AlfalfaGEDB | MS.gene24952

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene24952

KEGG: K18660
GO: GO:0003674 GO:0003824
PFAM: PF00501.31 PF03101.18 PF10551.12 PF13193.9

Nr:

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MS.gene24952.t1	GAU51399.1	68.9	668	115	5	1	580	1	663	2.90E-254	888.6

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Swissprot:

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MS.gene24952.t1	Q8H151	67.1	484	134	5	631	1104	126	594	2.5e-182	641.0

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Trembl:

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MS.gene24952.t1	A0A2Z6PUD4	68.9	668	115	5	1	580	1	663	2.1e-254	888.6

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
MS.gene24952.t1	TF	FAR1

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Network:

Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
MS.gene049171	MS.gene24952	-0.808505	3.00E-50	-1.69E-46
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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
No data available in table

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene24952.t1	MTR_4g013210	92.473	465	24	3	631	1087	106	567	0.0	872
MS.gene24952.t1	MTR_4g013210	90.295	474	10	1	631	1104	106	543	0.0	871
MS.gene24952.t1	MTR_4g013210	92.184	435	23	3	678	1104	1	432	0.0	814
MS.gene24952.t1	MTR_4g011790	82.780	482	68	4	631	1104	111	585	0.0	811
MS.gene24952.t1	MTR_4g011790	82.780	482	68	4	631	1104	111	585	0.0	810
MS.gene24952.t1	MTR_4g011790	81.967	488	70	4	631	1104	111	594	0.0	808
MS.gene24952.t1	MTR_4g013210	89.227	427	10	1	678	1104	1	391	0.0	773
MS.gene24952.t1	MTR_4g013210	88.636	396	9	1	631	1026	106	465	0.0	709
MS.gene24952.t1	MTR_4g013210	90.028	351	20	3	631	971	106	451	0.0	640
MS.gene24952.t1	MTR_4g102720	71.856	167	14	1	1	167	1	134	5.19e-74	244

Showing 1 to 10 of 94 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene24952.t1	AT3G16170	67.010	485	135	5	630	1104	125	594	0.0	667
MS.gene24952.t1	AT4G38180	33.473	478	275	7	13	454	79	549	6.27e-77	270
MS.gene24952.t1	AT4G15090	28.782	476	298	8	13	454	57	525	5.68e-57	213
MS.gene24952.t1	AT4G15090	28.782	476	298	8	13	454	57	525	5.68e-57	213
MS.gene24952.t1	AT4G15090	28.782	476	298	8	13	454	57	525	5.68e-57	213
MS.gene24952.t1	AT4G15090	28.782	476	298	8	13	454	57	525	5.68e-57	213
MS.gene24952.t1	AT4G15090	28.782	476	298	8	13	454	57	525	5.68e-57	213
MS.gene24952.t1	AT3G22170	28.163	490	277	10	11	454	74	534	1.87e-54	205
MS.gene24952.t1	AT3G22170	28.163	490	277	10	11	454	74	534	1.87e-54	205
MS.gene24952.t1	AT1G76320	27.778	486	300	12	11	462	1	469	3.57e-49	187

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Find 219 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAAACCATTACCCGGAGTGC+AGG	0.524416	4.1:-82695364	MS.gene24952:intron
AAAACCTAGGGAAATCTTGG+TGG	0.558124	4.1:-82697864	MS.gene24952:intron
AAAAGGGAGAGGGGTATGGT+AGG	0.490815	4.1:-82703805	MS.gene24952:CDS
AAACATCTGAGACATACAAA+TGG	0.551888	4.1:-82703510	MS.gene24952:CDS
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AAAGTTGAACATTAAGAATA+TGG	0.247737	4.1:-82704067	MS.gene24952:CDS
AAATCACTGCTCCTCGATGG+TGG	0.607221	4.1:+82703557	None:intergenic
AACAAATTCAGCAGAGGGTT+TGG	0.342190	4.1:+82697821	None:intergenic
AACAGGTTGAGGAAGTGCAG+AGG	0.703474	4.1:+82695590	None:intergenic
AACGACTTATTGGCAACAGG+TGG	0.637281	4.1:+82697267	None:intergenic

Showing 1 to 10 of 219 entries

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CRISPR-GE

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badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr4.1	gene	82691298	82704334	82691298	ID=MS.gene24952
chr4.1	mRNA	82691298	82704334	82691298	ID=MS.gene24952.t1;Parent=MS.gene24952
chr4.1	exon	82703462	82704334	82703462	ID=MS.gene24952.t1.exon1;Parent=MS.gene24952.t1
chr4.1	CDS	82703462	82704334	82703462	ID=cds.MS.gene24952.t1;Parent=MS.gene24952.t1
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chr4.1	CDS	82702894	82703375	82702894	ID=cds.MS.gene24952.t1;Parent=MS.gene24952.t1
chr4.1	exon	82702756	82702819	82702756	ID=MS.gene24952.t1.exon3;Parent=MS.gene24952.t1
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chr4.1	CDS	82702271	82702684	82702271	ID=cds.MS.gene24952.t1;Parent=MS.gene24952.t1
chr4.1	exon	82701847	82701903	82701847	ID=MS.gene24952.t1.exon5;Parent=MS.gene24952.t1
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chr4.1	exon	82697187	82697376	82697187	ID=MS.gene24952.t1.exon7;Parent=MS.gene24952.t1
chr4.1	CDS	82697187	82697376	82697187	ID=cds.MS.gene24952.t1;Parent=MS.gene24952.t1
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chr4.1	CDS	82691298	82691351	82691298	ID=cds.MS.gene24952.t1;Parent=MS.gene24952.t1

Gene Sequence

>MS.gene24952

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Protein sequence

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