AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0580026319.01

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MsG0580026319.01.T01 AT2G13600 37.093 461 279 4 43 497 206 661 7.33e-97 308
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MsG0580026319.01.T01 AT1G28690 31.435 474 304 6 5 469 54 515 9.65e-77 250
MsG0580026319.01.T01 AT1G28690 26.582 237 159 4 109 335 53 284 2.28e-16 82.4
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MsG0580026319.01.T01 AT3G05240 28.571 518 307 10 3 507 21 488 2.44e-61 211
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MsG0580026319.01.T01 AT3G53360 25.000 416 254 9 5 411 87 453 1.48e-32 132
MsG0580026319.01.T01 AT3G53360 26.623 154 111 2 194 346 38 190 3.18e-11 66.6
MsG0580026319.01.T01 AT1G18485 32.403 466 279 6 39 504 445 874 2.64e-75 256
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MsG0580026319.01.T01 AT5G39350 34.491 432 242 5 46 473 275 669 2.49e-74 248
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MsG0580026319.01.T01 AT5G55740 29.395 347 197 6 5 346 90 393 1.88e-29 123
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MsG0580026319.01.T01 AT3G49170 22.494 449 275 14 71 499 42 437 1.52e-18 89.7
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MsG0580026319.01.T01 AT3G56550 30.279 502 309 7 1 500 18 480 1.57e-73 244
MsG0580026319.01.T01 AT2G27610 31.827 509 294 9 1 504 311 771 2.86e-73 249
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MsG0580026319.01.T01 AT2G27610 28.058 278 168 2 58 335 61 306 7.58e-26 112
MsG0580026319.01.T01 AT2G27610 26.165 279 171 7 152 410 11 274 1.16e-17 87.0
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MsG0580026319.01.T01 AT1G68930 32.898 459 270 5 43 501 224 644 4.94e-73 246
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MsG0580026319.01.T01 AT1G68930 23.256 301 195 3 5 304 290 555 1.16e-23 105
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MsG0580026319.01.T01 AT2G35030 24.125 257 170 8 140 391 32 268 7.87e-15 77.8
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MsG0580026319.01.T01 AT3G25060 26.182 275 175 7 162 427 56 311 7.50e-21 96.3
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MsG0580026319.01.T01 AT2G37310 26.911 327 195 6 3 320 40 331 9.27e-33 132
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MsG0580026319.01.T01 AT5G08490 26.689 296 181 6 45 335 77 341 1.16e-24 108
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MsG0580026319.01.T01 AT5G08490 30.952 462 308 5 47 504 389 843 3.14e-70 240
MsG0580026319.01.T01 AT5G08490 26.689 296 181 6 45 335 77 341 1.16e-24 108
MsG0580026319.01.T01 AT5G08490 27.667 300 180 5 5 300 142 408 8.23e-24 106
MsG0580026319.01.T01 AT5G08490 25.540 278 171 5 43 315 282 528 2.65e-15 79.3
MsG0580026319.01.T01 AT5G08490 24.355 349 209 10 75 411 4 309 2.81e-13 73.2
MsG0580026319.01.T01 AT5G08490 30.952 462 308 5 47 504 389 843 3.14e-70 240
MsG0580026319.01.T01 AT5G08490 26.689 296 181 6 45 335 77 341 1.16e-24 108
MsG0580026319.01.T01 AT5G08490 27.667 300 180 5 5 300 142 408 8.23e-24 106
MsG0580026319.01.T01 AT5G08490 25.540 278 171 5 43 315 282 528 2.65e-15 79.3
MsG0580026319.01.T01 AT5G08490 24.355 349 209 10 75 411 4 309 2.81e-13 73.2
MsG0580026319.01.T01 AT4G19191 32.026 459 274 4 46 502 210 632 6.85e-70 236
MsG0580026319.01.T01 AT4G19191 27.027 407 233 14 39 429 102 460 1.30e-28 120
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MsG0580026319.01.T01 AT4G19191 24.671 304 190 5 8 308 279 546 5.20e-21 97.1
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MsG0580026319.01.T01 AT1G56570 30.707 495 294 9 8 497 134 584 6.67e-67 227
MsG0580026319.01.T01 AT1G56570 23.650 389 252 8 46 433 67 411 4.83e-26 112
MsG0580026319.01.T01 AT1G56570 32.203 177 115 4 162 335 51 225 6.80e-18 87.4
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MsG0580026319.01.T01 AT3G18840 30.928 485 316 8 19 497 192 663 1.18e-66 228
MsG0580026319.01.T01 AT3G18840 24.889 450 280 15 4 410 39 473 1.28e-22 102
MsG0580026319.01.T01 AT3G18840 25.356 351 243 11 118 460 16 355 8.17e-16 80.9
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MsG0580026319.01.T01 AT1G32415 31.579 494 289 10 43 493 250 737 1.66e-65 226
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MsG0580026319.01.T01 AT1G32415 26.384 307 169 7 131 429 144 401 5.88e-20 94.0
MsG0580026319.01.T01 AT1G32415 29.286 280 168 12 139 410 56 313 8.08e-18 87.4
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MsG0580026319.01.T01 AT4G01030 28.721 383 264 4 8 386 10 387 5.65e-44 166
MsG0580026319.01.T01 AT1G62260 35.904 376 202 6 129 472 285 653 3.18e-65 223
MsG0580026319.01.T01 AT1G62260 26.037 434 245 11 1 415 118 494 3.99e-30 124
MsG0580026319.01.T01 AT1G62260 25.087 287 159 5 46 316 62 308 2.64e-17 85.5
MsG0580026319.01.T01 AT1G62260 28.249 177 90 3 139 315 54 193 9.62e-14 74.3
MsG0580026319.01.T01 AT4G04370 30.372 484 295 8 5 487 265 707 6.31e-65 224
MsG0580026319.01.T01 AT4G04370 30.072 276 150 4 58 329 14 250 3.90e-25 110
MsG0580026319.01.T01 AT4G04370 33.846 130 85 1 204 333 28 156 1.21e-12 70.9
MsG0580026319.01.T01 AT4G25270 32.840 405 228 7 58 461 163 524 6.49e-65 219
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MsG0580026319.01.T01 AT1G34160 35.159 347 211 6 160 504 101 435 1.30e-64 219
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MsG0580026319.01.T01 AT3G05340 26.923 260 158 7 157 395 91 339 4.60e-12 68.9
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MsG0580026319.01.T01 AT4G14850 30.455 220 148 3 129 346 15 231 1.65e-19 92.4
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MsG0580026319.01.T01 AT1G71490 23.642 313 193 6 38 340 329 605 5.92e-16 81.3
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MsG0580026319.01.T01 AT4G22760 26.316 418 278 8 1 410 16 411 9.38e-36 140
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MsG0580026319.01.T01 AT1G69350 23.096 407 271 4 6 412 122 486 6.57e-29 121
MsG0580026319.01.T01 AT1G69350 27.425 299 185 4 45 343 258 524 2.66e-28 119
MsG0580026319.01.T01 AT1G69350 27.848 316 182 11 141 442 25 308 9.01e-19 90.5
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MsG0580026319.01.T01 AT4G08210 25.103 486 330 11 2 474 22 486 8.33e-35 139
MsG0580026319.01.T01 AT4G08210 22.388 335 185 7 97 391 12 311 5.60e-16 81.3
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MsG0580026319.01.T01 AT1G17630 28.172 536 332 7 8 500 181 706 6.04e-62 216
MsG0580026319.01.T01 AT1G17630 28.289 304 205 6 57 350 125 425 5.53e-31 127
MsG0580026319.01.T01 AT5G39680 28.657 499 309 7 5 500 156 610 7.41e-62 215
MsG0580026319.01.T01 AT5G66500 30.490 469 279 8 5 469 104 529 1.89e-61 210
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MsG0580026319.01.T01 AT1G74600 26.267 434 268 10 6 433 372 759 8.19e-34 136
MsG0580026319.01.T01 AT1G74600 21.545 492 300 14 43 500 204 643 5.92e-20 94.4
MsG0580026319.01.T01 AT1G74600 24.026 308 195 5 39 343 99 370 1.05e-18 90.1
MsG0580026319.01.T01 AT1G74600 27.820 266 170 8 145 405 77 325 1.44e-15 80.5
MsG0580026319.01.T01 AT3G49710 30.631 444 274 5 58 500 208 618 1.03e-60 212
MsG0580026319.01.T01 AT3G49710 24.573 468 302 13 40 465 59 517 9.41e-24 105
MsG0580026319.01.T01 AT3G49710 27.391 230 163 3 105 333 23 249 7.85e-16 80.9
MsG0580026319.01.T01 AT5G59600 31.106 479 281 5 8 447 39 507 2.03e-59 205
MsG0580026319.01.T01 AT5G59600 28.395 243 142 2 109 351 35 245 7.06e-17 84.0
MsG0580026319.01.T01 AT2G04860 30.947 433 261 5 40 471 297 692 2.09e-59 208
MsG0580026319.01.T01 AT2G04860 26.332 319 190 6 58 367 16 298 2.04e-23 104
MsG0580026319.01.T01 AT2G04860 23.043 460 275 10 3 391 68 519 2.13e-23 104
MsG0580026319.01.T01 AT5G50390 27.699 491 302 9 1 485 139 582 1.52e-58 206
MsG0580026319.01.T01 AT5G50390 25.714 385 231 10 54 429 89 427 3.83e-25 110
MsG0580026319.01.T01 AT1G71420 29.051 506 306 11 5 500 177 639 2.24e-58 206
MsG0580026319.01.T01 AT1G71420 23.721 430 273 17 39 458 111 495 2.07e-16 82.8
MsG0580026319.01.T01 AT1G71420 30.233 172 111 4 162 330 102 267 3.83e-15 79.0
MsG0580026319.01.T01 AT1G71420 33.088 136 87 4 222 354 59 193 2.20e-12 70.1
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MsG0580026319.01.T01 AT2G31400 23.939 330 231 8 96 410 239 563 6.73e-15 78.2
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MsG0580026319.01.T01 AT1G18900 23.985 271 194 5 119 379 325 593 2.73e-17 85.9
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MsG0580026319.01.T01 AT1G74750 23.985 271 194 5 119 379 320 588 1.34e-16 83.6
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MsG0580026319.01.T01 AT1G63330 22.175 469 333 13 9 456 69 526 6.04e-14 74.7
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MsG0580026319.01.T01 AT1G74580 21.503 479 269 18 43 461 95 526 3.19e-12 69.7
MsG0580026319.01.T01 AT5G21222 18.919 370 256 9 9 367 378 714 3.46e-13 72.8
MsG0580026319.01.T01 AT5G21222 18.919 370 256 9 9 367 378 714 3.46e-13 72.8
MsG0580026319.01.T01 AT5G21222 18.919 370 256 9 9 367 378 714 3.46e-13 72.8
MsG0580026319.01.T01 AT5G21222 18.919 370 256 9 9 367 378 714 3.46e-13 72.8
MsG0580026319.01.T01 AT4G31850 22.886 402 265 11 28 406 302 681 5.76e-13 72.4
MsG0580026319.01.T01 AT4G31850 19.274 441 331 8 1 424 169 601 3.08e-11 66.6
MsG0580026319.01.T01 AT1G64100 21.932 383 271 13 55 420 261 632 6.61e-13 72.0
MsG0580026319.01.T01 AT1G64100 21.910 356 245 7 59 387 110 459 3.80e-12 69.3
MsG0580026319.01.T01 AT1G64100 21.932 383 271 13 55 420 261 632 6.79e-13 71.6
MsG0580026319.01.T01 AT1G64100 21.910 356 245 7 59 387 110 459 6.29e-12 68.6
MsG0580026319.01.T01 AT1G64100 21.932 383 271 13 55 420 261 632 6.79e-13 71.6
MsG0580026319.01.T01 AT1G64100 21.910 356 245 7 59 387 110 459 6.29e-12 68.6
MsG0580026319.01.T01 AT1G79540 24.542 273 195 5 158 422 200 469 8.97e-13 71.2
MsG0580026319.01.T01 AT1G03560 22.826 368 252 11 43 387 241 599 1.11e-12 70.9
MsG0580026319.01.T01 AT1G73710 21.154 416 286 7 9 416 329 710 1.13e-12 71.2
MsG0580026319.01.T01 AT1G64583 22.951 305 221 6 64 355 45 348 1.19e-12 70.5
MsG0580026319.01.T01 AT3G23020 23.563 348 208 13 40 350 487 813 1.26e-12 70.9
MsG0580026319.01.T01 AT4G28010 21.531 418 295 11 46 439 273 681 1.37e-12 70.9
MsG0580026319.01.T01 AT5G41170 19.854 549 352 14 6 500 7 521 1.37e-12 70.5
MsG0580026319.01.T01 AT1G62680 21.345 342 249 8 24 350 160 496 1.64e-12 70.1
MsG0580026319.01.T01 AT1G62680 21.345 342 249 8 24 350 160 496 1.64e-12 70.1
MsG0580026319.01.T01 AT2G17525 22.901 393 271 12 13 386 210 589 2.35e-12 69.7
MsG0580026319.01.T01 AT5G61400 20.643 373 275 9 53 410 197 563 2.86e-12 69.7
MsG0580026319.01.T01 AT2G17140 24.138 406 251 14 120 500 247 620 3.26e-12 69.7
MsG0580026319.01.T01 AT2G17140 21.189 387 279 9 20 386 42 422 6.46e-11 65.5
MsG0580026319.01.T01 AT2G17140 24.138 406 251 14 120 500 247 620 3.26e-12 69.7
MsG0580026319.01.T01 AT2G17140 21.189 387 279 9 20 386 42 422 6.46e-11 65.5
MsG0580026319.01.T01 AT5G16640 23.377 385 254 13 53 412 79 447 3.94e-12 68.9
MsG0580026319.01.T01 AT5G42310 21.587 315 234 6 157 461 233 544 5.54e-12 68.9
MsG0580026319.01.T01 AT4G20090 23.423 333 225 7 120 425 167 496 6.09e-12 68.6
MsG0580026319.01.T01 AT4G20090 23.423 333 225 7 120 425 167 496 6.09e-12 68.6
MsG0580026319.01.T01 AT4G11690 22.316 354 253 8 52 389 195 542 6.76e-12 68.2
MsG0580026319.01.T01 AT3G07290 21.846 325 230 7 118 425 223 540 7.47e-12 68.6
MsG0580026319.01.T01 AT5G40400 25.000 248 175 8 180 420 264 507 9.09e-12 68.2
MsG0580026319.01.T01 AT5G40400 25.000 248 175 8 180 420 335 578 9.87e-12 68.2
MsG0580026319.01.T01 AT5G41170 21.818 330 230 8 37 345 159 481 1.02e-11 67.8
MsG0580026319.01.T01 AT1G63070 20.178 337 256 4 63 387 48 383 2.03e-11 67.0
MsG0580026319.01.T01 AT1G52620 21.118 322 226 6 37 331 432 752 3.20e-11 66.6
MsG0580026319.01.T01 AT3G06920 21.316 380 278 9 22 386 184 557 4.17e-11 66.2
MsG0580026319.01.T01 AT3G06920 21.316 380 278 9 22 386 184 557 4.17e-11 66.2
MsG0580026319.01.T01 AT3G06920 21.316 380 278 9 22 386 170 543 4.41e-11 66.2
MsG0580026319.01.T01 AT1G31840 22.430 321 214 7 53 350 284 592 5.12e-11 65.9
MsG0580026319.01.T01 AT1G13040 23.032 343 245 8 53 380 112 450 6.96e-11 65.1
MsG0580026319.01.T01 AT1G13040 23.032 343 245 8 53 380 112 450 6.96e-11 65.1
MsG0580026319.01.T01 AT1G22960 22.024 336 241 8 58 379 276 604 8.73e-11 65.1
MsG0580026319.01.T01 AT1G22960 22.024 336 241 8 58 379 276 604 8.73e-11 65.1
MsG0580026319.01.T01 AT1G64583 24.096 249 175 6 120 355 76 323 9.50e-11 64.7

Find 90 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 101 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ACATTTCATGATTGTTCTTT+AGG 0.151831 5:+34655759 MsG0580026319.01.T01:CDS
TCATGGGTATGGTTCAAAAT+TGG 0.169313 5:+34655791 MsG0580026319.01.T01:CDS
ATATGGGGTGCAATGATTTC+TGG 0.219048 5:+34656020 MsG0580026319.01.T01:CDS
TGTTGGAATGCTATGATTTC+TGG 0.226541 5:+34656326 MsG0580026319.01.T01:CDS
TCTTGGAGTGTGATGATTTC+GGG 0.241714 5:+34655927 MsG0580026319.01.T01:CDS
CATCTAGGTGCTTTGGATAT+TGG 0.249403 5:+34656155 MsG0580026319.01.T01:CDS
GTATGCAAAATGTGGAAATT+TGG 0.254178 5:+34656256 MsG0580026319.01.T01:CDS
CATTTCATGATTGTTCTTTA+GGG 0.277673 5:+34655760 MsG0580026319.01.T01:CDS
TCTAATTTGTATGCAGCATC+TGG 0.288490 5:+34656767 MsG0580026319.01.T01:CDS
TTCTTGGAGTGTGATGATTT+CGG 0.301514 5:+34655926 MsG0580026319.01.T01:CDS
CTTTCTGCTTGTGCTCATCT+AGG 0.302333 5:+34656140 MsG0580026319.01.T01:CDS
CTAGCTTAAGTGCGGTTTCT+TGG 0.306429 5:+34655910 MsG0580026319.01.T01:CDS
TTCAGAGCCATTCCATGAAT+TGG 0.319117 5:-34656615 None:intergenic
CTGAGAAGGATAAGGGGATA+TGG 0.323069 5:+34656003 MsG0580026319.01.T01:CDS
TCTATTGGTTATAGTCTAAC+TGG 0.328355 5:-34656961 None:intergenic
TACTATACCTTATGTATTGA+AGG 0.334690 5:+34655728 MsG0580026319.01.T01:CDS
TAAGGTATAGTATAATTATC+AGG 0.341740 5:-34655717 None:intergenic
TGCTTGTTTGAGGTGTTTCA+TGG 0.341849 5:-34655454 None:intergenic
AAGCGAACATTATGGTTGTT+TGG 0.366139 5:+34656532 MsG0580026319.01.T01:CDS
CATGGGTATGGTTCAAAATT+GGG 0.367667 5:+34655792 MsG0580026319.01.T01:CDS
GGAAATATAGTGATGCTAGA+AGG 0.386045 5:+34656789 MsG0580026319.01.T01:CDS
GTGCTTTGGATATTGGTGTT+TGG 0.391441 5:+34656162 MsG0580026319.01.T01:CDS
CATATCCCCTTATCCTTCTC+AGG 0.398727 5:-34656002 None:intergenic
CTTGTGCATGTGCTTGTTTG+AGG 0.415675 5:-34655464 None:intergenic
GCAATGAATGTTATATCATC+AGG 0.420154 5:-34656419 None:intergenic
GTTGTCAGCGAGTTCATTGC+CGG 0.428231 5:+34656881 MsG0580026319.01.T01:CDS
GAAGCGCCTGAGAAGGATAA+GGG 0.435676 5:+34655996 MsG0580026319.01.T01:CDS
GAGTGTATCTCCTCCATTTG+TGG 0.437948 5:-34656917 None:intergenic
TGTGCAAAATAGTTGCTTCA+AGG 0.440669 5:+34656046 MsG0580026319.01.T01:CDS
AAAATGTGGAAATTTGGAAT+TGG 0.442455 5:+34656262 MsG0580026319.01.T01:CDS
TCTTTAGGGAAAATGATTCA+TGG 0.447556 5:+34655774 MsG0580026319.01.T01:CDS
TACTCAGGATTGGCAAATGA+AGG 0.448762 5:+34656461 MsG0580026319.01.T01:CDS
GGGAAAATGATTCATGGGTA+TGG 0.458650 5:+34655780 MsG0580026319.01.T01:CDS
TGCTTGTAGTTACTCAGGAT+TGG 0.458811 5:+34656451 MsG0580026319.01.T01:CDS
ATCGATATTTGAATCGATCA+AGG 0.462184 5:+34656189 MsG0580026319.01.T01:CDS
TTGTGCTCATCTAGGTGCTT+TGG 0.465716 5:+34656148 MsG0580026319.01.T01:CDS
CTATGTGGGTAATAGTTTGA+TGG 0.466170 5:+34655830 MsG0580026319.01.T01:CDS
AAATGAAGGTTTGAAGTTGT+TGG 0.472663 5:+34656475 MsG0580026319.01.T01:CDS
GTTGATTTACTAAGCAGAGC+AGG 0.477078 5:+34656554 MsG0580026319.01.T01:CDS
TGAGAAGGATAAGGGGATAT+GGG 0.477664 5:+34656004 MsG0580026319.01.T01:CDS
CCACAAGCCTTCAATACATA+AGG 0.481326 5:-34655735 None:intergenic
GGGATATGTTGAAAATCAAA+GGG 0.484426 5:+34656816 MsG0580026319.01.T01:CDS
TGTAGCTCAGTAGAGATTGA+TGG 0.487302 5:+34656857 MsG0580026319.01.T01:CDS
CTTTAGGGAAAATGATTCAT+GGG 0.487525 5:+34655775 MsG0580026319.01.T01:CDS
GAATGCTATGATTTCTGGTA+TGG 0.488091 5:+34656331 MsG0580026319.01.T01:CDS
CTGAGTGCATGTTGTAATCA+TGG 0.488325 5:+34656662 MsG0580026319.01.T01:CDS
CATGCACAAGTCTTCACAAC+AGG 0.493747 5:+34655477 MsG0580026319.01.T01:CDS
TGAAGCGCCTGAGAAGGATA+AGG 0.494016 5:+34655995 MsG0580026319.01.T01:CDS
TTTACTGCTTGTAGTTACTC+AGG 0.499003 5:+34656446 MsG0580026319.01.T01:CDS
TTAGATATGTATGCAAAATG+TGG 0.501215 5:+34656248 MsG0580026319.01.T01:CDS
TCTTGTGTTTGATATCTATG+TGG 0.505728 5:+34655815 MsG0580026319.01.T01:CDS
AGGGATATGTTGAAAATCAA+AGG 0.507069 5:+34656815 MsG0580026319.01.T01:CDS
AAAATAACCAATTCATGGAA+TGG 0.526489 5:+34656608 MsG0580026319.01.T01:CDS
GTACTCAAACGAACACTCAA+TGG 0.531051 5:-34656218 None:intergenic
CCTTATGTATTGAAGGCTTG+TGG 0.532005 5:+34655735 MsG0580026319.01.T01:CDS
GAAAATCAAAGGGGCAAACA+AGG 0.536241 5:+34656826 MsG0580026319.01.T01:CDS
CTTGTGTTTGATATCTATGT+GGG 0.536509 5:+34655816 MsG0580026319.01.T01:CDS
TAAAACTCTGCTTAAAGCAA+AGG 0.537040 5:-34655514 None:intergenic
CAAGAAACCGCACTTAAGCT+AGG 0.537445 5:-34655909 None:intergenic
GAAATATAGTGATGCTAGAA+GGG 0.541464 5:+34656790 MsG0580026319.01.T01:CDS
GAATGGCTCTGAAGAGACAT+TGG 0.549752 5:+34656625 MsG0580026319.01.T01:CDS
ATAGTGATGCTAGAAGGGTA+AGG 0.552805 5:+34656795 MsG0580026319.01.T01:CDS
GAAAGTGGGTGATGTTGATT+CGG 0.555132 5:+34655956 MsG0580026319.01.T01:CDS
CTAATTTGTATGCAGCATCT+GGG 0.555174 5:+34656768 MsG0580026319.01.T01:CDS
CTTCGATGAAGCGCCTGAGA+AGG 0.558970 5:+34655989 MsG0580026319.01.T01:CDS
CTCACAAATATAGACTCATC+CGG 0.570307 5:-34656113 None:intergenic
TTCAAAGACTCTGCATGCAT+AGG 0.572119 5:-34655577 None:intergenic
GCTCTGAAGAGACATTGGCT+TGG 0.572142 5:+34656630 MsG0580026319.01.T01:CDS
GATTTCGGGTTATGCGAAAG+TGG 0.577655 5:+34655941 MsG0580026319.01.T01:CDS
TTGGCGATGTGGTAGCTGCA+CGG 0.580355 5:+34655868 MsG0580026319.01.T01:CDS
GGTATGGCAATGCATGGAGA+TGG 0.583054 5:+34656347 MsG0580026319.01.T01:CDS
TAGTGATGCTAGAAGGGTAA+GGG 0.587327 5:+34656796 MsG0580026319.01.T01:CDS
TTGATTTACTAAGCAGAGCA+GGG 0.595527 5:+34656555 MsG0580026319.01.T01:CDS
ATTTCGGGTTATGCGAAAGT+GGG 0.596849 5:+34655942 MsG0580026319.01.T01:CDS
GTGTTGTATATACAAACTGT+GGG 0.607628 5:-34655612 None:intergenic
GAGAAGGATAAGGGGATATG+GGG 0.610235 5:+34656005 MsG0580026319.01.T01:CDS
AAGTGAGAGACGTTGTATGT+TGG 0.610357 5:+34656309 MsG0580026319.01.T01:CDS
ATTTCTGGTATGGCAATGCA+TGG 0.611475 5:+34656341 MsG0580026319.01.T01:CDS
ATCTCTACTGAGCTACAACC+TGG 0.617333 5:-34656851 None:intergenic
GTATGGCAATGCATGGAGAT+GGG 0.617348 5:+34656348 MsG0580026319.01.T01:CDS
AAAGGGGCAAACAAGGCACC+AGG 0.619557 5:+34656833 MsG0580026319.01.T01:CDS
TGTGTTGTATATACAAACTG+TGG 0.620115 5:-34655613 None:intergenic
TGCTGAGAAAGTGTTGCAGT+TGG 0.626995 5:+34656709 MsG0580026319.01.T01:CDS
GCAGTTGACTGATATAGTAC+CGG 0.628090 5:+34656094 MsG0580026319.01.T01:CDS
AAGCGCCTGAGAAGGATAAG+GGG 0.634763 5:+34655997 MsG0580026319.01.T01:CDS
TGAAATTCCTAGCTTAAGTG+CGG 0.637914 5:+34655902 MsG0580026319.01.T01:CDS
GGATATGTTGAAAATCAAAG+GGG 0.719435 5:+34656817 MsG0580026319.01.T01:CDS
GCAATGCATGGAGATGGGAA+AGG 0.723488 5:+34656353 MsG0580026319.01.T01:CDS
TTGGATAATCACATTCACAG+TGG 0.746125 5:+34656728 MsG0580026319.01.T01:CDS
TGTTGTATATACAAACTGTG+GGG 0.800018 5:-34655611 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TAAGAAAAATAACCAATTCA+TGG + Chr5:34656603-34656622 MsG0580026319.01.T01:CDS 20.0%
!! TAAGGTATAGTATAATTATC+AGG - Chr5:34655720-34655739 None:intergenic 20.0%
! AAAATAACCAATTCATGGAA+TGG + Chr5:34656608-34656627 MsG0580026319.01.T01:CDS 25.0%
! ACATTTCATGATTGTTCTTT+AGG + Chr5:34655759-34655778 MsG0580026319.01.T01:CDS 25.0%
! CATTTCATGATTGTTCTTTA+GGG + Chr5:34655760-34655779 MsG0580026319.01.T01:CDS 25.0%
! TACTATACCTTATGTATTGA+AGG + Chr5:34655728-34655747 MsG0580026319.01.T01:CDS 25.0%
! TTAGATATGTATGCAAAATG+TGG + Chr5:34656248-34656267 MsG0580026319.01.T01:CDS 25.0%
! TTTACGATATGGAAAAAGTT+GGG + Chr5:34656390-34656409 MsG0580026319.01.T01:CDS 25.0%
!! AAAATGTGGAAATTTGGAAT+TGG + Chr5:34656262-34656281 MsG0580026319.01.T01:CDS 25.0%
!! TTTTACGATATGGAAAAAGT+TGG + Chr5:34656389-34656408 MsG0580026319.01.T01:CDS 25.0%
AGGGATATGTTGAAAATCAA+AGG + Chr5:34656815-34656834 MsG0580026319.01.T01:CDS 30.0%
ATCGATATTTGAATCGATCA+AGG + Chr5:34656189-34656208 MsG0580026319.01.T01:CDS 30.0%
CTTGTGTTTGATATCTATGT+GGG + Chr5:34655816-34655835 MsG0580026319.01.T01:CDS 30.0%
GAAATATAGTGATGCTAGAA+GGG + Chr5:34656790-34656809 MsG0580026319.01.T01:CDS 30.0%
GCAATGAATGTTATATCATC+AGG - Chr5:34656422-34656441 None:intergenic 30.0%
GGATATGTTGAAAATCAAAG+GGG + Chr5:34656817-34656836 MsG0580026319.01.T01:CDS 30.0%
GGGATATGTTGAAAATCAAA+GGG + Chr5:34656816-34656835 MsG0580026319.01.T01:CDS 30.0%
GTATGCAAAATGTGGAAATT+TGG + Chr5:34656256-34656275 MsG0580026319.01.T01:CDS 30.0%
GTGTTGTATATACAAACTGT+GGG - Chr5:34655615-34655634 None:intergenic 30.0%
TAAAACTCTGCTTAAAGCAA+AGG - Chr5:34655517-34655536 None:intergenic 30.0%
TCTTGTGTTTGATATCTATG+TGG + Chr5:34655815-34655834 MsG0580026319.01.T01:CDS 30.0%
TGTGTTGTATATACAAACTG+TGG - Chr5:34655616-34655635 None:intergenic 30.0%
TGTTGTATATACAAACTGTG+GGG - Chr5:34655614-34655633 None:intergenic 30.0%
TTACGATATGGAAAAAGTTG+GGG + Chr5:34656391-34656410 MsG0580026319.01.T01:CDS 30.0%
! AAATGAAGGTTTGAAGTTGT+TGG + Chr5:34656475-34656494 MsG0580026319.01.T01:CDS 30.0%
! CTTTAGGGAAAATGATTCAT+GGG + Chr5:34655775-34655794 MsG0580026319.01.T01:CDS 30.0%
! TCTTTAGGGAAAATGATTCA+TGG + Chr5:34655774-34655793 MsG0580026319.01.T01:CDS 30.0%
!! ATTGAAGCTGTTTTACGATA+TGG + Chr5:34656379-34656398 MsG0580026319.01.T01:CDS 30.0%
AAAAACTCATCCACAAATGG+AGG + Chr5:34656907-34656926 MsG0580026319.01.T01:CDS 35.0%
AAGCGAACATTATGGTTGTT+TGG + Chr5:34656532-34656551 MsG0580026319.01.T01:CDS 35.0%
CATGGGTATGGTTCAAAATT+GGG + Chr5:34655792-34655811 MsG0580026319.01.T01:CDS 35.0%
CGAAAAAACTCATCCACAAA+TGG + Chr5:34656904-34656923 MsG0580026319.01.T01:CDS 35.0%
CTATGTGGGTAATAGTTTGA+TGG + Chr5:34655830-34655849 MsG0580026319.01.T01:CDS 35.0%
CTCACAAATATAGACTCATC+CGG - Chr5:34656116-34656135 None:intergenic 35.0%
GGAAATATAGTGATGCTAGA+AGG + Chr5:34656789-34656808 MsG0580026319.01.T01:CDS 35.0%
TCATGGGTATGGTTCAAAAT+TGG + Chr5:34655791-34655810 MsG0580026319.01.T01:CDS 35.0%
TGAAATTCCTAGCTTAAGTG+CGG + Chr5:34655902-34655921 MsG0580026319.01.T01:CDS 35.0%
TGTGCAAAATAGTTGCTTCA+AGG + Chr5:34656046-34656065 MsG0580026319.01.T01:CDS 35.0%
TGTTGGAATGCTATGATTTC+TGG + Chr5:34656326-34656345 MsG0580026319.01.T01:CDS 35.0%
TTCTTGGAGTGTGATGATTT+CGG + Chr5:34655926-34655945 MsG0580026319.01.T01:CDS 35.0%
TTGATTTACTAAGCAGAGCA+GGG + Chr5:34656555-34656574 MsG0580026319.01.T01:CDS 35.0%
TTGGATAATCACATTCACAG+TGG + Chr5:34656728-34656747 MsG0580026319.01.T01:CDS 35.0%
TTTACTGCTTGTAGTTACTC+AGG + Chr5:34656446-34656465 MsG0580026319.01.T01:CDS 35.0%
! ATGGCAATGTACTGTGTTTT+TGG + Chr5:34655849-34655868 MsG0580026319.01.T01:CDS 35.0%
! CTAATTTGTATGCAGCATCT+GGG + Chr5:34656768-34656787 MsG0580026319.01.T01:CDS 35.0%
! TCTAATTTGTATGCAGCATC+TGG + Chr5:34656767-34656786 MsG0580026319.01.T01:CDS 35.0%
!! CAACCATAATGTTCGCTTTT+TGG - Chr5:34656530-34656549 None:intergenic 35.0%
!! GAATGCTATGATTTCTGGTA+TGG + Chr5:34656331-34656350 MsG0580026319.01.T01:CDS 35.0%
AAGTGAGAGACGTTGTATGT+TGG + Chr5:34656309-34656328 MsG0580026319.01.T01:CDS 40.0%
ATAGTGATGCTAGAAGGGTA+AGG + Chr5:34656795-34656814 MsG0580026319.01.T01:CDS 40.0%
ATATGGGGTGCAATGATTTC+TGG + Chr5:34656020-34656039 MsG0580026319.01.T01:CDS 40.0%
CCACAAGCCTTCAATACATA+AGG - Chr5:34655738-34655757 None:intergenic 40.0%
CCTTATGTATTGAAGGCTTG+TGG + Chr5:34655735-34655754 MsG0580026319.01.T01:CDS 40.0%
CTGAGTGCATGTTGTAATCA+TGG + Chr5:34656662-34656681 MsG0580026319.01.T01:CDS 40.0%
GAAAATCAAAGGGGCAAACA+AGG + Chr5:34656826-34656845 MsG0580026319.01.T01:CDS 40.0%
GCAGTTGACTGATATAGTAC+CGG + Chr5:34656094-34656113 MsG0580026319.01.T01:CDS 40.0%
GGGAAAATGATTCATGGGTA+TGG + Chr5:34655780-34655799 MsG0580026319.01.T01:CDS 40.0%
GTACTCAAACGAACACTCAA+TGG - Chr5:34656221-34656240 None:intergenic 40.0%
GTGCCAAAAAGCGAACATTA+TGG + Chr5:34656524-34656543 MsG0580026319.01.T01:CDS 40.0%
TAGTGATGCTAGAAGGGTAA+GGG + Chr5:34656796-34656815 MsG0580026319.01.T01:CDS 40.0%
TCTTGGAGTGTGATGATTTC+GGG + Chr5:34655927-34655946 MsG0580026319.01.T01:CDS 40.0%
TGAGAAGGATAAGGGGATAT+GGG + Chr5:34656004-34656023 MsG0580026319.01.T01:CDS 40.0%
TGCTTGTAGTTACTCAGGAT+TGG + Chr5:34656451-34656470 MsG0580026319.01.T01:CDS 40.0%
TGTAGCTCAGTAGAGATTGA+TGG + Chr5:34656857-34656876 MsG0580026319.01.T01:CDS 40.0%
TTCAAAGACTCTGCATGCAT+AGG - Chr5:34655580-34655599 None:intergenic 40.0%
TTCAGAGCCATTCCATGAAT+TGG - Chr5:34656618-34656637 None:intergenic 40.0%
! CATCTAGGTGCTTTGGATAT+TGG + Chr5:34656155-34656174 MsG0580026319.01.T01:CDS 40.0%
! GAAAGTGGGTGATGTTGATT+CGG + Chr5:34655956-34655975 MsG0580026319.01.T01:CDS 40.0%
! GTGCTTTGGATATTGGTGTT+TGG + Chr5:34656162-34656181 MsG0580026319.01.T01:CDS 40.0%
! GTTGATTTACTAAGCAGAGC+AGG + Chr5:34656554-34656573 MsG0580026319.01.T01:CDS 40.0%
! TACTCAGGATTGGCAAATGA+AGG + Chr5:34656461-34656480 MsG0580026319.01.T01:CDS 40.0%
!! ATTTCGGGTTATGCGAAAGT+GGG + Chr5:34655942-34655961 MsG0580026319.01.T01:CDS 40.0%
!! ATTTCTGGTATGGCAATGCA+TGG + Chr5:34656341-34656360 MsG0580026319.01.T01:CDS 40.0%
!!! TTGTGGATGAGTTTTTTCGC+CGG - Chr5:34656903-34656922 None:intergenic 40.0%
ATCTCTACTGAGCTACAACC+TGG - Chr5:34656854-34656873 None:intergenic 45.0%
CAAGAAACCGCACTTAAGCT+AGG - Chr5:34655912-34655931 None:intergenic 45.0%
CATATCCCCTTATCCTTCTC+AGG - Chr5:34656005-34656024 None:intergenic 45.0%
CATGCACAAGTCTTCACAAC+AGG + Chr5:34655477-34655496 MsG0580026319.01.T01:CDS 45.0%
CTAGCTTAAGTGCGGTTTCT+TGG + Chr5:34655910-34655929 MsG0580026319.01.T01:CDS 45.0%
CTGAGAAGGATAAGGGGATA+TGG + Chr5:34656003-34656022 MsG0580026319.01.T01:CDS 45.0%
CTTGTGCATGTGCTTGTTTG+AGG - Chr5:34655467-34655486 None:intergenic 45.0%
CTTTCTGCTTGTGCTCATCT+AGG + Chr5:34656140-34656159 MsG0580026319.01.T01:CDS 45.0%
GAGAAGGATAAGGGGATATG+GGG + Chr5:34656005-34656024 MsG0580026319.01.T01:CDS 45.0%
GAGTGTATCTCCTCCATTTG+TGG - Chr5:34656920-34656939 None:intergenic 45.0%
GTATGGCAATGCATGGAGAT+GGG + Chr5:34656348-34656367 MsG0580026319.01.T01:CDS 45.0%
TTGTGCTCATCTAGGTGCTT+TGG + Chr5:34656148-34656167 MsG0580026319.01.T01:CDS 45.0%
! AGGGCTTTTCGAAGAAGCTA+TGG + Chr5:34656574-34656593 MsG0580026319.01.T01:CDS 45.0%
!! GAATGGCTCTGAAGAGACAT+TGG + Chr5:34656625-34656644 MsG0580026319.01.T01:CDS 45.0%
!! GATTTCGGGTTATGCGAAAG+TGG + Chr5:34655941-34655960 MsG0580026319.01.T01:CDS 45.0%
!! TGCTGAGAAAGTGTTGCAGT+TGG + Chr5:34656709-34656728 MsG0580026319.01.T01:CDS 45.0%
!!! GTACTGTGTTTTTGGCGATG+TGG + Chr5:34655857-34655876 MsG0580026319.01.T01:CDS 45.0%
AAGCGCCTGAGAAGGATAAG+GGG + Chr5:34655997-34656016 MsG0580026319.01.T01:CDS 50.0%
GCAATGCATGGAGATGGGAA+AGG + Chr5:34656353-34656372 MsG0580026319.01.T01:CDS 50.0%
GGTATGGCAATGCATGGAGA+TGG + Chr5:34656347-34656366 MsG0580026319.01.T01:CDS 50.0%
GTTGTCAGCGAGTTCATTGC+CGG + Chr5:34656881-34656900 MsG0580026319.01.T01:CDS 50.0%
! GAAGCGCCTGAGAAGGATAA+GGG + Chr5:34655996-34656015 MsG0580026319.01.T01:CDS 50.0%
! TGAAGCGCCTGAGAAGGATA+AGG + Chr5:34655995-34656014 MsG0580026319.01.T01:CDS 50.0%
!! GCTCTGAAGAGACATTGGCT+TGG + Chr5:34656630-34656649 MsG0580026319.01.T01:CDS 50.0%
TTGGCGATGTGGTAGCTGCA+CGG + Chr5:34655868-34655887 MsG0580026319.01.T01:CDS 55.0%
! AAAGGGGCAAACAAGGCACC+AGG + Chr5:34656833-34656852 MsG0580026319.01.T01:CDS 55.0%
! CTTCGATGAAGCGCCTGAGA+AGG + Chr5:34655989-34656008 MsG0580026319.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr5 gene 34655456 34656982 34655456 ID=MsG0580026319.01;Name=MsG0580026319.01
Chr5 mRNA 34655456 34656982 34655456 ID=MsG0580026319.01.T01;Parent=MsG0580026319.01;Name=MsG0580026319.01.T01;_AED=0.27;_eAED=0.27;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|508
Chr5 exon 34655456 34656982 34655456 ID=MsG0580026319.01.T01:exon:25476;Parent=MsG0580026319.01.T01
Chr5 CDS 34655456 34656982 34655456 ID=MsG0580026319.01.T01:cds;Parent=MsG0580026319.01.T01
Gene Sequence

>MsG0580026319.01.T01

ATGAAACACCTCAAACAAGCACATGCACAAGTCTTCACAACAGGTCTTGAAAACAATACCTTTGCTTTAAGCAGAGTTTTAGCTTTATGTTCATCACACAAAGATCATGATGAAAGTCTCACCTATGCATGCAGAGTCTTTGAACAAATTCACAACCCCACAGTTTGTATATACAACACAATAATCAAAGCTTTTCTACTTAATAATAAGTTCAAAAGTGCACTTCAAGTGTTTGTTAAAATGCTTCAAAGTGAATTGAAACCTGATAATTATACTATACCTTATGTATTGAAGGCTTGTGGAACATTTCATGATTGTTCTTTAGGGAAAATGATTCATGGGTATGGTTCAAAATTGGGTCTTGTGTTTGATATCTATGTGGGTAATAGTTTGATGGCAATGTACTGTGTTTTTGGCGATGTGGTAGCTGCACGGTACGTGTTTGATGAAATTCCTAGCTTAAGTGCGGTTTCTTGGAGTGTGATGATTTCGGGTTATGCGAAAGTGGGTGATGTTGATTCGGCTAGATTGTTCTTCGATGAAGCGCCTGAGAAGGATAAGGGGATATGGGGTGCAATGATTTCTGGTTATGTGCAAAATAGTTGCTTCAAGGAAAGTCTTTATTTGTTTCGTTTGATGCAGTTGACTGATATAGTACCGGATGAGTCTATATTTGTGAGCATTCTTTCTGCTTGTGCTCATCTAGGTGCTTTGGATATTGGTGTTTGGATTCATCGATATTTGAATCGATCAAGGCTAGTACCATTGAGTGTTCGTTTGAGTACTAGTTTATTAGATATGTATGCAAAATGTGGAAATTTGGAATTGGCAAAAAGATTATTCAATTCAATGAAAGTGAGAGACGTTGTATGTTGGAATGCTATGATTTCTGGTATGGCAATGCATGGAGATGGGAAAGGTGCATTGAAGCTGTTTTACGATATGGAAAAAGTTGGGGTAAAACCTGATGATATAACATTCATTGCAGTTTTTACTGCTTGTAGTTACTCAGGATTGGCAAATGAAGGTTTGAAGTTGTTGGATAAAATGTGTAGTGTTTACAACATTGTGCCAAAAAGCGAACATTATGGTTGTTTGGTTGATTTACTAAGCAGAGCAGGGCTTTTCGAAGAAGCTATGGTAATGATAAGAAAAATAACCAATTCATGGAATGGCTCTGAAGAGACATTGGCTTGGAGAGCATTTCTGAGTGCATGTTGTAATCATGGAGAAACTCAACTAGCTGAACTTGCTGCTGAGAAAGTGTTGCAGTTGGATAATCACATTCACAGTGGAGTATATGTTTTGCTTTCTAATTTGTATGCAGCATCTGGGAAATATAGTGATGCTAGAAGGGTAAGGGATATGTTGAAAATCAAAGGGGCAAACAAGGCACCAGGTTGTAGCTCAGTAGAGATTGATGGAGTTGTCAGCGAGTTCATTGCCGGCGAAAAAACTCATCCACAAATGGAGGAGATACACTCAGTTTTGAAGAAAATGCATATCCAGTTAGACTATAACCAATAG
Protein sequence

>MsG0580026319.01.T01

MKHLKQAHAQVFTTGLENNTFALSRVLALCSSHKDHDESLTYACRVFEQIHNPTVCIYNTIIKAFLLNNKFKSALQVFVKMLQSELKPDNYTIPYVLKACGTFHDCSLGKMIHGYGSKLGLVFDIYVGNSLMAMYCVFGDVVAARYVFDEIPSLSAVSWSVMISGYAKVGDVDSARLFFDEAPEKDKGIWGAMISGYVQNSCFKESLYLFRLMQLTDIVPDESIFVSILSACAHLGALDIGVWIHRYLNRSRLVPLSVRLSTSLLDMYAKCGNLELAKRLFNSMKVRDVVCWNAMISGMAMHGDGKGALKLFYDMEKVGVKPDDITFIAVFTACSYSGLANEGLKLLDKMCSVYNIVPKSEHYGCLVDLLSRAGLFEEAMVMIRKITNSWNGSEETLAWRAFLSACCNHGETQLAELAAEKVLQLDNHIHSGVYVLLSNLYAASGKYSDARRVRDMLKIKGANKAPGCSSVEIDGVVSEFIAGEKTHPQMEEIHSVLKKMHIQLDYNQ*