AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene027264

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MS.gene027264.t1 MTR_7g056133 99.541 218 1 0 1 218 1 218 5.23e-157 433
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MS.gene027264.t1 MTR_2g023880 44.131 213 110 3 1 212 1 205 1.73e-51 166
MS.gene027264.t1 MTR_2g088060 39.336 211 119 3 1 210 1 203 1.46e-35 125
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MS.gene027264.t1 AT5G48660 75.799 219 52 1 1 218 1 219 1.86e-94 275
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Find 36 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TCCAAAAGCTTATTAATTTA+AGG 0.061758 7.2:+48468882 MS.gene027264:CDS
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TTCATCACAAGATCCCTTAA+TGG 0.289583 7.2:-48457909 None:intergenic
TGGTAAAGATAGGTCCATTA+AGG 0.319406 7.2:+48457895 MS.gene027264:CDS
AACTCTCTTGTCTTTCTCTT+CGG 0.340250 7.2:-48469059 None:intergenic
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GGATCTTGTGATGAAGAGTT+TGG 0.371144 7.2:+48457917 MS.gene027264:CDS
GATTATTGCTGAAGGTGTTA+TGG 0.376307 7.2:+48457860 MS.gene027264:CDS
TTGCTTGAAGCTTATCTCCT+TGG 0.381860 7.2:+48458101 MS.gene027264:CDS
GGAAGACAACCAAAATCTTC+AGG 0.401724 7.2:+48469156 MS.gene027264:CDS
TTTCTTATGATGGTAAAGAT+AGG 0.402027 7.2:+48457885 MS.gene027264:CDS
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CAAAATCTTCAGGCTCAAGC+AGG 0.486517 7.2:+48469166 MS.gene027264:CDS
GCTTGGTACTATGTCACCTA+TGG 0.487529 7.2:+48458055 MS.gene027264:CDS
AAATGTCGAGCTCAAAGAAA+AGG 0.491750 7.2:+48468952 MS.gene027264:CDS
GCTTGAATATGACAGACTCT+TGG 0.508233 7.2:+48469135 MS.gene027264:CDS
GGTAAAGATAGGTCCATTAA+GGG 0.516157 7.2:+48457896 MS.gene027264:CDS
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GAACTTTCAACTCTAACAGA+AGG 0.533214 7.2:+48469013 MS.gene027264:CDS
CAGAACAAAGGTGCTAAGCT+TGG 0.534297 7.2:+48458038 MS.gene027264:CDS
GACTCATAAGACTTGAAAGA+AGG 0.538169 7.2:-48458004 None:intergenic
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GGGAGCTTCAAAAGAAGAAG+TGG 0.560241 7.2:+48468913 MS.gene027264:CDS
TATTAATTTAAGGAGTAACA+TGG 0.564092 7.2:+48468892 MS.gene027264:CDS
CTCCAGAGAACTTGATCCAT+AGG 0.565099 7.2:-48458071 None:intergenic
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ATTAATTTAAGGAGTAACAT+GGG 0.596773 7.2:+48468893 MS.gene027264:CDS
GCAGGGAGGCATAAGAGTTG+AGG 0.597943 7.2:+48469184 MS.gene027264:CDS
AGTTTGGATCAACTCAAGAT+GGG 0.605908 7.2:+48457933 MS.gene027264:CDS
AAAATCTTCAGGCTCAAGCA+GGG 0.625078 7.2:+48469167 MS.gene027264:CDS
TGTCGAGCTCAAAGAAAAGG+AGG 0.645126 7.2:+48468955 MS.gene027264:CDS
CTTGTTAAGATCCAGAACAA+AGG 0.651048 7.2:+48458026 MS.gene027264:CDS
TTCGATCAATTAGAAACCCG+AGG 0.671263 7.2:-48468847 None:intergenic
ATCTTCAGGCTCAAGCAGGG+AGG 0.695143 7.2:+48469170 MS.gene027264:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr7.2 gene 48457837 48469204 48457837 ID=MS.gene027264
chr7.2 mRNA 48457837 48469204 48457837 ID=MS.gene027264.t1;Parent=MS.gene027264
chr7.2 exon 48457837 48458122 48457837 ID=MS.gene027264.t1.exon1;Parent=MS.gene027264.t1
chr7.2 CDS 48457837 48458122 48457837 ID=cds.MS.gene027264.t1;Parent=MS.gene027264.t1
chr7.2 exon 48468834 48469204 48468834 ID=MS.gene027264.t1.exon2;Parent=MS.gene027264.t1
chr7.2 CDS 48468834 48469204 48468834 ID=cds.MS.gene027264.t1;Parent=MS.gene027264.t1
Gene Sequence

>MS.gene027264

ATGATTCAGTTGTTGTTTTTGGTGATTATTGCTGAAGGTGTTATGGCTTTTCTTATGATGGTAAAGATAGGTCCATTAAGGGATCTTGTGATGAAGAGTTTGGATCAACTCAAGATGGGAAAAGCACCAGCTACTGTAAAAACTATTGCTGGTACAATGTTTGTGATCCTTCTTTCAAGTCTTATGAGTCTTGTTAAGATCCAGAACAAAGGTGCTAAGCTTGGTACTATGTCACCTATGGATCAAGTTCTCTGGAGAACTCACTTGCTTGAAGCTTATCTCCTTGGTATGTTCACGTTCTTTTCGTCTTTGTTATTTGATTGTTTTAATGCTTATAGATTTATTTAAGTCTTGTTTTGTTAAGTTGGTTAATTTTGAAGTTGTTTAGTTAGGTTAATTTTACAGGAACTAAAAAGTGAGATTTTTTTGTAGGTTAATTTTAATTCTCTATGTTGTTAAGTTAGGTTAAATTTCAAGTTGTTAAGTTAGGTTAGTTTTGATACTCTTATGTTGTTATGTTAGGTTAATTTTCAATTTGTTAAGTTAGGTTAGTTTTAATGCTCTTATGTTGTCAAGTTAGGTTAATTTTCAAGGGTTAGAAAGAAGAATTAATGTGTGGCTGGTATGTGTTTTTTTGTTTTTGTGTATAAGTTGTTTTTGCTTTGTTGTTGAAGTTGTTTTAGAAAACTATATAATCTTTTAGTTTAATTAGAAACTCTAACATACCGGTCGCTTTTGGGAATGGACATATTAGAAGTTCGTTTTTCGACTCACTAACCCGCTTACAGCATATGTCATTTCCTTTATTTATCTGAATTTATTACTTGATGTCGTATTTGCCGCGGACTGGCATTGTATATGCGTTATTTTCGTATAGCAGTTATAGCTCATAATTGTAAATCTGCCAGCTTTGGTGTTTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATGATTCTGATTAAAAACACGTTTATGACATCACAATTACATATTTATCTGTTCGAAATTATCATGGCTCACGACAATGGCTGTGTTTATAAAATAACCCAAAATGCAATACCTGAACGATGAGGCTGCGTAGTGCGCAAAACATTAACCTCATAGCTCTCAAAATAATTGAAGTCAGATCAAGAATATATGAGCAGACCCACCATTGGAAGTTTGCAATGAAACCAACAGGCCAATGAGGTGAAAGAAAACAACTCTGATGGGCTAAAACCTAGATATCAATCTGAATCTAACTCCAATGAGGAGGGGGGGACCTGGTGCCTCCATCCTTCATTCTAGAAATTTTGATCCCTGTACATTAGCAATTTGGCCACCGATTTTGAACTTGTTAAGCTCATTTTGTGTGCTGAATTATGAAACCTATACTTACGAATTTGTCCATCAATAATACCGCTGTGATATATGTTTCTGTATTCTGGTGTAGTATCCCAACTTGGCAATGAGGTGAATGAACCTTACTCTGATGAGCTAAAGCCTAGCTCTATCAAGAATATAACTTCAACAAAGGGAACCTAGTACCACCATCGTTCGCTCTTTAGTAATTTTGAACCTTGTGATTTGCCAATTTGTCCATTGATTTTGACCCTGTTACGCTCTTACAAGCATTAAAAAGGCCACAACTTTCGGCGATGTTAGGACTAAACCCACCACGCTAAATCTAGCACAATGAAGGCGGTCCAAATTTTCCGCTATTAAGGTGGCCAGGGATGAACCATAATTAAGGCGGAATTATAGTGATGTTTAGCAGCAGATATCCCCGTCGAAAACAGCTAGACTTTGATATGGTATATACAAGTGTTGTTTAGTCCCACATCGTACGATGTTGAAAGCTGTCGACAGAAGAGAGAGCATAAAATAACCTTCTATTCCAACGTCTCAACAAGCTTACATAGATGGGGTCAATGGATGATCAAGAAGGTCCATGACCTAGACTAGTAACCTCCACTGCACTTAGGAGGGTTGCTGGTCTAAGGCCCACCCAAGTGGTGGTGCCTACGTCATAATTTGTGGTAGTGGGGCCGGCATTCGTGCGGCCCCTTCAAGTCAAAATAATGTTTTTATTTTATTTTTTTATATTTGTTGGTCTAGTAGCCTAGTGGAGAAGTGGGGAATCCGGTTTTCGAACCACGACCCCTGCAAATAATGTTCTTCGTAGCTACCAACTGAGCTACACTTACGGGCATGTTTTTTAAACTGTGAAAAGGAGTTACATATTTTATTCATTTGTTTAATTTTCCATATCGGCTTCCTACCATTTCTTTTTGGTCGGTACCGATGGCACATTGTTGGCAGACCTCCTACGAGGATCTTGTTAAATACTTGCTTTTTAAATTTTGGGTCTGTGTAGTATTATATCGTACAATGTATATTGGCTTCTTAGAAATCAGGTGGGTCATGAGGAACGACGACTTCTTAGAAGTCAGGTGGGTCATGAGGAACGACTCTTATTGTTATATTCCTCAAACATCCCTAACATTTTAGACAATAAAAAGTCCTAAAGGCAATACCTGAATGATGAGGTTGCATAATGCACAAAACATTAACCTCACATTGGTAGCACTAGATTCTACAACATCCTAATGTAAAGCCTATCCGCAAAGAAGGTGAATGACGTTGTATTGAGTCTCAATCCGATTGCTCCCAACTTAATTTAAGTTATGATCAAGAATAGATGAGAAAACCCATCATTGCAAGTCATCTAGGAGCCCAACAGTCCATTCGGGTGAATGGACCTGACTCTGATGGGCTAAAACCTAGCTCTATCAAACTGAATCTAGCTCCAATGATGGGAACCTAGTGCCATATCTTTCACTCCATGCATTTTGAGCCTTGTGATTTGCCAATTTGTCCACTGATTTTGAACTTGTTACACTCTTTTGTGTGTGCTTAGTTGTGAACCTATATTGTGATTTGAGAATTTGTCCATAAGTTTTGAATTTTGATCTATGTTTGTGGATTCTGGTGTAGTACCCCAACATGACAATGAGGTGAATGAACCCTACTCTGATGAGCTAAAACCGTGCTCTGTCTTGTTGAATCTAACTTCTTTTTTATCATCATGCTGTGAAAACATGTATTTATAAGTTGTTTTTGCTCTGTTATTATTGAAGTTGTTTCAGAAAACTATATAATCTTTTAAATCTAATTAGAAACTTTAACGTACCGGTCATTATTAAGTTGCTATTGGAAATGGTCATATTAAAAGTTCCTTTTTCCAATCACTAATCTGCAAACAGGATAGTTCGTTTTCCTTATTTATCTGAATTTATTACTCAATGTCTTATTTGGTGCCGTTTGGCATTATATATGCGTTATTTTTGTAAAGCAGTTAAAGCTCATAATTGTAAATCTGCCAGCTTTGTGTCTGGTTTCTTCATGATTCTCATTAAAAATACTTTATAACATTACAATTACATATTTATCTGTTTGATATCATGGCTCATGACAATGTCTGTGTTTATAAAATAACCTAAAATGCAATACCTGAATGATGAGGTTGTGTAGTTCACAAAACATTAACCTCATAATGGTAGCACTGGACTCCACAACATCGCAACCTTTTCCTATCCGCTAAGGAGGTGAATGATGTTGTATCGAGTCTGTTAGAAACTGAGTTCACCATTGATGAATGTTAGAAAAGCTTGAAAAACTCAAAGAAAGAGAAGAGAGAGAGAATCTCTAACTAACTTTGTAACAGAATTGTTATTATGATATTGTTGAATGAGTTACAAGAATATATAGGCTAAGAGATTGTATGACAGCTGTACACAATATGACAGCTGTCATTAGCTTGCAATGCAAGACTTAAAACAAGAGAAACTAACTAAACCTGAGATGCTTTAATGCATCAGAATCCTATATATTCTAACAGAGTCCAACCCCATAGCTCCAAAACAATTGAAGTCACGAATAAGAATAGATGAGGAAACCCATCGTTGCAAGTTTGCAATGAACCCAACAGGCCATTGAGGTGAATGTAACCAGCTATGCTGGGCTAAAAACTAGCTCTATCGATTCTCAATCTAGCTCCAACGAGGGGAACCTAGTGCCACCATCCTTCACTCTTTTTGTGTGCTGACTTGTGAAACCTATACTTTCATCTGTGAATGTGTCCATCAGTTTTGAACTGTGATATATGTTTGTGTATTCTGGTGTTGTAGTATCCCAACATGCCAATGAAGTGAAGGAACCTTACTCTGTTGAGCTAAAACCTAGCTCAATCAAGTTGAGTCTAACTTCAACAAGGGGAACTCAATACCATCATTGTTCACTCTTTAGTAATTTCGAACCTCATGATTTGCCAATCTGTCCATTGATTTTGATCTTATTACGCTCTTACAAGCATCGAAAAGGCCATAGCTCCCGGCGATGTTAGGAATAAACCTACCCAGTTTTATCTAGAACAATGAAAGCACAGGAGGCTGCAATGAAGGCAGTCCAAATTTGCCGCAATTAAGGCGGCTAGGGATGGACCGCATTAAGGCAGAATTTTAGAGTGATGCTTTGCAGGAGAGTTCCCCGTCAAAAACAGCTGGAGTTTGATATGGTATATTCAGGTGTAGTTGAGTCCCACATCGAAAGTAGTTGAAAGCTGTTGACAGAAGAAAGATTATAAAATAACCTCCAATTCCAGGGTTGCAACATACTTACCTTGACGGGGCTGATGGGTGATCAAGAAGACCCATGACCTAGACGAGTGACCTCCATTGCACTTAGGAGGGTCGCTGGTCTAAGGCTCACCCAAGTGGTTGAGACCTACGTCATAATTTGTGGTAGTGGGGCCTGTGTTTGCTGGCCCCTTCCAAGCCAGTATAATGTTTTTTAGACGGGAGTTTAGATCTGCTCCATTTAGGAACTATCCATTTAGTTATGACCTAGATGAGTGACCTCCATTGCACTTAGGATGGTCGCTGGTCTAAGGGTTGAGACCTACGTCATAATTTGTGATAGTGGGGCCGGTGTTTGTGGGCCCCTTCGAAGCCAGTATAA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Protein sequence

>MS.gene027264.t1

MIQLLFLVIIAEGVMAFLMMVKIGPLRDLVMKSLDQLKMGKAPATVKTIAGTMFVILLSSLMSLVKIQNKGAKLGTMSPMDQVLWRTHLLEAYLLGFTLFLGFLIDRMHHYLQKLINLRSNMGASKEEVENLKKENVELKEKEEKASKEIKQLKKELSTLTEGLKKVKMESEEKDKRVETADAHVASLQKQAADLLLEYDRLLEDNQNLQAQAGRHKS