AlfalfaGEDB | MS.gene57116

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene57116

KEGG: -
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PFAM: PF13456.9

Nr:

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MS.gene57116.t1	XP_024641758.1	88.8	160	5	1	2	161	1	147	2.10E-73	285

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Swissprot:

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MS.gene57116.t1	P9WLH5	39.2	120	72	1	17	135	1	120	3.7e-18	92.8

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Trembl:

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MS.gene57116.t1	A0A2Z6NNF5	69.0	145	32	1	18	162	4	135	5.5e-47	196.8

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Network:

Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
MS.gene050020	MS.gene57116	0.822079	2.87E-53	-1.69E-46
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MS.gene056173	MS.gene57116	0.805504	1.29E-49	-1.69E-46

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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
No data available in table

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
No data available in table

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene57116.t1	AT3G01410	51.049	143	57	1	18	160	154	283	1.98e-44	148
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MS.gene57116.t1	AT5G51080	48.571	140	59	1	18	157	122	248	8.92e-41	137
MS.gene57116.t1	AT5G51080	47.917	144	62	1	18	161	185	315	6.45e-40	137
MS.gene57116.t1	AT5G51080	47.917	144	62	1	18	161	185	315	6.45e-40	137
MS.gene57116.t1	AT1G24090	49.650	143	59	1	18	160	216	345	1.86e-39	137

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Find 38 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAGCTGATGCTCAAGCAAAT+CGG	0.432683	6.2:+3880576	MS.gene57116:CDS
AAGCTGTAAGGAAAGGATAT+AGG	0.447237	6.2:+3879828	MS.gene57116:CDS
AATCCCGGACCAGCTGGTGC+CGG	0.539704	6.2:+3879602	MS.gene57116:CDS
AATCGGGCCATCTTTCTTGG+AGG	0.525253	6.2:+3880593	MS.gene57116:CDS
ACATCAACAATGCTTATTTA+AGG	0.208439	6.2:+3880198	MS.gene57116:CDS
AGCGGGAATCCCGGACCAGC+TGG	0.480118	6.2:+3879596	MS.gene57116:CDS
AGCTCCGGCACCAGCTGGTC+CGG	0.304765	6.2:-3879606	None:intergenic
AGCTGATGCTCAAGCAAATC+GGG	0.429319	6.2:+3880577	MS.gene57116:CDS
AGCTGGTCCGGGATTCCCGC+TGG	0.458523	6.2:-3879594	None:intergenic
AGTATAGCTCCGGCACCAGC+TGG	0.523879	6.2:-3879611	None:intergenic

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CRISPR-GE

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badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr6.2	gene	3873214	3880619	3873214	ID=MS.gene57116
chr6.2	mRNA	3873214	3880619	3873214	ID=MS.gene57116.t1;Parent=MS.gene57116
chr6.2	exon	3873214	3873216	3873214	ID=MS.gene57116.t1.exon1;Parent=MS.gene57116.t1
chr6.2	CDS	3873214	3873216	3873214	ID=cds.MS.gene57116.t1;Parent=MS.gene57116.t1
chr6.2	exon	3878182	3878226	3878182	ID=MS.gene57116.t1.exon2;Parent=MS.gene57116.t1
chr6.2	CDS	3878182	3878226	3878182	ID=cds.MS.gene57116.t1;Parent=MS.gene57116.t1
chr6.2	exon	3879563	3879655	3879563	ID=MS.gene57116.t1.exon3;Parent=MS.gene57116.t1
chr6.2	CDS	3879563	3879655	3879563	ID=cds.MS.gene57116.t1;Parent=MS.gene57116.t1
chr6.2	exon	3879749	3879892	3879749	ID=MS.gene57116.t1.exon4;Parent=MS.gene57116.t1
chr6.2	CDS	3879749	3879892	3879749	ID=cds.MS.gene57116.t1;Parent=MS.gene57116.t1
chr6.2	exon	3880182	3880289	3880182	ID=MS.gene57116.t1.exon5;Parent=MS.gene57116.t1
chr6.2	CDS	3880182	3880289	3880182	ID=cds.MS.gene57116.t1;Parent=MS.gene57116.t1
chr6.2	exon	3880524	3880619	3880524	ID=MS.gene57116.t1.exon6;Parent=MS.gene57116.t1
chr6.2	CDS	3880524	3880619	3880524	ID=cds.MS.gene57116.t1;Parent=MS.gene57116.t1

Gene Sequence

>MS.gene57116

ATGGTAAGTTATTCTTTTCGAATTTCATAGAAAACTTTGTTCACTCTTATGAGTAAGAAAAATCAAAAGACACATGTACATAATCTAGCTGGTAGAAAACATTGTGTTACGCTTTTGTAAACTTAAGTTTCTATGTGAGTAATAATGTGATCAATTCTATATGAATTTGCTAGTTTTAGTAGTTGATTGTGTGCTTGCTTTTTCTTTTTGTTATTGTGTTAATTTGTTGGAAGTTTTCACCATTGTTTAGCAATTACTAATATACTTTTAATTTTTTTTCATAATATAAAATCCACTATTGGTTGTGTTTGTCATTATTTAATTAATGTATAGTTTATCGTTCATTTTTATATTCAACAAATTTGCAAACGCATTATGATATGAATGCATTCTGACTAGAGATGCCTAAGTGTAGGTTTATTTTGTACTCCCTCCGTCCTAAATAGTAGGCGGAAAATGCTTAATACAAGTTAATGTATTTGATTCAAAATATATACTAAGTACATCAACTATATTTTTATTTTTTTTGAAATAAAAGTACATCAACTATATGTTGACTCTTTTTTGCTTACATTTTAGAACAAATGAAGTATAATGTTTTGTGTGGATTAATTACAATATTTAGAGAAATCTTATGCCTATTATTATTTCACTTCTTGGAAATAGTTGCAAAGACACAACTTTAGGTTTACACACATTCATCCTTCAGAAGAAAGGTTTATACACATTCTTTAAGTTACATCATTTTTATAATTGTTTTTCAATTAAATCAATTAAATTCATTAAAAAAATTATACACTACATATGTTAATCAAACGAATTAGTCGCATGCATGAACTCAACAAATTAAAAGTGTGAATGCACACCGTTAATCTTAAAAAAAAATTGCATGAGACGAAAATCCCTCATAATTCAACACACTATTCTCAATTGAAATTGGGGGGTGACATGAGGAGATCTAGGCTGTGTTTGGTAACACAAAAAAGCTAGCTTATAGATTGTTGAACTAGCTTATAAGCTTGTTTTGATGGAATGTGATGTGTTTGATAAAAAGCTTTTTTCATTAGCTTATAGCGTTTTTTGAAAAGTTAATTCAAGTAGCTTTTGAGCTTATAGTTTTTAGCTTTTTACATTTTCTTCCACTTTTAACCTTTTATTTATTTTATTTTGTTGTTTATAATTAAAAAAACTAACCACTTTCTAATATAACCGTTCACGTTCCTCTTAAAAAAACAAAACAAAAAAAACTGCTCACGTTTTAGCATTCAACAATAGTATATATGGTTTTTTTATTTTTCTTGTTCAATTTTTTTTACCTTACTCTTAATTCATATAATAAATAATTATATATAAAATTTACCATAAATAGTGAAGCAAGTTTAGTTAAATAAAATTTATAAAAAATGTCAATTAAATTCATAAATATATTTATCATTTTAGAGATTAAAATAATTTGAAACAAATTTAAATATTTAAAAAGAAAAACATTAAGTAATAAAAATTATATGAGTTATAAAAAAAATTAAACAAACATGTCCTTTTAGGTCATTTTATATTTATCAGTCACTTCAGCAGCTAATTTTATCAAACACTTTTAATTTTAATAAGTTAACTTTTCAGCTATAAGCTACCAGCTATCAGCTATAAGCTAGCTTTTCAGCTATCAGTTAGCTTATCAGCTAGCTTATAGTTTATTTTTACCAAACACACGGTCTGTTTGGTAAGACACCTCAATGAGCTTATAGCTTATAAGCTCGTCTGACAAAAAAAAAGCTCATTTTGATAATGCTTTTTCACCATGAGCTTATAACTTATTTCACGAGCTTATAAGCTATTTTTCAAAAGTTATTCCAAGTAGTGTTTGAGCTTATAGCTTATCAATATTTATTCCCTTTTTGCCCTTATTATTTTAATCAAAACTCACTTTTACCCTTCCATTATTTATTTTACTGTCTTTGCGTAATTGTCCACATACGCAAGCCTTTATTTCACTAATTGTGTGTCTTTCGTTGTTTTTTTCCCTTCATCACGACAACTTTTAAGAAAAAATTTCATTCCAATATGCCTTCCATTGTTAACACTTAACAATATATCCTGACAAAAAAAAAAAAAAAACTTAACAATATGCCTTCAGTGAGATATTATTCGTGTATCGATTAATTTTTTTTTTCTTTTGATGGAGTTGTAAGTATCTTTTTTTTTTTTACGTGAGAGTTGTAAATATATATCTATTACTGTTAACAAAACATTTAATAATTAATTTTATAAAAAAATACATATTCTAATATAAATTACAAACAAAAAATTAATTATTAAATAAAATTTTAGTAAATAAAAATTAATTTAATATTAAGTGATATATTAAATTAATAAATTTAAATTACTTTTAAAAAATAAATAAATTCCTAAATACTTAAATAGTAATTTATATACATTTTATTATGAATTAAAATGTCCTTTTATGTCATTTTACATTTATCACTTAGTTGAACCGCTAATTTTATCAAACACATCAATTAGCTTATCAGCTATCAGTCATAAGCTATCAGCTAGTTTATCAGCTATCCGCTATTTTTACTAAACAGAGTCTTAATCAATTAATTTCATCTATAAGAAATATAGGCACTGTAGATACCATTATTTTTTTTTAACAAACTGAATAAAAATTTGAATCGGCCGCGTTATTATTAGTCTCACAGATAGGACACGACATCAACACCAAGTTTCAACAAAGAATAATGACACTACAGTGAGTGACATAGGATTGACAGTGGAACCATTATTAGACCATTTACAATGGTCACCAACATTCAACACCCTTCAACACCCACTTTTTCAATTCCCAACACTCCACATCATCTTCTCTCTCTTAATTCAACACTCATTCAACTTTAACCTCTCCAATGGTTTTTTTCATTCAACACTCTACCCCACCACCTTTTATTTCTTATTCTTATTTAATTTTATATTTTTGTTTTTATAATTACGTAAAATTACAATTATCGATTATAATTAAATTAAAATAAAGAAAAACTTAACAATTTTTTTGTAAAAACAAAAATTATTTAAATAATTTATTTTTATTTTTCTTAACTTAAAATGCAATACAACAAGAAGATTAAAACATCACTTAGTTTGCTAATAGAAAGATATAATAAGAAGAAGATAGTGAAAAACTTGGTATTTTTTTCTGTGTCCAAATGAAATGAACCAAGTCTCTATTTATAGAGAAAAAAAAATCATAAATTTTGGTATTTTTATTTTTTTTTTAAATTATTTTACAACAAAATAATTGAGGTCCAATTATTAAAAAAAATAAAAACCAGGCAACCAATAAACAACCAACACGCGTCCCCATCTTTCCAGAAATATTCTTCTCTCTCCGTCCTCTGCTTTTTCACGCGAGCTGTCTGCGCGTGTATTACACGCGCCAGATTCGATCCAATTATAAAGCGACGTGTGGCATTTCTAAGGCTTTCAACTGTGTTGAACCAATTCATCTTCTCTATCATCCATATCAGTTTTCAACAGGCATTAAACAGGCCATTGGAATGGAATTTTCTGTTGAATGTCAGATTCAACTCCCCCATTGCAAATGGTCTACTAGCATACTCATTGCAGTTACCGTAGTTAGTTTTTCTACAACCATAGTGCACCCTAGAGTTACCCTGGTTAGTTTTTACCTTACCATAATTACCATCTACAACATTTGTTAAAAAAATTATTCTGGTTAATAAAAATATTTGAAATCCGGTTTCAGAATTTGTTATAACAAACCGATCAATACTATATAGTATAGTACTGTGGTGGACTCTAACAAACACATTAGAGCTGGAATTGGAGTTGAAAAATCATAGAGAGAAATCACGACCAGTGGAAACGCGAGAGAGGTGAATTTTCTTCTTCTTCTTTATATATTCTTCGGCTTAGGCATACAACAAAACTCATACCCTTAGATTACCGCCCGAACCAAACCCAATTTAACGGGTTTTTTCTGTTTTGATTGGGTTTGGGTATGAGTTTGGTTTTTCCGCGATTTCAAAACACGGGTATGGGACGGATAACGGGCATATAGGTATCCACCCTGAACTCATACCCAAACCCGTCCCGAATGCAGAAAATTATTTTTATAGTAAACTTTACTTTATGTTGATATGTCATGTTATTTTGTTTGATACCTGTTGTGTTATAAAAACTATTATTGATATTTAAAGAAGCAACTAAATCAATCGGTTTAACAAATGTTTTTTTGAAGAACCTAAACGGTTTAACAAATGTTAAAGTGAGCAATAATGAACATATTGTTGAACAATGCATTACAGCATTTCTCTAGGGGTAAACTTACGTTTTTTTTATTAAAAAAATTATTCAATGCGGGGACAGGGATGGAGCGGGGATACCCGAACCCGTCGGGGACGGGGATGGAGTTCAATTTATCATCCCCGTTGGTGGTTATGGATAGGGTAACGGGTAAGTATACGAGAATCGGGAATCGGGTATGGGATGGGGATGTAAAACCCGTCCCACCCCGCCCATTGCCATGCCTACTTCTGCTATTTTTTACATAACAATGTGACTATGACTTACTTTTTAGCCGATTCTACTTAGCAAGATAAAACTTGTTGTTCTTCTCTGAAAATGCAATGCAATGCTATTAACATATGGTAATGATAATTACTTGTTTGTTTGAACACATCGATCGTTGAATAGCTCAACTAATTTGAGTTAGTTGGAGGTTTCAGTTTAACCCTAGATGAAAGAGAAAAAATTAATTAAAAAACTAACTAATAACATTTGTCATTAAAAAAATGTTAATTAGTTTTATTTTGATTTTGAATTTGATTTTTTACTTTGAATGTAATTAATTAATTAATTTATTGCATTTTAGTTGGGATGTTAATTCTATACATAGGGTGTTACATTCTTTACGGCTTGATTGATTAATCTCTGTTTTACTTTCTTGTCCAGATGCATCGTTGTGGTATTGCAATCGTAGAGAG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Protein sequence

>MS.gene57116.t1

MMHRCGIAIVERNYNPLSCILEFDGAASGNPGPAGAGAILRTENGSLLYRFREGLGYQTNNVAEYRALILGLKQAVRKGYRNITVYGDSELVINQLKGLWNINNAYLRNLCNEALELRDNFHSFSIFYIPRLTNTVFVLLKMFKEYNAEADAQANRAIFLGG