AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0280008396.01

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MsG0280008396.01.T02 AT5G39130 41.089 202 113 3 1 196 19 220 1.03e-42 143
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MsG0280008396.01.T02 AT5G39150 41.270 189 104 3 12 193 29 217 9.89e-40 135
MsG0280008396.01.T02 AT5G39180 41.270 189 104 3 12 193 29 217 1.51e-39 135
MsG0280008396.01.T02 AT5G38940 47.020 151 76 2 12 158 32 182 8.83e-39 133
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MsG0280008396.01.T02 AT5G38940 47.020 151 76 2 12 158 56 206 1.69e-38 133
MsG0280008396.01.T02 AT1G02335 36.898 187 116 1 12 196 30 216 1.86e-38 132
MsG0280008396.01.T02 AT3G04150 41.026 195 107 4 12 199 32 225 1.94e-38 132
MsG0280008396.01.T02 AT5G38930 41.176 187 104 3 12 192 32 218 2.77e-38 132
MsG0280008396.01.T02 AT3G62020 36.082 194 121 2 2 192 19 212 3.07e-38 131
MsG0280008396.01.T02 AT3G04150 41.341 179 100 2 26 199 60 238 7.39e-38 131
MsG0280008396.01.T02 AT3G05930 40.099 202 112 3 1 193 12 213 1.03e-37 130
MsG0280008396.01.T02 AT1G18970 39.891 183 106 2 12 192 35 215 1.22e-37 130
MsG0280008396.01.T02 AT5G26700 37.500 192 119 1 1 192 16 206 1.47e-37 129
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MsG0280008396.01.T02 AT5G38910 45.304 181 83 4 3 171 17 193 5.62e-37 128
MsG0280008396.01.T02 AT3G10080 38.587 184 107 2 1 179 21 203 9.25e-37 128
MsG0280008396.01.T02 AT3G04180 38.916 203 114 6 1 195 21 221 9.53e-37 127
MsG0280008396.01.T02 AT3G04190 37.624 202 118 4 1 195 21 221 1.40e-36 127
MsG0280008396.01.T02 AT1G09560 44.444 162 90 0 12 173 30 191 3.04e-36 126
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MsG0280008396.01.T02 AT3G10080 38.587 184 107 2 1 179 92 274 7.09e-36 127
MsG0280008396.01.T02 AT3G62020 37.647 170 103 2 26 192 14 183 7.69e-36 124
MsG0280008396.01.T02 AT4G14630 38.830 188 108 3 12 192 32 219 1.09e-34 122
MsG0280008396.01.T02 AT3G04170 38.614 202 113 5 1 195 21 218 3.60e-34 121
MsG0280008396.01.T02 AT1G74820 36.612 183 112 2 12 192 42 222 3.65e-31 113
MsG0280008396.01.T02 AT1G10460 36.932 176 107 3 26 197 42 217 6.72e-31 112
MsG0280008396.01.T02 AT5G38910 35.196 179 67 4 3 171 17 156 9.03e-18 77.8
MsG0280008396.01.T04 AT5G20630 66.845 187 62 0 1 187 24 210 7.26e-88 257
MsG0280008396.01.T04 AT1G72610 64.362 188 67 0 1 188 21 208 1.05e-83 246
MsG0280008396.01.T04 AT3G04200 46.354 192 95 5 1 185 33 223 1.09e-44 148
MsG0280008396.01.T04 AT5G39160 43.158 190 100 3 1 185 30 216 4.42e-44 146
MsG0280008396.01.T04 AT5G39190 43.455 191 102 3 1 185 30 220 3.51e-43 144
MsG0280008396.01.T04 AT5G39160 43.455 191 102 3 1 185 30 220 3.63e-43 144
MsG0280008396.01.T04 AT5G39130 42.932 191 103 3 1 185 30 220 1.07e-42 142
MsG0280008396.01.T04 AT3G05950 43.617 188 100 3 1 182 32 219 6.79e-42 140
MsG0280008396.01.T04 AT5G39110 42.328 189 102 3 1 182 30 218 7.92e-42 140
MsG0280008396.01.T04 AT5G38960 41.327 196 100 5 1 185 32 223 1.51e-40 137
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MsG0280008396.01.T04 AT5G39180 41.270 189 104 3 1 182 29 217 1.49e-39 134
MsG0280008396.01.T04 AT5G38940 47.020 151 76 2 1 147 32 182 7.85e-39 132
MsG0280008396.01.T04 AT1G18980 40.984 183 104 2 1 181 35 215 1.35e-38 132
MsG0280008396.01.T04 AT5G38940 47.020 151 76 2 1 147 56 206 1.49e-38 132
MsG0280008396.01.T04 AT1G02335 36.898 187 116 1 1 185 30 216 1.65e-38 132
MsG0280008396.01.T04 AT3G04150 41.026 195 107 4 1 188 32 225 2.14e-38 132
MsG0280008396.01.T04 AT5G38930 41.176 187 104 3 1 181 32 218 2.41e-38 131
MsG0280008396.01.T04 AT3G62020 37.500 184 112 2 1 181 29 212 4.69e-38 130
MsG0280008396.01.T04 AT3G04150 41.341 179 100 2 15 188 60 238 8.79e-38 130
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MsG0280008396.01.T04 AT5G61750 44.361 133 74 0 15 147 41 173 3.35e-37 128
MsG0280008396.01.T04 AT1G09560 44.444 162 90 0 1 162 30 191 2.24e-36 126
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MsG0280008396.01.T04 AT3G62020 37.647 170 103 2 15 181 14 183 7.85e-36 124
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MsG0280008396.01.T06 AT5G39160 43.750 176 94 2 1 171 41 216 3.42e-43 143
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MsG0280008396.01.T06 AT5G38930 41.520 171 96 2 1 167 48 218 2.31e-36 126
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MsG0280008396.01.T06 AT3G10080 43.046 151 85 1 4 154 54 203 8.40e-36 124
MsG0280008396.01.T06 AT3G62020 37.647 170 103 2 1 167 43 212 1.30e-35 124
MsG0280008396.01.T06 AT5G38910 46.622 148 77 1 1 146 46 193 2.97e-35 123
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MsG0280008396.01.T06 AT3G05930 42.105 171 96 2 1 168 43 213 5.59e-35 122
MsG0280008396.01.T06 AT3G10080 43.046 151 85 1 4 154 125 274 8.05e-35 124
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MsG0280008396.01.T06 AT1G09560 45.270 148 81 0 1 148 44 191 1.31e-34 121
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MsG0280008396.01.T06 AT3G04170 40.571 175 96 3 1 170 47 218 4.42e-34 120
MsG0280008396.01.T06 AT1G10460 36.932 176 107 3 1 172 42 217 3.17e-31 112
MsG0280008396.01.T06 AT1G74820 35.503 169 105 2 1 167 56 222 9.59e-27 101
MsG0280008396.01.T06 AT5G38910 34.247 146 61 1 1 146 46 156 3.27e-16 72.8

Find 46 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 52 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TAGAACGACCAACATTAATT+TGG 0.178448 2:+30633839 None:intergenic
TAATCCTCGTTTACAGATAT+TGG 0.259615 2:-30633785 MsG0280008396.01.T01:CDS
GAAGTATTGGTTGTTATTAA+AGG 0.278056 2:-30633961 MsG0280008396.01.T01:CDS
AAGAAGCTTAAGGGTGTTCT+TGG 0.328993 2:-30633688 MsG0280008396.01.T01:CDS
GAATATCCAGCCGGGCCATT+TGG 0.346876 2:+30634192 None:intergenic
AAGGGTGTTCTTGGAGGTAG+TGG 0.422600 2:-30633679 MsG0280008396.01.T01:CDS
TCACAATTTCCCGGTGTAAA+CGG 0.422953 2:-30634060 MsG0280008396.01.T01:CDS
CCCCGGTGCTTCGGAAGTAT+TGG 0.434736 2:-30633974 MsG0280008396.01.T01:CDS
TTTCCCGGTGTAAACGGTCT+TGG 0.446321 2:-30634054 MsG0280008396.01.T01:CDS
AATGCACCAAATGGCCCGGC+TGG 0.461203 2:-30634198 MsG0280008396.01.T01:CDS
AACCAATACTTCCGAAGCAC+CGG 0.468211 2:+30633972 None:intergenic
TCACACACACCCCGGTGCTT+CGG 0.471434 2:-30633983 MsG0280008396.01.T01:CDS
GCATTAGACTCACAATTTCC+CGG 0.483529 2:-30634069 MsG0280008396.01.T01:CDS
AGCTATATCTAAACGCGCAA+TGG 0.486272 2:+30634026 None:intergenic
AAGCTTAAGGGTGTTCTTGG+AGG 0.489760 2:-30633685 MsG0280008396.01.T01:CDS
TGCTGTAGTGAAGAAGCTTA+AGG 0.492145 2:-30633698 MsG0280008396.01.T01:CDS
ATTAAAGGAACAATCAGTGC+TGG 0.495019 2:-30633946 MsG0280008396.01.T01:CDS
TACCACGGCCTAGCCACAGC+TGG 0.495358 2:-30634129 MsG0280008396.01.T01:CDS
AGCGGCTTTGATAATGTTTG+TGG 0.500309 2:+30634101 None:intergenic
GCTGTAGTGAAGAAGCTTAA+GGG 0.505860 2:-30633697 MsG0280008396.01.T01:CDS
GTGAATGACTTCTTCTACCA+CGG 0.510060 2:-30634144 MsG0280008396.01.T01:CDS
TGGTGTTTCCAGCTGTGGCT+AGG 0.516700 2:+30634121 None:intergenic
TTCCAGCTGTGGCTAGGCCG+TGG 0.519147 2:+30634127 None:intergenic
GTTTGTGGTGTTTCCAGCTG+TGG 0.520280 2:+30634116 None:intergenic
TTGCATTTCCAAATTAATGT+TGG 0.524060 2:-30633847 MsG0280008396.01.T01:CDS
ACCAATACTTCCGAAGCACC+GGG 0.531532 2:+30633973 None:intergenic
GCAGATTACAATGCACCAAA+TGG 0.532463 2:-30634207 MsG0280008396.01.T01:CDS
AAGGTAAACAACATTGTCAG+AGG 0.569703 2:+30633915 None:intergenic
TTACAATGCACCAAATGGCC+CGG 0.571769 2:-30634202 MsG0280008396.01.T01:CDS
ATTCCAAGACCGTTTACACC+GGG 0.600502 2:+30634051 None:intergenic
GGTTTGCAAGAATATCCAGC+CGG 0.602375 2:+30634183 None:intergenic
TGGAAATGCAACAACCCTTG+TGG 0.605201 2:+30633859 None:intergenic
TACCTTAAAACACTTCACAA+AGG 0.608858 2:-30633898 MsG0280008396.01.T01:CDS
GTGGTAGAAGAAGTCATTCA+CGG 0.609737 2:+30634146 None:intergenic
TGCTACGCAGAAATCTACTA+CGG 0.612239 2:+30634227 None:intergenic
GATTCCAAGACCGTTTACAC+CGG 0.616073 2:+30634050 None:intergenic
GCACCGGGGTGTGTGTGAAG+TGG 0.618194 2:+30633988 None:intergenic
GTTTGCAAGAATATCCAGCC+GGG 0.622259 2:+30634184 None:intergenic
GTCTAATGCGGTGGTAACAG+CGG 0.634535 2:+30634083 None:intergenic
ATTCCACTTCACACACACCC+CGG 0.641125 2:-30633991 MsG0280008396.01.T01:CDS
GCGCGTTTAGATATAGCTGT+CGG 0.657018 2:-30634021 MsG0280008396.01.T01:CDS
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GGGAAATTGTGAGTCTAATG+CGG 0.678656 2:+30634071 None:intergenic
AAATTGTGAGTCTAATGCGG+TGG 0.693385 2:+30634074 None:intergenic
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CCAATACTTCCGAAGCACCG+GGG 0.761220 2:+30633974 None:intergenic

CRISPR-GE

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! TTGCATTTCCAAATTAATGT+TGG - Chr2:30634110-30634129 MsG0280008396.01.T01:CDS 25.0%
!! ATGTTATGATTTTTCCACAA+GGG - Chr2:30634084-30634103 MsG0280008396.01.T01:CDS 25.0%
!!! GAAGTATTGGTTGTTATTAA+AGG - Chr2:30633996-30634015 MsG0280008396.01.T01:CDS 25.0%
TAATCCAATATCTGTAAACG+AGG + Chr2:30634179-30634198 None:intergenic 30.0%
TAATCCTCGTTTACAGATAT+TGG - Chr2:30634172-30634191 MsG0280008396.01.T01:CDS 30.0%
TACCTTAAAACACTTCACAA+AGG - Chr2:30634059-30634078 MsG0280008396.01.T01:CDS 30.0%
TAGAACGACCAACATTAATT+TGG + Chr2:30634121-30634140 None:intergenic 30.0%
! GATGTTATGATTTTTCCACA+AGG - Chr2:30634083-30634102 MsG0280008396.01.T01:CDS 30.0%
!! GTTTTAGTAATCAACTCAGT+TGG + Chr2:30634224-30634243 None:intergenic 30.0%
AAGGTAAACAACATTGTCAG+AGG + Chr2:30634045-30634064 None:intergenic 35.0%
ATTAAAGGAACAATCAGTGC+TGG - Chr2:30634011-30634030 MsG0280008396.01.T01:CDS 35.0%
!! CACCTTTGTGAAGTGTTTTA+AGG + Chr2:30634064-30634083 None:intergenic 35.0%
!!! TCATTCACGGTTACTTTTGA+TGG + Chr2:30633801-30633820 None:intergenic 35.0%
AAATTGTGAGTCTAATGCGG+TGG + Chr2:30633886-30633905 None:intergenic 40.0%
AGCTATATCTAAACGCGCAA+TGG + Chr2:30633934-30633953 None:intergenic 40.0%
GCAGATTACAATGCACCAAA+TGG - Chr2:30633750-30633769 MsG0280008396.01.T01:CDS 40.0%
GCATTAGACTCACAATTTCC+CGG - Chr2:30633888-30633907 MsG0280008396.01.T01:CDS 40.0%
GCTGTAGTGAAGAAGCTTAA+GGG - Chr2:30634260-30634279 MsG0280008396.01.T01:CDS 40.0%
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GTGGTAGAAGAAGTCATTCA+CGG + Chr2:30633814-30633833 None:intergenic 40.0%
TCACAATTTCCCGGTGTAAA+CGG - Chr2:30633897-30633916 MsG0280008396.01.T01:CDS 40.0%
TGCTACGCAGAAATCTACTA+CGG + Chr2:30633733-30633752 None:intergenic 40.0%
TGCTGTAGTGAAGAAGCTTA+AGG - Chr2:30634259-30634278 MsG0280008396.01.T01:CDS 40.0%
!! AAGAAGCTTAAGGGTGTTCT+TGG - Chr2:30634269-30634288 MsG0280008396.01.T01:CDS 40.0%
!! AGCGGCTTTGATAATGTTTG+TGG + Chr2:30633859-30633878 None:intergenic 40.0%
!!! TTCACGGTTACTTTTGATGG+TGG + Chr2:30633798-30633817 None:intergenic 40.0%
AACCAATACTTCCGAAGCAC+CGG + Chr2:30633988-30634007 None:intergenic 45.0%
ATTCCAAGACCGTTTACACC+GGG + Chr2:30633909-30633928 None:intergenic 45.0%
CGTTTAGATATAGCTGTCGG+TGG - Chr2:30633939-30633958 MsG0280008396.01.T01:CDS 45.0%
GATTCCAAGACCGTTTACAC+CGG + Chr2:30633910-30633929 None:intergenic 45.0%
GCGCGTTTAGATATAGCTGT+CGG - Chr2:30633936-30633955 MsG0280008396.01.T01:CDS 45.0%
GGTTTGCAAGAATATCCAGC+CGG + Chr2:30633777-30633796 None:intergenic 45.0%
GTTTGCAAGAATATCCAGCC+GGG + Chr2:30633776-30633795 None:intergenic 45.0%
TGGAAATGCAACAACCCTTG+TGG + Chr2:30634101-30634120 None:intergenic 45.0%
TTACAATGCACCAAATGGCC+CGG - Chr2:30633755-30633774 MsG0280008396.01.T01:CDS 45.0%
!! AAGCTTAAGGGTGTTCTTGG+AGG - Chr2:30634272-30634291 MsG0280008396.01.T01:CDS 45.0%
ATTCCACTTCACACACACCC+CGG - Chr2:30633966-30633985 MsG0280008396.01.T01:CDS 50.0%
GTCTAATGCGGTGGTAACAG+CGG + Chr2:30633877-30633896 None:intergenic 50.0%
GTTTGTGGTGTTTCCAGCTG+TGG + Chr2:30633844-30633863 None:intergenic 50.0%
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! ACCAATACTTCCGAAGCACC+GGG + Chr2:30633987-30634006 None:intergenic 50.0%
!! AAGGGTGTTCTTGGAGGTAG+TGG - Chr2:30634278-30634297 MsG0280008396.01.T01:CDS 50.0%
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!! CCAATACTTCCGAAGCACCG+GGG + Chr2:30633986-30634005 None:intergenic 55.0%
AATGCACCAAATGGCCCGGC+TGG - Chr2:30633759-30633778 MsG0280008396.01.T01:CDS 60.0%
TCACACACACCCCGGTGCTT+CGG - Chr2:30633974-30633993 MsG0280008396.01.T01:CDS 60.0%
! CCCCGGTGCTTCGGAAGTAT+TGG - Chr2:30633983-30634002 MsG0280008396.01.T01:CDS 60.0%
GCACCGGGGTGTGTGTGAAG+TGG + Chr2:30633972-30633991 None:intergenic 65.0%
TACCACGGCCTAGCCACAGC+TGG - Chr2:30633828-30633847 MsG0280008396.01.T01:CDS 65.0%
TTCCAGCTGTGGCTAGGCCG+TGG + Chr2:30633833-30633852 None:intergenic 65.0%
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