AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780039381.01

Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0780039381.01.T01 MTR_7g072460 56.364 110 12 1 72 145 300 409 5.16e-31 115
MsG0780039381.01.T01 MTR_7g072460 41.935 155 40 3 16 120 30 184 3.95e-25 99.8
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0780039381.01.T01 AT3G51710 58.929 56 23 0 27 82 92 147 1.46e-14 70.1

Find 36 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 102 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AGATGTTAAGTTTGGGATTC+TGG 0.202824 7:+63152385 MsG0780039381.01.T01:intron
ATTCCTGCTGAGTACAAATT+TGG 0.214129 7:+63152249 MsG0780039381.01.T01:CDS
GATGGTGATTTAAGGCTTAA+AGG 0.274624 7:+63152460 MsG0780039381.01.T01:CDS
TGAGTTTGGATGGTGATTTA+AGG 0.307200 7:+63152452 MsG0780039381.01.T01:CDS
GAGATTGTTGGATGGAAAAC+TGG 0.315011 7:+63152490 MsG0780039381.01.T01:CDS
GGATGGAAAACTGGGACTTC+TGG 0.333785 7:+63152499 MsG0780039381.01.T01:CDS
TTCTGAATCTAGTGTGGTAT+TGG 0.337446 7:+63152208 MsG0780039381.01.T01:CDS
AGGATCAGGATTTAGTTATA+TGG 0.363372 7:+63154025 MsG0780039381.01.T01:CDS
ATGTTCACTGGAGTTGAGTT+TGG 0.378653 7:+63152438 MsG0780039381.01.T01:CDS
TTCCATCCAACAATCTCATT+AGG 0.383406 7:-63152484 None:intergenic
GGTCTCAAACAGGTAGATAA+AGG 0.403135 7:+63154005 MsG0780039381.01.T01:CDS
GTCAAGGTTCCAAAGGGAAT+TGG 0.424683 7:+63154047 MsG0780039381.01.T01:CDS
ATGTTTCTACCAATTCCCTT+TGG 0.445946 7:-63154056 None:intergenic
AAAGGTCCTAATGAGATTGT+TGG 0.472392 7:+63152478 MsG0780039381.01.T01:CDS
ATTAGTCCTTGGTCTCAAAC+AGG 0.476362 7:+63153995 MsG0780039381.01.T01:CDS
AAACAGGTAGATAAAGGATC+AGG 0.494265 7:+63154011 MsG0780039381.01.T01:CDS
TAACCAAATTTGTACTCAGC+AGG 0.494917 7:-63152252 None:intergenic
AGGATTTAGTTATATGGTCA+AGG 0.512353 7:+63154031 MsG0780039381.01.T01:CDS
TATATTTATAGATTAGTCCT+TGG 0.517656 7:+63153984 MsG0780039381.01.T01:CDS
TCTATAAATATAACATTCCT+CGG 0.520321 7:-63153973 None:intergenic
GACTTCTGGACAAGGTGTAA+AGG 0.527960 7:+63152513 MsG0780039381.01.T01:CDS
GAGTACAAATTTGGTTACAT+AGG 0.536947 7:+63152258 MsG0780039381.01.T01:CDS
TGTCACTGGAAAATGTTCAC+TGG 0.540605 7:+63152426 MsG0780039381.01.T01:CDS
TATCTACCTGTTTGAGACCA+AGG 0.545084 7:-63154001 None:intergenic
TGGTATTGGATACAAACTAA+TGG 0.552751 7:+63152222 MsG0780039381.01.T01:CDS
TATATGGTCAAGGTTCCAAA+GGG 0.554476 7:+63154041 MsG0780039381.01.T01:CDS
TTATATGGTCAAGGTTCCAA+AGG 0.555477 7:+63154040 MsG0780039381.01.T01:CDS
GGTAGTGCTAATTGTAGCGA+AGG 0.566419 7:+63153773 MsG0780039381.01.T01:CDS
TCACTGGAGTTGAGTTTGGA+TGG 0.586886 7:+63152442 MsG0780039381.01.T01:CDS
GTCCTAATGAGATTGTTGGA+TGG 0.626073 7:+63152482 MsG0780039381.01.T01:CDS
AAATTCACGTGTAGAAGCCG+AGG 0.637882 7:+63153956 MsG0780039381.01.T01:CDS
AAAACTGGGACTTCTGGACA+AGG 0.647028 7:+63152505 MsG0780039381.01.T01:CDS
AGATTGTTGGATGGAAAACT+GGG 0.652351 7:+63152491 MsG0780039381.01.T01:CDS
TATTGGATACAAACTAATGG+TGG 0.662297 7:+63152225 MsG0780039381.01.T01:CDS
GGAATTGGTAGAAACATGAG+AGG 0.667391 7:+63154062 MsG0780039381.01.T01:CDS
ACAGGATTGTAAATGTGCTG+CGG 0.674690 7:+63153920 MsG0780039381.01.T01:intron

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAAAATGTACATATACCATA+AGG - Chr7:63153709-63153728 None:intergenic 20.0%
!! ACTTATATGATAATCTCTTA+TGG + Chr7:63153117-63153136 MsG0780039381.01.T01:intron 20.0%
!! AGATTGAAAATATTAAGGAT+AGG + Chr7:63152842-63152861 MsG0780039381.01.T01:intron 20.0%
!! AGCAAAGATTGAAAATATTA+AGG + Chr7:63152837-63152856 MsG0780039381.01.T01:intron 20.0%
!! ATATTAAGCTAAGTTCAAAA+GGG + Chr7:63153493-63153512 MsG0780039381.01.T01:intron 20.0%
!! TCTATAAATATAACATTCCT+CGG - Chr7:63153976-63153995 None:intergenic 20.0%
!!! TATATATTCTAAAGAGCTTA+TGG - Chr7:63153026-63153045 None:intergenic 20.0%
!!! TATATTTATAGATTAGTCCT+TGG + Chr7:63153984-63154003 MsG0780039381.01.T01:CDS 20.0%
! AAGAATGAAACAGGAAATTT+CGG + Chr7:63153596-63153615 MsG0780039381.01.T01:intron 25.0%
! ATGAATTCAACAATGTGAAA+TGG + Chr7:63153271-63153290 MsG0780039381.01.T01:intron 25.0%
! CATATTAAGCTAAGTTCAAA+AGG + Chr7:63153492-63153511 MsG0780039381.01.T01:intron 25.0%
! GTAATACTTCTATTCATTGA+AGG - Chr7:63153473-63153492 None:intergenic 25.0%
! TCGGCTAATATTAACAATTT+CGG - Chr7:63153877-63153896 None:intergenic 25.0%
! TCTCTTGTGAATAGTAATAA+AGG - Chr7:63153622-63153641 None:intergenic 25.0%
!! TTCAGTGCTAAAAATTTTAG+TGG - Chr7:63153578-63153597 None:intergenic 25.0%
!!! ATTTTGACAAATGACGAAAA+GGG + Chr7:63153752-63153771 MsG0780039381.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTATTTCTATTAGCTCTCT+AGG + Chr7:63152640-63152659 MsG0780039381.01.T01:intron 25.0%
AATAAACCGAAAACAGCTTA+TGG - Chr7:63152626-63152645 None:intergenic 30.0%
ACCATAAGGTTACAAGAATT+TGG - Chr7:63153695-63153714 None:intergenic 30.0%
AGGATCAGGATTTAGTTATA+TGG + Chr7:63154025-63154044 MsG0780039381.01.T01:CDS 30.0%
AGGATTTAGTTATATGGTCA+AGG + Chr7:63154031-63154050 MsG0780039381.01.T01:CDS 30.0%
ATAAATTCGAACATGCTTCT+CGG - Chr7:63153896-63153915 None:intergenic 30.0%
ATGTTCGAATTTATGCTTAC+AGG + Chr7:63153902-63153921 MsG0780039381.01.T01:intron 30.0%
ATTGCTTTGTATGTGAATTC+TGG + Chr7:63153416-63153435 MsG0780039381.01.T01:intron 30.0%
CAAAATCTGAATACATGAAC+AGG - Chr7:63153738-63153757 None:intergenic 30.0%
CGGCTAATATTAACAATTTC+GGG - Chr7:63153876-63153895 None:intergenic 30.0%
GAGTACAAATTTGGTTACAT+AGG + Chr7:63152258-63152277 MsG0780039381.01.T01:CDS 30.0%
TACAAATTTGGTTACATAGG+TGG + Chr7:63152261-63152280 MsG0780039381.01.T01:intron 30.0%
TATTGGATACAAACTAATGG+TGG + Chr7:63152225-63152244 MsG0780039381.01.T01:CDS 30.0%
TCCAAATTCTTGTAACCTTA+TGG + Chr7:63153691-63153710 MsG0780039381.01.T01:intron 30.0%
TTCTTGGAGATGTTAAGTTT+GGG + Chr7:63152378-63152397 MsG0780039381.01.T01:intron 30.0%
TTTCTTGGAGATGTTAAGTT+TGG + Chr7:63152377-63152396 MsG0780039381.01.T01:intron 30.0%
! TGGTATTGGATACAAACTAA+TGG + Chr7:63152222-63152241 MsG0780039381.01.T01:CDS 30.0%
!! ATATGTCCATAAGCTGTTTT+CGG + Chr7:63152617-63152636 MsG0780039381.01.T01:intron 30.0%
!! CTCAATGCAACTCTAAAATT+TGG - Chr7:63152314-63152333 None:intergenic 30.0%
!! GATTTTGACAAATGACGAAA+AGG + Chr7:63153751-63153770 MsG0780039381.01.T01:intron 30.0%
!! TACTCAAAGTTTTATGTCAC+TGG + Chr7:63152412-63152431 MsG0780039381.01.T01:CDS 30.0%
!!! TGAGTTTTGAAGGTGTAAAT+GGG + Chr7:63152330-63152349 MsG0780039381.01.T01:intron 30.0%
!!! TTGAGTTTTGAAGGTGTAAA+TGG + Chr7:63152329-63152348 MsG0780039381.01.T01:intron 30.0%
AAACAGGTAGATAAAGGATC+AGG + Chr7:63154011-63154030 MsG0780039381.01.T01:CDS 35.0%
AAAGGTCCTAATGAGATTGT+TGG + Chr7:63152478-63152497 MsG0780039381.01.T01:CDS 35.0%
AAATTTGGTTACATAGGTGG+AGG + Chr7:63152264-63152283 MsG0780039381.01.T01:intron 35.0%
AATGCAACATTCTCATGTCT+TGG - Chr7:63152806-63152825 None:intergenic 35.0%
ACAAGAGAAACGAAAATTCG+AGG + Chr7:63153634-63153653 MsG0780039381.01.T01:intron 35.0%
ACTGATACGTCTGTTTGAAT+TGG + Chr7:63152896-63152915 MsG0780039381.01.T01:intron 35.0%
AGATTGTTGGATGGAAAACT+GGG + Chr7:63152491-63152510 MsG0780039381.01.T01:CDS 35.0%
ATGTGAATTCTGGTAAATCG+AGG + Chr7:63153426-63153445 MsG0780039381.01.T01:intron 35.0%
ATTCCTGCTGAGTACAAATT+TGG + Chr7:63152249-63152268 MsG0780039381.01.T01:CDS 35.0%
CTGAATACATGAACAGGTAT+TGG - Chr7:63153732-63153751 None:intergenic 35.0%
GAAATTCTCATGCTCATTGT+TGG + Chr7:63152352-63152371 MsG0780039381.01.T01:intron 35.0%
GGTATAAGCGCTTAATTAAC+TGG + Chr7:63153138-63153157 MsG0780039381.01.T01:intron 35.0%
TAACCAAATTTGTACTCAGC+AGG - Chr7:63152255-63152274 None:intergenic 35.0%
TAATGTAAGTAGTGTGCTCA+AGG + Chr7:63153846-63153865 MsG0780039381.01.T01:intron 35.0%
TATATGGTCAAGGTTCCAAA+GGG + Chr7:63154041-63154060 MsG0780039381.01.T01:CDS 35.0%
TCCAACTGATGTAATGCTAT+GGG + Chr7:63153308-63153327 MsG0780039381.01.T01:intron 35.0%
TGAATTCATCTACAAGCACA+AGG - Chr7:63153260-63153279 None:intergenic 35.0%
TGAGTTTGGATGGTGATTTA+AGG + Chr7:63152452-63152471 MsG0780039381.01.T01:CDS 35.0%
TTATATGGTCAAGGTTCCAA+AGG + Chr7:63154040-63154059 MsG0780039381.01.T01:CDS 35.0%
TTCCAACTGATGTAATGCTA+TGG + Chr7:63153307-63153326 MsG0780039381.01.T01:intron 35.0%
TTCCATCCAACAATCTCATT+AGG - Chr7:63152487-63152506 None:intergenic 35.0%
TTCTGAATCTAGTGTGGTAT+TGG + Chr7:63152208-63152227 MsG0780039381.01.T01:CDS 35.0%
TTGAAGCAGATTGCAAATAC+TGG + Chr7:63153224-63153243 MsG0780039381.01.T01:intron 35.0%
! AATTGTAGCGAAGGATTTTC+TGG + Chr7:63153782-63153801 MsG0780039381.01.T01:CDS 35.0%
! AGATGTTAAGTTTGGGATTC+TGG + Chr7:63152385-63152404 MsG0780039381.01.T01:intron 35.0%
! AGTGGTTGAATACTTTGAGA+AGG - Chr7:63153560-63153579 None:intergenic 35.0%
! ATGTTTCTACCAATTCCCTT+TGG - Chr7:63154059-63154078 None:intergenic 35.0%
! GATGGTGATTTAAGGCTTAA+AGG + Chr7:63152460-63152479 MsG0780039381.01.T01:CDS 35.0%
! GTAAATCGAGGTATTCTTAC+TGG + Chr7:63153438-63153457 MsG0780039381.01.T01:intron 35.0%
! TGCATTTTCTGAATCTAGTG+TGG + Chr7:63152202-63152221 MsG0780039381.01.T01:CDS 35.0%
! TTAGCACTGAAGAATGAAAC+AGG + Chr7:63153587-63153606 MsG0780039381.01.T01:intron 35.0%
!! AGAGTTGCATTGAGTTTTGA+AGG + Chr7:63152320-63152339 MsG0780039381.01.T01:intron 35.0%
!! ATTTTCTGGTGGTTTTGCAA+CGG + Chr7:63153796-63153815 MsG0780039381.01.T01:CDS 35.0%
!!! TGCTCATTGTTGGTTTTTCT+TGG + Chr7:63152362-63152381 MsG0780039381.01.T01:intron 35.0%
ACAGGATTGTAAATGTGCTG+CGG + Chr7:63153920-63153939 MsG0780039381.01.T01:intron 40.0%
AGATTGCAAATACTGGACAC+AGG + Chr7:63153231-63153250 MsG0780039381.01.T01:intron 40.0%
ATGTTCACTGGAGTTGAGTT+TGG + Chr7:63152438-63152457 MsG0780039381.01.T01:CDS 40.0%
ATTAGTCCTTGGTCTCAAAC+AGG + Chr7:63153995-63154014 MsG0780039381.01.T01:CDS 40.0%
CCAACTGATGTAATGCTATG+GGG + Chr7:63153309-63153328 MsG0780039381.01.T01:intron 40.0%
GAGATTGTTGGATGGAAAAC+TGG + Chr7:63152490-63152509 MsG0780039381.01.T01:CDS 40.0%
GGAATTGGTAGAAACATGAG+AGG + Chr7:63154062-63154081 MsG0780039381.01.T01:CDS 40.0%
GGTCTCAAACAGGTAGATAA+AGG + Chr7:63154005-63154024 MsG0780039381.01.T01:CDS 40.0%
GTCCTAATGAGATTGTTGGA+TGG + Chr7:63152482-63152501 MsG0780039381.01.T01:CDS 40.0%
TGTCACTGGAAAATGTTCAC+TGG + Chr7:63152426-63152445 MsG0780039381.01.T01:CDS 40.0%
! ACATAGGTGGAGGTTTTCTT+TGG + Chr7:63152274-63152293 MsG0780039381.01.T01:intron 40.0%
! GTTTTGCAACGGTAAAAAGG+CGG + Chr7:63153807-63153826 MsG0780039381.01.T01:intron 40.0%
! TATCTACCTGTTTGAGACCA+AGG - Chr7:63154004-63154023 None:intergenic 40.0%
!! GTGGTTTTGCAACGGTAAAA+AGG + Chr7:63153804-63153823 MsG0780039381.01.T01:intron 40.0%
!! GTGTAAAGGTAGGTCTTGTT+TGG + Chr7:63152527-63152546 MsG0780039381.01.T01:intron 40.0%
AAAACTGGGACTTCTGGACA+AGG + Chr7:63152505-63152524 MsG0780039381.01.T01:CDS 45.0%
AAATTCACGTGTAGAAGCCG+AGG + Chr7:63153956-63153975 MsG0780039381.01.T01:CDS 45.0%
CCCCATAGCATTACATCAGT+TGG - Chr7:63153312-63153331 None:intergenic 45.0%
CGGTAAAAAGGCGGAAATGT+TGG + Chr7:63153816-63153835 MsG0780039381.01.T01:intron 45.0%
GACTTCTGGACAAGGTGTAA+AGG + Chr7:63152513-63152532 MsG0780039381.01.T01:CDS 45.0%
GGTAGTGCTAATTGTAGCGA+AGG + Chr7:63153773-63153792 MsG0780039381.01.T01:CDS 45.0%
GTCAAGGTTCCAAAGGGAAT+TGG + Chr7:63154047-63154066 MsG0780039381.01.T01:CDS 45.0%
TAGTTCGAGAGAGAGAGCTT+TGG + Chr7:63152958-63152977 MsG0780039381.01.T01:intron 45.0%
TCACTGGAGTTGAGTTTGGA+TGG + Chr7:63152442-63152461 MsG0780039381.01.T01:CDS 45.0%
TCTGGACAAGGTGTAAAGGT+AGG + Chr7:63152517-63152536 MsG0780039381.01.T01:intron 45.0%
! TGTAGCGAAGGATTTTCTGG+TGG + Chr7:63153785-63153804 MsG0780039381.01.T01:CDS 45.0%
!! TTATAATAAAAGATAAAATA+AGG - Chr7:63153078-63153097 None:intergenic 5.0%
GGATGGAAAACTGGGACTTC+TGG + Chr7:63152499-63152518 MsG0780039381.01.T01:CDS 50.0%
! GAGTCGCTACATCAAGTTGC+TGG - Chr7:63153335-63153354 None:intergenic 50.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 63152201 63154094 63152201 ID=MsG0780039381.01;Name=MsG0780039381.01
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Gene Sequence

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Protein sequence

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