AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780039498.01

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MsG0780039498.01.T01 AT5G36220 27.711 498 331 10 22 509 3 481 4.92e-58 201
MsG0780039498.01.T01 AT5G24960 29.550 467 309 9 52 511 33 486 8.24e-58 200
MsG0780039498.01.T01 AT1G01190 27.964 447 292 11 52 488 73 499 1.84e-57 200
MsG0780039498.01.T01 AT1G01190 27.964 447 292 11 52 488 78 504 2.42e-57 200
MsG0780039498.01.T01 AT4G15330 30.364 494 311 13 24 506 14 485 4.29e-57 199
MsG0780039498.01.T01 AT3G20960 30.290 449 288 12 78 516 68 501 4.84e-57 199
MsG0780039498.01.T01 AT3G20120 33.156 377 232 10 147 516 1 364 6.29e-57 194
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MsG0780039498.01.T01 AT3G20120 33.156 377 232 10 147 516 1 364 6.29e-57 194
MsG0780039498.01.T01 AT5G05260 28.009 457 303 8 52 488 40 490 7.28e-57 198
MsG0780039498.01.T01 AT3G20130 29.385 439 288 10 73 503 64 488 7.80e-57 198
MsG0780039498.01.T01 AT4G15350 29.688 448 282 13 73 506 57 485 1.46e-56 197
MsG0780039498.01.T01 AT2G45560 40.928 237 138 2 19 253 4 240 1.69e-56 189
MsG0780039498.01.T01 AT3G20090 29.773 440 291 9 73 506 65 492 2.22e-56 197
MsG0780039498.01.T01 AT2G25160 28.738 515 343 13 19 517 1 507 3.71e-56 196
MsG0780039498.01.T01 AT5G42580 29.268 451 290 8 72 516 60 487 4.07e-56 196
MsG0780039498.01.T01 AT3G32047 28.773 497 319 10 20 503 11 485 5.21e-56 196
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MsG0780039498.01.T01 AT3G20080 29.352 494 328 9 39 523 29 510 6.16e-56 196
MsG0780039498.01.T01 AT3G20110 28.715 498 327 13 20 509 7 484 8.46e-56 195
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MsG0780039498.01.T01 AT2G22330 27.778 486 326 12 24 491 50 528 3.25e-53 189
MsG0780039498.01.T01 AT1G50520 28.070 456 298 11 74 516 66 504 3.32e-53 189
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MsG0780039498.01.T01 AT3G20080 34.783 276 162 8 259 523 105 373 2.10e-42 156
MsG0780039498.01.T01 AT3G20080 34.783 276 162 8 259 523 105 373 2.10e-42 156
MsG0780039498.01.T01 AT3G20935 31.429 315 183 8 219 506 9 317 1.20e-41 153
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MsG0780039498.01.T01 AT4G39500 25.806 403 253 15 143 520 133 514 5.70e-20 93.6
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MsG0780039498.01.T01 AT4G39510 32.323 198 126 4 326 520 311 503 8.16e-20 92.8
MsG0780039498.01.T01 AT5G24900 30.928 194 128 4 323 512 217 408 1.10e-19 91.7
MsG0780039498.01.T01 AT1G57750 24.818 274 184 7 254 520 236 494 1.51e-19 92.0
MsG0780039498.01.T01 AT5G24900 30.928 194 128 4 323 512 334 525 1.70e-19 92.0
MsG0780039498.01.T01 AT4G39490 23.590 390 247 12 143 497 123 496 1.81e-19 92.0
MsG0780039498.01.T01 AT1G69500 22.470 494 292 13 55 486 27 491 2.17e-19 91.7
MsG0780039498.01.T01 AT5G23190 22.727 374 261 8 144 497 155 520 2.64e-19 91.7
MsG0780039498.01.T01 AT1G65340 25.100 251 163 6 263 497 242 483 2.71e-19 91.3
MsG0780039498.01.T01 AT5G08250 21.951 369 257 7 144 492 94 451 2.80e-19 91.3
MsG0780039498.01.T01 AT5G08250 22.520 373 250 9 144 492 156 513 4.31e-19 90.9
MsG0780039498.01.T01 AT2G46960 23.505 485 322 16 40 507 58 510 8.02e-19 90.1
MsG0780039498.01.T01 AT1G13140 22.778 360 241 9 144 491 138 472 3.95e-18 87.8
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MsG0780039498.01.T01 AT2G46960 27.823 248 171 6 265 507 150 394 4.89e-18 86.7
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MsG0780039498.01.T01 AT1G05160 22.777 461 299 15 46 487 39 461 5.61e-18 87.0
MsG0780039498.01.T01 AT5G24910 29.688 192 129 4 323 510 339 528 5.60e-17 84.3
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MsG0780039498.01.T01 AT4G39480 25.000 260 175 5 254 495 234 491 1.06e-16 83.2
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MsG0780039498.01.T01 AT3G13730 23.983 467 291 18 43 488 42 465 2.29e-16 82.0
MsG0780039498.01.T01 AT2G42850 28.205 195 129 4 311 502 281 467 2.45e-16 82.0
MsG0780039498.01.T01 AT5G05690 27.500 200 133 5 292 488 132 322 2.48e-16 80.9
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MsG0780039498.01.T01 AT5G05690 27.451 204 136 5 292 492 251 445 6.22e-16 80.9
MsG0780039498.01.T01 AT1G55940 24.138 493 311 20 17 486 11 463 6.44e-16 80.9
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MsG0780039498.01.T01 AT2G32440 21.385 491 326 16 22 487 3 458 5.99e-15 77.8
MsG0780039498.01.T01 AT5G35920 32.432 111 73 1 380 488 6 116 8.54e-15 72.4
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MsG0780039498.01.T01 AT3G61035 33.582 134 81 4 194 323 59 188 5.94e-14 71.6
MsG0780039498.01.T01 AT1G57750 25.366 205 137 5 254 452 236 430 7.79e-14 73.9
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MsG0780039498.01.T01 AT5G14400 23.581 229 139 6 264 488 193 389 7.19e-11 64.7

Find 105 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 306 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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ACAAAAGTTGCAAGAATTAT+TGG 0.128495 7:+64937460 MsG0780039498.01.T01:CDS
CTACTCTATTAGAGAATATT+TGG 0.129770 7:-64937292 None:intergenic
CCAAACCCATTTCCCATAAT+TGG 0.138009 7:+64937119 MsG0780039498.01.T01:CDS
CTTAATAGCAACAATATTAT+TGG 0.162403 7:+64937845 MsG0780039498.01.T01:CDS
TACACCGAAAATATATATTT+TGG 0.178988 7:-64941840 None:intergenic
GTGGAAGCTTTGTAGAATTT+TGG 0.179901 7:-64937091 None:intergenic
GGAGATGGTGCATCTGTTTC+TGG 0.183501 7:+64937895 MsG0780039498.01.T01:CDS
CAAGAGTTTAAGAAAATTAT+TGG 0.199655 7:+64937617 MsG0780039498.01.T01:CDS
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CTATCTATCGGTTTCATGTT+TGG 0.265788 7:+64941638 MsG0780039498.01.T01:three_prime_UTR
TACTTTGTTCTCTATTGATT+TGG 0.268625 7:+64937568 MsG0780039498.01.T01:CDS
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ATGTTTCCAATTATGGGAAA+TGG 0.318197 7:-64937125 None:intergenic
CGGATTTGTGGTTGCAGTTA+TGG 0.319655 7:+64941533 MsG0780039498.01.T01:three_prime_UTR
GGAAAGAAATCTGAAACATT+AGG 0.325072 7:-64937665 None:intergenic
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AGAGAATAATATAGAAATAA+AGG 0.331572 7:-64941972 None:intergenic
ATTTAGAGAGTGAAACTATT+GGG 0.332932 7:-64941912 None:intergenic
CTCTTCTATGCAACTTTGAA+TGG 0.341001 7:+64941322 MsG0780039498.01.T01:CDS
GAAAATTATTGGGAGTTTCA+TGG 0.342473 7:+64937628 MsG0780039498.01.T01:CDS
ATATTCCAAAGTTGATTCTA+AGG 0.342941 7:+64937796 MsG0780039498.01.T01:CDS
TAGAAGTGTTTGGTGATTCA+TGG 0.344256 7:-64937006 None:intergenic
TAGCTTGAACTCGAAGAGTT+TGG 0.348977 7:-64941416 None:intergenic
AAGAGTTTAAGAAAATTATT+GGG 0.363650 7:+64937618 MsG0780039498.01.T01:CDS
CTTGCTTTATATAATTTGCT+AGG 0.372654 7:-64940916 None:intergenic
CCAATTATGGGAAATGGGTT+TGG 0.372845 7:-64937119 None:intergenic
TTCACGACTGCTTGTAAGTA+AGG 0.377981 7:-64941003 None:intergenic
AACAATTTGGACTAACCTTA+AGG 0.378079 7:+64941388 MsG0780039498.01.T01:CDS
CATTTGCGAGGTAACGATAA+TGG 0.388820 7:-64941054 None:intergenic
AAGAGTTTGGATCCTCCTTA+AGG 0.391230 7:-64941403 None:intergenic
AAAGAATTATGTCAAGTAAT+GGG 0.396068 7:+64940940 MsG0780039498.01.T01:CDS
GGATCAAAGGGACGAAGAAT+TGG 0.399949 7:-64937686 None:intergenic
TATTTAGAGAGTGAAACTAT+TGG 0.403591 7:-64941913 None:intergenic
AAAGTCAGAAGACATGAATA+TGG 0.409152 7:+64941362 MsG0780039498.01.T01:CDS
ATGGGAAATGGGTTTGGCCC+TGG 0.428955 7:-64937113 None:intergenic
CAGGATTGCCATTAGCTCAT+AGG 0.429426 7:+64941277 MsG0780039498.01.T01:CDS
TAGCTTTGTGGAAGAAACTA+AGG 0.431419 7:+64937375 MsG0780039498.01.T01:CDS
CACTTCCAACATTAGCTTTG+TGG 0.431713 7:+64937363 MsG0780039498.01.T01:CDS
ATCATCACAAATTCTCAATA+GGG 0.431899 7:+64937339 MsG0780039498.01.T01:CDS
GAGTGTGACATTAATTATAA+GGG 0.435068 7:+64941207 MsG0780039498.01.T01:CDS
TGATGAAAATGTGAACATAC+TGG 0.435725 7:+64941077 MsG0780039498.01.T01:CDS
TAATGTCATGATTGGTCCAT+AGG 0.437677 7:-64937198 None:intergenic
TGGTTGAGGTTGCGGATTTG+TGG 0.440491 7:+64941521 MsG0780039498.01.T01:three_prime_UTR
TGTTTCCAATTATGGGAAAT+GGG 0.440715 7:-64937124 None:intergenic
TGCACGCTCCTATGAGCTAA+TGG 0.445491 7:-64941285 None:intergenic
TTGTGGTGATGAGATTACTA+TGG 0.447151 7:-64937240 None:intergenic
ACTAGTCAATTTATGGGCCA+TGG 0.447387 7:+64941128 MsG0780039498.01.T01:CDS
TACTCTATTAGAGAATATTT+GGG 0.448160 7:-64937291 None:intergenic
ACAAATACTAGTCAATTTAT+GGG 0.451350 7:+64941122 MsG0780039498.01.T01:CDS
CTATGAGCTAATGGCAATCC+TGG 0.453122 7:-64941276 None:intergenic
TTAAAATGTGGTTGAGGTTG+CGG 0.456317 7:+64941513 MsG0780039498.01.T01:three_prime_UTR
CAACGGCAAACACGATTGAA+TGG 0.468548 7:+64940869 MsG0780039498.01.T01:CDS
ATCTTTGCATGCACACCTTG+TGG 0.470899 7:-64937707 None:intergenic
AAAAGAATTATGTCAAGTAA+TGG 0.474007 7:+64940939 MsG0780039498.01.T01:CDS
GTACACCTTAGAATCAACTT+TGG 0.480171 7:-64937801 None:intergenic
AAACACGATTGAATGGACTA+TGG 0.493514 7:+64940876 MsG0780039498.01.T01:CDS
GAGCCGGTGGGTGCAATCGA+AGG 0.496161 7:-64941032 None:intergenic
GAGTGAAACTATTGGGGATG+AGG 0.498366 7:-64941905 None:intergenic
GTCTTCTGACTTTAGTCCAT+CGG 0.498432 7:-64941352 None:intergenic
TAACCACTAGTAGAAGTGTT+TGG 0.504898 7:-64937016 None:intergenic
ATTGGAAACATCTTAGAACT+TGG 0.505618 7:+64937137 MsG0780039498.01.T01:CDS
TTCTTCCACAAAGCTAATGT+TGG 0.511647 7:-64937368 None:intergenic
TGCACACCTTGTGGATCAAA+GGG 0.511685 7:-64937698 None:intergenic
ACACAACTTCTTCATGTAAG+TGG 0.512518 7:-64937732 None:intergenic
TGGGAAGAGATCCAACCATA+TGG 0.512926 7:+64941148 MsG0780039498.01.T01:CDS
TTGCTTTATATAATTTGCTA+GGG 0.524777 7:-64940915 None:intergenic
ATGCACACCTTGTGGATCAA+AGG 0.528583 7:-64937699 None:intergenic
AACCCTTCGATTGCACCCAC+CGG 0.530390 7:+64941029 MsG0780039498.01.T01:CDS
GGGAGTTTCATGGAAGAAGC+TGG 0.532674 7:+64937638 MsG0780039498.01.T01:CDS
AAACCGATAGATAGAGACTT+AGG 0.534280 7:-64941629 None:intergenic
CCAATCATGACATTAAAACT+AGG 0.540772 7:+64937206 MsG0780039498.01.T01:CDS
CTTCGTCCCTTTGATCCACA+AGG 0.543421 7:+64937692 MsG0780039498.01.T01:CDS
CATGGTTTAAAATGTGGTTG+AGG 0.546104 7:+64941507 MsG0780039498.01.T01:three_prime_UTR
TCTCCTAAGTCTCTATCTAT+CGG 0.548211 7:+64941626 MsG0780039498.01.T01:three_prime_UTR
ATTCTCTAATAGAGTAGTCT+CGG 0.553680 7:+64937298 MsG0780039498.01.T01:CDS
AGAGACTTAGGAGAGAGTTG+AGG 0.556397 7:-64941617 None:intergenic
TTTCGGTGTAGTAGATTAGG+TGG 0.558457 7:+64941853 MsG0780039498.01.T01:three_prime_UTR
CTAGTCAATTTATGGGCCAT+GGG 0.562128 7:+64941129 MsG0780039498.01.T01:CDS
TAAATTGAGCCACATGGAGA+TGG 0.571276 7:+64937880 MsG0780039498.01.T01:CDS
TATGGTTGGATCTCTTCCCA+TGG 0.574359 7:-64941145 None:intergenic
CACTACCATGGTTTAAAATG+TGG 0.576074 7:+64941501 MsG0780039498.01.T01:three_prime_UTR
CACTTCTAAATTGAGCCACA+TGG 0.576975 7:+64937874 MsG0780039498.01.T01:CDS
GCAGGTAAAAGAATTTGTCC+AGG 0.577476 7:+64941258 MsG0780039498.01.T01:CDS
AAAACTTGTTTGGCTAGTTG+TGG 0.577740 7:-64937257 None:intergenic
AATTCTACAAAGCTTCCACC+AGG 0.584989 7:+64937095 MsG0780039498.01.T01:CDS
CGAGGTAACGATAATGGAGC+CGG 0.586008 7:-64941048 None:intergenic
AGCCGGTGGGTGCAATCGAA+GGG 0.586171 7:-64941031 None:intergenic
TTTGAATGGAAACTTGCCGA+TGG 0.586840 7:+64941336 MsG0780039498.01.T01:CDS
GGAAATGGGTTTGGCCCTGG+TGG 0.590849 7:-64937110 None:intergenic
ATATTTGTTTGTCACTACCA+TGG 0.593516 7:+64941489 MsG0780039498.01.T01:three_prime_UTR
GGTAACGATAATGGAGCCGG+TGG 0.596281 7:-64941045 None:intergenic
TTTAGAGAGTGAAACTATTG+GGG 0.597808 7:-64941911 None:intergenic
AGCTACTTCATCAACATAGG+TGG 0.597869 7:+64941434 MsG0780039498.01.T01:exon
TAGGAGCGTGCACTTAATTG+TGG 0.602121 7:+64941296 MsG0780039498.01.T01:CDS
TCAAGCTACTTCATCAACAT+AGG 0.609819 7:+64941431 MsG0780039498.01.T01:CDS
TTACTTACAAGCAGTCGTGA+AGG 0.627617 7:+64941005 MsG0780039498.01.T01:CDS
TCACCAAACACTTCTACTAG+TGG 0.631347 7:+64937013 MsG0780039498.01.T01:CDS
GATGAAAATGTGAACATACT+GGG 0.647725 7:+64941078 MsG0780039498.01.T01:CDS
AATTTGGACTAACCTTAAGG+AGG 0.674124 7:+64941391 MsG0780039498.01.T01:CDS
GTAACGATAATGGAGCCGGT+GGG 0.714124 7:-64941044 None:intergenic
ATTCTACAAAGCTTCCACCA+GGG 0.719535 7:+64937096 MsG0780039498.01.T01:CDS
ACAGATGCACCATCTCCATG+TGG 0.747208 7:-64937889 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
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AACCGTCGAAAAATATTGTG+GGG - Chr7:64939861-64939880 None:intergenic 35.0%
AACTTAAATGCATGAAGACC+AGG + Chr7:64938567-64938586 MsG0780039498.01.T01:intron 35.0%
AATTTGGACTAACCTTAAGG+AGG + Chr7:64941391-64941410 MsG0780039498.01.T01:CDS 35.0%
ACACAACTTCTTCATGTAAG+TGG - Chr7:64937735-64937754 None:intergenic 35.0%
ACCATGAAGTGAAAATAAGG+AGG - Chr7:64940748-64940767 None:intergenic 35.0%
ACTTAAATGCATGAAGACCA+GGG + Chr7:64938568-64938587 MsG0780039498.01.T01:intron 35.0%
AGCGAGAAAAAGAAGTTCAA+TGG + Chr7:64939900-64939919 MsG0780039498.01.T01:intron 35.0%
ATGAAGTGAAAATAAGGAGG+TGG - Chr7:64940745-64940764 None:intergenic 35.0%
ATTTGCAGTGACTGATTGAA+AGG - Chr7:64939336-64939355 None:intergenic 35.0%
CTCTTCTATGCAACTTTGAA+TGG + Chr7:64941322-64941341 MsG0780039498.01.T01:CDS 35.0%
GGATGGAACCAAAAAAATTG+AGG - Chr7:64939027-64939046 None:intergenic 35.0%
GTACACCTTAGAATCAACTT+TGG - Chr7:64937804-64937823 None:intergenic 35.0%
TAACAAAATAACAACGACGG+TGG + Chr7:64938702-64938721 MsG0780039498.01.T01:intron 35.0%
TCAAGCTACTTCATCAACAT+AGG + Chr7:64941431-64941450 MsG0780039498.01.T01:CDS 35.0%
TCACACTCCAAAAATCTTTC+AGG - Chr7:64941195-64941214 None:intergenic 35.0%
TCTCCTAAGTCTCTATCTAT+CGG + Chr7:64941626-64941645 MsG0780039498.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
TCTTGAGTTTCCTAATGTTC+GGG - Chr7:64938381-64938400 None:intergenic 35.0%
TCTTTCGTCCCTGTAAATAT+AGG - Chr7:64939447-64939466 None:intergenic 35.0%
TTAAAATGTGGTTGAGGTTG+CGG + Chr7:64941513-64941532 MsG0780039498.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
TTCTTCCACAAAGCTAATGT+TGG - Chr7:64937371-64937390 None:intergenic 35.0%
! AAAACTTGTTTGGCTAGTTG+TGG - Chr7:64937260-64937279 None:intergenic 35.0%
! AACTCTTGTGACTTTTCATC+AGG - Chr7:64937605-64937624 None:intergenic 35.0%
! ACATTTTCATCACATTTGCG+AGG - Chr7:64941069-64941088 None:intergenic 35.0%
! CACTACCATGGTTTAAAATG+TGG + Chr7:64941501-64941520 MsG0780039498.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
! CATGGTTTAAAATGTGGTTG+AGG + Chr7:64941507-64941526 MsG0780039498.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
! CCCTCCTTTTATCGATATAT+AGG + Chr7:64940784-64940803 MsG0780039498.01.T01:intron 35.0%
! CTCAACCACATTTTAAACCA+TGG - Chr7:64941509-64941528 None:intergenic 35.0%
! GTAGTAGATCACATGTGTTT+TGG - Chr7:64938350-64938369 None:intergenic 35.0%
! TAATGTCATGATTGGTCCAT+AGG - Chr7:64937201-64937220 None:intergenic 35.0%
! TGAGGTTTTTGATATTGGTG+AGG + Chr7:64937511-64937530 MsG0780039498.01.T01:CDS 35.0%
! TGGAAGGATTAGTAACTTCA+GGG + Chr7:64939405-64939424 MsG0780039498.01.T01:intron 35.0%
! TTGGAAGGATTAGTAACTTC+AGG + Chr7:64939404-64939423 MsG0780039498.01.T01:intron 35.0%
! TTGTGGTGATGAGATTACTA+TGG - Chr7:64937243-64937262 None:intergenic 35.0%
!! AAACACGATTGAATGGACTA+TGG + Chr7:64940876-64940895 MsG0780039498.01.T01:CDS 35.0%
!! CGATCTAGTGTTTTAAATGC+CGG - Chr7:64938510-64938529 None:intergenic 35.0%
!! CTATCTATCGGTTTCATGTT+TGG + Chr7:64941638-64941657 MsG0780039498.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
!! GTGGAAGCTTTGTAGAATTT+TGG - Chr7:64937094-64937113 None:intergenic 35.0%
!! TAACCACTAGTAGAAGTGTT+TGG - Chr7:64937019-64937038 None:intergenic 35.0%
!! TAGAAGTGTTTGGTGATTCA+TGG - Chr7:64937009-64937028 None:intergenic 35.0%
!! TAGCTTTGTGGAAGAAACTA+AGG + Chr7:64937375-64937394 MsG0780039498.01.T01:CDS 35.0%
!! TAGTGTTTTAAATGCCGGTA+TGG - Chr7:64938505-64938524 None:intergenic 35.0%
!!! ACCTCCTTATTTTCACTTCA+TGG + Chr7:64940744-64940763 MsG0780039498.01.T01:intron 35.0%
!!! CGTTGATTTTGATCGTTTTC+AGG - Chr7:64938452-64938471 None:intergenic 35.0%
!!! CTTCTTCGAAGCTAGTTTTA+TGG + Chr7:64939189-64939208 MsG0780039498.01.T01:intron 35.0%
!!! GGGGATGAGGATTTTTTATT+TGG - Chr7:64941895-64941914 None:intergenic 35.0%
!!! TGAGTTTTTCATGGTTTTGG+TGG - Chr7:64938481-64938500 None:intergenic 35.0%
!!! TGGCAGGATTTATTTTTTGC+TGG + Chr7:64940838-64940857 MsG0780039498.01.T01:intron 35.0%
!!! TTTTGCTGGTATTGACACAA+CGG + Chr7:64940852-64940871 MsG0780039498.01.T01:CDS 35.0%
AAAATAACAACGACGGTGGT+AGG + Chr7:64938706-64938725 MsG0780039498.01.T01:intron 40.0%
AAGAGTTTGGATCCTCCTTA+AGG - Chr7:64941406-64941425 None:intergenic 40.0%
AATTCTACAAAGCTTCCACC+AGG + Chr7:64937095-64937114 MsG0780039498.01.T01:CDS 40.0%
ACACACACACACACATATGT+AGG + Chr7:64939960-64939979 MsG0780039498.01.T01:intron 40.0%
ACTAGTCAATTTATGGGCCA+TGG + Chr7:64941128-64941147 MsG0780039498.01.T01:CDS 40.0%
AGACTTCTATCGAACACCTA+CGG - Chr7:64940407-64940426 None:intergenic 40.0%
AGCTACTTCATCAACATAGG+TGG + Chr7:64941434-64941453 MsG0780039498.01.T01:exon 40.0%
ATTCTACAAAGCTTCCACCA+GGG + Chr7:64937096-64937115 MsG0780039498.01.T01:CDS 40.0%
CACTAAAATGGAGAAGAGAG+CGG + Chr7:64940221-64940240 MsG0780039498.01.T01:intron 40.0%
CACTTCTAAATTGAGCCACA+TGG + Chr7:64937874-64937893 MsG0780039498.01.T01:CDS 40.0%
CATGAAAAACTCAGCCATAC+CGG + Chr7:64938488-64938507 MsG0780039498.01.T01:intron 40.0%
CATTTGCGAGGTAACGATAA+TGG - Chr7:64941057-64941076 None:intergenic 40.0%
CCAAACCCATTTCCCATAAT+TGG + Chr7:64937119-64937138 MsG0780039498.01.T01:CDS 40.0%
CTAGTCAATTTATGGGCCAT+GGG + Chr7:64941129-64941148 MsG0780039498.01.T01:CDS 40.0%
CTTAAATGCATGAAGACCAG+GGG + Chr7:64938569-64938588 MsG0780039498.01.T01:intron 40.0%
CTTGAGTTTCCTAATGTTCG+GGG - Chr7:64938380-64938399 None:intergenic 40.0%
GATTGTAACGCGCACTAAAA+TGG + Chr7:64940209-64940228 MsG0780039498.01.T01:intron 40.0%
GCAGGTAAAAGAATTTGTCC+AGG + Chr7:64941258-64941277 MsG0780039498.01.T01:CDS 40.0%
GTCTTCTGACTTTAGTCCAT+CGG - Chr7:64941355-64941374 None:intergenic 40.0%
GTGGCTCATATATACCATCT+TGG - Chr7:64938226-64938245 None:intergenic 40.0%
TAAATTGAGCCACATGGAGA+TGG + Chr7:64937880-64937899 MsG0780039498.01.T01:CDS 40.0%
TAGCTTGAACTCGAAGAGTT+TGG - Chr7:64941419-64941438 None:intergenic 40.0%
TCACCAAACACTTCTACTAG+TGG + Chr7:64937013-64937032 MsG0780039498.01.T01:CDS 40.0%
TCTCACTCCATCAAATTGGA+TGG - Chr7:64939513-64939532 None:intergenic 40.0%
TTACTTACAAGCAGTCGTGA+AGG + Chr7:64941005-64941024 MsG0780039498.01.T01:CDS 40.0%
TTCACGACTGCTTGTAAGTA+AGG - Chr7:64941006-64941025 None:intergenic 40.0%
TTCGTAATGAAGATTGGAGC+TGG - Chr7:64938295-64938314 None:intergenic 40.0%
TTTGAATGGAAACTTGCCGA+TGG + Chr7:64941336-64941355 MsG0780039498.01.T01:CDS 40.0%
! ATTCGCGCCTGAAAGATTTT+TGG + Chr7:64941185-64941204 MsG0780039498.01.T01:CDS 40.0%
! ATTCTTTTACCTGCCCCAAA+AGG - Chr7:64941252-64941271 None:intergenic 40.0%
! CCAATTATGGGAAATGGGTT+TGG - Chr7:64937122-64937141 None:intergenic 40.0%
! GGCTGAGTTTTTCATGGTTT+TGG - Chr7:64938484-64938503 None:intergenic 40.0%
! GTGGATATTTTGCTCTCAAG+TGG + Chr7:64938995-64939014 MsG0780039498.01.T01:intron 40.0%
! GTTGTTGTTCTTCTCAACAG+TGG - Chr7:64938677-64938696 None:intergenic 40.0%
! TCAACAGTGGAGTTTGTTCA+CGG - Chr7:64938664-64938683 None:intergenic 40.0%
! TTGTGACTTTTCATCAGGTG+TGG - Chr7:64937600-64937619 None:intergenic 40.0%
! TTTCGGTGTAGTAGATTAGG+TGG + Chr7:64941853-64941872 MsG0780039498.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
!! CACTTCCAACATTAGCTTTG+TGG + Chr7:64937363-64937382 MsG0780039498.01.T01:CDS 40.0%
!! GTCCCCACAATATTTTTCGA+CGG + Chr7:64939856-64939875 MsG0780039498.01.T01:intron 40.0%
!! GTTTTCAGGCGTGTTGTATT+TGG - Chr7:64938438-64938457 None:intergenic 40.0%
!!! ATGGCTTTTTTGTTTGAGGG+AGG - Chr7:64936990-64937009 None:intergenic 40.0%
!!! CTTCGAAGCTAGTTTTATGG+TGG + Chr7:64939192-64939211 MsG0780039498.01.T01:intron 40.0%
!!! GTTTTTTTGCAGTGGCAGAT+TGG + Chr7:64939385-64939404 MsG0780039498.01.T01:intron 40.0%
ACCAAACAACCCCGAACATT+AGG + Chr7:64938368-64938387 MsG0780039498.01.T01:intron 45.0%
ACTTGGCAAAAACCCACACA+AGG + Chr7:64937154-64937173 MsG0780039498.01.T01:CDS 45.0%
AGAGACTTAGGAGAGAGTTG+AGG - Chr7:64941620-64941639 None:intergenic 45.0%
AGGAGGTGGAAAAATGGAAC+AGG - Chr7:64940731-64940750 None:intergenic 45.0%
ATCTTTGCATGCACACCTTG+TGG - Chr7:64937710-64937729 None:intergenic 45.0%
ATGCACACCTTGTGGATCAA+AGG - Chr7:64937702-64937721 None:intergenic 45.0%
CAACGGCAAACACGATTGAA+TGG + Chr7:64940869-64940888 MsG0780039498.01.T01:CDS 45.0%
CAGGATTGCCATTAGCTCAT+AGG + Chr7:64941277-64941296 MsG0780039498.01.T01:CDS 45.0%
CGGATTTGTGGTTGCAGTTA+TGG + Chr7:64941533-64941552 MsG0780039498.01.T01:three_prime_UTR 45.0%
CTATGAGCTAATGGCAATCC+TGG - Chr7:64941279-64941298 None:intergenic 45.0%
GAGTGAAACTATTGGGGATG+AGG - Chr7:64941908-64941927 None:intergenic 45.0%
GCGTGTTGTATTTGGCTGAT+AGG - Chr7:64938430-64938449 None:intergenic 45.0%
GGAGGTGGAAAAATGGAACA+GGG - Chr7:64940730-64940749 None:intergenic 45.0%
GGATCAAAGGGACGAAGAAT+TGG - Chr7:64937689-64937708 None:intergenic 45.0%
TATGGTTGGATCTCTTCCCA+TGG - Chr7:64941148-64941167 None:intergenic 45.0%
TCCTAATGTTCGGGGTTGTT+TGG - Chr7:64938372-64938391 None:intergenic 45.0%
TGCACACCTTGTGGATCAAA+GGG - Chr7:64937701-64937720 None:intergenic 45.0%
TGGGAAGAGATCCAACCATA+TGG + Chr7:64941148-64941167 MsG0780039498.01.T01:CDS 45.0%
TTTCTCGCTCTGCTACTGTT+GGG - Chr7:64939889-64939908 None:intergenic 45.0%
! CAACAGTGGAGTTTGTTCAC+GGG - Chr7:64938663-64938682 None:intergenic 45.0%
! CGGTATGGCTGAGTTTTTCA+TGG - Chr7:64938490-64938509 None:intergenic 45.0%
! CTTGCAACTTTTGTTGGCGA+AGG - Chr7:64937454-64937473 None:intergenic 45.0%
! GAGCACGTGAGCTTTTCATA+TGG + Chr7:64940023-64940042 MsG0780039498.01.T01:intron 45.0%
! GTTTTGTGAGTGCCTTGTGT+GGG - Chr7:64937169-64937188 None:intergenic 45.0%
! TAGGAGCGTGCACTTAATTG+TGG + Chr7:64941296-64941315 MsG0780039498.01.T01:CDS 45.0%
! TATTTTGCTCTCAAGTGGCC+TGG + Chr7:64939000-64939019 MsG0780039498.01.T01:intron 45.0%
! TTTTCTCGCTCTGCTACTGT+TGG - Chr7:64939890-64939909 None:intergenic 45.0%
! TTTTGCAGTGGCAGATTGGA+AGG + Chr7:64939389-64939408 MsG0780039498.01.T01:intron 45.0%
!! AGTTTTGTGAGTGCCTTGTG+TGG - Chr7:64937170-64937189 None:intergenic 45.0%
!!! GCTTTTTTGTTTGAGGGAGG+TGG - Chr7:64936987-64937006 None:intergenic 45.0%
!!! GGCCTGGACCTCAATTTTTT+TGG + Chr7:64939016-64939035 MsG0780039498.01.T01:intron 45.0%
!!! AAATAATTTACATTTTTTAT+AGG - Chr7:64940278-64940297 None:intergenic 5.0%
!!! ATAAAAAATGTAAATTATTT+TGG + Chr7:64940278-64940297 MsG0780039498.01.T01:intron 5.0%
!!! GAAATTTTAAAATTTTATAA+GGG + Chr7:64940640-64940659 MsG0780039498.01.T01:intron 5.0%
!!! TGAAATTTTAAAATTTTATA+AGG + Chr7:64940639-64940658 MsG0780039498.01.T01:intron 5.0%
ACAGATGCACCATCTCCATG+TGG - Chr7:64937892-64937911 None:intergenic 50.0%
CAATAGGCTTGGATGAGCCA+CGG - Chr7:64940313-64940332 None:intergenic 50.0%
CTTCGTCCCTTTGATCCACA+AGG + Chr7:64937692-64937711 MsG0780039498.01.T01:CDS 50.0%
GGAGATGGTGCATCTGTTTC+TGG + Chr7:64937895-64937914 MsG0780039498.01.T01:CDS 50.0%
GGGAGTTTCATGGAAGAAGC+TGG + Chr7:64937638-64937657 MsG0780039498.01.T01:CDS 50.0%
GTGTAGACCACACGCTTAGA+CGG - Chr7:64939060-64939079 None:intergenic 50.0%
TAGACGGCTTAGTCTGTGGA+TGG - Chr7:64939044-64939063 None:intergenic 50.0%
TGCACGCTCCTATGAGCTAA+TGG - Chr7:64941288-64941307 None:intergenic 50.0%
TGGCTCATCCAAGCCTATTG+TGG + Chr7:64940313-64940332 MsG0780039498.01.T01:intron 50.0%
TGGTTGAGGTTGCGGATTTG+TGG + Chr7:64941521-64941540 MsG0780039498.01.T01:three_prime_UTR 50.0%
!! CGAGGTAACGATAATGGAGC+CGG - Chr7:64941051-64941070 None:intergenic 50.0%
!! GTAACGATAATGGAGCCGGT+GGG - Chr7:64941047-64941066 None:intergenic 50.0%
!!! GAGCTTATACCTTTTGGGGC+AGG + Chr7:64941240-64941259 MsG0780039498.01.T01:CDS 50.0%
AACCCTTCGATTGCACCCAC+CGG + Chr7:64941029-64941048 MsG0780039498.01.T01:CDS 55.0%
CACGATTACTCTTCGTCCCC+TGG - Chr7:64938588-64938607 None:intergenic 55.0%
CAGGGGACGAAGAGTAATCG+TGG + Chr7:64938586-64938605 MsG0780039498.01.T01:intron 55.0%
CGCTTAGACGGCTTAGTCTG+TGG - Chr7:64939048-64939067 None:intergenic 55.0%
GAAGATTGGAGCTGGTGTGC+AGG - Chr7:64938287-64938306 None:intergenic 55.0%
GACTAAGCCGTCTAAGCGTG+TGG + Chr7:64939050-64939069 MsG0780039498.01.T01:intron 55.0%
TGGAAGTGGGGAGCCACAAT+AGG - Chr7:64940329-64940348 None:intergenic 55.0%
! ATGGGAAATGGGTTTGGCCC+TGG - Chr7:64937116-64937135 None:intergenic 55.0%
!! GGTAACGATAATGGAGCCGG+TGG - Chr7:64941048-64941067 None:intergenic 55.0%
!!! TATTTTGGTGGGGAGAGCCG+TGG + Chr7:64940293-64940312 MsG0780039498.01.T01:intron 55.0%
AGCCGGTGGGTGCAATCGAA+GGG - Chr7:64941034-64941053 None:intergenic 60.0%
GTATGTACACGGCGGCAGTC+TGG - Chr7:64938734-64938753 None:intergenic 60.0%
GTGGGGAGCCACAATAGGCT+TGG - Chr7:64940324-64940343 None:intergenic 60.0%
! GGAAATGGGTTTGGCCCTGG+TGG - Chr7:64937113-64937132 None:intergenic 60.0%
GAGCCGGTGGGTGCAATCGA+AGG - Chr7:64941035-64941054 None:intergenic 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 64936954 64942018 64936954 ID=MsG0780039498.01;Name=MsG0780039498.01
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Chr7 CDS 64940844 64941452 64940844 ID=MsG0780039498.01.T01:cds;Parent=MsG0780039498.01.T01
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Gene Sequence

>MsG0780039498.01.T01

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Protein sequence

>MsG0780039498.01.T01

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