AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180003213.01

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MsG0180003213.01.T01 AT3G61880 32.840 405 252 11 1 396 104 497 1.34e-59 203
MsG0180003213.01.T01 AT3G48320 32.426 404 258 10 5 404 71 463 2.52e-59 201
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MsG0180003213.01.T01 AT3G20120 33.523 352 214 9 61 400 1 344 1.60e-56 191
MsG0180003213.01.T01 AT3G20960 33.243 367 218 10 51 402 24 378 6.15e-56 190
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MsG0180003213.01.T01 AT3G20080 29.519 437 283 10 1 419 78 507 3.72e-55 191
MsG0180003213.01.T01 AT2G25160 30.976 410 264 9 3 395 73 480 5.48e-55 190
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MsG0180003213.01.T01 AT1G01190 29.630 405 260 10 1 396 111 499 1.30e-54 189
MsG0180003213.01.T01 AT5G47990 29.927 411 262 8 1 396 78 477 1.39e-53 186
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MsG0180003213.01.T01 AT4G15330 31.218 394 238 13 26 402 71 448 9.48e-52 181
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MsG0180003213.01.T01 AT2G22330 27.119 413 290 5 4 405 122 534 1.82e-49 176
MsG0180003213.01.T01 AT3G20090 32.133 361 210 12 61 402 1 345 3.59e-49 171
MsG0180003213.01.T01 AT1G58260 27.059 425 282 8 4 405 78 497 9.94e-47 168
MsG0180003213.01.T01 AT3G20080 29.973 377 239 10 61 419 1 370 6.66e-46 163
MsG0180003213.01.T01 AT3G20080 29.973 377 239 10 61 419 1 370 6.66e-46 163
MsG0180003213.01.T01 AT3G20080 29.973 377 239 10 61 419 1 370 6.66e-46 163
MsG0180003213.01.T01 AT3G20080 29.973 377 239 10 61 419 1 370 6.66e-46 163
MsG0180003213.01.T01 AT5G05260 25.899 417 263 6 4 405 82 467 1.69e-45 164
MsG0180003213.01.T01 AT2G05180 29.167 360 235 10 1 350 77 426 1.71e-43 158
MsG0180003213.01.T01 AT3G20935 31.690 284 152 8 167 413 53 331 4.83e-43 154
MsG0180003213.01.T01 AT4G20240 27.654 358 245 7 5 356 72 421 3.89e-41 152
MsG0180003213.01.T01 AT4G13310 28.049 328 220 6 5 324 71 390 1.74e-40 149
MsG0180003213.01.T01 AT3G53290 31.139 395 231 8 19 401 11 376 2.61e-40 148
MsG0180003213.01.T01 AT1G16400 25.610 410 283 8 10 399 91 498 4.03e-40 150
MsG0180003213.01.T01 AT5G25900 29.327 416 267 11 4 404 82 485 3.80e-39 147
MsG0180003213.01.T01 AT5G04630 27.670 412 283 11 4 405 79 485 1.76e-38 145
MsG0180003213.01.T01 AT5G04660 26.098 410 292 8 4 405 82 488 3.02e-38 145
MsG0180003213.01.T01 AT1G16410 25.000 416 284 9 8 400 90 500 3.28e-38 145
MsG0180003213.01.T01 AT1G11600 27.361 413 270 10 4 396 76 478 7.78e-38 144
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MsG0180003213.01.T01 AT2G45560 34.483 232 145 4 1 226 73 303 1.26e-36 136
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MsG0180003213.01.T01 AT5G05690 32.995 197 123 4 203 396 251 441 8.35e-22 97.8
MsG0180003213.01.T01 AT5G35920 37.500 120 73 1 288 405 6 125 1.93e-21 90.9
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MsG0180003213.01.T01 AT1G05160 29.952 207 135 4 178 379 244 445 1.10e-20 94.4
MsG0180003213.01.T01 AT1G16410 23.636 330 229 8 8 319 90 414 4.66e-20 92.0
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MsG0180003213.01.T01 AT5G48000 23.944 426 261 13 9 413 83 466 1.55e-18 87.8
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MsG0180003213.01.T01 AT5G48000 23.944 426 261 13 9 413 83 466 1.55e-18 87.8
MsG0180003213.01.T01 AT5G48000 23.944 426 261 13 9 413 83 466 1.55e-18 87.8
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MsG0180003213.01.T01 AT1G12740 24.651 215 155 3 203 413 255 466 9.60e-14 73.2
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MsG0180003213.01.T01 AT4G39500 27.638 199 131 5 207 401 303 492 1.53e-13 72.8
MsG0180003213.01.T01 AT5G36110 24.231 260 173 9 168 416 227 473 2.59e-13 72.0
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MsG0180003213.01.T01 AT1G58265 35.789 95 55 2 317 405 8 102 7.39e-13 66.6
MsG0180003213.01.T01 AT1G67110 29.586 169 114 3 231 398 319 483 8.66e-13 70.5
MsG0180003213.01.T01 AT4G20235 38.462 78 47 1 324 400 255 332 1.19e-12 68.9
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MsG0180003213.01.T01 AT3G61035 32.593 135 77 5 107 231 58 188 1.63e-12 67.0
MsG0180003213.01.T01 AT3G61035 32.593 135 77 5 107 231 58 188 2.90e-12 67.0
MsG0180003213.01.T01 AT3G48520 24.454 229 158 4 188 409 263 483 2.58e-11 65.9
MsG0180003213.01.T01 AT1G57750 28.947 152 98 3 203 350 275 420 2.82e-11 65.5

Find 69 sgRNAs with CRISPR-Local

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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AAGATCTGAAACTGGCATAA+AGG 0.343963 1:-58490750 None:intergenic
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TTACTATTGCTTGCAAATAT+GGG 0.378679 1:-58491551 None:intergenic
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TATAGGATTTATTTGTTGCT+GGG 0.393425 1:+58491388 MsG0180003213.01.T01:intron
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TTTGATTGGAAGCTGCAAAA+TGG 0.421212 1:+58491885 MsG0180003213.01.T01:CDS
ATCTGGTGATGAAATTACTA+TGG 0.421992 1:-58490630 None:intergenic
CTTGAGCAAACAATTGGTAT+AGG 0.431489 1:+58491495 MsG0180003213.01.T01:CDS
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GAAGAACTTGAGCAAACAAT+TGG 0.436141 1:+58491489 MsG0180003213.01.T01:CDS
TTGACATTGCATGTGGGTTG+TGG 0.439076 1:-58491458 None:intergenic
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TCCCTCCAAAGATCTGAAAC+TGG 0.448871 1:-58490758 None:intergenic
CACAAGTCCTAATTAATGAA+TGG 0.452214 1:+58491670 MsG0180003213.01.T01:CDS
GGATCAAACATCTTCAAAAC+AGG 0.452689 1:-58491070 None:intergenic
TATCTGAGAATGAGAGATCA+TGG 0.464280 1:-58490676 None:intergenic
AAGATAGATGTCAAAATTCG+TGG 0.470998 1:+58491627 MsG0180003213.01.T01:CDS
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TCAAGAGAATGCCCAAAAGA+TGG 0.488234 1:+58491237 MsG0180003213.01.T01:CDS
CCTAATTAATGAATGGGCCA+TGG 0.495337 1:+58491677 MsG0180003213.01.T01:CDS
GTTTGATCCACAAGGTATCA+AGG 0.508361 1:+58491084 MsG0180003213.01.T01:CDS
AATATTAGGGTTTCTTCCCA+TGG 0.509025 1:-58491694 None:intergenic
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ATACTCATCAGTTTCACCTG+TGG 0.613726 1:-58490987 None:intergenic
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CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
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!! CAAAATTAAAAAAAAGAAAA+GGG - Chr1:58491304-58491323 None:intergenic 10.0%
!! ATTAAAAAAAAGAAAAGGGA+AGG - Chr1:58491300-58491319 None:intergenic 20.0%
!!! TATTCCTTTTAGAGTAAATA+AGG + Chr1:58491938-58491957 MsG0180003213.01.T01:CDS 20.0%
! ACAAGTCCTAATTAATGAAT+GGG + Chr1:58491671-58491690 MsG0180003213.01.T01:CDS 25.0%
! AGAATGTTACATACAATGTT+AGG + Chr1:58491846-58491865 MsG0180003213.01.T01:CDS 25.0%
! AGTGTTTAATATAAGTGTGT+AGG - Chr1:58491345-58491364 None:intergenic 25.0%
! TTACTATTGCTTGCAAATAT+GGG - Chr1:58491554-58491573 None:intergenic 25.0%
! TTGGATTATCCCAAATATTA+GGG - Chr1:58491710-58491729 None:intergenic 25.0%
! TTGGCCCTTAAAATTAATTT+CGG - Chr1:58491763-58491782 None:intergenic 25.0%
! TTTACTATTGCTTGCAAATA+TGG - Chr1:58491555-58491574 None:intergenic 25.0%
! TTTGGATTATCCCAAATATT+AGG - Chr1:58491711-58491730 None:intergenic 25.0%
!! AATTTTCAATTGACACCATT+TGG + Chr1:58491783-58491802 MsG0180003213.01.T01:CDS 25.0%
!! CTTTCAGGTGAAAATAAATT+TGG - Chr1:58491729-58491748 None:intergenic 25.0%
!! GGTTCCGAAATTAATTTTAA+GGG + Chr1:58491756-58491775 MsG0180003213.01.T01:CDS 25.0%
!! TACACCTTATTTACTCTAAA+AGG - Chr1:58491945-58491964 None:intergenic 25.0%
!! TATAGGATTTATTTGTTGCT+GGG + Chr1:58491388-58491407 MsG0180003213.01.T01:intron 25.0%
!! TTATAGGATTTATTTGTTGC+TGG + Chr1:58491387-58491406 MsG0180003213.01.T01:intron 25.0%
!!! AGATTTTGTGACTTTGTTAT+AGG + Chr1:58491371-58491390 MsG0180003213.01.T01:intron 25.0%
!!! ATGGTGTCAATTGAAAATTT+TGG - Chr1:58491782-58491801 None:intergenic 25.0%
!!! CAAATTTATTTTCACCTGAA+AGG + Chr1:58491727-58491746 MsG0180003213.01.T01:CDS 25.0%
!!! CACTGATTAATTGTTTTGAT+TGG + Chr1:58491871-58491890 MsG0180003213.01.T01:CDS 25.0%
!!! CTTCAATCTTTTGGTAATAA+AGG - Chr1:58491155-58491174 None:intergenic 25.0%
!!! GTGTTTTGTTAGAAAACAAA+TGG - Chr1:58490805-58490824 None:intergenic 25.0%
AAAAGATTGAAGCTAAGAGA+AGG + Chr1:58491163-58491182 MsG0180003213.01.T01:CDS 30.0%
AAAGATTGAAGCTAAGAGAA+GGG + Chr1:58491164-58491183 MsG0180003213.01.T01:CDS 30.0%
AAGATAGATGTCAAAATTCG+TGG + Chr1:58491627-58491646 MsG0180003213.01.T01:CDS 30.0%
CACAAGTCCTAATTAATGAA+TGG + Chr1:58491670-58491689 MsG0180003213.01.T01:CDS 30.0%
GGAAAAAAATCAACCATGTT+TGG - Chr1:58491052-58491071 None:intergenic 30.0%
TGTAACATTCTTATAGCAAG+TGG - Chr1:58491837-58491856 None:intergenic 30.0%
! ATCTGGTGATGAAATTACTA+TGG - Chr1:58490633-58490652 None:intergenic 30.0%
! ATTTTCACCTGAAAGGTTTT+TGG + Chr1:58491734-58491753 MsG0180003213.01.T01:CDS 30.0%
! CAAAATGGTGATAGTGAAAT+TGG + Chr1:58491900-58491919 MsG0180003213.01.T01:CDS 30.0%
! GGGTTCCGAAATTAATTTTA+AGG + Chr1:58491755-58491774 MsG0180003213.01.T01:CDS 30.0%
! TTCTCTTAGCTTCAATCTTT+TGG - Chr1:58491164-58491183 None:intergenic 30.0%
! TTTTCACCTGAAAGGTTTTT+GGG + Chr1:58491735-58491754 MsG0180003213.01.T01:CDS 30.0%
!! ACGAATTTTGACATCTATCT+TGG - Chr1:58491628-58491647 None:intergenic 30.0%
!!! GTCAAACACTTTTTTCTCTA+TGG + Chr1:58490952-58490971 MsG0180003213.01.T01:CDS 30.0%
AAGATTGAAGCTAAGAGAAG+GGG + Chr1:58491165-58491184 MsG0180003213.01.T01:CDS 35.0%
AATATTAGGGTTTCTTCCCA+TGG - Chr1:58491697-58491716 None:intergenic 35.0%
ATCTGAGAATGAGAGATCAT+GGG - Chr1:58490678-58490697 None:intergenic 35.0%
ATTCTTCTACCACTACCAAA+TGG - Chr1:58491801-58491820 None:intergenic 35.0%
ATTGATAGAAGCAGCTTAAC+TGG + Chr1:58490878-58490897 MsG0180003213.01.T01:CDS 35.0%
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GAAAATCTTGTGAGAGCAAT+AGG + Chr1:58491022-58491041 MsG0180003213.01.T01:CDS 35.0%
GAAGAACTTGAGCAAACAAT+TGG + Chr1:58491489-58491508 MsG0180003213.01.T01:CDS 35.0%
GGATCAAACATCTTCAAAAC+AGG - Chr1:58491073-58491092 None:intergenic 35.0%
GGGAAGAAACCCTAATATTT+GGG + Chr1:58491698-58491717 MsG0180003213.01.T01:CDS 35.0%
GTAATGTCTGATTCCTCAAT+TGG - Chr1:58491525-58491544 None:intergenic 35.0%
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TATCTGAGAATGAGAGATCA+TGG - Chr1:58490679-58490698 None:intergenic 35.0%
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TGTTTGCTCAAGTTCTTCTT+TGG - Chr1:58491487-58491506 None:intergenic 35.0%
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! AAGATCTGAAACTGGCATAA+AGG - Chr1:58490753-58490772 None:intergenic 35.0%
! AGATCTGAAACTGGCATAAA+GGG - Chr1:58490752-58490771 None:intergenic 35.0%
! ATGGATTTTGTTAACTCCAC+AGG + Chr1:58490971-58490990 MsG0180003213.01.T01:CDS 35.0%
! CTTTGTGTTGTCCATCTTTT+GGG - Chr1:58491251-58491270 None:intergenic 35.0%
! TCTTTGTGTTGTCCATCTTT+TGG - Chr1:58491252-58491271 None:intergenic 35.0%
!! ACATCTATCTTGGCTTTTCT+TGG - Chr1:58491618-58491637 None:intergenic 35.0%
AGATTGAAGCTAAGAGAAGG+GGG + Chr1:58491166-58491185 MsG0180003213.01.T01:CDS 40.0%
AGCAATAGGAACACCAAACA+TGG + Chr1:58491036-58491055 MsG0180003213.01.T01:CDS 40.0%
AGCACTTCTTGTGCTATATC+TGG - Chr1:58490650-58490669 None:intergenic 40.0%
ATACTCATCAGTTTCACCTG+TGG - Chr1:58490990-58491009 None:intergenic 40.0%
ATTAGGACTTGTGCACCTTT+AGG - Chr1:58491663-58491682 None:intergenic 40.0%
CAATTGACACCATTTGGTAG+TGG + Chr1:58491789-58491808 MsG0180003213.01.T01:CDS 40.0%
CATTGCTCGTTCTATTGTGT+AGG - Chr1:58491427-58491446 None:intergenic 40.0%
CCATGGCCCATTCATTAATT+AGG - Chr1:58491680-58491699 None:intergenic 40.0%
CCTAATTAATGAATGGGCCA+TGG + Chr1:58491677-58491696 MsG0180003213.01.T01:CDS 40.0%
CGTGGATACATTGTTCCTAA+AGG + Chr1:58491645-58491664 MsG0180003213.01.T01:CDS 40.0%
CTAAAAGGAATAGCTCGCAA+GGG - Chr1:58491930-58491949 None:intergenic 40.0%
CTACACAATAGAACGAGCAA+TGG + Chr1:58491425-58491444 MsG0180003213.01.T01:CDS 40.0%
GATATTGCCTTGATACCTTG+TGG - Chr1:58491094-58491113 None:intergenic 40.0%
TCAAGAGAATGCCCAAAAGA+TGG + Chr1:58491237-58491256 MsG0180003213.01.T01:CDS 40.0%
TCTAAAAGGAATAGCTCGCA+AGG - Chr1:58491931-58491950 None:intergenic 40.0%
! GTTTGATCCACAAGGTATCA+AGG + Chr1:58491084-58491103 MsG0180003213.01.T01:CDS 40.0%
! TGGCTTTTGACATTGCATGT+GGG - Chr1:58491467-58491486 None:intergenic 40.0%
!! GCTTTTCTTGGTAGCAAAAG+TGG - Chr1:58491606-58491625 None:intergenic 40.0%
!! TTGGCTTTTGACATTGCATG+TGG - Chr1:58491468-58491487 None:intergenic 40.0%
ACTGGTGAAGCAGTAGATGT+TGG + Chr1:58490896-58490915 MsG0180003213.01.T01:CDS 45.0%
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CTTATAGCAAGTGGCATTCC+AGG - Chr1:58491828-58491847 None:intergenic 45.0%
GCCAGTTTCAGATCTTTGGA+GGG + Chr1:58490757-58490776 MsG0180003213.01.T01:CDS 45.0%
TCAAGAACTGCTACTGCTTG+AGG - Chr1:58490710-58490729 None:intergenic 45.0%
TCGGAACCCAAAAACCTTTC+AGG - Chr1:58491744-58491763 None:intergenic 45.0%
TGCCAGTTTCAGATCTTTGG+AGG + Chr1:58490756-58490775 MsG0180003213.01.T01:CDS 45.0%
! TCCCTCCAAAGATCTGAAAC+TGG - Chr1:58490761-58490780 None:intergenic 45.0%
! TTGACATTGCATGTGGGTTG+TGG - Chr1:58491461-58491480 None:intergenic 45.0%
GGTAGCAAAAGTGGAGCTGA+TGG - Chr1:58491597-58491616 None:intergenic 50.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 58490602 58491965 58490602 ID=MsG0180003213.01;Name=MsG0180003213.01
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Chr1 exon 58490602 58491288 58490602 ID=MsG0180003213.01.T01:exon:48951;Parent=MsG0180003213.01.T01
Chr1 exon 58491393 58491965 58491393 ID=MsG0180003213.01.T01:exon:48952;Parent=MsG0180003213.01.T01
Chr1 CDS 58490602 58491288 58490602 ID=MsG0180003213.01.T01:cds;Parent=MsG0180003213.01.T01
Chr1 CDS 58491393 58491965 58491393 ID=MsG0180003213.01.T01:cds;Parent=MsG0180003213.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180003213.01.T01

ATGCATTCGAAGCTAGGTCAAATTTCAACCATAGTAATTTCATCACCAGATATAGCACAAGAAGTGCTTCAAACCCATGATCTCTCATTCTCAGATAGAACAATTCCTCAAGCAGTAGCAGTTCTTGATCATGAACATTTTAGCTTACCCTTTATGCCAGTTTCAGATCTTTGGAGGGACTTAAAAAAATTATGCAAAAACCATTTGTTTTCTAACAAAACACTTGATGCTAGCAATGAACTTAGGTGTAAGAAGCTTCAAGAGCTTTTAAGTGATATTGATAGAAGCAGCTTAACTGGTGAAGCAGTAGATGTTGGAAGAGCTGCTTTTAAGACTTCATTGAATTTTTTGTCAAACACTTTTTTCTCTATGGATTTTGTTAACTCCACAGGTGAAACTGATGAGTATAAAGATATTGTTGAAAATCTTGTGAGAGCAATAGGAACACCAAACATGGTTGATTTTTTTCCTGTTTTGAAGATGTTTGATCCACAAGGTATCAAGGCAATATCAGCTACTTATGTTGAAAAGATGTTGCAAATCATTGATTCCTTTATTACCAAAAGATTGAAGCTAAGAGAAGGGGGAAATTATGTCACAAATGATGACATGTTAGATAATTTGCTCAACATCTCTCAAGAGAATGCCCAAAAGATGGACAACACAAAGATTAAACATTTGTTTCTTGATTTATTTGTTGCTGGGACTGATACAACTTCCTACACAATAGAACGAGCAATGGCAGAACTAATCCACAACCCACATGCAATGTCAAAAGCCAAAGAAGAACTTGAGCAAACAATTGGTATAGGAAATCCAATTGAGGAATCAGACATTACTAGACTCCCATATTTGCAAGCAATAGTAAAAGAAACATTACGTTTGCATCCATCAGCTCCACTTTTGCTACCAAGAAAAGCCAAGATAGATGTCAAAATTCGTGGATACATTGTTCCTAAAGGTGCACAAGTCCTAATTAATGAATGGGCCATGGGAAGAAACCCTAATATTTGGGATAATCCAAATTTATTTTCACCTGAAAGGTTTTTGGGTTCCGAAATTAATTTTAAGGGCCAAAATTTTCAATTGACACCATTTGGTAGTGGTAGAAGAATGTGTCCTGGAATGCCACTTGCTATAAGAATGTTACATACAATGTTAGGATCACTGATTAATTGTTTTGATTGGAAGCTGCAAAATGGTGATAGTGAAATTGGTCAACCCTTGCGAGCTATTCCTTTTAGAGTAAATAAGGTGTAA
Protein sequence

>MsG0180003213.01.T01

MHSKLGQISTIVISSPDIAQEVLQTHDLSFSDRTIPQAVAVLDHEHFSLPFMPVSDLWRDLKKLCKNHLFSNKTLDASNELRCKKLQELLSDIDRSSLTGEAVDVGRAAFKTSLNFLSNTFFSMDFVNSTGETDEYKDIVENLVRAIGTPNMVDFFPVLKMFDPQGIKAISATYVEKMLQIIDSFITKRLKLREGGNYVTNDDMLDNLLNISQENAQKMDNTKIKHLFLDLFVAGTDTTSYTIERAMAELIHNPHAMSKAKEELEQTIGIGNPIEESDITRLPYLQAIVKETLRLHPSAPLLLPRKAKIDVKIRGYIVPKGAQVLINEWAMGRNPNIWDNPNLFSPERFLGSEINFKGQNFQLTPFGSGRRMCPGMPLAIRMLHTMLGSLINCFDWKLQNGDSEIGQPLRAIPFRVNKV*