AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene022965

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MS.gene022965.t1 MTR_7g056133 99.541 218 1 0 1 218 1 218 5.23e-157 433
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MS.gene022965.t1 MTR_2g023880 44.131 213 110 3 1 212 1 205 1.73e-51 166
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MS.gene022965.t1 AT5G48660 75.799 219 52 1 1 218 1 219 1.86e-94 275
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Find 36 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TCCAAAAGCTTATTAATTTA+AGG 0.061758 7.4:+48524028 MS.gene022965:CDS
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CAAGCTTAGCACCTTTGTTC+TGG 0.274823 7.4:-48513380 None:intergenic
TTCATCACAAGATCCCTTAA+TGG 0.289583 7.4:-48513252 None:intergenic
TGGTAAAGATAGGTCCATTA+AGG 0.319406 7.4:+48513238 MS.gene022965:CDS
AACTCTCTTGTCTTTCTCTT+CGG 0.340250 7.4:-48524205 None:intergenic
TCTAACAGAAGGTTTGAAAA+AGG 0.345623 7.4:+48524170 MS.gene022965:CDS
GGATCTTGTGATGAAGAGTT+TGG 0.371144 7.4:+48513260 MS.gene022965:CDS
GATTATTGCTGAAGGTGTTA+TGG 0.376307 7.4:+48513203 MS.gene022965:CDS
TTGCTTGAAGCTTATCTCCT+TGG 0.381860 7.4:+48513444 MS.gene022965:CDS
GGAAGACAACCAAAATCTTC+AGG 0.401724 7.4:+48524302 MS.gene022965:CDS
TTTCTTATGATGGTAAAGAT+AGG 0.402027 7.4:+48513228 MS.gene022965:CDS
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CAAAATCTTCAGGCTCAAGC+AGG 0.486517 7.4:+48524312 MS.gene022965:CDS
GCTTGGTACTATGTCACCTA+TGG 0.487529 7.4:+48513398 MS.gene022965:CDS
AAATGTCGAGCTCAAAGAAA+AGG 0.491750 7.4:+48524098 MS.gene022965:CDS
GAGTTTGGATCAACTCAAGA+TGG 0.503014 7.4:+48513275 MS.gene022965:CDS
GCTTGAATATGACAGACTCT+TGG 0.508233 7.4:+48524281 MS.gene022965:CDS
GGTAAAGATAGGTCCATTAA+GGG 0.516157 7.4:+48513239 MS.gene022965:CDS
GAACTTTCAACTCTAACAGA+AGG 0.533214 7.4:+48524159 MS.gene022965:CDS
CAGAACAAAGGTGCTAAGCT+TGG 0.534297 7.4:+48513381 MS.gene022965:CDS
AAAGGAGGAGAAAGCTTCCA+AGG 0.549039 7.4:+48524116 MS.gene022965:CDS
GGGAGCTTCAAAAGAAGAAG+TGG 0.560241 7.4:+48524059 MS.gene022965:CDS
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AGTTTGGATCAACTCAAGAT+GGG 0.564964 7.4:+48513276 MS.gene022965:CDS
CTCCAGAGAACTTGATCCAT+AGG 0.565099 7.4:-48513414 None:intergenic
GAAAGACAAGAGAGTTGAGA+CGG 0.586053 7.4:+48524212 MS.gene022965:CDS
ATTAATTTAAGGAGTAACAT+GGG 0.596773 7.4:+48524039 MS.gene022965:CDS
GCAGGGAGGCATAAGAGTTG+AGG 0.597943 7.4:+48524330 MS.gene022965:CDS
AAAATCTTCAGGCTCAAGCA+GGG 0.625078 7.4:+48524313 MS.gene022965:CDS
GTTTGGATCAACTCAAGATG+GGG 0.639842 7.4:+48513277 MS.gene022965:CDS
TGTCGAGCTCAAAGAAAAGG+AGG 0.645126 7.4:+48524101 MS.gene022965:CDS
CTTGTTAAGATCCAGAACAA+AGG 0.651048 7.4:+48513369 MS.gene022965:CDS
TTCGATCAATTAGAAACCCG+AGG 0.671263 7.4:-48523993 None:intergenic
ATCTTCAGGCTCAAGCAGGG+AGG 0.695143 7.4:+48524316 MS.gene022965:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr7.4 gene 48513180 48524350 48513180 ID=MS.gene022965
chr7.4 mRNA 48513180 48524350 48513180 ID=MS.gene022965.t1;Parent=MS.gene022965
chr7.4 exon 48513180 48513465 48513180 ID=MS.gene022965.t1.exon1;Parent=MS.gene022965.t1
chr7.4 CDS 48513180 48513465 48513180 ID=cds.MS.gene022965.t1;Parent=MS.gene022965.t1
chr7.4 exon 48523980 48524350 48523980 ID=MS.gene022965.t1.exon2;Parent=MS.gene022965.t1
chr7.4 CDS 48523980 48524350 48523980 ID=cds.MS.gene022965.t1;Parent=MS.gene022965.t1
Gene Sequence

>MS.gene022965

ATGATTCAGTTGTTGTTTTTGGTGATTATTGCTGAAGGTGTTATGGCTTTTCTTATGATGGTAAAGATAGGTCCATTAAGGGATCTTGTGATGAAGAGTTTGGATCAACTCAAGATGGGGAAAGCACCAGCTACTGTAAAAACTATTGCTGGTACAATGTTTGTGATTCTTCTTTCAAGTCTTATGAGTCTTGTTAAGATCCAGAACAAAGGTGCTAAGCTTGGTACTATGTCACCTATGGATCAAGTTCTCTGGAGAACTCACTTGCTTGAAGCTTATCTCCTTGGTATGTTCATGTTCCTTTTATCTTTGTTATTTGATTGTTTTAATGCTTATAGATTTATTTATGTTTTGTTTGGTAAGTTAAGTTAATTTTCAAGTTGTTAAGTTAGGTTAATTTTACAGGAACTAAAAAGTGAGATTTTTTTGTAGGTTAATTTTAATTCTCTTATGTTGTTAAGTTAGGTTAAATTTCAAGTTGTTAAGTTAGGTTAGTTTTGATACTCTTATGTTGTTATGTTAGGTTAATTTTCAATTTGTTAAGTTAGGTTAGTTTTAATGCTCTTATGTTGTCAAGTTAGGTTAATTTTCAAGGGTTAGAAAGAAGAATTAATGTGTGGCTGGTATGTGTTTTTTTGTTTTTGTGTATAAGTTGTTTTTGCTTTGTTGTTGAAGTTGTTTTAGAAAACTATATAATCTTTTAGTTTAATTAGAAACTCTAACATACCGGTCGCTTTTGGGAATGGACATATTAGAAGTTCGTTTTTCGACTCACTAACCCGCTTACAGCATATGTCATTTCCTTTATTTATCTGAATTTATTACTTGATGTCGTATTTGCCGCGGACTGGCATTGTATATGCGTTATTTTCGTATAGCAGTTATAGCTCATAATTGTAAATCTGCCAGCTTTGGTGTTTGTTTTTTTTTTTTTATGATTCTGATTAAAAACACGTTTATGACATCACAATTACATATTTATCTGTTCGAAATTATCATGGCTCACGACAATGGCTGTGTTTATAAAATAACCCAAAATGCAATACCTGAACGATGAGGCTGCGTAGTGCGCAAAACATTAACCTCATAGCTCTCAAAATAATTGAAGTCAGATCAAGAATATATGAGCAGACCCACCATTGGAAGTTTGCAATGAAACCAACAGGCCAATGAGGTGAAAGAAAACAACTCTGATGGGCTAAAACCTAGATATCAATCTGAATCTAACTCCAATGAGGAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGACCTGGTGCCTCCATCCTTCATTCTAGAAATTTTGATCCCTGTACATTAGCAATTTGGCCACCGATTTTGAACTTGTTAAGCTCATTTTGTGTGCTGAATTATGAAACCTATACTTACGAATTTGTCCAATAATACCGCTGTGATATATGTTTCTGTATTCTGGTGTAGTATCCCAACTTGGCAATGAGGTGAATGAACCTTACTCTGATGAGCTAAAGCCTAGCTCTATCAAGAATATAACTTCAACAAAGGGAACCTAGTACCACCATCGTTCACTCTTTAGTAATTTTGAACCTTGTGATTTGCCAATTTGTCCATTGATTTTACAAGCATTAAAAAGGCCACAACTTTCGGCGATGTTAGGACTAAACCCACCACGCTAAATCTAGCACAATGAAGGCGGTCCAAATTTTCCGCGATTAAGGTGGCCAGGGATGAACCATAATTAAGGCGGAATTATAGTGATGTTTAGCAGCAGATATCCCCGTCGAAAACAGCTATACTTTGATATGGTATATACAAGTGTTGTTTAGTCCCACATCGTACGATGTTGAAAGCTGTCGACAGAAGAGAGAGCATAAAATAACCTTCTATTCCAACGTCTCAACAAGCTTACATAGACGGGGTCAATGGATGATCAAGAAGGTCCATGACCTAGACTAGTAACCTCCATTGCACTTAGGAGGGTTGCTGGTCTAAGGCCCACCCAAGTGGTGGTGCCTACGTCATAATTTGTGGTAGTGGGACCGGCATTCGTGCGGCCCCTTCAAGTCAAAATAATGTTTTTATTTTTTTTATTTTTTTATATTTGTTGGTCTAGTAGCCTAGTGGAGAAGTGGGGAATCCGGTTTTCGAACCACGACCCCTGCAAATAATGTCCTTCGTAGCTACCAACTGAGCTACACTTACGGGCATGTTTTTTAAACTGTGAAAAGGAGTTACATATTTTATTCATTTGTTTAATTTTCCATATCGGCTTCCTACCATTTCTTTTTGGTCGGTACCGATGGCACATTGTTGGCAGACCTCCTACGAGGATCTTGTTAAATACTTGCTTTTTAAATTTTGGGTCTGTGTAGTATTATATCGTACAATGTATATTGGCTTCTTAGAAATCAAGACTTCTTAGAAGTCAGGTGGGTCATGAGGAACGACTCTTATTGTTATATTCCTCAAACATGCCTAACATTTTAGACAATAAAAAGTCCTAAAGGCAATACCTGAATGATGAGGTTGCATAATGCACAAAACATTAACCTCACATTGGTAGCACTAGATTCTACAACATCCTAATGTAAAGCCTATCCGCAAAGAAGGTGAATGACGTTGTATTGGGTCTCAATCCGATTGCTCCCAACTTAATTTAAGTTATGATCAAGAATAGATGAGAAAACCCATCATTGCAAGTCATCTAGGAGCCCAACAGTCCATTCGGGTGAATGGACCTGACTCTGATGGGCTAAAACCTAGCTCTATCAAACTGAATCTAGCTCCAATGATGGGAACCTAGTGCCATATCTTTCACTCCATACGTTTTGAGCCTTGTGATTTGCCAATTTGTCCACCGATTTTGAACTTGTTACACTCTTTTGTGTGTGCTTAGTTGTGAACCTATATTGTGATTTGAGAATTTGTCCATAAGTTTTGAATTTTGATCTATGTTTGTGGATTCTGGTGTAGTACCCCAACATGACAATGAGGTGAATGAACCCTACTCTGATGAGCTAAAACCGTGCTCTGTCTTGTTGAATCTAACTTCTTTTTTATCATCATGCTGTGAAAACATGTATTTATAAGTTGTTTTTGCTCTGTTATTATTGAAGTTGTTTCAGAAAACTATATAATCTTTTAAATCTAATTAGAAACTTTAACGTACCGGTCATTATTAAGTTGCTATTGGAAATGGTCATATTAAAAGTTCCTTTTTCCAATCACTAATCTGCAAACAGGATAGTTCGTTTCCCTTATTTATCTGAATTTATTACTCAATGTCTTATTTGGTGCCGTTTGGCATTATATATGCGTTATTTTTGTAAAGCAGTTAAAGCTCATAATTGTAAATCTGCCAGCTTTGTGTCTGGTTTCTTCATGATTCTCATTAAAAATACTTTATAACATTACAATTACATATTTATCTGTTTGATATCATGGCTCATGACAATGTCTGTTTATAAAATAACCTAAAATGCAATACCTGAATGATGAGGTTGTGTAGTTCACAAAACATTAACCTCATAATGGTAGCACTGGACTCCACAACATCGCAACCTTTTCCTATCCGCTAAGGAGGTGAATGATGTTGTATCGAGTCTGTTAGAAACTGAGTTCACCATTGATGAATGTTAGAAAAGCTTGAAAAACTCAAAGAAAGAGAAGAGAGAGAAAGAATCTCTAACTAACTTTGTAACAGAATTGTTATTATGATATTGTTGAATGAGTTACAAGGAGGTACAAGAATATATAGGCTAAGAGATTGTATGACAGCTGTACACAATATAACAGCTGTCATTAGATTGCAATGCAAGACTTAAAACAAGAGAAACTAACTAAACCTGAGATGCTTTAATGCATCAGAATCCTATATATTCTAACAGAGTCCAACCCCATAGCTCCAAAACAATTGAAGTCACGAATAAGAATAGATGAGGAAACCCATCGTTGCAAGTTTGCAATGAACCCAACAGGCCATTGAGGTGAATGTAACCAGCTATGCTGGGCTAAAAACTAGCTCTATCGATTCTCAATCTAGCTCCAACGAGGGGAACCTAGTGCCACCATCCTTCACTCTTTTTGTGTGCTGACTTGTGAAACCTATACTTTCATCTGTGAATGTGTCCATCAGTTTTGAACTGTGATATATGTTTGTGTATTCTGTTGTTGTAGTATCCCAACATGCCAATGAAGTGAAGGAACCTTACTCTGTTGAGCTAAAACCTAGCTCAATCAAGTTGAGTCTAACTTCAACAAGGGGAACTCAATACCATCATTGTTCACTCTTTAGTAATTTCGAACCTCATGATTTGCCAATCTGTCCATTGATTTTGATCTTATTACGCTCTTACAAGCATCGAAAAGGCCATAGCTCCCGGCGATGTTAGGAATAAACCTACCCAGTTTTATCTAGAACAATGAAAGCACAGGAGGCTGCAATGAAGACAGTCCAAATTTGCCGCAATTAAGGCGGCTAGGGATGGACCGCATTAAGGCAGAATTTTAGAGTGATGCTTTGCAGGAGAGTTCCCCGTCAAAAACAGCTAGAGTTTGATATGGTATATTCAGGTGTAGTTGAGTCCCACATCGAAAGTAGTTGAAAGCTGTTGACAGAAGAAAGATTATAAAATAACCTCCAATTCCAGGGTTGCAACATACTTACCTTGACGGGGCCGATGGGTGATCAAGAAGACCCATGACCTAGACGAGTGACCTCCATTGCACTTAGGAGGGTCGCTGGTTAAGGCTCACCCAAGTGGTTGAGACCTGCGTCATAATTTGTGGTAGTGGGGCCTGTGTTTGCTGGCCCCTTCCAAGCCAGTATAATGTTTTTTAGACGGGAGTTTAGATCTGCTCCATTTAGGAACTATCCATTTAGTTATGACCTAGATGAGTGACCTCCATTGCACTTAGGATGGTCGCTGGTCTAAGGGTTGAGACCTACGTCATAATTTGTGATAGTGGGGCCGGTGTTTGTGGGCCCCTTCGAAGCCAGTATAATATTTTTTAGACGGGAGTTTAGATCTG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Protein sequence

>MS.gene022965.t1

MIQLLFLVIIAEGVMAFLMMVKIGPLRDLVMKSLDQLKMGKAPATVKTIAGTMFVILLSSLMSLVKIQNKGAKLGTMSPMDQVLWRTHLLEAYLLGFTLFLGFLIDRMHHYLQKLINLRSNMGASKEEVENLKKENVELKEKEEKASKEIKQLKKELSTLTEGLKKVKMESEEKDKRVETADAHVASLQKQAADLLLEYDRLLEDNQNLQAQAGRHKS