AlfalfaGEDB | MS.gene027058

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene027058

KEGG: K13111
GO: GO:0003674 GO:0005488 GO:0005515
PFAM: PF00400.35 PF17814.4

Nr:

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MS.gene027058.t1	XP_003600112.1	99.2	481	4	0	1	481	1	481	2.00E-204	721.8

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Swissprot:

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MS.gene027058.t1	Q8W117	86.6	477	63	1	4	480	3	478	2.8e-170	599.7

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Trembl:

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MS.gene027058.t1	G7IY21	99.2	481	4	0	1	481	1	481	1.5e-204	721.8

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
No data available in table

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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
MS.gene006454	MS.gene027058	PPI
MS.gene01255	MS.gene027058	PPI
MS.gene016298	MS.gene027058	PPI
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MS.gene026562	MS.gene027058	PPI

Showing 1 to 10 of 106 entries

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MS.gene027058.t1	MTR_3g052220	99.584	481	2	0	1	481	1	481	0.0	1005
MS.gene027058.t1	MTR_4g119620	30.455	220	123	6	222	432	86	284	1.56e-22	98.6
MS.gene027058.t1	MTR_4g119620	30.583	206	124	5	212	414	118	307	2.24e-20	92.4
MS.gene027058.t1	MTR_4g119620	24.893	233	155	5	254	476	17	239	7.46e-16	79.0
MS.gene027058.t1	MTR_1g072140	26.070	257	172	5	218	472	31	271	6.81e-20	90.9
MS.gene027058.t1	MTR_1g072140	29.534	193	119	4	219	408	116	294	7.01e-19	87.8
MS.gene027058.t1	MTR_1g072140	34.940	83	54	0	306	388	26	108	5.23e-11	64.3
MS.gene027058.t1	MTR_3g106080	32.298	161	100	2	221	381	468	619	3.23e-18	88.2
MS.gene027058.t1	MTR_3g106080	28.313	166	110	3	219	384	424	580	9.98e-12	67.8
MS.gene027058.t1	MTR_2g012630	29.508	183	118	3	202	384	48	219	2.41e-17	85.9

Showing 1 to 10 of 53 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene027058.t1	AT1G73720	85.744	477	67	1	4	480	3	478	0.0	880
MS.gene027058.t1	AT3G49660	31.461	178	111	2	211	385	110	279	1.83e-23	101
MS.gene027058.t1	AT3G49660	32.934	167	102	3	222	387	79	236	1.15e-22	99.0
MS.gene027058.t1	AT3G49660	29.439	214	144	5	221	431	31	240	2.48e-20	92.0
MS.gene027058.t1	AT3G49660	30.935	139	90	2	254	387	14	151	3.57e-16	79.7
MS.gene027058.t1	AT4G02730	25.940	266	176	6	212	473	41	289	8.60e-21	93.6
MS.gene027058.t1	AT4G02730	28.033	239	160	6	245	481	24	252	1.89e-17	84.0
MS.gene027058.t1	AT1G11160	28.090	178	119	2	212	389	14	182	2.33e-18	89.0
MS.gene027058.t1	AT1G11160	28.090	178	119	2	212	389	56	224	2.44e-18	89.0
MS.gene027058.t1	AT1G11160	28.090	178	119	2	212	389	56	224	2.55e-18	89.0

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Find 99 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAAACTAACTCACTTCTGCC+TGG	0.560939	3.3:+43401045	None:intergenic
AAAAGACATACCCTTAAAGG+AGG	0.581562	3.3:+43397543	None:intergenic
AAAGCCATTAATCGGGAAGG+TGG	0.634806	3.3:+43403908	None:intergenic
AAATCAAACTGTGTTCCAGG+AGG	0.700624	3.3:+43403059	None:intergenic
AAATCCTCCAACGTATTCCT+AGG	0.497474	3.3:+43406119	None:intergenic
AACAAATCAAACTGTGTTCC+AGG	0.417337	3.3:+43403056	None:intergenic
AACAATGTGTTCAGTATTCT+TGG	0.269560	3.3:+43397389	None:intergenic
AACATTCATGATGCATGATG+AGG	0.666174	3.3:-43400538	MS.gene027058:CDS
AACTCACTTCTGCCTGGTAC+TGG	0.439927	3.3:+43401051	None:intergenic
AAGATGTTGAAAGAGTTTCG+TGG	0.666526	3.3:-43397782	MS.gene027058:CDS

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CRISPR-GE

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badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr3.3	gene	43395802	43406462	43395802	ID=MS.gene027058
chr3.3	mRNA	43395802	43406462	43395802	ID=MS.gene027058.t1;Parent=MS.gene027058
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chr3.3	CDS	43406434	43406462	43406434	ID=cds.MS.gene027058.t1;Parent=MS.gene027058.t1
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chr3.3	CDS	43404509	43404661	43404509	ID=cds.MS.gene027058.t1;Parent=MS.gene027058.t1
chr3.3	exon	43404295	43404343	43404295	ID=MS.gene027058.t1.exon4;Parent=MS.gene027058.t1
chr3.3	CDS	43404295	43404343	43404295	ID=cds.MS.gene027058.t1;Parent=MS.gene027058.t1
chr3.3	exon	43403873	43403956	43403873	ID=MS.gene027058.t1.exon5;Parent=MS.gene027058.t1
chr3.3	CDS	43403873	43403956	43403873	ID=cds.MS.gene027058.t1;Parent=MS.gene027058.t1
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chr3.3	CDS	43402986	43403089	43402986	ID=cds.MS.gene027058.t1;Parent=MS.gene027058.t1
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chr3.3	CDS	43396435	43396535	43396435	ID=cds.MS.gene027058.t1;Parent=MS.gene027058.t1
chr3.3	exon	43395802	43395853	43395802	ID=MS.gene027058.t1.exon15;Parent=MS.gene027058.t1
chr3.3	CDS	43395802	43395853	43395802	ID=cds.MS.gene027058.t1;Parent=MS.gene027058.t1

Gene Sequence

>MS.gene027058

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