AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0580027201.01

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
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GGCTAGAGATGCTGTGATTC+TGG 0.356640 5:+56017346 MsG0580027201.01.T01:CDS
TGTAGGTTGGTGGACCATAT+TGG 0.381231 5:+56017454 MsG0580027201.01.T01:intron
ATTCCCAAATTTCTTTATCA+AGG 0.393262 5:+56017570 MsG0580027201.01.T01:CDS
GTAGGTTGGTGGACCATATT+GGG 0.400494 5:+56017455 MsG0580027201.01.T01:intron
TTATAGTGGACTGTTTAGAT+AGG 0.418201 5:+56017685 MsG0580027201.01.T01:CDS
AGGCCTATCAGTCACGGATA+TGG 0.421834 5:+56017590 MsG0580027201.01.T01:CDS
CAACCATATCCGTGACTGAT+AGG 0.423843 5:-56017593 None:intergenic
GGAGAAGTGTATCTTATCAT+AGG 0.444302 5:+56017658 MsG0580027201.01.T01:CDS
ACGGATATGGTTGCCCTTGT+CGG 0.453404 5:+56017603 MsG0580027201.01.T01:CDS
TTATCATAGGAAATTTATAG+TGG 0.458232 5:+56017671 MsG0580027201.01.T01:CDS
CCCACAGGAACATCCCAATA+TGG 0.467663 5:-56017468 None:intergenic
AACTTGATGTTATGTGTTCA+GGG 0.470272 5:+56017155 None:intergenic
TAGTGGACTGTTTAGATAGG+TGG 0.509643 5:+56017688 MsG0580027201.01.T01:CDS
ATAGAAACGAGGCTTTCATC+AGG 0.521429 5:-56017546 None:intergenic
ACGAGGCTTTCATCAGGTGT+TGG 0.523953 5:-56017540 None:intergenic
ATCAGGTGTTGGAAGATTGG+TGG 0.526275 5:-56017529 None:intergenic
TCAGCACAAGAAACAACTCC+AGG 0.529028 5:-56017308 None:intergenic
TTTGTTGAATCAGAGTGCCC+TGG 0.544131 5:+56017290 MsG0580027201.01.T01:CDS
TGTTCAGGGTTGCGATGGAT+CGG 0.545298 5:+56017169 MsG0580027201.01.T01:CDS
TGCTGATATTCTCACAATTG+CGG 0.553704 5:+56017325 MsG0580027201.01.T01:CDS
TTATGTGTTCAGGGTTGCGA+TGG 0.568814 5:+56017164 MsG0580027201.01.T01:CDS
ATTGGGATGTTCCTGTGGGA+AGG 0.579787 5:+56017472 MsG0580027201.01.T01:CDS
ACCATATTGGGATGTTCCTG+TGG 0.584136 5:+56017467 MsG0580027201.01.T01:CDS
TTATCAAGGCCTATCAGTCA+CGG 0.585184 5:+56017584 MsG0580027201.01.T01:CDS
ACAGAATCTTTCCTTCCCAC+AGG 0.589625 5:-56017483 None:intergenic
TGATAAGAACATACCGACAA+GGG 0.630605 5:-56017616 None:intergenic
ATGATAAGAACATACCGACA+AGG 0.669642 5:-56017617 None:intergenic
CCATATTGGGATGTTCCTGT+GGG 0.672124 5:+56017468 MsG0580027201.01.T01:CDS
CAGCACAAGAAACAACTCCA+GGG 0.694829 5:-56017307 None:intergenic
ATTTGGGAATGATAGAAACG+AGG 0.698846 5:-56017557 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TTATCATAGGAAATTTATAG+TGG + Chr5:56017671-56017690 MsG0580027201.01.T01:CDS 20.0%
! ATTCCCAAATTTCTTTATCA+AGG + Chr5:56017570-56017589 MsG0580027201.01.T01:CDS 25.0%
! CCAATAACTTATATAAGACA+AGG - Chr5:56017404-56017423 None:intergenic 25.0%
! CCTTGTCTTATATAAGTTAT+TGG + Chr5:56017401-56017420 MsG0580027201.01.T01:intron 25.0%
!!! CATTGATTTACAACTTAGAT+AGG + Chr5:56017637-56017656 MsG0580027201.01.T01:CDS 25.0%
AGGCCTTGATAAAGAAATTT+GGG - Chr5:56017576-56017595 None:intergenic 30.0%
GATGATACATACACACTTAA+AGG + Chr5:56017200-56017219 MsG0580027201.01.T01:CDS 30.0%
TAGGCCTTGATAAAGAAATT+TGG - Chr5:56017577-56017596 None:intergenic 30.0%
!! CTTTGTCCTTTGATTTTTGT+AGG + Chr5:56017437-56017456 MsG0580027201.01.T01:intron 30.0%
!! TTATAGTGGACTGTTTAGAT+AGG + Chr5:56017685-56017704 MsG0580027201.01.T01:CDS 30.0%
!! TTTCAAAGCCTTTTAAAGAG+TGG - Chr5:56017250-56017269 None:intergenic 30.0%
ACCAACATCCACTCTTTAAA+AGG + Chr5:56017239-56017258 MsG0580027201.01.T01:CDS 35.0%
ATGATAAGAACATACCGACA+AGG - Chr5:56017620-56017639 None:intergenic 35.0%
ATTTGGGAATGATAGAAACG+AGG - Chr5:56017560-56017579 None:intergenic 35.0%
CACCAACCTACAAAAATCAA+AGG - Chr5:56017446-56017465 None:intergenic 35.0%
TGATAAGAACATACCGACAA+GGG - Chr5:56017619-56017638 None:intergenic 35.0%
TGCTGATATTCTCACAATTG+CGG + Chr5:56017325-56017344 MsG0580027201.01.T01:CDS 35.0%
! GGAGAAGTGTATCTTATCAT+AGG + Chr5:56017658-56017677 MsG0580027201.01.T01:CDS 35.0%
!! CTTTGATTTTTGTAGGTTGG+TGG + Chr5:56017444-56017463 MsG0580027201.01.T01:intron 35.0%
!! GTCCTTTGATTTTTGTAGGT+TGG + Chr5:56017441-56017460 MsG0580027201.01.T01:intron 35.0%
ATAGAAACGAGGCTTTCATC+AGG - Chr5:56017549-56017568 None:intergenic 40.0%
TTATCAAGGCCTATCAGTCA+CGG + Chr5:56017584-56017603 MsG0580027201.01.T01:CDS 40.0%
!! GCCTTTTAAAGAGTGGATGT+TGG - Chr5:56017243-56017262 None:intergenic 40.0%
!! TAGTGGACTGTTTAGATAGG+TGG + Chr5:56017688-56017707 MsG0580027201.01.T01:CDS 40.0%
!! TTCATCAGGTGTTGGAAGAT+TGG - Chr5:56017535-56017554 None:intergenic 40.0%
ACAGAATCTTTCCTTCCCAC+AGG - Chr5:56017486-56017505 None:intergenic 45.0%
ACCATATTGGGATGTTCCTG+TGG + Chr5:56017467-56017486 MsG0580027201.01.T01:CDS 45.0%
CAACCATATCCGTGACTGAT+AGG - Chr5:56017596-56017615 None:intergenic 45.0%
CAGCACAAGAAACAACTCCA+GGG - Chr5:56017310-56017329 None:intergenic 45.0%
CCATATTGGGATGTTCCTGT+GGG + Chr5:56017468-56017487 MsG0580027201.01.T01:CDS 45.0%
TCAGCACAAGAAACAACTCC+AGG - Chr5:56017311-56017330 None:intergenic 45.0%
TTATGTGTTCAGGGTTGCGA+TGG + Chr5:56017164-56017183 MsG0580027201.01.T01:CDS 45.0%
! TTTGTTGAATCAGAGTGCCC+TGG + Chr5:56017290-56017309 MsG0580027201.01.T01:CDS 45.0%
!! ATCAGGTGTTGGAAGATTGG+TGG - Chr5:56017532-56017551 None:intergenic 45.0%
!! GTAGGTTGGTGGACCATATT+GGG + Chr5:56017455-56017474 MsG0580027201.01.T01:intron 45.0%
!! TGTAGGTTGGTGGACCATAT+TGG + Chr5:56017454-56017473 MsG0580027201.01.T01:intron 45.0%
ACGAGGCTTTCATCAGGTGT+TGG - Chr5:56017543-56017562 None:intergenic 50.0%
ACGGATATGGTTGCCCTTGT+CGG + Chr5:56017603-56017622 MsG0580027201.01.T01:CDS 50.0%
AGGCCTATCAGTCACGGATA+TGG + Chr5:56017590-56017609 MsG0580027201.01.T01:CDS 50.0%
ATTGGGATGTTCCTGTGGGA+AGG + Chr5:56017472-56017491 MsG0580027201.01.T01:CDS 50.0%
CCCACAGGAACATCCCAATA+TGG - Chr5:56017471-56017490 None:intergenic 50.0%
GGCTAGAGATGCTGTGATTC+TGG + Chr5:56017346-56017365 MsG0580027201.01.T01:CDS 50.0%
TGTTCAGGGTTGCGATGGAT+CGG + Chr5:56017169-56017188 MsG0580027201.01.T01:CDS 50.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr5 gene 56017161 56017731 56017161 ID=MsG0580027201.01;Name=MsG0580027201.01
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Chr5 exon 56017161 56017367 56017161 ID=MsG0580027201.01.T01:exon:41783;Parent=MsG0580027201.01.T01
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Chr5 CDS 56017161 56017367 56017161 ID=MsG0580027201.01.T01:cds;Parent=MsG0580027201.01.T01
Chr5 CDS 56017459 56017731 56017459 ID=MsG0580027201.01.T01:cds;Parent=MsG0580027201.01.T01
Gene Sequence

>MsG0580027201.01.T01

ATGTTATGTGTTCAGGGTTGCGATGGATCGGTCTTGCTCGATGATACATACACACTTAAAGGTGAAAAGAAAGCAGCTACCAACATCCACTCTTTAAAAGGCTTTGAAATTATCGATCAAATCAAGAACTTTGTTGAATCAGAGTGCCCTGGAGTTGTTTCTTGTGCTGATATTCTCACAATTGCGGCTAGAGATGCTGTGATTCTGGTTGGTGGACCATATTGGGATGTTCCTGTGGGAAGGAAAGATTCTGTGACTGCAAGTTTTGAACTTGCTACCACCAATCTTCCAACACCTGATGAAAGCCTCGTTTCTATCATTCCCAAATTTCTTTATCAAGGCCTATCAGTCACGGATATGGTTGCCCTTGTCGGTATGTTCTTATCATTGATTTACAACTTAGATAGGAGAAGTGTATCTTATCATAGGAAATTTATAGTGGACTGTTTAGATAGGTGGTTACAGCAGACCAATACTTGA
Protein sequence

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