AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0580027753.01


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MsG0580027753.01.T01 AT4G37530 41.176 255 140 4 25 270 25 278 9.63e-57 185
MsG0580027753.01.T01 AT1G77100 40.065 307 169 10 24 321 19 319 1.58e-56 186
MsG0580027753.01.T01 AT5G22410 33.025 324 196 10 7 318 8 322 5.21e-56 185
MsG0580027753.01.T01 AT4G21960 34.568 324 198 6 9 321 7 327 5.65e-56 185
MsG0580027753.01.T01 AT2G37130 36.545 301 182 6 27 321 30 327 1.34e-54 181
MsG0580027753.01.T01 AT2G43480 34.969 326 190 7 10 321 18 335 1.36e-54 181
MsG0580027753.01.T01 AT2G37130 36.577 298 180 6 30 321 2 296 1.83e-54 180
MsG0580027753.01.T01 AT2G24800 34.754 305 183 5 27 321 31 329 6.46e-53 177
MsG0580027753.01.T01 AT3G17070 34.286 315 184 9 22 321 33 339 4.84e-47 162
MsG0580027753.01.T01 AT5G39580 39.151 212 116 6 5 216 5 203 1.05e-39 140
MsG0580027753.01.T01 AT4G25980 44.253 174 91 4 27 200 71 238 5.05e-38 137
MsG0580027753.01.T01 AT3G17070 33.955 268 153 10 69 321 18 276 6.77e-35 128
MsG0580027753.01.T01 AT2G24800 38.021 192 107 6 27 217 31 211 7.93e-33 122
MsG0580027753.01.T01 AT4G32320 29.885 261 114 10 58 302 114 321 5.15e-16 77.8
MsG0580027753.01.T01 AT4G08390 27.481 262 143 11 61 303 126 359 8.58e-14 71.6
MsG0580027753.01.T01 AT4G08390 27.481 262 143 11 61 303 127 360 8.95e-14 71.6
MsG0580027753.01.T01 AT4G08390 27.481 262 143 11 61 303 127 360 8.95e-14 71.6
MsG0580027753.01.T01 AT4G08390 27.481 262 143 11 61 303 127 360 8.95e-14 71.6
MsG0580027753.01.T01 AT1G77490 25.769 260 150 9 61 303 106 339 2.17e-13 70.9
MsG0580027753.01.T01 AT1G77490 25.769 260 150 9 61 303 106 339 2.64e-13 70.5

Find 60 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 83 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CCTCTAGCTGAATTTAAATT+TGG 0.113514 5:+68059733 None:intergenic
CAGTATCTTGATAAATTAAT+TGG 0.213697 5:+68058701 None:intergenic
TGAAGTGGTTGATGAGATTA+AGG 0.263243 5:-68059707 MsG0580027753.01.T01:CDS
CTAATAGTGCTCAAAGCATT+AGG 0.267809 5:+68060293 None:intergenic
GGAAATATTAAGCCACTTAC+TGG 0.284799 5:-68058759 MsG0580027753.01.T01:CDS
AAAGACCTCGTTGCCCTATC+TGG 0.286567 5:-68059101 MsG0580027753.01.T01:CDS
TGCAAAATCTATGATTAAGA+TGG 0.337659 5:-68058781 MsG0580027753.01.T01:CDS
AAGTCGTGCCGATGCAGATT+CGG 0.343313 5:-68059195 MsG0580027753.01.T01:CDS
ACCGTCATGGAATGTGAAAC+TGG 0.352275 5:-68059240 MsG0580027753.01.T01:CDS
TTGTTGAATGGTGGTTATAC+TGG 0.357733 5:-68058855 MsG0580027753.01.T01:CDS
GTGAAGTTCGTTGCAATTGC+AGG 0.359490 5:-68058728 MsG0580027753.01.T01:CDS
CTATCTGGAGCACACACTAT+TGG 0.391267 5:-68059086 MsG0580027753.01.T01:CDS
TGATACAAGAACTTTCTATA+AGG 0.399423 5:-68058808 MsG0580027753.01.T01:CDS
CAATAGTGTGTGCTCCAGAT+AGG 0.400931 5:+68059087 None:intergenic
AGTCGTGCCGATGCAGATTC+GGG 0.407331 5:-68059194 MsG0580027753.01.T01:CDS
TAATAGTGCTCAAAGCATTA+GGG 0.431156 5:+68060294 None:intergenic
AGACTCTAACCTCGCTCCTC+TGG 0.436071 5:-68058961 MsG0580027753.01.T01:CDS
AGAAAGACTGAATGATGGTC+CGG 0.452732 5:+68059163 None:intergenic
TGTTTCTTGTGCAGACATAT+TGG 0.453461 5:-68059653 MsG0580027753.01.T01:CDS
GCAAAATCTATGATTAAGAT+GGG 0.472740 5:-68058780 MsG0580027753.01.T01:CDS
TGTTGTTGTCATTGTAGATT+CGG 0.474841 5:+68059036 None:intergenic
TCACCTTGTCTCCCAGTAAG+TGG 0.477158 5:+68058747 None:intergenic
GAGCATTGGTTAGAAAATAT+AGG 0.478103 5:-68058833 MsG0580027753.01.T01:CDS
ATGTCTGCACAAGAAACAAC+TGG 0.493198 5:+68059658 None:intergenic
TTAGAGTCTCCTCCTTCACT+AGG 0.514421 5:+68058975 None:intergenic
CCAAATTTAAATTCAGCTAG+AGG 0.524290 5:-68059733 MsG0580027753.01.T01:CDS
GAAAGACTGAATGATGGTCC+GGG 0.528311 5:+68059164 None:intergenic
TCTAGACTCTACACCTTCGA+TGG 0.530212 5:-68059776 MsG0580027753.01.T01:CDS
GGTGTGATTCAGGGTTGTGA+TGG 0.531565 5:-68059808 MsG0580027753.01.T01:intron
GCAGATTCGGGCAATATCCC+CGG 0.532728 5:-68059182 MsG0580027753.01.T01:CDS
CCCAGTTTCACATTCCATGA+CGG 0.547504 5:+68059239 None:intergenic
AATAGTGTGTGCTCCAGATA+GGG 0.548473 5:+68059088 None:intergenic
TCTGATCAAGAATTGTTGAA+TGG 0.552781 5:-68058867 MsG0580027753.01.T01:CDS
TATATATGGATGCAGTTAGG+AGG 0.592979 5:-68059263 MsG0580027753.01.T01:intron
AACGTTTGCCCTAGTGAAGG+AGG 0.597814 5:-68058984 MsG0580027753.01.T01:CDS
GAGCTGCTAACACTATTGCA+TGG 0.601264 5:+68060369 None:intergenic
TGCAGTTAGGAGGACCGTCA+TGG 0.603690 5:-68059253 MsG0580027753.01.T01:intron
CCGTCATGGAATGTGAAACT+GGG 0.604760 5:-68059239 MsG0580027753.01.T01:CDS
CAAAACGTTTGCCCTAGTGA+AGG 0.605842 5:-68058987 MsG0580027753.01.T01:CDS
GATATTGCCCGAATCTGCAT+CGG 0.609450 5:+68059187 None:intergenic
GAAATATTAAGCCACTTACT+GGG 0.616763 5:-68058758 MsG0580027753.01.T01:CDS
TAAGCCACATCAAATTTCGC+CGG 0.618643 5:+68058927 None:intergenic
GATCAAGAATTGTTGAATGG+TGG 0.618707 5:-68058864 MsG0580027753.01.T01:CDS
GAAGCTGTTGATAAAGCATG+TGG 0.618722 5:-68059685 MsG0580027753.01.T01:CDS
TGCAAGAGACTCTGTCGTTG+CGG 0.621078 5:-68059623 MsG0580027753.01.T01:intron
TAGAGTCTCCTCCTTCACTA+GGG 0.623536 5:+68058976 None:intergenic
AGTTGAGAAAGACTGAATGA+TGG 0.626761 5:+68059158 None:intergenic
TTCAGCTAGAGGATTTGAAG+TGG 0.627832 5:-68059722 MsG0580027753.01.T01:CDS
GTAGTAAAGAAGCACCCATA+CGG 0.628918 5:+68060237 None:intergenic
GTTCAAAGAGAGAACCGTAT+GGG 0.629967 5:-68060251 MsG0580027753.01.T01:CDS
TACACCGGCGAAATTTGATG+TGG 0.633794 5:-68058931 MsG0580027753.01.T01:CDS
AGTTCAAAGAGAGAACCGTA+TGG 0.633955 5:-68060252 MsG0580027753.01.T01:CDS
TGGTGGTTATACTGGAGCAT+TGG 0.634930 5:-68058847 MsG0580027753.01.T01:CDS
AAGCCACTTACTGGGAGACA+AGG 0.665399 5:-68058750 MsG0580027753.01.T01:CDS
AAAGACTGAATGATGGTCCG+GGG 0.668454 5:+68059165 None:intergenic
TCCTCTGGACAGTGTTACAC+CGG 0.688792 5:-68058946 MsG0580027753.01.T01:CDS
GCCGGTGTAACACTGTCCAG+AGG 0.704466 5:+68058945 None:intergenic
TAACACTGTCCAGAGGAGCG+AGG 0.710971 5:+68058952 None:intergenic
CATTGAGAAATACCTATGTG+AGG 0.711191 5:+68060397 None:intergenic
GTGCTCCAGATAGGGCAACG+AGG 0.748414 5:+68059096 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TTGAAATTTACAATTATATA+TGG - Chr5:68059840-68059859 MsG0580027753.01.T01:intron 10.0%
!! TTGAATATATCAAAATTAAA+AGG - Chr5:68059710-68059729 MsG0580027753.01.T01:CDS 10.0%
!!! TTTTGATATAAATTTTTTTG+AGG + Chr5:68058978-68058997 None:intergenic 10.0%
!! AAATAAAGTTAATAAAAGGA+AGG - Chr5:68059654-68059673 MsG0580027753.01.T01:CDS 15.0%
!! AATAATATTATGTATACACA+TGG + Chr5:68058954-68058973 None:intergenic 15.0%
!! ATATATCAAAATTAAAAGGA+AGG - Chr5:68059714-68059733 MsG0580027753.01.T01:CDS 15.0%
!!! AATTTTAATTACTTTTCGAA+AGG - Chr5:68059175-68059194 MsG0580027753.01.T01:CDS 15.0%
!!! AATTTTGATATATTCAAAGT+TGG + Chr5:68059707-68059726 None:intergenic 15.0%
!!! TTATTTTATTTTGAACTAGT+CGG - Chr5:68059573-68059592 MsG0580027753.01.T01:intron 15.0%
!! CACAATTGATTAAAAAGAAA+GGG - Chr5:68060218-68060237 MsG0580027753.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATCAAAAATTTTGAAAACCA+GGG - Chr5:68059983-68060002 MsG0580027753.01.T01:intron 20.0%
! AATTATATATGGATGCAGTT+AGG - Chr5:68059851-68059870 MsG0580027753.01.T01:intron 25.0%
! ATTAATTTATGGTGTGATTC+AGG - Chr5:68059299-68059318 MsG0580027753.01.T01:intron 25.0%
! GCAAAATCTATGATTAAGAT+GGG - Chr5:68060337-68060356 MsG0580027753.01.T01:CDS 25.0%
! GCACAATTGATTAAAAAGAA+AGG - Chr5:68060217-68060236 MsG0580027753.01.T01:CDS 25.0%
! TAAAACAGAAATTGTTAGCA+TGG - Chr5:68059602-68059621 MsG0580027753.01.T01:intron 25.0%
! TAAAGTTAATAAAAGGAAGG+TGG - Chr5:68059657-68059676 MsG0580027753.01.T01:CDS 25.0%
! TGATACAAGAACTTTCTATA+AGG - Chr5:68060309-68060328 MsG0580027753.01.T01:CDS 25.0%
! TGCAAAATCTATGATTAAGA+TGG - Chr5:68060336-68060355 MsG0580027753.01.T01:CDS 25.0%
! TTAATTTATGGTGTGATTCA+GGG - Chr5:68059300-68059319 MsG0580027753.01.T01:intron 25.0%
! TTTGATATATTCAAAGTTGG+TGG + Chr5:68059704-68059723 None:intergenic 25.0%
!!! CATCAAAAATTTTGAAAACC+AGG - Chr5:68059982-68060001 MsG0580027753.01.T01:intron 25.0%
CCAAATTTAAATTCAGCTAG+AGG - Chr5:68059384-68059403 MsG0580027753.01.T01:intron 30.0%
CCTCTAGCTGAATTTAAATT+TGG + Chr5:68059387-68059406 None:intergenic 30.0%
GAAATATTAAGCCACTTACT+GGG - Chr5:68060359-68060378 MsG0580027753.01.T01:CDS 30.0%
TCTGATCAAGAATTGTTGAA+TGG - Chr5:68060250-68060269 MsG0580027753.01.T01:CDS 30.0%
TGTTGTTGTCATTGTAGATT+CGG + Chr5:68060084-68060103 None:intergenic 30.0%
! TAATAGTGCTCAAAGCATTA+GGG + Chr5:68058826-68058845 None:intergenic 30.0%
!! GAGCATTGGTTAGAAAATAT+AGG - Chr5:68060284-68060303 MsG0580027753.01.T01:CDS 30.0%
ACAGAAATTGTTAGCATGGT+TGG - Chr5:68059606-68059625 MsG0580027753.01.T01:intron 35.0%
AGTTGAGAAAGACTGAATGA+TGG + Chr5:68059962-68059981 None:intergenic 35.0%
CATTGAGAAATACCTATGTG+AGG + Chr5:68058723-68058742 None:intergenic 35.0%
GATCAAGAATTGTTGAATGG+TGG - Chr5:68060253-68060272 MsG0580027753.01.T01:CDS 35.0%
GGAAATATTAAGCCACTTAC+TGG - Chr5:68060358-68060377 MsG0580027753.01.T01:CDS 35.0%
TATATATGGATGCAGTTAGG+AGG - Chr5:68059854-68059873 MsG0580027753.01.T01:intron 35.0%
TGTTTCTTGTGCAGACATAT+TGG - Chr5:68059464-68059483 MsG0580027753.01.T01:intron 35.0%
TTGTTGAATGGTGGTTATAC+TGG - Chr5:68060262-68060281 MsG0580027753.01.T01:CDS 35.0%
! CTAATAGTGCTCAAAGCATT+AGG + Chr5:68058827-68058846 None:intergenic 35.0%
!! TGAAGTGGTTGATGAGATTA+AGG - Chr5:68059410-68059429 MsG0580027753.01.T01:intron 35.0%
!!! TTTTTTTCACTGTCCATCGA+AGG + Chr5:68059357-68059376 None:intergenic 35.0%
AATAGTGTGTGCTCCAGATA+GGG + Chr5:68060032-68060051 None:intergenic 40.0%
AGAAAGACTGAATGATGGTC+CGG + Chr5:68059957-68059976 None:intergenic 40.0%
AGTTCAAAGAGAGAACCGTA+TGG - Chr5:68058865-68058884 MsG0580027753.01.T01:CDS 40.0%
ATGTCTGCACAAGAAACAAC+TGG + Chr5:68059462-68059481 None:intergenic 40.0%
GTTCAAAGAGAGAACCGTAT+GGG - Chr5:68058866-68058885 MsG0580027753.01.T01:CDS 40.0%
TAAGCCACATCAAATTTCGC+CGG + Chr5:68060193-68060212 None:intergenic 40.0%
TTCAGCTAGAGGATTTGAAG+TGG - Chr5:68059395-68059414 MsG0580027753.01.T01:intron 40.0%
! GAAGCTGTTGATAAAGCATG+TGG - Chr5:68059432-68059451 MsG0580027753.01.T01:intron 40.0%
!! GTAGTAAAGAAGCACCCATA+CGG + Chr5:68058883-68058902 None:intergenic 40.0%
AAAGACTGAATGATGGTCCG+GGG + Chr5:68059955-68059974 None:intergenic 45.0%
ACCGTCATGGAATGTGAAAC+TGG - Chr5:68059877-68059896 MsG0580027753.01.T01:intron 45.0%
CAAAACGTTTGCCCTAGTGA+AGG - Chr5:68060130-68060149 MsG0580027753.01.T01:intron 45.0%
CAATAGTGTGTGCTCCAGAT+AGG + Chr5:68060033-68060052 None:intergenic 45.0%
CCCAGTTTCACATTCCATGA+CGG + Chr5:68059881-68059900 None:intergenic 45.0%
CCGTCATGGAATGTGAAACT+GGG - Chr5:68059878-68059897 MsG0580027753.01.T01:intron 45.0%
GAAAGACTGAATGATGGTCC+GGG + Chr5:68059956-68059975 None:intergenic 45.0%
GAGCTGCTAACACTATTGCA+TGG + Chr5:68058751-68058770 None:intergenic 45.0%
GATATTGCCCGAATCTGCAT+CGG + Chr5:68059933-68059952 None:intergenic 45.0%
GTGAAGTTCGTTGCAATTGC+AGG - Chr5:68060389-68060408 MsG0580027753.01.T01:CDS 45.0%
TACACCGGCGAAATTTGATG+TGG - Chr5:68060186-68060205 MsG0580027753.01.T01:intron 45.0%
TAGAGTCTCCTCCTTCACTA+GGG + Chr5:68060144-68060163 None:intergenic 45.0%
TCTAGACTCTACACCTTCGA+TGG - Chr5:68059341-68059360 MsG0580027753.01.T01:intron 45.0%
TGGTGGTTATACTGGAGCAT+TGG - Chr5:68060270-68060289 MsG0580027753.01.T01:CDS 45.0%
TTAGAGTCTCCTCCTTCACT+AGG + Chr5:68060145-68060164 None:intergenic 45.0%
! CTATCTGGAGCACACACTAT+TGG - Chr5:68060031-68060050 MsG0580027753.01.T01:intron 45.0%
!! GGTCTTTTTCGTTTAGTCCC+TGG + Chr5:68060003-68060022 None:intergenic 45.0%
!! AATAAAATAAAGTTAATAAA+AGG - Chr5:68059650-68059669 MsG0580027753.01.T01:CDS 5.0%
!!! TTATTTTAATGATTAATTTA+TGG - Chr5:68059209-68059228 MsG0580027753.01.T01:CDS 5.0%
AAAGACCTCGTTGCCCTATC+TGG - Chr5:68060016-68060035 MsG0580027753.01.T01:intron 50.0%
AACGTTTGCCCTAGTGAAGG+AGG - Chr5:68060133-68060152 MsG0580027753.01.T01:intron 50.0%
AAGCCACTTACTGGGAGACA+AGG - Chr5:68060367-68060386 MsG0580027753.01.T01:CDS 50.0%
GGTGTGATTCAGGGTTGTGA+TGG - Chr5:68059309-68059328 MsG0580027753.01.T01:intron 50.0%
TCACCTTGTCTCCCAGTAAG+TGG + Chr5:68060373-68060392 None:intergenic 50.0%
TCCTCTGGACAGTGTTACAC+CGG - Chr5:68060171-68060190 MsG0580027753.01.T01:intron 50.0%
TGCAAGAGACTCTGTCGTTG+CGG - Chr5:68059494-68059513 MsG0580027753.01.T01:intron 50.0%
! AAGTCGTGCCGATGCAGATT+CGG - Chr5:68059922-68059941 MsG0580027753.01.T01:intron 50.0%
AGACTCTAACCTCGCTCCTC+TGG - Chr5:68060156-68060175 MsG0580027753.01.T01:intron 55.0%
GCAGATTCGGGCAATATCCC+CGG - Chr5:68059935-68059954 MsG0580027753.01.T01:intron 55.0%
TAACACTGTCCAGAGGAGCG+AGG + Chr5:68060168-68060187 None:intergenic 55.0%
TGCAGTTAGGAGGACCGTCA+TGG - Chr5:68059864-68059883 MsG0580027753.01.T01:intron 55.0%
! AGTCGTGCCGATGCAGATTC+GGG - Chr5:68059923-68059942 MsG0580027753.01.T01:intron 55.0%
GCCGGTGTAACACTGTCCAG+AGG + Chr5:68060175-68060194 None:intergenic 60.0%
GTGCTCCAGATAGGGCAACG+AGG + Chr5:68060024-68060043 None:intergenic 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr5 gene 68058716 68060423 68058716 ID=MsG0580027753.01;Name=MsG0580027753.01
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Chr5 exon 68060208 68060423 68060208 ID=MsG0580027753.01.T01:exon:44290;Parent=MsG0580027753.01.T01
Chr5 exon 68059624 68059818 68059624 ID=MsG0580027753.01.T01:exon:44289;Parent=MsG0580027753.01.T01
Chr5 exon 68058716 68059270 68058716 ID=MsG0580027753.01.T01:exon:44288;Parent=MsG0580027753.01.T01
Chr5 CDS 68060208 68060423 68060208 ID=MsG0580027753.01.T01:cds;Parent=MsG0580027753.01.T01
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Chr5 CDS 68058716 68059270 68058716 ID=MsG0580027753.01.T01:cds;Parent=MsG0580027753.01.T01
Gene Sequence

>MsG0580027753.01.T01

ATGTCCTCACATAGGTATTTCTCAATGTTCTTCCATGCAATAGTGTTAGCAGCTCTTGCAACAACAACATATTCAGCACTCACAACAAATTACTATGACTACACATGCCCTAATGCTTTGAGCACTATTAGAAGTGTTGTTAAAGCTGCAGTTCAAAGAGAGAACCGTATGGGTGCTTCTTTACTACGCTTGCACTTTCATGATTGCTTTGTTAATGGTTGTGATGGTTCAATTCTTCTAGACTCTACACCTTCGATGGACAGTGAAAAAAATGCAAATCCAAATTTAAATTCAGCTAGAGGATTTGAAGTGGTTGATGAGATTAAGGAAGCTGTTGATAAAGCATGTGGAAAACCAGTTGTTTCTTGTGCAGACATATTGGCTGTAGCTGCAAGAGACTCTGTCGTTGCGTTAGGAGGACCGTCATGGAATGTGAAACTGGGAAGAAGAGACTCAAAGACAGCAAGTCGTGCCGATGCAGATTCGGGCAATATCCCCGGACCATCATTCAGTCTTTCTCAACTCATCAAAAATTTTGAAAACCAGGGACTAAACGAAAAAGACCTCGTTGCCCTATCTGGAGCACACACTATTGGATTCTCGCGCTGTCTTTTATTTAGAGACCGAATCTACAATGACAACAACATCAATGCAAACTTCGCAAAACAACTTCAAAACGTTTGCCCTAGTGAAGGAGGAGACTCTAACCTCGCTCCTCTGGACAGTGTTACACCGGCGAAATTTGATGTGGCTTATTACGCACAATTGATTAAAAAGAAAGGGCTTCTTCATTCTGATCAAGAATTGTTGAATGGTGGTTATACTGGAGCATTGGTTAGAAAATATAGGCGTGATACAAGAACTTTCTATAAGGATTTTGCAAAATCTATGATTAAGATGGGAAATATTAAGCCACTTACTGGGAGACAAGGTGAAGTTCGTTGCAATTGCAGGAGAGCCAATTAA

Protein sequence

>MsG0580027753.01.T01

MSSHRYFSMFFHAIVLAALATTTYSALTTNYYDYTCPNALSTIRSVVKAAVQRENRMGASLLRLHFHDCFVNGCDGSILLDSTPSMDSEKNANPNLNSARGFEVVDEIKEAVDKACGKPVVSCADILAVAARDSVVALGGPSWNVKLGRRDSKTASRADADSGNIPGPSFSLSQLIKNFENQGLNEKDLVALSGAHTIGFSRCLLFRDRIYNDNNINANFAKQLQNVCPSEGGDSNLAPLDSVTPAKFDVAYYAQLIKKKGLLHSDQELLNGGYTGALVRKYRRDTRTFYKDFAKSMIKMGNIKPLTGRQGEVRCNCRRAN*