AlfalfaGEDB | MsG0880044037.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880044037.01

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MsG0880044037.01.T01	AT3G14690	24.190	401	252	13	5	368	100	485	6.91e-18	85.9
MsG0880044037.01.T01	AT3G26125	22.161	361	224	8	58	361	138	498	7.97e-18	85.9
MsG0880044037.01.T01	AT2G44890	28.972	214	124	6	169	370	267	464	1.12e-17	85.1
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MsG0880044037.01.T01	AT5G38970	26.147	218	151	5	153	367	148	358	2.51e-14	74.3
MsG0880044037.01.T01	AT3G13730	27.014	211	141	4	160	364	260	463	2.71e-14	74.7
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MsG0880044037.01.T01	AT2G29090	27.111	225	140	6	183	398	273	482	7.70e-14	73.6
MsG0880044037.01.T01	AT1G12740	26.522	230	154	6	171	391	254	477	1.59e-13	72.4
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MsG0880044037.01.T01	AT2G34490	26.289	194	137	4	187	377	283	473	4.64e-13	70.9
MsG0880044037.01.T01	AT1G57750	22.611	314	191	10	58	328	124	428	8.15e-13	70.1
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MsG0880044037.01.T01	AT1G12740	25.847	236	154	7	171	391	248	477	2.04e-11	65.9
MsG0880044037.01.T01	AT4G15393	24.352	193	136	5	183	369	257	445	2.92e-11	65.5

Find 85 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 167 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
TTAGCATTATCCCATTTATT+TGG	0.132394	8:-34652557	None:intergenic
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TTCTAATAAAATAAACAATT+AGG	0.218291	8:+34653038	MsG0880044037.01.T01:three_prime_UTR
TGCTTTGCTCAATATTTCTT+TGG	0.240928	8:+34651230	MsG0880044037.01.T01:CDS
ACCAACACTTGTGCATCTTT+TGG	0.243651	8:-34652509	None:intergenic
TTGAATAAAGAAGATGAATA+TGG	0.247737	8:+34652773	MsG0880044037.01.T01:CDS
GACAGTGAAATTGATGTTAA+AGG	0.269489	8:+34652605	MsG0880044037.01.T01:CDS
TTTATAACTGCTTGCATGTA+TGG	0.289207	8:-34652401	None:intergenic
TTTGATTGGAAACTTGAAAA+TGG	0.293444	8:+34652734	MsG0880044037.01.T01:CDS
GCTATGTCTGTTTCTTGTAT+TGG	0.303172	8:-34652371	None:intergenic
CTCAATATTTCTTTGGATGA+TGG	0.313033	8:+34651237	MsG0880044037.01.T01:CDS
TGAGGAAGCTGGAGAGTATA+AGG	0.327149	8:+34651003	MsG0880044037.01.T01:CDS
ATTGAGGAAGCTGTCGATAT+TGG	0.328720	8:+34650908	MsG0880044037.01.T01:CDS
TAGCATTATCCCATTTATTT+GGG	0.336213	8:-34652556	None:intergenic
CTTTGGTTAATTGCTTTGAT+TGG	0.348772	8:+34652720	MsG0880044037.01.T01:CDS
TCTAATAAAATAAACAATTA+GGG	0.360091	8:+34653039	MsG0880044037.01.T01:three_prime_UTR
TATTGTATAGTCAATTTGAT+TGG	0.361349	8:-34652833	None:intergenic
TGAGATTGAACATTTATTGC+TGG	0.365311	8:+34651281	MsG0880044037.01.T01:CDS
TTGGTAGAGACCCAAATAAA+TGG	0.366613	8:+34652546	MsG0880044037.01.T01:CDS
GCAGAAACTGATGTTGAAAT+TGG	0.377412	8:+34652473	MsG0880044037.01.T01:CDS
AAAGAACTTGAACAAGTTGT+TGG	0.385639	8:+34652338	MsG0880044037.01.T01:CDS
GGGAGAGAATCATGCATATA+TGG	0.391265	8:-34652861	None:intergenic
ATTTCCTCCGCCTTAGCGCC+TGG	0.409571	8:-34650847	None:intergenic
AATTTGTCCTGGTTTACCTT+TGG	0.410355	8:+34652667	MsG0880044037.01.T01:CDS
TACCAGAACATATTTGTTGC+AGG	0.416661	8:+34652236	MsG0880044037.01.T01:intron
ATATTACAATGGTTGTTACT+TGG	0.426915	8:-34650631	None:intergenic
GAGCTTATTCCATTTGGGTC+TGG	0.428594	8:+34652638	MsG0880044037.01.T01:CDS
CGGGGAAAGGTTGAAGTTGA+GGG	0.429430	8:+34651170	MsG0880044037.01.T01:CDS
AGATGAATATGGGATTACTT+TGG	0.440548	8:+34652784	MsG0880044037.01.T01:CDS
GTGCATTCTGCTGAGGAAGC+TGG	0.441323	8:+34650992	MsG0880044037.01.T01:CDS
TTGGTTAATGCATGGGTGAT+TGG	0.441943	8:+34652527	MsG0880044037.01.T01:CDS
TTGAGAACGGAGAGTGCGTC+CGG	0.442483	8:-34650719	None:intergenic
TGAATAAAGAAGATGAATAT+GGG	0.446712	8:+34652774	MsG0880044037.01.T01:CDS
TTGCTCTACGGCTACATTGT+GGG	0.446829	8:-34652881	None:intergenic
GTGAGTATATTGAAGGAAGT+TGG	0.451266	8:+34651034	MsG0880044037.01.T01:CDS
GACAGTCCGGTTTGATAGTA+AGG	0.452463	8:-34650696	None:intergenic
ACCAAAGATCCCAACATCAT+AGG	0.452510	8:-34652704	None:intergenic
CCAATAATGACACTAAAGTT+AGG	0.454027	8:+34650608	None:intergenic
CAACAACATACACACTAGAA+TGG	0.469904	8:+34652267	MsG0880044037.01.T01:CDS
CAAAACTCTCGATTCGAGCC+AGG	0.472222	8:+34650829	MsG0880044037.01.T01:CDS
CGAGGTAATAACAAGGGAAC+TGG	0.474121	8:-34652446	None:intergenic
ATGACACCTTACTATCAAAC+CGG	0.483523	8:+34650690	MsG0880044037.01.T01:CDS
GATTGTTGTGAGTATATTGA+AGG	0.485851	8:+34651027	MsG0880044037.01.T01:CDS
AACAACATACACACTAGAAT+GGG	0.486271	8:+34652268	MsG0880044037.01.T01:CDS
TGGTAGAGACCCAAATAAAT+GGG	0.486400	8:+34652547	MsG0880044037.01.T01:CDS
TCAATATTTCTTTGGATGAT+GGG	0.486545	8:+34651238	MsG0880044037.01.T01:CDS
TCGGGGAAAGGTTGAAGTTG+AGG	0.487992	8:+34651169	MsG0880044037.01.T01:CDS
TTCTAAGGTCGCGCCAACGT+GGG	0.495834	8:-34650778	None:intergenic
TCAGGAGATTTGTCGGGGAA+AGG	0.503282	8:+34651157	MsG0880044037.01.T01:intron
ACTATCAAACCGGACTGTCC+CGG	0.506426	8:+34650700	MsG0880044037.01.T01:CDS
TCCAAAAGATGCACAAGTGT+TGG	0.510669	8:+34652508	MsG0880044037.01.T01:CDS
TAGAATGTTGCCTATGATGT+TGG	0.514067	8:+34652694	MsG0880044037.01.T01:CDS
TGTGTATAACATGTGCGTAT+AGG	0.514583	8:-34653005	None:intergenic
TTTGCTCTACGGCTACATTG+TGG	0.516951	8:-34652882	None:intergenic
ATGACAAACTATATTGATCA+TGG	0.517657	8:-34650742	None:intergenic
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CGAGCCAGGCGCTAAGGCGG+AGG	0.525791	8:+34650843	MsG0880044037.01.T01:CDS
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CRISPR-GE

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	CTAGCAAAGATGACATACAT+TGG	-	Chr8:34652003-34652022	None:intergenic	35.0%
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	GGTCTACCGCTAAATATATT+AGG	-	Chr8:34651727-34651746	None:intergenic	35.0%
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	TAGAATGTTGCCTATGATGT+TGG	+	Chr8:34652694-34652713	MsG0880044037.01.T01:CDS	35.0%
	TCACTGTCCAAAAATCTTTC+TGG	-	Chr8:34652593-34652612	None:intergenic	35.0%
	TGGTAGAGACCCAAATAAAT+GGG	+	Chr8:34652547-34652566	MsG0880044037.01.T01:CDS	35.0%
	TGTGTATAACATGTGCGTAT+AGG	-	Chr8:34653008-34653027	None:intergenic	35.0%
	TTCCTGCAACAAATATGTTC+TGG	-	Chr8:34652241-34652260	None:intergenic	35.0%
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	TTGGTAGAGACCCAAATAAA+TGG	+	Chr8:34652546-34652565	MsG0880044037.01.T01:CDS	35.0%
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!!	AAAAGTGCTATCTCATGCAA+TGG	+	Chr8:34652921-34652940	MsG0880044037.01.T01:three_prime_UTR	35.0%
!!	ACAAGTGTTGGTTAATGCAT+GGG	+	Chr8:34652520-34652539	MsG0880044037.01.T01:CDS	35.0%
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!!!	TTGACGGTTTTTGATTTGCA+AGG	+	Chr8:34651088-34651107	MsG0880044037.01.T01:intron	35.0%
	ACCAAAGATCCCAACATCAT+AGG	-	Chr8:34652707-34652726	None:intergenic	40.0%
	ATACACACTAGAATGGGCAA+TGG	+	Chr8:34652274-34652293	MsG0880044037.01.T01:CDS	40.0%
	ATTCTTCTACCAGACCCAAA+TGG	-	Chr8:34652650-34652669	None:intergenic	40.0%
	ATTGAGGAAGCTGTCGATAT+TGG	+	Chr8:34650908-34650927	MsG0880044037.01.T01:CDS	40.0%
	CTAATAGCCAAAGGTAAACC+AGG	-	Chr8:34652677-34652696	None:intergenic	40.0%
	CTTGAACAAGTTGTTGGCAA+AGG	+	Chr8:34652344-34652363	MsG0880044037.01.T01:CDS	40.0%
	GCTTTGCGAGGTAATAACAA+GGG	-	Chr8:34652455-34652474	None:intergenic	40.0%
	GGCAACATTCTAATAGCCAA+AGG	-	Chr8:34652686-34652705	None:intergenic	40.0%
	GGGAGAGAATCATGCATATA+TGG	-	Chr8:34652864-34652883	None:intergenic	40.0%
	GTCTGCTGAGGATATTACAA+TGG	-	Chr8:34650645-34650664	None:intergenic	40.0%
	TCCAAAAGATGCACAAGTGT+TGG	+	Chr8:34652508-34652527	MsG0880044037.01.T01:CDS	40.0%
	TCTGGTAGAAGAATTTGTCC+TGG	+	Chr8:34652656-34652675	MsG0880044037.01.T01:CDS	40.0%
	TGCTTTGCGAGGTAATAACA+AGG	-	Chr8:34652456-34652475	None:intergenic	40.0%
	TTGGTTAATGCATGGGTGAT+TGG	+	Chr8:34652527-34652546	MsG0880044037.01.T01:CDS	40.0%
	TTGTGGTCATGATTGATGCA+CGG	-	Chr8:34651587-34651606	None:intergenic	40.0%
!	ACCAACACTTGTGCATCTTT+TGG	-	Chr8:34652512-34652531	None:intergenic	40.0%
!	AGATTTTGTGCATTCTGCTG+AGG	+	Chr8:34650985-34651004	MsG0880044037.01.T01:CDS	40.0%
!!	ACTATGGGCATTTTGAAAGG+CGG	-	Chr8:34652062-34652081	None:intergenic	40.0%
!!	ACTTGGTGTAACTGAGACAA+TGG	-	Chr8:34651952-34651971	None:intergenic	40.0%
!!	CACAAGTGTTGGTTAATGCA+TGG	+	Chr8:34652519-34652538	MsG0880044037.01.T01:CDS	40.0%
!!	TGTAACAAACCGGTACTGAT+CGG	-	Chr8:34651861-34651880	None:intergenic	40.0%
!!	TTCTTTTGCTATGTCTGCTG+AGG	-	Chr8:34650657-34650676	None:intergenic	40.0%
	AATCCTCTCTCAGAGTGTAG+TGG	-	Chr8:34652980-34652999	None:intergenic	45.0%
	ACATCAGTTTCTGCTTTGCG+AGG	-	Chr8:34652467-34652486	None:intergenic	45.0%
	ATCACACATGAGTGGTTGAG+TGG	+	Chr8:34651647-34651666	MsG0880044037.01.T01:intron	45.0%
	CGAGGTAATAACAAGGGAAC+TGG	-	Chr8:34652449-34652468	None:intergenic	45.0%
	GAAAGGTTGAAGTTGAGGGA+AGG	+	Chr8:34651174-34651193	MsG0880044037.01.T01:CDS	45.0%
	GAGCTTATTCCATTTGGGTC+TGG	+	Chr8:34652638-34652657	MsG0880044037.01.T01:CDS	45.0%
	GCCTATGATGTTGGGATCTT+TGG	+	Chr8:34652703-34652722	MsG0880044037.01.T01:CDS	45.0%
	GGTAATAACAAGGGAACTGG+TGG	-	Chr8:34652446-34652465	None:intergenic	45.0%
	TACTGATCGGGTGACTTTCT+CGG	-	Chr8:34651848-34651867	None:intergenic	45.0%
	TTGCTCTACGGCTACATTGT+GGG	-	Chr8:34652884-34652903	None:intergenic	45.0%
	TTTGCTCTACGGCTACATTG+TGG	-	Chr8:34652885-34652904	None:intergenic	45.0%
!	GACAGTCCGGTTTGATAGTA+AGG	-	Chr8:34650699-34650718	None:intergenic	45.0%
!	GTACTAGTCTATGGTGGAAG+TGG	-	Chr8:34651748-34651767	None:intergenic	45.0%
!	TGAGGAAGCTGGAGAGTATA+AGG	+	Chr8:34651003-34651022	MsG0880044037.01.T01:CDS	45.0%
!	TTGAAGTTGAGGGAAGGTAC+TGG	+	Chr8:34651180-34651199	MsG0880044037.01.T01:CDS	45.0%
!!	AGTTGGAGCACCGAATTTGT+CGG	+	Chr8:34651051-34651070	MsG0880044037.01.T01:intron	45.0%
!!	GGATGATGGGAAGATTGAGA+TGG	+	Chr8:34651251-34651270	MsG0880044037.01.T01:CDS	45.0%
!!	GTAACAAACCGGTACTGATC+GGG	-	Chr8:34651860-34651879	None:intergenic	45.0%
!!!	AATATATTAGATTTAATTTA+TGG	+	Chr8:34651369-34651388	MsG0880044037.01.T01:intron	5.0%
!!!	ATATATTAGATTTAATTTAT+GGG	+	Chr8:34651370-34651389	MsG0880044037.01.T01:intron	5.0%
	ACTATCAAACCGGACTGTCC+CGG	+	Chr8:34650700-34650719	MsG0880044037.01.T01:CDS	50.0%
	CGGGGAAAGGTTGAAGTTGA+GGG	+	Chr8:34651170-34651189	MsG0880044037.01.T01:CDS	50.0%
	GAAAGTCACCCGATCAGTAC+CGG	+	Chr8:34651849-34651868	MsG0880044037.01.T01:intron	50.0%
	GGTATCTTTAACCAGTGCCC+CGG	-	Chr8:34651412-34651431	None:intergenic	50.0%
	GTATCTTTAACCAGTGCCCC+GGG	-	Chr8:34651411-34651430	None:intergenic	50.0%
	TATCTTTAACCAGTGCCCCG+GGG	-	Chr8:34651410-34651429	None:intergenic	50.0%
	TCAGGAGATTTGTCGGGGAA+AGG	+	Chr8:34651157-34651176	MsG0880044037.01.T01:intron	50.0%
	TCGGGGAAAGGTTGAAGTTG+AGG	+	Chr8:34651169-34651188	MsG0880044037.01.T01:CDS	50.0%
	TTATGCGTGTTTCCCCACGT+TGG	+	Chr8:34650765-34650784	MsG0880044037.01.T01:CDS	50.0%
!	CAAAACTCTCGATTCGAGCC+AGG	+	Chr8:34650829-34650848	MsG0880044037.01.T01:CDS	50.0%
	GTGCATTCTGCTGAGGAAGC+TGG	+	Chr8:34650992-34651011	MsG0880044037.01.T01:CDS	55.0%
!	GCACCACTACACTCTGAGAG+AGG	+	Chr8:34652974-34652993	MsG0880044037.01.T01:three_prime_UTR	55.0%
!	TTGAGAACGGAGAGTGCGTC+CGG	-	Chr8:34650722-34650741	None:intergenic	55.0%
!!	TTCTAAGGTCGCGCCAACGT+GGG	-	Chr8:34650781-34650800	None:intergenic	55.0%
!!	TTTCTAAGGTCGCGCCAACG+TGG	-	Chr8:34650782-34650801	None:intergenic	55.0%
	ATTCGAGCCAGGCGCTAAGG+CGG	+	Chr8:34650840-34650859	MsG0880044037.01.T01:CDS	60.0%
	ATTTCCTCCGCCTTAGCGCC+TGG	-	Chr8:34650850-34650869	None:intergenic	60.0%
!	TCGATTCGAGCCAGGCGCTA+AGG	+	Chr8:34650837-34650856	MsG0880044037.01.T01:CDS	60.0%
!	TCTAAGGTCGCGCCAACGTG+GGG	-	Chr8:34650780-34650799	None:intergenic	60.0%
!	TGAGAACGGAGAGTGCGTCC+GGG	-	Chr8:34650721-34650740	None:intergenic	60.0%
	AGAGTGCGTCCGGGACAGTC+CGG	-	Chr8:34650712-34650731	None:intergenic	65.0%
	GGGTCATGTTAACCGGGCCC+CGG	+	Chr8:34651390-34651409	MsG0880044037.01.T01:intron	65.0%
	GGTCATGTTAACCGGGCCCC+GGG	+	Chr8:34651391-34651410	MsG0880044037.01.T01:intron	65.0%
	GTCATGTTAACCGGGCCCCG+GGG	+	Chr8:34651392-34651411	MsG0880044037.01.T01:intron	65.0%
	TTAACCAGTGCCCCGGGGCC+CGG	-	Chr8:34651405-34651424	None:intergenic	70.0%
	CGAGCCAGGCGCTAAGGCGG+AGG	+	Chr8:34650843-34650862	MsG0880044037.01.T01:CDS	75.0%
	TTAACCGGGCCCCGGGGCAC+TGG	+	Chr8:34651398-34651417	MsG0880044037.01.T01:intron	75.0%

Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
Chr8	gene	34650614	34653100	34650614	ID=MsG0880044037.01;Name=MsG0880044037.01
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Chr8	exon	34650614	34651068	34650614	ID=MsG0880044037.01.T01:exon:3636;Parent=MsG0880044037.01.T01
Chr8	CDS	34650614	34651068	34650614	ID=MsG0880044037.01.T01:cds;Parent=MsG0880044037.01.T01
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Chr8	CDS	34652242	34652856	34652242	ID=MsG0880044037.01.T01:cds;Parent=MsG0880044037.01.T01
Chr8	three_prime_UTR	34652857	34653100	34652857	ID=MsG0880044037.01.T01:three_prime_utr;Parent=MsG0880044037.01.T01

Gene Sequence

>MsG0880044037.01.T01

ATGACACTAAAGTTAGGCCAAGTAACAACCATTGTAATATCCTCAGCAGACATAGCAAAAGAAGTTCTACAAACACATGACACCTTACTATCAAACCGGACTGTCCCGGACGCACTCTCCGTTCTCAACCATGATCAATATAGTTTGTCATTTATGCGTGTTTCCCCACGTTGGCGCGACCTTAGAAAAATTTGCAATAACCAGTTGTTTTCAAACAAAACTCTCGATTCGAGCCAGGCGCTAAGGCGGAGGAAATTACAAGACCTCTTAGATGACATCAAAAAGTGTAGCGAAATTGAGGAAGCTGTCGATATTGGAAGAGTTGCTTTCATGACGACGATTAATTTGTTGTCGAATACTTTTTTCTCGGCAGATTTTGTGCATTCTGCTGAGGAAGCTGGAGAGTATAAGGAGATTGTTGTGAGTATATTGAAGGAAGTTGGAGCACCGAATTTGAGATTTGTCGGGGAAAGGTTGAAGTTGAGGGAAGGTACTGGTTCTATTGAGAATGATGATGTTCTAGATGCTTTGCTCAATATTTCTTTGGATGATGGGAAGATTGAGATGGATAAAGATGAGATTGAACATTTATTGCTGAACATATTTGTTGCAGGAACAGACACAACAACATACACACTAGAATGGGCAATGGCAGAGTTAATGCACAATCCAGAAATCATGTCAAAAGTACAAAAAGAACTTGAACAAGTTGTTGGCAAAGGTATTCCAATACAAGAAACAGACATAGCTAAGTTACCATACATGCAAGCAGTTATAAAAGAAACATTTCGTTTACATCCACCAGTTCCCTTGTTATTACCTCGCAAAGCAGAAACTGATGTTGAAATTGGTGACTACATTATTCCAAAAGATGCACAAGTGTTGGTTAATGCATGGGTGATTGGTAGAGACCCAAATAAATGGGATAATGCTAATGTTTTTGTACCAGAAAGATTTTTGGACAGTGAAATTGATGTTAAAGGACATCATTTTGAGCTTATTCCATTTGGGTCTGGTAGAAGAATTTGTCCTGGTTTACCTTTGGCTATTAGAATGTTGCCTATGATGTTGGGATCTTTGGTTAATTGCTTTGATTGGAAACTTGAAAATGGATTGAACATTGATGATTTGAATAAAGAAGATGAATATGGGATTACTTTGGAAAAATCTCAACCTGTGAGAATTGTTCCAATCAAATTGACTATACAATAA

Protein sequence

>MsG0880044037.01.T01

MTLKLGQVTTIVISSADIAKEVLQTHDTLLSNRTVPDALSVLNHDQYSLSFMRVSPRWRDLRKICNNQLFSNKTLDSSQALRRRKLQDLLDDIKKCSEIEEAVDIGRVAFMTTINLLSNTFFSADFVHSAEEAGEYKEIVVSILKEVGAPNLRFVGERLKLREGTGSIENDDVLDALLNISLDDGKIEMDKDEIEHLLLNIFVAGTDTTTYTLEWAMAELMHNPEIMSKVQKELEQVVGKGIPIQETDIAKLPYMQAVIKETFRLHPPVPLLLPRKAETDVEIGDYIIPKDAQVLVNAWVIGRDPNKWDNANVFVPERFLDSEIDVKGHHFELIPFGSGRRICPGLPLAIRMLPMMLGSLVNCFDWKLENGLNIDDLNKEDEYGITLEKSQPVRIVPIKLTIQ*