AlfalfaGEDB | MsG0180001415.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180001415.01

KEGG: -
GO: GO:0005515
PFAM: PF01535 PF13041

Nr:

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Swissprot:

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Trembl:

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TFs/TRs:

Gene ID	Type	Classification

Protein Kinases:

Gene ID	Type	Classification

Network:

Co-expression Network

Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
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MsG0180001415.01	MsG0580029651.01	0.816771	4.656557e-52	3.329798e-49
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MsG0180001415.01	MsG0880047745.01	0.805462	1.319609e-49	6.985952e-47

PPI

Gene1	Gene2	Type

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MsG0180001415.01.T01	MTR_6g079180	20.765	183	135	1	87	269	2	174	1.47e-13	70.5
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MsG0180001415.01.T01	AT1G20300	24.224	161	112	1	88	248	251	401	4.42e-13	69.3
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MsG0180001415.01.T01	AT1G13040	25.287	174	120	1	76	249	344	507	2.13e-12	67.4
MsG0180001415.01.T01	AT1G13040	25.287	174	120	1	76	249	344	507	2.13e-12	67.4
MsG0180001415.01.T01	AT3G16010	23.894	226	146	3	69	268	280	505	2.94e-12	67.0
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MsG0180001415.01.T01	AT3G60050	24.868	189	118	2	69	250	266	437	4.24e-12	66.2
MsG0180001415.01.T01	AT1G18900	21.364	220	145	2	69	263	379	595	4.58e-12	66.6
MsG0180001415.01.T01	AT1G18900	23.077	208	135	2	68	250	445	652	1.46e-11	65.1
MsG0180001415.01.T01	AT1G18900	21.364	220	145	2	69	263	379	595	4.58e-12	66.6
MsG0180001415.01.T01	AT1G18900	23.077	208	135	2	68	250	445	652	1.46e-11	65.1
MsG0180001415.01.T01	AT1G18900	21.364	220	145	2	69	263	379	595	4.58e-12	66.6
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MsG0180001415.01.T01	AT5G46680	23.982	221	144	5	16	234	193	391	5.26e-12	65.9
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MsG0180001415.01.T01	AT2G17140	23.077	234	147	4	16	249	471	671	8.69e-12	65.9
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MsG0180001415.01.T01	AT1G63320	23.645	203	101	3	77	270	1	158	3.53e-11	61.2
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MsG0180001415.01.T01	AT1G05600	23.656	186	127	3	64	248	310	481	7.83e-11	62.4
MsG0180001415.01.T01	AT1G05600	23.656	186	127	3	64	248	310	481	7.83e-11	62.4
MsG0180001415.01.T01	AT1G05600	23.656	186	127	3	64	248	310	481	7.83e-11	62.4

Find 64 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 86 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
CTGAGTGCTGGGTTTGTTCC+TGG	0.215909	1:-20815966	MsG0180001415.01.T01:CDS
TTGACTCTGTTGTTAGATAA+AGG	0.253923	1:-20815873	MsG0180001415.01.T01:CDS
ACTTATTCTCATCTGATAGA+TGG	0.313012	1:-20815831	MsG0180001415.01.T01:CDS
TTCATCTTAAAGTTAGGTTC+GGG	0.354939	1:-20816235	MsG0180001415.01.T01:intron
AAATGGTAGGGAAAGGGTTA+AGG	0.355266	1:-20816076	MsG0180001415.01.T01:CDS
GTTCATCTTAAAGTTAGGTT+CGG	0.383499	1:-20816236	MsG0180001415.01.T01:intron
ATTGATGCTCTTTGTAAAGA+AGG	0.386788	1:-20816469	MsG0180001415.01.T01:CDS
TGATTCAGTGTTTGTGCCGC+TGG	0.394133	1:-20815713	MsG0180001415.01.T01:CDS
TGACTCTGTTGTTAGATAAA+GGG	0.404920	1:-20815872	MsG0180001415.01.T01:CDS
GTCTCATATATACTGACATT+TGG	0.413710	1:+20815633	None:intergenic
GCTGAGAAGCTTTGTGAGAA+TGG	0.417801	1:-20815921	MsG0180001415.01.T01:CDS
GATATTGAGAATGTTGGAAA+TGG	0.421598	1:-20816359	MsG0180001415.01.T01:CDS
CTGAGAAGCTTTGTGAGAAT+GGG	0.424303	1:-20815920	MsG0180001415.01.T01:CDS
TGGTTGTTTGTTGTTTGATA+AGG	0.425244	1:-20815946	MsG0180001415.01.T01:CDS
GGACGGATTGAAGAAGTGAT+TGG	0.426004	1:-20816110	MsG0180001415.01.T01:CDS
TCTTAAGATATATTATGAAA+TGG	0.432108	1:-20815778	MsG0180001415.01.T01:CDS
TGCGAGAAAGGACGAGGTCC+AGG	0.438304	1:-20815805	MsG0180001415.01.T01:CDS
AATGGTAGGGAAAGGGTTAA+GGG	0.455130	1:-20816075	MsG0180001415.01.T01:CDS
GTGTTTGTGCCGCTGGGGAA+TGG	0.463424	1:-20815706	MsG0180001415.01.T01:CDS
TGAGGGAAATGGTAGGGAAA+GGG	0.466509	1:-20816082	MsG0180001415.01.T01:CDS
GGGAAAGGGTTAAGGGCATA+TGG	0.468216	1:-20816068	MsG0180001415.01.T01:intron
TCGCAATGAAATAGCTTCAC+TGG	0.474847	1:-20815559	MsG0180001415.01.T01:CDS
TTTGAAGAAATGCTGAGTGC+TGG	0.482122	1:-20815978	MsG0180001415.01.T01:intron
CCTCCCAGACCGTTTCAAAT+CGG	0.485212	1:+20816551	None:intergenic
CTTTGCTTCGTGTTGCTCAA+AGG	0.489667	1:-20816579	MsG0180001415.01.T01:CDS
GAGAATAAGTCTATGTGTCC+TGG	0.493615	1:-20815756	MsG0180001415.01.T01:CDS
GAGTTTGATATTGAGAATGT+TGG	0.502689	1:-20816365	MsG0180001415.01.T01:CDS
GATAGATGGTTATGCGAGAA+AGG	0.505350	1:-20815817	MsG0180001415.01.T01:CDS
GATTGGATTGATGAGGGAAA+TGG	0.514324	1:-20816093	MsG0180001415.01.T01:CDS
GATAATGTGGATCGGATTGT+TGG	0.516771	1:-20816427	MsG0180001415.01.T01:CDS
ATGGAAAATGAGGAGGGAAA+AGG	0.517047	1:-20816340	MsG0180001415.01.T01:intron
GATTCAGTGTTTGTGCCGCT+GGG	0.523292	1:-20815712	MsG0180001415.01.T01:CDS
TTGAAGAAATGCTGAGTGCT+GGG	0.527511	1:-20815977	MsG0180001415.01.T01:intron
GCAGAACAGAAACGGCGAAA+GGG	0.530725	1:-20815592	MsG0180001415.01.T01:CDS
ATGAGGGAAATGGTAGGGAA+AGG	0.542308	1:-20816083	MsG0180001415.01.T01:CDS
GGTCACATGCAGAACAGAAA+CGG	0.542945	1:-20815600	MsG0180001415.01.T01:CDS
AATATATCTTAAGAACTCCC+TGG	0.562577	1:+20815787	None:intergenic
AATGTTGGAAATGGAAAATG+AGG	0.563102	1:-20816350	MsG0180001415.01.T01:CDS
GATTGATGAGGGAAATGGTA+GGG	0.565995	1:-20816088	MsG0180001415.01.T01:CDS
GTAAAGAAGGATTGTTACAG+AGG	0.566255	1:-20816456	MsG0180001415.01.T01:CDS
AAGGTGCAGCCGATTTGAAA+CGG	0.568911	1:-20816560	MsG0180001415.01.T01:intron
ATATATGAGACGTTGATCGC+TGG	0.577047	1:-20815621	MsG0180001415.01.T01:CDS
CTCGAATTAATAACAACTGA+AGG	0.579533	1:+20816385	None:intergenic
GGATTGATGAGGGAAATGGT+AGG	0.584526	1:-20816089	MsG0180001415.01.T01:CDS
TGCAGAACAGAAACGGCGAA+AGG	0.585312	1:-20815593	MsG0180001415.01.T01:CDS
AGAAGTGATTGGATTGATGA+GGG	0.587837	1:-20816099	MsG0180001415.01.T01:CDS
GATTATGAAAGGTCAATCAC+TGG	0.591993	1:-20815658	MsG0180001415.01.T01:CDS
TGGTTATGCGAGAAAGGACG+AGG	0.592223	1:-20815811	MsG0180001415.01.T01:CDS
GTTGGAAATGGAAAATGAGG+AGG	0.598732	1:-20816347	MsG0180001415.01.T01:CDS
AAGAAGTGATTGGATTGATG+AGG	0.601213	1:-20816100	MsG0180001415.01.T01:CDS
TTTGGAGATGTATAATGAGA+TGG	0.605674	1:-20816198	MsG0180001415.01.T01:CDS
TTGGAAATGGAAAATGAGGA+GGG	0.609030	1:-20816346	MsG0180001415.01.T01:CDS
CTGGGGAATGGTTGATGATG+CGG	0.612284	1:-20815694	MsG0180001415.01.T01:CDS
TGAGAATAAGTAACATCACT+CGG	0.615983	1:+20815843	None:intergenic
ACAGAGGAATGTTGATAATG+TGG	0.621985	1:-20816440	MsG0180001415.01.T01:CDS
GCGAGAAAGGACGAGGTCCA+GGG	0.622841	1:-20815804	MsG0180001415.01.T01:CDS
TATAATGAGATGGTGAGAAG+AGG	0.629962	1:-20816188	MsG0180001415.01.T01:CDS
TGAGAAGCTTTGTGAGAATG+GGG	0.640082	1:-20815919	MsG0180001415.01.T01:CDS
GGAATGTTGATAATGTGGAT+CGG	0.652945	1:-20816435	MsG0180001415.01.T01:CDS
TCATCTTAAAGTTAGGTTCG+GGG	0.654275	1:-20816234	MsG0180001415.01.T01:intron
ATTCAGTGTTTGTGCCGCTG+GGG	0.664776	1:-20815711	MsG0180001415.01.T01:CDS
TTATCAAACAACAAACAACC+AGG	0.676936	1:+20815948	None:intergenic
CATCATCAACCATTCCCCAG+CGG	0.737841	1:+20815697	None:intergenic
GCACAAACACTGAATCATCG+AGG	0.759744	1:+20815719	None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
!!	TCTTAAGATATATTATGAAA+TGG	-	Chr1:20816346-20816365	MsG0180001415.01.T01:CDS	15.0%
!!!	AAGTATTTTAGGATTATGAA+AGG	-	Chr1:20816455-20816474	MsG0180001415.01.T01:CDS	20.0%
!	TGATTGTTCATCTTAAAGTT+AGG	-	Chr1:20815883-20815902	MsG0180001415.01.T01:CDS	25.0%
	AATATATCTTAAGAACTCCC+TGG	+	Chr1:20816340-20816359	None:intergenic	30.0%
	AATGTTGGAAATGGAAAATG+AGG	-	Chr1:20815774-20815793	MsG0180001415.01.T01:CDS	30.0%
	ACTTATTCTCATCTGATAGA+TGG	-	Chr1:20816293-20816312	MsG0180001415.01.T01:intron	30.0%
	ATCCTGAAAGTAACAACATT+AGG	+	Chr1:20815631-20815650	None:intergenic	30.0%
	ATTGATGCTCTTTGTAAAGA+AGG	-	Chr1:20815655-20815674	MsG0180001415.01.T01:CDS	30.0%
	CTCGAATTAATAACAACTGA+AGG	+	Chr1:20815742-20815761	None:intergenic	30.0%
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	GATATTGAGAATGTTGGAAA+TGG	-	Chr1:20815765-20815784	MsG0180001415.01.T01:CDS	30.0%
	GTCTCATATATACTGACATT+TGG	+	Chr1:20816494-20816513	None:intergenic	30.0%
	GTTCATCTTAAAGTTAGGTT+CGG	-	Chr1:20815888-20815907	MsG0180001415.01.T01:CDS	30.0%
	TCCTGAAAGTAACAACATTA+GGG	+	Chr1:20815630-20815649	None:intergenic	30.0%
	TGACTCTGTTGTTAGATAAA+GGG	-	Chr1:20816252-20816271	MsG0180001415.01.T01:intron	30.0%
	TGAGAATAAGTAACATCACT+CGG	+	Chr1:20816284-20816303	None:intergenic	30.0%
	TTATCAAACAACAAACAACC+AGG	+	Chr1:20816179-20816198	None:intergenic	30.0%
	TTCATCTTAAAGTTAGGTTC+GGG	-	Chr1:20815889-20815908	MsG0180001415.01.T01:CDS	30.0%
	TTGACTCTGTTGTTAGATAA+AGG	-	Chr1:20816251-20816270	MsG0180001415.01.T01:intron	30.0%
	TTGTTGCAGAAGAATTTGAT+TGG	-	Chr1:20815840-20815859	MsG0180001415.01.T01:CDS	30.0%
	TTTGGAGATGTATAATGAGA+TGG	-	Chr1:20815926-20815945	MsG0180001415.01.T01:CDS	30.0%
!	ACTTATGAACGTGTTATTGT+TGG	-	Chr1:20816083-20816102	MsG0180001415.01.T01:CDS	30.0%
!	GAAGAATTTGATTGGTGATT+CGG	-	Chr1:20815848-20815867	MsG0180001415.01.T01:CDS	30.0%
!!	TGGTTGTTTGTTGTTTGATA+AGG	-	Chr1:20816178-20816197	MsG0180001415.01.T01:CDS	30.0%
	AAGAAGTGATTGGATTGATG+AGG	-	Chr1:20816024-20816043	MsG0180001415.01.T01:intron	35.0%
	AGAAGTGATTGGATTGATGA+GGG	-	Chr1:20816025-20816044	MsG0180001415.01.T01:intron	35.0%
	GAGGAAAAAAAAGACAATCC+AGG	+	Chr1:20816389-20816408	None:intergenic	35.0%
	GATTATGAAAGGTCAATCAC+TGG	-	Chr1:20816466-20816485	MsG0180001415.01.T01:CDS	35.0%
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!!!	ATGATGCGGAGAAGTATTTT+AGG	-	Chr1:20816444-20816463	MsG0180001415.01.T01:CDS	35.0%
	AAATGGTAGGGAAAGGGTTA+AGG	-	Chr1:20816048-20816067	MsG0180001415.01.T01:intron	40.0%
	AATGGTAGGGAAAGGGTTAA+GGG	-	Chr1:20816049-20816068	MsG0180001415.01.T01:intron	40.0%
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	GATTGGATTGATGAGGGAAA+TGG	-	Chr1:20816031-20816050	MsG0180001415.01.T01:intron	40.0%
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!	ATACGAGCGTTTTGTGAGAA+GGG	-	Chr1:20815993-20816012	MsG0180001415.01.T01:intron	40.0%
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!	CTGAGAAGCTTTGTGAGAAT+GGG	-	Chr1:20816204-20816223	MsG0180001415.01.T01:CDS	40.0%
!	TATACGAGCGTTTTGTGAGA+AGG	-	Chr1:20815992-20816011	MsG0180001415.01.T01:intron	40.0%
!	TGAGAAGCTTTGTGAGAATG+GGG	-	Chr1:20816205-20816224	MsG0180001415.01.T01:CDS	40.0%
	ATGAGGGAAATGGTAGGGAA+AGG	-	Chr1:20816041-20816060	MsG0180001415.01.T01:intron	45.0%
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!	GAGCGTTTTGTGAGAAGGGA+CGG	-	Chr1:20815997-20816016	MsG0180001415.01.T01:intron	50.0%
!	GATTCAGTGTTTGTGCCGCT+GGG	-	Chr1:20816412-20816431	MsG0180001415.01.T01:CDS	50.0%
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!!	CAGCCGATTTGAAACGGTCT+GGG	-	Chr1:20815570-20815589	MsG0180001415.01.T01:CDS	50.0%
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	ATGCGCAGATTCAGGACGGT+TGG	-	Chr1:20816106-20816125	MsG0180001415.01.T01:CDS	55.0%
	GAAACGGTCTGGGAGGTTCA+TGG	-	Chr1:20815580-20815599	MsG0180001415.01.T01:CDS	55.0%
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!!	CTGAGTGCTGGGTTTGTTCC+TGG	-	Chr1:20816158-20816177	MsG0180001415.01.T01:CDS	55.0%
!!	GCAGCCGATTTGAAACGGTC+TGG	-	Chr1:20815569-20815588	MsG0180001415.01.T01:CDS	55.0%
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	TGCGAGAAAGGACGAGGTCC+AGG	-	Chr1:20816319-20816338	MsG0180001415.01.T01:intron	60.0%
!	GTGTTTGTGCCGCTGGGGAA+TGG	-	Chr1:20816418-20816437	MsG0180001415.01.T01:CDS	60.0%

Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
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Gene Sequence

>MsG0180001415.01.T01

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Protein sequence

>MsG0180001415.01.T01

MLCFVLLKGAADLKRIMIDALCKEGLLQRNVDNVDRIVGKLNSHSPSVVINSSLILRMLEMENEEGKVRFGDLDFALEMYNEMVRRGFSENSFVYTSFIRAFCEKGRIEEVIGLMREMVGKGLRAYEMLSAGFVPGCLLFDKVAEKLCENGEVEKMNDMLTLLLDKGFFPSDVTYSHLIDGYARKDEVQGVLKIYYEMENKSMCPGLSFFSSMIQCLCRWGMVDDAEKYFRIMKGQSLAPNVSIYETLIAGHMQNRNGERALQLRNEIASLELQCS*