AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880044039.01


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MsG0880044039.01.T01 AT3G20950 27.778 378 235 8 7 353 139 509 9.65e-45 161
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MsG0880044039.01.T01 AT1G01190 28.691 359 215 9 7 335 165 512 5.78e-39 145
MsG0880044039.01.T01 AT1G01190 28.691 359 215 9 7 335 170 517 6.01e-39 145
MsG0880044039.01.T01 AT3G61880 29.799 349 203 8 7 322 158 497 7.79e-39 145
MsG0880044039.01.T01 AT1G16400 30.924 249 166 2 95 337 262 510 7.84e-38 142
MsG0880044039.01.T01 AT5G61320 29.521 376 202 10 7 344 127 477 1.49e-37 141
MsG0880044039.01.T01 AT2G12190 37.104 221 134 4 130 346 282 501 1.68e-37 141
MsG0880044039.01.T01 AT3G53290 31.680 363 222 9 7 353 50 402 6.83e-37 137
MsG0880044039.01.T01 AT2G05180 29.333 300 175 8 7 276 134 426 1.03e-36 138
MsG0880044039.01.T01 AT5G05260 34.498 229 146 3 110 335 276 503 1.12e-36 139
MsG0880044039.01.T01 AT1G16410 30.242 248 163 3 100 337 264 511 1.23e-35 136
MsG0880044039.01.T01 AT5G05260 34.123 211 136 2 129 336 262 472 1.49e-35 135
MsG0880044039.01.T01 AT5G25900 30.556 252 163 5 101 352 264 503 2.11e-34 132
MsG0880044039.01.T01 AT5G04630 27.714 350 218 9 4 322 131 476 1.50e-32 127
MsG0880044039.01.T01 AT1G11600 38.693 199 115 4 130 322 281 478 2.91e-32 127
MsG0880044039.01.T01 AT5G04660 26.857 350 225 7 2 322 132 479 2.89e-31 124
MsG0880044039.01.T01 AT3G03470 27.441 379 237 11 7 350 128 503 3.10e-31 124
MsG0880044039.01.T01 AT1G64900 30.744 309 204 6 53 353 196 502 1.08e-29 119
MsG0880044039.01.T01 AT3G53305 38.424 203 93 4 145 337 132 312 1.84e-29 116
MsG0880044039.01.T01 AT4G13310 28.782 271 162 5 7 250 124 390 1.33e-28 115
MsG0880044039.01.T01 AT3G10570 30.804 224 149 4 130 350 286 506 1.45e-28 116
MsG0880044039.01.T01 AT3G10560 26.239 343 226 8 5 322 140 480 3.51e-28 115
MsG0880044039.01.T01 AT4G20240 26.087 299 194 6 7 281 125 420 2.02e-27 112
MsG0880044039.01.T01 AT1G05160 27.758 281 173 7 48 305 172 445 4.68e-23 100
MsG0880044039.01.T01 AT1G05160 27.758 281 173 7 48 305 172 445 4.68e-23 100
MsG0880044039.01.T01 AT3G14640 27.273 242 172 4 85 324 248 487 4.76e-23 100
MsG0880044039.01.T01 AT3G14640 27.273 242 172 4 85 324 270 509 5.32e-23 100
MsG0880044039.01.T01 AT4G15110 30.000 220 125 4 133 324 332 550 2.91e-22 98.6
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MsG0880044039.01.T01 AT1G16410 33.775 151 95 2 100 245 264 414 1.76e-21 95.5
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MsG0880044039.01.T01 AT3G14630 28.926 242 167 5 85 324 298 536 2.18e-21 95.9
MsG0880044039.01.T01 AT3G14660 29.464 224 153 5 85 306 101 321 3.26e-21 94.0
MsG0880044039.01.T01 AT3G14630 28.926 242 167 5 85 324 243 481 3.43e-21 95.1
MsG0880044039.01.T01 AT2G32440 27.143 280 178 7 46 305 169 442 3.74e-21 94.7
MsG0880044039.01.T01 AT2G32440 27.143 280 178 7 46 305 169 442 3.74e-21 94.7
MsG0880044039.01.T01 AT5G05690 31.313 198 126 5 128 322 132 322 5.64e-21 93.2
MsG0880044039.01.T01 AT3G14660 29.464 224 153 5 85 306 247 467 1.17e-20 93.6
MsG0880044039.01.T01 AT3G14620 30.088 226 152 6 101 324 267 488 1.36e-20 93.2
MsG0880044039.01.T01 AT3G14650 28.395 243 167 6 85 324 247 485 1.45e-20 93.2
MsG0880044039.01.T01 AT3G25180 25.283 265 171 3 7 244 133 397 2.27e-20 92.0
MsG0880044039.01.T01 AT4G39510 25.505 396 240 17 4 355 120 504 2.51e-20 92.4
MsG0880044039.01.T01 AT5G05690 31.313 198 126 5 128 322 251 441 2.62e-20 92.4
MsG0880044039.01.T01 AT5G24900 32.164 171 113 3 156 325 216 384 4.01e-20 91.3
MsG0880044039.01.T01 AT2G44890 27.572 243 159 4 100 326 241 482 5.01e-20 91.7
MsG0880044039.01.T01 AT5G24900 30.208 192 128 4 156 343 333 522 7.62e-20 91.3
MsG0880044039.01.T01 AT3G19270 27.731 238 156 6 94 327 218 443 9.95e-20 90.5
MsG0880044039.01.T01 AT2G45510 25.000 360 229 9 6 326 125 482 1.91e-19 89.7
MsG0880044039.01.T01 AT3G14610 24.490 294 199 6 52 324 194 485 2.16e-19 89.7
MsG0880044039.01.T01 AT3G14680 28.910 211 143 6 94 301 256 462 2.20e-19 89.7
MsG0880044039.01.T01 AT1G73340 26.840 231 156 5 95 322 233 453 5.68e-19 88.6
MsG0880044039.01.T01 AT1G19630 29.902 204 132 6 126 326 255 450 2.18e-18 86.7
MsG0880044039.01.T01 AT3G14690 28.889 225 153 6 85 306 247 467 3.84e-18 85.9
MsG0880044039.01.T01 AT1G13140 23.864 352 216 12 7 324 138 471 4.33e-18 85.9
MsG0880044039.01.T01 AT3G14690 28.889 225 153 6 85 306 282 502 4.41e-18 85.9
MsG0880044039.01.T01 AT2G26710 32.164 171 112 4 156 324 320 488 4.75e-18 85.9
MsG0880044039.01.T01 AT4G20240 24.345 267 176 5 7 250 125 388 4.86e-18 85.1
MsG0880044039.01.T01 AT5G24910 30.000 170 116 3 156 324 338 505 5.34e-18 85.5
MsG0880044039.01.T01 AT2G25160 35.664 143 86 3 127 264 280 421 9.86e-18 84.3
MsG0880044039.01.T01 AT3G19270 27.468 233 153 6 94 322 218 438 1.05e-17 84.3
MsG0880044039.01.T01 AT2G26170 27.273 253 168 6 111 355 193 437 1.27e-17 84.3
MsG0880044039.01.T01 AT3G53130 33.548 155 100 3 154 306 341 494 1.45e-17 84.3
MsG0880044039.01.T01 AT1G13140 21.918 365 233 11 7 324 138 497 1.81e-17 84.0
MsG0880044039.01.T01 AT1G57750 22.099 362 240 11 7 333 124 478 1.97e-17 84.0
MsG0880044039.01.T01 AT1G67110 32.524 206 125 7 143 343 309 505 3.38e-17 83.2
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MsG0880044039.01.T01 AT5G52320 30.000 180 121 3 150 327 302 478 3.75e-17 83.2
MsG0880044039.01.T01 AT2G26170 27.273 253 168 6 111 355 276 520 4.03e-17 82.8
MsG0880044039.01.T01 AT1G19630 29.500 200 130 6 126 322 255 446 1.27e-16 81.3
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MsG0880044039.01.T01 AT5G58860 26.364 220 144 5 100 305 247 462 1.58e-16 81.3
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MsG0880044039.01.T01 AT4G20235 46.753 77 40 1 250 325 255 331 1.79e-15 77.0
MsG0880044039.01.T01 AT5G35920 35.135 111 70 1 214 322 6 116 1.96e-15 73.6
MsG0880044039.01.T01 AT1G13150 20.950 358 231 10 7 317 131 483 3.11e-15 77.4
MsG0880044039.01.T01 AT5G02900 26.840 231 149 7 115 327 226 454 3.43e-15 77.0
MsG0880044039.01.T01 AT3G13730 29.268 205 128 5 128 326 276 469 3.67e-15 77.0
MsG0880044039.01.T01 AT3G44970 28.780 205 137 4 127 326 253 453 4.37e-15 76.6
MsG0880044039.01.T01 AT1G24540 21.858 366 243 10 7 330 135 499 7.57e-15 76.3
MsG0880044039.01.T01 AT4G19230 27.731 238 153 7 90 324 215 436 9.67e-15 75.5
MsG0880044039.01.T01 AT1G63710 26.923 182 116 3 150 317 295 473 1.37e-14 75.5
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MsG0880044039.01.T01 AT1G47620 24.510 204 146 4 136 331 292 495 2.60e-14 74.3
MsG0880044039.01.T01 AT5G08250 26.667 225 150 5 116 326 228 451 3.13e-14 73.9
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MsG0880044039.01.T01 AT5G08250 26.222 225 151 4 116 326 290 513 3.26e-14 74.3
MsG0880044039.01.T01 AT4G27710 27.692 260 173 8 101 354 267 517 4.30e-14 73.9
MsG0880044039.01.T01 AT2G29090 27.556 225 139 6 139 354 273 482 6.89e-14 73.2
MsG0880044039.01.T01 AT2G29090 27.556 225 139 6 139 354 273 482 6.89e-14 73.2
MsG0880044039.01.T01 AT2G45560 45.833 72 39 0 4 75 128 199 8.36e-14 70.9
MsG0880044039.01.T01 AT3G13730 29.146 199 124 5 128 320 276 463 8.62e-14 72.8
MsG0880044039.01.T01 AT2G27690 21.790 257 191 4 100 351 240 491 1.20e-13 72.4
MsG0880044039.01.T01 AT2G46950 29.864 221 149 5 102 320 323 539 1.26e-13 72.4
MsG0880044039.01.T01 AT5G24960 27.138 269 170 5 7 251 125 391 1.26e-13 72.0
MsG0880044039.01.T01 AT3G30180 26.042 192 134 4 139 327 256 442 1.65e-13 72.0
MsG0880044039.01.T01 AT2G45560 26.816 179 98 5 4 152 128 303 1.76e-13 70.9
MsG0880044039.01.T01 AT4G39500 27.072 181 126 4 154 330 267 445 4.12e-13 70.5
MsG0880044039.01.T01 AT4G00360 27.219 169 110 4 150 305 297 465 5.03e-13 70.5
MsG0880044039.01.T01 AT4G39500 26.214 206 141 5 154 355 317 515 6.34e-13 70.1
MsG0880044039.01.T01 AT3G50660 26.852 216 134 5 126 326 283 489 1.74e-12 68.9
MsG0880044039.01.T01 AT5G45340 28.141 199 131 5 137 329 252 444 3.17e-12 67.8
MsG0880044039.01.T01 AT1G12740 24.275 276 184 8 87 347 212 477 3.60e-12 67.8
MsG0880044039.01.T01 AT5G05690 29.139 151 98 4 128 275 251 395 5.46e-11 63.9

Find 72 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 134 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TTAGCATTATCCCATTTATT+TGG 0.132394 8:-34685901 None:intergenic
ATCAAAACTTGTGCATCTTT+TGG 0.206093 8:-34685853 None:intergenic
TTGAATAAAGAAGATGAATA+TGG 0.247737 8:+34686117 MsG0880044039.01.T01:CDS
TTGATCAATGCTTGGGTTAT+TGG 0.250709 8:+34685871 MsG0880044039.01.T01:CDS
GGTCAAATGTATGTGTTATT+TGG 0.273614 8:+34686402 MsG0880044039.01.T01:three_prime_UTR
GATAGTGAAATTGACGTTAA+AGG 0.282673 8:+34685949 MsG0880044039.01.T01:CDS
TTTATAACTGCTTGCATGTA+TGG 0.289207 8:-34685745 None:intergenic
ATTTCCTCCGCCTTAGTTCC+TGG 0.295363 8:-34684433 None:intergenic
TGCTTTACGAGGAAGTAATA+AGG 0.298631 8:-34685797 None:intergenic
CTCTAGTTAATTGCTTTGAT+TGG 0.298910 8:+34686064 MsG0880044039.01.T01:CDS
GCTATGTTTGTTTCTTGTAT+TGG 0.303172 8:-34685715 None:intergenic
CGAGGAAGCTGGAGAGTATA+AGG 0.307018 8:+34684589 MsG0880044039.01.T01:CDS
TAGCATTATCCCATTTATTT+GGG 0.336213 8:-34685900 None:intergenic
GCAGAAATAGATGTTGAAAT+TGG 0.336818 8:+34685817 MsG0880044039.01.T01:CDS
ATTGAGGAAGCTGTGGATAT+TGG 0.345601 8:+34684494 MsG0880044039.01.T01:CDS
TCTAATAAAATAAACAATTA+TGG 0.346215 8:+34686381 MsG0880044039.01.T01:three_prime_UTR
TTGATTTGCAAGGTATTAGA+AGG 0.351010 8:+34684685 MsG0880044039.01.T01:intron
TTGGTAGAGACCCAAATAAA+TGG 0.353040 8:+34685890 MsG0880044039.01.T01:CDS
TATTGTTTAGTAAATTTGAT+TGG 0.363881 8:-34686177 None:intergenic
CTTAACATTTCTTTGGATGA+TGG 0.370281 8:+34684825 MsG0880044039.01.T01:CDS
AATTTGTCCTGGTTTGCCTT+TGG 0.374070 8:+34686011 MsG0880044039.01.T01:CDS
GGGAGAGAATCGTGCATATA+TGG 0.380179 8:-34686205 None:intergenic
AAAGAACTTGAACAAGTTGT+TGG 0.385639 8:+34685682 MsG0880044039.01.T01:CDS
TACCAGAACATATTTGTTGC+AGG 0.416661 8:+34685580 MsG0880044039.01.T01:intron
TGAGATTGAACATTTGTTGC+TGG 0.426534 8:+34684869 MsG0880044039.01.T01:CDS
TGGGGAAAGGTTGGAGATGA+GGG 0.433343 8:+34684758 MsG0880044039.01.T01:CDS
GAGCTTATTCCATTTGGGTC+TGG 0.438531 8:+34685982 MsG0880044039.01.T01:CDS
AGATGAATATGGGATTACTT+TGG 0.440548 8:+34686128 MsG0880044039.01.T01:CDS
GTGCATTCCGCCGAGGAAGC+TGG 0.446284 8:+34684578 MsG0880044039.01.T01:CDS
TGAATAAAGAAGATGAATAT+GGG 0.446712 8:+34686118 MsG0880044039.01.T01:CDS
AGGGCAGGTACTGGTTCTAT+TGG 0.451353 8:+34684777 MsG0880044039.01.T01:CDS
TTCTGTTATTTCTGTTAAGA+AGG 0.451374 8:+34684710 MsG0880044039.01.T01:CDS
GCTTTACGAGGAAGTAATAA+GGG 0.451463 8:-34685796 None:intergenic
CTTATACTCTCCAGCTTCCT+CGG 0.459019 8:-34684588 None:intergenic
TAGAATATTGCCTGTGATGT+TGG 0.466352 8:+34686038 MsG0880044039.01.T01:CDS
CAACAACATACACACTAGAA+TGG 0.469904 8:+34685611 MsG0880044039.01.T01:CDS
TTGGGGAAAGGTTGGAGATG+AGG 0.480167 8:+34684757 MsG0880044039.01.T01:CDS
TTAACATTTCTTTGGATGAT+GGG 0.481681 8:+34684826 MsG0880044039.01.T01:CDS
AACAACATACACACTAGAAT+GGG 0.486271 8:+34685612 MsG0880044039.01.T01:CDS
ATTCTTCTTCCAGACCCAAA+TGG 0.486403 8:-34685991 None:intergenic
TGGTAGAGACCCAAATAAAT+GGG 0.488839 8:+34685891 MsG0880044039.01.T01:CDS
CAAAACTCTCGATTCGAGCC+AGG 0.490742 8:+34684415 MsG0880044039.01.T01:CDS
TCGATTCGAGCCAGGAACTA+AGG 0.490799 8:+34684423 MsG0880044039.01.T01:CDS
TTCTAAGGTCACGCCAACGC+GGG 0.495424 8:-34684364 None:intergenic
AGAATATTGCCTGTGATGTT+GGG 0.501282 8:+34686039 MsG0880044039.01.T01:CDS
TTGGAGATGAGGGCAGGTAC+TGG 0.507963 8:+34684768 MsG0880044039.01.T01:CDS
TTTGATTGGAAACTTGAAGA+TGG 0.523682 8:+34686078 MsG0880044039.01.T01:CDS
TGTAGAAAAGTGCTACCTCA+TGG 0.525433 8:+34686258 MsG0880044039.01.T01:three_prime_UTR
CTAATAGCCAAAGGCAAACC+AGG 0.526317 8:-34686018 None:intergenic
TTGATTGGAACAATTCTCAC+AGG 0.533668 8:-34686162 None:intergenic
GGAAGTAATAAGGGAACTGA+TGG 0.540877 8:-34685787 None:intergenic
CTTGAACAAGTTGTTGGCAA+AGG 0.549745 8:+34685688 MsG0880044039.01.T01:CDS
GAAAGGTTGGAGATGAGGGC+AGG 0.551814 8:+34684762 MsG0880044039.01.T01:CDS
TCTGGAAGAAGAATTTGTCC+TGG 0.554266 8:+34686000 MsG0880044039.01.T01:CDS
TTATGCGTGTTTCCCCGCGT+TGG 0.559666 8:+34684351 None:intergenic
GGCAATATTCTAATAGCCAA+AGG 0.561455 8:-34686027 None:intergenic
TTGTTGTGCATCTACACTGT+GGG 0.573020 8:-34686225 None:intergenic
GTAGAAAAGTGCTACCTCAT+GGG 0.578526 8:+34686259 MsG0880044039.01.T01:three_prime_UTR
ACTAGAGATCCCAACATCAC+AGG 0.584767 8:-34686048 None:intergenic
GGATGATGGGAAGATTGAGA+TGG 0.601070 8:+34684839 MsG0880044039.01.T01:CDS
TCTAAGGTCACGCCAACGCG+GGG 0.607043 8:-34684363 None:intergenic
AAAAGTGCTACCTCATGGGA+TGG 0.619737 8:+34686263 MsG0880044039.01.T01:three_prime_UTR
CGAGCCAGGAACTAAGGCGG+AGG 0.624042 8:+34684429 MsG0880044039.01.T01:CDS
TAGCGAAATTGAGGAAGCTG+TGG 0.626126 8:+34684487 MsG0880044039.01.T01:CDS
ACATCTATTTCTGCTTTACG+AGG 0.642600 8:-34685808 None:intergenic
GCAGCTCGACACTATGAGAG+AGG 0.662695 8:+34686316 MsG0880044039.01.T01:three_prime_UTR
TTTGTTGTGCATCTACACTG+TGG 0.676872 8:-34686226 None:intergenic
TTTCTAAGGTCACGCCAACG+CGG 0.679872 8:-34684365 None:intergenic
ATACTCTCCAGCTTCCTCGG+CGG 0.697521 8:-34684585 None:intergenic
ATACACACTAGAATGGGCAA+TGG 0.699568 8:+34685618 MsG0880044039.01.T01:CDS
ATTCGAGCCAGGAACTAAGG+CGG 0.714200 8:+34684426 MsG0880044039.01.T01:CDS
ACTCAATATACCATCCCATG+AGG 0.734454 8:-34686273 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TCTAATAAAATAAACAATTA+TGG + Chr8:34686381-34686400 MsG0880044039.01.T01:three_prime_UTR 10.0%
!!! AATCTATTTTGTTAATATAT+TGG + Chr8:34684931-34684950 MsG0880044039.01.T01:intron 10.0%
!!! TTTTGAATTAATATCTAATT+TGG - Chr8:34685519-34685538 None:intergenic 10.0%
!! CTCAAAAAATAAAACTTTAT+GGG - Chr8:34685355-34685374 None:intergenic 15.0%
!! TATTGTTTAGTAAATTTGAT+TGG - Chr8:34686180-34686199 None:intergenic 15.0%
!! TCTCAAAAAATAAAACTTTA+TGG - Chr8:34685356-34685375 None:intergenic 15.0%
!!! AACTTTGTACTAAATAATTT+TGG + Chr8:34685551-34685570 MsG0880044039.01.T01:intron 15.0%
!!! ACTTTTAAGTATTAATCTAA+GGG + Chr8:34685411-34685430 MsG0880044039.01.T01:intron 15.0%
!!! TGTGATTTTAAAAATAGTTA+TGG - Chr8:34685020-34685039 None:intergenic 15.0%
!! AAATCAAAAATCTTCAACAT+AGG - Chr8:34684672-34684691 None:intergenic 20.0%
!! GAAAAAAAATCTGACAAATT+TGG - Chr8:34684650-34684669 None:intergenic 20.0%
!! TGAATAAAGAAGATGAATAT+GGG + Chr8:34686118-34686137 MsG0880044039.01.T01:CDS 20.0%
!! TGAATCCATAATATATTTAG+TGG + Chr8:34685096-34685115 MsG0880044039.01.T01:intron 20.0%
!! TTGAATAAAGAAGATGAATA+TGG + Chr8:34686117-34686136 MsG0880044039.01.T01:CDS 20.0%
!!! ACAATATAACTTTTTTTCAC+TGG + Chr8:34685060-34685079 MsG0880044039.01.T01:intron 20.0%
!!! GACTTTTAAGTATTAATCTA+AGG + Chr8:34685410-34685429 MsG0880044039.01.T01:intron 20.0%
!!! TATTTTTAAAATCACAAGAG+TGG + Chr8:34685024-34685043 MsG0880044039.01.T01:intron 20.0%
!!! TGTTTTACTTAACATTTCTT+TGG + Chr8:34684818-34684837 MsG0880044039.01.T01:CDS 20.0%
! AATATATGCAAGTTCAACTA+TGG - Chr8:34685456-34685475 None:intergenic 25.0%
! ATCCATAATATATTTAGTGG+TGG + Chr8:34685099-34685118 MsG0880044039.01.T01:intron 25.0%
! CATAGACTAGTACTTAAAAT+TGG + Chr8:34685133-34685152 MsG0880044039.01.T01:intron 25.0%
! TAGCATTATCCCATTTATTT+GGG - Chr8:34685903-34685922 None:intergenic 25.0%
! TTAACATTTCTTTGGATGAT+GGG + Chr8:34684826-34684845 MsG0880044039.01.T01:CDS 25.0%
! TTAGCATTATCCCATTTATT+TGG - Chr8:34685904-34685923 None:intergenic 25.0%
!! ATTTTGAGCTTATTCCATTT+GGG + Chr8:34685977-34685996 MsG0880044039.01.T01:CDS 25.0%
!! GGTTATTGCAAATTTTTCTA+AGG - Chr8:34684382-34684401 None:intergenic 25.0%
!! GTTTTGTCAAATTAACATCT+AGG + Chr8:34685304-34685323 MsG0880044039.01.T01:intron 25.0%
!!! AACACATATTTAGTTTTGCT+TGG + Chr8:34685282-34685301 MsG0880044039.01.T01:intron 25.0%
!!! AGAAGGTTTTGAGTATTTTT+AGG + Chr8:34684727-34684746 MsG0880044039.01.T01:CDS 25.0%
!!! AGTATTTTTAGGAGTTTTGT+TGG + Chr8:34684738-34684757 MsG0880044039.01.T01:CDS 25.0%
!!! GTATTTGTTTTTTGTCAAAC+CGG - Chr8:34685246-34685265 None:intergenic 25.0%
!!! GTATTTTTAGGAGTTTTGTT+GGG + Chr8:34684739-34684758 MsG0880044039.01.T01:CDS 25.0%
!!! GTTGTCAAATACTTTTTTCT+CGG + Chr8:34684547-34684566 MsG0880044039.01.T01:CDS 25.0%
!!! TAACTATTTTAGTGATCCAA+TGG - Chr8:34684990-34685009 None:intergenic 25.0%
!!! TATTTTTAGGAGTTTTGTTG+GGG + Chr8:34684740-34684759 MsG0880044039.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTCTGTTATTTCTGTTAAGA+AGG + Chr8:34684710-34684729 MsG0880044039.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTGAAGATTTTTGATTTGCA+AGG + Chr8:34684675-34684694 MsG0880044039.01.T01:intron 25.0%
!!! TTTTAAGTACTAGTCTATGA+TGG - Chr8:34685132-34685151 None:intergenic 25.0%
AAAGAACTTGAACAAGTTGT+TGG + Chr8:34685682-34685701 MsG0880044039.01.T01:CDS 30.0%
AACAACATACACACTAGAAT+GGG + Chr8:34685612-34685631 MsG0880044039.01.T01:CDS 30.0%
AGATGAATATGGGATTACTT+TGG + Chr8:34686128-34686147 MsG0880044039.01.T01:CDS 30.0%
CTCTAGTTAATTGCTTTGAT+TGG + Chr8:34686064-34686083 MsG0880044039.01.T01:CDS 30.0%
CTTAACATTTCTTTGGATGA+TGG + Chr8:34684825-34684844 MsG0880044039.01.T01:CDS 30.0%
GATAGTGAAATTGACGTTAA+AGG + Chr8:34685949-34685968 MsG0880044039.01.T01:CDS 30.0%
GCAGAAATAGATGTTGAAAT+TGG + Chr8:34685817-34685836 MsG0880044039.01.T01:CDS 30.0%
GTCCACCACTAAATATATTA+TGG - Chr8:34685104-34685123 None:intergenic 30.0%
TAGATACCAAATATTCAACC+AGG - Chr8:34684911-34684930 None:intergenic 30.0%
TTTATAACTGCTTGCATGTA+TGG - Chr8:34685748-34685767 None:intergenic 30.0%
TTTGATTGGAAACTTGAAGA+TGG + Chr8:34686078-34686097 MsG0880044039.01.T01:CDS 30.0%
! ACTTTTTGATGTCATCTAAG+AGG - Chr8:34684466-34684485 None:intergenic 30.0%
! ATCAAAACTTGTGCATCTTT+TGG - Chr8:34685856-34685875 None:intergenic 30.0%
! CATTTTGAGCTTATTCCATT+TGG + Chr8:34685976-34685995 MsG0880044039.01.T01:CDS 30.0%
! GCTATGTTTGTTTCTTGTAT+TGG - Chr8:34685718-34685737 None:intergenic 30.0%
! GGTCAAATGTATGTGTTATT+TGG + Chr8:34686402-34686421 MsG0880044039.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
! TGTACTTTTGACATGATTTC+TGG - Chr8:34685661-34685680 None:intergenic 30.0%
!! ACAAGTTTTGATCAATGCTT+GGG + Chr8:34685864-34685883 MsG0880044039.01.T01:CDS 30.0%
!! TTGATTTGCAAGGTATTAGA+AGG + Chr8:34684685-34684704 MsG0880044039.01.T01:intron 30.0%
!!! ATAACTTTTTTTCACTGGCA+CGG + Chr8:34685065-34685084 MsG0880044039.01.T01:intron 30.0%
AGAATATTGCCTGTGATGTT+GGG + Chr8:34686039-34686058 MsG0880044039.01.T01:CDS 35.0%
CAACAACATACACACTAGAA+TGG + Chr8:34685611-34685630 MsG0880044039.01.T01:CDS 35.0%
CAATGGTCATGATTGATACA+TGG - Chr8:34684973-34684992 None:intergenic 35.0%
CATGTATCAATCATGACCAT+TGG + Chr8:34684971-34684990 MsG0880044039.01.T01:intron 35.0%
CTGATTCCTGGTTGAATATT+TGG + Chr8:34684902-34684921 MsG0880044039.01.T01:intron 35.0%
GATTGTTGCGAGTATATTGA+AGG + Chr8:34684613-34684632 MsG0880044039.01.T01:intron 35.0%
GCTTTACGAGGAAGTAATAA+GGG - Chr8:34685799-34685818 None:intergenic 35.0%
GGCAATATTCTAATAGCCAA+AGG - Chr8:34686030-34686049 None:intergenic 35.0%
TAGAATATTGCCTGTGATGT+TGG + Chr8:34686038-34686057 MsG0880044039.01.T01:CDS 35.0%
TCAACTATGGACATGTTGAA+AGG - Chr8:34685443-34685462 None:intergenic 35.0%
TGCTTTACGAGGAAGTAATA+AGG - Chr8:34685800-34685819 None:intergenic 35.0%
TGGTAGAGACCCAAATAAAT+GGG + Chr8:34685891-34685910 MsG0880044039.01.T01:CDS 35.0%
TTCCTGCAACAAATATGTTC+TGG - Chr8:34685585-34685604 None:intergenic 35.0%
TTGATCAATGCTTGGGTTAT+TGG + Chr8:34685871-34685890 MsG0880044039.01.T01:CDS 35.0%
TTGATTGGAACAATTCTCAC+AGG - Chr8:34686165-34686184 None:intergenic 35.0%
TTGGTAGAGACCCAAATAAA+TGG + Chr8:34685890-34685909 MsG0880044039.01.T01:CDS 35.0%
TTTGTCAAACCGGTACTTAT+CGG - Chr8:34685236-34685255 None:intergenic 35.0%
! CAAAAAGTGTAGCGAAATTG+AGG + Chr8:34684478-34684497 MsG0880044039.01.T01:CDS 35.0%
! CGTTTGAAACTCTAACGATT+AGG - Chr8:34685391-34685410 None:intergenic 35.0%
! TACCAGAACATATTTGTTGC+AGG + Chr8:34685580-34685599 MsG0880044039.01.T01:intron 35.0%
! TGAGATTGAACATTTGTTGC+TGG + Chr8:34684869-34684888 MsG0880044039.01.T01:CDS 35.0%
!! ACATCTATTTCTGCTTTACG+AGG - Chr8:34685811-34685830 None:intergenic 35.0%
!! CACAAGTTTTGATCAATGCT+TGG + Chr8:34685863-34685882 MsG0880044039.01.T01:CDS 35.0%
!!! GAGTTTTGTTCGAAAACAAC+TGG - Chr8:34684403-34684422 None:intergenic 35.0%
ACTATGGACATGTTGAAAGG+TGG - Chr8:34685440-34685459 None:intergenic 40.0%
ACTCAATATACCATCCCATG+AGG - Chr8:34686276-34686295 None:intergenic 40.0%
ATACACACTAGAATGGGCAA+TGG + Chr8:34685618-34685637 MsG0880044039.01.T01:CDS 40.0%
ATTCTTCTTCCAGACCCAAA+TGG - Chr8:34685994-34686013 None:intergenic 40.0%
ATTGAGGAAGCTGTGGATAT+TGG + Chr8:34684494-34684513 MsG0880044039.01.T01:CDS 40.0%
CTTGAACAAGTTGTTGGCAA+AGG + Chr8:34685688-34685707 MsG0880044039.01.T01:CDS 40.0%
GGAAGTAATAAGGGAACTGA+TGG - Chr8:34685790-34685809 None:intergenic 40.0%
GTCATTGTCTCAGTTCATCA+AGG + Chr8:34685326-34685345 MsG0880044039.01.T01:intron 40.0%
TACTTATCGGGTGACTTTCT+CGG - Chr8:34685223-34685242 None:intergenic 40.0%
TCACTATCCAAAAACCTCTC+TGG - Chr8:34685937-34685956 None:intergenic 40.0%
TCTGGAAGAAGAATTTGTCC+TGG + Chr8:34686000-34686019 MsG0880044039.01.T01:CDS 40.0%
TTGTCAAACCGGTACTTATC+GGG - Chr8:34685235-34685254 None:intergenic 40.0%
TTGTTGTGCATCTACACTGT+GGG - Chr8:34686228-34686247 None:intergenic 40.0%
! AATTTGTCCTGGTTTGCCTT+TGG + Chr8:34686011-34686030 MsG0880044039.01.T01:CDS 40.0%
! GGTATGTTTTCTCTGATTCC+TGG + Chr8:34684890-34684909 MsG0880044039.01.T01:intron 40.0%
! GTACTAGTCTATGATGGAAG+TGG - Chr8:34685126-34685145 None:intergenic 40.0%
! TTTGTTGTGCATCTACACTG+TGG - Chr8:34686229-34686248 None:intergenic 40.0%
! TTTTGCACCAGAGAGGTTTT+TGG + Chr8:34685927-34685946 MsG0880044039.01.T01:CDS 40.0%
!! CTAATGTTTTTGCACCAGAG+AGG + Chr8:34685920-34685939 MsG0880044039.01.T01:CDS 40.0%
!! GTAGAAAAGTGCTACCTCAT+GGG + Chr8:34686259-34686278 MsG0880044039.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
!! TGTAGAAAAGTGCTACCTCA+TGG + Chr8:34686258-34686277 MsG0880044039.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
!!! TTAGGAGTTTTGTTGGGGAA+AGG + Chr8:34684745-34684764 MsG0880044039.01.T01:CDS 40.0%
ACTAGAGATCCCAACATCAC+AGG - Chr8:34686051-34686070 None:intergenic 45.0%
CTAACGATTAGGACACACGT+TGG - Chr8:34685380-34685399 None:intergenic 45.0%
CTAATAGCCAAAGGCAAACC+AGG - Chr8:34686021-34686040 None:intergenic 45.0%
CTTATACTCTCCAGCTTCCT+CGG - Chr8:34684591-34684610 None:intergenic 45.0%
GAAAGTCACCCGATAAGTAC+CGG + Chr8:34685224-34685243 MsG0880044039.01.T01:intron 45.0%
GAGCTTATTCCATTTGGGTC+TGG + Chr8:34685982-34686001 MsG0880044039.01.T01:CDS 45.0%
GGGAGAGAATCGTGCATATA+TGG - Chr8:34686208-34686227 None:intergenic 45.0%
TAGCGAAATTGAGGAAGCTG+TGG + Chr8:34684487-34684506 MsG0880044039.01.T01:CDS 45.0%
!! AAAAGTGCTACCTCATGGGA+TGG + Chr8:34686263-34686282 MsG0880044039.01.T01:three_prime_UTR 45.0%
!! GGATGATGGGAAGATTGAGA+TGG + Chr8:34684839-34684858 MsG0880044039.01.T01:CDS 45.0%
!!! GAGTTTTGTTGGGGAAAGGT+TGG + Chr8:34684749-34684768 MsG0880044039.01.T01:CDS 45.0%
!! ATATTTAAATATTAATAATC+AGG + Chr8:34685471-34685490 MsG0880044039.01.T01:intron 5.0%
ATTCGAGCCAGGAACTAAGG+CGG + Chr8:34684426-34684445 MsG0880044039.01.T01:CDS 50.0%
ATTTCCTCCGCCTTAGTTCC+TGG - Chr8:34684436-34684455 None:intergenic 50.0%
TGGGGAAAGGTTGGAGATGA+GGG + Chr8:34684758-34684777 MsG0880044039.01.T01:CDS 50.0%
TTGGGGAAAGGTTGGAGATG+AGG + Chr8:34684757-34684776 MsG0880044039.01.T01:CDS 50.0%
! AGATTTTGTGCATTCCGCCG+AGG + Chr8:34684571-34684590 MsG0880044039.01.T01:CDS 50.0%
! CAAAACTCTCGATTCGAGCC+AGG + Chr8:34684415-34684434 MsG0880044039.01.T01:CDS 50.0%
! CGAGGAAGCTGGAGAGTATA+AGG + Chr8:34684589-34684608 MsG0880044039.01.T01:CDS 50.0%
! TCGATTCGAGCCAGGAACTA+AGG + Chr8:34684423-34684442 MsG0880044039.01.T01:CDS 50.0%
!! AGGGCAGGTACTGGTTCTAT+TGG + Chr8:34684777-34684796 MsG0880044039.01.T01:CDS 50.0%
!! TTTCTAAGGTCACGCCAACG+CGG - Chr8:34684368-34684387 None:intergenic 50.0%
ATACTCTCCAGCTTCCTCGG+CGG - Chr8:34684588-34684607 None:intergenic 55.0%
GAAAGGTTGGAGATGAGGGC+AGG + Chr8:34684762-34684781 MsG0880044039.01.T01:CDS 55.0%
GCAGCTCGACACTATGAGAG+AGG + Chr8:34686316-34686335 MsG0880044039.01.T01:three_prime_UTR 55.0%
TTGGAGATGAGGGCAGGTAC+TGG + Chr8:34684768-34684787 MsG0880044039.01.T01:CDS 55.0%
!! TTCTAAGGTCACGCCAACGC+GGG - Chr8:34684367-34684386 None:intergenic 55.0%
! TCTAAGGTCACGCCAACGCG+GGG - Chr8:34684366-34684385 None:intergenic 60.0%
CGAGCCAGGAACTAAGGCGG+AGG + Chr8:34684429-34684448 MsG0880044039.01.T01:CDS 65.0%
GTGCATTCCGCCGAGGAAGC+TGG + Chr8:34684578-34684597 MsG0880044039.01.T01:CDS 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr8 gene 34684353 34686441 34684353 ID=MsG0880044039.01;Name=MsG0880044039.01
Chr8 mRNA 34684353 34686441 34684353 ID=MsG0880044039.01.T01;Parent=MsG0880044039.01;Name=MsG0880044039.01.T01;_AED=0.44;_eAED=0.44;_QI=0|0.5|0.33|1|1|1|3|241|359
Chr8 exon 34685586 34686441 34685586 ID=MsG0880044039.01.T01:exon:20557;Parent=MsG0880044039.01.T01
Chr8 exon 34684697 34684890 34684697 ID=MsG0880044039.01.T01:exon:20556;Parent=MsG0880044039.01.T01
Chr8 exon 34684353 34684623 34684353 ID=MsG0880044039.01.T01:exon:20555;Parent=MsG0880044039.01.T01
Chr8 CDS 34684353 34684623 34684353 ID=MsG0880044039.01.T01:cds;Parent=MsG0880044039.01.T01
Chr8 CDS 34684697 34684890 34684697 ID=MsG0880044039.01.T01:cds;Parent=MsG0880044039.01.T01
Chr8 CDS 34685586 34686200 34685586 ID=MsG0880044039.01.T01:cds;Parent=MsG0880044039.01.T01
Chr8 three_prime_UTR 34686201 34686441 34686201 ID=MsG0880044039.01.T01:three_prime_utr;Parent=MsG0880044039.01.T01
Gene Sequence

>MsG0880044039.01.T01

ATGCGTGTTTCCCCGCGTTGGCGTGACCTTAGAAAAATTTGCAATAACCAGTTGTTTTCGAACAAAACTCTCGATTCGAGCCAGGAACTAAGGCGGAGGAAATTACAAGACCTCTTAGATGACATCAAAAAGTGTAGCGAAATTGAGGAAGCTGTGGATATTGGAAGAGTTGCTTTCATGACGACGATTAATTTGTTGTCAAATACTTTTTTCTCGGTAGATTTTGTGCATTCCGCCGAGGAAGCTGGAGAGTATAAGGAGATTGTTGCGAGTATTAGAAGGCGTTCTGTTATTTCTGTTAAGAAGGTTTTGAGTATTTTTAGGAGTTTTGTTGGGGAAAGGTTGGAGATGAGGGCAGGTACTGGTTCTATTGGTAATGATGATGTGCTTGATGTTTTACTTAACATTTCTTTGGATGATGGGAAGATTGAGATGGATAAAGATGAGATTGAACATTTGTTGCTGAACATATTTGTTGCAGGAACAGACACAACAACATACACACTAGAATGGGCAATGGCAGAGTTAATGCACAATCCAGAAATCATGTCAAAAGTACAAAAAGAACTTGAACAAGTTGTTGGCAAAGGTATTCCAATACAAGAAACAAACATAGCTAAGTTACCATACATGCAAGCAGTTATAAAAGAAACTTTTCGTTTACATCCATCAGTTCCCTTATTACTTCCTCGTAAAGCAGAAATAGATGTTGAAATTGGTGACTACATTATTCCAAAAGATGCACAAGTTTTGATCAATGCTTGGGTTATTGGTAGAGACCCAAATAAATGGGATAATGCTAATGTTTTTGCACCAGAGAGGTTTTTGGATAGTGAAATTGACGTTAAAGGACATCATTTTGAGCTTATTCCATTTGGGTCTGGAAGAAGAATTTGTCCTGGTTTGCCTTTGGCTATTAGAATATTGCCTGTGATGTTGGGATCTCTAGTTAATTGCTTTGATTGGAAACTTGAAGATGGATTGAACATTGATGATTTGAATAAAGAAGATGAATATGGGATTACTTTGGAAAAATCTCAACCTGTGAGAATTGTTCCAATCAAATTTACTAAACAATAA

Protein sequence

>MsG0880044039.01.T01

MRVSPRWRDLRKICNNQLFSNKTLDSSQELRRRKLQDLLDDIKKCSEIEEAVDIGRVAFMTTINLLSNTFFSVDFVHSAEEAGEYKEIVASIRRRSVISVKKVLSIFRSFVGERLEMRAGTGSIGNDDVLDVLLNISLDDGKIEMDKDEIEHLLLNIFVAGTDTTTYTLEWAMAELMHNPEIMSKVQKELEQVVGKGIPIQETNIAKLPYMQAVIKETFRLHPSVPLLLPRKAEIDVEIGDYIIPKDAQVLINAWVIGRDPNKWDNANVFAPERFLDSEIDVKGHHFELIPFGSGRRICPGLPLAIRILPVMLGSLVNCFDWKLEDGLNIDDLNKEDEYGITLEKSQPVRIVPIKFTKQ*