8:5257620-5257639 MsG0880042196.01.T01:CDS 30.0%
GCATGATTTAATAAGAGACA+TGG + Chr8:5257709-5257728 MsG0880042196.01.T01:CDS 30.0%
TGATGGTTTAAAGGATGATA+TGG + Chr8:5257526-5257545 MsG0880042196.01.T01:CDS 30.0%
TGTGAACTTTATGTAGGTAT+TGG + Chr8:5257626-5257645 MsG0880042196.01.T01:CDS 30.0%
TTTAAAGGATGATATGGCAA+AGG + Chr8:5257532-5257551 MsG0880042196.01.T01:CDS 30.0%
TTCTCTTGCACTTGATCATT+GGG - Chr8:5257491-5257510 None:intergenic 35.0%
TTGGTAAACGAAGTAGATTG+TGG + Chr8:5257768-5257787 MsG0880042196.01.T01:CDS 35.0%
TTTCTCTTGCACTTGATCAT+TGG - Chr8:5257492-5257511 None:intergenic 35.0%
!! ATGTTGTTTCTTTATCGGCA+AGG + Chr8:5257571-5257590 MsG0880042196.01.T01:CDS 35.0%
AAGTAGATTGTGGTATCGTG+AGG + Chr8:5257778-5257797 MsG0880042196.01.T01:CDS 40.0%
AGTAGATTGTGGTATCGTGA+GGG + Chr8:5257779-5257798 MsG0880042196.01.T01:CDS 40.0%
GAAAGTTCAACGAAAGAGCT+TGG + Chr8:5257749-5257768 MsG0880042196.01.T01:CDS 40.0%
GAATAACTTTCCTTGCAGAG+CGG + Chr8:5257648-5257667 MsG0880042196.01.T01:CDS 40.0%
GCTCTTTCGTTGAACTTTCA+CGG - Chr8:5257748-5257767 None:intergenic 40.0%
GTAGATTGTGGTATCGTGAG+GGG + Chr8:5257780-5257799 MsG0880042196.01.T01:CDS 45.0%
TAACTTTCCTTGCAGAGCGG+AGG + Chr8:5257651-5257670 MsG0880042196.01.T01:CDS 50.0%
TATCGGCAAGGACAGAGTTG+AGG + Chr8:5257583-5257602 MsG0880042196.01.T01:CDS 50.0%
TTACAAGCCTCCGCTCTGCA+AGG - Chr8:5257661-5257680 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr8 gene 5257458 5257820 5257458 ID=MsG0880042196.01;Name=MsG0880042196.01
Chr8 mRNA 5257458 5257820 5257458 ID=MsG0880042196.01.T01;Parent=MsG0880042196.01;Name=MsG0880042196.01.T01;_AED=0.48;_eAED=0.48;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|120
Chr8 exon 5257458 5257820 5257458 ID=MsG0880042196.01.T01:exon:1217;Parent=MsG0880042196.01.T01
Chr8 CDS 5257458 5257820 5257458 ID=MsG0880042196.01.T01:cds;Parent=MsG0880042196.01.T01
Gene Sequence

>MsG0880042196.01.T01

ATGAGTGTACTGTCAAAAATAAAGAGAATTCCCAATGATCAAGTGCAAGAGAAATTGAGAATAAGCTATGATGGTTTAAAGGATGATATGGCAAAGGATAGATTTCTTGACATATGTTGTTTCTTTATCGGCAAGGACAGAGTTGAGGTTCAAAAGATATTAAATGGTTGTGAACTTTATGTAGGTATTGGAATAACTTTCCTTGCAGAGCGGAGGCTTGTAAAAATTGAAAAGAATAACAAGCTTAGAATGCATGATTTAATAAGAGACATGGGAAGAGAAATTGTCCGTGAAAGTTCAACGAAAGAGCTTGGTAAACGAAGTAGATTGTGGTATCGTGAGGGGATGTTCACGATGTTTTGA
Protein sequence

>MsG0880042196.01.T01

MSVLSKIKRIPNDQVQEKLRISYDGLKDDMAKDRFLDICCFFIGKDRVEVQKILNGCELYVGIGITFLAERRLVKIEKNNKLRMHDLIRDMGREIVRESSTKELGKRSRLWYREGMFTMF*