AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680034192.01


Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0680034192.01.T02 MTR_6g060440 94.792 96 5 0 20 115 124 219 5.07e-65 196
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MsG0680034192.01.T01 MTR_6g060390 95.023 221 11 0 1 221 1 221 1.56e-156 432
MsG0680034192.01.T01 MTR_6g060440 93.665 221 12 1 1 221 1 219 4.50e-153 424
MsG0680034192.01.T01 MTR_1g076800 69.778 225 59 4 1 221 1 220 6.20e-110 315
MsG0680034192.01.T01 MTR_4g023950 47.982 223 105 6 1 220 1 215 9.59e-61 190
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MsG0680034192.01.T01 MTR_5g011800 28.821 229 138 9 4 212 5 228 1.04e-20 87.0
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MsG0680034192.01.T01 MTR_4g024370 30.172 232 134 9 4 212 5 231 1.50e-20 86.7
MsG0680034192.01.T01 MTR_7g117380 29.121 182 116 4 41 213 3 180 3.77e-18 79.3
MsG0680034192.01.T01 MTR_5g011820 29.004 231 135 10 4 212 8 231 5.00e-17 77.4
MsG0680034192.01.T03 MTR_6g060390 93.820 178 11 0 1 178 44 221 5.30e-123 346
MsG0680034192.01.T03 MTR_6g060440 92.135 178 12 1 1 178 44 219 1.86e-119 337
MsG0680034192.01.T03 MTR_1g076800 65.385 182 54 4 1 178 44 220 3.63e-80 237
MsG0680034192.01.T03 MTR_4g023950 42.778 180 92 6 1 177 44 215 1.16e-37 129
MsG0680034192.01.T03 MTR_7g117380 28.492 179 115 4 1 170 6 180 3.54e-17 75.5
MsG0680034192.01.T03 MTR_7g117380 28.492 179 115 4 1 170 48 222 1.48e-16 74.7
MsG0680034192.01.T03 MTR_4g102220 25.434 173 109 5 12 169 57 224 9.31e-11 58.9
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0680034192.01.T02 AT5G62280 57.692 78 31 2 39 115 157 233 2.28e-23 90.5
MsG0680034192.01.T01 AT5G62280 52.137 234 98 6 1 221 1 233 6.81e-68 208
MsG0680034192.01.T01 AT2G45360 31.982 222 126 8 4 212 5 214 1.75e-24 96.7
MsG0680034192.01.T01 AT3G60780 30.045 223 132 9 4 212 5 217 1.35e-21 89.4
MsG0680034192.01.T01 AT1G12320 29.493 217 137 6 4 213 5 212 5.63e-14 68.6
MsG0680034192.01.T01 AT1G62840 29.956 227 133 8 4 212 5 223 1.08e-11 62.4
MsG0680034192.01.T03 AT5G62280 46.893 177 81 5 14 178 58 233 8.25e-45 148

Find 34 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 51 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CTCCTTCCAGATTCAAATTT+AGG 0.192509 6:-83053543 None:intergenic
TGGAAACAATGCACAATTAA+TGG 0.255453 6:+83053107 MsG0680034192.01.T02:intron
ATTGGTTGTTGTAAACAAAA+AGG 0.293042 6:+83053390 MsG0680034192.01.T02:CDS
AAAAGGAGCACGAGAATTAT+TGG 0.296180 6:+83053293 MsG0680034192.01.T02:intron
AAAACTCAATTGCTTCCTAT+TGG 0.296456 6:+83053474 MsG0680034192.01.T02:CDS
GGGTTGTTGGTGACAAGATT+TGG 0.325248 6:+83053501 MsG0680034192.01.T02:CDS
TTCAACAACACTTGCATTAG+TGG 0.332021 6:+83053155 MsG0680034192.01.T02:intron
TACAATGCATTTAGTTCTAA+AGG 0.346376 6:+83053429 MsG0680034192.01.T02:CDS
ATTAGTCCTAAATTTGAATC+TGG 0.359441 6:+83053537 MsG0680034192.01.T02:CDS
AATCAAGTTCAATTCATGAT+TGG 0.360902 6:+83053270 MsG0680034192.01.T02:intron
CAATCTCTTCATGATTCATA+AGG 0.388987 6:-83053353 None:intergenic
ACAATGCATTTAGTTCTAAA+GGG 0.423043 6:+83053430 MsG0680034192.01.T02:CDS
GTTCAATTCATGATTGGAAA+AGG 0.436833 6:+83053276 MsG0680034192.01.T02:intron
GTAATAATCCTCGAAGTCAT+TGG 0.443901 6:+83053565 MsG0680034192.01.T02:CDS
ACCAACAACCCTTGTCCAAT+AGG 0.444260 6:-83053489 None:intergenic
ATTGTTAAATGTGTTCAAAT+TGG 0.445248 6:+83053372 MsG0680034192.01.T02:CDS
TCCTATTGGACAAGGGTTGT+TGG 0.448779 6:+83053488 MsG0680034192.01.T02:CDS
TTCACAATCCAATGACTTCG+AGG 0.474035 6:-83053573 None:intergenic
TTTATATCCGCAATAGCAGC+TGG 0.495543 6:+83053087 MsG0680034192.01.T02:intron
CGATGTGATTAGATCTTCGT+TGG 0.507976 6:-83053223 None:intergenic
CAATTGCTTCCTATTGGACA+AGG 0.513808 6:+83053480 MsG0680034192.01.T02:CDS
CTTGATTAGAAGCTACTCCT+AGG 0.528611 6:-83053254 None:intergenic
GCTGCTGCTAATCAAACAAA+TGG 0.531059 6:+83053177 MsG0680034192.01.T02:intron
GTGAAGGTTGATAAATGTAC+TGG 0.532119 6:+83053591 MsG0680034192.01.T02:CDS
CATTTAGTTCTAAAGGGTCA+TGG 0.534221 6:+83053436 MsG0680034192.01.T02:CDS
GTGATTAGATCTTCGTTGGT+AGG 0.537491 6:-83053219 None:intergenic
GTCCTAAATTTGAATCTGGA+AGG 0.539804 6:+83053541 MsG0680034192.01.T02:CDS
AAAGGGTCATGGAGATCTTG+TGG 0.543729 6:+83053447 MsG0680034192.01.T02:CDS
GATATAAATTCAGCTACAGC+AGG 0.567313 6:-83053072 None:intergenic
TTAATGGTTGTAGCTTGTGC+TGG 0.571101 6:+83053123 MsG0680034192.01.T02:intron
TCGAAGTCATTGGATTGTGA+AGG 0.589316 6:+83053575 MsG0680034192.01.T02:CDS
TATAGAGTTAGACTTCCTCA+AGG 0.620428 6:+83053627 MsG0680034192.01.T02:CDS
ATTGTTTCCAGCTGCTATTG+CGG 0.632041 6:-83053094 None:intergenic
AATTGCTTCCTATTGGACAA+GGG 0.636815 6:+83053481 MsG0680034192.01.T02:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ATTGAGATGAAATTTATAAA+TGG - Chr6:83052989-83053008 None:intergenic 15.0%
!!! AAACATTTTGGTTATTAAAT+CGG - Chr6:83052836-83052855 None:intergenic 15.0%
!!! ATCTTTTGTTATTTTTCAAT+AGG + Chr6:83053032-83053051 MsG0680034192.01.T02:intron 15.0%
!!! TCTTTTGTTATTTTTCAATA+GGG + Chr6:83053033-83053052 MsG0680034192.01.T02:intron 15.0%
!! ATTGTTAAATGTGTTCAAAT+TGG + Chr6:83053372-83053391 MsG0680034192.01.T02:CDS 20.0%
!!! TATCGAATTTTAAATAGTCA+AGG - Chr6:83052805-83052824 None:intergenic 20.0%
! AATCAAGTTCAATTCATGAT+TGG + Chr6:83053270-83053289 MsG0680034192.01.T02:intron 25.0%
! ATTAGTCCTAAATTTGAATC+TGG + Chr6:83053537-83053556 MsG0680034192.01.T02:CDS 25.0%
! ATTGGTTGTTGTAAACAAAA+AGG + Chr6:83053390-83053409 MsG0680034192.01.T02:CDS 25.0%
! TAACATTAACAACTAATGGT+TGG - Chr6:83052910-83052929 None:intergenic 25.0%
! TCGTTAACATTAACAACTAA+TGG - Chr6:83052914-83052933 None:intergenic 25.0%
!!! ACAATGCATTTAGTTCTAAA+GGG + Chr6:83053430-83053449 MsG0680034192.01.T02:CDS 25.0%
!!! TACAATGCATTTAGTTCTAA+AGG + Chr6:83053429-83053448 MsG0680034192.01.T02:CDS 25.0%
!!! TATTTTTCAATAGGGTCAAA+AGG + Chr6:83053041-83053060 MsG0680034192.01.T02:intron 25.0%
AAAACTCAATTGCTTCCTAT+TGG + Chr6:83053474-83053493 MsG0680034192.01.T02:CDS 30.0%
ATCACATCGAAAAAAATCCT+AGG + Chr6:83053237-83053256 MsG0680034192.01.T02:intron 30.0%
CAATCTCTTCATGATTCATA+AGG - Chr6:83053356-83053375 None:intergenic 30.0%
GTTCAATTCATGATTGGAAA+AGG + Chr6:83053276-83053295 MsG0680034192.01.T02:intron 30.0%
TCGATTTAGCAATTTAGAGA+GGG + Chr6:83052869-83052888 MsG0680034192.01.T02:intron 30.0%
TGGAAACAATGCACAATTAA+TGG + Chr6:83053107-83053126 MsG0680034192.01.T02:intron 30.0%
! ATCGATTTAGCAATTTAGAG+AGG + Chr6:83052868-83052887 MsG0680034192.01.T02:intron 30.0%
AATTGCTTCCTATTGGACAA+GGG + Chr6:83053481-83053500 MsG0680034192.01.T02:CDS 35.0%
CTATCTCAGCACTATGAAAA+TGG + Chr6:83052740-83052759 MsG0680034192.01.T02:CDS 35.0%
CTCCTTCCAGATTCAAATTT+AGG - Chr6:83053546-83053565 None:intergenic 35.0%
CTCTAACTCAATCGCTAAAT+CGG + Chr6:83052952-83052971 MsG0680034192.01.T02:intron 35.0%
GATATAAATTCAGCTACAGC+AGG - Chr6:83053075-83053094 None:intergenic 35.0%
GTAATAATCCTCGAAGTCAT+TGG + Chr6:83053565-83053584 MsG0680034192.01.T02:CDS 35.0%
GTCCTAAATTTGAATCTGGA+AGG + Chr6:83053541-83053560 MsG0680034192.01.T02:CDS 35.0%
TATAGAGTTAGACTTCCTCA+AGG + Chr6:83053627-83053646 MsG0680034192.01.T02:CDS 35.0%
TTCAACAACACTTGCATTAG+TGG + Chr6:83053155-83053174 MsG0680034192.01.T02:intron 35.0%
! AAAAGGAGCACGAGAATTAT+TGG + Chr6:83053293-83053312 MsG0680034192.01.T02:intron 35.0%
! CAAAAAGGTACAGTTGTTGT+TGG + Chr6:83053405-83053424 MsG0680034192.01.T02:CDS 35.0%
! CACTAGACACTGAAACATTT+TGG - Chr6:83052848-83052867 None:intergenic 35.0%
!! CATTTAGTTCTAAAGGGTCA+TGG + Chr6:83053436-83053455 MsG0680034192.01.T02:CDS 35.0%
!! CATTTTCATAGTGCTGAGAT+AGG - Chr6:83052742-83052761 None:intergenic 35.0%
!! GTGAAGGTTGATAAATGTAC+TGG + Chr6:83053591-83053610 MsG0680034192.01.T02:CDS 35.0%
ATTGTTTCCAGCTGCTATTG+CGG - Chr6:83053097-83053116 None:intergenic 40.0%
CAATTGCTTCCTATTGGACA+AGG + Chr6:83053480-83053499 MsG0680034192.01.T02:CDS 40.0%
CGATGTGATTAGATCTTCGT+TGG - Chr6:83053226-83053245 None:intergenic 40.0%
CTTGATTAGAAGCTACTCCT+AGG - Chr6:83053257-83053276 None:intergenic 40.0%
GCTGCTGCTAATCAAACAAA+TGG + Chr6:83053177-83053196 MsG0680034192.01.T02:intron 40.0%
GTGATTAGATCTTCGTTGGT+AGG - Chr6:83053222-83053241 None:intergenic 40.0%
TCGAAGTCATTGGATTGTGA+AGG + Chr6:83053575-83053594 MsG0680034192.01.T02:CDS 40.0%
TTCACAATCCAATGACTTCG+AGG - Chr6:83053576-83053595 None:intergenic 40.0%
TTTATATCCGCAATAGCAGC+TGG + Chr6:83053087-83053106 MsG0680034192.01.T02:intron 40.0%
! TTAATGGTTGTAGCTTGTGC+TGG + Chr6:83053123-83053142 MsG0680034192.01.T02:intron 40.0%
AAAGGGTCATGGAGATCTTG+TGG + Chr6:83053447-83053466 MsG0680034192.01.T02:CDS 45.0%
ACCAACAACCCTTGTCCAAT+AGG - Chr6:83053492-83053511 None:intergenic 45.0%
TCCTATTGGACAAGGGTTGT+TGG + Chr6:83053488-83053507 MsG0680034192.01.T02:CDS 45.0%
!! AGTGCTGAGATAGGCTTTTG+TGG - Chr6:83052733-83052752 None:intergenic 45.0%
!! GGGTTGTTGGTGACAAGATT+TGG + Chr6:83053501-83053520 MsG0680034192.01.T02:CDS 45.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 83052705 83053662 83052705 ID=MsG0680034192.01;Name=MsG0680034192.01
Chr6 mRNA 83052705 83053662 83052705 ID=MsG0680034192.01.T01;Parent=MsG0680034192.01;Name=MsG0680034192.01.T01;_AED=0.25;_eAED=0.26;_QI=0|0|0|1|1|1|2|0|221
Chr6 exon 83053054 83053662 83053054 ID=MsG0680034192.01.T01:exon:11412;Parent=MsG0680034192.01.T01
Chr6 CDS 83052705 83052761 83052705 ID=MsG0680034192.01.T01:cds;Parent=MsG0680034192.01.T01
Chr6 CDS 83053054 83053662 83053054 ID=MsG0680034192.01.T01:cds;Parent=MsG0680034192.01.T01
Chr6 mRNA 83052705 83053662 83052705 ID=MsG0680034192.01.T02;Parent=MsG0680034192.01;Name=MsG0680034192.01.T02;_AED=0.37;_eAED=0.38;_QI=0|0|0|1|0|0.5|2|0|115
Chr6 exon 83053372 83053662 83053372 ID=MsG0680034192.01.T02:exon:11413;Parent=MsG0680034192.01.T02
Chr6 CDS 83052705 83052761 83052705 ID=MsG0680034192.01.T02:cds;Parent=MsG0680034192.01.T02
Chr6 CDS 83053372 83053662 83053372 ID=MsG0680034192.01.T02:cds;Parent=MsG0680034192.01.T02
Chr6 mRNA 83053126 83053662 83053126 ID=MsG0680034192.01.T03;Parent=MsG0680034192.01;Name=MsG0680034192.01.T03;_AED=0.30;_eAED=0.30;_QI=0|-1|0|1|-1|0|1|0|178
Chr6 exon 83053126 83053662 83053126 ID=MsG0680034192.01.T03:exon:11414;Parent=MsG0680034192.01.T03
Chr6 CDS 83053126 83053662 83053126 ID=MsG0680034192.01.T03:cds;Parent=MsG0680034192.01.T03
Gene Sequence

>MsG0680034192.01.T02

ATGGCTTACTGGTCAGCAGAAAATGCCACAAAAGCCTATCTCAGCACTATGAAAATGATTGTTAAATGTGTTCAAATTGGTTGTTGTAAACAAAAAGGTACAGTTGTTGTTGGTTACAATGCATTTAGTTCTAAAGGGTCATGGAGATCTTGTGGAACAAAAACTCAATTGCTTCCTATTGGACAAGGGTTGTTGGTGACAAGATTTGGAGAGAGTAATGCTATTAGTCCTAAATTTGAATCTGGAAGGAGTAATAATCCTCGAAGTCATTGGATTGTGAAGGTTGATAAATGTACTGGTGAAGAACATGTTTATAGAGTTAGACTTCCTCAAGGAAAAGTGATTTAA

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Protein sequence

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