AlfalfaGEDB | MS.gene48639

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene48639

KEGG: K22913
GO: GO:0003674 GO:0003824 GO:0016787 GO:0016788 GO:0042578
PFAM: PF02383.21

Nr:

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MS.gene48639.t1	XP_013455242.1	99.1	864	8	0	1	864	53	916	0.00E+00	1721.8

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Swissprot:

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MS.gene48639.t1	Q7XZU3	75.6	868	207	3	1	864	45	911	0.0e+00	1338.6

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Trembl:

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MS.gene48639.t1	A0A072UJJ8	99.1	864	8	0	1	864	53	916	0.0e+00	1721.8

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
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MS.gene060785	MS.gene48639	0.806891	6.60E-50	-1.69E-46

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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
No data available in table

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MS.gene48639.t1	MTR_4g032925	99.074	864	8	0	1	864	53	916	0.0	1791
MS.gene48639.t1	MTR_4g032925	99.124	685	6	0	1	685	53	737	0.0	1416
MS.gene48639.t1	MTR_4g032935	97.633	676	16	0	189	864	16	691	0.0	1379
MS.gene48639.t1	MTR_4g124630	47.706	763	344	12	2	745	37	763	0.0	703
MS.gene48639.t1	MTR_4g124630	47.706	763	344	12	2	745	37	763	0.0	703
MS.gene48639.t1	MTR_4g124630	47.706	763	344	12	2	745	37	763	0.0	703
MS.gene48639.t1	MTR_8g022740	53.796	619	262	7	1	609	42	646	0.0	661
MS.gene48639.t1	MTR_8g022740	53.659	615	262	6	4	609	1	601	0.0	657
MS.gene48639.t1	MTR_8g022740	53.183	487	205	6	132	609	1	473	1.20e-168	504
MS.gene48639.t1	MTR_5g023960	30.945	307	183	11	61	359	63	348	7.04e-31	129

Showing 1 to 10 of 16 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene48639.t1	AT1G22620	75.806	868	205	4	1	864	45	911	0.0	1384
MS.gene48639.t1	AT3G14205	53.257	614	273	4	2	612	31	633	0.0	683
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MS.gene48639.t1	AT3G43220	52.596	597	272	3	2	597	27	613	0.0	647
MS.gene48639.t1	AT1G17340	42.728	777	376	13	2	770	31	746	0.0	595
MS.gene48639.t1	AT3G14205	53.518	469	204	4	147	612	1	458	2.90e-171	510
MS.gene48639.t1	AT3G51830	28.135	327	211	8	52	373	52	359	4.63e-32	133
MS.gene48639.t1	AT3G51830	34.351	131	84	2	461	590	385	514	3.60e-14	77.0

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Find 176 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAACGGGGAGTGAATGATCG+AGG	0.624790	4.1:-67905647	MS.gene48639:CDS
AAATGTAGACAGTTGAGAAA+AGG	0.505433	4.1:-67904176	MS.gene48639:intron
AAATTAAGAGTTTGCTTCAG+CGG	0.542057	4.1:-67910296	MS.gene48639:CDS
AACCAAAGCTATAGTCCATA+TGG	0.447803	4.1:+67908171	None:intergenic
AACCAAATCTTAACTCTTCT+GGG	0.378330	4.1:-67901055	MS.gene48639:CDS
AACCACCTCGTCAACCAACT+TGG	0.501393	4.1:+67898602	None:intergenic
AACCGACATTGAGGGATGTC+AGG	0.499936	4.1:-67899676	MS.gene48639:CDS
AACCTTCTTCATACTTTCTC+TGG	0.369565	4.1:+67899727	None:intergenic
AACGAGTCCAATGGTTGGTA+TGG	0.499759	4.1:-67899354	MS.gene48639:CDS
AACGGGGAGTGAATGATCGA+GGG	0.655166	4.1:-67905646	MS.gene48639:CDS

Showing 1 to 10 of 176 entries

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CRISPR-GE

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badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr4.1	gene	67898571	67910436	67898571	ID=MS.gene48639
chr4.1	mRNA	67898571	67910436	67898571	ID=MS.gene48639.t1;Parent=MS.gene48639
chr4.1	exon	67910232	67910436	67910232	ID=MS.gene48639.t1.exon1;Parent=MS.gene48639.t1
chr4.1	CDS	67910232	67910436	67910232	ID=cds.MS.gene48639.t1;Parent=MS.gene48639.t1
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chr4.1	CDS	67908470	67908635	67908470	ID=cds.MS.gene48639.t1;Parent=MS.gene48639.t1
chr4.1	exon	67908153	67908375	67908153	ID=MS.gene48639.t1.exon3;Parent=MS.gene48639.t1
chr4.1	CDS	67908153	67908375	67908153	ID=cds.MS.gene48639.t1;Parent=MS.gene48639.t1
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chr4.1	CDS	67905967	67906043	67905967	ID=cds.MS.gene48639.t1;Parent=MS.gene48639.t1
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chr4.1	exon	67905287	67905384	67905287	ID=MS.gene48639.t1.exon6;Parent=MS.gene48639.t1
chr4.1	CDS	67905287	67905384	67905287	ID=cds.MS.gene48639.t1;Parent=MS.gene48639.t1
chr4.1	exon	67904057	67904190	67904057	ID=MS.gene48639.t1.exon7;Parent=MS.gene48639.t1
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chr4.1	CDS	67899287	67899398	67899287	ID=cds.MS.gene48639.t1;Parent=MS.gene48639.t1
chr4.1	exon	67898571	67898819	67898571	ID=MS.gene48639.t1.exon15;Parent=MS.gene48639.t1
chr4.1	CDS	67898571	67898819	67898571	ID=cds.MS.gene48639.t1;Parent=MS.gene48639.t1

Gene Sequence

>MS.gene48639

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Protein sequence

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