AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780041221.01

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MsG0780041221.01.T01 AT3G46790 38.448 580 318 5 9 582 111 657 7.89e-145 434
MsG0780041221.01.T01 AT3G46790 26.816 179 122 5 216 389 83 257 2.53e-14 76.6
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MsG0780041221.01.T01 AT3G49142 28.161 174 125 0 150 323 80 253 4.87e-18 88.6
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MsG0780041221.01.T01 AT4G33990 23.571 420 284 10 31 432 105 505 1.03e-19 94.0
MsG0780041221.01.T01 AT4G33990 25.094 267 184 7 128 388 66 322 7.77e-17 84.7
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MsG0780041221.01.T01 AT3G12770 26.230 244 174 4 148 388 57 297 1.51e-22 102
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MsG0780041221.01.T01 AT3G23330 35.366 574 333 2 9 582 180 715 2.44e-137 416
MsG0780041221.01.T01 AT3G23330 24.932 369 258 7 35 392 62 422 5.90e-37 146
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MsG0780041221.01.T01 AT3G22690 22.373 295 191 6 82 372 36 296 2.04e-18 89.7
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MsG0780041221.01.T01 AT3G08820 38.225 552 310 3 31 582 165 685 7.62e-129 393
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MsG0780041221.01.T01 AT1G11290 38.378 555 310 3 28 582 287 809 9.80e-127 391
MsG0780041221.01.T01 AT1G11290 24.331 411 274 5 31 436 88 466 1.01e-40 158
MsG0780041221.01.T01 AT1G11290 24.784 347 214 12 49 388 5 311 6.56e-22 100
MsG0780041221.01.T01 AT4G14850 35.560 554 324 2 31 582 162 684 2.05e-126 387
MsG0780041221.01.T01 AT4G14850 28.333 240 168 4 150 388 48 284 1.01e-20 97.1
MsG0780041221.01.T01 AT3G49170 36.201 558 315 4 33 582 326 850 2.17e-126 392
MsG0780041221.01.T01 AT3G49170 22.062 417 251 11 71 444 54 439 5.44e-22 101
MsG0780041221.01.T01 AT2G27610 36.757 555 313 7 31 582 349 868 4.78e-125 389
MsG0780041221.01.T01 AT2G27610 28.261 276 167 1 48 323 63 307 1.15e-31 131
MsG0780041221.01.T01 AT2G27610 26.408 284 175 4 84 367 301 550 2.85e-30 127
MsG0780041221.01.T01 AT2G27610 25.126 398 257 7 33 427 149 508 2.49e-28 120
MsG0780041221.01.T01 AT2G27610 25.000 236 170 3 158 388 36 269 2.55e-18 89.7
MsG0780041221.01.T01 AT5G16860 39.272 522 274 5 73 582 360 850 6.67e-125 388
MsG0780041221.01.T01 AT5G16860 27.628 409 273 10 2 392 154 557 7.15e-40 156
MsG0780041221.01.T01 AT5G16860 23.908 435 245 9 2 392 61 453 2.20e-34 139
MsG0780041221.01.T01 AT5G40410 34.955 555 327 3 31 582 85 608 7.11e-125 380
MsG0780041221.01.T01 AT5G40410 28.400 250 165 5 150 392 72 314 4.07e-27 116
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MsG0780041221.01.T01 AT2G41080 29.588 267 186 2 68 333 34 299 2.75e-36 144
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MsG0780041221.01.T01 AT1G68930 25.926 297 181 6 1 293 296 557 1.33e-23 105
MsG0780041221.01.T01 AT1G68930 22.090 421 252 9 100 451 28 441 2.52e-22 102
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MsG0780041221.01.T01 AT2G22410 38.362 464 281 1 12 475 196 654 4.42e-110 344
MsG0780041221.01.T01 AT2G22410 28.873 426 236 5 1 392 76 468 3.08e-55 198
MsG0780041221.01.T01 AT5G65570 33.636 550 330 5 34 582 223 738 7.03e-110 345
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MsG0780041221.01.T01 AT5G65570 29.557 203 128 3 146 336 101 300 1.50e-23 105
MsG0780041221.01.T01 AT5G65570 25.188 266 166 4 31 295 321 554 1.04e-19 94.0
MsG0780041221.01.T01 AT5G65570 26.136 176 127 3 246 419 100 274 2.73e-11 67.0
MsG0780041221.01.T01 AT1G50270 34.328 469 275 3 30 496 156 593 3.14e-108 337
MsG0780041221.01.T01 AT1G50270 27.638 398 246 9 1 392 24 385 7.19e-38 148
MsG0780041221.01.T01 AT1G50270 23.077 247 186 3 163 407 55 299 3.12e-15 79.3
MsG0780041221.01.T01 AT5G15300 37.607 468 255 5 25 456 59 525 8.20e-108 335
MsG0780041221.01.T01 AT3G63370 34.116 554 332 3 30 582 439 960 3.94e-107 344
MsG0780041221.01.T01 AT3G63370 25.180 278 178 2 45 322 251 498 1.06e-26 115
MsG0780041221.01.T01 AT3G63370 25.000 308 198 3 28 333 132 408 1.30e-26 115
MsG0780041221.01.T01 AT3G63370 24.922 321 206 7 70 386 69 358 1.32e-24 109
MsG0780041221.01.T01 AT4G15720 34.326 571 329 7 26 582 78 616 1.76e-106 333
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MsG0780041221.01.T01 AT2G45350 41.369 336 196 1 132 466 271 606 1.22e-87 284
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MsG0780041221.01.T01 AT3G53360 23.896 385 258 5 31 412 121 473 1.13e-30 127
MsG0780041221.01.T01 AT3G53360 25.723 311 195 5 80 388 69 345 1.43e-28 121
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MsG0780041221.01.T01 AT1G53600 28.777 278 185 4 135 408 199 467 1.13e-25 112
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MsG0780041221.01.T01 AT4G39530 33.909 463 271 4 28 487 401 831 8.04e-77 260
MsG0780041221.01.T01 AT4G39530 27.703 296 180 3 30 322 97 361 9.20e-32 131
MsG0780041221.01.T01 AT4G39530 24.543 383 251 5 9 388 182 529 3.11e-31 129
MsG0780041221.01.T01 AT4G39530 24.156 385 251 6 31 411 303 650 6.06e-30 125
MsG0780041221.01.T01 AT4G39530 28.512 242 168 4 150 388 85 324 5.80e-27 116
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MsG0780041221.01.T01 AT2G34400 32.222 360 210 4 30 388 83 409 2.53e-59 209
MsG0780041221.01.T01 AT2G34400 23.282 262 156 5 8 264 266 487 2.02e-12 70.5
MsG0780041221.01.T01 AT2G37310 32.230 453 303 2 31 482 186 635 2.57e-76 255
MsG0780041221.01.T01 AT2G37310 24.939 409 246 10 9 394 56 426 2.43e-30 126
MsG0780041221.01.T01 AT3G25060 30.365 438 273 2 34 471 173 578 2.82e-76 253
MsG0780041221.01.T01 AT3G25060 28.250 400 245 7 28 422 66 428 4.73e-40 154
MsG0780041221.01.T01 AT3G25060 24.464 233 174 2 156 388 62 292 8.08e-22 100
MsG0780041221.01.T01 AT3G25060 24.254 268 163 5 27 289 267 499 1.78e-13 73.9
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MsG0780041221.01.T01 AT3G50420 27.174 276 198 3 150 424 138 411 7.81e-28 119
MsG0780041221.01.T01 AT3G50420 24.734 376 240 7 28 393 250 592 2.28e-27 117
MsG0780041221.01.T01 AT1G14470 32.493 357 229 5 7 357 189 539 9.48e-58 202
MsG0780041221.01.T01 AT1G14470 25.935 428 244 7 11 373 40 459 4.58e-44 165
MsG0780041221.01.T01 AT4G32450 29.851 402 254 5 187 582 158 537 1.36e-54 194
MsG0780041221.01.T01 AT5G42450 30.446 381 239 8 132 487 46 425 1.31e-53 189
MsG0780041221.01.T01 AT5G42450 24.632 272 152 8 41 290 91 331 1.62e-19 92.0
MsG0780041221.01.T01 AT3G58590 30.532 357 240 5 35 389 374 724 2.07e-53 194
MsG0780041221.01.T01 AT3G58590 24.862 362 230 8 31 388 68 391 2.85e-26 114
MsG0780041221.01.T01 AT3G58590 24.333 300 196 7 150 420 256 553 3.48e-25 110
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MsG0780041221.01.T01 AT3G58590 23.054 334 212 8 150 444 55 382 3.19e-17 85.9
MsG0780041221.01.T01 AT5G66500 29.412 442 265 7 21 452 126 530 2.29e-52 187
MsG0780041221.01.T01 AT5G66500 22.803 478 299 16 56 517 62 485 2.04e-18 89.0
MsG0780041221.01.T01 AT5G66500 22.780 259 198 1 136 394 10 266 3.57e-17 85.1
MsG0780041221.01.T01 AT1G43980 26.022 465 302 5 30 486 199 629 7.78e-51 185
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MsG0780041221.01.T01 AT1G79080 20.177 451 272 15 73 454 136 567 1.01e-12 71.2
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MsG0780041221.01.T01 AT4G26680 21.253 367 223 13 144 495 203 518 1.03e-12 71.2
MsG0780041221.01.T01 AT1G10910 21.245 273 200 7 140 399 128 398 2.30e-12 70.5
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MsG0780041221.01.T01 AT1G10910 21.245 273 200 7 140 399 128 398 2.57e-12 70.1
MsG0780041221.01.T01 AT3G13150 24.747 198 140 3 207 396 119 315 3.44e-12 69.7
MsG0780041221.01.T01 AT3G13150 23.162 272 193 5 112 370 123 391 3.44e-12 69.7
MsG0780041221.01.T01 AT3G13150 24.906 265 178 9 150 397 130 390 7.67e-11 65.5
MsG0780041221.01.T01 AT5G13770 22.273 220 157 5 181 390 359 574 5.56e-12 68.9
MsG0780041221.01.T01 AT5G18475 21.782 303 212 6 112 401 175 465 6.98e-12 68.6
MsG0780041221.01.T01 AT5G18475 20.879 273 202 5 146 405 234 505 9.96e-11 64.7
MsG0780041221.01.T01 AT2G26790 27.228 202 140 4 180 376 323 522 7.79e-12 68.9
MsG0780041221.01.T01 AT2G26790 27.228 202 140 4 180 376 323 522 7.79e-12 68.9
MsG0780041221.01.T01 AT1G63230 18.590 312 242 6 141 442 7 316 8.50e-12 67.0
MsG0780041221.01.T01 AT5G27270 21.223 278 207 4 104 370 661 937 1.14e-11 68.6
MsG0780041221.01.T01 AT1G11710 19.718 426 287 7 36 411 141 561 1.24e-11 68.2
MsG0780041221.01.T01 AT3G60050 24.638 207 146 4 174 376 258 458 1.50e-11 67.4
MsG0780041221.01.T01 AT3G60050 24.638 207 146 4 174 376 258 458 1.50e-11 67.4
MsG0780041221.01.T01 AT5G62370 25.683 183 123 3 150 319 239 421 1.92e-11 67.8
MsG0780041221.01.T01 AT5G62370 21.149 383 268 12 73 433 267 637 5.16e-11 66.2

Find 109 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 135 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CTTTCTATTCTGTCTATTTC+TGG 0.057936 7:+88407561 None:intergenic
CCATGTGATTAGAAATAATT+TGG 0.126735 7:-88408267 MsG0780041221.01.T01:CDS
TCAACTTGAAAGTTTGAAAA+TGG 0.196677 7:-88408702 MsG0780041221.01.T01:CDS
TTCTTGGACTTGTATGATTA+AGG 0.202033 7:-88408534 MsG0780041221.01.T01:CDS
ATGGCGTAAGGTAGAAATTT+TGG 0.202555 7:+88408896 None:intergenic
ACTGGAGCATTTGGCTTTAC+AGG 0.205217 7:+88407849 None:intergenic
TGGTTGTTTGTGTGATTTAA+TGG 0.214405 7:-88408600 MsG0780041221.01.T01:CDS
TGTTGGACAAGTTTGATTTC+TGG 0.227107 7:-88408137 MsG0780041221.01.T01:CDS
AAAGCATGAAAAGAGATTAT+AGG 0.232745 7:-88407965 MsG0780041221.01.T01:CDS
GTCGATTTGATGTTGCTTCT+TGG 0.233683 7:-88408550 MsG0780041221.01.T01:CDS
TCTTGGAAGGGCAGGAAAAT+TGG 0.262900 7:-88407901 MsG0780041221.01.T01:CDS
CATTTAGGTGCTCTTGCGGC+TGG 0.278349 7:-88408305 MsG0780041221.01.T01:CDS
AGATGTTGGGATTGTGAATT+TGG 0.279435 7:+88408861 None:intergenic
TATGTTCTTGTATGGATTAC+TGG 0.282712 7:-88407245 MsG0780041221.01.T01:CDS
CGGTCGCTTCTTTGTATGTA+TGG 0.288679 7:-88408620 MsG0780041221.01.T01:CDS
GTATCTGCTTGTGCTCATTT+AGG 0.294592 7:-88408320 MsG0780041221.01.T01:CDS
TTGGATTTGAATGTGATTCT+TGG 0.298230 7:-88408248 MsG0780041221.01.T01:CDS
CAAATAGTGAAGTACGGTTT+TGG 0.307799 7:-88408662 MsG0780041221.01.T01:CDS
CTTTCATTTCCTTGAAAATC+CGG 0.317357 7:+88408174 None:intergenic
TAAAGCCAAATGCTCCAGTA+TGG 0.319394 7:-88407845 MsG0780041221.01.T01:CDS
AAAGGGTGCGTTACATTATC+AGG 0.322105 7:+88408743 None:intergenic
GAGCCGAGATTGGAACATTA+TGG 0.322917 7:-88407939 MsG0780041221.01.T01:CDS
GGATGTATGGTTGATCTTCT+TGG 0.325887 7:-88407918 MsG0780041221.01.T01:CDS
GGTGGCTAATGAGGTTGTTA+TGG 0.332747 7:-88408351 MsG0780041221.01.T01:CDS
TTCAAGCTCCTGGGCCTATT+CGG 0.341787 7:-88407389 MsG0780041221.01.T01:CDS
GCTCCCCATACTGGAGCATT+TGG 0.343941 7:+88407840 None:intergenic
TAGAATGCCTGTGAAGAATT+TGG 0.351706 7:-88408465 MsG0780041221.01.T01:CDS
GAGCATTGCTAGGAGCTTGC+AGG 0.356372 7:-88407821 MsG0780041221.01.T01:CDS
AAATGGTGTATGTTCTTGTA+TGG 0.363600 7:-88407253 MsG0780041221.01.T01:CDS
AAAACTCATGAGTTTACAAT+TGG 0.372203 7:-88407597 MsG0780041221.01.T01:CDS
CCTAGCAATGCTCCCCATAC+TGG 0.372822 7:+88407831 None:intergenic
TCTTGGACTTGTATGATTAA+GGG 0.378685 7:-88408533 MsG0780041221.01.T01:CDS
TATAGTCTCATTGAGATAGA+TGG 0.407415 7:-88407621 MsG0780041221.01.T01:CDS
TTACAGGCATAGTGAGAAAC+TGG 0.407786 7:-88407436 MsG0780041221.01.T01:CDS
AAAATGGGTATGCAAGTTCA+TGG 0.415669 7:-88408686 MsG0780041221.01.T01:CDS
ATTTAGGTGCTCTTGCGGCT+GGG 0.428060 7:-88408304 MsG0780041221.01.T01:CDS
TCATGGAGGGCTGGTAGAAA+AGG 0.431278 7:-88408003 MsG0780041221.01.T01:CDS
TTTGAGATTCTTATAGATGA+AGG 0.437198 7:-88408377 MsG0780041221.01.T01:CDS
CAACTTGAAAGTTTGAAAAT+GGG 0.438463 7:-88408701 MsG0780041221.01.T01:CDS
AAGAGAAGGATGTAATTTGT+TGG 0.445646 7:-88408154 MsG0780041221.01.T01:CDS
TTATAGGTTAGAGCCGAGAT+TGG 0.454557 7:-88407949 MsG0780041221.01.T01:CDS
TATATGCGCGCACAAACAAA+TGG 0.472286 7:-88407704 MsG0780041221.01.T01:CDS
TTTAGGTGCTCTTGCGGCTG+GGG 0.472852 7:-88408303 MsG0780041221.01.T01:CDS
ACTTGGAGTACTATGATTAG+TGG 0.475258 7:-88408440 MsG0780041221.01.T01:CDS
ATTGGAACATTATGGATGTA+TGG 0.481983 7:-88407931 MsG0780041221.01.T01:CDS
AATTTGGTAGAAAACTTTGA+TGG 0.482791 7:+88408877 None:intergenic
AATAAAGTTAGCAGGGTACA+TGG 0.483658 7:-88407514 MsG0780041221.01.T01:CDS
GAGAAACTGGCCATTGCCTA+TGG 0.488053 7:-88407423 MsG0780041221.01.T01:CDS
TAGACAGAATAGAAAGAATG+TGG 0.490162 7:-88407554 MsG0780041221.01.T01:CDS
GAAATGTTGAAGTCGGAGAA+AGG 0.491988 7:-88407791 MsG0780041221.01.T01:CDS
TACATTCAATCCCAACGCAT+TGG 0.493506 7:-88408773 MsG0780041221.01.T01:CDS
GCTAATGAGGTTGTTATGGT+TGG 0.496057 7:-88408347 MsG0780041221.01.T01:CDS
CATCCATAATGTTCCAATCT+CGG 0.498655 7:+88407936 None:intergenic
GTTGATCTTCTTGGAAGGGC+AGG 0.500329 7:-88407909 MsG0780041221.01.T01:CDS
AGCTTGTAGTCATGGAGGGC+TGG 0.502061 7:-88408012 MsG0780041221.01.T01:CDS
ACATAATAACCACTATGTTC+TGG 0.505135 7:+88407741 None:intergenic
CAGGTAAAAGACCAATGCGT+TGG 0.505465 7:+88408762 None:intergenic
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TTGAGATTCTTATAGATGAA+GGG 0.519068 7:-88408376 MsG0780041221.01.T01:CDS
CTGTGAAGAATTTGGTGACT+TGG 0.520714 7:-88408457 MsG0780041221.01.T01:CDS
AGGTAAAAGACCAATGCGTT+GGG 0.521352 7:+88408763 None:intergenic
CCAAATTATTTCTAATCACA+TGG 0.522671 7:+88408267 None:intergenic
TGAAGGGTTGGTGGCTAATG+AGG 0.522806 7:-88408360 MsG0780041221.01.T01:CDS
GCGTTGAAAATGAAGATGTT+GGG 0.526193 7:+88408848 None:intergenic
TTGAATCTTCATAATTCCAT+AGG 0.527305 7:+88407407 None:intergenic
CCAGTATGGGGAGCATTGCT+AGG 0.527638 7:-88407831 MsG0780041221.01.T01:CDS
TTTCAAGGAAATGAAAGAGA+AGG 0.529140 7:-88408168 MsG0780041221.01.T01:CDS
TAGAAAACTTTGATGGCGTA+AGG 0.529295 7:+88408884 None:intergenic
AGCTACCAAGTTTATCTCAA+AGG 0.530774 7:-88407328 MsG0780041221.01.T01:CDS
AAAGCCAAATGCTCCAGTAT+GGG 0.533124 7:-88407844 MsG0780041221.01.T01:CDS
TTCACAATCCGAATAGGCCC+AGG 0.533802 7:+88407381 None:intergenic
TGCGTTGAAAATGAAGATGT+TGG 0.533862 7:+88408847 None:intergenic
TGTCATGAGAAGATTAATGA+AGG 0.537358 7:-88407670 MsG0780041221.01.T01:CDS
GATTCTTATAGATGAAGGGT+TGG 0.538634 7:-88408372 MsG0780041221.01.T01:CDS
GGCAGGAAAATTGGAAGAGG+CGG 0.541450 7:-88407892 MsG0780041221.01.T01:CDS
TCTTATAGATGAAGGGTTGG+TGG 0.542442 7:-88408369 MsG0780041221.01.T01:CDS
CATGGAGGGCTGGTAGAAAA+GGG 0.546875 7:-88408002 MsG0780041221.01.T01:CDS
TGCTCATTTAGGTGCTCTTG+CGG 0.554062 7:-88408309 MsG0780041221.01.T01:CDS
GAAAACCTTTGAGATAAACT+TGG 0.555307 7:+88407323 None:intergenic
GTATGGTTGATCTTCTTGGA+AGG 0.555576 7:-88407914 MsG0780041221.01.T01:CDS
AAATGTTGAAGTCGGAGAAA+GGG 0.563188 7:-88407790 MsG0780041221.01.T01:CDS
GTTGAAGTCGGAGAAAGGGT+TGG 0.563995 7:-88407786 MsG0780041221.01.T01:CDS
CATGGTCAAATAGTGAAGTA+CGG 0.564628 7:-88408668 MsG0780041221.01.T01:CDS
ATTTCTGGAGTAGCTATGCA+TGG 0.566433 7:-88408122 MsG0780041221.01.T01:CDS
TGAAAGCTTGTAGTCATGGA+GGG 0.567534 7:-88408016 MsG0780041221.01.T01:CDS
GCAGTAAAAGTAATATCTGT+AGG 0.568262 7:+88408044 None:intergenic
TTTGTTTGACATAGATGAGG+AGG 0.568293 7:-88407475 MsG0780041221.01.T01:CDS
CTATGATTAGTGGTTATTCA+CGG 0.576593 7:-88408430 MsG0780041221.01.T01:CDS
TTTGAATGTGATTCTTGGAA+CGG 0.576749 7:-88408243 MsG0780041221.01.T01:CDS
CTTCATAATTCCATAGGCAA+TGG 0.577039 7:+88407413 None:intergenic
TTATGAAGATTCAAGCTCCT+GGG 0.582693 7:-88407398 MsG0780041221.01.T01:CDS
TGAGGTTGTTATGGTTGGTG+TGG 0.584272 7:-88408342 MsG0780041221.01.T01:CDS
CAAGTCACCAAATTCTTCAC+AGG 0.584421 7:+88408458 None:intergenic
GGCTTTGTTTGACATAGATG+AGG 0.599797 7:-88407478 MsG0780041221.01.T01:CDS
TATGGTTGATCTTCTTGGAA+GGG 0.600857 7:-88407913 MsG0780041221.01.T01:CDS
AGACAGAATAGAAAGAATGT+GGG 0.601174 7:-88407553 MsG0780041221.01.T01:CDS
ATAAAGTTAGCAGGGTACAT+GGG 0.602715 7:-88407513 MsG0780041221.01.T01:CDS
AAAAGGGTTAGAAAACAACT+TGG 0.609669 7:-88407645 MsG0780041221.01.T01:CDS
ATTCACAGAAATGTTGAAGT+CGG 0.612581 7:-88407798 MsG0780041221.01.T01:CDS
TTGATATGTATGCAAGATGT+GGG 0.619318 7:-88408214 MsG0780041221.01.T01:CDS
TTGAAAGCTTGTAGTCATGG+AGG 0.622738 7:-88408017 MsG0780041221.01.T01:CDS
GGAATGTTGAGAAAGCTGTC+CGG 0.628669 7:-88408193 MsG0780041221.01.T01:CDS
AAGCCAAATGCTCCAGTATG+GGG 0.631162 7:-88407843 MsG0780041221.01.T01:CDS
TTTGGCTAACGGAACAACCA+CGG 0.633469 7:+88408819 None:intergenic
GTTGATATGTATGCAAGATG+TGG 0.641991 7:-88408215 MsG0780041221.01.T01:CDS
AAGGGCAGGAAAATTGGAAG+AGG 0.646062 7:-88407895 MsG0780041221.01.T01:CDS
AGCTATGCATGGTTATGCAG+AGG 0.647266 7:-88408111 MsG0780041221.01.T01:CDS
AAGATGAAACCAGAACATAG+TGG 0.668976 7:-88407750 MsG0780041221.01.T01:CDS
GTACATGGGAGATACTAGTG+AGG 0.748328 7:-88407499 MsG0780041221.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AATAATGAAAAGAATTTTCA+GGG + Chr7:88407418-88407437 None:intergenic 15.0%
!!! AGATTTCATCATTTTAAAAA+TGG - Chr7:88408940-88408959 MsG0780041221.01.T01:CDS 15.0%
!!! TAATAATGAAAAGAATTTTC+AGG + Chr7:88407419-88407438 None:intergenic 15.0%
!! AAGATTAATGAAGGAAAAAA+GGG - Chr7:88408549-88408568 MsG0780041221.01.T01:CDS 20.0%
!! TTTATGTAATGGTGAAAAAT+GGG - Chr7:88408137-88408156 MsG0780041221.01.T01:CDS 20.0%
!!! AAAATGCATTTTTAAGATGA+TGG - Chr7:88407637-88407656 MsG0780041221.01.T01:CDS 20.0%
!!! AAATGCATTTTTAAGATGAT+GGG - Chr7:88407638-88407657 MsG0780041221.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATTAAGGGTTATTTTAAATG+CGG - Chr7:88407692-88407711 MsG0780041221.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTTTATGTAATGGTGAAAAA+TGG - Chr7:88408136-88408155 MsG0780041221.01.T01:CDS 20.0%
! AAAACTCATGAGTTTACAAT+TGG - Chr7:88408613-88408632 MsG0780041221.01.T01:CDS 25.0%
! AAAGCATGAAAAGAGATTAT+AGG - Chr7:88408245-88408264 MsG0780041221.01.T01:CDS 25.0%
! AATTTGGTAGAAAACTTTGA+TGG + Chr7:88407336-88407355 None:intergenic 25.0%
! CAACTTGAAAGTTTGAAAAT+GGG - Chr7:88407509-88407528 MsG0780041221.01.T01:CDS 25.0%
! CCATGTGATTAGAAATAATT+TGG - Chr7:88407943-88407962 MsG0780041221.01.T01:CDS 25.0%
! GAAGATTAATGAAGGAAAAA+AGG - Chr7:88408548-88408567 MsG0780041221.01.T01:CDS 25.0%
! TCAACTTGAAAGTTTGAAAA+TGG - Chr7:88407508-88407527 MsG0780041221.01.T01:CDS 25.0%
! TGCAAAAAATAAAGTTAGCA+GGG - Chr7:88408689-88408708 MsG0780041221.01.T01:CDS 25.0%
! TTGAATCTTCATAATTCCAT+AGG + Chr7:88408806-88408825 None:intergenic 25.0%
! TTGAGATTCTTATAGATGAA+GGG - Chr7:88407834-88407853 MsG0780041221.01.T01:CDS 25.0%
!! TTTGAGATTCTTATAGATGA+AGG - Chr7:88407833-88407852 MsG0780041221.01.T01:CDS 25.0%
!!! CCAAATTATTTCTAATCACA+TGG + Chr7:88407946-88407965 None:intergenic 25.0%
!!! GCTTGAGTATTTTTATGTAA+TGG - Chr7:88408126-88408145 MsG0780041221.01.T01:CDS 25.0%
!!! TACAGATATTACTTTTACTG+CGG - Chr7:88408168-88408187 MsG0780041221.01.T01:CDS 25.0%
AAAAAGAAGATGCACTTTAC+AGG - Chr7:88408758-88408777 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
AAAAGGGTTAGAAAACAACT+TGG - Chr7:88408565-88408584 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
AAATGGTGTATGTTCTTGTA+TGG - Chr7:88408957-88408976 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
ACATAATAACCACTATGTTC+TGG + Chr7:88408472-88408491 None:intergenic 30.0%
AGACAGAATAGAAAGAATGT+GGG - Chr7:88408657-88408676 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
ATTCACAGAAATGTTGAAGT+CGG - Chr7:88408412-88408431 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
ATTGGAACATTATGGATGTA+TGG - Chr7:88408279-88408298 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
CTATGATTAGTGGTTATTCA+CGG - Chr7:88407780-88407799 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
CTGCAAAAAATAAAGTTAGC+AGG - Chr7:88408688-88408707 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
CTTTCATTTCCTTGAAAATC+CGG + Chr7:88408039-88408058 None:intergenic 30.0%
CTTTCTATTCTGTCTATTTC+TGG + Chr7:88408652-88408671 None:intergenic 30.0%
GCAGTAAAAGTAATATCTGT+AGG + Chr7:88408169-88408188 None:intergenic 30.0%
TAGACAGAATAGAAAGAATG+TGG - Chr7:88408656-88408675 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
TATAGTCTCATTGAGATAGA+TGG - Chr7:88408589-88408608 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
TCTTGGACTTGTATGATTAA+GGG - Chr7:88407677-88407696 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
TGGTTGTTTGTGTGATTTAA+TGG - Chr7:88407610-88407629 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
TGTCATGAGAAGATTAATGA+AGG - Chr7:88408540-88408559 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
TTCTTGGACTTGTATGATTA+AGG - Chr7:88407676-88407695 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
TTGATATGTATGCAAGATGT+GGG - Chr7:88407996-88408015 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
TTGGATTTGAATGTGATTCT+TGG - Chr7:88407962-88407981 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
TTTCAAGGAAATGAAAGAGA+AGG - Chr7:88408042-88408061 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
TTTGAATGTGATTCTTGGAA+CGG - Chr7:88407967-88407986 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
! AAGAGAAGGATGTAATTTGT+TGG - Chr7:88408056-88408075 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
! AAGTTTTTCACAATCCGAAT+AGG + Chr7:88408838-88408857 None:intergenic 30.0%
! CACAAGCTTTAACCAAAAAA+GGG + Chr7:88407487-88407506 None:intergenic 30.0%
! GAAGTGATTTTCATGTTCAA+CGG - Chr7:88407570-88407589 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
! TATGTTCTTGTATGGATTAC+TGG - Chr7:88408965-88408984 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
!! GAAAACCTTTGAGATAAACT+TGG + Chr7:88408890-88408909 None:intergenic 30.0%
!! GAAAAGAATTTTCAGGGTTT+TGG + Chr7:88407412-88407431 None:intergenic 30.0%
!! GAATAATCGTTTTGATAGAG+CGG - Chr7:88407802-88407821 MsG0780041221.01.T01:CDS 30.0%
AAAATGGGTATGCAAGTTCA+TGG - Chr7:88407524-88407543 MsG0780041221.01.T01:CDS 35.0%
AAATGTTGAAGTCGGAGAAA+GGG - Chr7:88408420-88408439 MsG0780041221.01.T01:CDS 35.0%
AAGATGAAACCAGAACATAG+TGG - Chr7:88408460-88408479 MsG0780041221.01.T01:CDS 35.0%
AATAAAGTTAGCAGGGTACA+TGG - Chr7:88408696-88408715 MsG0780041221.01.T01:CDS 35.0%
AGATGTTGGGATTGTGAATT+TGG + Chr7:88407352-88407371 None:intergenic 35.0%
AGCTACCAAGTTTATCTCAA+AGG - Chr7:88408882-88408901 MsG0780041221.01.T01:CDS 35.0%
ATAAAGTTAGCAGGGTACAT+GGG - Chr7:88408697-88408716 MsG0780041221.01.T01:CDS 35.0%
ATTATGAAGATTCAAGCTCC+TGG - Chr7:88408811-88408830 MsG0780041221.01.T01:CDS 35.0%
CATCCATAATGTTCCAATCT+CGG + Chr7:88408277-88408296 None:intergenic 35.0%
CATGGTCAAATAGTGAAGTA+CGG - Chr7:88407542-88407561 MsG0780041221.01.T01:CDS 35.0%
CTTCATAATTCCATAGGCAA+TGG + Chr7:88408800-88408819 None:intergenic 35.0%
GATTCTTATAGATGAAGGGT+TGG - Chr7:88407838-88407857 MsG0780041221.01.T01:CDS 35.0%
GCGTTGAAAATGAAGATGTT+GGG + Chr7:88407365-88407384 None:intergenic 35.0%
GTTGATATGTATGCAAGATG+TGG - Chr7:88407995-88408014 MsG0780041221.01.T01:CDS 35.0%
TAGAATGCCTGTGAAGAATT+TGG - Chr7:88407745-88407764 MsG0780041221.01.T01:CDS 35.0%
TATGGTTGATCTTCTTGGAA+GGG - Chr7:88408297-88408316 MsG0780041221.01.T01:CDS 35.0%
TGCGTTGAAAATGAAGATGT+TGG + Chr7:88407366-88407385 None:intergenic 35.0%
TTATGAAGATTCAAGCTCCT+GGG - Chr7:88408812-88408831 MsG0780041221.01.T01:CDS 35.0%
TTTGTTTGACATAGATGAGG+AGG - Chr7:88408735-88408754 MsG0780041221.01.T01:CDS 35.0%
! ACTTGGAGTACTATGATTAG+TGG - Chr7:88407770-88407789 MsG0780041221.01.T01:CDS 35.0%
! ATGGCGTAAGGTAGAAATTT+TGG + Chr7:88407317-88407336 None:intergenic 35.0%
! CAAATAGTGAAGTACGGTTT+TGG - Chr7:88407548-88407567 MsG0780041221.01.T01:CDS 35.0%
! GCACAAGCTTTAACCAAAAA+AGG + Chr7:88407488-88407507 None:intergenic 35.0%
! TGTTGGACAAGTTTGATTTC+TGG - Chr7:88408073-88408092 MsG0780041221.01.T01:CDS 35.0%
!! TAGAAAACTTTGATGGCGTA+AGG + Chr7:88407329-88407348 None:intergenic 35.0%
!!! ATTTTCAGGGTTTTGGCTAA+CGG + Chr7:88407405-88407424 None:intergenic 35.0%
!!! GTTTTGAAAGCTTGTAGTCA+TGG - Chr7:88408190-88408209 MsG0780041221.01.T01:CDS 35.0%
!!! TAATGTAACGCACCCTTTTT+TGG - Chr7:88407472-88407491 MsG0780041221.01.T01:CDS 35.0%
AAAGCCAAATGCTCCAGTAT+GGG - Chr7:88408366-88408385 MsG0780041221.01.T01:CDS 40.0%
AGGTAAAAGACCAATGCGTT+GGG + Chr7:88407450-88407469 None:intergenic 40.0%
CAAGTCACCAAATTCTTCAC+AGG + Chr7:88407755-88407774 None:intergenic 40.0%
GAAATGTTGAAGTCGGAGAA+AGG - Chr7:88408419-88408438 MsG0780041221.01.T01:CDS 40.0%
GCTAATGAGGTTGTTATGGT+TGG - Chr7:88407863-88407882 MsG0780041221.01.T01:CDS 40.0%
GGATGTATGGTTGATCTTCT+TGG - Chr7:88408292-88408311 MsG0780041221.01.T01:CDS 40.0%
GTATCTGCTTGTGCTCATTT+AGG - Chr7:88407890-88407909 MsG0780041221.01.T01:CDS 40.0%
GTATGGTTGATCTTCTTGGA+AGG - Chr7:88408296-88408315 MsG0780041221.01.T01:CDS 40.0%
TAAAGCCAAATGCTCCAGTA+TGG - Chr7:88408365-88408384 MsG0780041221.01.T01:CDS 40.0%
TACATTCAATCCCAACGCAT+TGG - Chr7:88407437-88407456 MsG0780041221.01.T01:CDS 40.0%
TATATGCGCGCACAAACAAA+TGG - Chr7:88408506-88408525 MsG0780041221.01.T01:CDS 40.0%
TCTTATAGATGAAGGGTTGG+TGG - Chr7:88407841-88407860 MsG0780041221.01.T01:CDS 40.0%
TGAAAGCTTGTAGTCATGGA+GGG - Chr7:88408194-88408213 MsG0780041221.01.T01:CDS 40.0%
TTACAGGCATAGTGAGAAAC+TGG - Chr7:88408774-88408793 MsG0780041221.01.T01:CDS 40.0%
TTATAGGTTAGAGCCGAGAT+TGG - Chr7:88408261-88408280 MsG0780041221.01.T01:CDS 40.0%
TTGAAAGCTTGTAGTCATGG+AGG - Chr7:88408193-88408212 MsG0780041221.01.T01:CDS 40.0%
! AAAGGGTGCGTTACATTATC+AGG + Chr7:88407470-88407489 None:intergenic 40.0%
! CTGTGAAGAATTTGGTGACT+TGG - Chr7:88407753-88407772 MsG0780041221.01.T01:CDS 40.0%
!! ATTTCTGGAGTAGCTATGCA+TGG - Chr7:88408088-88408107 MsG0780041221.01.T01:CDS 40.0%
!! ATTTTCAACGCATTGATCCG+TGG - Chr7:88407374-88407393 MsG0780041221.01.T01:CDS 40.0%
!! GGCTTTGTTTGACATAGATG+AGG - Chr7:88408732-88408751 MsG0780041221.01.T01:CDS 40.0%
!! GTCGATTTGATGTTGCTTCT+TGG - Chr7:88407660-88407679 MsG0780041221.01.T01:CDS 40.0%
AAGCCAAATGCTCCAGTATG+GGG - Chr7:88408367-88408386 MsG0780041221.01.T01:CDS 45.0%
AAGGGCAGGAAAATTGGAAG+AGG - Chr7:88408315-88408334 MsG0780041221.01.T01:CDS 45.0%
AGCTATGCATGGTTATGCAG+AGG - Chr7:88408099-88408118 MsG0780041221.01.T01:CDS 45.0%
CAGGTAAAAGACCAATGCGT+TGG + Chr7:88407451-88407470 None:intergenic 45.0%
CGGTCGCTTCTTTGTATGTA+TGG - Chr7:88407590-88407609 MsG0780041221.01.T01:CDS 45.0%
GAGCCGAGATTGGAACATTA+TGG - Chr7:88408271-88408290 MsG0780041221.01.T01:CDS 45.0%
GGAATGTTGAGAAAGCTGTC+CGG - Chr7:88408017-88408036 MsG0780041221.01.T01:CDS 45.0%
GGTGGCTAATGAGGTTGTTA+TGG - Chr7:88407859-88407878 MsG0780041221.01.T01:CDS 45.0%
GTACATGGGAGATACTAGTG+AGG - Chr7:88408711-88408730 MsG0780041221.01.T01:CDS 45.0%
TCTTGGAAGGGCAGGAAAAT+TGG - Chr7:88408309-88408328 MsG0780041221.01.T01:CDS 45.0%
TGCTCATTTAGGTGCTCTTG+CGG - Chr7:88407901-88407920 MsG0780041221.01.T01:CDS 45.0%
TTTGGCTAACGGAACAACCA+CGG + Chr7:88407394-88407413 None:intergenic 45.0%
! GAAAGCTGTCCGGATTTTCA+AGG - Chr7:88408027-88408046 MsG0780041221.01.T01:CDS 45.0%
! TGAGGTTGTTATGGTTGGTG+TGG - Chr7:88407868-88407887 MsG0780041221.01.T01:CDS 45.0%
!! ACTGGAGCATTTGGCTTTAC+AGG + Chr7:88408364-88408383 None:intergenic 45.0%
ATTTAGGTGCTCTTGCGGCT+GGG - Chr7:88407906-88407925 MsG0780041221.01.T01:CDS 50.0%
GAGAAACTGGCCATTGCCTA+TGG - Chr7:88408787-88408806 MsG0780041221.01.T01:CDS 50.0%
GGCAGGAAAATTGGAAGAGG+CGG - Chr7:88408318-88408337 MsG0780041221.01.T01:CDS 50.0%
GTTGAAGTCGGAGAAAGGGT+TGG - Chr7:88408424-88408443 MsG0780041221.01.T01:CDS 50.0%
GTTGATCTTCTTGGAAGGGC+AGG - Chr7:88408301-88408320 MsG0780041221.01.T01:CDS 50.0%
TTCAAGCTCCTGGGCCTATT+CGG - Chr7:88408821-88408840 MsG0780041221.01.T01:CDS 50.0%
TTCACAATCCGAATAGGCCC+AGG + Chr7:88408832-88408851 None:intergenic 50.0%
! CATGGAGGGCTGGTAGAAAA+GGG - Chr7:88408208-88408227 MsG0780041221.01.T01:CDS 50.0%
! TCATGGAGGGCTGGTAGAAA+AGG - Chr7:88408207-88408226 MsG0780041221.01.T01:CDS 50.0%
!! TGAAGGGTTGGTGGCTAATG+AGG - Chr7:88407850-88407869 MsG0780041221.01.T01:CDS 50.0%
AGCTTGTAGTCATGGAGGGC+TGG - Chr7:88408198-88408217 MsG0780041221.01.T01:CDS 55.0%
CATTTAGGTGCTCTTGCGGC+TGG - Chr7:88407905-88407924 MsG0780041221.01.T01:CDS 55.0%
CCTAGCAATGCTCCCCATAC+TGG + Chr7:88408382-88408401 None:intergenic 55.0%
TTTAGGTGCTCTTGCGGCTG+GGG - Chr7:88407907-88407926 MsG0780041221.01.T01:CDS 55.0%
! GAGCATTGCTAGGAGCTTGC+AGG - Chr7:88408389-88408408 MsG0780041221.01.T01:CDS 55.0%
! GCTCCCCATACTGGAGCATT+TGG + Chr7:88408373-88408392 None:intergenic 55.0%
!! CCAGTATGGGGAGCATTGCT+AGG - Chr7:88408379-88408398 MsG0780041221.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 88407242 88408990 88407242 ID=MsG0780041221.01;Name=MsG0780041221.01
Chr7 mRNA 88407242 88408990 88407242 ID=MsG0780041221.01.T01;Parent=MsG0780041221.01;Name=MsG0780041221.01.T01;_AED=0.33;_eAED=0.33;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|582
Chr7 exon 88407242 88408990 88407242 ID=MsG0780041221.01.T01:exon:52369;Parent=MsG0780041221.01.T01
Chr7 CDS 88407242 88408990 88407242 ID=MsG0780041221.01.T01:cds;Parent=MsG0780041221.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780041221.01.T01

ATGCTAAGAACGCATCTTTTCTTCGACGTTTTTGCATCAAGTCGAATCATTGCTTTCTGCATTGATCATACTCCAAAATTTCTACCTTACGCCATCAAAGTTTTCTACCAAATTCACAATCCCAACATCTTCATTTTCAACGCATTGATCCGTGGTTGTTCCGTTAGCCAAAACCCTGAAAATTCTTTTCATTATTACATTCAATCCCAACGCATTGGTCTTTTACCTGATAATGTAACGCACCCTTTTTTGGTTAAAGCTTGTGCTCAACTTGAAAGTTTGAAAATGGGTATGCAAGTTCATGGTCAAATAGTGAAGTACGGTTTTGGAAGTGATTTTCATGTTCAACGGTCGCTTCTTTGTATGTATGGTTGTTTGTGTGATTTAATGGCTGCAAAATGCATTTTTAAGATGATGGGTCGATTTGATGTTGCTTCTTGGACTTGTATGATTAAGGGTTATTTTAAATGCGGTGATGTTGATTCTGCACGTAAACTGTTTGATAGAATGCCTGTGAAGAATTTGGTGACTTGGAGTACTATGATTAGTGGTTATTCACGGAATAATCGTTTTGATAGAGCGGTTGAAATATTTGAGATTCTTATAGATGAAGGGTTGGTGGCTAATGAGGTTGTTATGGTTGGTGTGGTATCTGCTTGTGCTCATTTAGGTGCTCTTGCGGCTGGGGAGAAAGCTTATGACCATGTGATTAGAAATAATTTGGATTTGAATGTGATTCTTGGAACGGCGATCGTTGATATGTATGCAAGATGTGGGAATGTTGAGAAAGCTGTCCGGATTTTCAAGGAAATGAAAGAGAAGGATGTAATTTGTTGGACAAGTTTGATTTCTGGAGTAGCTATGCATGGTTATGCAGAGGAAGCGCTTGAGTATTTTTATGTAATGGTGAAAAATGGGATAGTTCCTACAGATATTACTTTTACTGCGGTTTTGAAAGCTTGTAGTCATGGAGGGCTGGTAGAAAAGGGTCAAGAAATATTTGAAAGCATGAAAAGAGATTATAGGTTAGAGCCGAGATTGGAACATTATGGATGTATGGTTGATCTTCTTGGAAGGGCAGGAAAATTGGAAGAGGCGGAGAATTTTATTCATGAAATGCCTGTAAAGCCAAATGCTCCAGTATGGGGAGCATTGCTAGGAGCTTGCAGGATTCACAGAAATGTTGAAGTCGGAGAAAGGGTTGGAAAGATTTTGATCAAGATGAAACCAGAACATAGTGGTTATTATGTGTTGCTGTCGAACATATATGCGCGCACAAACAAATGGAAAGATGCTACTGTCATGAGAAGATTAATGAAGGAAAAAAGGGTTAGAAAACAACTTGGATATAGTCTCATTGAGATAGATGGAAAAACTCATGAGTTTACAATTGGAGCTAAAACACATCCAGAAATAGACAGAATAGAAAGAATGTGGGAAAAGATACTGCAAAAAATAAAGTTAGCAGGGTACATGGGAGATACTAGTGAGGCTTTGTTTGACATAGATGAGGAGGAAAAAGAAGATGCACTTTACAGGCATAGTGAGAAACTGGCCATTGCCTATGGAATTATGAAGATTCAAGCTCCTGGGCCTATTCGGATTGTGAAAAACTTGCGTGTCTGTGAAGATTGTCACACAGCTACCAAGTTTATCTCAAAGGTTTTCGATGTAGAGTTAATTGTGAGAGATAGAAACAGATTTCATCATTTTAAAAATGGTGTATGTTCTTGTATGGATTACTGGTAG
Protein sequence

>MsG0780041221.01.T01

MLRTHLFFDVFASSRIIAFCIDHTPKFLPYAIKVFYQIHNPNIFIFNALIRGCSVSQNPENSFHYYIQSQRIGLLPDNVTHPFLVKACAQLESLKMGMQVHGQIVKYGFGSDFHVQRSLLCMYGCLCDLMAAKCIFKMMGRFDVASWTCMIKGYFKCGDVDSARKLFDRMPVKNLVTWSTMISGYSRNNRFDRAVEIFEILIDEGLVANEVVMVGVVSACAHLGALAAGEKAYDHVIRNNLDLNVILGTAIVDMYARCGNVEKAVRIFKEMKEKDVICWTSLISGVAMHGYAEEALEYFYVMVKNGIVPTDITFTAVLKACSHGGLVEKGQEIFESMKRDYRLEPRLEHYGCMVDLLGRAGKLEEAENFIHEMPVKPNAPVWGALLGACRIHRNVEVGERVGKILIKMKPEHSGYYVLLSNIYARTNKWKDATVMRRLMKEKRVRKQLGYSLIEIDGKTHEFTIGAKTHPEIDRIERMWEKILQKIKLAGYMGDTSEALFDIDEEEKEDALYRHSEKLAIAYGIMKIQAPGPIRIVKNLRVCEDCHTATKFISKVFDVELIVRDRNRFHHFKNGVCSCMDYW*