AlfalfaGEDB | MsG0580026020.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0580026020.01

KEGG: -
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PFAM: PF01582

Nr:

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Trembl:

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TFs/TRs:

Gene ID	Type	Classification

Protein Kinases:

Gene ID	Type	Classification

Network:

Co-expression Network

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PPI

Gene1	Gene2	Type

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MsG0580026020.01.T01	AT5G41740	40.000	190	97	4	17	205	16	189	1.59e-33	128
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MsG0580026020.01.T01	AT2G17060	29.187	209	138	3	18	226	19	217	5.86e-22	95.1
MsG0580026020.01.T01	AT1G09665	32.468	154	97	3	4	157	1	147	8.83e-22	89.0
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MsG0580026020.01.T01	AT5G51630	42.727	110	61	1	72	181	2	109	5.83e-21	92.0
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MsG0580026020.01.T01	AT2G17050	35.443	158	87	6	7	157	1146	1295	1.72e-15	76.3
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MsG0580026020.01.T01	AT5G45050	30.055	183	94	4	26	207	14	163	2.33e-13	69.7
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Find 54 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 96 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
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CRISPR-GE

badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
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!!	TTCGTTGTAATCAAAATTTA+AGG	+	Chr5:29198982-29199001	None:intergenic	20.0%
!	AAAACTATGCTAATTCAAAG+TGG	-	Chr5:29198100-29198119	MsG0580026020.01.T01:intron	25.0%
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!	AAATTGAATCATGTGTATGT+TGG	-	Chr5:29199510-29199529	MsG0580026020.01.T01:CDS	25.0%
!	CACTTGAATATTATAGAGAA+AGG	-	Chr5:29199046-29199065	MsG0580026020.01.T01:intron	25.0%
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!	GTTCATACTACTAAAACTAT+TGG	+	Chr5:29198711-29198730	None:intergenic	25.0%
!	TGAAAATACTTGACTGTAAA+AGG	-	Chr5:29198139-29198158	MsG0580026020.01.T01:intron	25.0%
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!!!	ACACTATAGGTTTTATGATA+AGG	+	Chr5:29199404-29199423	None:intergenic	25.0%
!!!	TAGTAGTTATGTTAGTTTTG+AGG	-	Chr5:29198640-29198659	MsG0580026020.01.T01:intron	25.0%
	AAATATCAAACGCACTTCTT+AGG	-	Chr5:29198037-29198056	MsG0580026020.01.T01:CDS	30.0%
	AATATCAAACGCACTTCTTA+GGG	-	Chr5:29198038-29198057	MsG0580026020.01.T01:CDS	30.0%
	ACTTGACTGTAAAAGGAATA+TGG	-	Chr5:29198146-29198165	MsG0580026020.01.T01:intron	30.0%
	CGGTGATTTGAATTTCTTTA+TGG	-	Chr5:29199113-29199132	MsG0580026020.01.T01:intron	30.0%
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	TCTCTATAATATTCAAGTGG+TGG	+	Chr5:29199045-29199064	None:intergenic	30.0%
!	ACAATATGAATAAGGTGCTA+AGG	-	Chr5:29198274-29198293	MsG0580026020.01.T01:intron	30.0%
	ATAGACTACAATCTTGTGAG+AGG	-	Chr5:29198009-29198028	MsG0580026020.01.T01:CDS	35.0%
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	GATGATGATTGTGCCATATA+AGG	+	Chr5:29197871-29197890	None:intergenic	35.0%
	GTGGATTCAATACTCAACTA+TGG	-	Chr5:29199604-29199623	MsG0580026020.01.T01:CDS	35.0%
	GTTTGATTACGAACACTAGA+AGG	+	Chr5:29198207-29198226	None:intergenic	35.0%
	TACATGACTACTCAGAATGA+CGG	-	Chr5:29198563-29198582	MsG0580026020.01.T01:intron	35.0%
	TAGACTACAATCTTGTGAGA+GGG	-	Chr5:29198010-29198029	MsG0580026020.01.T01:CDS	35.0%
	TCTAGTGTTCGTAATCAAAC+AGG	-	Chr5:29198207-29198226	MsG0580026020.01.T01:intron	35.0%
	TGCTAATTCAAAGTGGTGTT+TGG	-	Chr5:29198107-29198126	MsG0580026020.01.T01:intron	35.0%
	TTGTTAAGCAAGCATGAAGA+TGG	+	Chr5:29197969-29197988	None:intergenic	35.0%
!	AATACCTCGTGAGTATTTTG+GGG	+	Chr5:29197904-29197923	None:intergenic	35.0%
!	ATATGAATAAGGTGCTAAGG+TGG	-	Chr5:29198277-29198296	MsG0580026020.01.T01:intron	35.0%
!	CCTTTGTTGACTATTAGCTT+GGG	-	Chr5:29198894-29198913	MsG0580026020.01.T01:intron	35.0%
!	GAATACCTCGTGAGTATTTT+GGG	+	Chr5:29197905-29197924	None:intergenic	35.0%
!!	GTTTTAGTAGTATGAACGAG+TGG	-	Chr5:29198714-29198733	MsG0580026020.01.T01:intron	35.0%
!!	TTGGTATTGATTTGTTGCGT+AGG	+	Chr5:29198692-29198711	None:intergenic	35.0%
!!!	GTTGTAGTGCCTGTTTTTTA+TGG	-	Chr5:29198174-29198193	MsG0580026020.01.T01:intron	35.0%
	AACTCGTGGAAAGAATTGCT+AGG	-	Chr5:29199475-29199494	MsG0580026020.01.T01:CDS	40.0%
	AAGAAACCAACCAGCATCTT+GGG	-	Chr5:29199637-29199656	MsG0580026020.01.T01:CDS	40.0%
	AAGAATTGCTAGGGATGTGT+TGG	-	Chr5:29199485-29199504	MsG0580026020.01.T01:CDS	40.0%
	AAGTTGCTAATTTAGCTGGC+TGG	-	Chr5:29198316-29198335	MsG0580026020.01.T01:intron	40.0%
	ACTCGTGGAAAGAATTGCTA+GGG	-	Chr5:29199476-29199495	MsG0580026020.01.T01:CDS	40.0%
	AGACTACAATCTTGTGAGAG+GGG	-	Chr5:29198011-29198030	MsG0580026020.01.T01:CDS	40.0%
	AGCAATTCTTTCCACGAGTT+CGG	+	Chr5:29199475-29199494	None:intergenic	40.0%
	AGTGTTCGTAATCAAACAGG+AGG	-	Chr5:29198210-29198229	MsG0580026020.01.T01:intron	40.0%
	AGTTGCTAATTTAGCTGGCT+GGG	-	Chr5:29198317-29198336	MsG0580026020.01.T01:intron	40.0%
	CCCAAGCTAATAGTCAACAA+AGG	+	Chr5:29198897-29198916	None:intergenic	40.0%
	CGTAATCAAACAGGAGGTTA+TGG	-	Chr5:29198216-29198235	MsG0580026020.01.T01:intron	40.0%
	GCATGAGATTCATTGCTTGT+AGG	+	Chr5:29199578-29199597	None:intergenic	40.0%
	GCTGAAGTTGCTAATTTAGC+TGG	-	Chr5:29198312-29198331	MsG0580026020.01.T01:intron	40.0%
!	ACGAGGTATTCCTTAGCTTT+AGG	-	Chr5:29197914-29197933	MsG0580026020.01.T01:CDS	40.0%
!	GCCTTTGTTGACTATTAGCT+TGG	-	Chr5:29198893-29198912	MsG0580026020.01.T01:intron	40.0%
!	GGAATACCTCGTGAGTATTT+TGG	+	Chr5:29197906-29197925	None:intergenic	40.0%
!!	AGTATTTTGGGGAATGTTGG+AGG	+	Chr5:29197893-29197912	None:intergenic	40.0%
!!	CGAGGTATTCCTTAGCTTTA+GGG	-	Chr5:29197915-29197934	MsG0580026020.01.T01:CDS	40.0%
!!	GAGGTATTCCTTAGCTTTAG+GGG	-	Chr5:29197916-29197935	MsG0580026020.01.T01:CDS	40.0%
!!	GTATGTTGGTGACATAGATG+AGG	-	Chr5:29199524-29199543	MsG0580026020.01.T01:CDS	40.0%
!!	GTGAGTATTTTGGGGAATGT+TGG	+	Chr5:29197896-29197915	None:intergenic	40.0%
	ATGAATCTCATGCGTGGAAG+TGG	-	Chr5:29199585-29199604	MsG0580026020.01.T01:CDS	45.0%
	CAAGAAACCAACCAGCATCT+TGG	-	Chr5:29199636-29199655	MsG0580026020.01.T01:CDS	45.0%
	CAAGCAATGAATCTCATGCG+TGG	-	Chr5:29199579-29199598	MsG0580026020.01.T01:CDS	45.0%
	CATTCCCCAAAATACTCACG+AGG	-	Chr5:29197897-29197916	MsG0580026020.01.T01:CDS	45.0%
	CGCTAAGTATTCGACCCTAT+TGG	+	Chr5:29198748-29198767	None:intergenic	45.0%
	GAGTGGAACCAAGTCCAATA+GGG	-	Chr5:29198731-29198750	MsG0580026020.01.T01:intron	45.0%
	GCTGGGATTGCTCTCTTAAT+AGG	-	Chr5:29198334-29198353	MsG0580026020.01.T01:intron	45.0%
	GTATTCGACCCTATTGGACT+TGG	+	Chr5:29198742-29198761	None:intergenic	45.0%
	TGAGGAGTCAAAGCTTTCTG+TGG	-	Chr5:29198065-29198084	MsG0580026020.01.T01:CDS	45.0%
!	TGAATAAGGTGCTAAGGTGG+AGG	-	Chr5:29198280-29198299	MsG0580026020.01.T01:intron	45.0%
!!	ATTCCTTAGCTTTAGGGGAG+AGG	-	Chr5:29197921-29197940	MsG0580026020.01.T01:CDS	45.0%
!!!	AATTTTTAAATTTTAATATG+TGG	-	Chr5:29199228-29199247	MsG0580026020.01.T01:CDS	5.0%
	CGAGTGGAACCAAGTCCAAT+AGG	-	Chr5:29198730-29198749	MsG0580026020.01.T01:intron	50.0%
	CGCACTTCTTAGGGCAATTG+AGG	-	Chr5:29198047-29198066	MsG0580026020.01.T01:CDS	50.0%
	GAAATAGCAAGGGACACGTG+AGG	+	Chr5:29199266-29199285	None:intergenic	50.0%
	TGTCCTCTCCCCTAAAGCTA+AGG	+	Chr5:29197927-29197946	None:intergenic	50.0%
	TTCTAAGCTGCCCAAGATGC+TGG	+	Chr5:29199650-29199669	None:intergenic	50.0%
	AAGCTGCCCAAGATGCTGGT+TGG	+	Chr5:29199646-29199665	None:intergenic	55.0%
	AGGCAGTTCAGACGAGGTTC+TGG	+	Chr5:29198672-29198691	None:intergenic	55.0%
	CAGCATGGAATCCGAACTCG+TGG	-	Chr5:29199461-29199480	MsG0580026020.01.T01:CDS	55.0%
	TTGCGTAGGCAGTTCAGACG+AGG	+	Chr5:29198678-29198697	None:intergenic	55.0%
!!	GCTAAGGTGGAGGAGTGCTT+TGG	-	Chr5:29198290-29198309	MsG0580026020.01.T01:intron	55.0%

Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
Chr5	gene	29197865	29199713	29197865	ID=MsG0580026020.01;Name=MsG0580026020.01
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Gene Sequence

>MsG0580026020.01.T01

ATGCCTTATATGGCACAATCATCATCCTCCAACATTCCCCAAAATACTCACGAGGTATTCCTTAGCTTTAGGGGAGAGGACACACGCTATAACTTCACAAGCCATCTTCATGCTTGCTTAACAAGGTTTCAAATCAAAACCTACATAGACTACAATCTTGTGAGAGGGGATGAAATATCAAACGCACTTCTTAGGGCAATTGAGGAGTCAAAGCTTTCTGTGGTTGTTTTGTCTGAAAACTATGCTAATTCAAAGTGGTGTTTGGATGAACTTGTGAAAATACTTGACTGTAAAAGGAATATGGGACAAGTTGTAGTGCCTGTTTTTTATGGTATAGATCCTTCTAGTGTTCGTAATCAAACAGGAGGTTATGGAATTGCTTTTGCTAAACATGAGCAACAATTTAGGAACAATATGAATAAGGTGCTAAGGTGGAGGAGTGCTTTGGCTGAAGTTGCTAATTTAGCTGGCTGGGATTGCTCTCTTAATAGCATGGAATCCGAACTCGTGGAAAGAATTGCTAGGGATGTGTTGGAGAAATTGAATCATGTGTATGTTGGTGACATAGATGAGGAAATCAATAAATATGAGCAACTATCAAACCTACAAGCAATGAATCTCATGCGTGGAAGTGGATTCAATACTCAACTATGGAATGATCTTCAAGAAACCAACCAGCATCTTGGGCAGCTTAGAATGAAGAAAAACGTTATTCTACTTAGATTGCCACGTGCTGTGTAG

Protein sequence

>MsG0580026020.01.T01

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