AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0480021413.01


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MsG0480021413.01.T03 AT5G53370 31.699 306 189 8 72 362 310 610 4.32e-34 133
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MsG0480021413.01.T03 AT1G53840 27.586 377 239 12 2 362 218 576 1.59e-33 131
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MsG0480021413.01.T03 AT3G49220 33.225 307 183 10 72 362 330 630 1.07e-32 129
MsG0480021413.01.T03 AT4G33220 28.840 319 206 8 59 362 200 512 1.41e-32 128
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MsG0480021413.01.T04 AT1G05310 38.127 299 176 3 72 362 91 388 5.48e-65 211
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MsG0480021413.01.T04 AT5G09760 31.511 311 187 7 72 361 267 572 1.63e-35 137
MsG0480021413.01.T04 AT2G19150 31.818 308 191 5 69 366 38 336 1.84e-35 132
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MsG0480021413.01.T04 AT3G60730 30.818 318 174 9 74 362 208 508 7.74e-35 134
MsG0480021413.01.T04 AT2G26450 29.562 274 176 6 74 335 304 572 8.73e-35 135
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MsG0480021413.01.T04 AT4G33230 29.605 304 192 9 74 362 299 595 1.85e-33 131
MsG0480021413.01.T04 AT4G00190 31.595 326 193 12 62 368 154 468 2.04e-33 129
MsG0480021413.01.T04 AT4G02300 28.296 311 192 6 72 362 222 521 2.53e-33 130
MsG0480021413.01.T04 AT4G33220 29.193 322 201 9 59 362 79 391 3.58e-33 128
MsG0480021413.01.T04 AT3G49220 33.225 307 183 10 72 362 285 585 7.44e-33 129
MsG0480021413.01.T04 AT3G49220 33.225 307 183 10 72 362 330 630 1.07e-32 129
MsG0480021413.01.T04 AT4G33220 28.840 319 206 8 59 362 200 512 1.41e-32 128
MsG0480021413.01.T04 AT2G47030 28.710 310 189 6 74 362 279 577 2.20e-32 128
MsG0480021413.01.T04 AT4G02320 29.703 303 194 7 74 362 210 507 3.45e-32 127
MsG0480021413.01.T04 AT2G45220 29.915 351 195 13 34 362 180 501 5.85e-32 126
MsG0480021413.01.T04 AT2G47040 29.605 304 194 7 74 362 286 584 7.34e-32 126
MsG0480021413.01.T04 AT3G10710 31.596 307 193 8 72 368 256 555 8.27e-32 126
MsG0480021413.01.T04 AT3G27980 28.387 310 191 8 72 362 189 486 9.61e-32 125
MsG0480021413.01.T04 AT1G11590 28.616 318 200 8 63 362 205 513 1.12e-31 125
MsG0480021413.01.T04 AT1G02810 29.545 308 196 8 71 362 264 566 1.29e-31 125
MsG0480021413.01.T04 AT2G26440 30.142 282 177 6 69 337 235 509 1.55e-31 125
MsG0480021413.01.T04 AT3G14300 28.406 345 219 10 1 335 601 927 1.57e-31 126
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MsG0480021413.01.T04 AT4G03930 28.481 316 203 7 63 362 205 513 2.03e-31 124
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Find 0 sgRNAs with CRISPR-Local

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
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CRISPR-GE

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!!! GTACTTTTTCTTTGTTCTAA+TGG - Chr4:57642601-57642620 None:intergenic 25.0%
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GGAATTTACTTGTCAAATTC+AGG - Chr4:57643650-57643669 None:intergenic 30.0%
GTTAAATTTGGCATATTTGC+TGG - Chr4:57642835-57642854 None:intergenic 30.0%
GTTCCACCAAATGTTAAATT+TGG - Chr4:57642847-57642866 None:intergenic 30.0%
TCATGGTTTAATACCAATGT+TGG + Chr4:57642574-57642593 MsG0480021413.01.T04:CDS 30.0%
TTTGGAGAATATAAGAACAC+AGG + Chr4:57643819-57643838 MsG0480021413.01.T04:CDS 30.0%
!! TGGATTTCATTTTTGGAAGT+GGG + Chr4:57643240-57643259 MsG0480021413.01.T04:CDS 30.0%
!!! TCTAATTGAGTTTTTTCAGC+AGG - Chr4:57642553-57642572 None:intergenic 30.0%
AAAGTAATGCAAGATGGTAG+TGG + Chr4:57642667-57642686 MsG0480021413.01.T04:CDS 35.0%
AACTGCAAAACAATATGGCA+CGG + Chr4:57642864-57642883 MsG0480021413.01.T04:CDS 35.0%
AATGCTCACAATTACACGAA+TGG - Chr4:57642743-57642762 None:intergenic 35.0%
ATCATTCCAAGCGTAATGAA+AGG - Chr4:57643909-57643928 None:intergenic 35.0%
ATCCACAGAACTTCATACTT+TGG + Chr4:57643801-57643820 MsG0480021413.01.T04:intron 35.0%
ATTACGCTTGGAATGATTCA+AGG + Chr4:57643912-57643931 MsG0480021413.01.T04:CDS 35.0%
ATTCGTGTAATTGTGAGCAT+TGG + Chr4:57642742-57642761 MsG0480021413.01.T04:CDS 35.0%
GCATTGCAATTCTTGAATTC+CGG - Chr4:57643340-57643359 None:intergenic 35.0%
GTCCCATACAATGTAACAAA+AGG - Chr4:57642811-57642830 None:intergenic 35.0%
GTTAAACCTTTCATTACGCT+TGG + Chr4:57643900-57643919 MsG0480021413.01.T04:CDS 35.0%
TCTTGAATTCCGGATAATAG+CGG - Chr4:57643330-57643349 None:intergenic 35.0%
TTTGTGCATTGTGATGTTAC+TGG + Chr4:57643509-57643528 MsG0480021413.01.T04:CDS 35.0%
! TTGTTCTAATGGACCAACAT+TGG - Chr4:57642590-57642609 None:intergenic 35.0%
!! GTGGATTTCATTTTTGGAAG+TGG + Chr4:57643239-57643258 MsG0480021413.01.T04:CDS 35.0%
!!! TGAGTTTTTTCAGCAGGAAT+TGG - Chr4:57642547-57642566 None:intergenic 35.0%
AAAGCAACTAAGTGAAGCAG+AGG + Chr4:57643878-57643897 MsG0480021413.01.T04:CDS 40.0%
AATAACTTTAGCACCAGCCT+CGG - Chr4:57642647-57642666 None:intergenic 40.0%
AATTACACGAATGGTGTTCC+CGG - Chr4:57642734-57642753 None:intergenic 40.0%
AGCTGCTAACATCCTCATAT+CGG + Chr4:57642927-57642946 MsG0480021413.01.T04:CDS 40.0%
ATGCATTAGCCGCTATTATC+CGG + Chr4:57643318-57643337 MsG0480021413.01.T04:intron 40.0%
CATTGTGATGTTACTGGAAC+TGG + Chr4:57643515-57643534 MsG0480021413.01.T04:CDS 40.0%
CGATTAATAGCATACCTACC+GGG + Chr4:57642713-57642732 MsG0480021413.01.T04:CDS 40.0%
CTACTTTCTTAGCTAGAGCA+TGG + Chr4:57643543-57643562 MsG0480021413.01.T04:CDS 40.0%
CTCCAAAGTATGAAGTTCTG+TGG - Chr4:57643806-57643825 None:intergenic 40.0%
GCAGCATTATTTACGGTCAA+AGG + Chr4:57642499-57642518 MsG0480021413.01.T04:CDS 40.0%
GCAGTTGCATTGAGAATTTC+TGG + Chr4:57643113-57643132 MsG0480021413.01.T04:CDS 40.0%
GCGATTAATAGCATACCTAC+CGG + Chr4:57642712-57642731 MsG0480021413.01.T04:CDS 40.0%
GCTATTAATCGCATCAGTGA+TGG - Chr4:57642704-57642723 None:intergenic 40.0%
GGTGGAACTGCAAAACAATA+TGG + Chr4:57642859-57642878 MsG0480021413.01.T04:CDS 40.0%
TGTCATCACAAATTGTGTCC+TGG - Chr4:57643178-57643197 None:intergenic 40.0%
! GGCACTGTGGATTTCATTTT+TGG + Chr4:57643233-57643252 MsG0480021413.01.T04:CDS 40.0%
!! AAAAGTGAATTGAGAGCGCT+TGG + Chr4:57643419-57643438 MsG0480021413.01.T04:CDS 40.0%
!! TTGCTTAATTCAAGGCACTG+TGG + Chr4:57643220-57643239 MsG0480021413.01.T04:CDS 40.0%
!!! TTGCAAGTTTTTAGGGTTCC+AGG + Chr4:57643157-57643176 MsG0480021413.01.T04:CDS 40.0%
AATTCTGCACCAAGACCAGA+TGG + Chr4:57643071-57643090 MsG0480021413.01.T04:CDS 45.0%
AGTCACTAATGCAGGGTCAA+GGG - Chr4:57642623-57642642 None:intergenic 45.0%
ATGTTGTTCATCCCAAAGGG+TGG + Chr4:57643609-57643628 MsG0480021413.01.T04:CDS 45.0%
CTTGTCAAATTCAGGGTGCA+TGG - Chr4:57643642-57643661 None:intergenic 45.0%
TGTTGTTCATCCCAAAGGGT+GGG + Chr4:57643610-57643629 MsG0480021413.01.T04:CDS 45.0%
!! ATGGTGTTATCCCACCCTTT+GGG - Chr4:57643623-57643642 None:intergenic 45.0%
!! CGTGTAATTGTGAGCATTGG+TGG + Chr4:57642745-57642764 MsG0480021413.01.T04:CDS 45.0%
!! GTAATTGTGAGCATTGGTGG+TGG + Chr4:57642748-57642767 MsG0480021413.01.T04:CDS 45.0%
CAGTCACTAATGCAGGGTCA+AGG - Chr4:57642624-57642643 None:intergenic 50.0%
GCCAACAGTGATAGTAGCAC+AGG + Chr4:57643451-57643470 MsG0480021413.01.T04:CDS 50.0%
GCGGCTAATGCATGATTGCT+CGG - Chr4:57643311-57643330 None:intergenic 50.0%
GGACCAAAGTCAGATCCCAA+AGG + Chr4:57643840-57643859 MsG0480021413.01.T04:CDS 50.0%
! GCCTGTGCTACTATCACTGT+TGG - Chr4:57643455-57643474 None:intergenic 50.0%
!! CATGGTGTTATCCCACCCTT+TGG - Chr4:57643624-57643643 None:intergenic 50.0%
!! CGTCCTTTGGGATCTGACTT+TGG - Chr4:57643846-57643865 None:intergenic 50.0%
ACACGAATGGTGTTCCCGGT+AGG - Chr4:57642730-57642749 None:intergenic 55.0%
CCCAAAGGACGTGCAAGTGT+CGG + Chr4:57643855-57643874 MsG0480021413.01.T04:CDS 55.0%
CCGACACTTGCACGTCCTTT+GGG - Chr4:57643858-57643877 None:intergenic 55.0%
CCTCGGCAGTCACTAATGCA+GGG - Chr4:57642630-57642649 None:intergenic 55.0%
GCGCTCTTTCCATCTGGTCT+TGG - Chr4:57643083-57643102 None:intergenic 55.0%
TCCGACACTTGCACGTCCTT+TGG - Chr4:57643859-57643878 None:intergenic 55.0%
! AGACCAGATGGAAAGAGCGC+AGG + Chr4:57643083-57643102 MsG0480021413.01.T04:CDS 55.0%
CCACCTGCGCTCTTTCCATC+TGG - Chr4:57643089-57643108 None:intergenic 60.0%
CCCTGCATTAGTGACTGCCG+AGG + Chr4:57642627-57642646 MsG0480021413.01.T04:CDS 60.0%
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GCCTCGGCAGTCACTAATGC+AGG - Chr4:57642631-57642650 None:intergenic 60.0%
! CCAGATGGAAAGAGCGCAGG+TGG + Chr4:57643086-57643105 MsG0480021413.01.T04:CDS 60.0%
!! TGAGAGCGCTTGGTGACGCT+GGG + Chr4:57643429-57643448 MsG0480021413.01.T04:CDS 60.0%
!! TTGAGAGCGCTTGGTGACGC+TGG + Chr4:57643428-57643447 MsG0480021413.01.T04:CDS 60.0%
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>MsG0480021413.01.T01

ATGGTCTCAAAAACAAGAACCTATGCTATTAATATTGCTATCATAGTAGCAGCATTATTTACGGTCAAAGGTGTATTATCAGATGACACAATTCCAATTCCTGCTGAAAAAACTCAATTAGATTCATGGTTTAATACCAATGTTGGTCCATTAGAACAAAGAAAAAGTACCCTTGACCCTGCATTAGTGACTGCCGAGGCTGGTGCTAAAGTTATTAAAGTAATGCAAGATGGTAGTGGTGATTTCAAAACCATCACTGATGCGATTAATAGCATACCTACCGGGAACACCATTCGTGTAATTGTGAGCATTGGTGGTGGAAATTATAACGAGAAAATCAAAATTGAAAGGACAAAACCTTTTGTTACATTGTATGGGACACCAGCAAATATGCCAAATTTAACATTTGGTGGAACTGCAAAACAATATGGCACGGTTGACAGTGCTACATTGATTGTTGAATCAGATTATTTTGTAGCTGCTAACATCCTCATATCGAATTCTGCACCAAGACCAGATGGAAAGAGCGCAGGTGGTCAAGCAGTTGCATTGAGAATTTCTGGTGACAAAGCAGCATTTTATAATTGCAAGTTTTTAGGGTTCCAGGACACAATTTGTGATGACAGACATAATCATTTTTTTAAAGATTGCTTAATTCAAGGCACTGTGGATTTCATTTTTGGAAGTGGGACGTCACTATATTTTAAAAGTGAATTGAGAGCGCTTGGTGACGCTGGGCCAACAGTGATAGTAGCACAGGCAAGAAAAAGTGCATCAGATAATGATTTATACTCATTTGTGCATTGTGATGTTACTGGAACTGGAAGTACTACTTTCTTAGCTAGAGCATGGATGACTTATCCTAAAATTATCTTTGCTTACTCAACTATGAATAATGTTGTTCATCCCAAAGGGTGGGATAACACCATGCACCCTGAATTTGACAAAACTTCATACTTTGGAGAATATAAGAACACAGGACCAAAGTCAGATCCCAAAGGACGTGCAAGTGTCGGAAAGCAACTAAGTGAAGCAGAGGTTAAACCTTTCATTACGCTTGGAATGATTCAAGGATCTAAATGGCTCCTTCCTCCTCCAAAAGTCTAA

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>MsG0480021413.01.T02

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