AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0080048446.01

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MsG0080048446.01.T01 AT5G19730 40.574 244 136 3 75 311 90 331 2.74e-57 189
MsG0080048446.01.T01 AT5G47500 38.492 252 146 3 66 310 56 305 6.45e-55 183
MsG0080048446.01.T01 AT2G36710 37.860 243 145 3 70 307 90 331 4.13e-54 182
MsG0080048446.01.T01 AT3G29090 35.361 263 149 4 66 315 2 256 1.81e-53 177
MsG0080048446.01.T01 AT1G05310 39.200 250 143 3 73 314 93 341 5.30e-52 176
MsG0080048446.01.T01 AT5G55590 37.154 253 147 4 69 312 80 329 1.24e-50 171
MsG0080048446.01.T01 AT5G55590 37.154 253 147 4 69 312 80 329 4.78e-50 171
MsG0080048446.01.T01 AT2G21610 38.843 242 135 5 68 307 48 278 6.97e-49 167
MsG0080048446.01.T01 AT2G21610 38.843 242 135 5 68 307 53 283 9.92e-49 166
MsG0080048446.01.T01 AT5G18990 38.113 265 150 6 59 315 19 277 2.20e-46 160
MsG0080048446.01.T01 AT3G24130 37.838 259 146 6 59 306 19 273 2.32e-45 157
MsG0080048446.01.T01 AT2G36700 35.102 245 156 3 70 312 41 284 5.72e-44 153
MsG0080048446.01.T01 AT3G06830 35.484 248 137 5 73 305 260 499 1.22e-42 155
MsG0080048446.01.T01 AT3G17060 32.046 259 169 4 53 307 27 282 2.71e-41 147
MsG0080048446.01.T01 AT5G26810 34.510 255 148 6 66 305 26 276 8.39e-40 142
MsG0080048446.01.T01 AT5G49180 34.276 283 151 9 39 305 238 501 1.90e-39 146
MsG0080048446.01.T01 AT5G27870 33.068 251 142 6 71 305 253 493 2.89e-36 138
MsG0080048446.01.T01 AT4G15980 32.520 246 147 5 73 305 394 633 2.37e-35 135
MsG0080048446.01.T01 AT4G15980 32.520 246 147 5 73 305 404 643 2.87e-35 135
MsG0080048446.01.T01 AT1G11370 32.609 276 164 8 42 305 21 286 4.43e-35 129
MsG0080048446.01.T01 AT3G05610 31.873 251 145 6 71 305 256 496 3.16e-34 132
MsG0080048446.01.T01 AT2G47280 35.857 251 147 7 64 306 28 272 7.70e-34 127
MsG0080048446.01.T01 AT4G33230 30.435 253 158 6 73 313 299 545 1.92e-32 127
MsG0080048446.01.T01 AT2G19150 33.333 249 147 5 68 306 38 277 2.58e-32 121
MsG0080048446.01.T01 AT2G26450 30.040 253 159 6 73 313 304 550 3.67e-32 126
MsG0080048446.01.T01 AT2G19150 33.333 249 147 5 68 306 38 277 9.25e-32 121
MsG0080048446.01.T01 AT3G05620 32.906 234 146 6 76 305 246 472 1.43e-31 124
MsG0080048446.01.T01 AT3G27980 31.020 245 149 5 73 305 191 427 1.13e-30 121
MsG0080048446.01.T01 AT1G11590 30.980 255 160 5 62 305 205 454 1.16e-30 121
MsG0080048446.01.T01 AT4G03930 30.980 255 160 5 62 305 205 454 1.86e-30 120
MsG0080048446.01.T01 AT5G53370 32.389 247 150 6 71 305 274 515 9.89e-30 119
MsG0080048446.01.T01 AT5G53370 32.389 247 150 6 71 305 310 551 1.28e-29 119
MsG0080048446.01.T01 AT4G02330 31.481 270 166 7 50 305 238 502 3.82e-29 117
MsG0080048446.01.T01 AT1G11580 29.653 317 189 11 1 305 193 487 3.93e-29 117
MsG0080048446.01.T01 AT1G11580 29.653 317 189 11 1 305 214 508 4.74e-29 117
MsG0080048446.01.T01 AT5G04960 31.698 265 164 6 49 305 239 494 5.61e-29 117
MsG0080048446.01.T01 AT4G33220 29.615 260 165 6 58 305 79 332 7.64e-29 114
MsG0080048446.01.T01 AT3G62170 30.364 247 153 6 73 305 279 520 9.36e-29 116
MsG0080048446.01.T01 AT3G60730 32.411 253 140 7 73 305 208 449 1.13e-28 115
MsG0080048446.01.T01 AT1G23200 31.034 290 167 12 23 305 221 484 1.16e-28 115
MsG0080048446.01.T01 AT4G33220 29.615 260 165 6 58 305 200 453 1.87e-28 115
MsG0080048446.01.T01 AT2G47040 31.174 247 151 6 73 305 286 527 6.71e-28 114
MsG0080048446.01.T01 AT2G47030 29.644 253 147 5 73 305 279 520 1.63e-27 112
MsG0080048446.01.T01 AT5G64640 30.888 259 150 8 71 305 289 542 2.19e-27 112
MsG0080048446.01.T01 AT3G43270 29.098 244 157 5 73 305 217 455 2.84e-27 111
MsG0080048446.01.T01 AT4G02320 30.738 244 153 5 73 305 210 448 4.97e-27 110
MsG0080048446.01.T01 AT1G02810 31.600 250 152 7 70 305 264 508 7.93e-27 110
MsG0080048446.01.T01 AT1G53840 27.389 314 203 10 2 305 218 516 1.33e-26 110
MsG0080048446.01.T01 AT3G14300 28.819 288 183 8 26 305 623 896 1.35e-26 110
MsG0080048446.01.T01 AT3G14310 30.612 245 152 5 73 305 284 522 1.37e-26 110
MsG0080048446.01.T01 AT5G51490 32.271 251 142 8 73 305 224 464 4.72e-26 108
MsG0080048446.01.T01 AT1G53830 30.204 245 153 5 73 305 279 517 4.77e-26 108
MsG0080048446.01.T01 AT4G02300 28.455 246 160 4 71 305 222 462 5.46e-26 108
MsG0080048446.01.T01 AT4G00190 30.739 257 160 8 61 305 154 404 6.97e-26 107
MsG0080048446.01.T01 AT2G26440 29.880 251 156 6 68 305 235 478 7.70e-26 107
MsG0080048446.01.T01 AT5G20860 30.216 278 162 10 49 305 201 467 1.46e-25 107
MsG0080048446.01.T01 AT5G51500 31.641 256 137 8 73 305 228 468 2.61e-25 106
MsG0080048446.01.T01 AT3G49220 32.932 249 146 9 71 305 285 526 3.14e-25 106
MsG0080048446.01.T01 AT3G49220 32.932 249 146 9 71 305 330 571 3.41e-25 106
MsG0080048446.01.T01 AT3G59010 30.508 236 153 7 73 305 231 458 4.79e-25 105
MsG0080048446.01.T01 AT2G45220 31.148 244 147 8 73 305 209 442 8.18e-25 104
MsG0080048446.01.T01 AT5G09760 30.469 256 152 7 71 305 241 491 9.35e-25 104
MsG0080048446.01.T01 AT2G47550 28.846 260 165 7 68 313 243 496 9.99e-25 104
MsG0080048446.01.T01 AT5G09760 30.469 256 152 7 71 305 267 517 1.10e-24 104
MsG0080048446.01.T01 AT3G10710 31.687 243 152 6 71 305 256 492 1.92e-24 103
MsG0080048446.01.T01 AT2G43050 28.519 270 175 9 42 305 189 446 1.18e-21 95.5
MsG0080048446.01.T01 AT5G04970 28.333 240 153 6 80 305 317 551 3.98e-21 94.4
MsG0080048446.01.T01 AT3G47400 28.968 252 148 7 73 305 283 522 4.38e-20 91.3
MsG0080048446.01.T01 AT3G10720 27.953 254 160 7 68 305 300 546 8.66e-20 90.1
MsG0080048446.01.T01 AT5G20860 27.798 277 142 9 49 305 201 439 1.21e-19 89.7
MsG0080048446.01.T01 AT3G10720 28.736 174 109 4 142 305 22 190 3.85e-19 85.9

Find 77 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 107 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AAACCTTTCGTTACATTATA+TGG 0.094315 contig320end:+37771 MsG0080048446.01.T01:CDS
GCGGTTGCATTGAGAATTTC+TGG 0.169433 contig320end:+38115 MsG0080048446.01.T01:CDS
GTTCCACCATACGTTAAATT+TGG 0.197798 contig320end:-37810 None:intergenic
CGTTAAATTTGGCATATTTC+CGG 0.203532 contig320end:-37799 None:intergenic
AGGAGTTACTTGTCAAATTC+AGG 0.222685 contig320end:-38790 None:intergenic
TGAGTAAGCATAGATAATTT+TGG 0.240656 contig320end:-38719 None:intergenic
AAGTGGGACGTCTCTATATT+TGG 0.276715 contig320end:+38258 MsG0080048446.01.T01:CDS
AATCACACGTACGGTGTTTC+CGG 0.304840 contig320end:-37697 None:intergenic
TTGTAAGTTCTTGGGGTTCC+AGG 0.309089 contig320end:+38159 MsG0080048446.01.T01:CDS
AACCTTTCGTTACATTATAT+GGG 0.322273 contig320end:+37772 MsG0080048446.01.T01:CDS
GTTAAATTTGGCATATTTCC+GGG 0.335383 contig320end:-37798 None:intergenic
TTTGTGCATTGTGATATTAC+TGG 0.337660 contig320end:+38652 MsG0080048446.01.T01:CDS
ACAGAGCCCAAGTAGATTCA+TGG 0.357385 contig320end:+37523 MsG0080048446.01.T01:CDS
GCGCTCTTTCCATCCGGTCT+TGG 0.357582 contig320end:-38082 None:intergenic
TGCTACATTGATTGTTGAAT+CGG 0.374789 contig320end:+37860 MsG0080048446.01.T01:CDS
CATGGCGTTATCCCACCCTT+TGG 0.375545 contig320end:-38764 None:intergenic
GCCTCTGCAGTCACCAATGC+AGG 0.386691 contig320end:-37594 None:intergenic
TTTAAAGATTGTGTAATTCA+AGG 0.388699 contig320end:+38214 MsG0080048446.01.T01:CDS
TATCATAGTAGCATTATTCA+TGG 0.394991 contig320end:+37458 MsG0080048446.01.T01:CDS
CATTGTGATATTACTGGAAC+TGG 0.404041 contig320end:+38658 MsG0080048446.01.T01:CDS
TTAAGAGCTCTTGGTGATGC+TGG 0.404113 contig320end:+38571 MsG0080048446.01.T01:CDS
ATGGCGTTATCCCACCCTTT+GGG 0.415880 contig320end:-38763 None:intergenic
TATTAAACCATGAATCTACT+TGG 0.416390 contig320end:-37530 None:intergenic
TGGGCTCTGTTAGCAGGAAC+TGG 0.421901 contig320end:-37510 None:intergenic
GGTGGAACTGCAAAACAATA+TGG 0.441038 contig320end:+37825 MsG0080048446.01.T01:CDS
GAAGTACTACTTTCTTAGCT+AGG 0.445356 contig320end:+38680 MsG0080048446.01.T01:CDS
AAAAGTGAATTAAGAGCTCT+TGG 0.451804 contig320end:+38562 MsG0080048446.01.T01:CDS
GCATTGGTGACTGCAGAGGC+TGG 0.466477 contig320end:+37597 MsG0080048446.01.T01:CDS
GATAGCAACATTAATCATAT+AGG 0.470350 contig320end:-37439 None:intergenic
GGAGTTACTTGTCAAATTCA+GGG 0.476200 contig320end:-38789 None:intergenic
GCTATTAATTGCAGCGGTGA+TGG 0.481879 contig320end:-37667 None:intergenic
CCACCCGCGCTCTTTCCATC+CGG 0.484390 contig320end:-38088 None:intergenic
TCTACTTGGGCTCTGTTAGC+AGG 0.491556 contig320end:-37516 None:intergenic
TTTATAATTGTAAGTTCTTG+GGG 0.500972 contig320end:+38152 MsG0080048446.01.T01:CDS
ACAGAATTCTGCACCAAGAC+CGG 0.509086 contig320end:+38069 MsG0080048446.01.T01:intron
CTACTTTCTTAGCTAGGGCA+TGG 0.526494 contig320end:+38686 MsG0080048446.01.T01:CDS
GCTTGTGCTACTATCACTGT+TGG 0.532085 contig320end:-38595 None:intergenic
TAAGAGCTCTTGGTGATGCT+GGG 0.537579 contig320end:+38572 MsG0080048446.01.T01:CDS
AAGTACTACTTTCTTAGCTA+GGG 0.538113 contig320end:+38681 MsG0080048446.01.T01:CDS
TTCATGGTTTAATACGAATG+TGG 0.538620 contig320end:+37539 MsG0080048446.01.T01:CDS
CAGTCACCAATGCAGGGTCA+AGG 0.542023 contig320end:-37587 None:intergenic
AATATGCCAAATTTAACGTA+TGG 0.543169 contig320end:+37804 MsG0080048446.01.T01:CDS
AAAGTAATGCAAGATGGTAG+TGG 0.544469 contig320end:+37633 MsG0080048446.01.T01:CDS
CTTGTCAAATTCAGGGTGCA+TGG 0.545129 contig320end:-38782 None:intergenic
GGCTGCTAACATCCTCGTAT+CGG 0.551309 contig320end:+37893 MsG0080048446.01.T01:CDS
CCCTGCATTGGTGACTGCAG+AGG 0.554981 contig320end:+37593 MsG0080048446.01.T01:CDS
ACCTTTCGTTACATTATATG+GGG 0.557010 contig320end:+37773 MsG0080048446.01.T01:CDS
TCATGGTTTAATACGAATGT+GGG 0.558953 contig320end:+37540 MsG0080048446.01.T01:CDS
GTTATTAAAGTAATGCAAGA+TGG 0.561198 contig320end:+37627 MsG0080048446.01.T01:CDS
ATGCCAAATTTAACGTATGG+TGG 0.563300 contig320end:+37807 MsG0080048446.01.T01:CDS
TGTTGAATCGGATTATTTCG+TGG 0.565426 contig320end:+37872 MsG0080048446.01.T01:CDS
CCGGATGGAAAGAGCGCGGG+TGG 0.568491 contig320end:+38088 MsG0080048446.01.T01:CDS
ATGAGAAGATCAAAATTGAA+AGG 0.570108 contig320end:+37745 MsG0080048446.01.T01:CDS
CCCTTTGGGATCAACAACAT+TGG 0.582477 contig320end:-38749 None:intergenic
AGACCGGATGGAAAGAGCGC+GGG 0.584449 contig320end:+38085 MsG0080048446.01.T01:CDS
ATTAAACCATGAATCTACTT+GGG 0.585542 contig320end:-37529 None:intergenic
TGTCATCACAAATTGTGTCC+TGG 0.585713 contig320end:-38177 None:intergenic
AAGTACCCTTGACCCTGCAT+TGG 0.590515 contig320end:+37581 MsG0080048446.01.T01:CDS
GTTACATTATATGGGGCACC+CGG 0.598949 contig320end:+37780 MsG0080048446.01.T01:CDS
AAAGAGCGCGGGTGGTCAAG+CGG 0.601939 contig320end:+38096 MsG0080048446.01.T01:CDS
AGTCACCAATGCAGGGTCAA+GGG 0.603525 contig320end:-37586 None:intergenic
CCAATGTTGTTGATCCCAAA+GGG 0.606936 contig320end:+38749 MsG0080048446.01.T01:CDS
GCCCCATATAATGTAACGAA+AGG 0.607492 contig320end:-37774 None:intergenic
GCAATTAATAGCATACCTAC+CGG 0.608126 contig320end:+37678 MsG0080048446.01.T01:CDS
AATTCTGCACCAAGACCGGA+TGG 0.609981 contig320end:+38073 MsG0080048446.01.T01:CDS
ACCAATGTTGTTGATCCCAA+AGG 0.616170 contig320end:+38748 MsG0080048446.01.T01:CDS
GTGATTGTGAACATTGGTGG+TGG 0.620831 contig320end:+37714 MsG0080048446.01.T01:CDS
CGTGTGATTGTGAACATTGG+TGG 0.622936 contig320end:+37711 MsG0080048446.01.T01:CDS
AATGTTCACAATCACACGTA+CGG 0.623034 contig320end:-37706 None:intergenic
ATGTTGTTGATCCCAAAGGG+TGG 0.623410 contig320end:+38752 MsG0080048446.01.T01:CDS
CCTCTGCAGTCACCAATGCA+GGG 0.625184 contig320end:-37593 None:intergenic
TGTTGTTGATCCCAAAGGGT+GGG 0.630098 contig320end:+38753 MsG0080048446.01.T01:CDS
ACACGTACGGTGTTTCCGGT+AGG 0.658654 contig320end:-37693 None:intergenic
AGGTATGCTATTAATTGCAG+CGG 0.664928 contig320end:-37673 None:intergenic
GTACGTGTGATTGTGAACAT+TGG 0.671149 contig320end:+37708 MsG0080048446.01.T01:CDS
AAGACCGGATGGAAAGAGCG+CGG 0.689627 contig320end:+38084 MsG0080048446.01.T01:CDS
AAAGTATACAAACCGATACG+AGG 0.696352 contig320end:-37905 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAAATTAAAAACAAGTAAAA+TGG + contig320end:37401-37420 MsG0080048446.01.T01:exon 10.0%
!!! ACAATTTTTTTAATTAATTG+AGG + contig320end:38521-38540 MsG0080048446.01.T01:intron 10.0%
!!! AATTGTAAACAATTTTTTTG+TGG - contig320end:38453-38472 None:intergenic 15.0%
!!! ATTTTATAATTGTAAGTTCT+TGG + contig320end:38150-38169 MsG0080048446.01.T01:CDS 15.0%
!!! TATGATTTTTTTTTGGTTTT+TGG + contig320end:38031-38050 MsG0080048446.01.T01:intron 15.0%
!!! TTTTATAATTGTAAGTTCTT+GGG + contig320end:38151-38170 MsG0080048446.01.T01:CDS 15.0%
!! AATTGTTTACAATTCAAGAA+TGG + contig320end:38459-38478 MsG0080048446.01.T01:intron 20.0%
!! ACATTAACCAAAGTAAAAAT+TGG + contig320end:37990-38009 MsG0080048446.01.T01:intron 20.0%
!! TATGGATAATGAATAATACA+TGG + contig320end:38401-38420 MsG0080048446.01.T01:intron 20.0%
!! TTTAAAGATTGTGTAATTCA+AGG + contig320end:38214-38233 MsG0080048446.01.T01:CDS 20.0%
!! TTTATAATTGTAAGTTCTTG+GGG + contig320end:38152-38171 MsG0080048446.01.T01:CDS 20.0%
!!! AAAAAAAAGTTTTCAATCAC+CGG + contig320end:38320-38339 MsG0080048446.01.T01:intron 20.0%
!!! TCAATTACCAATTTTTACTT+TGG - contig320end:38000-38019 None:intergenic 20.0%
!!! TTTTTTTTTGGTTTTTGGTA+TGG + contig320end:38036-38055 MsG0080048446.01.T01:intron 20.0%
! AAACCTTTCGTTACATTATA+TGG + contig320end:37771-37790 MsG0080048446.01.T01:CDS 25.0%
! AACCTTTCGTTACATTATAT+GGG + contig320end:37772-37791 MsG0080048446.01.T01:CDS 25.0%
! AATATGCCAAATTTAACGTA+TGG + contig320end:37804-37823 MsG0080048446.01.T01:CDS 25.0%
! ATGAGAAGATCAAAATTGAA+AGG + contig320end:37745-37764 MsG0080048446.01.T01:CDS 25.0%
! ATTAAACCATGAATCTACTT+GGG - contig320end:37532-37551 None:intergenic 25.0%
! GATAATGAATAATACATGGA+AGG + contig320end:38405-38424 MsG0080048446.01.T01:intron 25.0%
! GATAGCAACATTAATCATAT+AGG - contig320end:37442-37461 None:intergenic 25.0%
! GTTATTAAAGTAATGCAAGA+TGG + contig320end:37627-37646 MsG0080048446.01.T01:CDS 25.0%
! TATCATAGTAGCATTATTCA+TGG + contig320end:37458-37477 MsG0080048446.01.T01:CDS 25.0%
! TATTAAACCATGAATCTACT+TGG - contig320end:37533-37552 None:intergenic 25.0%
!! ATGCATCTAGTTTAAAACAT+TGG + contig320end:38484-38503 MsG0080048446.01.T01:intron 25.0%
!! GAGTAAGCATAGATAATTTT+GGG - contig320end:38721-38740 None:intergenic 25.0%
!! TGAGTAAGCATAGATAATTT+TGG - contig320end:38722-38741 None:intergenic 25.0%
!!! GTACTTTTTCTTTGTTCTAA+TGG - contig320end:37567-37586 None:intergenic 25.0%
!!! TGTAAACAATTTTTTTGTGG+TGG - contig320end:38450-38469 None:intergenic 25.0%
!!! TTGATTTCATTTTTGGAAGT+GGG + contig320end:38242-38261 MsG0080048446.01.T01:CDS 25.0%
AAAAGTGAATTAAGAGCTCT+TGG + contig320end:38562-38581 MsG0080048446.01.T01:CDS 30.0%
AAGTACTACTTTCTTAGCTA+GGG + contig320end:38681-38700 MsG0080048446.01.T01:CDS 30.0%
ACCTTTCGTTACATTATATG+GGG + contig320end:37773-37792 MsG0080048446.01.T01:CDS 30.0%
ATGAAAAATATGACCAGTCT+TGG + contig320end:37960-37979 MsG0080048446.01.T01:intron 30.0%
CGTTAAATTTGGCATATTTC+CGG - contig320end:37802-37821 None:intergenic 30.0%
CTTAACATTCGTTGTATTCA+AGG + contig320end:38293-38312 MsG0080048446.01.T01:intron 30.0%
GCACAAATTCTAAACAATTG+CGG - contig320end:38360-38379 None:intergenic 30.0%
GTTAAATTTGGCATATTTCC+GGG - contig320end:37801-37820 None:intergenic 30.0%
TAATGTTATATAGCCAAGAC+TGG - contig320end:37976-37995 None:intergenic 30.0%
TCATGGTTTAATACGAATGT+GGG + contig320end:37540-37559 MsG0080048446.01.T01:CDS 30.0%
TTCATGGTTTAATACGAATG+TGG + contig320end:37539-37558 MsG0080048446.01.T01:CDS 30.0%
TTTGTGCATTGTGATATTAC+TGG + contig320end:38652-38671 MsG0080048446.01.T01:CDS 30.0%
! TGCTACATTGATTGTTGAAT+CGG + contig320end:37860-37879 MsG0080048446.01.T01:CDS 30.0%
!! GTTGATTTCATTTTTGGAAG+TGG + contig320end:38241-38260 MsG0080048446.01.T01:CDS 30.0%
!!! AACAATTTTTTTGTGGTGGT+CGG - contig320end:38446-38465 None:intergenic 30.0%
AAAGTAATGCAAGATGGTAG+TGG + contig320end:37633-37652 MsG0080048446.01.T01:CDS 35.0%
AAAGTATACAAACCGATACG+AGG - contig320end:37908-37927 None:intergenic 35.0%
AATGTTCACAATCACACGTA+CGG - contig320end:37709-37728 None:intergenic 35.0%
AGGTATGCTATTAATTGCAG+CGG - contig320end:37676-37695 None:intergenic 35.0%
ATGCCAAATTTAACGTATGG+TGG + contig320end:37807-37826 MsG0080048446.01.T01:CDS 35.0%
CATTGTGATATTACTGGAAC+TGG + contig320end:38658-38677 MsG0080048446.01.T01:CDS 35.0%
GCAATTAATAGCATACCTAC+CGG + contig320end:37678-37697 MsG0080048446.01.T01:CDS 35.0%
GTTCCACCATACGTTAAATT+TGG - contig320end:37813-37832 None:intergenic 35.0%
TGTTGAATCGGATTATTTCG+TGG + contig320end:37872-37891 MsG0080048446.01.T01:CDS 35.0%
! GAAGTACTACTTTCTTAGCT+AGG + contig320end:38680-38699 MsG0080048446.01.T01:CDS 35.0%
! TAAACTTAGCTCAGTTGGTA+TGG + contig320end:38383-38402 MsG0080048446.01.T01:intron 35.0%
!!! ACAATTTTTTTGTGGTGGTC+GGG - contig320end:38445-38464 None:intergenic 35.0%
!!! GGCACTGTTGATTTCATTTT+TGG + contig320end:38235-38254 MsG0080048446.01.T01:CDS 35.0%
AAGTGGGACGTCTCTATATT+TGG + contig320end:38258-38277 MsG0080048446.01.T01:CDS 40.0%
ACCAATGTTGTTGATCCCAA+AGG + contig320end:38748-38767 MsG0080048446.01.T01:CDS 40.0%
CCAATGTTGTTGATCCCAAA+GGG + contig320end:38749-38768 MsG0080048446.01.T01:CDS 40.0%
GCCCCATATAATGTAACGAA+AGG - contig320end:37777-37796 None:intergenic 40.0%
GGTGGAACTGCAAAACAATA+TGG + contig320end:37825-37844 MsG0080048446.01.T01:CDS 40.0%
GTACGTGTGATTGTGAACAT+TGG + contig320end:37708-37727 MsG0080048446.01.T01:CDS 40.0%
TGTCATCACAAATTGTGTCC+TGG - contig320end:38180-38199 None:intergenic 40.0%
!!! CAATTTTTTTGTGGTGGTCG+GGG - contig320end:38444-38463 None:intergenic 40.0%
!!! GGTTTTTGGTATGGACTTGA+TGG + contig320end:38045-38064 MsG0080048446.01.T01:intron 40.0%
AATCACACGTACGGTGTTTC+CGG - contig320end:37700-37719 None:intergenic 45.0%
ACAGAATTCTGCACCAAGAC+CGG + contig320end:38069-38088 MsG0080048446.01.T01:intron 45.0%
ACAGAGCCCAAGTAGATTCA+TGG + contig320end:37523-37542 MsG0080048446.01.T01:CDS 45.0%
ATGTTGTTGATCCCAAAGGG+TGG + contig320end:38752-38771 MsG0080048446.01.T01:CDS 45.0%
CGTGTGATTGTGAACATTGG+TGG + contig320end:37711-37730 MsG0080048446.01.T01:CDS 45.0%
CTACTTTCTTAGCTAGGGCA+TGG + contig320end:38686-38705 MsG0080048446.01.T01:CDS 45.0%
CTTGTCAAATTCAGGGTGCA+TGG - contig320end:38785-38804 None:intergenic 45.0%
GCGGTTGCATTGAGAATTTC+TGG + contig320end:38115-38134 MsG0080048446.01.T01:CDS 45.0%
GCTATTAATTGCAGCGGTGA+TGG - contig320end:37670-37689 None:intergenic 45.0%
GCTCGTAAACTTAGCTCAGT+TGG + contig320end:38378-38397 MsG0080048446.01.T01:intron 45.0%
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TGTTGTTGATCCCAAAGGGT+GGG + contig320end:38753-38772 MsG0080048446.01.T01:CDS 45.0%
TTGTAAGTTCTTGGGGTTCC+AGG + contig320end:38159-38178 MsG0080048446.01.T01:CDS 45.0%
! GCTTGTGCTACTATCACTGT+TGG - contig320end:38598-38617 None:intergenic 45.0%
! GTTACATTATATGGGGCACC+CGG + contig320end:37780-37799 MsG0080048446.01.T01:CDS 45.0%
!! CCCTTTGGGATCAACAACAT+TGG - contig320end:38752-38771 None:intergenic 45.0%
!! TAAGAGCTCTTGGTGATGCT+GGG + contig320end:38572-38591 MsG0080048446.01.T01:CDS 45.0%
!! TTAAGAGCTCTTGGTGATGC+TGG + contig320end:38571-38590 MsG0080048446.01.T01:CDS 45.0%
!!! TTATTTTTATGATTTTTTTT+TGG + contig320end:38024-38043 MsG0080048446.01.T01:intron 5.0%
AAGTACCCTTGACCCTGCAT+TGG + contig320end:37581-37600 MsG0080048446.01.T01:CDS 50.0%
AATTCTGCACCAAGACCGGA+TGG + contig320end:38073-38092 MsG0080048446.01.T01:CDS 50.0%
AGTCACCAATGCAGGGTCAA+GGG - contig320end:37589-37608 None:intergenic 50.0%
ATGGCGTTATCCCACCCTTT+GGG - contig320end:38766-38785 None:intergenic 50.0%
GGCTGCTAACATCCTCGTAT+CGG + contig320end:37893-37912 MsG0080048446.01.T01:CDS 50.0%
TCTACTTGGGCTCTGTTAGC+AGG - contig320end:37519-37538 None:intergenic 50.0%
TGCGGCTAAAGTGTGATTGC+CGG - contig320end:38342-38361 None:intergenic 50.0%
AAGACCGGATGGAAAGAGCG+CGG + contig320end:38084-38103 MsG0080048446.01.T01:CDS 55.0%
ACACGTACGGTGTTTCCGGT+AGG - contig320end:37696-37715 None:intergenic 55.0%
CAGTCACCAATGCAGGGTCA+AGG - contig320end:37590-37609 None:intergenic 55.0%
CATGGCGTTATCCCACCCTT+TGG - contig320end:38767-38786 None:intergenic 55.0%
CCTCTGCAGTCACCAATGCA+GGG - contig320end:37596-37615 None:intergenic 55.0%
TGGGCTCTGTTAGCAGGAAC+TGG - contig320end:37513-37532 None:intergenic 55.0%
GCCTCTGCAGTCACCAATGC+AGG - contig320end:37597-37616 None:intergenic 60.0%
GCGCTCTTTCCATCCGGTCT+TGG - contig320end:38085-38104 None:intergenic 60.0%
! AAAGAGCGCGGGTGGTCAAG+CGG + contig320end:38096-38115 MsG0080048446.01.T01:CDS 60.0%
! AGACCGGATGGAAAGAGCGC+GGG + contig320end:38085-38104 MsG0080048446.01.T01:CDS 60.0%
! CCCTGCATTGGTGACTGCAG+AGG + contig320end:37593-37612 MsG0080048446.01.T01:CDS 60.0%
! GCATTGGTGACTGCAGAGGC+TGG + contig320end:37597-37616 MsG0080048446.01.T01:CDS 60.0%
CCACCCGCGCTCTTTCCATC+CGG - contig320end:38091-38110 None:intergenic 65.0%
! CCGGATGGAAAGAGCGCGGG+TGG + contig320end:38088-38107 MsG0080048446.01.T01:CDS 70.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
contig320end gene 37375 38807 37375 ID=MsG0080048446.01;Name=MsG0080048446.01
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contig320end exon 38562 38807 38562 ID=MsG0080048446.01.T01:exon:10924;Parent=MsG0080048446.01.T01
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Gene Sequence

>MsG0080048446.01.T01

ATGGTCTCAAAAACAAGAACCTATATGATTAATGTTGCTATCATAGTAGCATTATTCATGGTCAATGTTGCATTATCAGATGACACAATTCCAGTTCCTGCTAACAGAGCCCAAGTAGATTCATGGTTTAATACGAATGTGGGTCCATTAGAACAAAGAAAAAGTACCCTTGACCCTGCATTGGTGACTGCAGAGGCTGGTGCTAAAGTTATTAAAGTAATGCAAGATGGTAGTGGTGATTTCAAAACCATCACCGCTGCAATTAATAGCATACCTACCGGAAACACCGTACGTGTGATTGTGAACATTGGTGGTGGAAATTATAATGAGAAGATCAAAATTGAAAGGACAAAACCTTTCGTTACATTATATGGGGCACCCGGAAATATGCCAAATTTAACGTATGGTGGAACTGCAAAACAATATGGCACAGTTGATAGTGCTACATTGATTGTTGAATCGGATTATTTCGTGGCTGCTAACATCCTCGTATCGAATTCTGCACCAAGACCGGATGGAAAGAGCGCGGGTGGTCAAGCGGTTGCATTGAGAATTTCTGGTGACAAAGCAGCATTTTATAATTGTAAGTTCTTGGGGTTCCAGGACACAATTTGTGATGACAGACATAATCATTTTTTTAAAGATTGTGTAATTCAAGGCACTGTTGATTTCATTTTTGGAAGTGGGACGTCTCTATATTTGAAAAGTGAATTAAGAGCTCTTGGTGATGCTGGGCCAACAGTGATAGTAGCACAAGCAAGAAAAAGTGCATCAGATGCTGATTTATACTCATTTGTGCATTGTGATATTACTGGAACTGGAAGTACTACTTTCTTAGCTAGGGCATGGATGACTTATCCCAAAATTATCTATGCTTACTCAACTATGACCAATGTTGTTGATCCCAAAGGGTGGGATAACGCCATGCACCCTGAATTTGACAAGTAA
Protein sequence

>MsG0080048446.01.T01

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