AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180005894.01

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MsG0180005894.01.T01 AT5G24080 44.037 218 109 6 1 214 606 814 8.40e-53 182
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MsG0180005894.01.T01 AT5G45780 35.514 214 124 5 1 209 376 580 8.39e-31 119
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MsG0180005894.01.T01 AT1G34110 34.928 209 113 7 2 201 855 1049 2.31e-30 118
MsG0180005894.01.T01 AT1G70520 36.486 222 125 7 1 214 401 614 2.89e-30 118
MsG0180005894.01.T01 AT1G21590 33.175 211 133 4 1 209 484 688 2.93e-30 118
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MsG0180005894.01.T01 AT1G31420 33.032 221 135 6 1 220 382 590 2.53e-28 112
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MsG0180005894.01.T01 AT5G63710 38.660 194 110 4 17 204 375 565 6.90e-28 111
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MsG0180005894.01.T01 AT5G60080 34.513 226 132 8 1 216 150 369 1.87e-27 108
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MsG0180005894.01.T01 AT1G29740 36.898 187 111 4 18 201 765 947 2.18e-27 110
MsG0180005894.01.T01 AT3G09010 36.813 182 106 5 23 201 141 316 2.31e-27 108
MsG0180005894.01.T01 AT1G78530 45.802 131 61 3 1 131 151 271 2.31e-27 106
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MsG0180005894.01.T01 AT1G29740 36.898 187 111 4 18 201 765 947 2.64e-27 109
MsG0180005894.01.T01 AT1G11330 33.023 215 137 4 1 214 600 808 2.71e-27 109
MsG0180005894.01.T01 AT4G29050 33.945 218 117 7 1 207 435 636 2.91e-27 109
MsG0180005894.01.T01 AT5G07180 33.663 202 122 6 1 201 631 821 3.07e-27 109
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MsG0180005894.01.T01 AT5G65700 32.558 215 129 5 1 212 772 973 3.38e-27 109
MsG0180005894.01.T01 AT4G21410 34.177 237 137 10 1 228 308 534 3.55e-27 108
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MsG0180005894.01.T01 AT1G66460 30.986 213 127 6 3 203 209 413 5.27e-27 107
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MsG0180005894.01.T01 AT4G23190 32.870 216 135 5 3 214 428 637 8.93e-27 108
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MsG0180005894.01.T01 AT4G28650 34.951 206 120 6 1 201 780 976 1.04e-26 108
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MsG0180005894.01.T01 AT3G45440 33.945 218 126 8 1 213 418 622 1.28e-26 107
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MsG0180005894.01.T01 AT2G18470 34.978 223 125 8 1 214 360 571 1.67e-26 107
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MsG0180005894.01.T01 AT2G28250 35.577 208 116 6 9 201 288 492 3.72e-26 106
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MsG0180005894.01.T01 AT2G28250 35.577 208 116 6 9 201 288 492 3.72e-26 106
MsG0180005894.01.T01 AT2G28250 35.577 208 116 6 9 201 288 492 3.72e-26 106
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MsG0180005894.01.T01 AT3G17420 32.039 206 127 6 1 202 230 426 1.84e-25 103
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MsG0180005894.01.T01 AT4G35600 33.484 221 121 8 1 212 173 376 2.33e-25 102
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MsG0180005894.01.T01 AT5G37450 33.040 227 120 8 1 215 707 913 3.29e-25 103
MsG0180005894.01.T01 AT5G37450 33.040 227 120 8 1 215 731 937 3.57e-25 103
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MsG0180005894.01.T01 AT1G48210 32.895 228 138 5 2 223 144 362 5.46e-25 101
MsG0180005894.01.T01 AT1G48210 32.895 228 138 5 2 223 144 362 5.46e-25 101
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MsG0180005894.01.T01 AT1G07570 34.466 206 123 6 1 202 154 351 2.55e-24 100
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MsG0180005894.01.T01 AT2G42960 31.250 208 122 6 3 202 261 455 2.88e-24 100
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MsG0180005894.01.T01 AT1G55200 33.962 212 126 7 3 210 457 658 3.19e-24 100
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MsG0180005894.01.T01 AT1G61430 31.193 218 136 6 1 214 542 749 5.19e-24 100
MsG0180005894.01.T01 AT1G61430 31.193 218 136 6 1 214 542 749 5.19e-24 100
MsG0180005894.01.T01 AT1G70460 32.536 209 124 7 1 202 429 627 5.20e-24 100
MsG0180005894.01.T01 AT1G61440 30.631 222 132 6 1 214 584 791 5.26e-24 100
MsG0180005894.01.T01 AT4G21380 29.864 221 139 5 1 214 602 813 5.40e-24 100
MsG0180005894.01.T01 AT1G61440 30.222 225 135 6 1 217 554 764 5.52e-24 100
MsG0180005894.01.T01 AT2G02220 32.727 220 107 7 1 202 810 1006 5.70e-24 100
MsG0180005894.01.T01 AT1G61440 30.222 225 135 6 1 217 559 769 5.85e-24 100
MsG0180005894.01.T01 AT4G00960 40.972 144 67 5 1 134 132 267 5.91e-24 97.1
MsG0180005894.01.T01 AT1G61430 31.193 218 136 6 1 214 565 772 5.97e-24 100
MsG0180005894.01.T01 AT1G61480 31.193 218 132 5 3 214 574 779 6.59e-24 100
MsG0180005894.01.T01 AT1G26970 32.367 207 122 7 1 202 55 248 6.67e-24 97.1
MsG0180005894.01.T01 AT4G01330 32.558 215 112 8 3 203 240 435 7.24e-24 99.4
MsG0180005894.01.T01 AT4G01330 32.558 215 112 8 3 203 240 435 7.56e-24 99.4
MsG0180005894.01.T01 AT1G68690 35.294 187 109 6 23 202 469 650 7.61e-24 99.8
MsG0180005894.01.T01 AT1G68690 35.294 187 109 6 23 202 469 650 7.61e-24 99.8
MsG0180005894.01.T01 AT1G68690 35.294 187 109 6 23 202 469 650 7.61e-24 99.8
MsG0180005894.01.T01 AT1G61400 33.333 225 130 7 1 214 576 791 7.63e-24 99.8
MsG0180005894.01.T01 AT1G61550 32.727 220 130 5 1 214 565 772 7.66e-24 99.8
MsG0180005894.01.T01 AT4G04570 40.876 137 73 3 1 136 424 553 8.61e-24 99.4
MsG0180005894.01.T01 AT5G48380 32.719 217 126 8 1 203 378 588 8.78e-24 99.4
MsG0180005894.01.T01 AT5G60270 31.481 216 133 6 1 213 420 623 8.85e-24 99.4
MsG0180005894.01.T01 AT1G61390 31.163 215 140 4 3 217 598 804 9.00e-24 99.8
MsG0180005894.01.T01 AT1G61390 31.163 215 140 4 3 217 430 636 9.44e-24 99.4
MsG0180005894.01.T01 AT5G54380 30.806 211 136 4 1 209 586 788 9.51e-24 99.4
MsG0180005894.01.T01 AT2G32800 30.120 249 145 8 1 224 195 439 1.03e-23 99.4
MsG0180005894.01.T01 AT2G32800 27.320 194 132 3 23 209 629 820 1.63e-17 81.3
MsG0180005894.01.T01 AT3G28690 35.096 208 117 8 1 202 112 307 1.04e-23 97.8
MsG0180005894.01.T01 AT2G24130 33.632 223 113 8 1 198 753 965 1.07e-23 99.4
MsG0180005894.01.T01 AT3G17410 33.772 228 136 5 2 223 145 363 1.10e-23 97.8
MsG0180005894.01.T01 AT3G17410 33.772 228 136 5 2 223 145 363 1.10e-23 97.8
MsG0180005894.01.T01 AT1G61490 32.367 207 123 4 1 201 566 761 1.10e-23 99.4
MsG0180005894.01.T01 AT1G61490 32.367 207 123 4 1 201 566 761 1.10e-23 99.4
MsG0180005894.01.T01 AT1G61490 32.367 207 123 4 1 201 566 761 1.10e-23 99.4
MsG0180005894.01.T01 AT1G61490 32.367 207 123 4 1 201 566 761 1.10e-23 99.4
MsG0180005894.01.T01 AT3G20530 45.038 131 67 3 1 130 159 285 1.12e-23 96.7
MsG0180005894.01.T01 AT5G35580 32.683 205 126 5 1 202 159 354 1.16e-23 99.0
MsG0180005894.01.T01 AT1G26970 32.367 207 122 7 1 202 170 363 1.16e-23 98.2
MsG0180005894.01.T01 AT2G24130 33.632 223 113 8 1 198 738 950 1.17e-23 99.4
MsG0180005894.01.T01 AT5G35580 32.683 205 126 5 1 202 171 366 1.19e-23 99.0
MsG0180005894.01.T01 AT4G35030 32.178 202 126 6 4 201 183 377 1.19e-23 98.6
MsG0180005894.01.T01 AT4G35030 32.178 202 126 6 4 201 183 377 1.19e-23 98.6
MsG0180005894.01.T01 AT4G35030 32.178 202 126 6 4 201 183 377 1.19e-23 98.6
MsG0180005894.01.T01 AT4G35030 32.178 202 126 6 4 201 183 377 1.19e-23 98.6

Find 40 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 54 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TGTCCCAAAATTTCAGATTT+TGG 0.121108 1:+97222018 MsG0180005894.01.T01:CDS
AAGTCCAAAATCTGAAATTT+TGG 0.168965 1:-97222022 None:intergenic
GAAAGCATTGTATCTATATT+TGG 0.199236 1:+97222066 MsG0180005894.01.T01:CDS
GAGTTGTTCTCCAGACATTT+TGG 0.298443 1:+97222120 MsG0180005894.01.T01:CDS
AAATGACAGTGGTGAGTTTA+TGG 0.304569 1:+97222343 MsG0180005894.01.T01:CDS
TCCACTACTTTATGCATTGC+TGG 0.312014 1:-97222393 None:intergenic
CAAGCGTCTTGAATTGAATC+AGG 0.341386 1:+97222269 MsG0180005894.01.T01:CDS
CTTGAATTGAATCAGGATCT+TGG 0.361067 1:+97222276 MsG0180005894.01.T01:CDS
TGGTCGAAGAAAGAACATTA+AGG 0.390408 1:+97222200 MsG0180005894.01.T01:CDS
TGTTGATGGAGAAGACAAAA+AGG 0.391048 1:-97222460 None:intergenic
GTGGTATTTCTAGCACTTGA+AGG 0.391541 1:-97222431 None:intergenic
AAATGAAATCGATGAAGAAA+TGG 0.408910 1:+97222314 MsG0180005894.01.T01:CDS
AAATCAGATGTCTACAGTTA+TGG 0.433327 1:+97222156 MsG0180005894.01.T01:CDS
ATATACGAATTCATGCCTAA+TGG 0.448148 1:+97221808 None:intergenic
TCATCTAGTAATATATTATG+AGG 0.462414 1:-97221988 None:intergenic
ATTGAGGGATGATCGCCAAT+TGG 0.476605 1:+97221867 MsG0180005894.01.T01:CDS
TGACACCCCACCAAAATGTC+TGG 0.482120 1:-97222130 None:intergenic
TGTCTACAGTTATGGAATGA+TGG 0.493827 1:+97222164 MsG0180005894.01.T01:CDS
TGCATTGCTGGTCGATGTGA+AGG 0.500642 1:-97222381 None:intergenic
GCATAAAGTAGTGGAAATGT+TGG 0.506389 1:+97222401 MsG0180005894.01.T01:CDS
AGTTGGCGTTGCTCGTGGAT+TGG 0.512014 1:+97221915 MsG0180005894.01.T01:CDS
AACTCTGGAGCAATATATCC+TGG 0.517007 1:-97222102 None:intergenic
ACATTGTATGATATTGCAGT+TGG 0.517562 1:+97221898 MsG0180005894.01.T01:CDS
TGTATCTATATTTGGTGCAA+GGG 0.527143 1:+97222074 MsG0180005894.01.T01:CDS
AAATGTCTGGAGAACAACTC+TGG 0.527828 1:-97222117 None:intergenic
TGAATCAGGATCTTGGACTC+AGG 0.539222 1:+97222283 MsG0180005894.01.T01:CDS
TTGTATCTATATTTGGTGCA+AGG 0.548449 1:+97222073 MsG0180005894.01.T01:CDS
ATTGCAGTTGGCGTTGCTCG+TGG 0.557402 1:+97221910 MsG0180005894.01.T01:CDS
AATTGGCGATCATCCCTCAA+TGG 0.566371 1:-97221865 None:intergenic
AGATCGATAGGTGATGTTGA+TGG 0.566683 1:-97222474 None:intergenic
ATTTAAGATGATAGATCGAT+AGG 0.572431 1:-97222486 None:intergenic
AAAGTAGTGGAAATGTTGGA+AGG 0.582199 1:+97222405 MsG0180005894.01.T01:CDS
GTATCTATATTTGGTGCAAG+GGG 0.607624 1:+97222075 MsG0180005894.01.T01:CDS
TTTGGTGCAAGGGGAACACC+AGG 0.609010 1:+97222084 MsG0180005894.01.T01:CDS
AAGTAGTGGAAATGTTGGAA+GGG 0.610087 1:+97222406 MsG0180005894.01.T01:CDS
ACCAGCAATGCATAAAGTAG+TGG 0.615560 1:+97222392 MsG0180005894.01.T01:CDS
AACTTCTCAAGAGATCCATT+AGG 0.631628 1:-97221823 None:intergenic
GCATTGCTGGTCGATGTGAA+GGG 0.685102 1:-97222380 None:intergenic
AGACGCTTGTAAATCCAGTG+TGG 0.707376 1:-97222255 None:intergenic
GGATTGGAGTACTTGCACAG+AGG 0.709024 1:+97221931 MsG0180005894.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TCATCTAGTAATATATTATG+AGG - Chr1:97221991-97222010 None:intergenic 20.0%
! AAATGAAATCGATGAAGAAA+TGG + Chr1:97222314-97222333 MsG0180005894.01.T01:CDS 25.0%
!!! AAGTCCAAAATCTGAAATTT+TGG - Chr1:97222025-97222044 None:intergenic 25.0%
!!! AGTCCAAAATCTGAAATTTT+GGG - Chr1:97222024-97222043 None:intergenic 25.0%
!!! GAAAGCATTGTATCTATATT+TGG + Chr1:97222066-97222085 MsG0180005894.01.T01:CDS 25.0%
AAATCAGATGTCTACAGTTA+TGG + Chr1:97222156-97222175 MsG0180005894.01.T01:CDS 30.0%
AATGGTAAGAAAAATGACAG+TGG + Chr1:97222332-97222351 MsG0180005894.01.T01:CDS 30.0%
ACATTGTATGATATTGCAGT+TGG + Chr1:97221898-97221917 MsG0180005894.01.T01:CDS 30.0%
ATGAAGAGAAAAATCCATTG+AGG + Chr1:97221851-97221870 MsG0180005894.01.T01:CDS 30.0%
TGAAGAGAAAAATCCATTGA+GGG + Chr1:97221852-97221871 MsG0180005894.01.T01:CDS 30.0%
! ACAATGTTTTGCAATCCAAT+TGG - Chr1:97221885-97221904 None:intergenic 30.0%
! TGTCCCAAAATTTCAGATTT+TGG + Chr1:97222018-97222037 MsG0180005894.01.T01:CDS 30.0%
!! TGTATCTATATTTGGTGCAA+GGG + Chr1:97222074-97222093 MsG0180005894.01.T01:CDS 30.0%
!! TTGTATCTATATTTGGTGCA+AGG + Chr1:97222073-97222092 MsG0180005894.01.T01:CDS 30.0%
!!! ATGATGGTTTTAGAAATGGT+TGG + Chr1:97222180-97222199 MsG0180005894.01.T01:CDS 30.0%
!!! TGGAATGATGGTTTTAGAAA+TGG + Chr1:97222176-97222195 MsG0180005894.01.T01:CDS 30.0%
AAATGACAGTGGTGAGTTTA+TGG + Chr1:97222343-97222362 MsG0180005894.01.T01:CDS 35.0%
AACTTCTCAAGAGATCCATT+AGG - Chr1:97221826-97221845 None:intergenic 35.0%
CTTGAATTGAATCAGGATCT+TGG + Chr1:97222276-97222295 MsG0180005894.01.T01:CDS 35.0%
TGGTCGAAGAAAGAACATTA+AGG + Chr1:97222200-97222219 MsG0180005894.01.T01:CDS 35.0%
TGTCTACAGTTATGGAATGA+TGG + Chr1:97222164-97222183 MsG0180005894.01.T01:CDS 35.0%
! AAAGTAGTGGAAATGTTGGA+AGG + Chr1:97222405-97222424 MsG0180005894.01.T01:CDS 35.0%
! AAGTAGTGGAAATGTTGGAA+GGG + Chr1:97222406-97222425 MsG0180005894.01.T01:CDS 35.0%
! GATACAATGCTTTCTTTTCG+TGG - Chr1:97222060-97222079 None:intergenic 35.0%
! GCATAAAGTAGTGGAAATGT+TGG + Chr1:97222401-97222420 MsG0180005894.01.T01:CDS 35.0%
! GTTGATGGAGAAGACAAAAA+GGG - Chr1:97222462-97222481 None:intergenic 35.0%
! TGTTGATGGAGAAGACAAAA+AGG - Chr1:97222463-97222482 None:intergenic 35.0%
!! GTATCTATATTTGGTGCAAG+GGG + Chr1:97222075-97222094 MsG0180005894.01.T01:CDS 35.0%
AAATGTCTGGAGAACAACTC+TGG - Chr1:97222120-97222139 None:intergenic 40.0%
ACCAGCAATGCATAAAGTAG+TGG + Chr1:97222392-97222411 MsG0180005894.01.T01:CDS 40.0%
AGATCGATAGGTGATGTTGA+TGG - Chr1:97222477-97222496 None:intergenic 40.0%
CAAGCGTCTTGAATTGAATC+AGG + Chr1:97222269-97222288 MsG0180005894.01.T01:CDS 40.0%
GGAGAAGACAAAAAGGGTTT+GGG - Chr1:97222456-97222475 None:intergenic 40.0%
TCCACTACTTTATGCATTGC+TGG - Chr1:97222396-97222415 None:intergenic 40.0%
TGGAGAAGACAAAAAGGGTT+TGG - Chr1:97222457-97222476 None:intergenic 40.0%
! GAGTTGTTCTCCAGACATTT+TGG + Chr1:97222120-97222139 MsG0180005894.01.T01:CDS 40.0%
! GCGAGTTATATTTTCCACAC+TGG + Chr1:97222241-97222260 MsG0180005894.01.T01:CDS 40.0%
! TTGTTCTCCAGACATTTTGG+TGG + Chr1:97222123-97222142 MsG0180005894.01.T01:CDS 40.0%
!! AACTCTGGAGCAATATATCC+TGG - Chr1:97222105-97222124 None:intergenic 40.0%
!! GTGGTATTTCTAGCACTTGA+AGG - Chr1:97222434-97222453 None:intergenic 40.0%
!! TGTTCTCCAGACATTTTGGT+GGG + Chr1:97222124-97222143 MsG0180005894.01.T01:CDS 40.0%
AATTGGCGATCATCCCTCAA+TGG - Chr1:97221868-97221887 None:intergenic 45.0%
AGACGCTTGTAAATCCAGTG+TGG - Chr1:97222258-97222277 None:intergenic 45.0%
ATTGAGGGATGATCGCCAAT+TGG + Chr1:97221867-97221886 MsG0180005894.01.T01:CDS 45.0%
GAAGACAAAAAGGGTTTGGG+TGG - Chr1:97222453-97222472 None:intergenic 45.0%
TGAATCAGGATCTTGGACTC+AGG + Chr1:97222283-97222302 MsG0180005894.01.T01:CDS 45.0%
!! GTTCTCCAGACATTTTGGTG+GGG + Chr1:97222125-97222144 MsG0180005894.01.T01:CDS 45.0%
GCATTGCTGGTCGATGTGAA+GGG - Chr1:97222383-97222402 None:intergenic 50.0%
TGACACCCCACCAAAATGTC+TGG - Chr1:97222133-97222152 None:intergenic 50.0%
TGCATTGCTGGTCGATGTGA+AGG - Chr1:97222384-97222403 None:intergenic 50.0%
! GGATTGGAGTACTTGCACAG+AGG + Chr1:97221931-97221950 MsG0180005894.01.T01:CDS 50.0%
AGTTGGCGTTGCTCGTGGAT+TGG + Chr1:97221915-97221934 MsG0180005894.01.T01:CDS 55.0%
ATTGCAGTTGGCGTTGCTCG+TGG + Chr1:97221910-97221929 MsG0180005894.01.T01:CDS 55.0%
! TTTGGTGCAAGGGGAACACC+AGG + Chr1:97222084-97222103 MsG0180005894.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 97221820 97222506 97221820 ID=MsG0180005894.01;Name=MsG0180005894.01
Chr1 mRNA 97221820 97222506 97221820 ID=MsG0180005894.01.T01;Parent=MsG0180005894.01;Name=MsG0180005894.01.T01;_AED=0.49;_eAED=0.49;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|228
Chr1 exon 97221820 97222506 97221820 ID=MsG0180005894.01.T01:exon:50642;Parent=MsG0180005894.01.T01
Chr1 CDS 97221820 97222506 97221820 ID=MsG0180005894.01.T01:cds;Parent=MsG0180005894.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180005894.01.T01

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Protein sequence

>MsG0180005894.01.T01

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