AlfalfaGEDB | MsG0580029505.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0580029505.01

KEGG: -
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TFs/TRs:

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Protein Kinases:

Gene ID	Type	Classification

Network:

Co-expression Network

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MsG0580029505.01.T01	AT2G16890	28.182	330	192	9	10	323	9	309	1.91e-27	112
MsG0580029505.01.T01	AT3G29630	27.912	455	236	20	8	450	4	378	3.02e-27	114
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Find 85 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 149 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
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AATAAGTGCTTCACAAATGA+TGG	0.472776	5:+97849434	MsG0580029505.01.T01:CDS
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GCATTAATGTCAAAACCAAA+AGG	0.529138	5:-97849513	None:intergenic
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ATAGAAAGTGCTATCTGTGG+AGG	0.568920	5:-97849162	None:intergenic
TTGGATGTTACGTCTACATG+TGG	0.570108	5:-97850251	None:intergenic
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CCTTTAATGTAGTTGATGGA+AGG	0.584665	5:-97849290	None:intergenic
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ATCTATGCATCTGAGAGATG+TGG	0.598533	5:-97849095	None:intergenic
AATGTAGTTGATGGAAGGAG+AGG	0.600382	5:-97849285	None:intergenic
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TGTTTACGATTGTGTTGTGG+TGG	0.601274	5:-97850280	None:intergenic
AAGGCAGAATGGTTGCCAGA+AGG	0.601769	5:+97849543	MsG0580029505.01.T01:CDS
GGAGCATTTCTAAGTCATTG+TGG	0.609955	5:+97849654	MsG0580029505.01.T01:CDS
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TATGCTTGTTCTGCTGCGAG+TGG	0.621269	5:-97849729	None:intergenic
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CRISPR-GE

badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
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!!	ACATCTGATATAATACAAAT+TGG	-	Chr5:97848820-97848839	None:intergenic	20.0%
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!!!	AAGAATTTAAGTTTCTACAA+TGG	+	Chr5:97848417-97848436	MsG0580029505.01.T01:intron	20.0%
!!!	AATTCTTGAGAATTTTCTAT+TGG	-	Chr5:97848404-97848423	None:intergenic	20.0%
!!!	ATTATATCAGATGTTTTTCT+TGG	+	Chr5:97848826-97848845	MsG0580029505.01.T01:CDS	20.0%
!!!	TTAGTTAGATTTTGTTTTTG+TGG	-	Chr5:97849035-97849054	None:intergenic	20.0%
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!	TTTGATATTAAAGAGCTAAG+AGG	-	Chr5:97848772-97848791	None:intergenic	25.0%
!!	AAAGTGAGAAACTTTTCATT+TGG	+	Chr5:97849478-97849497	MsG0580029505.01.T01:CDS	25.0%
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!!!	AACTTTTCATTTGGGTTATT+AGG	+	Chr5:97849487-97849506	MsG0580029505.01.T01:CDS	25.0%
!!!	TGTTGTTTTTTTCTTTTGGA+GGG	-	Chr5:97850322-97850341	None:intergenic	25.0%
!!!	TTGAGAATTTTCTATTGGTT+TGG	-	Chr5:97848399-97848418	None:intergenic	25.0%
!!!	TTGTTGTTTTTTTCTTTTGG+AGG	-	Chr5:97850323-97850342	None:intergenic	25.0%
	AAACCCTTTAATGTAGTTGA+TGG	-	Chr5:97849297-97849316	None:intergenic	30.0%
	AATAAGTGCTTCACAAATGA+TGG	+	Chr5:97849434-97849453	MsG0580029505.01.T01:CDS	30.0%
	AATAGAGAAAGGTGAAGAAA+AGG	+	Chr5:97849932-97849951	MsG0580029505.01.T01:CDS	30.0%
	AGAGAATGAAGCATAGTAAA+AGG	+	Chr5:97849574-97849593	MsG0580029505.01.T01:CDS	30.0%
	AGTTTGATTATATCAGCTAG+AGG	-	Chr5:97848721-97848740	None:intergenic	30.0%
	ATAGAGAAAGGTGAAGAAAA+GGG	+	Chr5:97849933-97849952	MsG0580029505.01.T01:CDS	30.0%
	CTTCCATCAACTACATTAAA+GGG	+	Chr5:97849291-97849310	MsG0580029505.01.T01:CDS	30.0%
	GAAATAGTTATGGATCAAGA+AGG	+	Chr5:97849849-97849868	MsG0580029505.01.T01:CDS	30.0%
	GAAGGTCATAGAAATAGTTA+TGG	+	Chr5:97849839-97849858	MsG0580029505.01.T01:CDS	30.0%
	GATTGAGATATCATTGTTAG+AGG	-	Chr5:97848626-97848645	None:intergenic	30.0%
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	TGTTGGAAATTGCAGATTTA+AGG	-	Chr5:97848594-97848613	None:intergenic	30.0%
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!	ATCAGATGTTTTTCTTGGTT+GGG	+	Chr5:97848831-97848850	MsG0580029505.01.T01:CDS	30.0%
!	TATCAGATGTTTTTCTTGGT+TGG	+	Chr5:97848830-97848849	MsG0580029505.01.T01:CDS	30.0%
!	TGGCTGATTTACAATCTTTA+AGG	+	Chr5:97850067-97850086	MsG0580029505.01.T01:three_prime_UTR	30.0%
!!	ATTTAAGGTGTTGAATGTTG+AGG	-	Chr5:97848579-97848598	None:intergenic	30.0%
!!	TTTAAGGTGTTGAATGTTGA+GGG	-	Chr5:97848578-97848597	None:intergenic	30.0%
!!	TTTTGTTTACGATTGTGTTG+TGG	-	Chr5:97850286-97850305	None:intergenic	30.0%
!!!	GTTGTTTTTTTCTTTTGGAG+GGG	-	Chr5:97850321-97850340	None:intergenic	30.0%
!!!	TGAGATATTTTAGTAGTACC+TGG	-	Chr5:97848991-97849010	None:intergenic	30.0%
!!!	TTGTTTTTTTCTTTTGGAGG+GGG	-	Chr5:97850320-97850339	None:intergenic	30.0%
	ACCAATGTTGCAAAGAGTTT+AGG	+	Chr5:97848856-97848875	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
	ACTATCTTCAACTTCCTGTT+TGG	+	Chr5:97849253-97849272	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
	AGCATACAATGCAAAGATGT+TGG	+	Chr5:97849746-97849765	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
	AGTTATGGATCAAGAAGGAA+AGG	+	Chr5:97849854-97849873	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
	ATACAATGCAAAGATGTTGG+TGG	+	Chr5:97849749-97849768	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
	ATCAAAGATCACACAACAAG+AGG	+	Chr5:97848786-97848805	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
	ATGGATTTGTAACACTGTTG+AGG	+	Chr5:97849197-97849216	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
	ATTCTCTCTTCAAAACCTTC+TGG	-	Chr5:97849561-97849580	None:intergenic	35.0%
	ATTCTGTCACACAAATCAAC+AGG	+	Chr5:97849633-97849652	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
	CATTTCTAAGTCATTGTGGA+TGG	+	Chr5:97849658-97849677	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
	CCTTCCATCAACTACATTAA+AGG	+	Chr5:97849290-97849309	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
	CCTTTCAATCATAGCCAATA+TGG	+	Chr5:97848661-97848680	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
	GATTGAAAGGTAATTCAGCA+AGG	-	Chr5:97848651-97848670	None:intergenic	35.0%
	GCACTTTCTATGAAATCTGA+TGG	+	Chr5:97849174-97849193	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
	GCATAGTAAAAGGAGTTTGT+TGG	+	Chr5:97849584-97849603	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
	GCATTCTTCAAGAGTTATAC+CGG	-	Chr5:97849349-97849368	None:intergenic	35.0%
	GTTAGAGGAAGAAAATGTGT+TGG	-	Chr5:97848611-97848630	None:intergenic	35.0%
	GTTATGGATCAAGAAGGAAA+GGG	+	Chr5:97849855-97849874	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
	TAGAAGCTGATTAAGGGATT+AGG	-	Chr5:97850112-97850131	None:intergenic	35.0%
	TCAAAGATCACACAACAAGA+GGG	+	Chr5:97848787-97848806	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
	TGACATTAATGCAGAGTTCA+AGG	+	Chr5:97849524-97849543	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
	TGTGGAAACTGTGATTTCTA+AGG	+	Chr5:97849806-97849825	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
	TTCCTTATGTCTGCATTTAC+TGG	+	Chr5:97850047-97850066	MsG0580029505.01.T01:three_prime_UTR	35.0%
	TTCTCTGTGTTCTCTATGTT+TGG	-	Chr5:97848694-97848713	None:intergenic	35.0%
	TTGAGGAGATTGAGACTTTA+GGG	+	Chr5:97849214-97849233	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
!	AAAGATGTTGGTGGAAGAAA+TGG	+	Chr5:97849758-97849777	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
!	AAGATGTTGGTGGAAGAAAT+GGG	+	Chr5:97849759-97849778	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
!	AGTTATACCGGATTCTTTTC+CGG	-	Chr5:97849337-97849356	None:intergenic	35.0%
!	CCATATTGGCTATGATTGAA+AGG	-	Chr5:97848664-97848683	None:intergenic	35.0%
!	GAATTTTTCTTGCTAAGGCT+AGG	-	Chr5:97848513-97848532	None:intergenic	35.0%
!	TCAGAATCTGTTTTCCTATG+AGG	-	Chr5:97848955-97848974	None:intergenic	35.0%
!	TGTTTGGTGGTAAACCATAT+TGG	-	Chr5:97848678-97848697	None:intergenic	35.0%
!	TTCTAAGGAAGATGTGAAGA+AGG	+	Chr5:97849821-97849840	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
!	TTGTGGATGGAATTCTGTTT+TGG	+	Chr5:97849671-97849690	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
!	TTTGGTGTAATCTACCTCAT+AGG	+	Chr5:97848938-97848957	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
!!	AGTTTGTTGGTGCATAAATG+GGG	+	Chr5:97849597-97849616	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
!!	ATGTGGAATCTGTAGTTTTG+AGG	-	Chr5:97849081-97849100	None:intergenic	35.0%
!!	CCTTTAATGTAGTTGATGGA+AGG	-	Chr5:97849293-97849312	None:intergenic	35.0%
!!	GAGTTTGTTGGTGCATAAAT+GGG	+	Chr5:97849596-97849615	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
!!	TTAAGGTGTTGAATGTTGAG+GGG	-	Chr5:97848577-97848596	None:intergenic	35.0%
!!	TTCATAGAAAGTGCTATCTG+TGG	-	Chr5:97849168-97849187	None:intergenic	35.0%
!!	TTGAATTCAAAGTATCGTGC+CGG	+	Chr5:97849315-97849334	MsG0580029505.01.T01:CDS	35.0%
	AAGAGCTAAGAGGAGTTTCA+AGG	-	Chr5:97848762-97848781	None:intergenic	40.0%
	AGAGAGGCAACAATAGAGAA+AGG	+	Chr5:97849921-97849940	MsG0580029505.01.T01:CDS	40.0%
	AGATATCTAAGAGCAGCTGA+TGG	+	Chr5:97849114-97849133	MsG0580029505.01.T01:CDS	40.0%
	AGCCAGTAAATGCAGACATA+AGG	-	Chr5:97850052-97850071	None:intergenic	40.0%
	AGGAAAGGGAAAAGAGATGA+AGG	+	Chr5:97849869-97849888	MsG0580029505.01.T01:CDS	40.0%
	ATCTATGCATCTGAGAGATG+TGG	-	Chr5:97849098-97849117	None:intergenic	40.0%
	CATAGTGATGACACCATTCA+TGG	+	Chr5:97848465-97848484	MsG0580029505.01.T01:CDS	40.0%
	GCCTAAACTCTTTGCAACAT+TGG	-	Chr5:97848860-97848879	None:intergenic	40.0%
	GTTGAGGAGATTGAGACTTT+AGG	+	Chr5:97849213-97849232	MsG0580029505.01.T01:CDS	40.0%
	TCTGTGTTCTCTATGTTTGG+TGG	-	Chr5:97848691-97848710	None:intergenic	40.0%
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	TTCACTACTTGTGGTGCTTA+TGG	+	Chr5:97848895-97848914	MsG0580029505.01.T01:CDS	40.0%
	TTGCAAAGAGTTTAGGCACT+AGG	+	Chr5:97848863-97848882	MsG0580029505.01.T01:CDS	40.0%
	TTGGATGTTACGTCTACATG+TGG	-	Chr5:97850254-97850273	None:intergenic	40.0%
	TTGTGGTGCTTATGGAACTT+TGG	+	Chr5:97848903-97848922	MsG0580029505.01.T01:CDS	40.0%
	TTTCTTGCTAAGGCTAGGAA+TGG	-	Chr5:97848508-97848527	None:intergenic	40.0%
!	AGATGTTGGTGGAAGAAATG+GGG	+	Chr5:97849760-97849779	MsG0580029505.01.T01:CDS	40.0%
!	GGAGCATTTCTAAGTCATTG+TGG	+	Chr5:97849654-97849673	MsG0580029505.01.T01:CDS	40.0%
!	GGTGGCTATTGTGATTTTGA+AGG	-	Chr5:97848551-97848570	None:intergenic	40.0%
!!	AAATGATGGCATTGGCTGAA+GGG	+	Chr5:97849448-97849467	MsG0580029505.01.T01:CDS	40.0%
!!	AATGGTGTCATCACTATGTG+TGG	-	Chr5:97848463-97848482	None:intergenic	40.0%
!!	AATGTAGTTGATGGAAGGAG+AGG	-	Chr5:97849288-97849307	None:intergenic	40.0%
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!!	GGAGTTTGTTGGTGCATAAA+TGG	+	Chr5:97849595-97849614	MsG0580029505.01.T01:CDS	40.0%
!!	TAGAAAGTGCTATCTGTGGA+GGG	-	Chr5:97849164-97849183	None:intergenic	40.0%
!!	TCTGATGAGTTTTGTGTTCC+AGG	+	Chr5:97848970-97848989	MsG0580029505.01.T01:CDS	40.0%
!!	TGTGTTGTGGTGGTTGTTTT+TGG	-	Chr5:97850273-97850292	None:intergenic	40.0%
!!	TTTTGGAGAGTCTTAGCCAA+GGG	+	Chr5:97849688-97849707	MsG0580029505.01.T01:CDS	40.0%
	AACCAATAATTGGCACCCCT+TGG	-	Chr5:97849707-97849726	None:intergenic	45.0%
	AGATGACCATGTGCCATGAA+TGG	-	Chr5:97848481-97848500	None:intergenic	45.0%
	ATGACACCATTCATGGCACA+TGG	+	Chr5:97848472-97848491	MsG0580029505.01.T01:CDS	45.0%
	ATGCAGAGTTCAAGGCAGAA+TGG	+	Chr5:97849532-97849551	MsG0580029505.01.T01:CDS	45.0%
	CAGCTGATGGAACTGATAAC+TGG	+	Chr5:97849127-97849146	MsG0580029505.01.T01:CDS	45.0%
	CTAAGCGTCTTGCTAGAGTT+TGG	-	Chr5:97850206-97850225	None:intergenic	45.0%
	CTCTTGAAGAATGCATGGAG+TGG	+	Chr5:97849355-97849374	MsG0580029505.01.T01:CDS	45.0%
	TATCGTGCCGGAAAAGAATC+CGG	+	Chr5:97849327-97849346	MsG0580029505.01.T01:CDS	45.0%
	TGTGACAGAATCTCCAACTG+AGG	-	Chr5:97849624-97849643	None:intergenic	45.0%
	TTTGGAGAGTCTTAGCCAAG+GGG	+	Chr5:97849689-97849708	MsG0580029505.01.T01:CDS	45.0%
!	GAGCTGGTGATGAAAGAACA+AGG	+	Chr5:97850225-97850244	MsG0580029505.01.T01:three_prime_UTR	45.0%
!	GATGTTGGTGGAAGAAATGG+GGG	+	Chr5:97849761-97849780	MsG0580029505.01.T01:CDS	45.0%
!	TGGGTTATTAGGCCACCTTT+TGG	+	Chr5:97849498-97849517	MsG0580029505.01.T01:CDS	45.0%
!!	AAGGGGTGCCAATTATTGGT+TGG	+	Chr5:97849706-97849725	MsG0580029505.01.T01:CDS	45.0%
!!	CAAATGATGGCATTGGCTGA+AGG	+	Chr5:97849447-97849466	MsG0580029505.01.T01:CDS	45.0%
!!	CAACTTCCTGTTTGGTGTGT+TGG	+	Chr5:97849261-97849280	MsG0580029505.01.T01:CDS	45.0%
!!!	GTTTTGGAGAGTCTTAGCCA+AGG	+	Chr5:97849687-97849706	MsG0580029505.01.T01:CDS	45.0%
	AAGGCAGAATGGTTGCCAGA+AGG	+	Chr5:97849543-97849562	MsG0580029505.01.T01:CDS	50.0%
	AGAGGACCAACACACCAAAC+AGG	-	Chr5:97849270-97849289	None:intergenic	50.0%
	GATTGCAGTGCACATGAGAG+AGG	+	Chr5:97849905-97849924	MsG0580029505.01.T01:CDS	50.0%
	GCATAAATGGGGACCTCAGT+TGG	+	Chr5:97849608-97849627	MsG0580029505.01.T01:CDS	50.0%
	GCGAGTGGCCAACCAATAAT+TGG	-	Chr5:97849717-97849736	None:intergenic	50.0%
	GGGCTCTTCATTGAGAGCAA+TGG	+	Chr5:97849953-97849972	MsG0580029505.01.T01:CDS	50.0%
	GTGTTGAATGTTGAGGGGAG+TGG	-	Chr5:97848572-97848591	None:intergenic	50.0%
	TATGCTTGTTCTGCTGCGAG+TGG	-	Chr5:97849732-97849751	None:intergenic	50.0%
	TCTAGCAAGACGCTTAGAGC+TGG	+	Chr5:97850209-97850228	MsG0580029505.01.T01:three_prime_UTR	50.0%
	TTGAATGTTGAGGGGAGTGG+TGG	-	Chr5:97848569-97848588	None:intergenic	50.0%
!!	AGCCAAGGGGTGCCAATTAT+TGG	+	Chr5:97849702-97849721	MsG0580029505.01.T01:CDS	50.0%
	GGAAGAAATGGGGGTGAGTG+TGG	+	Chr5:97849770-97849789	MsG0580029505.01.T01:CDS	55.0%
!!	GATGGCATTGGCTGAAGGGT+TGG	+	Chr5:97849452-97849471	MsG0580029505.01.T01:CDS	55.0%

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Chr5	gene	97848381	97850344	97848381	ID=MsG0580029505.01;Name=MsG0580029505.01
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Chr5	exon	97849073	97850157	97849073	ID=MsG0580029505.01.T02:exon:25299;Parent=MsG0580029505.01.T02
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Chr5	three_prime_UTR	97850008	97850157	97850008	ID=MsG0580029505.01.T02:three_prime_utr;Parent=MsG0580029505.01.T02

Gene Sequence

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Protein sequence

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