AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene83346


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Find 72 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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CCAAGATAATCAAATTCTAT+TGG 0.314209 2.2:-29684291 None:intergenic
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GCTTGTTCTGCGATTTCAAC+GGG 0.403905 2.2:-29673996 None:intergenic
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AATTGGGGTTCCTTAGAGCC+TGG 0.484263 2.2:-29677241 None:intergenic
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AACTACAGAGGCTATGACAT+AGG 0.495161 2.2:+29682855 MS.gene83346:CDS
TCTTAAAACTTTGTATGTTG+AGG 0.497216 2.2:+29684113 MS.gene83346:CDS
TGATGAAATTTATGAGCTCC+AGG 0.497219 2.2:+29678675 MS.gene83346:CDS
TTTCACGGTGTGGAAATTCC+AGG 0.499815 2.2:+29677223 MS.gene83346:CDS
TGCAGCAGTGATGTATTTGA+TGG 0.502189 2.2:-29676018 None:intergenic
TTGAAATCGCAGAACAAGCT+CGG 0.518498 2.2:+29674000 MS.gene83346:CDS
GGATCAATGGAGAGAAGAGA+AGG 0.518927 2.2:-29674047 None:intergenic
CAATGATATGCTCGGTGTTG+GGG 0.521995 2.2:-29674965 None:intergenic
ATGACGAGAGGTGTCATTTG+AGG 0.522794 2.2:-29674083 None:intergenic
GGATTTGGTGCTAAGTGGCT+TGG 0.523784 2.2:+29676041 MS.gene83346:CDS
CTGCAGGATTTGGTGCTAAG+TGG 0.526710 2.2:+29676036 MS.gene83346:CDS
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CAGATATCATTCCATAATTG+GGG 0.535171 2.2:-29677256 None:intergenic
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CGAGAGGTGTCATTTGAGGA+AGG 0.544148 2.2:-29674079 None:intergenic
ACTACAGAGGCTATGACATA+GGG 0.549695 2.2:+29682856 MS.gene83346:CDS
ACAGCCAGACAGACCTCAAG+AGG 0.575109 2.2:+29683082 MS.gene83346:CDS
TGAATGCAGTAATTTGTGCA+AGG 0.578273 2.2:+29674595 MS.gene83346:intron
TGAGGTAAATACATATGCAC+TGG 0.582931 2.2:+29684131 MS.gene83346:CDS
ACTGTGATTATTACCTCTTG+AGG 0.585155 2.2:-29683095 None:intergenic
CTCATTCCTTTCTAAAAGGT+AGG 0.596387 2.2:-29684379 None:intergenic
AAGATAATCAAATTCTATTG+GGG 0.603378 2.2:-29684289 None:intergenic
AAAGCGATCAATGATATGCT+CGG 0.607018 2.2:-29674973 None:intergenic
GAGAGGTGTCATTTGAGGAA+GGG 0.608013 2.2:-29674078 None:intergenic
ATTTGAGGAAGGGAAAGAGA+AGG 0.609170 2.2:-29674068 None:intergenic
AAAGTTGAGAAAATTTCTGG+AGG 0.619890 2.2:+29674659 MS.gene83346:CDS
GCAAGGACATGTTCAAGACC+TGG 0.621936 2.2:+29674612 MS.gene83346:CDS
GTTGGGGCCATACAATCTGA+TGG 0.622325 2.2:-29674949 None:intergenic
AGAATCACCTAAACTTGACC+AGG 0.623881 2.2:-29674630 None:intergenic
GAAGGTTTCAGTTAAACAAG+GGG 0.631491 2.2:+29674905 MS.gene83346:CDS
AATATAATACTAATAATGGG+TGG 0.636817 2.2:+29673954 None:intergenic
TGAAGGTTTCAGTTAAACAA+GGG 0.637167 2.2:+29674904 MS.gene83346:CDS
AGAGTTACTGACATGACGAG+AGG 0.684298 2.2:-29674095 None:intergenic
CAGAGACCAGAAAAGGTGTG+AGG 0.696052 2.2:-29684154 None:intergenic
TATGCATCATACAACTACAG+AGG 0.713439 2.2:+29682843 MS.gene83346:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr2.2 gene 29673969 29684404 29673969 ID=MS.gene83346
chr2.2 mRNA 29673969 29684404 29673969 ID=MS.gene83346.t1;Parent=MS.gene83346
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chr2.2 CDS 29673969 29674105 29673969 ID=cds.MS.gene83346.t1;Parent=MS.gene83346.t1
chr2.2 exon 29674604 29674695 29674604 ID=MS.gene83346.t1.exon2;Parent=MS.gene83346.t1
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chr2.2 exon 29674901 29675007 29674901 ID=MS.gene83346.t1.exon3;Parent=MS.gene83346.t1
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chr2.2 CDS 29684279 29684404 29684279 ID=cds.MS.gene83346.t1;Parent=MS.gene83346.t1
Gene Sequence

>MS.gene83346

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Protein sequence

>MS.gene83346.t1

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