AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0580027036.01


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MsG0580027036.01.T01 AT2G24800 43.902 123 65 1 4 126 75 193 3.03e-23 95.5
MsG0580027036.01.T01 AT3G42570 36.842 95 59 1 32 125 53 147 1.25e-13 67.0

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
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CAGCACAAGAAACAACTCCA+GGG 0.694829 5:-51676829 None:intergenic

CRISPR-GE

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!! ATCATAGGAAAATTATATTG+TGG + Chr5:51677196-51677215 MsG0580027036.01.T01:intron 20.0%
!! ATTATTTATGCAATGCAATT+TGG - Chr5:51677712-51677731 None:intergenic 20.0%
!! CTTTGTCTTATATAAGTTAT+TGG + Chr5:51676923-51676942 MsG0580027036.01.T01:intron 20.0%
!!! AATTTTCGATCAAGAATATA+CGG + Chr5:51677917-51677936 MsG0580027036.01.T01:CDS 20.0%
!!! CACATAAAACTTTCATTTTT+TGG + Chr5:51678303-51678322 MsG0580027036.01.T01:exon 20.0%
!!! TATTGATTTACAACTTAGAT+AGG + Chr5:51677160-51677179 MsG0580027036.01.T01:intron 20.0%
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! AATTTATATCGCACACAATA+AGG - Chr5:51677842-51677861 None:intergenic 25.0%
! ATCATTGTATTAACTAGCTA+TGG - Chr5:51678387-51678406 None:intergenic 25.0%
! ATTCCCAAATTTCTTTATCA+AGG + Chr5:51677093-51677112 MsG0580027036.01.T01:CDS 25.0%
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! GCTGAAACACATAAAATTAA+TGG - Chr5:51678365-51678384 None:intergenic 25.0%
! TGTTTGTTCTACAAAAACAA+AGG - Chr5:51677417-51677436 None:intergenic 25.0%
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!!! TTTGTCCTTTGATTTTTTGT+AGG + Chr5:51676960-51676979 MsG0580027036.01.T01:intron 25.0%
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AATTACACAAAACACACCAA+TGG - Chr5:51677517-51677536 None:intergenic 30.0%
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ATTTGGGAATGATAGAAACA+AGG - Chr5:51677083-51677102 None:intergenic 30.0%
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TGATCATAAATCAAAGAAGG+CGG - Chr5:51677564-51677583 None:intergenic 30.0%
TGTACAAAACAATCTGTGTA+AGG - Chr5:51677619-51677638 None:intergenic 30.0%
! AATTAATGGTTCTATGTGTG+TGG - Chr5:51678351-51678370 None:intergenic 30.0%
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! TCACTGAGTTTCTATTTTCA+AGG + Chr5:51677477-51677496 MsG0580027036.01.T01:intron 30.0%
! TTGAACTGATTATCTGAGAT+TGG - Chr5:51677971-51677990 None:intergenic 30.0%
! TTTTCAAACTAATAGCGATC+AGG - Chr5:51677343-51677362 None:intergenic 30.0%
!! AATTACTTTTACGACTACCT+AGG - Chr5:51677810-51677829 None:intergenic 30.0%
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!!! TCCTTTGATTTTTTGTAGGT+TGG + Chr5:51676964-51676983 MsG0580027036.01.T01:intron 30.0%
!!! TTTGATTTTTTGTAGGTTGG+TGG + Chr5:51676967-51676986 MsG0580027036.01.T01:intron 30.0%
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ATAGAAACAAGGCTTTCATC+AGG - Chr5:51677072-51677091 None:intergenic 35.0%
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GATCATAAATCAAAGAAGGC+GGG - Chr5:51677563-51677582 None:intergenic 35.0%
GTTCTCATTCATATGTGAGA+CGG - Chr5:51677452-51677471 None:intergenic 35.0%
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! TTGGTGGACAAATAGATTTC+AGG - Chr5:51677997-51678016 None:intergenic 35.0%
AATCACCCGAAACTACAACA+AGG + Chr5:51677259-51677278 MsG0580027036.01.T01:intron 40.0%
ATTTCATTTGAGCCGAGATG+AGG - Chr5:51677674-51677693 None:intergenic 40.0%
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CTCTGACTCAATGGTCAAAA+TGG + Chr5:51678216-51678235 MsG0580027036.01.T01:CDS 40.0%
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GCTTCATCACTGGAGAAATT+AGG + Chr5:51678260-51678279 MsG0580027036.01.T01:CDS 40.0%
GGTTTCCTCATAAGATTCCT+AGG + Chr5:51677790-51677809 MsG0580027036.01.T01:intron 40.0%
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TGCAAGGCAATGTGAAGAAA+TGG - Chr5:51677754-51677773 None:intergenic 40.0%
TGTCTCACTCATTAAGACAG+AGG - Chr5:51677316-51677335 None:intergenic 40.0%
TTATCAAGGCCTATCAGTCA+CGG + Chr5:51677107-51677126 MsG0580027036.01.T01:CDS 40.0%
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! CCTCGCCTTTTAATAGTAAC+TGG - Chr5:51678090-51678109 None:intergenic 40.0%
! GTGAGTCCTTGTTGTAGTTT+CGG - Chr5:51677268-51677287 None:intergenic 40.0%
! TGAGTCCTTGTTGTAGTTTC+GGG - Chr5:51677267-51677286 None:intergenic 40.0%
!! GAGTTTCTATTTTCAAGGGG+CGG + Chr5:51677482-51677501 MsG0580027036.01.T01:intron 40.0%
!! GCCTTTTAAAGAGTGGATGT+TGG - Chr5:51676765-51676784 None:intergenic 40.0%
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ACAGAATCTTTCCTTCCCAC+AGG - Chr5:51677009-51677028 None:intergenic 45.0%
ACCATATTGGGATGTTCCTG+TGG + Chr5:51676990-51677009 MsG0580027036.01.T01:CDS 45.0%
CAACCATATCCGTGACTGAT+AGG - Chr5:51677119-51677138 None:intergenic 45.0%
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CAGCACAAGAAACAACTCCA+GGG - Chr5:51676832-51676851 None:intergenic 45.0%
CCAGCAATTCTCTGACTCAA+TGG + Chr5:51678207-51678226 MsG0580027036.01.T01:CDS 45.0%
CCATATTGGGATGTTCCTGT+GGG + Chr5:51676991-51677010 MsG0580027036.01.T01:CDS 45.0%
CCATTGAGTCAGAGAATTGC+TGG - Chr5:51678210-51678229 None:intergenic 45.0%
TCAGCACAAGAAACAACTCC+AGG - Chr5:51676833-51676852 None:intergenic 45.0%
TCTCGACAAGCTCTCTTGTT+TGG - Chr5:51678159-51678178 None:intergenic 45.0%
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TTATTGTCTCCTCCCCCAAT+TGG - Chr5:51678016-51678035 None:intergenic 45.0%
TTGACACCTTGCCATACCAA+TGG - Chr5:51677897-51677916 None:intergenic 45.0%
! TTTGTTGAATCAGAGTGCCC+TGG + Chr5:51676812-51676831 MsG0580027036.01.T01:CDS 45.0%
!! ATCAGGTGTTGGAAGATTGG+TGG - Chr5:51677055-51677074 None:intergenic 45.0%
!! GTAGGTTGGTGGACCATATT+GGG + Chr5:51676978-51676997 MsG0580027036.01.T01:intron 45.0%
!! TGTAGGTTGGTGGACCATAT+TGG + Chr5:51676977-51676996 MsG0580027036.01.T01:intron 45.0%
ACCTTGCCATACCAATGGTG+TGG - Chr5:51677892-51677911 None:intergenic 50.0%
ACGGATATGGTTGCCCTTGT+CGG + Chr5:51677126-51677145 MsG0580027036.01.T01:CDS 50.0%
AGGATCCCACACCATTGGTA+TGG + Chr5:51677883-51677902 MsG0580027036.01.T01:intron 50.0%
AGGCCTATCAGTCACGGATA+TGG + Chr5:51677113-51677132 MsG0580027036.01.T01:CDS 50.0%
ATTGGGATGTTCCTGTGGGA+AGG + Chr5:51676995-51677014 MsG0580027036.01.T01:CDS 50.0%
ATTTGTCCACCAATTGGGGG+AGG + Chr5:51678004-51678023 MsG0580027036.01.T01:CDS 50.0%
CCCACAGGAACATCCCAATA+TGG - Chr5:51676994-51677013 None:intergenic 50.0%
CCTTGCCATACCAATGGTGT+GGG - Chr5:51677891-51677910 None:intergenic 50.0%
GGCTAGAGATGCTGTGATTC+TGG + Chr5:51676868-51676887 MsG0580027036.01.T01:CDS 50.0%
TATGCAGGATCCCACACCAT+TGG + Chr5:51677878-51677897 MsG0580027036.01.T01:intron 50.0%
TATGTGAGACGGTGACCTGA+TGG - Chr5:51677441-51677460 None:intergenic 50.0%
TGTTCAGGGTTGCGATGGAT+CGG + Chr5:51676691-51676710 MsG0580027036.01.T01:CDS 50.0%
CCCACACCATTGGTATGGCA+AGG + Chr5:51677888-51677907 MsG0580027036.01.T01:CDS 55.0%
GGGGCGGCATTATTCACCAT+TGG + Chr5:51677498-51677517 MsG0580027036.01.T01:intron 55.0%
TTGTCTCCTCCCCCAATTGG+TGG - Chr5:51678013-51678032 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr5 gene 51676683 51678473 51676683 ID=MsG0580027036.01;Name=MsG0580027036.01
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Chr5 exon 51676683 51676889 51676683 ID=MsG0580027036.01.T01:exon:16995;Parent=MsG0580027036.01.T01
Chr5 exon 51676982 51677147 51676982 ID=MsG0580027036.01.T01:exon:16996;Parent=MsG0580027036.01.T01
Chr5 exon 51677885 51678473 51677885 ID=MsG0580027036.01.T01:exon:16997;Parent=MsG0580027036.01.T01
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Chr5 CDS 51676982 51677147 51676982 ID=MsG0580027036.01.T01:cds;Parent=MsG0580027036.01.T01
Chr5 CDS 51677885 51678309 51677885 ID=MsG0580027036.01.T01:cds;Parent=MsG0580027036.01.T01
Chr5 three_prime_UTR 51678310 51678473 51678310 ID=MsG0580027036.01.T01:three_prime_utr;Parent=MsG0580027036.01.T01
Gene Sequence

>MsG0580027036.01.T01

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Protein sequence

>MsG0580027036.01.T01

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