AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene015066

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
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AAGTTCCGTTGCAGGAAGTA+TGG 0.356183 3.2:-85702945 None:intergenic
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CTACCAGGTCCAGTTGCTTT+GGG 0.363041 3.2:+85721318 MS.gene015066:intron
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TGGAGTAACTTGTGGCTTGT+TGG 0.371600 3.2:+85724071 MS.gene015066:CDS
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TAATGGTGAAACAGGCTTGA+TGG 0.422645 3.2:+85700604 MS.gene015066:CDS
TTTGAAACATATAGGAAATA+CGG 0.422778 3.2:+85726750 MS.gene015066:intron
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CCAAATTGACCCAAAGCAAC+TGG 0.424845 3.2:-85721327 None:intergenic
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TGGGTCAATTTGGTTACTGA+TGG 0.426814 3.2:+85721337 MS.gene015066:CDS
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CTTCTAGATTGCAGTTGCTC+TGG 0.431944 3.2:+85711318 MS.gene015066:intron
CTCACAGGGGCAAGGGTGTC+AGG 0.432044 3.2:-85720828 None:intergenic
TACGTGTTACAGGTTATTGC+GGG 0.432577 3.2:+85708676 MS.gene015066:intron
CCTTATGTAGGTTGGGATGC+TGG 0.433576 3.2:+85718669 MS.gene015066:intron
AGATCTCACATTTATTGGAT+TGG 0.435207 3.2:+85717586 MS.gene015066:CDS
CACTTTCGTGACCCTTCTCA+TGG 0.436971 3.2:+85708733 MS.gene015066:CDS
GCTATAGTTTGCTGCAGTGC+TGG 0.437219 3.2:-85718960 None:intergenic
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CTGTTGCCGGCTTTATTTGG+TGG 0.445422 3.2:+85721946 MS.gene015066:CDS
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GTGTCGGATAAACCCTTTGT+TGG 0.451971 3.2:-85699119 None:intergenic
CTGCAACGGAACTTGTTCCT+GGG 0.452175 3.2:+85702954 MS.gene015066:CDS
AAAACCTAACCTGTTGAACT+TGG 0.453635 3.2:-85715782 None:intergenic
GCAGGTAACACCATTATCTT+GGG 0.453868 3.2:+85724271 MS.gene015066:intron
ATGTCTGCCTTCTTCAGGGC+AGG 0.454820 3.2:-85720380 None:intergenic
ATGCTTTCTTGCATGACTGC+AGG 0.458519 3.2:+85718721 MS.gene015066:CDS
TGGTAGCTCACGGGAGTGGC+AGG 0.459413 3.2:+85726795 MS.gene015066:CDS
GATAAGTTGTCTCCCTGGTT+GGG 0.460301 3.2:-85723191 None:intergenic
TTGATGAGTAAACCGGCAAC+CGG 0.463530 3.2:-85726874 None:intergenic
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GGTCCTTGATTTCTTTGGAG+TGG 0.464352 3.2:+85699094 MS.gene015066:intron
AACTATAGCATTGCAGCGTA+TGG 0.464946 3.2:+85718974 MS.gene015066:CDS
TTGAAACATATAGGAAATAC+GGG 0.465522 3.2:+85726751 MS.gene015066:intron
TTTCGGTATTTGGTAATTGG+AGG 0.465809 3.2:+85721724 MS.gene015066:CDS
GTCTTACTGTAACCACTATT+GGG 0.467674 3.2:+85715164 MS.gene015066:CDS
TTTCTTACTTCATCTCTTGG+TGG 0.469446 3.2:-85718694 None:intergenic
GGATAAGTTGTCTCCCTGGT+TGG 0.473612 3.2:-85723192 None:intergenic
TGTTAGTAGAGTACCTTTCG+AGG 0.474216 3.2:-85721418 None:intergenic
GTTCGGTAAAATCTATCAAA+TGG 0.474884 3.2:-85718905 None:intergenic
TTGTCAAAGATTATACCTTC+AGG 0.475332 3.2:-85713488 None:intergenic
TATCTCACCAGTTCAGTGTA+TGG 0.478039 3.2:-85721999 None:intergenic
ATCTGAGGGCATCCACTTGA+GGG 0.480986 3.2:-85717534 None:intergenic
TGTTTGATGCAGCTTATGTT+GGG 0.483122 3.2:+85721916 MS.gene015066:intron
TAGGAATTGCTATGGGTTCA+GGG 0.483196 3.2:+85720402 MS.gene015066:CDS
ATGTTTGATGCAGCTTATGT+TGG 0.483450 3.2:+85721915 MS.gene015066:intron
TTCAAAACCAATTTCCAAAA+CGG 0.483974 3.2:-85700512 None:intergenic
TGGTTTGTTTACGCTGATAG+TGG 0.487940 3.2:+85721966 MS.gene015066:CDS
TTCAGGGACTGCTGTTGCTA+AGG 0.490372 3.2:+85720418 MS.gene015066:CDS
AGAAGCAGTGTAAGAGTGTT+CGG 0.491037 3.2:-85718922 None:intergenic
GGTATAATCTTTGACAAGGC+AGG 0.491911 3.2:+85713494 MS.gene015066:CDS
TGTCGGATAAACCCTTTGTT+GGG 0.492188 3.2:-85699118 None:intergenic
ATTATCTTGGGCTGACTGGA+TGG 0.494814 3.2:+85724283 MS.gene015066:CDS
TGTAGGCCGTGGCAGAGGGA+AGG 0.500530 3.2:+85720709 MS.gene015066:intron
TGGGTTATGACTGGTGTTGA+GGG 0.501864 3.2:+85726823 MS.gene015066:CDS
AGGAAATACGGGGCATATGA+TGG 0.502440 3.2:+85726762 MS.gene015066:intron
ACACCATATTCAGTAACAAA+AGG 0.502805 3.2:-85713446 None:intergenic
GATCTGAGGGCATCCACTTG+AGG 0.504853 3.2:-85717535 None:intergenic
TCAATCATCTTCATATCAGC+AGG 0.505804 3.2:-85703108 None:intergenic
ACCATCACCATTGCATAGAA+TGG 0.505932 3.2:-85715716 None:intergenic
TCCCTCCCTGGAGTAACTTG+TGG 0.506635 3.2:+85724063 MS.gene015066:CDS
CTGGTGTTGAGGGAGGGGTG+AGG 0.509288 3.2:+85726833 MS.gene015066:CDS
ACATACTACTTCACCAATGT+TGG 0.509410 3.2:-85720778 None:intergenic
AGCAGCAAATGCGGTATACC+AGG 0.511345 3.2:+85705205 MS.gene015066:CDS
TCTGTGTAGGCCGTGGCAGA+GGG 0.514650 3.2:+85720705 MS.gene015066:intron
ATATTTGTGGCTGCAGTGCT+TGG 0.515332 3.2:+85720801 MS.gene015066:CDS
TGATGCACCTGCCCTGAAGA+AGG 0.519689 3.2:+85720373 MS.gene015066:CDS
TGAAGTAGTATGTATATTTG+TGG 0.520411 3.2:+85720788 MS.gene015066:CDS
ACTTGTTCCTGGGGATATTG+TGG 0.520551 3.2:+85702964 MS.gene015066:CDS
TACATGATTTCTTCCAACAT+TGG 0.521251 3.2:+85720765 MS.gene015066:CDS
TTGGGAGGAACAATTTAGAA+AGG 0.522291 3.2:+85715182 MS.gene015066:CDS
GCCTTCTCATAAAAGGATGC+TGG 0.522483 3.2:+85719128 MS.gene015066:CDS
GTGGCAACTGTCTTGCGAAA+TGG 0.523807 3.2:+85702039 MS.gene015066:CDS
GGTAGACTTTATGGTACAAA+CGG 0.524875 3.2:+85699304 MS.gene015066:CDS
AACAAGCCACAAGTTACTCC+AGG 0.527679 3.2:-85724069 None:intergenic
ACTCACGTCGTTACAACAGC+AGG 0.528305 3.2:-85711367 None:intergenic
GGTCCACTCCAAAGAAATCA+AGG 0.530419 3.2:-85699097 None:intergenic
CTTTGGAGTGGACCCAACAA+AGG 0.531446 3.2:+85699106 MS.gene015066:CDS
CTCTACACTCACAGGGGCAA+GGG 0.533514 3.2:-85720835 None:intergenic
GGCAGACATAGGAATTGCTA+TGG 0.534143 3.2:+85720394 MS.gene015066:CDS
AGAGCTGTTGTGGTGGGAGT+TGG 0.537650 3.2:+85706999 MS.gene015066:CDS
GTAGGCCGTGGCAGAGGGAA+GGG 0.538170 3.2:+85720710 MS.gene015066:intron
GCATGGATAAGTTGTCTCCC+TGG 0.540720 3.2:-85723196 None:intergenic
TTTGGAGTGGACCCAACAAA+GGG 0.541112 3.2:+85699107 MS.gene015066:CDS
CTAGCATACCGCAACGATTG+AGG 0.541676 3.2:-85720571 None:intergenic
GCAAGACTCTGATGTGATGA+AGG 0.542817 3.2:+85721390 MS.gene015066:CDS
CAATATGATGTCAGTTGCGA+AGG 0.543799 3.2:+85712204 MS.gene015066:CDS
TTGAAGCCAATAGCAGTAGC+AGG 0.544551 3.2:-85721364 None:intergenic
GACTCAAGGTGGTAGCTCAC+GGG 0.545509 3.2:+85726786 MS.gene015066:CDS
ACGGGAGTGGCAGGACAAAT+GGG 0.545986 3.2:+85726804 MS.gene015066:CDS
TAGGTTGCAATGACTGGTGA+CGG 0.548369 3.2:+85720344 MS.gene015066:intron
TGATGAGTATTCTTTGCAGC+CGG 0.551467 3.2:+85715632 MS.gene015066:CDS
TGACTCAAGGTGGTAGCTCA+CGG 0.551656 3.2:+85726785 MS.gene015066:CDS
CCAAATAAAGCCGGCAACAG+TGG 0.552618 3.2:-85721943 None:intergenic
CGATCTTCAAATATACTGCA+TGG 0.553178 3.2:-85723213 None:intergenic
ATTCGTGTTATAGTTGTCAC+TGG 0.555241 3.2:+85718745 MS.gene015066:CDS
ACTCTACACTCACAGGGGCA+AGG 0.555447 3.2:-85720836 None:intergenic
GAGTGCTTCAGACATGGTCC+TGG 0.557166 3.2:+85720533 MS.gene015066:intron
TTGAGAATAAAACATGCAGC+TGG 0.558698 3.2:-85715657 None:intergenic
ATTCAACCTAGCCATTCGCT+TGG 0.559645 3.2:-85712098 None:intergenic
AAGGTGGTAGCTCACGGGAG+TGG 0.560548 3.2:+85726791 MS.gene015066:CDS
ATACCGGTAAAGAAAGATAG+AGG 0.560887 3.2:-85724310 None:intergenic
TATTGCGGGGATATGCGTGT+TGG 0.561382 3.2:+85708690 MS.gene015066:CDS
TGCAGTCATGCAAGAAAGCA+TGG 0.561635 3.2:-85718719 None:intergenic
GTATAATCTTTGACAAGGCA+GGG 0.561721 3.2:+85713495 MS.gene015066:CDS
CAGCCCAAGGTCTCAACAGA+TGG 0.562133 3.2:-85712139 None:intergenic
GCTTAGCTTTGGCCCTCAAG+TGG 0.563906 3.2:+85717522 MS.gene015066:CDS
TTACGTGTTACAGGTTATTG+CGG 0.567460 3.2:+85708675 MS.gene015066:intron
ATGAAGCAGTTGTTACAGGT+TGG 0.568192 3.2:+85721695 MS.gene015066:CDS
AGGCAAAGTTGTCATCAGCC+AGG 0.569524 3.2:-85720551 None:intergenic
TGGTAGAGCAAGAGCTGTTG+TGG 0.572819 3.2:+85706989 MS.gene015066:CDS
AACAAACCACCAAATAAAGC+CGG 0.573292 3.2:-85721952 None:intergenic
AGTTGGTCCTAACACTGCCA+TGG 0.576886 3.2:+85707016 MS.gene015066:CDS
TTTACAGAGTGCTTCAGACA+TGG 0.578929 3.2:+85720527 MS.gene015066:intron
GTATACCGCATTTGCTGCTG+TGG 0.579258 3.2:-85705201 None:intergenic
AGAAGACATTGCAATTGAGC+CGG 0.579496 3.2:-85714869 None:intergenic
GATAGCTTCTGTTGATCTGA+GGG 0.580305 3.2:-85717548 None:intergenic
ACCTTCAGGAATTGCTGCAA+CGG 0.580711 3.2:-85711341 None:intergenic
TGCACAAAACCACCATGAGA+AGG 0.582788 3.2:-85708745 None:intergenic
GCCGTTGCAGCAATTCCTGA+AGG 0.582915 3.2:+85711340 MS.gene015066:CDS
GGCTCTTGGAACCAAGCGAA+TGG 0.584017 3.2:+85712087 MS.gene015066:CDS
GTTACTGAATATGGTGTCAG+TGG 0.586794 3.2:+85713452 MS.gene015066:CDS
GACGGCATAGAATTATAACC+AGG 0.587932 3.2:-85715108 None:intergenic
ATGGGTTATGACTGGTGTTG+AGG 0.588769 3.2:+85726822 MS.gene015066:CDS
GTTGGTCCTAACACTGCCAT+GGG 0.589666 3.2:+85707017 MS.gene015066:CDS
CTCAACATATTCAATGCTGA+CGG 0.589864 3.2:-85715126 None:intergenic
TTTATCAGGATTATACTGCA+GGG 0.591387 3.2:-85714930 None:intergenic
GGATAGCTTCTGTTGATCTG+AGG 0.591400 3.2:-85717549 None:intergenic
ACCATTCTATGCAATGGTGA+TGG 0.591855 3.2:+85715715 MS.gene015066:CDS
GAGATCTTTCTCATCATCAA+AGG 0.592672 3.2:-85717570 None:intergenic
TGTACAACCATTCTATGCAA+TGG 0.595366 3.2:+85715709 MS.gene015066:CDS
AGTTGTCACTGGAGATAACA+AGG 0.602411 3.2:+85718756 MS.gene015066:CDS
ATTGGCTGCGAATGCAGCTG+TGG 0.607002 3.2:+85700957 MS.gene015066:CDS
ATTGCAATGTCTTCTTCACA+TGG 0.608821 3.2:+85714877 MS.gene015066:CDS
CAGGACAAATGGGTTATGAC+TGG 0.609273 3.2:+85726814 MS.gene015066:CDS
AAACTGAAGTACCTGAGTGT+CGG 0.609486 3.2:-85699135 None:intergenic
AACTACCACAGCAGCAAATG+CGG 0.610633 3.2:+85705196 MS.gene015066:CDS
TTTCGTGACCCTTCTCATGG+TGG 0.611414 3.2:+85708736 MS.gene015066:CDS
ACAGTCATTGCTACAGTCGA+TGG 0.611758 3.2:-85723240 None:intergenic
TTGGAACCAAGCGAATGGCT+AGG 0.612758 3.2:+85712092 MS.gene015066:CDS
TGCAACGGAACTTGTTCCTG+GGG 0.613950 3.2:+85702955 MS.gene015066:CDS
GCACAAAACCACCATGAGAA+GGG 0.614053 3.2:-85708744 None:intergenic
TGACTGTCAGGGAACAGTTG+TGG 0.615295 3.2:+85706962 MS.gene015066:intron
ACGTGCCTATCAAGCTGATG+TGG 0.617229 3.2:+85702020 MS.gene015066:CDS
AATTACAGTGGTACAGCCCA+AGG 0.618412 3.2:-85712152 None:intergenic
TAATTTGTAGTGACAAAACT+GGG 0.618424 3.2:+85712170 MS.gene015066:CDS
GCCACAAGTTACTCCAGGGA+GGG 0.620420 3.2:-85724064 None:intergenic
GGATGTGGTTGCAATAGAGC+CGG 0.621121 3.2:+85726855 MS.gene015066:CDS
ATCAGCAGTGAGTGGCATGA+CGG 0.622956 3.2:-85715740 None:intergenic
GCGGCAAAGTGACTCAGCAG+TGG 0.623140 3.2:-85718865 None:intergenic
CAACTTTGCCTCAATCGTTG+CGG 0.628155 3.2:+85720563 MS.gene015066:CDS
TGAATCACGTATGCTTCCCA+TGG 0.628546 3.2:-85707033 None:intergenic
AAAGGGTTTATCCGACACTC+AGG 0.629678 3.2:+85699124 MS.gene015066:CDS
GGTCAAAAGCACCTATCTTG+CGG 0.634219 3.2:-85718884 None:intergenic
TATAATCTTTGACAAGGCAG+GGG 0.636027 3.2:+85713496 MS.gene015066:CDS
GCCCTGAAGAAGGCAGACAT+AGG 0.637577 3.2:+85720383 MS.gene015066:CDS
GGGCATATGATGGTGACTCA+AGG 0.641434 3.2:+85726772 MS.gene015066:CDS
GCAGACATAGGAATTGCTAT+GGG 0.641467 3.2:+85720395 MS.gene015066:CDS
TGATTCAATGTTGCAAACAG+AGG 0.646457 3.2:+85707049 MS.gene015066:CDS
CTCGGGAATAGATCTAGCAA+AGG 0.647352 3.2:-85698115 None:intergenic
ATTGCAACACCAGAATGAAG+TGG 0.647686 3.2:+85719158 MS.gene015066:CDS
GAAACTTCCACAATATCCCC+AGG 0.649289 3.2:-85702971 None:intergenic
TAGAGCAAGAGCTGTTGTGG+TGG 0.650043 3.2:+85706992 MS.gene015066:CDS
TTTGTCACTACAAATTACAG+TGG 0.652173 3.2:-85712164 None:intergenic
AGAGCAAGAGCTGTTGTGGT+GGG 0.652746 3.2:+85706993 MS.gene015066:CDS
GCTCGAATATCAGCAGTGAG+TGG 0.654409 3.2:-85715748 None:intergenic
GATGAAGGTTAAGCCTCGAA+AGG 0.655702 3.2:+85721405 MS.gene015066:CDS
TTGGCTGCGAATGCAGCTGT+GGG 0.662440 3.2:+85700958 MS.gene015066:CDS
TTACTGTAACCACTATTGGG+AGG 0.662522 3.2:+85715167 MS.gene015066:CDS
GGAACAACATATGCACCTGA+AGG 0.663891 3.2:+85713473 MS.gene015066:CDS
AGATGGCAAAGAGCGAACAA+TGG 0.669212 3.2:-85712122 None:intergenic
CTTTGCTAGATCTATTCCCG+AGG 0.669976 3.2:+85698116 MS.gene015066:CDS
ACAAGCCACAAGTTACTCCA+GGG 0.674233 3.2:-85724068 None:intergenic
TATAGCCCTTCCCTCTGCCA+CGG 0.679107 3.2:-85720715 None:intergenic
CATATGATGGTGACTCAAGG+TGG 0.681056 3.2:+85726775 MS.gene015066:CDS
TGTAGGTGAGAGCAGCTCAG+TGG 0.682202 3.2:+85705160 MS.gene015066:intron
CTCACGTCGTTACAACAGCA+GGG 0.684053 3.2:-85711366 None:intergenic
ACGTGTTACAGGTTATTGCG+GGG 0.686844 3.2:+85708677 MS.gene015066:intron
TGAAGGTATAATCTTTGACA+AGG 0.697892 3.2:+85713490 MS.gene015066:CDS
GTATGTGAAGAAGCATAGTG+AGG 0.707506 3.2:-85724103 None:intergenic
AGCCACAAGTTACTCCAGGG+AGG 0.710654 3.2:-85724065 None:intergenic
ACAGAGAAAAGAACTGACAG+TGG 0.716851 3.2:-85724143 None:intergenic
ACGGCATAGAATTATAACCA+GGG 0.720373 3.2:-85715107 None:intergenic
TGAAACATATAGGAAATACG+GGG 0.762218 3.2:+85726752 MS.gene015066:intron
TTCTTCTCCAGAAATCCCAG+TGG 0.768117 3.2:+85725239 MS.gene015066:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr3.2 gene 85698105 85726924 85698105 ID=MS.gene015066
chr3.2 mRNA 85698105 85726924 85698105 ID=MS.gene015066.t1;Parent=MS.gene015066
chr3.2 exon 85698105 85698137 85698105 ID=MS.gene015066.t1.exon1;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 CDS 85698105 85698137 85698105 ID=cds.MS.gene015066.t1;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 exon 85699095 85699145 85699095 ID=MS.gene015066.t1.exon2;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 CDS 85699095 85699145 85699095 ID=cds.MS.gene015066.t1;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 exon 85699292 85699325 85699292 ID=MS.gene015066.t1.exon3;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 CDS 85699292 85699325 85699292 ID=cds.MS.gene015066.t1;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 exon 85700007 85700024 85700007 ID=MS.gene015066.t1.exon4;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 CDS 85700007 85700024 85700007 ID=cds.MS.gene015066.t1;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 exon 85700507 85700643 85700507 ID=MS.gene015066.t1.exon5;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 CDS 85700507 85700643 85700507 ID=cds.MS.gene015066.t1;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 exon 85700943 85701017 85700943 ID=MS.gene015066.t1.exon6;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 CDS 85700943 85701017 85700943 ID=cds.MS.gene015066.t1;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 exon 85702015 85702060 85702015 ID=MS.gene015066.t1.exon7;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 CDS 85702015 85702060 85702015 ID=cds.MS.gene015066.t1;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 exon 85702936 85702995 85702936 ID=MS.gene015066.t1.exon8;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 CDS 85702936 85702995 85702936 ID=cds.MS.gene015066.t1;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 exon 85703094 85703174 85703094 ID=MS.gene015066.t1.exon9;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 CDS 85703094 85703174 85703094 ID=cds.MS.gene015066.t1;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 exon 85705165 85705250 85705165 ID=MS.gene015066.t1.exon10;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 CDS 85705165 85705250 85705165 ID=cds.MS.gene015066.t1;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 exon 85706972 85707073 85706972 ID=MS.gene015066.t1.exon11;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 CDS 85706972 85707073 85706972 ID=cds.MS.gene015066.t1;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 exon 85708248 85708301 85708248 ID=MS.gene015066.t1.exon12;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 CDS 85708248 85708301 85708248 ID=cds.MS.gene015066.t1;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 exon 85708688 85708789 85708688 ID=MS.gene015066.t1.exon13;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 CDS 85708688 85708789 85708688 ID=cds.MS.gene015066.t1;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 exon 85711325 85711383 85711325 ID=MS.gene015066.t1.exon14;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 CDS 85711325 85711383 85711325 ID=cds.MS.gene015066.t1;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 exon 85712081 85712225 85712081 ID=MS.gene015066.t1.exon15;Parent=MS.gene015066.t1
chr3.2 CDS 85712081 85712225 85712081 ID=cds.MS.gene015066.t1;Parent=MS.gene015066.t1
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