AlfalfaGEDB | MS.gene025206

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene025206

KEGG: K15176
GO: GO:0003674 GO:0005488 GO:0005515
PFAM: PF00515.31 PF13181.9 PF13424.9 PF13428.9 PF13432.9 PF14559.9

Nr:

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MS.gene025206.t1	XP_013463523.1	98.6	1083	15	0	1	1083	1	1083	0.00E+00	1803.5

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Swissprot:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene025206.t1	B5X0I6	78.8	869	182	2	1	868	1	868	0.0e+00	1396.3

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Trembl:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene025206.t1	A0A072V869	98.6	1083	15	0	1	1083	1	1083	0.0e+00	1803.5

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Network:

Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
No data available in table

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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
MS.gene008348	MS.gene025206	PPI
MS.gene042595	MS.gene025206	PPI
MS.gene049685	MS.gene025206	PPI
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MS.gene24268	MS.gene025206	PPI
MS.gene26972	MS.gene025206	PPI

Showing 1 to 10 of 22 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene025206.t1	MTR_2g041420	99.261	1083	8	0	1	1083	1	1083	0.0	2233

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
No data available in table

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Find 237 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAACACGCTCAAATGCCTGT+CGG	0.642330	2.2:+46316233	None:intergenic
AAACCTTAATGTGTAGTTTG+AGG	0.456515	2.2:+46307397	None:intergenic
AAAGCTAGAAGCTACTCATT+TGG	0.397882	2.2:-46309051	MS.gene025206:CDS
AAAGGAGGAGCATTTCATTT+TGG	0.273049	2.2:-46318937	MS.gene025206:CDS
AAATCCATGAATATGTAGGT+TGG	0.551401	2.2:+46306548	None:intergenic
AAATGAGTAGCTTCTAGCTT+TGG	0.363956	2.2:+46309053	None:intergenic
AACAAGCTCCTCTCGATCTT+TGG	0.357089	2.2:-46322945	MS.gene025206:CDS
AACACGCTCAAATGCCTGTC+GGG	0.399209	2.2:+46316234	None:intergenic
AACCATTAGCAGGCGGAGGC+AGG	0.459253	2.2:-46304532	MS.gene025206:CDS
AACCTTAATGTGTAGTTTGA+GGG	0.457259	2.2:+46307398	None:intergenic

Showing 1 to 10 of 237 entries

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CRISPR-GE

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badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr2.2	gene	46304389	46323073	46304389	ID=MS.gene025206
chr2.2	mRNA	46304389	46323073	46304389	ID=MS.gene025206.t1;Parent=MS.gene025206
chr2.2	exon	46322933	46323073	46322933	ID=MS.gene025206.t1.exon1;Parent=MS.gene025206.t1
chr2.2	CDS	46322933	46323073	46322933	ID=cds.MS.gene025206.t1;Parent=MS.gene025206.t1
chr2.2	exon	46319224	46319290	46319224	ID=MS.gene025206.t1.exon2;Parent=MS.gene025206.t1
chr2.2	CDS	46319224	46319290	46319224	ID=cds.MS.gene025206.t1;Parent=MS.gene025206.t1
chr2.2	exon	46318871	46319065	46318871	ID=MS.gene025206.t1.exon3;Parent=MS.gene025206.t1
chr2.2	CDS	46318871	46319065	46318871	ID=cds.MS.gene025206.t1;Parent=MS.gene025206.t1
chr2.2	exon	46318501	46318601	46318501	ID=MS.gene025206.t1.exon4;Parent=MS.gene025206.t1
chr2.2	CDS	46318501	46318601	46318501	ID=cds.MS.gene025206.t1;Parent=MS.gene025206.t1
chr2.2	exon	46317177	46317230	46317177	ID=MS.gene025206.t1.exon5;Parent=MS.gene025206.t1
chr2.2	CDS	46317177	46317230	46317177	ID=cds.MS.gene025206.t1;Parent=MS.gene025206.t1
chr2.2	exon	46316228	46316344	46316228	ID=MS.gene025206.t1.exon6;Parent=MS.gene025206.t1
chr2.2	CDS	46316228	46316344	46316228	ID=cds.MS.gene025206.t1;Parent=MS.gene025206.t1
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Gene Sequence

>MS.gene025206

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Protein sequence

>MS.gene025206.t1

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