AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780036901.01

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MsG0780036901.01.T01 AT3G43740 30.332 211 105 6 15 195 16 214 1.42e-18 82.0
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MsG0780036901.01.T01 AT5G06940 41.121 107 61 2 92 197 159 264 2.40e-12 66.2
MsG0780036901.01.T01 AT1G17230 36.905 168 74 4 84 220 547 713 2.18e-18 84.0
MsG0780036901.01.T01 AT1G17230 41.509 106 61 1 92 197 439 543 1.57e-13 69.7
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MsG0780036901.01.T01 AT5G65710 39.823 113 67 1 96 208 212 323 4.36e-17 80.1
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MsG0780036901.01.T01 AT5G65710 39.252 107 64 1 92 198 423 528 1.39e-14 72.8
MsG0780036901.01.T01 AT5G65710 36.842 114 71 1 93 206 472 584 1.20e-13 70.1
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MsG0780036901.01.T01 AT5G65710 35.455 110 68 3 92 200 399 506 5.84e-12 65.1
MsG0780036901.01.T01 AT5G66330 39.655 116 68 2 79 194 80 193 5.33e-17 79.3
MsG0780036901.01.T01 AT3G28040 35.263 190 111 8 11 197 13 193 5.82e-17 79.7
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MsG0780036901.01.T01 AT1G35710 38.462 104 63 1 92 195 282 384 3.05e-13 68.9
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MsG0780036901.01.T01 AT3G05650 43.529 85 45 1 128 209 675 759 1.74e-11 63.5
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MsG0780036901.01.T01 AT2G33170 39.091 110 66 1 92 201 313 421 4.06e-14 71.6
MsG0780036901.01.T01 AT2G33170 38.462 130 55 2 92 197 169 297 7.64e-14 70.9
MsG0780036901.01.T01 AT2G33170 42.718 103 58 1 92 194 337 438 1.08e-13 70.1
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MsG0780036901.01.T01 AT3G50230 38.462 130 73 4 66 194 64 187 1.68e-14 72.4
MsG0780036901.01.T01 AT5G51350 35.833 120 75 2 81 200 227 344 2.09e-14 72.4
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MsG0780036901.01.T01 AT5G51350 29.545 132 90 2 92 221 453 583 9.10e-11 61.6
MsG0780036901.01.T01 AT5G49290 42.574 101 56 1 117 215 513 613 2.76e-14 72.0
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MsG0780036901.01.T01 AT1G56120 42.056 107 61 1 89 195 104 209 2.27e-13 69.3
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MsG0780036901.01.T01 AT1G72460 31.925 213 108 11 37 219 23 228 2.05e-11 63.5
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MsG0780036901.01.T01 AT1G06840 35.514 107 67 2 97 202 148 253 3.05e-11 63.2
MsG0780036901.01.T01 AT5G10020 34.722 144 62 4 93 205 376 518 3.19e-11 62.8
MsG0780036901.01.T01 AT5G10020 34.722 144 62 4 93 205 424 566 3.40e-11 62.8
MsG0780036901.01.T01 AT3G19230 36.283 113 69 3 68 180 388 497 3.57e-11 62.8
MsG0780036901.01.T01 AT1G78980 36.634 101 52 2 101 193 106 202 3.92e-11 62.8
MsG0780036901.01.T01 AT2G29000 39.796 98 53 2 130 223 407 502 3.94e-11 62.8
MsG0780036901.01.T01 AT4G34220 30.921 152 96 5 52 196 45 194 4.23e-11 62.4
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MsG0780036901.01.T01 AT3G02130 37.500 104 64 1 92 194 597 700 5.78e-11 62.4
MsG0780036901.01.T01 AT3G02130 37.500 104 64 1 92 194 580 683 5.82e-11 62.4
MsG0780036901.01.T01 AT1G56145 34.906 106 68 1 92 197 123 227 6.46e-11 62.0
MsG0780036901.01.T01 AT5G45840 31.410 156 99 5 41 193 36 186 7.68e-11 61.6
MsG0780036901.01.T01 AT5G58150 38.889 108 62 3 99 205 303 407 7.91e-11 61.6
MsG0780036901.01.T01 AT4G16162 39.362 94 55 1 92 185 39 130 8.70e-11 58.9
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MsG0780036901.01.T01 AT1G58190 39.583 96 54 2 105 199 724 816 8.92e-11 61.6
MsG0780036901.01.T01 AT5G35390 34.356 163 94 8 37 194 33 187 9.41e-11 61.6
MsG0780036901.01.T01 AT4G28560 35.294 102 64 2 89 189 186 286 9.49e-11 61.2

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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ATCAATATCAGCATTTGATT+TGG 0.246003 7:-15979575 None:intergenic
GGCCGTGGTATGGGTCTTTC+CGG 0.258816 7:+15979763 MsG0780036901.01.T01:CDS
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CAAGTTATCTGGTGCTATTC+CGG 0.301986 7:+15979993 MsG0780036901.01.T01:CDS
TTGTGTGGTGCGATCCCTAC+TGG 0.309092 7:+15980069 MsG0780036901.01.T01:CDS
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TGGAGTAGGACAAACATATT+TGG 0.339262 7:-15979517 None:intergenic
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CTCAAAATCAGAGACCATTT+CGG 0.405029 7:+15979631 MsG0780036901.01.T01:CDS
ATTTGATTTGGAAAAGTAGA+TGG 0.406213 7:-15979563 None:intergenic
CTTGGCTCCAACAGCCTTAG+TGG 0.411803 7:+15979910 MsG0780036901.01.T01:CDS
GTCACCATCGGCCGTGGTAT+GGG 0.417634 7:+15979754 MsG0780036901.01.T01:CDS
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AGACTAACAAATCTCGATCT+TGG 0.451853 7:+15979892 MsG0780036901.01.T01:CDS
CCTCCCTTGCATGGTGCTAA+AGG 0.457722 7:-15980147 None:intergenic
TACTGGAGCTTCGTCGGGTG+CGG 0.459307 7:+15979703 MsG0780036901.01.T01:CDS
GGAATTGGCCCAGTTACATT+CGG 0.461435 7:-15979847 None:intergenic
ATTGCTGTCCCAGTCGTTGA+GGG 0.464975 7:-15979668 None:intergenic
GGGAGGTCCCCAAACTCCTC+TGG 0.469212 7:-15979793 None:intergenic
TAGGGATCGCACCACACAAC+TGG 0.474214 7:-15980065 None:intergenic
TGGAAAAGTAGATGGAAGAA+AGG 0.478312 7:-15979555 None:intergenic
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GGGTGCGGAAAACCGTATCC+TGG 0.506336 7:+15979718 MsG0780036901.01.T01:CDS
ACCGGTGTCACCATCGGCCG+TGG 0.513021 7:+15979748 MsG0780036901.01.T01:CDS
AATGAGAGGAAGTCAAGATA+AGG 0.515678 7:-15979814 None:intergenic
AGTAGATGGAAGAAAGGAAG+AGG 0.519702 7:-15979549 None:intergenic
CAAACTTGCTCAACCCAGTA+GGG 0.520890 7:-15980083 None:intergenic
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AAACTCCTCTGGAAGCGTAC+CGG 0.551630 7:-15979782 None:intergenic
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GCAAACTTGCTCAACCCAGT+AGG 0.571577 7:-15980084 None:intergenic
AAAGGAAGAGGAGTGTTACG+TGG 0.574906 7:-15979537 None:intergenic
TGCTGTCCCAGTCGTTGAGG+GGG 0.575271 7:-15979666 None:intergenic
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AGGAGGGGATCGGTCCACTA+AGG 0.581885 7:-15979924 None:intergenic
TACGCTTCCAGAGGAGTTTG+GGG 0.581973 7:+15979786 MsG0780036901.01.T01:CDS
TATTGCTGTCCCAGTCGTTG+AGG 0.594383 7:-15979669 None:intergenic
CCTTTAGCACCATGCAAGGG+AGG 0.605873 7:+15980147 MsG0780036901.01.T01:CDS
TCTTTCCGGTACGCTTCCAG+AGG 0.610341 7:+15979777 MsG0780036901.01.T01:CDS
TTGCTGTCCCAGTCGTTGAG+GGG 0.611446 7:-15979667 None:intergenic
CAAGTTGAAGCGCCTAAAGG+AGG 0.617617 7:+15979954 MsG0780036901.01.T01:CDS
AAGACCCATACCACGGCCGA+TGG 0.641944 7:-15979758 None:intergenic
GTTAGCTTTAACCAGTTGTG+TGG 0.644953 7:+15980054 MsG0780036901.01.T01:CDS
GTGCTAAAGGAGCATCACAT+AGG 0.647252 7:-15980134 None:intergenic
GCTCCTTTAGCACCATGCAA+GGG 0.657422 7:+15980144 MsG0780036901.01.T01:CDS
AAAATCAGAGACCATTTCGG+TGG 0.683039 7:+15979634 MsG0780036901.01.T01:CDS
TACCGGAAAGACCCATACCA+CGG 0.702936 7:-15979765 None:intergenic
AGAGGAAGTCAAGATAAGGG+AGG 0.714023 7:-15979810 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
! ATCAATATCAGCATTTGATT+TGG - Chr7:15979578-15979597 None:intergenic 25.0%
!!! ATTTGATTTGGAAAAGTAGA+TGG - Chr7:15979566-15979585 None:intergenic 25.0%
TAAACTGTGAAAGAGATTGT+AGG - Chr7:15980032-15980051 None:intergenic 30.0%
TTGTCTAACAACAAGTTATC+TGG + Chr7:15979982-15980001 MsG0780036901.01.T01:CDS 30.0%
AATGAGAGGAAGTCAAGATA+AGG - Chr7:15979817-15979836 None:intergenic 35.0%
AGACTAACAAATCTCGATCT+TGG + Chr7:15979892-15979911 MsG0780036901.01.T01:CDS 35.0%
ATGAGAGGAAGTCAAGATAA+GGG - Chr7:15979816-15979835 None:intergenic 35.0%
CTCAAAATCAGAGACCATTT+CGG + Chr7:15979631-15979650 MsG0780036901.01.T01:CDS 35.0%
TAGACAAATCAACCTCCTTT+AGG - Chr7:15979969-15979988 None:intergenic 35.0%
TGGAAAAGTAGATGGAAGAA+AGG - Chr7:15979558-15979577 None:intergenic 35.0%
TGGAGTAGGACAAACATATT+TGG - Chr7:15979520-15979539 None:intergenic 35.0%
TTATCTTGACTTCCTCTCAT+TGG + Chr7:15979816-15979835 MsG0780036901.01.T01:CDS 35.0%
TTGCTGAAAGAGTTAGGAAT+TGG - Chr7:15979865-15979884 None:intergenic 35.0%
!! TTGAGTTTGCTGAAAGAGTT+AGG - Chr7:15979871-15979890 None:intergenic 35.0%
AAAATCAGAGACCATTTCGG+TGG + Chr7:15979634-15979653 MsG0780036901.01.T01:CDS 40.0%
AGTAGATGGAAGAAAGGAAG+AGG - Chr7:15979552-15979571 None:intergenic 40.0%
CCAAAATGCCGAATGTAACT+GGG + Chr7:15979839-15979858 MsG0780036901.01.T01:CDS 40.0%
GCAATACACACTGTTGTTAC+TGG + Chr7:15979686-15979705 MsG0780036901.01.T01:CDS 40.0%
TTCAACTTGCCCAAAAAGGA+GGG - Chr7:15979943-15979962 None:intergenic 40.0%
! CGAAATGGTCTCTGATTTTG+AGG - Chr7:15979633-15979652 None:intergenic 40.0%
!! AATGGTCTCTGATTTTGAGG+AGG - Chr7:15979630-15979649 None:intergenic 40.0%
!! ATGGTCTCTGATTTTGAGGA+GGG - Chr7:15979629-15979648 None:intergenic 40.0%
!! CAAGTTATCTGGTGCTATTC+CGG + Chr7:15979993-15980012 MsG0780036901.01.T01:CDS 40.0%
!! GTTAGCTTTAACCAGTTGTG+TGG + Chr7:15980054-15980073 MsG0780036901.01.T01:CDS 40.0%
AGAGGAAGTCAAGATAAGGG+AGG - Chr7:15979813-15979832 None:intergenic 45.0%
CTTCAACTTGCCCAAAAAGG+AGG - Chr7:15979944-15979963 None:intergenic 45.0%
GCCAAAATGCCGAATGTAAC+TGG + Chr7:15979838-15979857 MsG0780036901.01.T01:CDS 45.0%
GGAATTGGCCCAGTTACATT+CGG - Chr7:15979850-15979869 None:intergenic 45.0%
TCAACTTGCCCAAAAAGGAG+GGG - Chr7:15979942-15979961 None:intergenic 45.0%
TGTTGTTACTGGAGCTTCGT+CGG + Chr7:15979697-15979716 MsG0780036901.01.T01:CDS 45.0%
! CAAACTTGCTCAACCCAGTA+GGG - Chr7:15980086-15980105 None:intergenic 45.0%
! CCCAGTTACATTCGGCATTT+TGG - Chr7:15979842-15979861 None:intergenic 45.0%
!! AAAGGAAGAGGAGTGTTACG+TGG - Chr7:15979540-15979559 None:intergenic 45.0%
!! GTGCTAAAGGAGCATCACAT+AGG - Chr7:15980137-15980156 None:intergenic 45.0%
ATTGCTGTCCCAGTCGTTGA+GGG - Chr7:15979671-15979690 None:intergenic 50.0%
GCGCTTCAACTTGCCCAAAA+AGG - Chr7:15979947-15979966 None:intergenic 50.0%
GCTCCTTTAGCACCATGCAA+GGG + Chr7:15980144-15980163 MsG0780036901.01.T01:CDS 50.0%
GTACGCTTCCAGAGGAGTTT+GGG + Chr7:15979785-15979804 MsG0780036901.01.T01:CDS 50.0%
GTTGTTACTGGAGCTTCGTC+GGG + Chr7:15979698-15979717 MsG0780036901.01.T01:CDS 50.0%
TACCGGAAAGACCCATACCA+CGG - Chr7:15979768-15979787 None:intergenic 50.0%
TACGCTTCCAGAGGAGTTTG+GGG + Chr7:15979786-15979805 MsG0780036901.01.T01:CDS 50.0%
TATTGCTGTCCCAGTCGTTG+AGG - Chr7:15979672-15979691 None:intergenic 50.0%
TGCTCCTTTAGCACCATGCA+AGG + Chr7:15980143-15980162 MsG0780036901.01.T01:CDS 50.0%
TTGCCCAAAAAGGAGGGGAT+CGG - Chr7:15979937-15979956 None:intergenic 50.0%
! AAACTCCTCTGGAAGCGTAC+CGG - Chr7:15979785-15979804 None:intergenic 50.0%
! CAAGTTGAAGCGCCTAAAGG+AGG + Chr7:15979954-15979973 MsG0780036901.01.T01:CDS 50.0%
! GCAAACTTGCTCAACCCAGT+AGG - Chr7:15980087-15980106 None:intergenic 50.0%
!! AGAGGAGTGTTACGTGGAGT+AGG - Chr7:15979534-15979553 None:intergenic 50.0%
!! GTCTCTGATTTTGAGGAGGG+TGG - Chr7:15979626-15979645 None:intergenic 50.0%
!! TCGGCATTTTGGCCAATGAG+AGG - Chr7:15979831-15979850 None:intergenic 50.0%
CCTTTAGCACCATGCAAGGG+AGG + Chr7:15980147-15980166 MsG0780036901.01.T01:CDS 55.0%
CGATGGTGACACCGGTGATT+CGG - Chr7:15979744-15979763 None:intergenic 55.0%
CTAGCTATGCCTCCCTTGCA+TGG - Chr7:15980159-15980178 None:intergenic 55.0%
CTTGGCTCCAACAGCCTTAG+TGG + Chr7:15979910-15979929 MsG0780036901.01.T01:CDS 55.0%
GATCGGTCCACTAAGGCTGT+TGG - Chr7:15979920-15979939 None:intergenic 55.0%
GGTACGCTTCCAGAGGAGTT+TGG + Chr7:15979784-15979803 MsG0780036901.01.T01:CDS 55.0%
TAGGGATCGCACCACACAAC+TGG - Chr7:15980068-15980087 None:intergenic 55.0%
TCTTTCCGGTACGCTTCCAG+AGG + Chr7:15979777-15979796 MsG0780036901.01.T01:CDS 55.0%
TGTAGGTTGTCGAGAGACGC+CGG - Chr7:15980015-15980034 None:intergenic 55.0%
TGTGTGGTGCGATCCCTACT+GGG + Chr7:15980070-15980089 MsG0780036901.01.T01:CDS 55.0%
TTGCTGTCCCAGTCGTTGAG+GGG - Chr7:15979670-15979689 None:intergenic 55.0%
TTGTGTGGTGCGATCCCTAC+TGG + Chr7:15980069-15980088 MsG0780036901.01.T01:CDS 55.0%
! CCTCCCTTGCATGGTGCTAA+AGG - Chr7:15980150-15980169 None:intergenic 55.0%
! GGACCGATCCCCTCCTTTTT+GGG + Chr7:15979931-15979950 MsG0780036901.01.T01:CDS 55.0%
! GGGCAAGTTGAAGCGCCTAA+AGG + Chr7:15979951-15979970 MsG0780036901.01.T01:CDS 55.0%
! TGGACCGATCCCCTCCTTTT+TGG + Chr7:15979930-15979949 MsG0780036901.01.T01:CDS 55.0%
!! CGAATCACCGGTGTCACCAT+CGG + Chr7:15979742-15979761 MsG0780036901.01.T01:CDS 55.0%
AAGACCCATACCACGGCCGA+TGG - Chr7:15979761-15979780 None:intergenic 60.0%
AGGAGGGGATCGGTCCACTA+AGG - Chr7:15979927-15979946 None:intergenic 60.0%
CCGTATCCTGGCCGAATCAC+CGG + Chr7:15979730-15979749 MsG0780036901.01.T01:CDS 60.0%
GGCCGTGGTATGGGTCTTTC+CGG + Chr7:15979763-15979782 MsG0780036901.01.T01:CDS 60.0%
GGGTGCGGAAAACCGTATCC+TGG + Chr7:15979718-15979737 MsG0780036901.01.T01:CDS 60.0%
GTCACCATCGGCCGTGGTAT+GGG + Chr7:15979754-15979773 MsG0780036901.01.T01:CDS 60.0%
TACTGGAGCTTCGTCGGGTG+CGG + Chr7:15979703-15979722 MsG0780036901.01.T01:CDS 60.0%
TGCTGTCCCAGTCGTTGAGG+GGG - Chr7:15979669-15979688 None:intergenic 60.0%
TGTCACCATCGGCCGTGGTA+TGG + Chr7:15979753-15979772 MsG0780036901.01.T01:CDS 60.0%
! CCGGTGATTCGGCCAGGATA+CGG - Chr7:15979733-15979752 None:intergenic 60.0%
ACCACGGCCGATGGTGACAC+CGG - Chr7:15979752-15979771 None:intergenic 65.0%
AGTCGTTGAGGGGGCCTTCG+GGG - Chr7:15979660-15979679 None:intergenic 65.0%
CAGTCGTTGAGGGGGCCTTC+GGG - Chr7:15979661-15979680 None:intergenic 65.0%
CCAGTCGTTGAGGGGGCCTT+CGG - Chr7:15979662-15979681 None:intergenic 65.0%
CGAAGGCCCCCTCAACGACT+GGG + Chr7:15979660-15979679 MsG0780036901.01.T01:CDS 65.0%
GACCATTTCGGTGGCCCCGA+AGG + Chr7:15979643-15979662 MsG0780036901.01.T01:CDS 65.0%
GGGAGGTCCCCAAACTCCTC+TGG - Chr7:15979796-15979815 None:intergenic 65.0%
! GTGACACCGGTGATTCGGCC+AGG - Chr7:15979739-15979758 None:intergenic 65.0%
CCGAAGGCCCCCTCAACGAC+TGG + Chr7:15979659-15979678 MsG0780036901.01.T01:CDS 70.0%
GGCCTTCGGGGCCACCGAAA+TGG - Chr7:15979648-15979667 None:intergenic 70.0%
!! ACCGGTGTCACCATCGGCCG+TGG + Chr7:15979748-15979767 MsG0780036901.01.T01:CDS 70.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 15979505 15980188 15979505 ID=MsG0780036901.01;Name=MsG0780036901.01
Chr7 mRNA 15979505 15980188 15979505 ID=MsG0780036901.01.T01;Parent=MsG0780036901.01;Name=MsG0780036901.01.T01;_AED=0.44;_eAED=0.44;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|227
Chr7 exon 15979505 15980188 15979505 ID=MsG0780036901.01.T01:exon:3066;Parent=MsG0780036901.01.T01
Chr7 CDS 15979505 15980188 15979505 ID=MsG0780036901.01.T01:cds;Parent=MsG0780036901.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780036901.01.T01

ATGAAGACTCTTCCAAATATGTTTGTCCTACTCCACGTAACACTCCTCTTCCTTTCTTCCATCTACTTTTCCAAATCAAATGCTGATATTGATTTCTTTTGCAATGAAAGTGACGAAGCCACCCTCCTCAAAATCAGAGACCATTTCGGTGGCCCCGAAGGCCCCCTCAACGACTGGGACAGCAATACACACTGTTGTTACTGGAGCTTCGTCGGGTGCGGAAAACCGTATCCTGGCCGAATCACCGGTGTCACCATCGGCCGTGGTATGGGTCTTTCCGGTACGCTTCCAGAGGAGTTTGGGGACCTCCCTTATCTTGACTTCCTCTCATTGGCCAAAATGCCGAATGTAACTGGGCCAATTCCTAACTCTTTCAGCAAACTCAAAAGACTAACAAATCTCGATCTTGGCTCCAACAGCCTTAGTGGACCGATCCCCTCCTTTTTGGGCAAGTTGAAGCGCCTAAAGGAGGTTGATTTGTCTAACAACAAGTTATCTGGTGCTATTCCGGCGTCTCTCGACAACCTACAATCTCTTTCACAGTTTAATGTTAGCTTTAACCAGTTGTGTGGTGCGATCCCTACTGGGTTGAGCAAGTTTGCAAAGAGTTCGTTTGATCATAATAAATGCCTATGTGATGCTCCTTTAGCACCATGCAAGGGAGGCATAGCTAGCAGCAAGTAA
Protein sequence

>MsG0780036901.01.T01

MKTLPNMFVLLHVTLLFLSSIYFSKSNADIDFFCNESDEATLLKIRDHFGGPEGPLNDWDSNTHCCYWSFVGCGKPYPGRITGVTIGRGMGLSGTLPEEFGDLPYLDFLSLAKMPNVTGPIPNSFSKLKRLTNLDLGSNSLSGPIPSFLGKLKRLKEVDLSNNKLSGAIPASLDNLQSLSQFNVSFNQLCGAIPTGLSKFAKSSFDHNKCLCDAPLAPCKGGIASSK*