AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene042859

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
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AATTTGTCAACTTACACAAT+TGG 0.340149 6.3:-66606038 None:intergenic
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GATAATATGCTTTCATGTCA+TGG 0.509905 6.3:-66602427 None:intergenic
AATCAACCTTCTTGTTCTCA+AGG 0.512925 6.3:-66603082 None:intergenic
GGAAAATCAGTATTAGAGCT+TGG 0.514113 6.3:+66599882 MS.gene042859:CDS
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CATAGAGTAAGATATCTTTG+TGG 0.519852 6.3:-66601523 None:intergenic
ACTGACTATTGCAAAAGTGT+TGG 0.520445 6.3:+66602353 MS.gene042859:CDS
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CTAGCTATCGAACGTGCCAT+CGG 0.524887 6.3:+66602070 MS.gene042859:CDS
AAGCAGATGAGAGGTGTAGC+TGG 0.525626 6.3:+66603570 MS.gene042859:CDS
GGAATTCGTCTTACTATCAA+AGG 0.526521 6.3:+66605780 MS.gene042859:CDS
GGTCATGGCTTTGTGAGCAC+AGG 0.527127 6.3:+66601557 MS.gene042859:CDS
CCAAACTTGCATATTTCTGA+AGG 0.528360 6.3:+66600348 MS.gene042859:CDS
CATTGAGAGTGCAATAAAGA+AGG 0.534730 6.3:+66599971 MS.gene042859:CDS
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GTTCCAAACAATTTGACCCA+AGG 0.547481 6.3:+66604564 MS.gene042859:intron
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CCTTACTTTGATGTGTAACA+AGG 0.551412 6.3:-66602182 None:intergenic
AATTAATTCACAACAAGCCA+GGG 0.551636 6.3:+66604607 MS.gene042859:CDS
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ATCAACCTTCTTGTTCTCAA+GGG 0.563447 6.3:-66603081 None:intergenic
TTAAATCACAAGATGATAGA+GGG 0.564358 6.3:+66601468 MS.gene042859:CDS
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ACATTACTCAAGACACTCAA+CGG 0.572632 6.3:+66609061 MS.gene042859:CDS
CTCTCTGATTCAAACAACTC+AGG 0.572820 6.3:+66609792 MS.gene042859:CDS
CATGTATCTTTCGGATGAAG+AGG 0.574088 6.3:+66600404 MS.gene042859:CDS
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ATTCTTGAGCAGAAACAACA+AGG 0.575658 6.3:+66601906 MS.gene042859:intron
TGAAATTGTTGAAAGATGGA+AGG 0.578969 6.3:+66603545 MS.gene042859:CDS
AAATGCCCTTGAGAACAAGA+AGG 0.581850 6.3:+66603076 MS.gene042859:CDS
TGTCATATGAGTGATGGTAA+TGG 0.587135 6.3:+66601237 MS.gene042859:CDS
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GTCAATTGACTGAATTGGAA+CGG 0.594873 6.3:-66609713 None:intergenic
CTGAGTTGTTTGAATCAGAG+AGG 0.598260 6.3:-66609791 None:intergenic
AAAGTACTAGATGTTGGTTG+TGG 0.613287 6.3:+66601965 MS.gene042859:CDS
AAGACCAATACCTCCAGAGA+TGG 0.615303 6.3:+66609029 MS.gene042859:CDS
TACTGCGTATTTGAGTCCGA+TGG 0.618295 6.3:-66602086 None:intergenic
GAGAAATCATGTTTATGGAG+AGG 0.618544 6.3:-66602048 None:intergenic
AAGATGATAGAGGGTTTCAA+CGG 0.629674 6.3:+66601477 MS.gene042859:CDS
TGGAAGGCTAAGCAGATGAG+AGG 0.635467 6.3:+66603561 MS.gene042859:CDS
GGATACTAATATCTGCCCCA+TGG 0.642183 6.3:-66608453 None:intergenic
TTCTTGAGCAGAAACAACAA+GGG 0.645125 6.3:+66601907 MS.gene042859:intron
GCAAAGTTAGGACTAAAGCC+AGG 0.647033 6.3:+66601938 MS.gene042859:CDS
TCCCACAAGAGAAAGCTCAA+AGG 0.650134 6.3:-66601265 None:intergenic
TAAAAGATGACCATCTCTGG+AGG 0.667639 6.3:-66609039 None:intergenic
AATTTGGAAGCAATGAAACA+AGG 0.668190 6.3:+66596390 MS.gene042859:CDS
TATAAGTGGTTGAAGCCTGG+AGG 0.668799 6.3:+66602317 MS.gene042859:CDS
GGTTCGTGGTGGATCAGCTG+GGG 0.668949 6.3:+66605980 MS.gene042859:intron
TAAATCACTATCAGCAACGA+CGG 0.674898 6.3:+66608879 MS.gene042859:CDS
GATCGGTTCGGGTACAACAG+AGG 0.685244 6.3:+66607878 MS.gene042859:CDS
GAACAGGAAAAGGACAGTTG+AGG 0.695171 6.3:+66607839 MS.gene042859:intron
ATTAATTCACAACAAGCCAG+GGG 0.703046 6.3:+66604608 MS.gene042859:CDS
AATTGACTGAATTGGAACGG+CGG 0.715290 6.3:-66609710 None:intergenic
TTGACTGTAGATATAACACG+TGG 0.715438 6.3:+66608847 MS.gene042859:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr6.3 gene 66596384 66609837 66596384 ID=MS.gene042859
chr6.3 mRNA 66596384 66609837 66596384 ID=MS.gene042859.t1;Parent=MS.gene042859
chr6.3 exon 66596384 66596411 66596384 ID=MS.gene042859.t1.exon1;Parent=MS.gene042859.t1
chr6.3 CDS 66596384 66596411 66596384 ID=cds.MS.gene042859.t1;Parent=MS.gene042859.t1
chr6.3 exon 66596584 66596705 66596584 ID=MS.gene042859.t1.exon2;Parent=MS.gene042859.t1
chr6.3 CDS 66596584 66596705 66596584 ID=cds.MS.gene042859.t1;Parent=MS.gene042859.t1
chr6.3 exon 66599855 66599992 66599855 ID=MS.gene042859.t1.exon3;Parent=MS.gene042859.t1
chr6.3 CDS 66599855 66599992 66599855 ID=cds.MS.gene042859.t1;Parent=MS.gene042859.t1
chr6.3 exon 66600288 66600425 66600288 ID=MS.gene042859.t1.exon4;Parent=MS.gene042859.t1
chr6.3 CDS 66600288 66600425 66600288 ID=cds.MS.gene042859.t1;Parent=MS.gene042859.t1
chr6.3 exon 66600774 66600917 66600774 ID=MS.gene042859.t1.exon5;Parent=MS.gene042859.t1
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