AlfalfaGEDB | MS.gene066574

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene066574

KEGG: K24997
GO: -
PFAM: PF01661.24 PF13716.9

Nr:

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MS.gene066574.t1	XP_003613998.1	97.3	557	15	0	292	848	4	560	0.00E+00	1095.9

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Swissprot:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene066574.t1	A7T167	37.7	491	269	9	348	831	27	487	9.2e-84	313.2

Showing 1 to 1 of 1 entries

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Trembl:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene066574.t1	G7JXV5	97.3	557	15	0	292	848	4	560	0.0e+00	1095.9

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Network:

Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
MS.gene049427	MS.gene066574	0.818471	1.93E-52	-1.69E-46
MS.gene049805	MS.gene066574	0.81193	5.47E-51	-1.69E-46
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MS.gene057011	MS.gene066574	0.815946	7.12E-52	-1.69E-46
MS.gene058019	MS.gene066574	0.815293	9.96E-52	-1.69E-46
MS.gene059455	MS.gene066574	0.806586	7.65E-50	-1.69E-46
MS.gene059960	MS.gene066574	0.819147	1.35E-52	-1.69E-46

Showing 1 to 8 of 8 entries

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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
No data available in table

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene066574.t1	MTR_5g043560	98.743	557	7	0	292	848	4	560	0.0	1143
MS.gene066574.t1	MTR_5g043560	98.321	536	9	0	292	827	4	539	0.0	1093
MS.gene066574.t1	MTR_4g082640	83.005	559	89	3	291	848	3	556	0.0	960
MS.gene066574.t1	MTR_5g043580	97.110	173	5	0	1	173	1	173	2.70e-116	350
MS.gene066574.t1	MTR_6g025065	72.840	81	20	1	557	637	76	154	1.15e-30	118
MS.gene066574.t1	MTR_4g008800	56.566	99	41	1	555	651	69	167	6.82e-25	103
MS.gene066574.t1	MTR_1g007640	35.465	172	96	6	354	514	42	209	6.52e-19	87.0

Showing 1 to 7 of 7 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene066574.t1	AT1G69340	78.919	555	115	1	296	848	8	562	0.0	919
MS.gene066574.t1	AT1G69340	78.919	555	115	1	296	848	8	562	0.0	919
MS.gene066574.t1	AT2G03420	74.038	104	27	0	69	172	63	166	2.24e-47	166
MS.gene066574.t1	AT2G40600	32.667	150	88	5	370	508	79	226	6.62e-15	76.3

Showing 1 to 4 of 4 entries

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Find 203 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAAAGGTTACAACAAATACT+TGG	0.536580	5.1:-32608353	MS.gene066574:CDS
AAACCTTGCAGGAAGGTCAT+AGG	0.455325	5.1:+32614359	None:intergenic
AAAGCTTCCTGCAGATGTTG+GGG	0.620045	5.1:-32611902	MS.gene066574:CDS
AAGATTTAAAGAGACACCCC+TGG	0.680049	5.1:-32622506	MS.gene066574:CDS
AAGCATTCTCTGCAGCAGTG+TGG	0.712836	5.1:+32613096	None:intergenic
AAGTCAATCTGAGGCAGCTC+AGG	0.441780	5.1:+32622679	None:intergenic
AAGTGATGAAACTAGTTTCT+TGG	0.301809	5.1:+32620631	None:intergenic
AATGAAAGATGGTAATGAAG+AGG	0.576236	5.1:+32623350	None:intergenic
ACAAAGCTTCCTGCAGATGT+TGG	0.477079	5.1:-32611904	MS.gene066574:CDS
ACAAAGTCCCCGTTGTCATC+AGG	0.444127	5.1:+32618434	None:intergenic

Showing 1 to 10 of 203 entries

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CRISPR-GE

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badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr5.1	gene	32606974	32623379	32606974	ID=MS.gene066574
chr5.1	mRNA	32606974	32623379	32606974	ID=MS.gene066574.t1;Parent=MS.gene066574
chr5.1	exon	32623175	32623379	32623175	ID=MS.gene066574.t1.exon1;Parent=MS.gene066574.t1
chr5.1	CDS	32623175	32623379	32623175	ID=cds.MS.gene066574.t1;Parent=MS.gene066574.t1
chr5.1	exon	32622662	32622751	32622662	ID=MS.gene066574.t1.exon2;Parent=MS.gene066574.t1
chr5.1	CDS	32622662	32622751	32622662	ID=cds.MS.gene066574.t1;Parent=MS.gene066574.t1
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chr5.1	exon	32620788	32620885	32620788	ID=MS.gene066574.t1.exon5;Parent=MS.gene066574.t1
chr5.1	CDS	32620788	32620885	32620788	ID=cds.MS.gene066574.t1;Parent=MS.gene066574.t1
chr5.1	exon	32620559	32620680	32620559	ID=MS.gene066574.t1.exon6;Parent=MS.gene066574.t1
chr5.1	CDS	32620559	32620680	32620559	ID=cds.MS.gene066574.t1;Parent=MS.gene066574.t1
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chr5.1	CDS	32612868	32612938	32612868	ID=cds.MS.gene066574.t1;Parent=MS.gene066574.t1
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chr5.1	CDS	32612118	32612211	32612118	ID=cds.MS.gene066574.t1;Parent=MS.gene066574.t1
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chr5.1	exon	32607735	32607826	32607735	ID=MS.gene066574.t1.exon22;Parent=MS.gene066574.t1
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chr5.1	exon	32606974	32607049	32606974	ID=MS.gene066574.t1.exon23;Parent=MS.gene066574.t1
chr5.1	CDS	32606974	32607049	32606974	ID=cds.MS.gene066574.t1;Parent=MS.gene066574.t1

Gene Sequence

>MS.gene066574

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