AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880042434.01


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MsG0880042434.01.T01 AT5G46490 38.693 199 115 4 14 211 65 257 1.39e-31 128
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MsG0880042434.01.T01 AT4G19520 30.052 193 115 6 19 207 6 182 4.88e-16 82.0
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MsG0880042434.01.T01 AT1G51270 32.484 157 103 3 17 173 357 510 1.58e-19 92.0
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MsG0880042434.01.T01 AT5G44920 32.778 180 105 5 20 186 13 189 1.37e-17 82.8
MsG0880042434.01.T01 AT1G60320 35.714 140 86 3 20 159 26 161 2.81e-17 79.7
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MsG0880042434.01.T01 AT5G44910 32.317 164 104 3 20 180 13 172 7.15e-17 80.5
MsG0880042434.01.T01 AT4G12020 26.275 255 144 9 18 257 668 893 1.30e-16 83.6
MsG0880042434.01.T01 AT4G12020 26.275 255 144 9 18 257 668 893 1.62e-16 83.6
MsG0880042434.01.T01 AT4G12020 26.275 255 144 9 18 257 668 893 1.62e-16 83.6
MsG0880042434.01.T01 AT4G12020 26.275 255 144 9 18 257 668 893 1.72e-16 83.2
MsG0880042434.01.T01 AT4G12020 26.275 255 144 9 18 257 668 893 1.76e-16 83.2
MsG0880042434.01.T01 AT4G12020 26.275 255 144 9 18 257 668 893 1.84e-16 83.2
MsG0880042434.01.T01 AT4G12020 26.275 255 144 9 18 257 668 893 1.84e-16 83.2
MsG0880042434.01.T01 AT4G12020 26.275 255 144 9 18 257 601 826 1.85e-16 83.2
MsG0880042434.01.T01 AT4G12020 26.275 255 144 9 18 257 668 893 1.90e-16 83.2
MsG0880042434.01.T01 AT4G12020 26.275 255 144 9 18 257 668 893 1.95e-16 83.2
MsG0880042434.01.T01 AT4G12020 26.275 255 144 9 18 257 668 893 1.95e-16 83.2
MsG0880042434.01.T01 AT4G09420 29.870 231 121 8 17 218 11 229 5.27e-15 77.4
MsG0880042434.01.T01 AT5G44920 34.815 135 77 3 20 145 13 145 7.32e-15 74.7
MsG0880042434.01.T01 AT5G45210 28.497 193 118 8 19 207 8 184 1.06e-14 77.0
MsG0880042434.01.T01 AT5G45210 28.497 193 118 8 19 207 36 212 1.17e-14 76.6
MsG0880042434.01.T01 AT5G45210 28.497 193 118 8 19 207 27 203 1.29e-14 77.0
MsG0880042434.01.T01 AT5G50740 31.472 197 90 5 286 476 132 289 1.30e-14 74.7
MsG0880042434.01.T01 AT5G45210 28.497 193 118 8 19 207 36 212 1.41e-14 77.0
MsG0880042434.01.T01 AT5G45210 28.497 193 118 8 19 207 36 212 2.39e-14 75.9
MsG0880042434.01.T01 AT1G57850 34.746 118 72 2 51 165 27 142 2.71e-14 70.5
MsG0880042434.01.T01 AT1G52900 30.345 145 86 2 15 159 35 164 4.28e-14 71.2
MsG0880042434.01.T01 AT4G23510 29.787 188 115 5 10 184 4 187 4.58e-14 75.1
MsG0880042434.01.T01 AT4G23510 29.787 188 115 5 10 184 4 187 4.69e-14 75.1
MsG0880042434.01.T01 AT4G23510 29.787 188 115 5 10 184 4 187 5.12e-14 75.1
MsG0880042434.01.T01 AT5G63530 48.276 58 30 0 293 350 164 221 2.49e-12 68.6
MsG0880042434.01.T01 AT5G63530 48.276 58 30 0 293 350 179 236 2.75e-12 68.6
MsG0880042434.01.T01 AT2G14080 38.583 127 63 6 99 218 3 121 4.96e-12 68.9
MsG0880042434.01.T01 AT1G61105 32.673 101 64 1 19 119 30 126 8.72e-12 64.3
MsG0880042434.01.T01 AT4G16930 36.420 162 83 9 107 265 2 146 2.22e-11 62.4
MsG0880042434.01.T01 AT4G19925 31.250 176 109 5 13 177 7 181 3.57e-11 63.9
MsG0880042434.01.T01 AT2G17050 32.394 213 120 11 18 218 1156 1356 4.93e-11 65.9
MsG0880042434.01.T01 AT3G51560 28.125 192 111 6 19 207 6 173 5.49e-11 65.9
MsG0880042434.01.T01 AT2G17050 32.394 213 120 11 18 218 1125 1325 5.89e-11 65.9

Find 87 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 149 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AGTTCTACTGTTTCTGTTTC+TGG 0.023246 8:+8659909 None:intergenic
ATTAGAAAACTTTCTAATTT+TGG 0.109783 8:-8660444 MsG0880042434.01.T01:CDS
CACAACCTGTTCCACTTTCT+TGG 0.115247 8:+8660278 None:intergenic
AGCACCACACTCTTCTTTCT+TGG 0.210437 8:+8659230 None:intergenic
TCCTATTTGAAGAGACAATT+TGG 0.219037 8:+8661214 None:intergenic
AAAATGGCATTGTTGTCTTC+AGG 0.269785 8:-8661104 MsG0880042434.01.T01:CDS
TCTGGTTCAGGTTCCGGTTT+AGG 0.274458 8:+8659456 None:intergenic
GATGATATAAACCTCGAAAA+AGG 0.290364 8:-8661081 MsG0880042434.01.T01:CDS
AGAGATTGGCTACTTGTGTT+AGG 0.293373 8:+8660782 None:intergenic
CACATGGTGCTTGCAAGAAT+TGG 0.321844 8:-8660974 MsG0880042434.01.T01:CDS
TCCAAATTGTCTCTTCAAAT+AGG 0.341609 8:-8661215 MsG0880042434.01.T01:CDS
GGACTCACATCATAGAAAAT+AGG 0.345803 8:+8660907 None:intergenic
AACAAATTATACCTCTCATT+TGG 0.349504 8:+8659832 None:intergenic
TATGAAATGCTGCATGCATT+AGG 0.356350 8:+8659096 None:intergenic
CATGATTTGTTCAAAGAACT+TGG 0.363642 8:-8660335 MsG0880042434.01.T01:CDS
TCTCTTCAAATAGGAGGAAA+TGG 0.385259 8:-8661206 MsG0880042434.01.T01:CDS
TTAACTTCTTCTTCATCTGC+AGG 0.402964 8:+8659399 None:intergenic
ACTTTACCTGGTGATATAGT+TGG 0.407047 8:-8660488 MsG0880042434.01.T01:CDS
GAGATTCAAAGGAAACTTAG+AGG 0.418605 8:-8660827 MsG0880042434.01.T01:CDS
TTATGTGATTGAACCCGCTC+GGG 0.418911 8:-8659145 MsG0880042434.01.T01:CDS
CAAGAAAGTGGAACAGGTTG+TGG 0.429983 8:-8660277 MsG0880042434.01.T01:CDS
GGGTGAAAATAAAGAAGAAA+TGG 0.433617 8:-8659277 MsG0880042434.01.T01:CDS
CTTTACCTGGTGATATAGTT+GGG 0.441743 8:-8660487 MsG0880042434.01.T01:CDS
CTCTCTTCATGCTCAAGAAA+GGG 0.447122 8:+8660847 None:intergenic
AATAAAACTGCAACTTTACC+TGG 0.448760 8:-8660500 MsG0880042434.01.T01:CDS
GGTGAAAATAAAGAAGAAAT+GGG 0.451869 8:-8659276 MsG0880042434.01.T01:CDS
CATATCCCAACCAGAGAGAT+TGG 0.455075 8:+8660768 None:intergenic
AAAGAAGAAGAAAACAAAGA+AGG 0.455499 8:-8659429 MsG0880042434.01.T01:CDS
AAGAACCAAGAAAGTGGAAC+AGG 0.455499 8:-8660283 MsG0880042434.01.T01:CDS
TCTCTCTTCATGCTCAAGAA+AGG 0.457316 8:+8660846 None:intergenic
AAATGGCATTGTTGTCTTCA+GGG 0.460206 8:-8661103 MsG0880042434.01.T01:CDS
GAACAGTTTGTCCTTGTACA+TGG 0.465453 8:+8660932 None:intergenic
GAGATTGGCTACTTGTGTTA+GGG 0.469506 8:+8660783 None:intergenic
AGTTGGGATGCACTCACAAA+TGG 0.476603 8:-8660471 MsG0880042434.01.T01:CDS
ACTTAGAGGTAGTGCAAAGA+TGG 0.480924 8:-8660813 MsG0880042434.01.T01:CDS
AGTAGCCAATCTCTCTGGTT+GGG 0.485651 8:-8660773 MsG0880042434.01.T01:CDS
GTTTGCTTTCGTACCTCAGA+TGG 0.499135 8:+8660886 None:intergenic
GTGAAAATAAAGAAGAAATG+GGG 0.500038 8:-8659275 MsG0880042434.01.T01:CDS
TCTCTCTGGTTGGGATATGA+AGG 0.503088 8:-8660764 MsG0880042434.01.T01:CDS
CAATCAAAGAACCAAGAAAG+TGG 0.508294 8:-8660289 MsG0880042434.01.T01:CDS
ACACAAGTAGCCAATCTCTC+TGG 0.509500 8:-8660778 MsG0880042434.01.T01:CDS
TCATTCATAACCAGCGAGAT+GGG 0.510044 8:-8660371 MsG0880042434.01.T01:CDS
CAATGTTATCTCAGAAAACA+TGG 0.517879 8:-8660237 MsG0880042434.01.T01:intron
TTTATGTGATTGAACCCGCT+CGG 0.520059 8:-8659146 MsG0880042434.01.T01:CDS
ATCATTCATAACCAGCGAGA+TGG 0.520846 8:-8660372 MsG0880042434.01.T01:CDS
GCGGGTTCAATCACATAAAG+TGG 0.524735 8:+8659150 None:intergenic
AAACCAACAGAGGAACCAAA+GGG 0.530238 8:-8659300 MsG0880042434.01.T01:CDS
ACAAGGAAAGTAACTGTGAC+AGG 0.548680 8:-8659546 MsG0880042434.01.T01:CDS
GAGCATGAAGAGAGATTCAA+AGG 0.549092 8:-8660838 MsG0880042434.01.T01:CDS
GAAACCAACAGAGGAACCAA+AGG 0.552749 8:-8659301 MsG0880042434.01.T01:CDS
AGAGGTAGTGCAAAGATGGA+GGG 0.552808 8:-8660809 MsG0880042434.01.T01:CDS
AAGTAGCCAATCTCTCTGGT+TGG 0.554021 8:-8660774 MsG0880042434.01.T01:CDS
AGCACAAGCCTCACAATGCA+TGG 0.559559 8:+8659878 None:intergenic
TCTGAGGTACGAAAGCAAAC+CGG 0.561191 8:-8660883 MsG0880042434.01.T01:CDS
GTTAAGCCAGAAGAGAATGA+AGG 0.561546 8:-8659381 MsG0880042434.01.T01:CDS
ACAAATTCTCCCCATCTCGC+TGG 0.562429 8:+8660361 None:intergenic
AAGAAAGTGGAACAGGTTGT+GGG 0.571504 8:-8660276 MsG0880042434.01.T01:CDS
CTATGATGTGAGTCCATCTG+AGG 0.579561 8:-8660899 MsG0880042434.01.T01:CDS
AATAGTTGAGGACCCCGAGC+GGG 0.580815 8:+8659132 None:intergenic
AAAATTATGCTTCTTCCACA+TGG 0.585964 8:-8660990 MsG0880042434.01.T01:CDS
GCTGATTGCATCCATGTACA+AGG 0.587055 8:-8660943 MsG0880042434.01.T01:CDS
TAGAGGTAGTGCAAAGATGG+AGG 0.594019 8:-8660810 MsG0880042434.01.T01:CDS
GATGTGTTTGTGAGCTTCCG+AGG 0.595596 8:-8661177 MsG0880042434.01.T01:CDS
AGTAACTGTGACAGGAACAA+TGG 0.597289 8:-8659538 MsG0880042434.01.T01:CDS
AATGGATGCAAACAAGCTAG+TGG 0.597513 8:-8659520 MsG0880042434.01.T01:CDS
TGAAAATAAAGAAGAAATGG+GGG 0.597551 8:-8659274 MsG0880042434.01.T01:CDS
ACCAACAGAGGAACCAAAGG+GGG 0.598188 8:-8659298 MsG0880042434.01.T01:CDS
ATGATGATGTTCGAGTTGTA+CGG 0.603094 8:-8660415 MsG0880042434.01.T01:CDS
AAATTGTCTCTTCAAATAGG+AGG 0.603241 8:-8661212 MsG0880042434.01.T01:CDS
GTGGTTTATACTGATGAAGA+AGG 0.609892 8:-8659207 MsG0880042434.01.T01:CDS
TGTTGCGCGTGTCTTCGCCT+CGG 0.612578 8:+8661160 None:intergenic
CAGTGGCAGAGTTTAGCACA+AGG 0.613888 8:-8659563 MsG0880042434.01.T01:CDS
TGCATCCCAACTATATCACC+AGG 0.616986 8:+8660482 None:intergenic
GAGGTAGTGCAAAGATGGAG+GGG 0.628638 8:-8660808 MsG0880042434.01.T01:CDS
CATTCATAACCAGCGAGATG+GGG 0.630789 8:-8660370 MsG0880042434.01.T01:CDS
TATGTGATTGAACCCGCTCG+GGG 0.640741 8:-8659144 MsG0880042434.01.T01:CDS
GAAAGAAGAGTGTGGTGCTG+TGG 0.648408 8:-8659226 MsG0880042434.01.T01:CDS
AGAAAGATACTCCAAATGAG+AGG 0.650465 8:-8659843 MsG0880042434.01.T01:intron
TAATGTGACCATGCATTGTG+AGG 0.675458 8:-8659886 MsG0880042434.01.T01:CDS
GAAACCAAGAAAGAAGAGTG+TGG 0.678107 8:-8659234 MsG0880042434.01.T01:CDS
TGTAGGAGTTCAAACAGCAG+TGG 0.679199 8:-8659580 MsG0880042434.01.T01:intron
CAATTCTTGCAAGCACCATG+TGG 0.685151 8:+8660975 None:intergenic
AGAAGAAGAGAAACCAACAG+AGG 0.689322 8:-8659310 MsG0880042434.01.T01:CDS
GAAAATAAAGAAGAAATGGG+GGG 0.703302 8:-8659273 MsG0880042434.01.T01:CDS
AACCAACAGAGGAACCAAAG+GGG 0.705365 8:-8659299 MsG0880042434.01.T01:CDS
CCAACAGAGGAACCAAAGGG+GGG 0.707865 8:-8659297 MsG0880042434.01.T01:CDS
GAATAGTTGAGGACCCCGAG+CGG 0.734628 8:+8659131 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! GATTGAAAAAATTATTAAAA+AGG - Chr8:8659786-8659805 MsG0880042434.01.T01:intron 10.0%
!!! ATTAGAAAACTTTCTAATTT+TGG - Chr8:8659882-8659901 MsG0880042434.01.T01:CDS 15.0%
!!! TCTTTTGGATAATATAAAAA+TGG + Chr8:8660147-8660166 None:intergenic 15.0%
!!! TGAACTTTTCAATTAATTTT+TGG - Chr8:8659659-8659678 MsG0880042434.01.T01:intron 15.0%
!!! AACTATTTTTGCTTGTTTTT+TGG + Chr8:8660850-8660869 None:intergenic 20.0%
! AAAAAGGTAAGAAGCTTATT+GGG - Chr8:8659802-8659821 MsG0880042434.01.T01:intron 25.0%
! AAAGAAGAAGAAAACAAAGA+AGG - Chr8:8660897-8660916 MsG0880042434.01.T01:CDS 25.0%
! AACAAATTATACCTCTCATT+TGG + Chr8:8660497-8660516 None:intergenic 25.0%
! ATGATATAAACCTCGAAAAA+GGG - Chr8:8659246-8659265 MsG0880042434.01.T01:CDS 25.0%
! GGTGAAAATAAAGAAGAAAT+GGG - Chr8:8661050-8661069 MsG0880042434.01.T01:CDS 25.0%
! GTGAAAATAAAGAAGAAATG+GGG - Chr8:8661051-8661070 MsG0880042434.01.T01:CDS 25.0%
! TAAAAAGGTAAGAAGCTTAT+TGG - Chr8:8659801-8659820 MsG0880042434.01.T01:intron 25.0%
! TGAAAATAAAGAAGAAATGG+GGG - Chr8:8661052-8661071 MsG0880042434.01.T01:CDS 25.0%
!! AATTTCACTGATCATCTTTT+TGG - Chr8:8659188-8659207 MsG0880042434.01.T01:CDS 25.0%
!! ATCATCAATTAATGCTGATT+TGG + Chr8:8660595-8660614 None:intergenic 25.0%
!! TTTTCTTCTTCTTTCTTTTC+TGG + Chr8:8660891-8660910 None:intergenic 25.0%
!!! AAACTTGTGTTGATTAATGT+AGG - Chr8:8660729-8660748 MsG0880042434.01.T01:intron 25.0%
!!! ATCTTTGTTATTTATGTTCG+TGG - Chr8:8659705-8659724 MsG0880042434.01.T01:intron 25.0%
!!! CTTATTTTGATATGCTCTTT+TGG + Chr8:8660162-8660181 None:intergenic 25.0%
AAAAGAATGCCACAATAAGA+GGG + Chr8:8660621-8660640 None:intergenic 30.0%
AAAATTATGCTTCTTCCACA+TGG - Chr8:8659336-8659355 MsG0880042434.01.T01:CDS 30.0%
AAATTGTCTCTTCAAATAGG+AGG - Chr8:8659114-8659133 MsG0880042434.01.T01:CDS 30.0%
AATAAAACTGCAACTTTACC+TGG - Chr8:8659826-8659845 MsG0880042434.01.T01:intron 30.0%
AGCAAAAATAGTTCCTAAAC+CGG - Chr8:8660857-8660876 MsG0880042434.01.T01:CDS 30.0%
CAATGTTATCTCAGAAAACA+TGG - Chr8:8660089-8660108 MsG0880042434.01.T01:intron 30.0%
GAAAATAAAGAAGAAATGGG+GGG - Chr8:8661053-8661072 MsG0880042434.01.T01:CDS 30.0%
GATGATATAAACCTCGAAAA+AGG - Chr8:8659245-8659264 MsG0880042434.01.T01:CDS 30.0%
GGGTGAAAATAAAGAAGAAA+TGG - Chr8:8661049-8661068 MsG0880042434.01.T01:CDS 30.0%
TCCAAATTGTCTCTTCAAAT+AGG - Chr8:8659111-8659130 MsG0880042434.01.T01:CDS 30.0%
TCCTATTTGAAGAGACAATT+TGG + Chr8:8659115-8659134 None:intergenic 30.0%
TGATATAAACCTCGAAAAAG+GGG - Chr8:8659247-8659266 MsG0880042434.01.T01:CDS 30.0%
TGATGCAAAACATGAAAAGA+TGG + Chr8:8660564-8660583 None:intergenic 30.0%
TTCAGTGTAATTACAAGTGT+TGG + Chr8:8660283-8660302 None:intergenic 30.0%
TTTCAATAAGTCGATAAGCA+TGG - Chr8:8660194-8660213 MsG0880042434.01.T01:intron 30.0%
! AAAGGGTTTTTCATATTCTC+CGG + Chr8:8659465-8659484 None:intergenic 30.0%
! ATTCTTTTGAGCAAATTGGT+TGG - Chr8:8660633-8660652 MsG0880042434.01.T01:intron 30.0%
! GATTTGGAATTTCTATTCTC+TGG - Chr8:8659740-8659759 MsG0880042434.01.T01:intron 30.0%
! TTTTCATCACTGAATAGTTG+AGG + Chr8:8661209-8661228 None:intergenic 30.0%
!! AAAAAGTGTTGATCAACTTG+CGG + Chr8:8659615-8659634 None:intergenic 30.0%
!! CATGATTTGTTCAAAGAACT+TGG - Chr8:8659991-8660010 MsG0880042434.01.T01:intron 30.0%
!! TTTCTATTCTCTGGTCTTTT+AGG - Chr8:8659749-8659768 MsG0880042434.01.T01:intron 30.0%
!! TTTGGTGCTCTTCATAAAAA+TGG - Chr8:8659206-8659225 MsG0880042434.01.T01:CDS 30.0%
AAAATGGCATTGTTGTCTTC+AGG - Chr8:8659222-8659241 MsG0880042434.01.T01:CDS 35.0%
AAATGGCATTGTTGTCTTCA+GGG - Chr8:8659223-8659242 MsG0880042434.01.T01:CDS 35.0%
ACCAACATTAATGTGAAGCA+CGG + Chr8:8660381-8660400 None:intergenic 35.0%
ACTTTACCTGGTGATATAGT+TGG - Chr8:8659838-8659857 MsG0880042434.01.T01:intron 35.0%
AGAAAGATACTCCAAATGAG+AGG - Chr8:8660483-8660502 MsG0880042434.01.T01:CDS 35.0%
CAAAAGAATGCCACAATAAG+AGG + Chr8:8660622-8660641 None:intergenic 35.0%
CAATCAAAGAACCAAGAAAG+TGG - Chr8:8660037-8660056 MsG0880042434.01.T01:intron 35.0%
CTTTACCTGGTGATATAGTT+GGG - Chr8:8659839-8659858 MsG0880042434.01.T01:intron 35.0%
GAGATTCAAAGGAAACTTAG+AGG - Chr8:8659499-8659518 MsG0880042434.01.T01:CDS 35.0%
GATATAAACCTCGAAAAAGG+GGG - Chr8:8659248-8659267 MsG0880042434.01.T01:CDS 35.0%
GGACTCACATCATAGAAAAT+AGG + Chr8:8659422-8659441 None:intergenic 35.0%
GTGGTTTATACTGATGAAGA+AGG - Chr8:8661119-8661138 MsG0880042434.01.T01:CDS 35.0%
TATGAAATGCTGCATGCATT+AGG + Chr8:8661233-8661252 None:intergenic 35.0%
TCTCTTCAAATAGGAGGAAA+TGG - Chr8:8659120-8659139 MsG0880042434.01.T01:CDS 35.0%
TTAACTTCTTCTTCATCTGC+AGG + Chr8:8660930-8660949 None:intergenic 35.0%
TTGTGAGTACCTTTCACAAT+GGG + Chr8:8660684-8660703 None:intergenic 35.0%
TTTGTGAGTACCTTTCACAA+TGG + Chr8:8660685-8660704 None:intergenic 35.0%
! CACATTAATGTTGGTGTTTC+AGG - Chr8:8660386-8660405 MsG0880042434.01.T01:CDS 35.0%
! GTGGTTTTCATGTGATGATT+TGG - Chr8:8659724-8659743 MsG0880042434.01.T01:intron 35.0%
! TGGCATTCTTTTGAGCAAAT+TGG - Chr8:8660629-8660648 MsG0880042434.01.T01:intron 35.0%
! TTTTCACCTTCATTCTCTTC+TGG + Chr8:8660954-8660973 None:intergenic 35.0%
!! AGTTCTACTGTTTCTGTTTC+TGG + Chr8:8660420-8660439 None:intergenic 35.0%
!! ATATATTTCCCCCTTTTTCG+AGG + Chr8:8659259-8659278 None:intergenic 35.0%
!! ATGATGATGTTCGAGTTGTA+CGG - Chr8:8659911-8659930 MsG0880042434.01.T01:CDS 35.0%
!!! TCTTCTTTCTTTTCTGGTTC+AGG + Chr8:8660885-8660904 None:intergenic 35.0%
AAACCAACAGAGGAACCAAA+GGG - Chr8:8661026-8661045 MsG0880042434.01.T01:CDS 40.0%
AAGAAAGTGGAACAGGTTGT+GGG - Chr8:8660050-8660069 MsG0880042434.01.T01:intron 40.0%
AAGAACCAAGAAAGTGGAAC+AGG - Chr8:8660043-8660062 MsG0880042434.01.T01:intron 40.0%
AATGGATGCAAACAAGCTAG+TGG - Chr8:8660806-8660825 MsG0880042434.01.T01:CDS 40.0%
ACAAGGAAAGTAACTGTGAC+AGG - Chr8:8660780-8660799 MsG0880042434.01.T01:CDS 40.0%
ACTTAGAGGTAGTGCAAAGA+TGG - Chr8:8659513-8659532 MsG0880042434.01.T01:CDS 40.0%
AGAAGAAGAGAAACCAACAG+AGG - Chr8:8661016-8661035 MsG0880042434.01.T01:CDS 40.0%
AGTAACTGTGACAGGAACAA+TGG - Chr8:8660788-8660807 MsG0880042434.01.T01:CDS 40.0%
ATCATTCATAACCAGCGAGA+TGG - Chr8:8659954-8659973 MsG0880042434.01.T01:intron 40.0%
CTCTCTTCATGCTCAAGAAA+GGG + Chr8:8659482-8659501 None:intergenic 40.0%
GAAACCAAGAAAGAAGAGTG+TGG - Chr8:8661092-8661111 MsG0880042434.01.T01:CDS 40.0%
GAACAGTTTGTCCTTGTACA+TGG + Chr8:8659397-8659416 None:intergenic 40.0%
GAGCATGAAGAGAGATTCAA+AGG - Chr8:8659488-8659507 MsG0880042434.01.T01:CDS 40.0%
GATGATGATCCCTCTTATTG+TGG - Chr8:8660609-8660628 MsG0880042434.01.T01:intron 40.0%
GTTAAGCCAGAAGAGAATGA+AGG - Chr8:8660945-8660964 MsG0880042434.01.T01:CDS 40.0%
TAATGTGACCATGCATTGTG+AGG - Chr8:8660440-8660459 MsG0880042434.01.T01:CDS 40.0%
TCATTCATAACCAGCGAGAT+GGG - Chr8:8659955-8659974 MsG0880042434.01.T01:intron 40.0%
TCCGTGCTTCACATTAATGT+TGG - Chr8:8660377-8660396 MsG0880042434.01.T01:CDS 40.0%
TCTCTCTTCATGCTCAAGAA+AGG + Chr8:8659483-8659502 None:intergenic 40.0%
TGTGAGTACCTTTCACAATG+GGG + Chr8:8660683-8660702 None:intergenic 40.0%
TTTATGTGATTGAACCCGCT+CGG - Chr8:8661180-8661199 MsG0880042434.01.T01:CDS 40.0%
! AGAGATTGGCTACTTGTGTT+AGG + Chr8:8659547-8659566 None:intergenic 40.0%
! GAGATTGGCTACTTGTGTTA+GGG + Chr8:8659546-8659565 None:intergenic 40.0%
!!! TCTTTATTTTCACCCCCCTT+TGG + Chr8:8661044-8661063 None:intergenic 40.0%
!!! TTCTTTTCTGGTTCAGGTTC+CGG + Chr8:8660879-8660898 None:intergenic 40.0%
AACCAACAGAGGAACCAAAG+GGG - Chr8:8661027-8661046 MsG0880042434.01.T01:CDS 45.0%
AAGTAGCCAATCTCTCTGGT+TGG - Chr8:8659552-8659571 MsG0880042434.01.T01:CDS 45.0%
ACACAAGTAGCCAATCTCTC+TGG - Chr8:8659548-8659567 MsG0880042434.01.T01:CDS 45.0%
AGAGGTAGTGCAAAGATGGA+GGG - Chr8:8659517-8659536 MsG0880042434.01.T01:CDS 45.0%
AGCACCACACTCTTCTTTCT+TGG + Chr8:8661099-8661118 None:intergenic 45.0%
AGTAGCCAATCTCTCTGGTT+GGG - Chr8:8659553-8659572 MsG0880042434.01.T01:CDS 45.0%
AGTTGGGATGCACTCACAAA+TGG - Chr8:8659855-8659874 MsG0880042434.01.T01:CDS 45.0%
CAAGAAAGTGGAACAGGTTG+TGG - Chr8:8660049-8660068 MsG0880042434.01.T01:intron 45.0%
CAATTCTTGCAAGCACCATG+TGG + Chr8:8659354-8659373 None:intergenic 45.0%
CACAACCTGTTCCACTTTCT+TGG + Chr8:8660051-8660070 None:intergenic 45.0%
CACATGGTGCTTGCAAGAAT+TGG - Chr8:8659352-8659371 MsG0880042434.01.T01:CDS 45.0%
CATATCCCAACCAGAGAGAT+TGG + Chr8:8659561-8659580 None:intergenic 45.0%
CATTCATAACCAGCGAGATG+GGG - Chr8:8659956-8659975 MsG0880042434.01.T01:intron 45.0%
CTATGATGTGAGTCCATCTG+AGG - Chr8:8659427-8659446 MsG0880042434.01.T01:CDS 45.0%
GAAACCAACAGAGGAACCAA+AGG - Chr8:8661025-8661044 MsG0880042434.01.T01:CDS 45.0%
GCGGGTTCAATCACATAAAG+TGG + Chr8:8661179-8661198 None:intergenic 45.0%
GCTGATTGCATCCATGTACA+AGG - Chr8:8659383-8659402 MsG0880042434.01.T01:CDS 45.0%
GTTTGCTTTCGTACCTCAGA+TGG + Chr8:8659443-8659462 None:intergenic 45.0%
TACCTTTCACAATGGGGCAT+GGG + Chr8:8660677-8660696 None:intergenic 45.0%
TAGAGGTAGTGCAAAGATGG+AGG - Chr8:8659516-8659535 MsG0880042434.01.T01:CDS 45.0%
TCTCTCTGGTTGGGATATGA+AGG - Chr8:8659562-8659581 MsG0880042434.01.T01:CDS 45.0%
TGCATCCCAACTATATCACC+AGG + Chr8:8659847-8659866 None:intergenic 45.0%
TGTAGGAGTTCAAACAGCAG+TGG - Chr8:8660746-8660765 MsG0880042434.01.T01:intron 45.0%
TTATGTGATTGAACCCGCTC+GGG - Chr8:8661181-8661200 MsG0880042434.01.T01:CDS 45.0%
! TCTGAGGTACGAAAGCAAAC+CGG - Chr8:8659443-8659462 MsG0880042434.01.T01:CDS 45.0%
!! TGTTGGTTTCGTGTCGATGT+CGG + Chr8:8660266-8660285 None:intergenic 45.0%
!!! ATAATTGTTATTTATAATTT+GGG - Chr8:8660533-8660552 MsG0880042434.01.T01:CDS 5.0%
!!! TATAATTGTTATTTATAATT+TGG - Chr8:8660532-8660551 MsG0880042434.01.T01:CDS 5.0%
ACAAATTCTCCCCATCTCGC+TGG + Chr8:8659968-8659987 None:intergenic 50.0%
ACCAACAGAGGAACCAAAGG+GGG - Chr8:8661028-8661047 MsG0880042434.01.T01:CDS 50.0%
ACCTTTCACAATGGGGCATG+GGG + Chr8:8660676-8660695 None:intergenic 50.0%
AGCACAAGCCTCACAATGCA+TGG + Chr8:8660451-8660470 None:intergenic 50.0%
CAGTGGCAGAGTTTAGCACA+AGG - Chr8:8660763-8660782 MsG0880042434.01.T01:CDS 50.0%
CGATAAGCATGGACACTCCT+CGG - Chr8:8660205-8660224 MsG0880042434.01.T01:intron 50.0%
GAGGTAGTGCAAAGATGGAG+GGG - Chr8:8659518-8659537 MsG0880042434.01.T01:CDS 50.0%
GATGTGTTTGTGAGCTTCCG+AGG - Chr8:8659149-8659168 MsG0880042434.01.T01:CDS 50.0%
GTACCTTTCACAATGGGGCA+TGG + Chr8:8660678-8660697 None:intergenic 50.0%
GTGAAGCACGGATACACACA+CGG + Chr8:8660369-8660388 None:intergenic 50.0%
TATGTGATTGAACCCGCTCG+GGG - Chr8:8661182-8661201 MsG0880042434.01.T01:CDS 50.0%
! GAAAGAAGAGTGTGGTGCTG+TGG - Chr8:8661100-8661119 MsG0880042434.01.T01:CDS 50.0%
! TCTGGTTCAGGTTCCGGTTT+AGG + Chr8:8660873-8660892 None:intergenic 50.0%
AATAGTTGAGGACCCCGAGC+GGG + Chr8:8661197-8661216 None:intergenic 55.0%
ACACAACACGTGTCCGACAC+CGG + Chr8:8660243-8660262 None:intergenic 55.0%
ACGGATACACACACGGACAC+CGG + Chr8:8660362-8660381 None:intergenic 55.0%
CCAACAGAGGAACCAAAGGG+GGG - Chr8:8661029-8661048 MsG0880042434.01.T01:CDS 55.0%
GAATAGTTGAGGACCCCGAG+CGG + Chr8:8661198-8661217 None:intergenic 55.0%
GCATGGACACTCCTCGGATT+AGG - Chr8:8660211-8660230 MsG0880042434.01.T01:intron 55.0%
GTCAGTGTCCGTGTCGTATC+CGG - Chr8:8660340-8660359 MsG0880042434.01.T01:CDS 55.0%
CACAACACGTGTCCGACACC+GGG + Chr8:8660242-8660261 None:intergenic 60.0%
CACGGACACCGGATACGACA+CGG + Chr8:8660351-8660370 None:intergenic 60.0%
GATTAGGCCTGTCCCGGTGT+CGG - Chr8:8660227-8660246 MsG0880042434.01.T01:intron 60.0%
GCCCCATGCCCCATTGTGAA+AGG - Chr8:8660672-8660691 MsG0880042434.01.T01:intron 60.0%
TGTTGCGCGTGTCTTCGCCT+CGG + Chr8:8659169-8659188 None:intergenic 60.0%
! CCCCCCTTTGGTTCCTCTGT+TGG + Chr8:8661032-8661051 None:intergenic 60.0%
! TCCTCGGATTAGGCCTGTCC+CGG - Chr8:8660221-8660240 MsG0880042434.01.T01:intron 60.0%
ACCGGGACAGGCCTAATCCG+AGG + Chr8:8660225-8660244 None:intergenic 65.0%
CACGTGTCCGACACCGGGAC+AGG + Chr8:8660237-8660256 None:intergenic 70.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr8 gene 8659095 8661253 8659095 ID=MsG0880042434.01;Name=MsG0880042434.01
Chr8 mRNA 8659095 8661253 8659095 ID=MsG0880042434.01.T01;Parent=MsG0880042434.01;Name=MsG0880042434.01.T01;_AED=0.30;_eAED=0.30;_QI=0|0|0|1|1|1|4|0|477
Chr8 exon 8660760 8661253 8660760 ID=MsG0880042434.01.T01:exon:4051;Parent=MsG0880042434.01.T01
Chr8 exon 8660238 8660577 8660238 ID=MsG0880042434.01.T01:exon:4050;Parent=MsG0880042434.01.T01
Chr8 exon 8659844 8659940 8659844 ID=MsG0880042434.01.T01:exon:4049;Parent=MsG0880042434.01.T01
Chr8 exon 8659095 8659597 8659095 ID=MsG0880042434.01.T01:exon:4048;Parent=MsG0880042434.01.T01
Chr8 CDS 8660760 8661253 8660760 ID=MsG0880042434.01.T01:cds;Parent=MsG0880042434.01.T01
Chr8 CDS 8660238 8660577 8660238 ID=MsG0880042434.01.T01:cds;Parent=MsG0880042434.01.T01
Chr8 CDS 8659844 8659940 8659844 ID=MsG0880042434.01.T01:cds;Parent=MsG0880042434.01.T01
Chr8 CDS 8659095 8659597 8659095 ID=MsG0880042434.01.T01:cds;Parent=MsG0880042434.01.T01
Gene Sequence

>MsG0880042434.01.T01

ATGACTCGCAGTAGCATCCAAATTGTCTCTTCAAATAGGAGGAAATGGAAATATGATGTGTTTGTGAGCTTCCGAGGCGAAGACACGCGCAACAATTTCACTGATCATCTTTTTGGTGCTCTTCATAAAAATGGCATTGTTGTCTTCAGGGATGATATAAACCTCGAAAAAGGGGGAAATATATCATATGAGCTTCTACAAGCTATTGAAGAATCTCATATCTTGATTGTAATTTTCTCAAAAAATTATGCTTCTTCCACATGGTGCTTGCAAGAATTGGCAAATATTGCTGATTGCATCCATGTACAAGGACAAACTGTTCTACCTATTTTCTATGATGTGAGTCCATCTGAGGTACGAAAGCAAACCGGAGAATATGAAAAACCCTTTCTTGAGCATGAAGAGAGATTCAAAGGAAACTTAGAGGTAGTGCAAAGATGGAGGGGAGCCCTAACACAAGTAGCCAATCTCTCTGGTTGGGATATGAAGGATAAGTCACAATATGCAGAGATTGAAAAAATTATTAAAAAGGTAAGAAGCTTATTGGGAAATAAAACTGCAACTTTACCTGGTGATATAGTTGGGATGCACTCACAAATGGAAGAATTAGAAAACTTTCTAATTTTGGACTCAAATGATGATGTTCGAGTTGTACGGAAGACAACTCTGATTGATAAATCATTCATAACCAGCGAGATGGGGAGAATTTGTATGCATGATTTGTTCAAAGAACTTGGCAAGAGCATCGTTAGAGAAAAATCAATCAAAGAACCAAGAAAGTGGAACAGGTTGTGGGACTACAAAGATGTTCACAATGTTATCTCAGAAAACATGGTTAGTGAACCAGAAACAGAAACAGTAGAACTTAATGTGACCATGCATTGTGAGGCTTGTGCTGAACAACTCAAGAGAAAGATACTCCAAATGAGAGGAGTTCAAACAGCAGTGGCAGAGTTTAGCACAAGGAAAGTAACTGTGACAGGAACAATGGATGCAAACAAGCTAGTGGATTATGTCTATAAAAAAACCAAAAAACAAGCAAAAATAGTTCCTAAACCGGAACCTGAACCAGAAAAGAAAGAAGAAGAAAACAAAGAAGGTGAAGAACCTGCAGATGAAGAAGAAGTTAAGCCAGAAGAGAATGAAGGTGAAAAAGCTGCAGCAGAAGAAGAAGCTAAGCTAGAAGAGAATAAGAAAGAAGAAGAGAAACCAACAGAGGAACCAAAGGGGGGTGAAAATAAAGAAGAAATGGGGGGTGAAGAAAGCAAAGAAGAAACCAAGAAAGAAGAGTGTGGTGCTGTGGTTTATACTGATGAAGAAGGAATGAAGAGAACGATGTATTCTTATGAATATCATCCACTTTATGTGATTGAACCCGCTCGGGGTCCTCAACTATTCAGTGATGAAAATCCTAATGCATGCAGCATTTCATAA

Protein sequence

>MsG0880042434.01.T01

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