AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180004399.01

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MsG0180004399.01.T01 AT4G33300 24.439 401 262 11 116 503 127 499 6.11e-14 75.5
MsG0180004399.01.T01 AT1G52660 28.431 204 134 7 190 388 161 357 7.21e-14 73.9
MsG0180004399.01.T01 AT1G52660 28.431 204 134 7 190 388 161 357 7.34e-14 73.9
MsG0180004399.01.T01 AT1G10920 25.792 221 143 5 305 506 1 219 7.86e-14 74.7
MsG0180004399.01.T01 AT1G10920 25.792 221 143 5 305 506 1 219 7.86e-14 74.7
MsG0180004399.01.T01 AT3G15700 27.184 206 134 7 190 388 161 357 4.86e-13 71.2
MsG0180004399.01.T01 AT3G15700 27.184 206 134 7 190 388 161 357 5.78e-13 71.2
MsG0180004399.01.T01 AT5G17680 25.836 329 202 13 186 506 204 498 7.33e-13 72.4
MsG0180004399.01.T01 AT5G17680 25.836 329 202 13 186 506 203 497 7.40e-13 72.4
MsG0180004399.01.T01 AT1G27170 27.106 273 176 11 166 429 189 447 1.32e-12 71.6
MsG0180004399.01.T01 AT1G27170 27.106 273 176 11 166 429 189 447 1.50e-12 71.2
MsG0180004399.01.T01 AT1G63880 24.533 375 244 14 77 430 86 442 4.40e-12 69.3
MsG0180004399.01.T01 AT1G63880 24.533 375 244 14 77 430 86 442 5.30e-12 69.3
MsG0180004399.01.T01 AT1G27180 26.837 313 189 15 138 429 327 620 1.26e-11 68.2
MsG0180004399.01.T01 AT1G27180 26.837 313 189 15 138 429 165 458 1.31e-11 68.2
MsG0180004399.01.T01 AT1G27180 26.837 313 189 15 138 429 165 458 1.35e-11 68.2
MsG0180004399.01.T01 AT1G27180 26.837 313 189 15 138 429 163 456 1.58e-11 68.2
MsG0180004399.01.T01 AT1G27180 26.837 313 189 15 138 429 163 456 1.58e-11 68.2
MsG0180004399.01.T01 AT3G04220 26.829 328 196 14 123 426 186 493 2.34e-11 67.0
MsG0180004399.01.T01 AT5G18360 27.303 304 176 14 128 416 155 428 2.41e-11 67.4
MsG0180004399.01.T01 AT3G04220 26.829 328 196 14 123 426 186 493 2.91e-11 67.0
MsG0180004399.01.T01 AT3G04220 26.829 328 196 14 123 426 186 493 3.69e-11 66.6
MsG0180004399.01.T01 AT5G41740 28.622 283 164 12 166 432 24 284 4.11e-11 66.6
MsG0180004399.01.T01 AT1G63750 26.740 273 177 10 165 430 23 279 5.29e-11 66.2
MsG0180004399.01.T01 AT1G63750 26.740 273 177 10 165 430 23 279 5.29e-11 66.2
MsG0180004399.01.T01 AT1G63750 26.740 273 177 10 165 430 190 446 6.68e-11 65.9
MsG0180004399.01.T01 AT5G66910 23.797 374 240 12 151 506 157 503 7.42e-11 65.5
MsG0180004399.01.T01 AT1G69550 27.922 308 170 16 144 427 231 510 9.86e-11 65.5

Find 97 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 120 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CATTGTCAGTATTTGTAAAA+TGG 0.137460 1:+77489705 MsG0180004399.01.T01:CDS
GCAAAATTTAGAGATAAATT+TGG 0.214111 1:+77489107 MsG0180004399.01.T01:CDS
TAATGTTCTCCTGATGATTT+TGG 0.226621 1:-77489445 None:intergenic
GTCAATAACGTCTTCGGCTT+TGG 0.244779 1:-77488928 None:intergenic
ACGCATATCCACATCTTTAA+TGG 0.265665 1:-77489365 None:intergenic
TTTCAGATATATTGTCACTA+TGG 0.282438 1:-77490243 None:intergenic
TCTTGTTTACCGCCTTAAAA+TGG 0.282832 1:+77489043 MsG0180004399.01.T01:CDS
GGTGGCACTTTGAAAGAAAT+TGG 0.292232 1:+77490076 MsG0180004399.01.T01:CDS
AGGAAGGGAACAAGATAAAA+AGG 0.309397 1:+77489208 MsG0180004399.01.T01:CDS
CTCTAATTTCTTGCAAATCT+TGG 0.314128 1:-77488803 None:intergenic
CCTTTGGCCCTAAGGACATT+GGG 0.318774 1:+77489809 MsG0180004399.01.T01:CDS
TCAAAAGTTCTTACTTGTAT+TGG 0.322718 1:+77489520 MsG0180004399.01.T01:CDS
CTATCTGTTGTTGCTATTGC+GGG 0.335622 1:+77489272 MsG0180004399.01.T01:CDS
AAAGGAAGCCCTCCACATTT+AGG 0.343680 1:-77489791 None:intergenic
CTGTTAGGGACAATGAGATT+TGG 0.346954 1:+77489873 MsG0180004399.01.T01:CDS
GAGAAAACATCCTGAACTAA+TGG 0.348290 1:+77489748 MsG0180004399.01.T01:CDS
TTTCCAATCTCCATTAGTTC+AGG 0.355591 1:-77489758 None:intergenic
TACAAAAGTGGAAGTCTGTT+AGG 0.356888 1:+77489858 MsG0180004399.01.T01:CDS
TTCAAAGTGCCACCCTGGTT+TGG 0.357381 1:-77490067 None:intergenic
ATTGTCAGTATTTGTAAAAT+GGG 0.376599 1:+77489706 MsG0180004399.01.T01:CDS
CATCAATCTCTTTGATGTTA+AGG 0.384338 1:-77489130 None:intergenic
GCGAACTCCCCAATGTCCTT+AGG 0.388759 1:-77489817 None:intergenic
GTTGTTGCTATTGCGGGACT+TGG 0.390254 1:+77489278 MsG0180004399.01.T01:CDS
TAAAGAAGCTTCTCTTGCGC+TGG 0.395890 1:+77488773 MsG0180004399.01.T01:CDS
CATCTTAGAAACATACTTGC+TGG 0.402721 1:+77489497 MsG0180004399.01.T01:CDS
TTTAGTAAATGACAAATGTA+AGG 0.403570 1:-77490269 None:intergenic
TCCTTTGGCCCTAAGGACAT+TGG 0.409087 1:+77489808 MsG0180004399.01.T01:CDS
TTGTATGAAAACTGTTGAAA+TGG 0.417290 1:-77490009 None:intergenic
CGAAGCTTTCTTGAATACTT+AGG 0.418244 1:+77490363 MsG0180004399.01.T01:CDS
TAAATGTGGAGGGCTTCCTT+TGG 0.425036 1:+77489793 MsG0180004399.01.T01:CDS
ATTCATCAAAGCAGTGCTGC+TGG 0.429230 1:+77488836 MsG0180004399.01.T01:CDS
CATCCTGAACTAATGGAGAT+TGG 0.433833 1:+77489755 MsG0180004399.01.T01:CDS
AAGTATGGTTCTCAAACCTC+TGG 0.437840 1:-77490320 None:intergenic
GCTTCGTTGTTGACTCCGAC+AGG 0.438965 1:-77490346 None:intergenic
TCATAACTTAATTTGATAGC+TGG 0.439294 1:-77489926 None:intergenic
TTCAGATATATTGTCACTAT+GGG 0.441257 1:-77490242 None:intergenic
AAACAAGTCGTCGATACTTC+CGG 0.441650 1:+77488975 MsG0180004399.01.T01:CDS
TGCTCCTGACCAAAATCATC+AGG 0.448839 1:+77489436 MsG0180004399.01.T01:CDS
GAGGGCTTCCTTTGGCCCTA+AGG 0.455803 1:+77489801 MsG0180004399.01.T01:CDS
TTTGCAAGGGCTTTCTAAAG+AGG 0.461776 1:+77489679 MsG0180004399.01.T01:CDS
TCATCCATTCACGAAGCTCC+TGG 0.465129 1:-77488884 None:intergenic
TTGCAAATTGTAAGTGTAAG+TGG 0.487416 1:-77489663 None:intergenic
GACTCCGACAGGGAAAAGTA+TGG 0.487477 1:-77490335 None:intergenic
CGAACTCCCCAATGTCCTTA+GGG 0.487485 1:-77489816 None:intergenic
TCTATCTGTTGTTGCTATTG+CGG 0.495536 1:+77489271 MsG0180004399.01.T01:CDS
TGTCAAATGGGAAGAATTGA+GGG 0.497051 1:+77489565 MsG0180004399.01.T01:CDS
TTACTTCCTTGAGCACCTGC+TGG 0.498509 1:-77489596 None:intergenic
ATGATTCTGATGTGATAGGA+AGG 0.502824 1:+77489192 MsG0180004399.01.T01:CDS
GTTCTCAAACCTCTGGGAAG+TGG 0.508934 1:-77490313 None:intergenic
CACTGCTTTGATGAATGAAA+TGG 0.510573 1:-77488829 None:intergenic
AAAATCGTCAATAACGTCTT+CGG 0.513452 1:-77488934 None:intergenic
TATTGCGGGACTTGGAGGTA+TGG 0.515036 1:+77489286 MsG0180004399.01.T01:CDS
TACCTTCTTTCTCTTACTGC+CGG 0.517592 1:-77488994 None:intergenic
ACTTACACTTACAATTTGCA+AGG 0.519248 1:+77489665 MsG0180004399.01.T01:CDS
TAGAAGTTGATATACAAAAG+TGG 0.519986 1:+77489846 MsG0180004399.01.T01:CDS
GTAAATGATTCTGATGTGAT+AGG 0.521994 1:+77489188 MsG0180004399.01.T01:CDS
ACAAAAGTGGAAGTCTGTTA+GGG 0.522551 1:+77489859 MsG0180004399.01.T01:CDS
GGAATGAGAACCGTGTCAAA+TGG 0.524392 1:+77489552 MsG0180004399.01.T01:CDS
GATTAGAACTTGATAAGAAA+CGG 0.526047 1:-77489019 None:intergenic
GTTGCTATTGCGGGACTTGG+AGG 0.526990 1:+77489281 MsG0180004399.01.T01:CDS
AAAGAAGCTTCTCTTGCGCT+GGG 0.527042 1:+77488774 MsG0180004399.01.T01:CDS
TATCAAAGAGAGCTTCGATA+AGG 0.528195 1:+77489082 MsG0180004399.01.T01:CDS
GTGTCAAATGGGAAGAATTG+AGG 0.528912 1:+77489564 MsG0180004399.01.T01:CDS
TTGAGGGGTTTAATACCAGC+AGG 0.533670 1:+77489581 MsG0180004399.01.T01:CDS
AAAACCAGGAGCTTCGTGAA+TGG 0.535602 1:+77488880 MsG0180004399.01.T01:CDS
CCCAATGTCCTTAGGGCCAA+AGG 0.541700 1:-77489809 None:intergenic
ATTGCGGGACTTGGAGGTAT+GGG 0.548526 1:+77489287 MsG0180004399.01.T01:CDS
CTTTGGCCCTAAGGACATTG+GGG 0.548726 1:+77489810 MsG0180004399.01.T01:CDS
ATGGCTGAATCGCTCCTCTT+CGG 0.556145 1:+77488708 MsG0180004399.01.T01:CDS
ATTGTACTCTGGGAGGCACT+TGG 0.558498 1:+77490031 MsG0180004399.01.T01:CDS
TTTCTTTCAAAGTGCCACCC+TGG 0.568682 1:-77490072 None:intergenic
AGTATGGTTCTCAAACCTCT+GGG 0.569381 1:-77490319 None:intergenic
CTCTTGAAACATACATTGCA+AGG 0.569877 1:-77490198 None:intergenic
TACTTGTATTGGACGATGTG+TGG 0.570729 1:+77489531 MsG0180004399.01.T01:CDS
TTAATACCAGCAGGTGCTCA+AGG 0.573481 1:+77489590 MsG0180004399.01.T01:CDS
AAAGATATTGTGCCTAAATG+TGG 0.579618 1:+77489779 MsG0180004399.01.T01:CDS
CGACACAGTAGCTAAGATGA+TGG 0.591941 1:+77489640 MsG0180004399.01.T01:CDS
TCAATTCTTCCCATTTGACA+CGG 0.601702 1:-77489562 None:intergenic
TGACCGTGTTGTGCAAAGGC+GGG 0.604347 1:+77489151 MsG0180004399.01.T01:CDS
TCACAATGAACGACTCTGCA+AGG 0.604743 1:-77488731 None:intergenic
GAATGAGAACCGTGTCAAAT+GGG 0.606171 1:+77489553 MsG0180004399.01.T01:CDS
TTCCGGCAGTAAGAGAAAGA+AGG 0.609100 1:+77488992 MsG0180004399.01.T01:CDS
GATATTGTGCCTAAATGTGG+AGG 0.612191 1:+77489782 MsG0180004399.01.T01:CDS
CTTACACTTACAATTTGCAA+GGG 0.618546 1:+77489666 MsG0180004399.01.T01:CDS
TGATTCTGATGTGATAGGAA+GGG 0.619298 1:+77489193 MsG0180004399.01.T01:CDS
CACATCAGAATCATTTACAC+GGG 0.622735 1:-77489183 None:intergenic
ACGACTCTGCAAGGCCGAAG+AGG 0.631128 1:-77488722 None:intergenic
TCACATCAGAATCATTTACA+CGG 0.635547 1:-77489184 None:intergenic
CTTCGTTGTTGACTCCGACA+GGG 0.645738 1:-77490345 None:intergenic
ATATTGTGCCTAAATGTGGA+GGG 0.653096 1:+77489783 MsG0180004399.01.T01:CDS
TTTCTTCAATCACCAAACCA+GGG 0.657349 1:+77490055 MsG0180004399.01.T01:CDS
TTGATGACCGTGTTGTGCAA+AGG 0.658648 1:+77489147 MsG0180004399.01.T01:CDS
ATGACCGTGTTGTGCAAAGG+CGG 0.661026 1:+77489150 MsG0180004399.01.T01:CDS
TCATACAATTGTACTCTGGG+AGG 0.670277 1:+77490024 MsG0180004399.01.T01:CDS
GTCAAATGGGAAGAATTGAG+GGG 0.670567 1:+77489566 MsG0180004399.01.T01:CDS
TTTCCCGCCTTTGCACAACA+CGG 0.671020 1:-77489154 None:intergenic
CTTCAATCACCAAACCAGGG+TGG 0.681098 1:+77490058 MsG0180004399.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TTTACTAAAAATTATTTGTT+TGG + Chr1:77490283-77490302 MsG0180004399.01.T01:CDS 10.0%
!!! AAACATTGTTTTAAATAAGA+AGG - Chr1:77489959-77489978 None:intergenic 15.0%
!! ATTGTCAGTATTTGTAAAAT+GGG + Chr1:77489706-77489725 MsG0180004399.01.T01:CDS 20.0%
!! GAACATTAAAAACTTTAGTT+TGG + Chr1:77489460-77489479 MsG0180004399.01.T01:CDS 20.0%
!! GCAAAATTTAGAGATAAATT+TGG + Chr1:77489107-77489126 MsG0180004399.01.T01:CDS 20.0%
!! TTTAGTAAATGACAAATGTA+AGG - Chr1:77490272-77490291 None:intergenic 20.0%
! CATTGTCAGTATTTGTAAAA+TGG + Chr1:77489705-77489724 MsG0180004399.01.T01:CDS 25.0%
! GATTAGAACTTGATAAGAAA+CGG - Chr1:77489022-77489041 None:intergenic 25.0%
! TCAAAAGTTCTTACTTGTAT+TGG + Chr1:77489520-77489539 MsG0180004399.01.T01:CDS 25.0%
! TTCAGATATATTGTCACTAT+GGG - Chr1:77490245-77490264 None:intergenic 25.0%
! TTGTATGAAAACTGTTGAAA+TGG - Chr1:77490012-77490031 None:intergenic 25.0%
! TTTCAGATATATTGTCACTA+TGG - Chr1:77490246-77490265 None:intergenic 25.0%
!! TCATAACTTAATTTGATAGC+TGG - Chr1:77489929-77489948 None:intergenic 25.0%
!! TTTTCATACAATTGTACTCT+GGG + Chr1:77490021-77490040 MsG0180004399.01.T01:CDS 25.0%
!!! CTTCAAGATTTTATTGACTA+TGG + Chr1:77490136-77490155 MsG0180004399.01.T01:CDS 25.0%
!!! TAGAAGTTGATATACAAAAG+TGG + Chr1:77489846-77489865 MsG0180004399.01.T01:CDS 25.0%
AAAATCGTCAATAACGTCTT+CGG - Chr1:77488937-77488956 None:intergenic 30.0%
AAAGATATTGTGCCTAAATG+TGG + Chr1:77489779-77489798 MsG0180004399.01.T01:CDS 30.0%
ACTTACACTTACAATTTGCA+AGG + Chr1:77489665-77489684 MsG0180004399.01.T01:CDS 30.0%
CATCAATCTCTTTGATGTTA+AGG - Chr1:77489133-77489152 None:intergenic 30.0%
CTCTAATTTCTTGCAAATCT+TGG - Chr1:77488806-77488825 None:intergenic 30.0%
CTTACACTTACAATTTGCAA+GGG + Chr1:77489666-77489685 MsG0180004399.01.T01:CDS 30.0%
GTAAATGATTCTGATGTGAT+AGG + Chr1:77489188-77489207 MsG0180004399.01.T01:CDS 30.0%
TCACATCAGAATCATTTACA+CGG - Chr1:77489187-77489206 None:intergenic 30.0%
TTGCAAATTGTAAGTGTAAG+TGG - Chr1:77489666-77489685 None:intergenic 30.0%
! AAAATGTCCTCATCTTTTTG+CGG - Chr1:77489905-77489924 None:intergenic 30.0%
! ACTCTTTTCCATTAAAGATG+TGG + Chr1:77489357-77489376 MsG0180004399.01.T01:CDS 30.0%
! ATCAGTTTTTACAAGAGCTA+CGG + Chr1:77490101-77490120 MsG0180004399.01.T01:CDS 30.0%
! GTTTTCATACAATTGTACTC+TGG + Chr1:77490020-77490039 MsG0180004399.01.T01:CDS 30.0%
! TAATGTTCTCCTGATGATTT+TGG - Chr1:77489448-77489467 None:intergenic 30.0%
!! GTAAAATGGGCTTTTAAAGA+GGG + Chr1:77489719-77489738 MsG0180004399.01.T01:CDS 30.0%
!! TGTAAAATGGGCTTTTAAAG+AGG + Chr1:77489718-77489737 MsG0180004399.01.T01:CDS 30.0%
!!! AATGGAAGTCTTTTTCAAAG+AGG - Chr1:77489994-77490013 None:intergenic 30.0%
!!! ATGGAAGTCTTTTTCAAAGA+GGG - Chr1:77489993-77490012 None:intergenic 30.0%
ACAAAAGTGGAAGTCTGTTA+GGG + Chr1:77489859-77489878 MsG0180004399.01.T01:CDS 35.0%
ACGCATATCCACATCTTTAA+TGG - Chr1:77489368-77489387 None:intergenic 35.0%
AGGAAGGGAACAAGATAAAA+AGG + Chr1:77489208-77489227 MsG0180004399.01.T01:CDS 35.0%
ATATTGTGCCTAAATGTGGA+GGG + Chr1:77489783-77489802 MsG0180004399.01.T01:CDS 35.0%
ATGATTCTGATGTGATAGGA+AGG + Chr1:77489192-77489211 MsG0180004399.01.T01:CDS 35.0%
CACATCAGAATCATTTACAC+GGG - Chr1:77489186-77489205 None:intergenic 35.0%
CACTGCTTTGATGAATGAAA+TGG - Chr1:77488832-77488851 None:intergenic 35.0%
CATCTTAGAAACATACTTGC+TGG + Chr1:77489497-77489516 MsG0180004399.01.T01:CDS 35.0%
CTCTTGAAACATACATTGCA+AGG - Chr1:77490201-77490220 None:intergenic 35.0%
GAATTTACCGCAAAAAGATG+AGG + Chr1:77489895-77489914 MsG0180004399.01.T01:CDS 35.0%
GAGAAAACATCCTGAACTAA+TGG + Chr1:77489748-77489767 MsG0180004399.01.T01:CDS 35.0%
TACAAAAGTGGAAGTCTGTT+AGG + Chr1:77489858-77489877 MsG0180004399.01.T01:CDS 35.0%
TATCAAAGAGAGCTTCGATA+AGG + Chr1:77489082-77489101 MsG0180004399.01.T01:CDS 35.0%
TCAATTCTTCCCATTTGACA+CGG - Chr1:77489565-77489584 None:intergenic 35.0%
TGATTCTGATGTGATAGGAA+GGG + Chr1:77489193-77489212 MsG0180004399.01.T01:CDS 35.0%
TGTCAAATGGGAAGAATTGA+GGG + Chr1:77489565-77489584 MsG0180004399.01.T01:CDS 35.0%
TTTCCAATCTCCATTAGTTC+AGG - Chr1:77489761-77489780 None:intergenic 35.0%
TTTCTTCAATCACCAAACCA+GGG + Chr1:77490055-77490074 MsG0180004399.01.T01:CDS 35.0%
! TCTATCTGTTGTTGCTATTG+CGG + Chr1:77489271-77489290 MsG0180004399.01.T01:CDS 35.0%
! TCTTGTTTACCGCCTTAAAA+TGG + Chr1:77489043-77489062 MsG0180004399.01.T01:CDS 35.0%
! TTTTCTTCAATCACCAAACC+AGG + Chr1:77490054-77490073 MsG0180004399.01.T01:CDS 35.0%
!! GATTTTATTGACTATGGCAG+TGG + Chr1:77490142-77490161 MsG0180004399.01.T01:CDS 35.0%
!!! ATTTTAAGGCGGTAAACAAG+AGG - Chr1:77489044-77489063 None:intergenic 35.0%
AAACAAGTCGTCGATACTTC+CGG + Chr1:77488975-77488994 MsG0180004399.01.T01:CDS 40.0%
AAGTATGGTTCTCAAACCTC+TGG - Chr1:77490323-77490342 None:intergenic 40.0%
AGTATGGTTCTCAAACCTCT+GGG - Chr1:77490322-77490341 None:intergenic 40.0%
CATCCTGAACTAATGGAGAT+TGG + Chr1:77489755-77489774 MsG0180004399.01.T01:CDS 40.0%
CTGTTAGGGACAATGAGATT+TGG + Chr1:77489873-77489892 MsG0180004399.01.T01:CDS 40.0%
GAAAAAGCAGCATCAAAACC+AGG + Chr1:77488866-77488885 MsG0180004399.01.T01:CDS 40.0%
GAATGAGAACCGTGTCAAAT+GGG + Chr1:77489553-77489572 MsG0180004399.01.T01:CDS 40.0%
GATATTGTGCCTAAATGTGG+AGG + Chr1:77489782-77489801 MsG0180004399.01.T01:CDS 40.0%
GTCAAATGGGAAGAATTGAG+GGG + Chr1:77489566-77489585 MsG0180004399.01.T01:CDS 40.0%
GTGTCAAATGGGAAGAATTG+AGG + Chr1:77489564-77489583 MsG0180004399.01.T01:CDS 40.0%
TACCTTCTTTCTCTTACTGC+CGG - Chr1:77488997-77489016 None:intergenic 40.0%
TACTTGTATTGGACGATGTG+TGG + Chr1:77489531-77489550 MsG0180004399.01.T01:CDS 40.0%
TCATACAATTGTACTCTGGG+AGG + Chr1:77490024-77490043 MsG0180004399.01.T01:CDS 40.0%
! AGAACCATACTTTTCCCTGT+CGG + Chr1:77490331-77490350 MsG0180004399.01.T01:CDS 40.0%
! CTATCTGTTGTTGCTATTGC+GGG + Chr1:77489272-77489291 MsG0180004399.01.T01:CDS 40.0%
! GGTGGCACTTTGAAAGAAAT+TGG + Chr1:77490076-77490095 MsG0180004399.01.T01:CDS 40.0%
! TATTGACGATTTTCAGTGCG+AGG + Chr1:77488944-77488963 MsG0180004399.01.T01:CDS 40.0%
! TTTGCAAGGGCTTTCTAAAG+AGG + Chr1:77489679-77489698 MsG0180004399.01.T01:CDS 40.0%
!! TGATACGATGCGCCATTTTA+AGG - Chr1:77489058-77489077 None:intergenic 40.0%
!! TTCTCCTGATGATTTTGGTC+AGG - Chr1:77489443-77489462 None:intergenic 40.0%
AAAACCAGGAGCTTCGTGAA+TGG + Chr1:77488880-77488899 MsG0180004399.01.T01:CDS 45.0%
AAAGAAGCTTCTCTTGCGCT+GGG + Chr1:77488774-77488793 MsG0180004399.01.T01:CDS 45.0%
AAAGGAAGCCCTCCACATTT+AGG - Chr1:77489794-77489813 None:intergenic 45.0%
ATTCATCAAAGCAGTGCTGC+TGG + Chr1:77488836-77488855 MsG0180004399.01.T01:CDS 45.0%
CGACACAGTAGCTAAGATGA+TGG + Chr1:77489640-77489659 MsG0180004399.01.T01:CDS 45.0%
GGAATGAGAACCGTGTCAAA+TGG + Chr1:77489552-77489571 MsG0180004399.01.T01:CDS 45.0%
GTCAATAACGTCTTCGGCTT+TGG - Chr1:77488931-77488950 None:intergenic 45.0%
TAAAGAAGCTTCTCTTGCGC+TGG + Chr1:77488773-77488792 MsG0180004399.01.T01:CDS 45.0%
TAAATGTGGAGGGCTTCCTT+TGG + Chr1:77489793-77489812 MsG0180004399.01.T01:CDS 45.0%
TCACAATGAACGACTCTGCA+AGG - Chr1:77488734-77488753 None:intergenic 45.0%
TGCTCCTGACCAAAATCATC+AGG + Chr1:77489436-77489455 MsG0180004399.01.T01:CDS 45.0%
TTAATACCAGCAGGTGCTCA+AGG + Chr1:77489590-77489609 MsG0180004399.01.T01:CDS 45.0%
TTCCGGCAGTAAGAGAAAGA+AGG + Chr1:77488992-77489011 MsG0180004399.01.T01:CDS 45.0%
TTGAGGGGTTTAATACCAGC+AGG + Chr1:77489581-77489600 MsG0180004399.01.T01:CDS 45.0%
! TTGATGACCGTGTTGTGCAA+AGG + Chr1:77489147-77489166 MsG0180004399.01.T01:CDS 45.0%
! TTTCTTTCAAAGTGCCACCC+TGG - Chr1:77490075-77490094 None:intergenic 45.0%
!! TACGATGCGCCATTTTAAGG+CGG - Chr1:77489055-77489074 None:intergenic 45.0%
ATGACCGTGTTGTGCAAAGG+CGG + Chr1:77489150-77489169 MsG0180004399.01.T01:CDS 50.0%
ATGGCTGAATCGCTCCTCTT+CGG + Chr1:77488708-77488727 MsG0180004399.01.T01:CDS 50.0%
CCTTTGGCCCTAAGGACATT+GGG + Chr1:77489809-77489828 MsG0180004399.01.T01:CDS 50.0%
CGAACTCCCCAATGTCCTTA+GGG - Chr1:77489819-77489838 None:intergenic 50.0%
CTTCAATCACCAAACCAGGG+TGG + Chr1:77490058-77490077 MsG0180004399.01.T01:CDS 50.0%
CTTTGGCCCTAAGGACATTG+GGG + Chr1:77489810-77489829 MsG0180004399.01.T01:CDS 50.0%
GACTCCGACAGGGAAAAGTA+TGG - Chr1:77490338-77490357 None:intergenic 50.0%
GGAAAAACTCCACTTCCCAG+AGG + Chr1:77490304-77490323 MsG0180004399.01.T01:CDS 50.0%
TATTGCGGGACTTGGAGGTA+TGG + Chr1:77489286-77489305 MsG0180004399.01.T01:CDS 50.0%
TCATCCATTCACGAAGCTCC+TGG - Chr1:77488887-77488906 None:intergenic 50.0%
TCCTTTGGCCCTAAGGACAT+TGG + Chr1:77489808-77489827 MsG0180004399.01.T01:CDS 50.0%
TTACTTCCTTGAGCACCTGC+TGG - Chr1:77489599-77489618 None:intergenic 50.0%
TTTCCCGCCTTTGCACAACA+CGG - Chr1:77489157-77489176 None:intergenic 50.0%
! ATTGCGGGACTTGGAGGTAT+GGG + Chr1:77489287-77489306 MsG0180004399.01.T01:CDS 50.0%
! GTTCTCAAACCTCTGGGAAG+TGG - Chr1:77490316-77490335 None:intergenic 50.0%
! GTTGTTGCTATTGCGGGACT+TGG + Chr1:77489278-77489297 MsG0180004399.01.T01:CDS 50.0%
! TTCAAAGTGCCACCCTGGTT+TGG - Chr1:77490070-77490089 None:intergenic 50.0%
!! ATTGTACTCTGGGAGGCACT+TGG + Chr1:77490031-77490050 MsG0180004399.01.T01:CDS 50.0%
!! CTTCGTTGTTGACTCCGACA+GGG - Chr1:77490348-77490367 None:intergenic 50.0%
CCCAATGTCCTTAGGGCCAA+AGG - Chr1:77489812-77489831 None:intergenic 55.0%
GCGAACTCCCCAATGTCCTT+AGG - Chr1:77489820-77489839 None:intergenic 55.0%
TGACCGTGTTGTGCAAAGGC+GGG + Chr1:77489151-77489170 MsG0180004399.01.T01:CDS 55.0%
! GTTGCTATTGCGGGACTTGG+AGG + Chr1:77489281-77489300 MsG0180004399.01.T01:CDS 55.0%
!! GCTTCGTTGTTGACTCCGAC+AGG - Chr1:77490349-77490368 None:intergenic 55.0%
ACGACTCTGCAAGGCCGAAG+AGG - Chr1:77488725-77488744 None:intergenic 60.0%
GAGGGCTTCCTTTGGCCCTA+AGG + Chr1:77489801-77489820 MsG0180004399.01.T01:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 77488708 77490384 77488708 ID=MsG0180004399.01;Name=MsG0180004399.01
Chr1 mRNA 77488708 77490384 77488708 ID=MsG0180004399.01.T01;Parent=MsG0180004399.01;Name=MsG0180004399.01.T01;_AED=0.18;_eAED=0.18;_QI=0|-1|1|1|-1|1|1|0|558
Chr1 exon 77488708 77490384 77488708 ID=MsG0180004399.01.T01:exon:7198;Parent=MsG0180004399.01.T01
Chr1 CDS 77488708 77490384 77488708 ID=MsG0180004399.01.T01:cds;Parent=MsG0180004399.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180004399.01.T01

ATGGCTGAATCGCTCCTCTTCGGCCTTGCAGAGTCGTTCATTGTGAAACTAGCTTCTTGTGCTGTTAAAGAAGCTTCTCTTGCGCTGGGCGTCTACCAAGATTTGCAAGAAATTAGAGACACCATTTCATTCATCAAAGCAGTGCTGCTGGATGCTGAGAAAAAGCAGCATCAAAACCAGGAGCTTCGTGAATGGATGAGACAGATTAAGCGCATCTTCTCCAAAGCCGAAGACGTTATTGACGATTTTCAGTGCGAGGCACTACAGAAACAAGTCGTCGATACTTCCGGCAGTAAGAGAAAGAAGGTACGCCGTTTCTTATCAAGTTCTAATCCTCTTGTTTACCGCCTTAAAATGGCGCATCGTATCAAACATATCAAAGAGAGCTTCGATAAGGTTGCAAAATTTAGAGATAAATTTGGCCTTAACATCAAAGAGATTGATGACCGTGTTGTGCAAAGGCGGGAAACTCATTCCCGTGTAAATGATTCTGATGTGATAGGAAGGGAACAAGATAAAAAGGAAATTGTAAAGCTCTTATTCGATGATAGTGATGATAAAAGTCTATCTGTTGTTGCTATTGCGGGACTTGGAGGTATGGGAAAGACTACACTTGCAAAACTTGTGTTTAATGATAAGAGTATAGTTGACTCTTTTCCATTAAAGATGTGGATATGCGTCTCAGATGATTTTGATGTTAAGAATCTGCTTGTTAAGATTATTGAATCTGCTCCTGACCAAAATCATCAGGAGAACATTAAAAACTTTAGTTTGGAGCAACTGCAAAATCATCTTAGAAACATACTTGCTGGTCAAAAGTTCTTACTTGTATTGGACGATGTGTGGAATGAGAACCGTGTCAAATGGGAAGAATTGAGGGGTTTAATACCAGCAGGTGCTCAAGGAAGTAAAGTACTAGTGACTTCACGTAGCGACACAGTAGCTAAGATGATGGCCACTTACACTTACAATTTGCAAGGGCTTTCTAAAGAGGACTCATTGTCAGTATTTGTAAAATGGGCTTTTAAAGAGGGAGAAGAGAGAAAACATCCTGAACTAATGGAGATTGGAAAAGATATTGTGCCTAAATGTGGAGGGCTTCCTTTGGCCCTAAGGACATTGGGGAGTTCGCTGTTCTTAGAAGTTGATATACAAAAGTGGAAGTCTGTTAGGGACAATGAGATTTGGAATTTACCGCAAAAAGATGAGGACATTTTACCAGCTATCAAATTAAGTTATGATCAATTACCTTCTTATTTAAAACAATGTTTTGCTTGCTTCTCCCTCTTTGAAAAAGACTTCCATTTCAACAGTTTTCATACAATTGTACTCTGGGAGGCACTTGGTTTTCTTCAATCACCAAACCAGGGTGGCACTTTGAAAGAAATTGGCAATCAGTTTTTACAAGAGCTACGGTCAAGATCTTTTCTTCAAGATTTTATTGACTATGGCAGTGGTTGCAAATTCAAATTGCACGATCTAGTGCATGACCTTGCAATGTATGTTTCAAGAGACGAGTTTCAATTGTTGAACTCCCATAGTGACAATATATCTGAAAATGCCTTACATTTGTCATTTACTAAAAATTATTTGTTTGGAAAAACTCCACTTCCCAGAGGTTTGAGAACCATACTTTTCCCTGTCGGAGTCAACAACGAAGCTTTCTTGAATACTTAG
Protein sequence

>MsG0180004399.01.T01

MAESLLFGLAESFIVKLASCAVKEASLALGVYQDLQEIRDTISFIKAVLLDAEKKQHQNQELREWMRQIKRIFSKAEDVIDDFQCEALQKQVVDTSGSKRKKVRRFLSSSNPLVYRLKMAHRIKHIKESFDKVAKFRDKFGLNIKEIDDRVVQRRETHSRVNDSDVIGREQDKKEIVKLLFDDSDDKSLSVVAIAGLGGMGKTTLAKLVFNDKSIVDSFPLKMWICVSDDFDVKNLLVKIIESAPDQNHQENIKNFSLEQLQNHLRNILAGQKFLLVLDDVWNENRVKWEELRGLIPAGAQGSKVLVTSRSDTVAKMMATYTYNLQGLSKEDSLSVFVKWAFKEGEERKHPELMEIGKDIVPKCGGLPLALRTLGSSLFLEVDIQKWKSVRDNEIWNLPQKDEDILPAIKLSYDQLPSYLKQCFACFSLFEKDFHFNSFHTIVLWEALGFLQSPNQGGTLKEIGNQFLQELRSRSFLQDFIDYGSGCKFKLHDLVHDLAMYVSRDEFQLLNSHSDNISENALHLSFTKNYLFGKTPLPRGLRTILFPVGVNNEAFLNT*