AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene34153


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Find 90 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GTTGTTTAGGCCTTGCTTTC+AGG 0.128433 1.2:+75259693 MS.gene34153:intron
ACCCTTGAAGTTCTCATATT+TGG 0.163453 1.2:-75245110 None:intergenic
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TATCATTTGCATAGAGGATT+TGG 0.283405 1.2:+75240270 MS.gene34153:CDS
CGTGCCTTTCCTAAACCTTT+TGG 0.290608 1.2:-75259575 None:intergenic
CAAAAGTGTAGTTTCGTTGC+AGG 0.300599 1.2:+75259968 MS.gene34153:CDS
TTGCTTTCAGGCTGCTCAGC+AGG 0.318564 1.2:+75259705 MS.gene34153:CDS
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ACCTTGCAATGTATTAATTT+CGG 0.323993 1.2:-75261121 None:intergenic
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GCAGAGTTCAAGATAAAATA+TGG 0.349455 1.2:-75260892 None:intergenic
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CAGCTGATCCCCGCGGGCAC+TGG 0.361625 1.2:+75261061 MS.gene34153:CDS
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TCAACAGTTCCATAATATAT+TGG 0.377679 1.2:+75261029 MS.gene34153:intron
TCATGGAAACATACCAGGTT+TGG 0.378261 1.2:-75260769 None:intergenic
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GTGTGAATTTGTAGTTTGTT+TGG 0.389798 1.2:+75240230 MS.gene34153:intron
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TATGTCTTGTTGTCAGAGAT+TGG 0.424181 1.2:-75261505 None:intergenic
CTCACAAGAACATAAGCTTA+TGG 0.430132 1.2:+75240067 MS.gene34153:CDS
GCTGTTTGAATAAAAGTAGA+AGG 0.434575 1.2:-75261386 None:intergenic
TATTGATTTACCTGGATTAA+CGG 0.447581 1.2:-75245152 None:intergenic
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CCGGCGTATCATTTGCATAG+AGG 0.468092 1.2:+75240264 MS.gene34153:CDS
CATTTAACACTAGCGTTGGT+TGG 0.475222 1.2:-75259774 None:intergenic
TATGGTACTTGCCAGGGAGG+TGG 0.477512 1.2:+75245019 MS.gene34153:intron
TGCTGAGCAGCCTGAAAGCA+AGG 0.488354 1.2:-75259703 None:intergenic
ACAACAAGGCTTTACTTCAA+AGG 0.493096 1.2:+75259515 MS.gene34153:CDS
CTTTCAGGCTGCTCAGCAGG+AGG 0.495584 1.2:+75259708 MS.gene34153:CDS
ATGTATCTTGCGATTCACTT+TGG 0.497371 1.2:-75261444 None:intergenic
TATTACTTGGAATACATCAT+AGG 0.501457 1.2:-75260914 None:intergenic
GAATCGCAAGATACATGGTC+TGG 0.503955 1.2:+75261451 MS.gene34153:CDS
GACCAAATATGAGAACTTCA+AGG 0.504679 1.2:+75245108 MS.gene34153:CDS
GTTAAATGCTTGAGTGATGC+AGG 0.505103 1.2:+75259789 MS.gene34153:CDS
ATATATTTCAACACATATTG+TGG 0.506570 1.2:-75260862 None:intergenic
TGCAATGTATTAATTTCGGT+TGG 0.513028 1.2:-75261117 None:intergenic
ATTGCCGACCTTCTACCAAA+AGG 0.513583 1.2:+75259560 MS.gene34153:CDS
CAATGACTTGAAATCATGCT+TGG 0.518177 1.2:+75245048 MS.gene34153:CDS
TGCAGTGGATCCAGTGCCCG+CGG 0.520565 1.2:-75261071 None:intergenic
AACAATGCTACCGTTAATCC+AGG 0.520859 1.2:+75245142 MS.gene34153:CDS
ATCTAATCACGGTGGTGTCA+TGG 0.522553 1.2:+75240036 MS.gene34153:CDS
AGCGTTGGTTGGCAAATACC+TGG 0.541484 1.2:-75259763 None:intergenic
GAATTTGTAGTTTGTTTGGA+TGG 0.549843 1.2:+75240234 MS.gene34153:intron
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CGCATTATTATATCTAATCA+CGG 0.552811 1.2:+75240025 MS.gene34153:CDS
CTGTTTGAATAAAAGTAGAA+GGG 0.555728 1.2:-75261385 None:intergenic
AAAGTGAATCGCAAGATACA+TGG 0.555987 1.2:+75261446 MS.gene34153:CDS
CACCGTCAGCTGATCCCCGC+GGG 0.558349 1.2:+75261055 MS.gene34153:CDS
GCAGTGGATCCAGTGCCCGC+GGG 0.558493 1.2:-75261070 None:intergenic
AGTCTGTAACATACCCATCA+AGG 0.559849 1.2:-75259818 None:intergenic
AGAAGCCAATTGTCTTCACC+AGG 0.561394 1.2:-75240294 None:intergenic
CCGCTGGATCCTTCTTGCAG+TGG 0.564311 1.2:-75261086 None:intergenic
CAAGCATTTAACACTAGCGT+TGG 0.567611 1.2:-75259778 None:intergenic
TGCCCGCGGGGATCAGCTGA+CGG 0.576623 1.2:-75261057 None:intergenic
ACCAAATATGAGAACTTCAA+GGG 0.586887 1.2:+75245109 MS.gene34153:CDS
TTGCATAGAGGATTTGGACC+TGG 0.587842 1.2:+75240276 MS.gene34153:CDS
AGGTTTAGGAAAGGCACGCA+AGG 0.588900 1.2:+75259580 MS.gene34153:CDS
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GTACTTGCCAGGGAGGTGGT+TGG 0.599266 1.2:+75245023 MS.gene34153:intron
GGAGAGAGCACAAACCCGAA+GGG 0.604325 1.2:+75245069 MS.gene34153:CDS
ACCACTGTGACAACTTCACC+AGG 0.608066 1.2:+75259745 MS.gene34153:CDS
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GCACTGGATCCACTGCAAGA+AGG 0.634159 1.2:+75261077 MS.gene34153:CDS
CCTCTATGCAAATGATACGC+CGG 0.634737 1.2:-75240264 None:intergenic
TCTACCAAAAGGTTTAGGAA+AGG 0.639124 1.2:+75259571 MS.gene34153:CDS
CAGTGGATCCAGTGCCCGCG+GGG 0.640240 1.2:-75261069 None:intergenic
GAAGTTGTCACAGTGGTGAA+AGG 0.641338 1.2:-75259739 None:intergenic
TGTTACAATGAACTTCGCTG+TGG 0.647618 1.2:+75239998 None:intergenic
TGGATGAGAAGACATCGCAC+TGG 0.653079 1.2:-75260749 None:intergenic
AAACGGAGTGTTCAATAATG+GGG 0.662411 1.2:+75255353 MS.gene34153:CDS
GAGAGAGCACAAACCCGAAG+GGG 0.668066 1.2:+75245070 MS.gene34153:CDS
GTGATGAAAATCAGACAACA+AGG 0.672906 1.2:+75259501 MS.gene34153:intron
CCGCGGGGATCAGCTGACGG+TGG 0.673889 1.2:-75261054 None:intergenic
CCACCGTCAGCTGATCCCCG+CGG 0.681555 1.2:+75261054 MS.gene34153:CDS
TTAGTTTGAACCACACCATG+AGG 0.687015 1.2:+75259937 MS.gene34153:CDS
GTGAAGCTGAGATACTGTGA+TGG 0.689447 1.2:+75255315 MS.gene34153:CDS
CCACTGCAAGAAGGATCCAG+CGG 0.689871 1.2:+75261086 MS.gene34153:CDS
GTTGTCACAGTGGTGAAAGG+TGG 0.697162 1.2:-75259736 None:intergenic
ATTATTATATCTAATCACGG+TGG 0.766922 1.2:+75240028 MS.gene34153:CDS
ACCTGGTGAAGTTGTCACAG+TGG 0.785548 1.2:-75259746 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr1.2 gene 75240005 75261528 75240005 ID=MS.gene34153
chr1.2 mRNA 75240005 75261528 75240005 ID=MS.gene34153.t1;Parent=MS.gene34153
chr1.2 exon 75240005 75240131 75240005 ID=MS.gene34153.t1.exon1;Parent=MS.gene34153.t1
chr1.2 CDS 75240005 75240131 75240005 ID=cds.MS.gene34153.t1;Parent=MS.gene34153.t1
chr1.2 exon 75240244 75240326 75240244 ID=MS.gene34153.t1.exon2;Parent=MS.gene34153.t1
chr1.2 CDS 75240244 75240326 75240244 ID=cds.MS.gene34153.t1;Parent=MS.gene34153.t1
chr1.2 exon 75245034 75245163 75245034 ID=MS.gene34153.t1.exon3;Parent=MS.gene34153.t1
chr1.2 CDS 75245034 75245163 75245034 ID=cds.MS.gene34153.t1;Parent=MS.gene34153.t1
chr1.2 exon 75255295 75255374 75255295 ID=MS.gene34153.t1.exon4;Parent=MS.gene34153.t1
chr1.2 CDS 75255295 75255374 75255295 ID=cds.MS.gene34153.t1;Parent=MS.gene34153.t1
chr1.2 exon 75259515 75259601 75259515 ID=MS.gene34153.t1.exon5;Parent=MS.gene34153.t1
chr1.2 CDS 75259515 75259601 75259515 ID=cds.MS.gene34153.t1;Parent=MS.gene34153.t1
chr1.2 exon 75259702 75259826 75259702 ID=MS.gene34153.t1.exon6;Parent=MS.gene34153.t1
chr1.2 CDS 75259702 75259826 75259702 ID=cds.MS.gene34153.t1;Parent=MS.gene34153.t1
chr1.2 exon 75259929 75259989 75259929 ID=MS.gene34153.t1.exon7;Parent=MS.gene34153.t1
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