AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180004922.01

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MsG0180004922.01.T01 AT1G33590 28.682 258 171 6 73 323 238 489 1.62e-17 84.7
MsG0180004922.01.T01 AT1G33590 30.816 331 190 10 2 295 38 366 2.32e-28 116
MsG0180004922.01.T01 AT1G33590 28.682 258 171 6 73 323 240 491 1.61e-17 84.7
MsG0180004922.01.T01 AT5G51560 37.156 218 126 6 27 239 29 240 3.00e-28 117
MsG0180004922.01.T01 AT1G33670 31.973 294 182 10 22 301 24 313 3.16e-28 115
MsG0180004922.01.T01 AT2G24230 32.530 332 177 13 50 345 47 367 4.92e-28 117
MsG0180004922.01.T01 AT1G73080 34.182 275 166 7 64 329 455 723 5.17e-28 117
MsG0180004922.01.T01 AT1G73080 31.293 294 146 8 87 324 281 574 6.19e-24 104
MsG0180004922.01.T01 AT1G73080 28.492 358 187 11 49 345 52 401 6.40e-23 101
MsG0180004922.01.T01 AT1G73080 28.148 270 160 6 85 321 351 619 7.33e-20 92.4
MsG0180004922.01.T01 AT1G73080 30.942 223 148 4 59 277 494 714 1.08e-19 92.0
MsG0180004922.01.T01 AT5G44700 29.040 427 229 14 8 371 10 425 5.52e-28 117
MsG0180004922.01.T01 AT5G44700 31.153 321 206 7 85 395 204 519 1.50e-25 109
MsG0180004922.01.T01 AT5G44700 31.507 292 158 8 64 345 572 831 1.19e-24 107
MsG0180004922.01.T01 AT5G44700 29.720 286 161 8 85 363 397 649 2.35e-23 103
MsG0180004922.01.T01 AT5G44700 38.122 181 105 4 85 260 660 838 7.08e-21 95.5
MsG0180004922.01.T01 AT5G63930 29.483 329 209 10 57 371 58 377 5.53e-28 117
MsG0180004922.01.T01 AT5G63930 31.987 297 173 11 85 368 157 437 8.64e-24 104
MsG0180004922.01.T01 AT5G63930 30.830 253 164 7 84 326 300 551 3.51e-19 90.5
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MsG0180004922.01.T01 AT1G17240 25.341 367 148 8 85 326 281 646 1.09e-14 76.3
MsG0180004922.01.T01 AT1G17240 27.778 216 129 4 86 296 234 427 2.60e-12 68.9
MsG0180004922.01.T01 AT1G17240 29.767 215 113 7 80 267 476 679 8.70e-12 67.4
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MsG0180004922.01.T01 AT5G10020 28.000 275 169 9 90 346 242 505 1.30e-12 70.1
MsG0180004922.01.T01 AT5G10020 29.565 230 122 7 109 322 328 533 7.73e-12 67.8
MsG0180004922.01.T01 AT5G49780 28.244 393 237 13 6 375 13 383 3.74e-22 99.4
MsG0180004922.01.T01 AT5G49780 28.244 393 237 13 6 375 13 383 3.77e-22 99.4
MsG0180004922.01.T01 AT2G16250 29.670 364 173 14 27 321 35 384 3.87e-22 99.4
MsG0180004922.01.T01 AT2G16250 30.041 243 114 8 85 272 164 405 2.00e-12 69.3
MsG0180004922.01.T01 AT3G11010 31.579 323 178 13 50 340 12 323 3.97e-22 99.4
MsG0180004922.01.T01 AT3G11010 31.273 275 156 9 87 338 135 399 6.46e-19 89.4
MsG0180004922.01.T01 AT3G11010 25.952 289 161 9 85 322 474 760 3.03e-11 65.9
MsG0180004922.01.T01 AT1G63430 32.381 210 130 5 31 237 30 230 4.52e-22 99.0
MsG0180004922.01.T01 AT1G63430 32.381 210 130 5 31 237 30 230 4.52e-22 99.0
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MsG0180004922.01.T01 AT1G29740 29.719 249 138 7 105 322 110 352 3.98e-17 84.0
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MsG0180004922.01.T01 AT1G29730 32.653 245 152 7 85 320 110 350 2.74e-20 93.6
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MsG0180004922.01.T01 AT1G58190 25.705 319 170 8 90 346 315 628 4.45e-11 65.5
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MsG0180004922.01.T01 AT5G14210 32.571 175 105 7 87 255 179 346 5.59e-12 68.2
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MsG0180004922.01.T01 AT1G58190 25.705 319 170 8 90 346 53 366 5.01e-11 65.1
MsG0180004922.01.T01 AT5G14210 33.484 221 139 5 82 297 126 343 9.95e-21 94.7
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MsG0180004922.01.T01 AT5G14210 29.084 251 148 7 98 345 72 295 2.87e-12 68.9
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MsG0180004922.01.T01 AT5G27060 30.070 286 182 8 50 322 75 355 1.48e-18 88.6
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MsG0180004922.01.T01 AT5G49290 29.482 251 154 8 111 345 234 477 5.20e-11 65.1
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MsG0180004922.01.T01 AT1G34210 37.576 165 94 4 31 193 35 192 3.50e-17 84.0
MsG0180004922.01.T01 AT1G29750 31.622 370 184 22 4 335 25 363 3.60e-17 84.3
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MsG0180004922.01.T01 AT3G02130 32.911 158 82 5 102 255 563 700 9.60e-12 67.4
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MsG0180004922.01.T01 AT1G74200 30.233 172 117 3 86 255 82 252 1.61e-15 77.0
MsG0180004922.01.T01 AT1G74200 27.126 247 172 6 84 322 7 253 2.26e-13 70.9
MsG0180004922.01.T01 AT1G74200 30.233 172 117 3 86 255 82 252 1.61e-15 77.0
MsG0180004922.01.T01 AT1G74200 27.126 247 172 6 84 322 7 253 2.26e-13 70.9
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MsG0180004922.01.T01 AT3G25010 28.571 280 137 12 125 345 488 763 1.79e-13 72.8
MsG0180004922.01.T01 AT3G25010 30.175 285 138 8 120 345 195 477 3.68e-13 71.6
MsG0180004922.01.T01 AT3G25010 32.895 228 138 10 108 321 564 790 1.33e-11 67.0
MsG0180004922.01.T01 AT3G25010 31.308 214 132 6 120 320 122 333 8.97e-11 64.3
MsG0180004922.01.T01 AT2G33060 26.891 357 171 12 52 345 49 378 5.32e-15 77.4
MsG0180004922.01.T01 AT2G33060 26.936 297 162 9 80 345 392 664 4.56e-14 74.7
MsG0180004922.01.T01 AT2G33060 32.353 238 139 10 136 362 306 532 9.89e-13 70.5
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MsG0180004922.01.T01 AT3G19020 28.772 285 159 14 29 278 76 351 7.20e-15 77.0
MsG0180004922.01.T01 AT4G06744 28.077 260 153 8 117 367 114 348 7.68e-15 75.9
MsG0180004922.01.T01 AT3G24982 27.976 336 199 13 52 372 82 389 7.75e-15 77.0
MsG0180004922.01.T01 AT3G24982 31.651 218 134 7 136 345 436 646 9.35e-15 76.6
MsG0180004922.01.T01 AT3G24982 29.710 276 168 12 87 345 529 795 3.77e-13 71.6
MsG0180004922.01.T01 AT1G47890 32.489 237 129 6 58 289 261 471 8.20e-15 77.0
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MsG0180004922.01.T01 AT1G47890 38.750 80 49 0 108 187 842 921 4.84e-13 71.6
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MsG0180004922.01.T01 AT2G13800 31.100 209 105 7 6 210 11 184 6.48e-14 73.9
MsG0180004922.01.T01 AT3G19230 34.965 143 79 4 38 172 361 497 7.33e-14 73.6
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MsG0180004922.01.T01 AT3G08680 38.168 131 67 3 143 267 90 212 5.60e-12 67.8
MsG0180004922.01.T01 AT4G33970 25.704 284 163 10 29 275 90 362 8.52e-13 70.5
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MsG0180004922.01.T01 AT1G53730 26.556 241 137 9 8 221 10 237 4.90e-12 68.2
MsG0180004922.01.T01 AT1G53730 36.232 138 81 5 192 324 97 232 5.09e-11 65.1
MsG0180004922.01.T01 AT1G11130 37.069 116 73 0 97 212 37 152 2.60e-12 68.9
MsG0180004922.01.T01 AT1G11130 33.146 178 100 7 108 277 2 168 5.53e-12 67.8
MsG0180004922.01.T01 AT1G60800 37.121 132 78 1 63 194 2 128 2.90e-12 68.6
MsG0180004922.01.T01 AT2G15042 28.512 242 122 9 108 323 64 280 4.80e-12 67.8
MsG0180004922.01.T01 AT2G15042 29.050 179 95 7 45 209 188 348 8.02e-12 67.0
MsG0180004922.01.T01 AT1G49750 26.316 323 188 14 35 336 130 423 5.54e-12 67.8
MsG0180004922.01.T01 AT3G28450 28.646 192 117 7 5 188 15 194 6.82e-12 67.4
MsG0180004922.01.T01 AT4G18760 29.448 163 92 3 93 255 186 325 9.25e-12 66.6
MsG0180004922.01.T01 AT1G28340 35.915 142 79 4 31 166 379 514 1.08e-11 67.0
MsG0180004922.01.T01 AT1G28340 47.368 76 40 0 111 186 435 510 6.46e-11 64.7
MsG0180004922.01.T01 AT1G10850 35.443 158 87 7 171 320 72 222 1.27e-11 66.6
MsG0180004922.01.T01 AT1G10850 32.787 183 110 7 27 207 33 204 5.59e-11 64.7
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MsG0180004922.01.T01 AT2G35620 31.746 189 118 5 1 186 6 186 1.78e-11 66.2
MsG0180004922.01.T01 AT2G35620 31.746 189 118 5 1 186 6 186 1.78e-11 66.2
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MsG0180004922.01.T01 AT5G10290 30.488 246 112 7 5 248 12 200 2.13e-11 65.9
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MsG0180004922.01.T01 AT4G23740 30.275 218 102 9 50 265 47 216 2.49e-11 65.9
MsG0180004922.01.T01 AT4G23740 30.275 218 102 9 50 265 47 216 2.49e-11 65.9
MsG0180004922.01.T01 AT1G68400 31.515 165 105 4 48 212 48 204 3.45e-11 65.5
MsG0180004922.01.T01 AT5G63410 31.677 161 107 3 98 255 94 254 4.30e-11 65.1
MsG0180004922.01.T01 AT1G69990 37.121 132 57 4 133 261 77 185 6.59e-11 64.3

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GTTCTGATTTCTTCTCTTCT+TGG 0.151235 1:-84428530 MsG0180004922.01.T01:CDS
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TTGAAGAATCTTAGGTTTCT+TGG 0.256911 1:-84428303 MsG0180004922.01.T01:CDS
CTTAGCTTTAACCGGTTATC+AGG 0.261759 1:-84427793 MsG0180004922.01.T01:CDS
TTGCAGCATAATTATTTAAC+TGG 0.263326 1:-84427649 MsG0180004922.01.T01:CDS
TGCTGAGTTTACCGTTGTTC+CGG 0.274838 1:-84428364 MsG0180004922.01.T01:CDS
TAAACTGGTTTCTTTCTAAC+TGG 0.278417 1:+84427863 None:intergenic
AGTGAGGGAGGGAGAAAATT+TGG 0.287238 1:+84428036 None:intergenic
CCAATTCACTGGACCTCTTC+CGG 0.290982 1:-84427917 MsG0180004922.01.T01:CDS
TTCTGATTTCTTCTCTTCTT+GGG 0.294221 1:-84428529 MsG0180004922.01.T01:CDS
CGGTGAACCGGTTATTATTC+AGG 0.294640 1:+84427731 None:intergenic
CTTCATCTCCGGTGAGATTC+CGG 0.304987 1:-84428268 MsG0180004922.01.T01:CDS
CGGTGAGAGAGTTGTGCTTT+AGG 0.317386 1:+84428070 None:intergenic
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GCTGAGTTTACCGTTGTTCC+GGG 0.356043 1:-84428363 MsG0180004922.01.T01:CDS
CTCTGTCACAACCGTTTAAC+CGG 0.358505 1:-84428135 MsG0180004922.01.T01:CDS
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GCCGGTTCAGCCGGTTTAAC+CGG 0.373062 1:-84428423 MsG0180004922.01.T01:CDS
CAATTCACTGGACCTCTTCC+GGG 0.379026 1:-84427916 MsG0180004922.01.T01:CDS
ACCGGTTAAACCGGCTGAAC+CGG 0.380564 1:+84428422 None:intergenic
GTTTCTTTCTAACTGGAGAT+TGG 0.382577 1:+84427870 None:intergenic
GTTCAACTGAACCGGTAAAC+TGG 0.393219 1:+84427848 None:intergenic
CTTGAAATTGTTTGAGGCAG+AGG 0.396587 1:+84428327 None:intergenic
GGTGAGATTCCGGCGGAGTT+AGG 0.397741 1:-84428258 MsG0180004922.01.T01:CDS
CCGGAAGAGGTCCAGTGAAT+TGG 0.399168 1:+84427917 None:intergenic
CCGTTGATCTTAGCTTTAAC+CGG 0.402124 1:-84427801 MsG0180004922.01.T01:CDS
CTCCCTGCCCTTTGAGAGCT+GGG 0.408010 1:-84427543 MsG0180004922.01.T01:CDS
CCGACGGTGGGTTCATTACC+GGG 0.419268 1:-84428174 MsG0180004922.01.T01:CDS
ATCTTTACCTGAATAATAAC+CGG 0.422499 1:-84427738 MsG0180004922.01.T01:CDS
AACTCTCTCACCGGTTCGAT+TGG 0.423894 1:-84428060 MsG0180004922.01.T01:CDS
GTGATATTTGACCTGATAAC+CGG 0.433486 1:+84427782 None:intergenic
TTCAAGCTTGAAATTGTTTG+AGG 0.437202 1:+84428321 None:intergenic
GTCAAGTCGACCGGTTAAAC+CGG 0.438729 1:+84428413 None:intergenic
CACTGGACCTCTTCCGGGTA+AGG 0.442115 1:-84427911 MsG0180004922.01.T01:CDS
GTATGCTTGCATCCAATAAC+CGG 0.443479 1:+84427683 None:intergenic
AATAGTTTAACTGATTAAGC+CGG 0.448356 1:+84427956 None:intergenic
TTCTGCTTCCCAGCTCTCAA+AGG 0.449258 1:+84427535 None:intergenic
GTGGAAGTGAACCGGTTAAA+CGG 0.453347 1:+84428124 None:intergenic
TAATAACCGGTTCACCGGTC+GGG 0.456933 1:-84427725 MsG0180004922.01.T01:CDS
GTTTACCGGTTCAGTTGAAC+CGG 0.458576 1:-84427845 MsG0180004922.01.T01:CDS
AAAGGGCAGGGAGTCTCTAC+GGG 0.462495 1:+84427553 None:intergenic
ATCCACCGGTTCAACTGAAC+CGG 0.465109 1:+84427840 None:intergenic
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GGTCGACTTGACCCGGCCAT+TGG 0.471416 1:-84428402 MsG0180004922.01.T01:CDS
CCGGTACCCGACCGGTGAAC+CGG 0.472372 1:+84427719 None:intergenic
AGTTGTGCTTTAGGTCCAAC+CGG 0.478741 1:+84428079 None:intergenic
CTTCCCAGCTCTCAAAGGGC+AGG 0.478809 1:+84427540 None:intergenic
GTTGTTCCGGGAAGAATATA+TGG 0.479704 1:-84428351 MsG0180004922.01.T01:CDS
ATCGAACCGTGGAAGTGAAC+CGG 0.481733 1:+84428116 None:intergenic
GAATCAATTCACCGGCTCAA+TGG 0.482068 1:-84427992 MsG0180004922.01.T01:CDS
CAAAGGGCAGGGAGTCTCTA+CGG 0.483981 1:+84427552 None:intergenic
TCTGCTTCCCAGCTCTCAAA+GGG 0.488478 1:+84427536 None:intergenic
CAGTGAATTGGTTCAGACTC+AGG 0.496101 1:+84427929 None:intergenic
AGAGGACCATATATTCTTCC+CGG 0.498734 1:+84428345 None:intergenic
TTCTCAGAGCTTAAGCCGGT+TGG 0.502564 1:-84428094 MsG0180004922.01.T01:CDS
GAAGAAAGCTTACCAATGGC+CGG 0.505173 1:+84428390 None:intergenic
CTGAATAATAACCGGTTCAC+CGG 0.506005 1:-84427730 MsG0180004922.01.T01:CDS
CCGGTTCACCGGTCGGGTAC+CGG 0.511484 1:-84427719 MsG0180004922.01.T01:CDS
GATCCTAGAGCCGGTTCAGC+CGG 0.512372 1:-84428432 MsG0180004922.01.T01:CDS
TTTAACCGGTCGACTTGACC+CGG 0.515523 1:-84428409 MsG0180004922.01.T01:CDS
GGAATTGCAACTTGATCCAC+CGG 0.516117 1:+84427826 None:intergenic
AAACCGGCTGAACCGGCTCT+AGG 0.518133 1:+84428429 None:intergenic
TACTGATTGCACTGTGTAGT+AGG 0.521903 1:+84427505 None:intergenic
TACACAGTGCAATCAGTACA+AGG 0.522647 1:-84427500 MsG0180004922.01.T01:CDS
AAGAAAACATGAATGAATCA+TGG 0.523749 1:+84428662 None:intergenic
GCTGATCCATGCAACTTCTC+CGG 0.525633 1:-84428498 MsG0180004922.01.T01:CDS
AAAATTTGGACCAATCGAAC+CGG 0.527849 1:+84428050 None:intergenic
ATAGTTTAACTGATTAAGCC+GGG 0.541592 1:+84427957 None:intergenic
GAGAATACCTTACCCGGAAG+AGG 0.543479 1:+84427904 None:intergenic
CTGAGTCTGAACCAATTCAC+TGG 0.545721 1:-84427928 MsG0180004922.01.T01:CDS
GATTAAGCCGGGTTAGAACC+TGG 0.547003 1:+84427968 None:intergenic
ATTCACCGGCTCAATGGACC+AGG 0.548135 1:-84427986 MsG0180004922.01.T01:CDS
ATAATAACCGGTTCACCGGT+CGG 0.548439 1:-84427726 MsG0180004922.01.T01:CDS
AATGGCCGGGTCAAGTCGAC+CGG 0.552723 1:+84428404 None:intergenic
AGAGATACTGAAGTGAGGGA+GGG 0.555710 1:+84428025 None:intergenic
TCTAACTGGAGATTGGTAAG+TGG 0.555758 1:+84427877 None:intergenic
GTCTTCAAGAGCTTTACGAA+TGG 0.555937 1:+84428560 None:intergenic
ATACACAGTGAACTTCTCTC+TGG 0.558515 1:+84427598 None:intergenic
TTCAGTATCTCTCATTGTCG+TGG 0.559757 1:-84428014 MsG0180004922.01.T01:CDS
GTTAACAGAAACTTCATCTC+CGG 0.561346 1:-84428279 MsG0180004922.01.T01:CDS
AAGAAAGCTTACCAATGGCC+GGG 0.562592 1:+84428391 None:intergenic
GAGAGATACTGAAGTGAGGG+AGG 0.562739 1:+84428024 None:intergenic
TGAAGAGCTAGAAAATCAGT+TGG 0.563375 1:+84428585 None:intergenic
AAAGCTCTTGAAGACATGCC+TGG 0.564765 1:-84428552 MsG0180004922.01.T01:CDS
GTTTAACCGGTTCACTTCCA+CGG 0.566380 1:-84428122 MsG0180004922.01.T01:CDS
AACCTCGGTGATCCTAGAGC+CGG 0.566908 1:-84428441 MsG0180004922.01.T01:CDS
TAGAACCTGGTCCATTGAGC+CGG 0.567302 1:+84427981 None:intergenic
CTCTCTGGAATCACAGCCGT+TGG 0.567731 1:+84427613 None:intergenic
GAAGAGCTAGAAAATCAGTT+GGG 0.577615 1:+84428586 None:intergenic
CTTAGTTACAATCAGCTCAC+CGG 0.577981 1:-84428207 MsG0180004922.01.T01:CDS
TCGATTCTCAGAGCTTAAGC+CGG 0.580830 1:-84428098 MsG0180004922.01.T01:CDS
AAAACTAGCCGGTACCCGAC+CGG 0.581089 1:+84427711 None:intergenic
CGGTTAAACGGTTGTGACAG+AGG 0.582721 1:+84428136 None:intergenic
TTGTCGTGGAATCAATTCAC+CGG 0.583356 1:-84428000 MsG0180004922.01.T01:CDS
TTCCCAGCTCTCAAAGGGCA+GGG 0.587073 1:+84427541 None:intergenic
AATGAGAGATACTGAAGTGA+GGG 0.593397 1:+84428021 None:intergenic
TAACTCCGCCGGAATCTCAC+CGG 0.594170 1:+84428260 None:intergenic
GAGCTGGGAAGCAGAAAACA+AGG 0.600604 1:-84427528 MsG0180004922.01.T01:CDS
AACCGGTCCACAAAACTAGC+CGG 0.601370 1:+84427700 None:intergenic
AACACACCGGAGAAGTTGCA+TGG 0.607505 1:+84428492 None:intergenic
CTAAAGCACAACTCTCTCAC+CGG 0.607900 1:-84428069 MsG0180004922.01.T01:CDS
GGAAATGAGAATACCTTACC+CGG 0.610415 1:+84427898 None:intergenic
CGTAACTCACCTAACTCCGC+CGG 0.616861 1:+84428249 None:intergenic
CCGGTTAAAGCTAAGATCAA+CGG 0.618430 1:+84427801 None:intergenic
TACCGGTTCAGTTGAACCGG+TGG 0.618955 1:-84427842 MsG0180004922.01.T01:CDS
AAGAGAAGAAAGCTTACCAA+TGG 0.621943 1:+84428386 None:intergenic
GGGCAGGGAGTCTCTACGGG+AGG 0.625720 1:+84427556 None:intergenic
CAATGGACCAGGTTCTAACC+CGG 0.637022 1:-84427975 MsG0180004922.01.T01:CDS
TGGAATTGAGATTAGTCCAA+CGG 0.637536 1:-84427629 MsG0180004922.01.T01:CDS
GGTAATGAACCCACCGTCGG+AGG 0.638577 1:+84428177 None:intergenic
GGCAGGGAGTCTCTACGGGA+GGG 0.639971 1:+84427557 None:intergenic
CCCGGTAATGAACCCACCGT+CGG 0.651142 1:+84428174 None:intergenic
AAGGTCATTTCTCTCAACCT+CGG 0.653961 1:-84428456 MsG0180004922.01.T01:CDS
TTAAAGCTAAGATCAACGGT+TGG 0.655250 1:+84427805 None:intergenic
CAATGAGAGATACTGAAGTG+AGG 0.657019 1:+84428020 None:intergenic
GAAGAGAAGAAATCAGAACC+AGG 0.661448 1:+84428534 None:intergenic
GTGTATGCAGTATAATTGCA+TGG 0.663358 1:-84427581 MsG0180004922.01.T01:CDS
AGGATGAGATTCGTTAACCC+CGG 0.667870 1:+84428156 None:intergenic
TTCTGCACATTAGCTAGCAT+AGG 0.671471 1:+84427760 None:intergenic
ATATATTCTTCCCGGAACAA+CGG 0.671498 1:+84428353 None:intergenic
CGACGGTGGGTTCATTACCG+GGG 0.678506 1:-84428173 MsG0180004922.01.T01:CDS
ATCAGAATCACAAAACACAC+CGG 0.687062 1:+84428479 None:intergenic
CATCTCCGGTGAGATTCCGG+CGG 0.703072 1:-84428265 MsG0180004922.01.T01:CDS
ACACAGTGCAATCAGTACAA+GGG 0.721092 1:-84427499 MsG0180004922.01.T01:CDS
AAGCTCTGAGAATCGAACCG+TGG 0.740518 1:+84428105 None:intergenic
AACCGGCTCTAGGATCACCG+AGG 0.790874 1:+84428439 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
! AATAGTTTAACTGATTAAGC+CGG + Chr1:84428199-84428218 None:intergenic 25.0%
! ATCTTTACCTGAATAATAAC+CGG - Chr1:84428414-84428433 MsG0180004922.01.T01:CDS 25.0%
! TTGCAGCATAATTATTTAAC+TGG - Chr1:84428503-84428522 MsG0180004922.01.T01:CDS 25.0%
ATAGTTTAACTGATTAAGCC+GGG + Chr1:84428198-84428217 None:intergenic 30.0%
TTAGAAAGAAACCAGTTTAC+CGG - Chr1:84428293-84428312 MsG0180004922.01.T01:CDS 30.0%
TTCAAGCTTGAAATTGTTTG+AGG + Chr1:84427834-84427853 None:intergenic 30.0%
TTCTGATTTCTTCTCTTCTT+GGG - Chr1:84427623-84427642 MsG0180004922.01.T01:CDS 30.0%
TTGAAGAATCTTAGGTTTCT+TGG - Chr1:84427849-84427868 MsG0180004922.01.T01:CDS 30.0%
TTTCAAGCTTGAAGAATCTT+AGG - Chr1:84427841-84427860 MsG0180004922.01.T01:CDS 30.0%
! TAAACTGGTTTCTTTCTAAC+TGG + Chr1:84428292-84428311 None:intergenic 30.0%
! TGTGTTTTGTGATTCTGATA+AGG - Chr1:84427677-84427696 MsG0180004922.01.T01:CDS 30.0%
AAAATTTGGACCAATCGAAC+CGG + Chr1:84428105-84428124 None:intergenic 35.0%
AAGAGAAGAAAGCTTACCAA+TGG + Chr1:84427769-84427788 None:intergenic 35.0%
AATGAGAGATACTGAAGTGA+GGG + Chr1:84428134-84428153 None:intergenic 35.0%
ATATATTCTTCCCGGAACAA+CGG + Chr1:84427802-84427821 None:intergenic 35.0%
ATCAGAATCACAAAACACAC+CGG + Chr1:84427676-84427695 None:intergenic 35.0%
GAAGAGCTAGAAAATCAGTT+GGG + Chr1:84427569-84427588 None:intergenic 35.0%
GTGATATTTGACCTGATAAC+CGG + Chr1:84428373-84428392 None:intergenic 35.0%
GTGTATGCAGTATAATTGCA+TGG - Chr1:84428571-84428590 MsG0180004922.01.T01:CDS 35.0%
GTTAACAGAAACTTCATCTC+CGG - Chr1:84427873-84427892 MsG0180004922.01.T01:CDS 35.0%
GTTCTGATTTCTTCTCTTCT+TGG - Chr1:84427622-84427641 MsG0180004922.01.T01:CDS 35.0%
GTTTCTTTCTAACTGGAGAT+TGG + Chr1:84428285-84428304 None:intergenic 35.0%
TGAAGAGCTAGAAAATCAGT+TGG + Chr1:84427570-84427589 None:intergenic 35.0%
TTAAAGCTAAGATCAACGGT+TGG + Chr1:84428350-84428369 None:intergenic 35.0%
! TGGAATTGAGATTAGTCCAA+CGG - Chr1:84428523-84428542 MsG0180004922.01.T01:CDS 35.0%
AAGGTCATTTCTCTCAACCT+CGG - Chr1:84427696-84427715 MsG0180004922.01.T01:CDS 40.0%
ACACAGTGCAATCAGTACAA+GGG - Chr1:84428653-84428672 MsG0180004922.01.T01:CDS 40.0%
AGAGGACCATATATTCTTCC+CGG + Chr1:84427810-84427829 None:intergenic 40.0%
ATACACAGTGAACTTCTCTC+TGG + Chr1:84428557-84428576 None:intergenic 40.0%
CAATGAGAGATACTGAAGTG+AGG + Chr1:84428135-84428154 None:intergenic 40.0%
CCGGTTAAAGCTAAGATCAA+CGG + Chr1:84428354-84428373 None:intergenic 40.0%
CTTAGTTACAATCAGCTCAC+CGG - Chr1:84427945-84427964 MsG0180004922.01.T01:CDS 40.0%
GAAGAGAAGAAATCAGAACC+AGG + Chr1:84427621-84427640 None:intergenic 40.0%
GGAAATGAGAATACCTTACC+CGG + Chr1:84428257-84428276 None:intergenic 40.0%
GTATGCTTGCATCCAATAAC+CGG + Chr1:84428472-84428491 None:intergenic 40.0%
GTCTTCAAGAGCTTTACGAA+TGG + Chr1:84427595-84427614 None:intergenic 40.0%
GTTGTTCCGGGAAGAATATA+TGG - Chr1:84427801-84427820 MsG0180004922.01.T01:CDS 40.0%
TACACAGTGCAATCAGTACA+AGG - Chr1:84428652-84428671 MsG0180004922.01.T01:CDS 40.0%
TCTAACTGGAGATTGGTAAG+TGG + Chr1:84428278-84428297 None:intergenic 40.0%
TTCAGTATCTCTCATTGTCG+TGG - Chr1:84428138-84428157 MsG0180004922.01.T01:CDS 40.0%
TTCTGCACATTAGCTAGCAT+AGG + Chr1:84428395-84428414 None:intergenic 40.0%
TTGTCGTGGAATCAATTCAC+CGG - Chr1:84428152-84428171 MsG0180004922.01.T01:CDS 40.0%
! CTGAATAATAACCGGTTCAC+CGG - Chr1:84428422-84428441 MsG0180004922.01.T01:CDS 40.0%
! CTTGAAATTGTTTGAGGCAG+AGG + Chr1:84427828-84427847 None:intergenic 40.0%
! TACTGATTGCACTGTGTAGT+AGG + Chr1:84428650-84428669 None:intergenic 40.0%
!! CCGTTGATCTTAGCTTTAAC+CGG - Chr1:84428351-84428370 MsG0180004922.01.T01:CDS 40.0%
!! CTTAGCTTTAACCGGTTATC+AGG - Chr1:84428359-84428378 MsG0180004922.01.T01:CDS 40.0%
!!! TAGTTTTGTGGACCGGTTAT+TGG - Chr1:84428457-84428476 MsG0180004922.01.T01:CDS 40.0%
AAAGCTCTTGAAGACATGCC+TGG - Chr1:84427600-84427619 MsG0180004922.01.T01:CDS 45.0%
AAGAAAGCTTACCAATGGCC+GGG + Chr1:84427764-84427783 None:intergenic 45.0%
AGAGATACTGAAGTGAGGGA+GGG + Chr1:84428130-84428149 None:intergenic 45.0%
AGGATGAGATTCGTTAACCC+CGG + Chr1:84427999-84428018 None:intergenic 45.0%
AGTGAGGGAGGGAGAAAATT+TGG + Chr1:84428119-84428138 None:intergenic 45.0%
CGGTGAACCGGTTATTATTC+AGG + Chr1:84428424-84428443 None:intergenic 45.0%
CTAAAGCACAACTCTCTCAC+CGG - Chr1:84428083-84428102 MsG0180004922.01.T01:CDS 45.0%
CTCTGTCACAACCGTTTAAC+CGG - Chr1:84428017-84428036 MsG0180004922.01.T01:CDS 45.0%
CTGAGTCTGAACCAATTCAC+TGG - Chr1:84428224-84428243 MsG0180004922.01.T01:CDS 45.0%
GAAGAAAGCTTACCAATGGC+CGG + Chr1:84427765-84427784 None:intergenic 45.0%
GGAATTGCAACTTGATCCAC+CGG + Chr1:84428329-84428348 None:intergenic 45.0%
GTGGAAGTGAACCGGTTAAA+CGG + Chr1:84428031-84428050 None:intergenic 45.0%
GTTCAACTGAACCGGTAAAC+TGG + Chr1:84428307-84428326 None:intergenic 45.0%
TCGATTCTCAGAGCTTAAGC+CGG - Chr1:84428054-84428073 MsG0180004922.01.T01:CDS 45.0%
TGCTGAGTTTACCGTTGTTC+CGG - Chr1:84427788-84427807 MsG0180004922.01.T01:CDS 45.0%
! AGTTGTGCTTTAGGTCCAAC+CGG + Chr1:84428076-84428095 None:intergenic 45.0%
! ATAATAACCGGTTCACCGGT+CGG - Chr1:84428426-84428445 MsG0180004922.01.T01:CDS 45.0%
! CAGTGAATTGGTTCAGACTC+AGG + Chr1:84428226-84428245 None:intergenic 45.0%
! GTTTAACCGGTTCACTTCCA+CGG - Chr1:84428030-84428049 MsG0180004922.01.T01:CDS 45.0%
!! GAATCAATTCACCGGCTCAA+TGG - Chr1:84428160-84428179 MsG0180004922.01.T01:CDS 45.0%
!! GTTTACCGGTTCAGTTGAAC+CGG - Chr1:84428307-84428326 MsG0180004922.01.T01:CDS 45.0%
AACACACCGGAGAAGTTGCA+TGG + Chr1:84427663-84427682 None:intergenic 50.0%
AACCGGTCCACAAAACTAGC+CGG + Chr1:84428455-84428474 None:intergenic 50.0%
ATCGAACCGTGGAAGTGAAC+CGG + Chr1:84428039-84428058 None:intergenic 50.0%
CAATTCACTGGACCTCTTCC+GGG - Chr1:84428236-84428255 MsG0180004922.01.T01:CDS 50.0%
CACCGGAAAAATTCCTCCGA+CGG - Chr1:84427962-84427981 MsG0180004922.01.T01:CDS 50.0%
CCAATTCACTGGACCTCTTC+CGG - Chr1:84428235-84428254 MsG0180004922.01.T01:CDS 50.0%
CGGTGAGAGAGTTGTGCTTT+AGG + Chr1:84428085-84428104 None:intergenic 50.0%
CGGTTAAACGGTTGTGACAG+AGG + Chr1:84428019-84428038 None:intergenic 50.0%
CTTCATCTCCGGTGAGATTC+CGG - Chr1:84427884-84427903 MsG0180004922.01.T01:CDS 50.0%
GAGAATACCTTACCCGGAAG+AGG + Chr1:84428251-84428270 None:intergenic 50.0%
GAGAGATACTGAAGTGAGGG+AGG + Chr1:84428131-84428150 None:intergenic 50.0%
GAGCTGGGAAGCAGAAAACA+AGG - Chr1:84428624-84428643 MsG0180004922.01.T01:CDS 50.0%
GCTGAGTTTACCGTTGTTCC+GGG - Chr1:84427789-84427808 MsG0180004922.01.T01:CDS 50.0%
GCTGATCCATGCAACTTCTC+CGG - Chr1:84427654-84427673 MsG0180004922.01.T01:CDS 50.0%
GGAAAAATTCCTCCGACGGT+GGG - Chr1:84427966-84427985 MsG0180004922.01.T01:CDS 50.0%
GTCAAGTCGACCGGTTAAAC+CGG + Chr1:84427742-84427761 None:intergenic 50.0%
TAGAACCTGGTCCATTGAGC+CGG + Chr1:84428174-84428193 None:intergenic 50.0%
TCTGCTTCCCAGCTCTCAAA+GGG + Chr1:84428619-84428638 None:intergenic 50.0%
TTCTCAGAGCTTAAGCCGGT+TGG - Chr1:84428058-84428077 MsG0180004922.01.T01:CDS 50.0%
TTCTGCTTCCCAGCTCTCAA+AGG + Chr1:84428620-84428639 None:intergenic 50.0%
! CAATGGACCAGGTTCTAACC+CGG - Chr1:84428177-84428196 MsG0180004922.01.T01:CDS 50.0%
! CACCGTCGGAGGAATTTTTC+CGG + Chr1:84427967-84427986 None:intergenic 50.0%
! GATTAAGCCGGGTTAGAACC+TGG + Chr1:84428187-84428206 None:intergenic 50.0%
! TAATAACCGGTTCACCGGTC+GGG - Chr1:84428427-84428446 MsG0180004922.01.T01:CDS 50.0%
!! AACTCTCTCACCGGTTCGAT+TGG - Chr1:84428092-84428111 MsG0180004922.01.T01:CDS 50.0%
!! AAGCTCTGAGAATCGAACCG+TGG + Chr1:84428050-84428069 None:intergenic 50.0%
!! ATCCACCGGTTCAACTGAAC+CGG + Chr1:84428315-84428334 None:intergenic 50.0%
!! TTTAACCGGTCGACTTGACC+CGG - Chr1:84427743-84427762 MsG0180004922.01.T01:CDS 50.0%
!!! TACCGGCTAGTTTTGTGGAC+CGG - Chr1:84428450-84428469 MsG0180004922.01.T01:CDS 50.0%
AAAACTAGCCGGTACCCGAC+CGG + Chr1:84428444-84428463 None:intergenic 55.0%
AAAGGGCAGGGAGTCTCTAC+GGG + Chr1:84428602-84428621 None:intergenic 55.0%
AACCTCGGTGATCCTAGAGC+CGG - Chr1:84427711-84427730 MsG0180004922.01.T01:CDS 55.0%
ACCGGTTAAACCGGCTGAAC+CGG + Chr1:84427733-84427752 None:intergenic 55.0%
CAAAGGGCAGGGAGTCTCTA+CGG + Chr1:84428603-84428622 None:intergenic 55.0%
CCGGAAGAGGTCCAGTGAAT+TGG + Chr1:84428238-84428257 None:intergenic 55.0%
CGGAAAAATTCCTCCGACGG+TGG - Chr1:84427965-84427984 MsG0180004922.01.T01:CDS 55.0%
CGTAACTCACCTAACTCCGC+CGG + Chr1:84427906-84427925 None:intergenic 55.0%
TAACTCCGCCGGAATCTCAC+CGG + Chr1:84427895-84427914 None:intergenic 55.0%
TTCCCAGCTCTCAAAGGGCA+GGG + Chr1:84428614-84428633 None:intergenic 55.0%
! TCCGACGGTGGGTTCATTAC+CGG - Chr1:84427977-84427996 MsG0180004922.01.T01:CDS 55.0%
!! ATTCACCGGCTCAATGGACC+AGG - Chr1:84428166-84428185 MsG0180004922.01.T01:CDS 55.0%
!! CTCTCTGGAATCACAGCCGT+TGG + Chr1:84428542-84428561 None:intergenic 55.0%
!! TACCGGTTCAGTTGAACCGG+TGG - Chr1:84428310-84428329 MsG0180004922.01.T01:CDS 55.0%
!!! TCGGGTACCGGCTAGTTTTG+TGG - Chr1:84428445-84428464 MsG0180004922.01.T01:CDS 55.0%
AATGGCCGGGTCAAGTCGAC+CGG + Chr1:84427751-84427770 None:intergenic 60.0%
CACTGGACCTCTTCCGGGTA+AGG - Chr1:84428241-84428260 MsG0180004922.01.T01:CDS 60.0%
CATCTCCGGTGAGATTCCGG+CGG - Chr1:84427887-84427906 MsG0180004922.01.T01:CDS 60.0%
CCCGGTAATGAACCCACCGT+CGG + Chr1:84427981-84428000 None:intergenic 60.0%
CTTCCCAGCTCTCAAAGGGC+AGG + Chr1:84428615-84428634 None:intergenic 60.0%
GGTAATGAACCCACCGTCGG+AGG + Chr1:84427978-84427997 None:intergenic 60.0%
GGTGAGATTCCGGCGGAGTT+AGG - Chr1:84427894-84427913 MsG0180004922.01.T01:CDS 60.0%
! AAACCGGCTGAACCGGCTCT+AGG + Chr1:84427726-84427745 None:intergenic 60.0%
! ACTCCCTGCCCTTTGAGAGC+TGG - Chr1:84428608-84428627 MsG0180004922.01.T01:CDS 60.0%
! CCGACGGTGGGTTCATTACC+GGG - Chr1:84427978-84427997 MsG0180004922.01.T01:CDS 60.0%
! CGACGGTGGGTTCATTACCG+GGG - Chr1:84427979-84427998 MsG0180004922.01.T01:CDS 60.0%
! CTCCCTGCCCTTTGAGAGCT+GGG - Chr1:84428609-84428628 MsG0180004922.01.T01:CDS 60.0%
! GATCCTAGAGCCGGTTCAGC+CGG - Chr1:84427720-84427739 MsG0180004922.01.T01:CDS 60.0%
! GCCGGTTCAGCCGGTTTAAC+CGG - Chr1:84427729-84427748 MsG0180004922.01.T01:CDS 60.0%
!! AACCGGCTCTAGGATCACCG+AGG + Chr1:84427716-84427735 None:intergenic 60.0%
GGCAGGGAGTCTCTACGGGA+GGG + Chr1:84428598-84428617 None:intergenic 65.0%
!! GGTCGACTTGACCCGGCCAT+TGG - Chr1:84427750-84427769 MsG0180004922.01.T01:CDS 65.0%
CCGGTACCCGACCGGTGAAC+CGG + Chr1:84428436-84428455 None:intergenic 70.0%
CCGGTTCACCGGTCGGGTAC+CGG - Chr1:84428433-84428452 MsG0180004922.01.T01:CDS 70.0%
GGGCAGGGAGTCTCTACGGG+AGG + Chr1:84428599-84428618 None:intergenic 70.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 84427492 84428682 84427492 ID=MsG0180004922.01;Name=MsG0180004922.01
Chr1 mRNA 84427492 84428682 84427492 ID=MsG0180004922.01.T01;Parent=MsG0180004922.01;Name=MsG0180004922.01.T01;_AED=0.17;_eAED=0.17;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|396
Chr1 exon 84427492 84428682 84427492 ID=MsG0180004922.01.T01:exon:27883;Parent=MsG0180004922.01.T01
Chr1 CDS 84427492 84428682 84427492 ID=MsG0180004922.01.T01:cds;Parent=MsG0180004922.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180004922.01.T01

ATGATTCATTCATGTTTTCTTCTCTTTTTCTTTTGTTTCTTACACAATCAGCTTATTGTAAACGCGATTTTAGACCCAACTGATTTTCTAGCTCTTCAATCCATTCGTAAAGCTCTTGAAGACATGCCTGGTTCTGATTTCTTCTCTTCTTGGGATTTCACTGCTGATCCATGCAACTTCTCCGGTGTGTTTTGTGATTCTGATAAGGTCATTTCTCTCAACCTCGGTGATCCTAGAGCCGGTTCAGCCGGTTTAACCGGTCGACTTGACCCGGCCATTGGTAAGCTTTCTTCTCTTGCTGAGTTTACCGTTGTTCCGGGAAGAATATATGGTCCTCTGCCTCAAACAATTTCAAGCTTGAAGAATCTTAGGTTTCTTGGTGTTAACAGAAACTTCATCTCCGGTGAGATTCCGGCGGAGTTAGGTGAGTTACGCAGTCTTCGAACTATTGATCTTAGTTACAATCAGCTCACCGGAAAAATTCCTCCGACGGTGGGTTCATTACCGGGGTTAACGAATCTCATCCTCTGTCACAACCGTTTAACCGGTTCACTTCCACGGTTCGATTCTCAGAGCTTAAGCCGGTTGGACCTAAAGCACAACTCTCTCACCGGTTCGATTGGTCCAAATTTTCTCCCTCCCTCACTTCAGTATCTCTCATTGTCGTGGAATCAATTCACCGGCTCAATGGACCAGGTTCTAACCCGGCTTAATCAGTTAAACTATTTAGACCTGAGTCTGAACCAATTCACTGGACCTCTTCCGGGTAAGGTATTCTCATTTCCACTTACCAATCTCCAGTTAGAAAGAAACCAGTTTACCGGTTCAGTTGAACCGGTGGATCAAGTTGCAATTCCAACCGTTGATCTTAGCTTTAACCGGTTATCAGGTCAAATATCACCTATGCTAGCTAATGTGCAGAATCTTTACCTGAATAATAACCGGTTCACCGGTCGGGTACCGGCTAGTTTTGTGGACCGGTTATTGGATGCAAGCATACAGATATTATATTTGCAGCATAATTATTTAACTGGAATTGAGATTAGTCCAACGGCTGTGATTCCAGAGAGAAGTTCACTGTGTATGCAGTATAATTGCATGGTCCCTCCCGTAGAGACTCCCTGCCCTTTGAGAGCTGGGAAGCAGAAAACAAGGCCTACTACACAGTGCAATCAGTACAAGGGTAGATAG
Protein sequence

>MsG0180004922.01.T01

MIHSCFLLFFFCFLHNQLIVNAILDPTDFLALQSIRKALEDMPGSDFFSSWDFTADPCNFSGVFCDSDKVISLNLGDPRAGSAGLTGRLDPAIGKLSSLAEFTVVPGRIYGPLPQTISSLKNLRFLGVNRNFISGEIPAELGELRSLRTIDLSYNQLTGKIPPTVGSLPGLTNLILCHNRLTGSLPRFDSQSLSRLDLKHNSLTGSIGPNFLPPSLQYLSLSWNQFTGSMDQVLTRLNQLNYLDLSLNQFTGPLPGKVFSFPLTNLQLERNQFTGSVEPVDQVAIPTVDLSFNRLSGQISPMLANVQNLYLNNNRFTGRVPASFVDRLLDASIQILYLQHNYLTGIEISPTAVIPERSSLCMQYNCMVPPVETPCPLRAGKQKTRPTTQCNQYKGR*