AlfalfaGEDB | MS.gene024583

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene024583

KEGG: K06176
GO: -
PFAM: PF01142.21 PF13837.9

Nr:

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MS.gene024583.t1	AES82636.2	98	661	13	0	1	661	59	719	0.00E+00	1250

Showing 1 to 1 of 1 entries

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Swissprot:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene024583.t1	Q08647	33.6	706	346	20	2	661	36	664	2.0e-86	322.4

Showing 1 to 1 of 1 entries

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Trembl:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene024583.t1	G7L1T8	98.0	661	13	0	1	661	59	719	0.0e+00	1250.0

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
MS.gene024583.t1	TF	Trihelix

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Network:

Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
No data available in table

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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
MS.gene024583	MS.gene21679	PPI
MS.gene024583	MS.gene21951	PPI
MS.gene024583	MS.gene42882	PPI
MS.gene024583	MS.gene024701	PPI
MS.gene024583	MS.gene98681	PPI
MS.gene024583	MS.gene024348	PPI
MS.gene024583	MS.gene22289	PPI

Showing 1 to 7 of 7 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene024583.t1	MTR_7g114850	98.036	662	13	0	1	662	59	720	0.0	1340
MS.gene024583.t1	MTR_7g114860	87.688	398	24	4	663	1059	110	483	0.0	654
MS.gene024583.t1	MTR_1g081180	46.789	436	174	15	667	1064	98	513	1.06e-96	318
MS.gene024583.t1	MTR_2g026725	31.128	257	137	9	816	1053	114	349	6.11e-29	120
MS.gene024583.t1	MTR_1g098900	58.000	100	33	2	957	1056	454	544	5.33e-28	121
MS.gene024583.t1	MTR_1g098900	43.750	96	44	2	957	1052	57	142	2.37e-15	81.3
MS.gene024583.t1	MTR_6g035370	55.238	105	38	2	957	1061	464	559	1.58e-27	120
MS.gene024583.t1	MTR_6g035370	41.837	98	47	2	957	1054	55	142	1.13e-14	79.0
MS.gene024583.t1	MTR_1g098870	42.424	99	47	2	957	1055	55	143	1.25e-14	78.6
MS.gene024583.t1	MTR_1g492790	42.268	97	45	3	957	1052	114	200	5.40e-13	73.2

Showing 1 to 10 of 11 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene024583.t1	AT3G04820	59.195	696	226	8	1	662	37	708	0.0	818
MS.gene024583.t1	AT5G28300	47.143	280	94	7	813	1055	296	558	4.28e-63	226
MS.gene024583.t1	AT1G76890	37.770	278	128	11	791	1056	243	487	3.89e-38	152
MS.gene024583.t1	AT1G76890	36.111	144	76	4	957	1094	41	174	3.47e-15	80.5
MS.gene024583.t1	AT1G33240	34.444	270	133	8	815	1053	266	522	9.42e-30	126
MS.gene024583.t1	AT1G33240	42.708	96	45	2	957	1052	62	147	3.99e-16	83.6
MS.gene024583.t1	AT1G33240	34.444	270	133	8	815	1053	227	483	1.04e-29	126
MS.gene024583.t1	AT1G76880	54.000	100	37	2	957	1056	408	498	4.13e-26	115
MS.gene024583.t1	AT1G76880	38.760	129	60	4	948	1067	48	166	6.56e-16	83.2
MS.gene024583.t1	AT5G47660	31.048	248	142	7	807	1053	169	388	1.08e-25	111

Showing 1 to 10 of 15 entries

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Find 216 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAAAGTTTAAAACAAAATCC+TGG	0.496973	7.2:-2604018	MS.gene024583:CDS
AAAATGCTGGCAAGTTCCTT+AGG	0.459083	7.2:-2606970	MS.gene024583:intron
AAACTCCACGGAAGCCAGGA+AGG	0.602329	7.2:+2608151	None:intergenic
AAACTTACCCTGGCATAGGA+AGG	0.605512	7.2:+2598278	None:intergenic
AAAGATACCAATGATGTTGC+TGG	0.386798	7.2:-2604241	MS.gene024583:CDS
AAAGATACCCAGGAAGCTTT+GGG	0.362115	7.2:-2606143	MS.gene024583:CDS
AAAGCCTGCAAGTAGTTTCC+AGG	0.358570	7.2:+2604000	None:intergenic
AAAGCTGCTGCAGATTCCTT+AGG	0.490229	7.2:-2604781	MS.gene024583:CDS
AAATCCTGGAAACTACTTGC+AGG	0.424190	7.2:-2604004	MS.gene024583:CDS
AACTGACAGTCGAGATCATT+TGG	0.352346	7.2:-2605370	MS.gene024583:intron

Showing 1 to 10 of 216 entries

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CRISPR-GE

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badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr7.2	gene	2591543	2608223	2591543	ID=MS.gene024583
chr7.2	mRNA	2591543	2608223	2591543	ID=MS.gene024583.t1;Parent=MS.gene024583
chr7.2	exon	2608141	2608223	2608141	ID=MS.gene024583.t1.exon1;Parent=MS.gene024583.t1
chr7.2	CDS	2608141	2608223	2608141	ID=cds.MS.gene024583.t1;Parent=MS.gene024583.t1
chr7.2	exon	2607950	2608058	2607950	ID=MS.gene024583.t1.exon2;Parent=MS.gene024583.t1
chr7.2	CDS	2607950	2608058	2607950	ID=cds.MS.gene024583.t1;Parent=MS.gene024583.t1
chr7.2	exon	2607626	2607826	2607626	ID=MS.gene024583.t1.exon3;Parent=MS.gene024583.t1
chr7.2	CDS	2607626	2607826	2607626	ID=cds.MS.gene024583.t1;Parent=MS.gene024583.t1
chr7.2	exon	2606971	2607185	2606971	ID=MS.gene024583.t1.exon4;Parent=MS.gene024583.t1
chr7.2	CDS	2606971	2607185	2606971	ID=cds.MS.gene024583.t1;Parent=MS.gene024583.t1
chr7.2	exon	2606115	2606187	2606115	ID=MS.gene024583.t1.exon5;Parent=MS.gene024583.t1
chr7.2	CDS	2606115	2606187	2606115	ID=cds.MS.gene024583.t1;Parent=MS.gene024583.t1
chr7.2	exon	2605327	2605383	2605327	ID=MS.gene024583.t1.exon6;Parent=MS.gene024583.t1
chr7.2	CDS	2605327	2605383	2605327	ID=cds.MS.gene024583.t1;Parent=MS.gene024583.t1
chr7.2	exon	2605123	2605202	2605123	ID=MS.gene024583.t1.exon7;Parent=MS.gene024583.t1
chr7.2	CDS	2605123	2605202	2605123	ID=cds.MS.gene024583.t1;Parent=MS.gene024583.t1
chr7.2	exon	2604974	2605036	2604974	ID=MS.gene024583.t1.exon8;Parent=MS.gene024583.t1
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chr7.2	CDS	2604747	2604834	2604747	ID=cds.MS.gene024583.t1;Parent=MS.gene024583.t1
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chr7.2	CDS	2604461	2604532	2604461	ID=cds.MS.gene024583.t1;Parent=MS.gene024583.t1
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chr7.2	exon	2603118	2603182	2603118	ID=MS.gene024583.t1.exon13;Parent=MS.gene024583.t1
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chr7.2	CDS	2596784	2596821	2596784	ID=cds.MS.gene024583.t1;Parent=MS.gene024583.t1
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chr7.2	exon	2592797	2592927	2592797	ID=MS.gene024583.t1.exon20;Parent=MS.gene024583.t1
chr7.2	CDS	2592797	2592927	2592797	ID=cds.MS.gene024583.t1;Parent=MS.gene024583.t1
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chr7.2	CDS	2591543	2592716	2591543	ID=cds.MS.gene024583.t1;Parent=MS.gene024583.t1

Gene Sequence

>MS.gene024583

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