AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880042288.01


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MsG0880042288.01.T01 AT3G26210 30.802 474 293 14 12 463 40 500 1.47e-65 219
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MsG0880042288.01.T01 AT2G45550 31.013 474 295 15 3 456 39 500 1.61e-64 217
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MsG0880042288.01.T01 AT3G32047 31.507 438 279 7 14 439 53 481 5.25e-64 215
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MsG0880042288.01.T01 AT3G20080 30.550 491 301 14 3 470 43 516 1.18e-55 194
MsG0880042288.01.T01 AT3G20100 29.412 476 298 13 12 462 50 512 1.22e-55 193
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MsG0880042288.01.T01 AT3G53300 28.750 480 309 12 3 461 29 496 1.19e-54 190
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MsG0880042288.01.T01 AT1G50560 30.252 476 292 15 14 465 54 513 1.29e-51 182
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MsG0880042288.01.T01 AT1G13710 27.883 477 308 15 4 463 55 512 1.74e-47 171
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MsG0880042288.01.T01 AT2G30490 25.647 464 302 8 27 463 56 503 1.93e-45 166
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MsG0880042288.01.T01 AT1G33720 42.211 199 110 2 261 456 172 368 2.39e-45 162
MsG0880042288.01.T01 AT1G33720 42.211 199 110 2 261 456 172 368 2.39e-45 162
MsG0880042288.01.T01 AT4G39950 26.623 462 303 10 3 439 57 507 2.85e-45 166
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MsG0880042288.01.T01 AT2G22330 26.899 487 330 11 3 469 59 539 4.31e-45 165
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MsG0880042288.01.T01 AT2G22330 26.899 487 330 11 3 469 82 562 8.44e-45 165
MsG0880042288.01.T01 AT2G27000 29.053 475 294 17 14 463 50 506 1.82e-44 163
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MsG0880042288.01.T01 AT3G20120 29.243 383 239 10 100 463 1 370 7.64e-44 158
MsG0880042288.01.T01 AT3G20120 29.243 383 239 10 100 463 1 370 7.64e-44 158
MsG0880042288.01.T01 AT3G20960 27.536 414 269 10 69 463 3 404 9.55e-44 159
MsG0880042288.01.T01 AT3G20090 29.534 386 235 11 96 463 5 371 1.91e-43 157
MsG0880042288.01.T01 AT1G58260 26.052 499 326 11 3 469 38 525 7.69e-43 159
MsG0880042288.01.T01 AT1G16410 28.195 493 323 13 3 469 46 533 8.54e-43 159
MsG0880042288.01.T01 AT4G20240 28.715 397 259 8 3 387 34 418 1.18e-42 157
MsG0880042288.01.T01 AT3G20080 29.337 392 243 10 100 470 1 379 7.91e-42 153
MsG0880042288.01.T01 AT3G20080 29.337 392 243 10 100 470 1 379 7.91e-42 153
MsG0880042288.01.T01 AT3G20080 29.337 392 243 10 100 470 1 379 7.91e-42 153
MsG0880042288.01.T01 AT3G20080 29.337 392 243 10 100 470 1 379 7.91e-42 153
MsG0880042288.01.T01 AT4G13310 28.261 368 242 6 3 358 33 390 1.22e-41 153
MsG0880042288.01.T01 AT5G04660 26.949 449 297 10 36 464 75 512 6.87e-41 153
MsG0880042288.01.T01 AT1G64940 27.565 497 306 16 3 465 34 510 1.07e-40 153
MsG0880042288.01.T01 AT1G16400 27.126 494 330 12 1 469 44 532 2.07e-40 152
MsG0880042288.01.T01 AT3G26180 33.077 260 154 6 218 459 106 363 1.55e-39 146
MsG0880042288.01.T01 AT2G05180 27.937 383 256 8 14 384 52 426 2.08e-39 148
MsG0880042288.01.T01 AT5G04630 26.283 487 318 12 3 464 39 509 4.88e-39 148
MsG0880042288.01.T01 AT3G10570 26.444 450 299 10 35 464 76 513 5.41e-39 148
MsG0880042288.01.T01 AT3G10560 26.789 489 309 15 3 464 47 513 7.77e-38 145
MsG0880042288.01.T01 AT3G20935 36.058 208 127 4 260 463 129 334 8.86e-38 141
MsG0880042288.01.T01 AT1G64950 26.327 490 321 12 3 465 33 509 5.23e-37 142
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MsG0880042288.01.T01 AT2G29090 25.219 456 275 13 4 438 50 460 3.45e-23 102
MsG0880042288.01.T01 AT3G03470 21.600 500 331 13 3 463 32 509 3.79e-23 102
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MsG0880042288.01.T01 AT5G24910 23.294 425 278 12 35 432 100 503 4.78e-22 99.4
MsG0880042288.01.T01 AT5G24900 25.000 440 263 16 29 432 90 498 7.96e-22 98.6
MsG0880042288.01.T01 AT4G39480 30.660 212 125 6 262 452 302 512 6.54e-21 95.9
MsG0880042288.01.T01 AT2G23180 23.529 459 271 18 61 456 74 515 1.02e-20 95.5
MsG0880042288.01.T01 AT1G19630 31.111 180 112 4 262 438 281 451 1.20e-20 94.7
MsG0880042288.01.T01 AT4G19230 25.118 422 265 16 4 415 37 417 1.38e-20 94.7
MsG0880042288.01.T01 AT3G26125 29.032 217 133 5 264 463 320 532 1.70e-20 94.7
MsG0880042288.01.T01 AT4G19230 25.118 422 265 16 4 415 37 417 1.98e-20 94.0
MsG0880042288.01.T01 AT5G24900 27.823 248 151 7 209 432 138 381 2.03e-20 93.6
MsG0880042288.01.T01 AT1G65340 28.856 201 130 5 262 453 307 503 3.46e-20 93.6
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MsG0880042288.01.T01 AT1G19630 30.769 169 106 3 262 427 281 441 9.06e-20 92.0
MsG0880042288.01.T01 AT4G39500 24.365 394 254 12 97 455 134 518 1.07e-19 92.0
MsG0880042288.01.T01 AT4G39500 24.365 394 254 12 97 455 84 468 1.11e-19 92.0
MsG0880042288.01.T01 AT3G14610 23.349 424 275 12 34 434 89 485 1.27e-19 92.0
MsG0880042288.01.T01 AT3G14620 32.544 169 111 2 267 434 322 488 1.45e-19 91.7
MsG0880042288.01.T01 AT4G32170 25.175 286 182 7 196 452 220 502 1.51e-19 91.7
MsG0880042288.01.T01 AT5G35920 30.872 149 101 2 322 469 6 153 1.78e-19 85.5
MsG0880042288.01.T01 AT5G52320 30.348 201 127 5 262 453 306 502 3.36e-19 90.5
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MsG0880042288.01.T01 AT1G13140 29.612 206 123 5 264 450 319 521 3.75e-19 90.5
MsG0880042288.01.T01 AT5G02900 27.941 204 133 4 262 452 276 478 3.81e-19 90.5
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MsG0880042288.01.T01 AT2G32440 21.946 442 285 13 18 433 53 460 3.93e-19 90.5
MsG0880042288.01.T01 AT1G57750 28.856 201 127 5 261 452 302 495 4.78e-19 90.1
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MsG0880042288.01.T01 AT1G05160 22.120 434 284 15 18 427 54 457 3.36e-14 75.1
MsG0880042288.01.T01 AT1G11680 31.111 180 116 4 261 434 281 458 7.57e-14 73.9
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MsG0880042288.01.T01 AT2G46960 28.409 176 122 3 264 438 321 493 3.87e-13 72.0
MsG0880042288.01.T01 AT2G45560 23.554 242 175 5 3 243 39 271 1.34e-12 68.9
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Find 114 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 132 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
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GGAGATCGATACTTTGATTA+AGG 0.258282 8:-6547044 MsG0880042288.01.T01:CDS
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ATTCCAATTCTTGGTTGGTT+TGG 0.306243 8:-6546809 MsG0880042288.01.T01:CDS
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ATTGAAGATGATTCTGCTTC+TGG 0.307268 8:-6546645 MsG0880042288.01.T01:intron
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ATTCACATTATTCAACAATA+TGG 0.319783 8:+6546147 None:intergenic
TCATATGCTTTACCTTTAAT+AGG 0.320715 8:-6547394 MsG0880042288.01.T01:CDS
GGTTATAACTATGCTGGCTT+TGG 0.323243 8:-6547169 MsG0880042288.01.T01:CDS
ATTCAGAATCTTATGTTAGC+TGG 0.347905 8:-6546208 MsG0880042288.01.T01:intron
GCAAACACACGTGTCCCTTT+TGG 0.349231 8:+6545935 None:intergenic
TAGTATTATTATCTTGTTAC+CGG 0.355646 8:-6545548 MsG0880042288.01.T01:three_prime_UTR
GCTATCTTCCAGATCCGTTT+AGG 0.362435 8:-6547301 MsG0880042288.01.T01:CDS
TTTGCTCCATGGGTTTGATT+TGG 0.368243 8:-6545717 MsG0880042288.01.T01:CDS
TGTTGATATGAGAGAAGGTT+TGG 0.370129 8:-6545675 MsG0880042288.01.T01:CDS
TGGATGCAGTTGTTGGAAGC+TGG 0.371242 8:-6546739 MsG0880042288.01.T01:CDS
TGTTAAGGTTGGAAAGGTTA+AGG 0.372838 8:-6547008 MsG0880042288.01.T01:CDS
AAACCAAACCAACCAAGAAT+TGG 0.374986 8:+6546806 None:intergenic
AGATGAAGGTGACCTATTAA+AGG 0.375965 8:+6547382 None:intergenic
CACTTGCACGTTTGCTCCAT+GGG 0.378784 8:-6545727 MsG0880042288.01.T01:CDS
AACAATCTTGTGTTGCTTCA+TGG 0.389119 8:+6545978 None:intergenic
TTGCACCTTATGGCCCATAT+TGG 0.392999 8:-6547144 MsG0880042288.01.T01:CDS
GGTAAAGCATATGATGGTTC+TGG 0.393720 8:+6547403 None:intergenic
GGATTTATCACTGTATGTTA+AGG 0.397524 8:-6547023 MsG0880042288.01.T01:CDS
TTCTTAGCTTAGTCCAATAT+GGG 0.397559 8:+6547131 None:intergenic
TTCTGGTGAGTTTGTTCCTA+AGG 0.397724 8:-6546837 MsG0880042288.01.T01:CDS
CAATTGCTTGTAAATAAACT+AGG 0.398839 8:+6546047 None:intergenic
GAAAGGTTTATTAATAAGAA+TGG 0.415721 8:-6545851 MsG0880042288.01.T01:CDS
TTCCTTGATTGCTTCTTGGT+TGG 0.418928 8:+6547255 None:intergenic
AACTTGCAATGGAGTTAACT+TGG 0.431535 8:+6545640 None:intergenic
TCAGGCTCTAACCAAATACT+TGG 0.433261 8:+6545887 None:intergenic
CAAAGATGATTTGTGGGAAA+AGG 0.433576 8:-6546940 MsG0880042288.01.T01:CDS
ATATCAACAACTTCATCAAT+TGG 0.437761 8:+6545689 None:intergenic
CATCAAAGCACACGCATGCT+TGG 0.439233 8:-6545380 MsG0880042288.01.T01:three_prime_UTR
ATCAAAGCACACGCATGCTT+GGG 0.441507 8:-6545379 MsG0880042288.01.T01:three_prime_UTR
CAAGACTATTATGTACCAAA+AGG 0.448257 8:-6545950 MsG0880042288.01.T01:CDS
TGAATTCCATGACTTGACTT+TGG 0.449356 8:+6547196 None:intergenic
GCTTCATGGGGTACTAATAG+TGG 0.453415 8:+6545992 None:intergenic
CAATGACAAAGATGATTTGT+GGG 0.454429 8:-6546946 MsG0880042288.01.T01:CDS
GTTGAGACATGTTTATGAAT+CGG 0.455562 8:-6547065 MsG0880042288.01.T01:CDS
ATAGGTCACCTTCATCTACT+AGG 0.457233 8:-6547376 MsG0880042288.01.T01:CDS
GGATGCAGTTGTTGGAAGCT+GGG 0.459441 8:-6546738 MsG0880042288.01.T01:CDS
ACACTTGCACGTTTGCTCCA+TGG 0.459957 8:-6545728 MsG0880042288.01.T01:CDS
AGAATTGGAATCAAATCCTT+AGG 0.463020 8:+6546821 None:intergenic
TCAATGACAAAGATGATTTG+TGG 0.464883 8:-6546947 MsG0880042288.01.T01:CDS
ACAATCTTGTGTTGCTTCAT+GGG 0.465862 8:+6545979 None:intergenic
GGTATGCTCCTAAACGGATC+TGG 0.466595 8:+6547293 None:intergenic
TTATCACTGTATGTTAAGGT+TGG 0.469638 8:-6547019 MsG0880042288.01.T01:CDS
TTCCAACCAAGAAGCAATCA+AGG 0.479061 8:-6547257 MsG0880042288.01.T01:CDS
GTTGATATGAGAGAAGGTTT+GGG 0.483885 8:-6545674 MsG0880042288.01.T01:CDS
CACCTAGGTTATAACTATGC+TGG 0.487391 8:-6547175 MsG0880042288.01.T01:CDS
TGGTTGGAAATGATAAGTGC+AGG 0.491996 8:+6547271 None:intergenic
AGAGATTTGGATGCAGTTGT+TGG 0.496379 8:-6546746 MsG0880042288.01.T01:CDS
TTTGGTTTCCTAGTAGATGA+AGG 0.497007 8:+6547368 None:intergenic
ATGACTTGACTTTGGTCTTG+AGG 0.499216 8:+6547204 None:intergenic
GCTCTTCTCCCTAATCCAAA+AGG 0.504865 8:+6545791 None:intergenic
TTCAGAATCTTATGTTAGCT+GGG 0.505664 8:-6546207 MsG0880042288.01.T01:intron
ATTTGATTCCAATTCTTGGT+TGG 0.507680 8:-6546814 MsG0880042288.01.T01:CDS
GTGCAGGGTATGCTCCTAAA+CGG 0.512064 8:+6547287 None:intergenic
TTAGTCCAATATGGGCCATA+AGG 0.520347 8:+6547139 None:intergenic
GGTTGTGATAAGTGAATGGT+TGG 0.522332 8:-6546987 MsG0880042288.01.T01:CDS
AAACATGTCTCAACGATTCA+AGG 0.529077 8:+6547074 None:intergenic
TCTTATCTCTCTTGAATGAT+CGG 0.531421 8:+6545498 None:intergenic
ATCACATAGGTAGGGACAGA+AGG 0.538509 8:-6546093 MsG0880042288.01.T01:CDS
AAGACTATTATGTACCAAAA+GGG 0.538965 8:-6545949 MsG0880042288.01.T01:CDS
ATTAAAGGTAAAGCATATGA+TGG 0.539244 8:+6547397 None:intergenic
TTAAGGTTGTGATAAGTGAA+TGG 0.543507 8:-6546991 MsG0880042288.01.T01:CDS
CATTATTCAACAATATGGCT+AGG 0.546972 8:+6546152 None:intergenic
AGATTGACTATCACATAGGT+AGG 0.548526 8:-6546102 MsG0880042288.01.T01:CDS
AGAGTTCACATGATAATCGT+GGG 0.551955 8:+6545609 None:intergenic
TTAGGGAGAAGAGCTTGTCC+TGG 0.564775 8:-6545782 MsG0880042288.01.T01:CDS
TCAAGACCAAAGTCAAGTCA+TGG 0.569161 8:-6547202 MsG0880042288.01.T01:CDS
ACTGTATGTTAAGGTTGGAA+AGG 0.573173 8:-6547014 MsG0880042288.01.T01:CDS
TGTGTAGCAAACAAAGATCC+AGG 0.574105 8:+6545764 None:intergenic
TCGGTCTATACAATTGTACA+TGG 0.583253 8:+6545517 None:intergenic
CAATGGAGTTAACTTGGGCA+AGG 0.583366 8:+6545646 None:intergenic
GAAGTTGTTGATATGAGAGA+AGG 0.585945 8:-6545680 MsG0880042288.01.T01:CDS
ACTTGCAATGGAGTTAACTT+GGG 0.588471 8:+6545641 None:intergenic
GGGGTCAAAAGAACTTGCAA+TGG 0.588920 8:+6545629 None:intergenic
TGGGGTACTAATAGTGGACC+TGG 0.588932 8:+6545998 None:intergenic
CAATCTTGTGTTGCTTCATG+GGG 0.590497 8:+6545980 None:intergenic
TTCTCCCTAATCCAAAAGGA+AGG 0.598715 8:+6545795 None:intergenic
GCACTTCCAAATCAAACCCA+TGG 0.608242 8:+6545711 None:intergenic
CAACATCAACTACAATGACA+TGG 0.610499 8:-6546177 MsG0880042288.01.T01:CDS
TGATAAGTGAATGGTTGGAA+AGG 0.612726 8:-6546982 MsG0880042288.01.T01:CDS
ATTGTACATGGAAGATACTC+CGG 0.615811 8:+6545529 None:intergenic
GTACTAATAGTGGACCTGGT+GGG 0.616356 8:+6546002 None:intergenic
AAAGCATATGATGGTTCTGG+TGG 0.616991 8:+6547406 None:intergenic
AGACAAAAGCAGTTCAAGCA+TGG 0.617693 8:+6547102 None:intergenic
AAAAGAGAAAATACACAATG+AGG 0.621788 8:+6545333 None:intergenic
GATGAGATTGACTATCACAT+AGG 0.623343 8:-6546106 MsG0880042288.01.T01:CDS
CACGTGTGTTTGCAAATGTG+TGG 0.623955 8:-6545925 MsG0880042288.01.T01:CDS
TCACATAGGTAGGGACAGAA+GGG 0.624445 8:-6546092 MsG0880042288.01.T01:CDS
GTGGATGATGTTGAAGCACA+TGG 0.625277 8:-6546896 MsG0880042288.01.T01:CDS
TAGAGTTCACATGATAATCG+TGG 0.626496 8:+6545608 None:intergenic
TCAAGTCATGGAATTCACCT+AGG 0.630171 8:-6547190 MsG0880042288.01.T01:CDS
AGCCAGCATAGTTATAACCT+AGG 0.632113 8:+6547173 None:intergenic
CATAGGTAGGGACAGAAGGG+TGG 0.632603 8:-6546089 MsG0880042288.01.T01:CDS
GAAGCAAAGATTCTTGCAAG+AGG 0.635812 8:+6547343 None:intergenic
ACTTTAAGGTTATACCCACC+AGG 0.639005 8:-6546016 MsG0880042288.01.T01:CDS
GGTTGGAAATGATAAGTGCA+GGG 0.639722 8:+6547272 None:intergenic
GATTGACTATCACATAGGTA+GGG 0.646322 8:-6546101 MsG0880042288.01.T01:CDS
GGTACTAATAGTGGACCTGG+TGG 0.669451 8:+6546001 None:intergenic
GAGTTCACATGATAATCGTG+GGG 0.696572 8:+6545610 None:intergenic
TGGATGATGTTGAAGCACAT+GGG 0.715944 8:-6546895 MsG0880042288.01.T01:CDS
GATATGCTTAGCAATACACA+AGG 0.725094 8:+6545302 None:intergenic
CATGTCTCAACGATTCAAGG+CGG 0.775460 8:+6547077 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AAATAATAATAATAACTTGT+TGG + Chr8:6546411-6546430 None:intergenic 10.0%
!!! AAAATTTCTTTTTAAGTTAG+AGG - Chr8:6547261-6547280 MsG0880042288.01.T01:CDS 15.0%
!!! TCTAACTTAAAAAGAAATTT+TGG + Chr8:6547262-6547281 None:intergenic 15.0%
!! AAAGAATTTATGCATATTTC+TGG - Chr8:6545825-6545844 MsG0880042288.01.T01:CDS 20.0%
!! ATTCACATTATTCAACAATA+TGG + Chr8:6546535-6546554 None:intergenic 20.0%
!! GAAAGGTTTATTAATAAGAA+TGG - Chr8:6546828-6546847 MsG0880042288.01.T01:CDS 20.0%
!! TAGTATTATTATCTTGTTAC+CGG - Chr8:6547131-6547150 MsG0880042288.01.T01:CDS 20.0%
!! TTCTTATTAATAAACCTTTC+AGG + Chr8:6546828-6546847 None:intergenic 20.0%
! AAAAGAGAAAATACACAATG+AGG + Chr8:6547349-6547368 None:intergenic 25.0%
! AAGACTATTATGTACCAAAA+GGG - Chr8:6546730-6546749 MsG0880042288.01.T01:CDS 25.0%
! ATATCAACAACTTCATCAAT+TGG + Chr8:6546993-6547012 None:intergenic 25.0%
! ATTAAAGGTAAAGCATATGA+TGG + Chr8:6545285-6545304 None:intergenic 25.0%
! CAATTGCTTGTAAATAAACT+AGG + Chr8:6546635-6546654 None:intergenic 25.0%
! CAATTGTGAAAGAAACTTTA+AGG - Chr8:6546649-6546668 MsG0880042288.01.T01:CDS 25.0%
! TCATATGCTTTACCTTTAAT+AGG - Chr8:6545285-6545304 MsG0880042288.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
!! AGAAAGACTTGTTTCATATT+TGG - Chr8:6546235-6546254 MsG0880042288.01.T01:intron 25.0%
!!! TTTTGAGTATTTGAAAGATG+TGG - Chr8:6545764-6545783 MsG0880042288.01.T01:CDS 25.0%
AAGGATTTGATTCCAATTCT+TGG - Chr8:6545861-6545880 MsG0880042288.01.T01:CDS 30.0%
AGAATTGGAATCAAATCCTT+AGG + Chr8:6545861-6545880 None:intergenic 30.0%
ATTCAGAATCTTATGTTAGC+TGG - Chr8:6546471-6546490 MsG0880042288.01.T01:intron 30.0%
ATTTGATTCCAATTCTTGGT+TGG - Chr8:6545865-6545884 MsG0880042288.01.T01:CDS 30.0%
CAAGACTATTATGTACCAAA+AGG - Chr8:6546729-6546748 MsG0880042288.01.T01:CDS 30.0%
CATTATTCAACAATATGGCT+AGG + Chr8:6546530-6546549 None:intergenic 30.0%
GAAAAGAATTGCTAGAGATT+TGG - Chr8:6545920-6545939 MsG0880042288.01.T01:CDS 30.0%
GGATTTATCACTGTATGTTA+AGG - Chr8:6545656-6545675 MsG0880042288.01.T01:CDS 30.0%
GTTGAGACATGTTTATGAAT+CGG - Chr8:6545614-6545633 MsG0880042288.01.T01:CDS 30.0%
TACATAGAGATCCAAGTATT+TGG - Chr8:6546781-6546800 MsG0880042288.01.T01:CDS 30.0%
TATCATCAAGGCAAATGTTA+TGG - Chr8:6546072-6546091 MsG0880042288.01.T01:CDS 30.0%
TCAATGACAAAGATGATTTG+TGG - Chr8:6545732-6545751 MsG0880042288.01.T01:CDS 30.0%
TCTTATCTCTCTTGAATGAT+CGG + Chr8:6547184-6547203 None:intergenic 30.0%
TTAAGGTTGTGATAAGTGAA+TGG - Chr8:6545688-6545707 MsG0880042288.01.T01:CDS 30.0%
TTATCACTGTATGTTAAGGT+TGG - Chr8:6545660-6545679 MsG0880042288.01.T01:CDS 30.0%
TTCAGAATCTTATGTTAGCT+GGG - Chr8:6546472-6546491 MsG0880042288.01.T01:intron 30.0%
TTCTTAGCTTAGTCCAATAT+GGG + Chr8:6545551-6545570 None:intergenic 30.0%
TTTCTTAGCTTAGTCCAATA+TGG + Chr8:6545552-6545571 None:intergenic 30.0%
! CAATGACAAAGATGATTTGT+GGG - Chr8:6545733-6545752 MsG0880042288.01.T01:CDS 30.0%
! CTGAAAAGTTTTTACCTGAA+AGG - Chr8:6546811-6546830 MsG0880042288.01.T01:CDS 30.0%
! GCTTCATTTTCTGACAAATA+TGG - Chr8:6545354-6545373 MsG0880042288.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
!! CTTTCAGGTAAAAACTTTTC+AGG + Chr8:6546813-6546832 None:intergenic 30.0%
AAACATGTCTCAACGATTCA+AGG + Chr8:6545608-6545627 None:intergenic 35.0%
AAACCAAACCAACCAAGAAT+TGG + Chr8:6545876-6545895 None:intergenic 35.0%
AACATTCCTTGATTGCTTCT+TGG + Chr8:6545431-6545450 None:intergenic 35.0%
AACTTGCAATGGAGTTAACT+TGG + Chr8:6547042-6547061 None:intergenic 35.0%
ACTGTATGTTAAGGTTGGAA+AGG - Chr8:6545665-6545684 MsG0880042288.01.T01:CDS 35.0%
ACTTGCAATGGAGTTAACTT+GGG + Chr8:6547041-6547060 None:intergenic 35.0%
AGAGTTCACATGATAATCGT+GGG + Chr8:6547073-6547092 None:intergenic 35.0%
AGATGAAGGTGACCTATTAA+AGG + Chr8:6545300-6545319 None:intergenic 35.0%
AGATTGACTATCACATAGGT+AGG - Chr8:6546577-6546596 MsG0880042288.01.T01:intron 35.0%
ATTGAAGATGATTCTGCTTC+TGG - Chr8:6546034-6546053 MsG0880042288.01.T01:CDS 35.0%
ATTGTACATGGAAGATACTC+CGG + Chr8:6547153-6547172 None:intergenic 35.0%
CAACATCAACTACAATGACA+TGG - Chr8:6546502-6546521 MsG0880042288.01.T01:intron 35.0%
GAAGTTGTTGATATGAGAGA+AGG - Chr8:6546999-6547018 MsG0880042288.01.T01:CDS 35.0%
GATATGCTTAGCAATACACA+AGG + Chr8:6547380-6547399 None:intergenic 35.0%
GATGAGATTGACTATCACAT+AGG - Chr8:6546573-6546592 MsG0880042288.01.T01:intron 35.0%
GATTGACTATCACATAGGTA+GGG - Chr8:6546578-6546597 MsG0880042288.01.T01:intron 35.0%
GGAGATCGATACTTTGATTA+AGG - Chr8:6545635-6545654 MsG0880042288.01.T01:CDS 35.0%
GTTGATATGAGAGAAGGTTT+GGG - Chr8:6547005-6547024 MsG0880042288.01.T01:CDS 35.0%
TAACCGTGATACTATCATCA+AGG - Chr8:6546060-6546079 MsG0880042288.01.T01:CDS 35.0%
TAGAGTTCACATGATAATCG+TGG + Chr8:6547074-6547093 None:intergenic 35.0%
TAGCTACGTGTAGAGATATT+CGG + Chr8:6546267-6546286 None:intergenic 35.0%
TCGGTCTATACAATTGTACA+TGG + Chr8:6547165-6547184 None:intergenic 35.0%
TGAATTCCATGACTTGACTT+TGG + Chr8:6545486-6545505 None:intergenic 35.0%
TGATAAGTGAATGGTTGGAA+AGG - Chr8:6545697-6545716 MsG0880042288.01.T01:CDS 35.0%
TGTTAAGGTTGGAAAGGTTA+AGG - Chr8:6545671-6545690 MsG0880042288.01.T01:CDS 35.0%
TGTTGATATGAGAGAAGGTT+TGG - Chr8:6547004-6547023 MsG0880042288.01.T01:CDS 35.0%
! AGTACCTTCCTTTTGGATTA+GGG - Chr8:6546880-6546899 MsG0880042288.01.T01:CDS 35.0%
! ATTCCAATTCTTGGTTGGTT+TGG - Chr8:6545870-6545889 MsG0880042288.01.T01:CDS 35.0%
! CAAAGATGATTTGTGGGAAA+AGG - Chr8:6545739-6545758 MsG0880042288.01.T01:CDS 35.0%
! TTGCCTTGATGATAGTATCA+CGG + Chr8:6546066-6546085 None:intergenic 35.0%
! TTTGGTTTCCTAGTAGATGA+AGG + Chr8:6545314-6545333 None:intergenic 35.0%
!! AACAATCTTGTGTTGCTTCA+TGG + Chr8:6546704-6546723 None:intergenic 35.0%
!! ACAATCTTGTGTTGCTTCAT+GGG + Chr8:6546703-6546722 None:intergenic 35.0%
!! AGATTCTTGCAAGAGGTATT+TGG + Chr8:6545332-6545351 None:intergenic 35.0%
!! CATTTTGAGTACCTTCCTTT+TGG - Chr8:6546873-6546892 MsG0880042288.01.T01:CDS 35.0%
!! GGCTAAGATTTTGTCATTTG+TGG + Chr8:6545457-6545476 None:intergenic 35.0%
AGACAAAAGCAGTTCAAGCA+TGG + Chr8:6545580-6545599 None:intergenic 40.0%
AGAGATTTGGATGCAGTTGT+TGG - Chr8:6545933-6545952 MsG0880042288.01.T01:CDS 40.0%
AGCCAGCATAGTTATAACCT+AGG + Chr8:6545509-6545528 None:intergenic 40.0%
ATAGGTCACCTTCATCTACT+AGG - Chr8:6545303-6545322 MsG0880042288.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
CACCTAGGTTATAACTATGC+TGG - Chr8:6545504-6545523 MsG0880042288.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
GAAGCAAAGATTCTTGCAAG+AGG + Chr8:6545339-6545358 None:intergenic 40.0%
GAGTTCACATGATAATCGTG+GGG + Chr8:6547072-6547091 None:intergenic 40.0%
GGTAAAGCATATGATGGTTC+TGG + Chr8:6545279-6545298 None:intergenic 40.0%
GGTTGGAAATGATAAGTGCA+GGG + Chr8:6545410-6545429 None:intergenic 40.0%
GGTTGTGATAAGTGAATGGT+TGG - Chr8:6545692-6545711 MsG0880042288.01.T01:CDS 40.0%
TCAAGACCAAAGTCAAGTCA+TGG - Chr8:6545477-6545496 MsG0880042288.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
TCAAGTCATGGAATTCACCT+AGG - Chr8:6545489-6545508 MsG0880042288.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
TGGATGATGTTGAAGCACAT+GGG - Chr8:6545784-6545803 MsG0880042288.01.T01:CDS 40.0%
TGGTTGGAAATGATAAGTGC+AGG + Chr8:6545411-6545430 None:intergenic 40.0%
TGTGTAGCAAACAAAGATCC+AGG + Chr8:6546918-6546937 None:intergenic 40.0%
TTAGTCCAATATGGGCCATA+AGG + Chr8:6545543-6545562 None:intergenic 40.0%
TTCCAACCAAGAAGCAATCA+AGG - Chr8:6545422-6545441 MsG0880042288.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
TTCCTTGATTGCTTCTTGGT+TGG + Chr8:6545427-6545446 None:intergenic 40.0%
TTCTCCCTAATCCAAAAGGA+AGG + Chr8:6546887-6546906 None:intergenic 40.0%
TTTGCTCCATGGGTTTGATT+TGG - Chr8:6546962-6546981 MsG0880042288.01.T01:CDS 40.0%
! ATGCGTGTGCTTTGATGATA+TGG + Chr8:6547296-6547315 None:intergenic 40.0%
! GAGTACCTTCCTTTTGGATT+AGG - Chr8:6546879-6546898 MsG0880042288.01.T01:CDS 40.0%
! TCAGGCTCTAACCAAATACT+TGG + Chr8:6546795-6546814 None:intergenic 40.0%
! TTCTGGTGAGTTTGTTCCTA+AGG - Chr8:6545842-6545861 MsG0880042288.01.T01:CDS 40.0%
!! AAAGCATATGATGGTTCTGG+TGG + Chr8:6545276-6545295 None:intergenic 40.0%
!! ACTTTAAGGTTATACCCACC+AGG - Chr8:6546663-6546682 MsG0880042288.01.T01:CDS 40.0%
!! ATGACTTGACTTTGGTCTTG+AGG + Chr8:6545478-6545497 None:intergenic 40.0%
!! CAATCTTGTGTTGCTTCATG+GGG + Chr8:6546702-6546721 None:intergenic 40.0%
!! GGTTATAACTATGCTGGCTT+TGG - Chr8:6545510-6545529 MsG0880042288.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
!!! CTTGGTTGGTTTGGTTTTGA+AGG - Chr8:6545879-6545898 MsG0880042288.01.T01:CDS 40.0%
ATCAAAGCACACGCATGCTT+GGG - Chr8:6547300-6547319 MsG0880042288.01.T01:CDS 45.0%
ATCACATAGGTAGGGACAGA+AGG - Chr8:6546586-6546605 MsG0880042288.01.T01:intron 45.0%
CACGTGTGTTTGCAAATGTG+TGG - Chr8:6546754-6546773 MsG0880042288.01.T01:CDS 45.0%
CATGTCTCAACGATTCAAGG+CGG + Chr8:6545605-6545624 None:intergenic 45.0%
GCACTTCCAAATCAAACCCA+TGG + Chr8:6546971-6546990 None:intergenic 45.0%
GCTATCTTCCAGATCCGTTT+AGG - Chr8:6545378-6545397 MsG0880042288.01.T01:three_prime_UTR 45.0%
GCTCTTCTCCCTAATCCAAA+AGG + Chr8:6546891-6546910 None:intergenic 45.0%
GGGGTCAAAAGAACTTGCAA+TGG + Chr8:6547053-6547072 None:intergenic 45.0%
GTGGATGATGTTGAAGCACA+TGG - Chr8:6545783-6545802 MsG0880042288.01.T01:CDS 45.0%
TCACATAGGTAGGGACAGAA+GGG - Chr8:6546587-6546606 MsG0880042288.01.T01:intron 45.0%
TTGCACCTTATGGCCCATAT+TGG - Chr8:6545535-6545554 MsG0880042288.01.T01:three_prime_UTR 45.0%
! CAATGGAGTTAACTTGGGCA+AGG + Chr8:6547036-6547055 None:intergenic 45.0%
! GCTTCATGGGGTACTAATAG+TGG + Chr8:6546690-6546709 None:intergenic 45.0%
!! GTACTAATAGTGGACCTGGT+GGG + Chr8:6546680-6546699 None:intergenic 45.0%
!!! GGCTTTGGTTTTGCACCTTA+TGG - Chr8:6545525-6545544 MsG0880042288.01.T01:three_prime_UTR 45.0%
ACACTTGCACGTTTGCTCCA+TGG - Chr8:6546951-6546970 MsG0880042288.01.T01:CDS 50.0%
CACTTGCACGTTTGCTCCAT+GGG - Chr8:6546952-6546971 MsG0880042288.01.T01:CDS 50.0%
CATCAAAGCACACGCATGCT+TGG - Chr8:6547299-6547318 MsG0880042288.01.T01:CDS 50.0%
GGATGCAGTTGTTGGAAGCT+GGG - Chr8:6545941-6545960 MsG0880042288.01.T01:CDS 50.0%
GGTATGCTCCTAAACGGATC+TGG + Chr8:6545389-6545408 None:intergenic 50.0%
GTGCAGGGTATGCTCCTAAA+CGG + Chr8:6545395-6545414 None:intergenic 50.0%
TGGATGCAGTTGTTGGAAGC+TGG - Chr8:6545940-6545959 MsG0880042288.01.T01:CDS 50.0%
TTAGGGAGAAGAGCTTGTCC+TGG - Chr8:6546897-6546916 MsG0880042288.01.T01:CDS 50.0%
! GCAAACACACGTGTCCCTTT+TGG + Chr8:6546747-6546766 None:intergenic 50.0%
!! GGTACTAATAGTGGACCTGG+TGG + Chr8:6546681-6546700 None:intergenic 50.0%
!! TGGGGTACTAATAGTGGACC+TGG + Chr8:6546684-6546703 None:intergenic 50.0%
CATAGGTAGGGACAGAAGGG+TGG - Chr8:6546590-6546609 MsG0880042288.01.T01:intron 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr8 gene 6545267 6547434 6545267 ID=MsG0880042288.01;Name=MsG0880042288.01
Chr8 mRNA 6545267 6547434 6545267 ID=MsG0880042288.01.T01;Parent=MsG0880042288.01;Name=MsG0880042288.01.T01;_AED=0.46;_eAED=0.46;_QI=0|0|0.5|1|1|1|2|334|470
Chr8 exon 6545267 6546224 6545267 ID=MsG0880042288.01.T01:exon:1714;Parent=MsG0880042288.01.T01
Chr8 exon 6546646 6547434 6546646 ID=MsG0880042288.01.T01:exon:1713;Parent=MsG0880042288.01.T01
Chr8 CDS 6546646 6547434 6546646 ID=MsG0880042288.01.T01:cds;Parent=MsG0880042288.01.T01
Chr8 CDS 6545601 6546224 6545601 ID=MsG0880042288.01.T01:cds;Parent=MsG0880042288.01.T01
Chr8 three_prime_UTR 6545267 6545600 6545267 ID=MsG0880042288.01.T01:three_prime_utr;Parent=MsG0880042288.01.T01
Gene Sequence

>MsG0880042288.01.T01

ATGAAACCACCAGAACCATCATATGCTTTACCTTTAATAGGTCACCTTCATCTACTAGGAAACCAAATACCTCTTGCAAGAATCTTTGCTTCATTTTCTGACAAATATGGTGCTATCTTCCAGATCCGTTTAGGAGCATACCCTGCACTTATCATTTCCAACCAAGAAGCAATCAAGGAATGTTTCACCACAAATGACAAAATCTTAGCCTCAAGACCAAAGTCAAGTCATGGAATTCACCTAGGTTATAACTATGCTGGCTTTGGTTTTGCACCTTATGGCCCATATTGGACTAAGCTAAGAAAATTAACCATGCTTGAACTGCTTTTGTCTCGCCGCCTTGAATCGTTGAGACATGTTTATGAATCGGAGATCGATACTTTGATTAAGGATTTATCACTGTATGTTAAGGTTGGAAAGGTTAAGGTTGTGATAAGTGAATGGTTGGAAAGGTTAACATTTAATTCAATGACAAAGATGATTTGTGGGAAAAGGTATTTTGAGTATTTGAAAGATGTGGATGATGTTGAAGCACATGGGAATATTGTGAAACTTATAAAAGAATTTATGCATATTTCTGGTGAGTTTGTTCCTAAGGATTTGATTCCAATTCTTGGTTGGTTTGGTTTTGAAGGAAAAGTGCTAAAATCTATGAAAAGAATTGCTAGAGATTTGGATGCAGTTGTTGGAAGCTGGGTTGAAGAGCATGATGTTGAGATTGAGAGTCAAATGAGAAATATGATTTCATTGATGTTATGCTTTCTGCGATTGAAGATGATTCTGCTTCTGAATCTTATGTTAGCTGGGTCAGACACAACATCAACTACAATGACATGGATCCTAGCCATATTGTTGAATAATGTGAATGCTTTAAAACATGCACAAGATGAGATTGACTATCACATAGGTAGGGACAGAAGGGTGGAATTGTCAGACATAAAAAACCTAGTTTATTTACAAGCAATTGTGAAAGAAACTTTAAGGTTATACCCACCAGGTCCACTATTAGTACCCCATGAAGCAACACAAGATTGTTACATTCAAGACTATTATGTACCAAAAGGGACACGTGTGTTTGCAAATGTGTGGAAATTACATAGAGATCCAAGTATTTGGTTAGAGCCTGAAAAGTTTTTACCTGAAAGGTTTATTAATAAGAATGGAGAAATTGATCATGAAAGTCATCATTTTGAGTACCTTCCTTTTGGATTAGGGAGAAGAGCTTGTCCTGGATCTTTGTTTGCTACACAAGTTATTCTCATTACACTTGCACGTTTGCTCCATGGGTTTGATTTGGAAGTGCCAATTGATGAAGTTGTTGATATGAGAGAAGGTTTGGGTATCACCTTGCCCAAGTTAACTCCATTGCAAGTTCTTTTGACCCCACGATTATCATGTGAACTCTATCAATAA

Protein sequence

>MsG0880042288.01.T01

MKPPEPSYALPLIGHLHLLGNQIPLARIFASFSDKYGAIFQIRLGAYPALIISNQEAIKECFTTNDKILASRPKSSHGIHLGYNYAGFGFAPYGPYWTKLRKLTMLELLLSRRLESLRHVYESEIDTLIKDLSLYVKVGKVKVVISEWLERLTFNSMTKMICGKRYFEYLKDVDDVEAHGNIVKLIKEFMHISGEFVPKDLIPILGWFGFEGKVLKSMKRIARDLDAVVGSWVEEHDVEIESQMRNMISLMLCFLRLKMILLLNLMLAGSDTTSTTMTWILAILLNNVNALKHAQDEIDYHIGRDRRVELSDIKNLVYLQAIVKETLRLYPPGPLLVPHEATQDCYIQDYYVPKGTRVFANVWKLHRDPSIWLEPEKFLPERFINKNGEIDHESHHFEYLPFGLGRRACPGSLFATQVILITLARLLHGFDLEVPIDEVVDMREGLGITLPKLTPLQVLLTPRLSCELYQ*