AlfalfaGEDB | MsG0780041034.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780041034.01

KEGG: -
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MsG0780041034.01.T01	AT1G15540	24.471	331	203	12	75	384	10	314	7.96e-13	69.3
MsG0780041034.01.T01	AT1G15540	24.471	331	203	12	75	384	6	310	8.32e-13	69.3
MsG0780041034.01.T01	AT3G46500	40.000	100	54	2	280	374	114	212	9.63e-12	64.7

Find 92 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 188 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
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CRISPR-GE

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	GTCTTTATGTTGTCTAATGT+GGG	-	Chr7:85722846-85722865	MsG0780041034.01.T01:intron	30.0%
	TAAGCCATTTGTCTTGATAT+TGG	+	Chr7:85724783-85724802	None:intergenic	30.0%
	TCTTTAATATACGTGGGATT+TGG	-	Chr7:85723370-85723389	MsG0780041034.01.T01:intron	30.0%
	TGAGAAAGGTTATCTTCATA+AGG	-	Chr7:85722286-85722305	MsG0780041034.01.T01:CDS	30.0%
	TGTCTTTATGTTGTCTAATG+TGG	-	Chr7:85722845-85722864	MsG0780041034.01.T01:intron	30.0%
	TGTTACGTGCAAATGATATT+TGG	-	Chr7:85725108-85725127	MsG0780041034.01.T01:intron	30.0%
!	AATATTGACAACGAAAGCAT+TGG	+	Chr7:85724821-85724840	None:intergenic	30.0%
!	ATGTTAATTTTCTGGACTCT+AGG	+	Chr7:85725542-85725561	None:intergenic	30.0%
!	CAATATTGGTGATCATTTAG+AGG	-	Chr7:85724834-85724853	MsG0780041034.01.T01:intron	30.0%
!	TGAACAATATGGATTTTTCC+AGG	-	Chr7:85722466-85722485	MsG0780041034.01.T01:intron	30.0%
!	TTCTCTTCATCAATGAGTTT+TGG	+	Chr7:85725441-85725460	None:intergenic	30.0%
!!	ATATTGACAACGAAAGCATT+GGG	+	Chr7:85724820-85724839	None:intergenic	30.0%
!!!	TGTCCTGACTTTTTTTATGT+TGG	-	Chr7:85725281-85725300	MsG0780041034.01.T01:CDS	30.0%
	AACACTTACTGAAAGTCCAA+TGG	+	Chr7:85723684-85723703	None:intergenic	35.0%
	AAGATTCTTCGATCTTCCAT+TGG	-	Chr7:85723515-85723534	MsG0780041034.01.T01:intron	35.0%
	ACACTTACTGAAAGTCCAAT+GGG	+	Chr7:85723683-85723702	None:intergenic	35.0%
	ACTATAAGATAGACCCCAAT+GGG	+	Chr7:85723798-85723817	None:intergenic	35.0%
	ACTCATATGGGTTTAGTAGA+AGG	-	Chr7:85724924-85724943	MsG0780041034.01.T01:intron	35.0%
	CACAAGAGAAACCAAGAAAA+AGG	-	Chr7:85725512-85725531	MsG0780041034.01.T01:CDS	35.0%
	CCACCAACATAAAAAAAGTC+AGG	+	Chr7:85725287-85725306	None:intergenic	35.0%
	CCATAATCCCTAAACTTTCT+AGG	+	Chr7:85724558-85724577	None:intergenic	35.0%
	CCGTCTATTCAATTTATTGC+TGG	+	Chr7:85722986-85723005	None:intergenic	35.0%
	CCTAGAAAGTTTAGGGATTA+TGG	-	Chr7:85724555-85724574	MsG0780041034.01.T01:intron	35.0%
	CTGATCTTATTGGTCCAAAT+AGG	-	Chr7:85722411-85722430	MsG0780041034.01.T01:intron	35.0%
	GAAGTATATGTTTCCAGCTT+CGG	-	Chr7:85722316-85722335	MsG0780041034.01.T01:CDS	35.0%
	GAATCATCCATACTCTTTGT+GGG	+	Chr7:85722347-85722366	None:intergenic	35.0%
	GCTGGAAACATATACTTCTT+TGG	+	Chr7:85722314-85722333	None:intergenic	35.0%
	GGATGATTCAAATGTTGCTA+AGG	-	Chr7:85722358-85722377	MsG0780041034.01.T01:CDS	35.0%
	TACTATAAGATAGACCCCAA+TGG	+	Chr7:85723799-85723818	None:intergenic	35.0%
	TACTATATCCCTTGTGGATT+TGG	-	Chr7:85722656-85722675	MsG0780041034.01.T01:intron	35.0%
	TCCATATTGTTCACAAGCAT+TGG	+	Chr7:85722459-85722478	None:intergenic	35.0%
	TGAATCATCCATACTCTTTG+TGG	+	Chr7:85722348-85722367	None:intergenic	35.0%
	TGCCTAAAAAAAGACTATGG+CGG	+	Chr7:85724254-85724273	None:intergenic	35.0%
	TTGTTTACCAATTTCCTACC+TGG	+	Chr7:85722487-85722506	None:intergenic	35.0%
	TTTGTAATCCTTTGCCTGAT+TGG	-	Chr7:85723649-85723668	MsG0780041034.01.T01:intron	35.0%
!	CAATATGGATTTTTCCAGGT+AGG	-	Chr7:85722470-85722489	MsG0780041034.01.T01:intron	35.0%
!	CTTTTTCTTGGTTTCTCTTG+TGG	+	Chr7:85725514-85725533	None:intergenic	35.0%
!	GATTTTTCCAGGTAGGAAAT+TGG	-	Chr7:85722477-85722496	MsG0780041034.01.T01:intron	35.0%
!	GTGAAGCATTTGTATGAGAA+AGG	-	Chr7:85722272-85722291	MsG0780041034.01.T01:CDS	35.0%
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!!	CTCTAGGAAATCCTTTTTCT+TGG	+	Chr7:85725526-85725545	None:intergenic	35.0%
!!	GTCTTTTGTTTGACTGAAAC+TGG	+	Chr7:85723595-85723614	None:intergenic	35.0%
!!	TATTTTAAACAGGGAAGTGG+TGG	-	Chr7:85724480-85724499	MsG0780041034.01.T01:intron	35.0%
!!	TCATCAATGAGTTTTGGTGA+CGG	+	Chr7:85725435-85725454	None:intergenic	35.0%
!!!	CCTGACTTTTTTTATGTTGG+TGG	-	Chr7:85725284-85725303	MsG0780041034.01.T01:CDS	35.0%
	AACGTATAGTGTCACATGTC+TGG	+	Chr7:85724046-85724065	None:intergenic	40.0%
	AAGCCACCCTAGAAAGTTTA+GGG	-	Chr7:85724548-85724567	MsG0780041034.01.T01:intron	40.0%
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	ACACACAATCCAAATCCACA+AGG	+	Chr7:85722668-85722687	None:intergenic	40.0%
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!	AATCCCTAAACTTTCTAGGG+TGG	+	Chr7:85724554-85724573	None:intergenic	40.0%
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!	TTTGGTTTCTTCTGCATAGC+TGG	+	Chr7:85724506-85724525	None:intergenic	40.0%
!!	ACAACGAAAGCATTGGGAAT+AGG	+	Chr7:85724814-85724833	None:intergenic	40.0%
!!	AGGAGCATCATAGATGTTGT+AGG	-	Chr7:85723492-85723511	MsG0780041034.01.T01:intron	40.0%
	AACCCTCTACTTCATCTTGG+AGG	+	Chr7:85724753-85724772	None:intergenic	45.0%
	AAGACTCAGTGTTCTGTTGG+AGG	-	Chr7:85723610-85723629	MsG0780041034.01.T01:intron	45.0%
	AGACTCAGTGTTCTGTTGGA+GGG	-	Chr7:85723611-85723630	MsG0780041034.01.T01:intron	45.0%
	AGGAAGCCATAATCAGAGTG+AGG	+	Chr7:85724721-85724740	None:intergenic	45.0%
	ATGAGAGCAGCTGTGAGATA+TGG	-	Chr7:85723567-85723586	MsG0780041034.01.T01:intron	45.0%
	ATGCACCCTCACTCTGATTA+TGG	-	Chr7:85724712-85724731	MsG0780041034.01.T01:intron	45.0%
	CAATAATACCGAGCGTGAAG+AGG	+	Chr7:85723204-85723223	None:intergenic	45.0%
	CTCCTCCAAGATGAAGTAGA+GGG	-	Chr7:85724748-85724767	MsG0780041034.01.T01:intron	45.0%
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	GGAAAGACCCACAAAGAGTA+TGG	-	Chr7:85722337-85722356	MsG0780041034.01.T01:CDS	45.0%
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	TATGGAAGCCAACCAAGAAG+AGG	-	Chr7:85724573-85724592	MsG0780041034.01.T01:intron	45.0%
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	TCACAGTGCAGTCAAAAGGA+AGG	+	Chr7:85725410-85725429	None:intergenic	45.0%
	TCTCCTCCAAGATGAAGTAG+AGG	-	Chr7:85724747-85724766	MsG0780041034.01.T01:intron	45.0%
	TCTGTGTCCATGTAACGCTT+TGG	+	Chr7:85725465-85725484	None:intergenic	45.0%
	TGAGAGCAGCTGTGAGATAT+GGG	-	Chr7:85723568-85723587	MsG0780041034.01.T01:intron	45.0%
	TTACTGAAAGTCCAATGGGG+AGG	+	Chr7:85723679-85723698	None:intergenic	45.0%
	TTCATCAATGGGTCCCATTG+GGG	-	Chr7:85723782-85723801	MsG0780041034.01.T01:intron	45.0%
	TTTCTTTGGCCTCCTCTTCT+TGG	+	Chr7:85724588-85724607	None:intergenic	45.0%
!	AGCTAAGAGCAGAGTATCAG+TGG	-	Chr7:85725371-85725390	MsG0780041034.01.T01:CDS	45.0%
!	TACTTAGCTCTCTCCTCCAA+TGG	+	Chr7:85723534-85723553	None:intergenic	45.0%
!!	AGGGCATGGTGGGTAAAAAT+TGG	+	Chr7:85724671-85724690	None:intergenic	45.0%
!!!	CGCCGCCATAGTCTTTTTTT+AGG	-	Chr7:85724249-85724268	MsG0780041034.01.T01:intron	45.0%
	GGTCTCACAGTGCAGTCAAA+AGG	+	Chr7:85725414-85725433	None:intergenic	50.0%
	GTTACGCATGTCTCCTGCAA+TGG	-	Chr7:85722190-85722209	MsG0780041034.01.T01:CDS	50.0%
	TGCATTCCAAGGGTTAGGTC+TGG	+	Chr7:85724697-85724716	None:intergenic	50.0%
	TTTGGCCTCCTCTTCTTGGT+TGG	+	Chr7:85724584-85724603	None:intergenic	50.0%
	TTTGTGGGTCTTTCCGAAGC+TGG	+	Chr7:85722332-85722351	None:intergenic	50.0%
!	AGAGTGAGGGTGCATTCCAA+GGG	+	Chr7:85724707-85724726	None:intergenic	50.0%
!	CAAGGGTTAGGTCTGGTTCA+GGG	+	Chr7:85724690-85724709	None:intergenic	50.0%
!	CATCTTGGAGGAGAAGTGTG+AGG	+	Chr7:85724741-85724760	None:intergenic	50.0%
	CCTGAACCAGACCTAACCCT+TGG	-	Chr7:85724688-85724707	MsG0780041034.01.T01:intron	55.0%
	GGAAGCCAACCAAGAAGAGG+AGG	-	Chr7:85724576-85724595	MsG0780041034.01.T01:intron	55.0%
	GGACAATGGGAGCCAGATGT+TGG	-	Chr7:85724642-85724661	MsG0780041034.01.T01:intron	55.0%
	TGAAAGTCCAATGGGGAGGC+AGG	+	Chr7:85723675-85723694	None:intergenic	55.0%
!	CAGAGTGAGGGTGCATTCCA+AGG	+	Chr7:85724708-85724727	None:intergenic	55.0%
!	CCAAGGGTTAGGTCTGGTTC+AGG	+	Chr7:85724691-85724710	None:intergenic	55.0%
!	GAGGGTGCATTCCAAGGGTT+AGG	+	Chr7:85724702-85724721	None:intergenic	55.0%
!	GTTAGGTCTGGTTCAGGGCA+TGG	+	Chr7:85724685-85724704	None:intergenic	55.0%
	AATGGGGAGGCAGGCCAATC+AGG	+	Chr7:85723666-85723685	None:intergenic	60.0%
	GAGGCAGGCCAATCAGGCAA+AGG	+	Chr7:85723660-85723679	None:intergenic	60.0%
!	AGGTCTGGTTCAGGGCATGG+TGG	+	Chr7:85724682-85724701	None:intergenic	60.0%
!	GGTCTGGTTCAGGGCATGGT+GGG	+	Chr7:85724681-85724700	None:intergenic	60.0%
!!	TGATTGGCCTGCCTCCCCAT+TGG	-	Chr7:85723665-85723684	MsG0780041034.01.T01:intron	60.0%

Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
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Gene Sequence

>MsG0780041034.01.T01

ATGGTATTTACTAGTTTTGATATAATTTACTTTTACAGGTTACGCATGTCTCCTGCAATGGCAATGAATGATGAAAAGAATGAGGATTGTCATACAATAGAAAATGAATATCATAAAGGAGTGAAGCATTTGTATGAGAAAGGTTATCTTCATAAGGTACCAAAGAAGTATATGTTTCCAGCTTCGGAAAGACCCACAAAGAGTATGGATGATTCAAATGTTGCTAAGGAAAATCTTCAGCTACCCATAATTGATTTCACTGATCTTATTGGTCCAAATAGGCTACAAGCTCTTGAGTCTCTAGCCAATGCTTGTGAACAATATGGATTTTTCCAGCTAGTAAATCACAACATATCAGATGATATAACAAGGAGCATCATAGATGTTGTAGGAAGATTCTTCGATCTTCCATTGGAGGAGAGAGCTAAGTATATGACAAGTGATATGAGAGCAGCTGTGAGATATGGGACCAGTTTCAGTCAAACAAAAGACTCAGTGTTCTGTTGGAGGGATTTCTTGAAACTCATTTGTAATCCTTTGCCTGATTGGCCTGCCTCCCCATTGGACTTTCAGGAAGTGGTGGCCAGCTATGCAGAAGAAACCAAACATTTGTTCTTGACAATAATGGAAGCCACCCTAGAAAGTTTAGGGATTATGGAAGCCAACCAAGAAGAGGAGGCCAAAGAAAATGACAACAACAATAATAATATTATGAAAGAATTGGACAATGGGAGCCAGATGTTGGTAACCAATTTTTACCCACCATGCCCTGAACCAGACCTAACCCTTGGAATGCACCCTCACTCTGATTATGGCTTCCTCACACTTCTCCTCCAAGATGAAGTAGAGGGTTTGCAAATCCAATATCAAGACAAATGGCTTACTGTTCAACCTATTCCCAATGCTTTCGTTGTCAATATTGGTGATCATTTAGAGATATTTAGCAACGGAAAATACAAGAGTGTATTACATAGGGTTCTGGTGAATGAAGCTAAGAGCAGAGTATCAGTGGCTTCTCTGCATAGCCTTCCTTTTGACTGCACTGTGAGACCGTCACCAAAACTCATTGATGAAGAGAATCCAAAGCGTTACATGGACACAGATTTTGCTAGCTTTCTTGCGTATGTGTCCACAAGAGAAACCAAGAAAAAGGATTTCCTAGAGTCCAGAAAATTAACATACACATAA

Protein sequence

>MsG0780041034.01.T01

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