AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780040921.01


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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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Find 39 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 47 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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CTGTTGGTGCAAAGATTGTT+AGG 0.345141 7:+84293950 None:intergenic
CAATCAGCTTGCAGTGTATC+AGG 0.355039 7:-84293672 MsG0780040921.01.T01:CDS
CCAGAAGTAGTAACATTAAG+AGG 0.370257 7:+84293757 None:intergenic
TTCTCTGGCTTAGTCGGTGC+AGG 0.396164 7:+84293584 None:intergenic
TGATCAAGTGCTTCTTCCTA+TGG 0.415143 7:-84293648 MsG0780040921.01.T01:CDS
AATCAAGTTAATGTAACAAC+TGG 0.448742 7:-84293733 MsG0780040921.01.T01:CDS
GAAACTGTAGAAGTTGAAGT+TGG 0.451256 7:+84293872 None:intergenic
TGATGCTCCGAAAGGGTCTT+CGG 0.456324 7:-84293546 MsG0780040921.01.T01:CDS
GGACTATCCGAAGACCCTTT+CGG 0.481438 7:+84293539 None:intergenic
AACCCTCTACACACACAAGC+TGG 0.488371 7:-84293802 MsG0780040921.01.T01:CDS
GCATTCTCAAGTCTAAAATC+AGG 0.494359 7:-84293922 MsG0780040921.01.T01:CDS
TCCGACCGCTGCGCCTGCGG+AGG 0.501128 7:-84293609 MsG0780040921.01.T01:CDS
CAACTCAACAACTCAAATCA+AGG 0.503271 7:-84293973 MsG0780040921.01.T01:CDS
AGGTCCGACCGCTGCGCCTG+CGG 0.504633 7:-84293612 MsG0780040921.01.T01:CDS
CGGGCTTCTGATGCTCCGAA+AGG 0.506709 7:-84293554 MsG0780040921.01.T01:CDS
GATGGTGCTGGTGATATAGC+TGG 0.507084 7:+84294096 None:intergenic
GCTATATCACCAGCACCATC+AGG 0.510604 7:-84294093 MsG0780040921.01.T01:CDS
GTCGGTGCAGGAGCCTCCGC+AGG 0.511376 7:+84293596 None:intergenic
GTTATGTTTAATGGTCCTGA+TGG 0.521667 7:+84294078 None:intergenic
CAAGCTGGAAACAGTGATGA+TGG 0.526045 7:-84293787 MsG0780040921.01.T01:CDS
TTCCAGCTTGTGTGTGTAGA+GGG 0.528322 7:+84293800 None:intergenic
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CATAACCAAAGTCCTAGAAA+AGG 0.532648 7:-84294061 MsG0780040921.01.T01:CDS
GGGCTTCTGATGCTCCGAAA+GGG 0.534306 7:-84293553 MsG0780040921.01.T01:CDS
GCCTCCGCAGGCGCAGCGGT+CGG 0.537525 7:+84293608 None:intergenic
CTTTCGGAGCATCAGAAGCC+CGG 0.539752 7:+84293555 None:intergenic
GAAAGGGTCTTCGGATAGTC+CGG 0.540038 7:-84293537 MsG0780040921.01.T01:CDS
GCTGATGATTCGAGTGCTGT+TGG 0.549087 7:-84293515 MsG0780040921.01.T01:CDS
TAAGCCAGAGAAAAGTGTCC+GGG 0.555324 7:-84293573 MsG0780040921.01.T01:CDS
TTTCCAGCTTGTGTGTGTAG+AGG 0.556847 7:+84293799 None:intergenic
AGGAGCCTCCGCAGGCGCAG+CGG 0.574666 7:+84293604 None:intergenic
CTTGAGAATGCATTATCTGT+TGG 0.575714 7:+84293934 None:intergenic
TTTAATGGTCCTGATGGTGC+TGG 0.578425 7:+84294084 None:intergenic
ACCAAAGTCCTAGAAAAGGC+AGG 0.591566 7:-84294057 MsG0780040921.01.T01:CDS
TGTGACATTGTGTAAAGTGT+TGG 0.619737 7:+84293841 None:intergenic
ACAGCACTCGAATCATCAGC+CGG 0.625967 7:+84293518 None:intergenic
GAGTTGTGAATTGATTCGAT+CGG 0.662773 7:+84293990 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
! AATCAAGTTAATGTAACAAC+TGG - Chr7:84293945-84293964 MsG0780040921.01.T01:CDS 25.0%
AGGACTTTGGTTATGTTTAA+TGG + Chr7:84293612-84293631 None:intergenic 30.0%
CAACTCAACAACTCAAATCA+AGG - Chr7:84293705-84293724 MsG0780040921.01.T01:CDS 35.0%
CATAACCAAAGTCCTAGAAA+AGG - Chr7:84293617-84293636 MsG0780040921.01.T01:CDS 35.0%
CCAGAAGTAGTAACATTAAG+AGG + Chr7:84293924-84293943 None:intergenic 35.0%
CCTCTTAATGTTACTACTTC+TGG - Chr7:84293921-84293940 MsG0780040921.01.T01:CDS 35.0%
CTTGAGAATGCATTATCTGT+TGG + Chr7:84293747-84293766 None:intergenic 35.0%
GAAACTGTAGAAGTTGAAGT+TGG + Chr7:84293809-84293828 None:intergenic 35.0%
GAATACGTTGAGAAAAAGAG+AGG + Chr7:84293526-84293545 None:intergenic 35.0%
GTTATGTTTAATGGTCCTGA+TGG + Chr7:84293603-84293622 None:intergenic 35.0%
TGTGACATTGTGTAAAGTGT+TGG + Chr7:84293840-84293859 None:intergenic 35.0%
! GCATTCTCAAGTCTAAAATC+AGG - Chr7:84293756-84293775 MsG0780040921.01.T01:CDS 35.0%
!! GAGTTGTGAATTGATTCGAT+CGG + Chr7:84293691-84293710 None:intergenic 35.0%
CTGTTGGTGCAAAGATTGTT+AGG + Chr7:84293731-84293750 None:intergenic 40.0%
TGATCAAGTGCTTCTTCCTA+TGG - Chr7:84294030-84294049 MsG0780040921.01.T01:CDS 40.0%
! CTTCTTCCTATGGCACTTTT+TGG - Chr7:84294040-84294059 MsG0780040921.01.T01:CDS 40.0%
! TGAATTGTCCTGCCTTTTCT+AGG + Chr7:84293632-84293651 None:intergenic 40.0%
!! ACACTTTTCTCTGGCTTAGT+CGG + Chr7:84294103-84294122 None:intergenic 40.0%
ACCAAAGTCCTAGAAAAGGC+AGG - Chr7:84293621-84293640 MsG0780040921.01.T01:CDS 45.0%
CAAGCTGGAAACAGTGATGA+TGG - Chr7:84293891-84293910 MsG0780040921.01.T01:CDS 45.0%
CAATCAGCTTGCAGTGTATC+AGG - Chr7:84294006-84294025 MsG0780040921.01.T01:CDS 45.0%
TTCCAGCTTGTGTGTGTAGA+GGG + Chr7:84293881-84293900 None:intergenic 45.0%
TTTCCAGCTTGTGTGTGTAG+AGG + Chr7:84293882-84293901 None:intergenic 45.0%
! TTTAATGGTCCTGATGGTGC+TGG + Chr7:84293597-84293616 None:intergenic 45.0%
!! CCTATGGCACTTTTTGGACA+AGG - Chr7:84294046-84294065 MsG0780040921.01.T01:CDS 45.0%
!! CCTTGTCCAAAAAGTGCCAT+AGG + Chr7:84294049-84294068 None:intergenic 45.0%
!! CTAAGCCAGAGAAAAGTGTC+CGG - Chr7:84294104-84294123 MsG0780040921.01.T01:CDS 45.0%
!! TAAGCCAGAGAAAAGTGTCC+GGG - Chr7:84294105-84294124 MsG0780040921.01.T01:CDS 45.0%
!!! TCCTGCCTTTTCTAGGACTT+TGG + Chr7:84293625-84293644 None:intergenic 45.0%
AACCCTCTACACACACAAGC+TGG - Chr7:84293876-84293895 MsG0780040921.01.T01:CDS 50.0%
ACAGCACTCGAATCATCAGC+CGG + Chr7:84294163-84294182 None:intergenic 50.0%
GAAAGGGTCTTCGGATAGTC+CGG - Chr7:84294141-84294160 MsG0780040921.01.T01:CDS 50.0%
GCTATATCACCAGCACCATC+AGG - Chr7:84293585-84293604 MsG0780040921.01.T01:CDS 50.0%
GGACTATCCGAAGACCCTTT+CGG + Chr7:84294142-84294161 None:intergenic 50.0%
TGATGCTCCGAAAGGGTCTT+CGG - Chr7:84294132-84294151 MsG0780040921.01.T01:CDS 50.0%
! GCTGATGATTCGAGTGCTGT+TGG - Chr7:84294163-84294182 MsG0780040921.01.T01:CDS 50.0%
!! GATGGTGCTGGTGATATAGC+TGG + Chr7:84293585-84293604 None:intergenic 50.0%
GGGCTTCTGATGCTCCGAAA+GGG - Chr7:84294125-84294144 MsG0780040921.01.T01:CDS 55.0%
! CTTTCGGAGCATCAGAAGCC+CGG + Chr7:84294126-84294145 None:intergenic 55.0%
! GAAGCCCGGACACTTTTCTC+TGG + Chr7:84294112-84294131 None:intergenic 55.0%
! TTCTCTGGCTTAGTCGGTGC+AGG + Chr7:84294097-84294116 None:intergenic 55.0%
CGGGCTTCTGATGCTCCGAA+AGG - Chr7:84294124-84294143 MsG0780040921.01.T01:CDS 60.0%
AGGAGCCTCCGCAGGCGCAG+CGG + Chr7:84294077-84294096 None:intergenic 75.0%
AGGTCCGACCGCTGCGCCTG+CGG - Chr7:84294066-84294085 MsG0780040921.01.T01:CDS 75.0%
GTCGGTGCAGGAGCCTCCGC+AGG + Chr7:84294085-84294104 None:intergenic 75.0%
! GCCTCCGCAGGCGCAGCGGT+CGG + Chr7:84294073-84294092 None:intergenic 80.0%
! TCCGACCGCTGCGCCTGCGG+AGG - Chr7:84294069-84294088 MsG0780040921.01.T01:CDS 80.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 84293510 84294190 84293510 ID=MsG0780040921.01;Name=MsG0780040921.01
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Chr7 exon 84293510 84293848 84293510 ID=MsG0780040921.01.T07:exon:40722;Parent=MsG0780040921.01.T07
Chr7 CDS 84293510 84293848 84293510 ID=MsG0780040921.01.T07:cds;Parent=MsG0780040921.01.T07
Gene Sequence

>MsG0780040921.01.T06

TCAGGACCATTAAACATAACCAAAGTCCTAGAAAAGGCAGGACAATTCACAACATTCATCAAGCTACTAAAAGCAACACAAGTATCCGATCGAATCAATTCACAACTCAACAACTCAAATCAAGGCCTAACAATCTTTGCACCAACAGATAATGCATTCTCAAGTCTAAAATCAGGAACACTTAACTCAATCAGCACACAAAACCAACTTCAACTTCTACAGTTTCATATTCTACCAACACTTTACACAATGTCACAGTTTCAAACTGCAAGTAACCCTCTACACACACAAGCTGGAAACAGTGATGATGGAGAGTATCCTCTTAATGTTACTACTTCTGGAAATCAAGTTAATGTAACAACTGGTGTGATTGATACAACAGTTTCTAATACTATTATAGTGACAATCAGCTTGCAGTGTATCAGGTTGATCAAGTGCTTCTTCCTATGGCACTTTTTGGACAAGGTCCGACCGCTGCGCCTGCGGAGGCTCCTGCACCGACTAAGCCAGAGAAAAGTGTCCGGGCTTCTGATGCTCCGAAAGGGTCTTCGGATAGTCCGGCTGATGATTCGAGTGCTGTTGGTTTGA

>MsG0780040921.01.T04

TCAGCTCAACCAGCTATATCACCAGCACCATCAGGACCATTAAACATAACCAAAGTCCTAGAAAAGGCAGGACAATTCACAACATTCATCAAGCTACTAAAAGCAACACAAGTATCCGATCGAATCAATTCACAACTCAACAACTCAAATCAAGGCCTAACAATCTTTGCACCAACAGATAATGCATTCTCAAGTCTAAAATCAGGAACACTTAACTCAATCAGCACACAAAACCAACTTCAACTTCTACAGTTTCATATTCTACCAACACTTTACACAATGTCACAGTTTCAAACTGCAAGTAACCCTCTACACACACAAGCTGGAAACAGTGATGATGGAGAGTATCCTCTTAATGTTACTACTTCTGGAAATCAAGTTAATGTAACAACTGGTGTGATTGATACAACAGTTTCTAATACTATTATAGTGACAATCAGCTTGCAGTGTATCAGGTTGATCAAGTGCTTCTTCCTATGGCACTTTTTGGACAAGGTCCGACCGCTGCGCCTGCGGAGGCTCCTGCACCGACTAAGCCAGAGAAAAGTGTCCGGGCTTCTGATGCTCCGAAAGGGTCTTCGGATAGTCCGGCTGATGATTCGAGTGCTGTTGGTTTGA

>MsG0780040921.01.T03

TTGTTTCAAAGAATTTCAGCTCAACCAGCTATATCACCAGCACCATCAGGACCATTAAACATAACCAAAGTCCTAGAAAAGGCAGGACAATTCACAACATTCATCAAGCTACTAAAAGCAACACAAGTATCCGATCGAATCAATTCACAACTCAACAACTCAAATCAAGGCCTAACAATCTTTGCACCAACAGATAATGCATTCTCAAGTCTAAAATCAGGAACACTTAACTCAATCAGCACACAAAACCAACTTCAACTTCTACAGTTTCATATTCTACCAACACTTTACACAATGTCACAGTTTCAAACTGCAAGTAACCCTCTACACACACAAGCTGGAAACAGTGATGATGGAGAGTATCCTCTTAATGTTACTACTTCTGGAAATCAAGTTAATGTAACAACTGGTGTGATTGATACAACAGTTTCTAATACTATTATAGTGACAATCAGCTTGCAGTGTATCAGGTTGATCAAGTGCTTCTTCCTATGGCACTTTTTGGACAAGGTCCGACCGCTGCGCCTGCGGAGGCTCCTGCACCGACTAAGCCAGAGAAAAGTGTCCGGGCTTCTGATGCTCCGAAAGGGTCTTCGGATAGTCCGGCTGATGATTCGAGTGCTGTTGGTTTGA

>MsG0780040921.01.T07

ATGTCACAGTTTCAAACTGCAAGTAACCCTCTACACACACAAGCTGGAAACAGTGATGATGGAGAGTATCCTCTTAATGTTACTACTTCTGGAAATCAAGTTAATGTAACAACTGGTGTGATTGATACAACAGTTTCTAATACTATTATAGTGACAATCAGCTTGCAGTGTATCAGGTTGATCAAGTGCTTCTTCCTATGGCACTTTTTGGACAAGGTCCGACCGCTGCGCCTGCGGAGGCTCCTGCACCGACTAAGCCAGAGAAAAGTGTCCGGGCTTCTGATGCTCCGAAAGGGTCTTCGGATAGTCCGGCTGATGATTCGAGTGCTGTTGGTTTGA

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TCCTCTCTTTTTCTCAACGTATTCATCATTGTGACATTGTTTCAAAGAATTTCAGCTCAACCAGCTATATCACCAGCACCATCAGGACCATTAAACATAACCAAAGTCCTAGAAAAGGCAGGACAATTCACAACATTCATCAAGCTACTAAAAGCAACACAAGTATCCGATCGAATCAATTCACAACTCAACAACTCAAATCAAGGCCTAACAATCTTTGCACCAACAGATAATGCATTCTCAAGTCTAAAATCAGGAACACTTAACTCAATCAGCACACAAAACCAACTTCAACTTCTACAGTTTCATATTCTACCAACACTTTACACAATGTCACAGTTTCAAACTGCAAGTAACCCTCTACACACACAAGCTGGAAACAGTGATGATGGAGAGTATCCTCTTAATGTTACTACTTCTGGAAATCAAGTTAATGTAACAACTGGTGTGATTGATACAACAGTTTCTAATACTATTATAGTGACAATCAGCTTGCAGTGTATCAGGTTGATCAAGTGCTTCTTCCTATGGCACTTTTTGGACAAGGTCCGACCGCTGCGCCTGCGGAGGCTCCTGCACCGACTAAGCCAGAGAAAAGTGTCCGGGCTTCTGATGCTCCGAAAGGGTCTTCGGATAGTCCGGCTGATGATTCGAGTGCTGTTGGTTTGA

>MsG0780040921.01.T01

ATTCAATTTCTTTCCTCTCTTTTTCTCAACGTATTCATCATTGTGACATTGTTTCAAAGAATTTCAGCTCAACCAGCTATATCACCAGCACCATCAGGACCATTAAACATAACCAAAGTCCTAGAAAAGGCAGGACAATTCACAACATTCATCAAGCTACTAAAAGCAACACAAGTATCCGATCGAATCAATTCACAACTCAACAACTCAAATCAAGGCCTAACAATCTTTGCACCAACAGATAATGCATTCTCAAGTCTAAAATCAGGAACACTTAACTCAATCAGCACACAAAACCAACTTCAACTTCTACAGTTTCATATTCTACCAACACTTTACACAATGTCACAGTTTCAAACTGCAAGTAACCCTCTACACACACAAGCTGGAAACAGTGATGATGGAGAGTATCCTCTTAATGTTACTACTTCTGGAAATCAAGTTAATGTAACAACTGGTGTGATTGATACAACAGTTTCTAATACTATTATAGTGACAATCAGCTTGCAGTGTATCAGGTTGATCAAGTGCTTCTTCCTATGGCACTTTTTGGACAAGGTCCGACCGCTGCGCCTGCGGAGGCTCCTGCACCGACTAAGCCAGAGAAAAGTGTCCGGGCTTCTGATGCTCCGAAAGGGTCTTCGGATAGTCCGGCTGATGATTCGAGTGCTGTTGGTTTGA

>MsG0780040921.01.T05

TCACCAGCACCATCAGGACCATTAAACATAACCAAAGTCCTAGAAAAGGCAGGACAATTCACAACATTCATCAAGCTACTAAAAGCAACACAAGTATCCGATCGAATCAATTCACAACTCAACAACTCAAATCAAGGCCTAACAATCTTTGCACCAACAGATAATGCATTCTCAAGTCTAAAATCAGGAACACTTAACTCAATCAGCACACAAAACCAACTTCAACTTCTACAGTTTCATATTCTACCAACACTTTACACAATGTCACAGTTTCAAACTGCAAGTAACCCTCTACACACACAAGCTGGAAACAGTGATGATGGAGAGTATCCTCTTAATGTTACTACTTCTGGAAATCAAGTTAATGTAACAACTGGTGTGATTGATACAACAGTTTCTAATACTATTATAGTGACAATCAGCTTGCAGTGTATCAGGTTGATCAAGTGCTTCTTCCTATGGCACTTTTTGGACAAGGTCCGACCGCTGCGCCTGCGGAGGCTCCTGCACCGACTAAGCCAGAGAAAAGTGTCCGGGCTTCTGATGCTCCGAAAGGGTCTTCGGATAGTCCGGCTGATGATTCGAGTGCTGTTGGTTTGA

Protein sequence

>MsG0780040921.01.T06

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