AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680034301.01


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MsG0680034301.01.T01 AT1G33720 36.911 382 219 9 176 546 2 372 2.49e-75 244
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MsG0680034301.01.T01 AT1G33720 34.988 403 223 9 176 546 2 397 7.80e-71 233
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MsG0680034301.01.T01 AT3G20080 33.121 471 288 10 82 537 43 501 4.47e-67 226
MsG0680034301.01.T01 AT5G09970 31.141 517 316 19 50 547 38 533 1.85e-66 225
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MsG0680034301.01.T01 AT3G20960 31.884 414 259 10 146 549 4 404 4.12e-62 210
MsG0680034301.01.T01 AT2G45580 32.877 365 223 9 196 549 1 354 5.00e-62 208
MsG0680034301.01.T01 AT3G26180 39.033 269 156 5 280 547 104 365 6.38e-62 208
MsG0680034301.01.T01 AT3G26180 50.526 95 46 1 57 150 5 99 1.02e-18 88.6
MsG0680034301.01.T01 AT2G05180 35.446 426 250 10 55 468 13 425 1.08e-61 210
MsG0680034301.01.T01 AT4G39950 29.757 494 304 14 82 550 57 532 5.35e-61 211
MsG0680034301.01.T01 AT4G39950 29.757 494 304 14 82 550 97 572 1.06e-60 211
MsG0680034301.01.T01 AT2G30490 32.533 458 274 13 92 531 44 484 3.59e-60 207
MsG0680034301.01.T01 AT5G24960 35.629 334 199 7 82 409 34 357 3.74e-60 204
MsG0680034301.01.T01 AT1G66540 36.688 308 167 9 247 551 36 318 5.91e-60 202
MsG0680034301.01.T01 AT4G20240 34.160 363 221 6 80 436 32 382 8.11e-60 203
MsG0680034301.01.T01 AT2G22330 28.273 527 338 13 45 550 27 534 2.11e-58 204
MsG0680034301.01.T01 AT2G22330 28.273 527 338 13 45 550 50 557 2.24e-58 204
MsG0680034301.01.T01 AT3G53290 31.690 426 250 11 132 547 9 403 1.31e-57 198
MsG0680034301.01.T01 AT4G15380 30.088 452 293 11 106 549 68 504 2.68e-57 200
MsG0680034301.01.T01 AT2G27010 31.166 446 261 15 95 525 50 464 5.59e-57 199
MsG0680034301.01.T01 AT3G20120 32.474 388 231 11 176 544 1 376 8.51e-56 192
MsG0680034301.01.T01 AT3G20120 32.474 388 231 11 176 544 1 376 8.51e-56 192
MsG0680034301.01.T01 AT3G20120 32.474 388 231 11 176 544 1 376 8.51e-56 192
MsG0680034301.01.T01 AT3G20090 31.421 366 229 8 176 532 1 353 2.21e-54 189
MsG0680034301.01.T01 AT3G61040 30.585 376 243 5 78 446 30 394 6.86e-54 187
MsG0680034301.01.T01 AT1G16400 26.953 512 323 14 55 529 15 512 4.05e-53 189
MsG0680034301.01.T01 AT1G64940 27.823 496 305 15 82 546 34 507 1.48e-52 187
MsG0680034301.01.T01 AT5G36220 32.951 349 203 9 211 551 25 350 1.87e-52 182
MsG0680034301.01.T01 AT1G16410 25.577 520 333 13 50 529 8 513 6.70e-52 186
MsG0680034301.01.T01 AT2G25160 30.730 397 234 12 55 428 13 391 5.87e-51 181
MsG0680034301.01.T01 AT3G25180 30.925 346 223 6 85 419 40 380 1.04e-49 177
MsG0680034301.01.T01 AT3G20080 31.649 376 231 9 176 537 1 364 6.53e-49 174
MsG0680034301.01.T01 AT3G20080 31.649 376 231 9 176 537 1 364 6.53e-49 174
MsG0680034301.01.T01 AT3G20080 31.649 376 231 9 176 537 1 364 6.53e-49 174
MsG0680034301.01.T01 AT3G20080 31.649 376 231 9 176 537 1 364 6.53e-49 174
MsG0680034301.01.T01 AT1G64950 27.621 496 306 14 82 546 33 506 9.04e-49 177
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MsG0680034301.01.T01 AT1G64930 26.273 491 324 14 82 549 33 508 3.00e-46 170
MsG0680034301.01.T01 AT1G11600 27.634 503 328 15 55 536 9 496 5.57e-45 166
MsG0680034301.01.T01 AT3G20935 31.609 348 191 13 235 549 1 334 1.34e-44 161
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MsG0680034301.01.T01 AT5G35917 28.800 500 266 16 82 550 43 483 1.59e-42 159
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MsG0680034301.01.T01 AT1G13090 30.986 284 175 6 71 346 24 294 7.20e-38 142
MsG0680034301.01.T01 AT1G16410 24.344 419 272 10 50 436 8 413 2.25e-37 143
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MsG0680034301.01.T01 AT5G25900 24.948 481 318 12 83 545 48 503 1.85e-36 142
MsG0680034301.01.T01 AT2G45560 33.617 235 143 5 54 276 7 240 2.14e-35 133
MsG0680034301.01.T01 AT3G53305 44.444 135 69 1 396 530 184 312 5.44e-33 129
MsG0680034301.01.T01 AT3G53305 28.659 164 108 2 116 270 1 164 1.02e-13 73.2
MsG0680034301.01.T01 AT4G20235 30.973 226 128 5 81 300 31 234 1.03e-26 111
MsG0680034301.01.T01 AT4G20235 33.582 134 78 1 382 515 206 328 3.12e-16 80.5
MsG0680034301.01.T01 AT1G31800 25.349 430 290 11 105 520 132 544 1.65e-26 114
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MsG0680034301.01.T01 AT5G52320 27.309 249 169 5 277 520 237 478 8.86e-22 99.0
MsG0680034301.01.T01 AT2G44890 23.239 426 280 11 121 519 77 482 1.56e-21 98.6
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MsG0680034301.01.T01 AT1G57750 24.797 246 174 4 277 520 236 472 3.76e-21 97.1
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MsG0680034301.01.T01 AT2G29090 24.516 465 287 15 72 517 37 456 6.69e-21 96.3
MsG0680034301.01.T01 AT3G14610 24.337 415 285 10 112 517 91 485 1.12e-20 95.9
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MsG0680034301.01.T01 AT4G19230 24.000 450 278 18 82 517 37 436 2.31e-20 94.7
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MsG0680034301.01.T01 AT5G24910 26.000 250 166 6 277 517 266 505 9.66e-20 93.2
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MsG0680034301.01.T01 AT3G14690 23.389 419 287 15 110 517 90 485 6.30e-16 81.3
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MsG0680034301.01.T01 AT1G57750 25.248 202 141 3 277 477 236 428 4.25e-15 78.2
MsG0680034301.01.T01 AT2G26170 25.847 236 161 6 281 513 181 405 4.80e-15 77.8
MsG0680034301.01.T01 AT1G55940 23.045 486 319 18 55 519 18 469 6.87e-15 77.8
MsG0680034301.01.T01 AT2G23180 22.568 257 189 4 277 524 237 492 7.83e-15 77.8
MsG0680034301.01.T01 AT5G23190 20.000 505 346 12 50 520 36 516 1.30e-14 77.0
MsG0680034301.01.T01 AT1G13140 25.391 256 169 6 270 510 216 464 1.48e-14 76.6
MsG0680034301.01.T01 AT1G13140 24.597 248 157 6 280 510 256 490 2.16e-14 76.3
MsG0680034301.01.T01 AT1G47620 23.137 255 186 5 277 524 244 495 2.55e-14 76.3
MsG0680034301.01.T01 AT3G61035 29.044 272 163 11 90 351 51 302 5.87e-14 73.6
MsG0680034301.01.T01 AT1G73340 23.739 476 304 20 57 515 20 453 9.57e-14 74.3
MsG0680034301.01.T01 AT1G05160 22.844 429 282 13 82 494 46 441 1.00e-13 73.9
MsG0680034301.01.T01 AT1G05160 22.844 429 282 13 82 494 46 441 1.00e-13 73.9
MsG0680034301.01.T01 AT4G39480 22.957 257 182 5 277 520 236 489 1.27e-13 73.9
MsG0680034301.01.T01 AT4G32170 22.634 243 183 4 277 517 235 474 1.40e-13 73.6
MsG0680034301.01.T01 AT3G14660 23.607 305 214 8 218 517 49 339 1.69e-13 72.8
MsG0680034301.01.T01 AT1G75130 23.007 439 306 12 86 517 63 476 1.93e-13 73.2
MsG0680034301.01.T01 AT2G45970 22.541 488 322 16 61 510 7 476 2.31e-13 73.2
MsG0680034301.01.T01 AT5G38970 22.587 487 311 18 56 526 10 446 5.52e-13 71.6
MsG0680034301.01.T01 AT5G38450 22.458 472 300 15 84 517 46 489 6.52e-13 71.6
MsG0680034301.01.T01 AT2G32440 22.300 426 286 13 82 494 45 438 6.58e-13 71.6
MsG0680034301.01.T01 AT2G32440 22.300 426 286 13 82 494 45 438 6.58e-13 71.6
MsG0680034301.01.T01 AT5G08250 20.155 258 183 3 277 519 202 451 9.17e-13 71.2
MsG0680034301.01.T01 AT5G08250 20.155 258 183 3 277 519 264 513 9.29e-13 71.2
MsG0680034301.01.T01 AT1G67110 28.859 149 102 2 371 519 341 485 2.00e-12 70.1
MsG0680034301.01.T01 AT3G14640 21.229 358 257 8 170 517 145 487 2.52e-12 69.7
MsG0680034301.01.T01 AT3G14640 21.229 358 257 8 170 517 167 509 3.00e-12 69.7
MsG0680034301.01.T01 AT2G46960 22.197 437 288 16 100 515 82 487 4.38e-12 68.9
MsG0680034301.01.T01 AT1G11680 19.497 477 337 15 56 517 14 458 5.10e-12 68.6
MsG0680034301.01.T01 AT2G46950 24.444 225 157 4 297 517 328 543 1.59e-11 67.4
MsG0680034301.01.T01 AT5G38970 23.823 361 234 14 180 526 32 365 7.21e-11 64.7
MsG0680034301.01.T01 AT5G38970 23.823 361 234 14 180 526 32 365 7.21e-11 64.7
MsG0680034301.01.T01 AT5G58860 22.872 188 132 2 336 510 287 474 8.58e-11 65.1

Find 108 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 160 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TCCTAACTTCAAGGACATTA+TGG 0.160597 6:-85289940 None:intergenic
CCAATTATTGGCAATGGTTT+TGG 0.201319 6:-85289852 None:intergenic
CCAAAACCATTGCCAATAAT+TGG 0.239588 6:+85289852 MsG0680034301.01.T01:CDS
GATGATAGATTCAATATAAA+TGG 0.253688 6:+85290323 MsG0680034301.01.T01:CDS
ATGTGAAGGTTACCAATTAT+TGG 0.259906 6:-85289864 None:intergenic
GTCTATTATAATAGCCTTGA+TGG 0.266383 6:-85291216 None:intergenic
GCTAGCCCCATTTGATCTTC+AGG 0.269187 6:+85290406 MsG0680034301.01.T01:CDS
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TATTGGTCATAAAATGATAA+TGG 0.283462 6:+85290289 MsG0680034301.01.T01:CDS
AGAATAGATAGAAATGGTTT+TGG 0.287585 6:-85289696 None:intergenic
AATATAACAAAGATCAATTC+AGG 0.288450 6:-85289756 None:intergenic
AACTACTGTGAAGTTTGTTC+TGG 0.294835 6:+85291691 MsG0680034301.01.T01:CDS
TTAATAAATGCATGGACAAT+AGG 0.308192 6:+85291521 MsG0680034301.01.T01:CDS
CTTCTTGGGATTCCATTTGT+TGG 0.315755 6:-85291169 None:intergenic
ATTGGTAACCTTCACATGAT+AGG 0.321640 6:+85289870 MsG0680034301.01.T01:CDS
AAATTTGCCTTATTTGACTA+TGG 0.322272 6:+85291388 MsG0680034301.01.T01:CDS
AACTTGTGCACTGCTTCAAT+TGG 0.326182 6:+85291717 MsG0680034301.01.T01:CDS
TTCACAACCATAGTCAAATA+AGG 0.339833 6:-85291395 None:intergenic
CCTAACTTCAAGGACATTAT+GGG 0.348504 6:-85289939 None:intergenic
GGCCTAACTTTCACCGAGTA+TGG 0.361254 6:+85290086 MsG0680034301.01.T01:CDS
GTTGATCTTATAGAGAATAT+TGG 0.367191 6:+85290272 MsG0680034301.01.T01:CDS
TAACATACCTGAAGATCAAA+TGG 0.390291 6:-85290413 None:intergenic
GTTAAACCCATCCGCATTCC+AGG 0.398251 6:-85291671 None:intergenic
ATTGGTCATAAAATGATAAT+GGG 0.416828 6:+85290290 MsG0680034301.01.T01:CDS
TTGGACTTGTCCTAACTTCA+AGG 0.419680 6:-85289949 None:intergenic
GGTGCTAACAAAGGTCCAAC+AGG 0.424597 6:-85291437 None:intergenic
GTTTCAGATTATGTCACATA+TGG 0.425874 6:+85290056 MsG0680034301.01.T01:CDS
CCTTTGAGAAAGGAAGAGTT+GGG 0.436448 6:+85290182 MsG0680034301.01.T01:CDS
CCCATAATGTCCTTGAAGTT+AGG 0.438193 6:+85289939 MsG0680034301.01.T01:CDS
TGAAAGAGAATAGATAGAAA+TGG 0.438271 6:-85289702 None:intergenic
TCACCGAGTATGGTGACAAT+TGG 0.441727 6:+85290096 MsG0680034301.01.T01:CDS
ATCTAGCTGACTTCGTGCCT+TGG 0.447737 6:+85290384 MsG0680034301.01.T01:CDS
CACCATACTCGGTGAAAGTT+AGG 0.457742 6:-85290088 None:intergenic
TTACTATCTTCAAATCTCTC+TGG 0.468799 6:-85291587 None:intergenic
TAATAAATGCATGGACAATA+GGG 0.469785 6:+85291522 MsG0680034301.01.T01:CDS
GTGACAATTGGCGCAATATG+AGG 0.470749 6:+85290108 MsG0680034301.01.T01:CDS
ACTTGTGCACTGCTTCAATT+GGG 0.474087 6:+85291718 MsG0680034301.01.T01:CDS
TCCTTTGAGAAAGGAAGAGT+TGG 0.476606 6:+85290181 MsG0680034301.01.T01:CDS
TCCAACAGGGTACAACCTTA+AGG 0.477014 6:-85291423 None:intergenic
CTTCAAGATGTTGTTGTCGA+TGG 0.477931 6:+85291470 MsG0680034301.01.T01:CDS
TGGTTGTGAAAGAGACCTTA+AGG 0.478819 6:+85291408 MsG0680034301.01.T01:CDS
CAGACATGTCTAACTCATCA+AGG 0.479781 6:-85291760 None:intergenic
ACCTTAAGGTTGTACCCTGT+TGG 0.485457 6:+85291422 MsG0680034301.01.T01:CDS
TCTCTTTGTTCTCCAATCGA+TGG 0.486086 6:-85291101 None:intergenic
TGTTGATGTCCACAAGGTTG+TGG 0.487203 6:+85290250 MsG0680034301.01.T01:CDS
ATCACTCATGAACCAACAAA+TGG 0.487253 6:+85291157 MsG0680034301.01.T01:CDS
TTGGTAACCTTCACATGATA+GGG 0.492605 6:+85289871 MsG0680034301.01.T01:CDS
GATGTTTGCTCCTTTGAGAA+AGG 0.499244 6:+85290172 MsG0680034301.01.T01:CDS
AACATACCTGAAGATCAAAT+GGG 0.501775 6:-85290412 None:intergenic
ACACGTGATGTTTGTGAACA+TGG 0.505628 6:+85289593 None:intergenic
TCAGGGATAGCTAATATTTG+AGG 0.507427 6:-85289738 None:intergenic
TAGGGAGAGATACTAAGGTT+TGG 0.508555 6:+85291540 MsG0680034301.01.T01:CDS
GTGATGAAACCACAATGGTT+TGG 0.508876 6:-85289968 None:intergenic
AAACACTATCATGGGTCTTG+AGG 0.509745 6:-85290010 None:intergenic
GACAATAGGGAGAGATACTA+AGG 0.510140 6:+85291535 MsG0680034301.01.T01:CDS
GATAGTAATGTAGATCTTCG+TGG 0.514672 6:+85291602 MsG0680034301.01.T01:CDS
TGAATCTATCATCCTTGCTC+CGG 0.517706 6:-85290313 None:intergenic
AAAATGTGGTTGGAATGAAT+AGG 0.520013 6:+85291342 MsG0680034301.01.T01:CDS
GAAGGAGTTTGACGAACTGT+TGG 0.520629 6:+85291052 MsG0680034301.01.T01:CDS
AGGAATAGTTCAGCAGTTTG+AGG 0.525639 6:-85289990 None:intergenic
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AGGTTACCAATTATTGGCAA+TGG 0.527655 6:-85289858 None:intergenic
TTCAATTGGGATCTTCCTGA+TGG 0.531799 6:+85291731 MsG0680034301.01.T01:CDS
ATGTTGTGCTTGATGGAGAA+TGG 0.534646 6:-85289672 None:intergenic
GCGCCAATTGTCACCATACT+CGG 0.536063 6:-85290099 None:intergenic
ATCTATAGCTGTAATTGAGT+GGG 0.540205 6:+85291262 MsG0680034301.01.T01:CDS
CCCAACTCTTCCTTTCTCAA+AGG 0.542485 6:-85290182 None:intergenic
CCTCTTCGACCTGATCCAAA+TGG 0.546216 6:-85291644 None:intergenic
AAGATCAAAGAAAACAATGA+AGG 0.547334 6:+85291034 MsG0680034301.01.T01:CDS
GAGCACGAGAATCCATCGAT+TGG 0.549879 6:+85291089 MsG0680034301.01.T01:CDS
GTCATAAAATGATAATGGGC+CGG 0.553047 6:+85290294 MsG0680034301.01.T01:CDS
AATGATAATGGGCCGGAGCA+AGG 0.560566 6:+85290301 MsG0680034301.01.T01:CDS
TGAAGCATGCAATAATTGCA+TGG 0.562058 6:-85290141 None:intergenic
CATCTATAGCTGTAATTGAG+TGG 0.562484 6:+85291261 MsG0680034301.01.T01:CDS
AGGTTGTCCTGGAATGCGGA+TGG 0.563988 6:+85291664 MsG0680034301.01.T01:CDS
GATGAGCTCGAAAATGTGGT+TGG 0.564967 6:+85291332 MsG0680034301.01.T01:CDS
ATAGGTTGGCACAGATAGCA+AGG 0.567708 6:-85291816 None:intergenic
TCATCAAGGGACATACCATC+AGG 0.568330 6:-85291746 None:intergenic
ATATAACAAAGATCAATTCA+GGG 0.583428 6:-85289755 None:intergenic
CATTGATAGAACAACCATCA+AGG 0.583983 6:+85291202 MsG0680034301.01.T01:CDS
TTATGTCACATATGGTAGCA+AGG 0.586238 6:+85290064 MsG0680034301.01.T01:CDS
GGTTGTCCTGGAATGCGGAT+GGG 0.588101 6:+85291665 MsG0680034301.01.T01:CDS
GCAAGTTGAAGAGACCGACT+TGG 0.589764 6:+85291364 MsG0680034301.01.T01:CDS
TATGTCACATATGGTAGCAA+GGG 0.593901 6:+85290065 MsG0680034301.01.T01:CDS
CCATTTGGATCAGGTCGAAG+AGG 0.596601 6:+85291644 MsG0680034301.01.T01:CDS
TCAAGATGAGCTCGAAAATG+TGG 0.602879 6:+85291328 MsG0680034301.01.T01:CDS
GAAGTTTCCCTATCATGTGA+AGG 0.603860 6:-85289878 None:intergenic
CCACTAAGAAAAGAGACGAT+AGG 0.614594 6:-85291834 None:intergenic
TAAGAAAAGAGACGATAGGT+TGG 0.619477 6:-85291830 None:intergenic
AGGGATTGAAGGGAACGATG+TGG 0.619752 6:-85289900 None:intergenic
TAAGATCAACCACAACCTTG+TGG 0.621762 6:-85290259 None:intergenic
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CTTTGAGAAAGGAAGAGTTG+GGG 0.626053 6:+85290183 MsG0680034301.01.T01:CDS
CACTCATGTGGTGCTAACAA+AGG 0.633177 6:-85291446 None:intergenic
GAAGAGGTTGTCCTGGAATG+CGG 0.635659 6:+85291660 MsG0680034301.01.T01:CDS
CACGTGATGTTTGTGAACAT+GGG 0.638364 6:+85289594 None:intergenic
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GAAATCATCTACATTACATG+AGG 0.650917 6:+85290226 MsG0680034301.01.T01:CDS
TTGAGGTGATGAAACCACAA+TGG 0.654905 6:-85289973 None:intergenic
ATGGGTAAAGAGATGCGCAA+CGG 0.666488 6:+85289612 MsG0680034301.01.T01:CDS
TAGGTTGGCACAGATAGCAA+GGG 0.680764 6:-85291815 None:intergenic
GGAGAACAAAGAGACCATCA+CGG 0.693324 6:+85291110 MsG0680034301.01.T01:CDS
ACATACCTGAAGATCAAATG+GGG 0.696368 6:-85290411 None:intergenic
ACATCTTGAAGACACTCATG+TGG 0.696641 6:-85291458 None:intergenic
GTGCTAACAAAGGTCCAACA+GGG 0.705414 6:-85291436 None:intergenic
TTGTGCTTGATGGAGAATGG+AGG 0.734931 6:-85289669 None:intergenic
TGAGGTTGTTGATGTCCACA+AGG 0.740850 6:+85290244 MsG0680034301.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
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!!! AAAAAAGTTTTTTTTTAGAT+TGG - Chr6:85290735-85290754 None:intergenic 10.0%
!!! CATATCTTTTTATTATTTTT+GGG - Chr6:85290449-85290468 None:intergenic 10.0%
!!! TCATATCTTTTTATTATTTT+TGG - Chr6:85290450-85290469 None:intergenic 10.0%
!!! TTTGTAAAATGTTTTTAAAT+TGG - Chr6:85290705-85290724 None:intergenic 10.0%
!!! TTTTGATTTTTTTTTTTTGA+GGG - Chr6:85290659-85290678 None:intergenic 10.0%
!!! TTTTTGATTTTTTTTTTTTG+AGG - Chr6:85290660-85290679 None:intergenic 10.0%
!! ATTTATAATGAAATACTAAG+AGG + Chr6:85290898-85290917 MsG0680034301.01.T01:intron 15.0%
!! CTTAAAGTAAAATATTTGTA+TGG + Chr6:85290776-85290795 MsG0680034301.01.T01:intron 15.0%
!!! AAATATAGAATCTTTTGTTT+TGG + Chr6:85290590-85290609 MsG0680034301.01.T01:intron 15.0%
!!! GAATATTTTTTGATTTTACA+AGG - Chr6:85290637-85290656 None:intergenic 15.0%
!!! TAATCTGAAACAAAATTTTT+TGG - Chr6:85290047-85290066 None:intergenic 15.0%
!! AATATAACAAAGATCAATTC+AGG - Chr6:85289759-85289778 None:intergenic 20.0%
!! AATTCAACCATTGAATTTAA+AGG - Chr6:85290865-85290884 None:intergenic 20.0%
!! ACATTATATATTACCTCATA+AGG + Chr6:85291001-85291020 MsG0680034301.01.T01:intron 20.0%
!! ATATAACAAAGATCAATTCA+GGG - Chr6:85289758-85289777 None:intergenic 20.0%
!! ATTGGTCATAAAATGATAAT+GGG + Chr6:85290290-85290309 MsG0680034301.01.T01:CDS 20.0%
!! CATTATATATTACCTCATAA+GGG + Chr6:85291002-85291021 MsG0680034301.01.T01:intron 20.0%
!! GATGATAGATTCAATATAAA+TGG + Chr6:85290323-85290342 MsG0680034301.01.T01:CDS 20.0%
!! TAAAAAGATATGACATATTG+AGG + Chr6:85290457-85290476 MsG0680034301.01.T01:intron 20.0%
!! TATTGGTCATAAAATGATAA+TGG + Chr6:85290289-85290308 MsG0680034301.01.T01:CDS 20.0%
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!! TTTAGGCTTAAATATGTATA+TGG + Chr6:85290499-85290518 MsG0680034301.01.T01:intron 20.0%
!!! AAGTTTTTTTTTAGATTGGA+TGG - Chr6:85290731-85290750 None:intergenic 20.0%
!!! AATGACATAATTTTCTTCTT+GGG - Chr6:85291186-85291205 None:intergenic 20.0%
!!! CAATAGTTTTAATAAATGCA+TGG + Chr6:85291513-85291532 MsG0680034301.01.T01:CDS 20.0%
! AAGATCAAAGAAAACAATGA+AGG + Chr6:85291034-85291053 MsG0680034301.01.T01:CDS 25.0%
! AGGATTAAAACAAAACAACA+AGG - Chr6:85290617-85290636 None:intergenic 25.0%
! ATCTACTCCTTTAAATTCAA+TGG + Chr6:85290855-85290874 MsG0680034301.01.T01:intron 25.0%
! CCAAAAAAAAAATGTTTGCA+AGG - Chr6:85290557-85290576 None:intergenic 25.0%
! GTTGATCTTATAGAGAATAT+TGG + Chr6:85290272-85290291 MsG0680034301.01.T01:CDS 25.0%
! TAATAAATGCATGGACAATA+GGG + Chr6:85291522-85291541 MsG0680034301.01.T01:CDS 25.0%
! TGAAAGAGAATAGATAGAAA+TGG - Chr6:85289705-85289724 None:intergenic 25.0%
! TTAATAAATGCATGGACAAT+AGG + Chr6:85291521-85291540 MsG0680034301.01.T01:CDS 25.0%
!! AGAATAGATAGAAATGGTTT+TGG - Chr6:85289699-85289718 None:intergenic 25.0%
!! CAATGACATAATTTTCTTCT+TGG - Chr6:85291187-85291206 None:intergenic 25.0%
!! CTACAATTTTTCACTCAAAA+TGG + Chr6:85289796-85289815 MsG0680034301.01.T01:CDS 25.0%
!! GAATAGATAGAAATGGTTTT+GGG - Chr6:85289698-85289717 None:intergenic 25.0%
!! GATTTTCAACTTTTACCATT+TGG + Chr6:85291629-85291648 MsG0680034301.01.T01:CDS 25.0%
!!! AAATTTGCCTTATTTGACTA+TGG + Chr6:85291388-85291407 MsG0680034301.01.T01:CDS 25.0%
!!! CCTTGCAAACATTTTTTTTT+TGG + Chr6:85290554-85290573 MsG0680034301.01.T01:intron 25.0%
AAAATGTGGTTGGAATGAAT+AGG + Chr6:85291342-85291361 MsG0680034301.01.T01:CDS 30.0%
AACATACCTGAAGATCAAAT+GGG - Chr6:85290415-85290434 None:intergenic 30.0%
ACTAGCAAAAACACTATCAT+GGG - Chr6:85290021-85290040 None:intergenic 30.0%
AGTACTAGATAAATGAGTTG+TGG - Chr6:85290973-85290992 None:intergenic 30.0%
ATCTATAGCTGTAATTGAGT+GGG + Chr6:85291262-85291281 MsG0680034301.01.T01:CDS 30.0%
ATGTGAAGGTTACCAATTAT+TGG - Chr6:85289867-85289886 None:intergenic 30.0%
CAATCCCTTTCTCAAAAATA+TGG + Chr6:85289915-85289934 MsG0680034301.01.T01:CDS 30.0%
GAAATCATCTACATTACATG+AGG + Chr6:85290226-85290245 MsG0680034301.01.T01:CDS 30.0%
GTTTCAGATTATGTCACATA+TGG + Chr6:85290056-85290075 MsG0680034301.01.T01:CDS 30.0%
TAACATACCTGAAGATCAAA+TGG - Chr6:85290416-85290435 None:intergenic 30.0%
TACTAGCAAAAACACTATCA+TGG - Chr6:85290022-85290041 None:intergenic 30.0%
TCAAAATGGCATCACAAAAA+TGG + Chr6:85289810-85289829 MsG0680034301.01.T01:CDS 30.0%
TTACTATCTTCAAATCTCTC+TGG - Chr6:85291590-85291609 None:intergenic 30.0%
TTCACAACCATAGTCAAATA+AGG - Chr6:85291398-85291417 None:intergenic 30.0%
! ATAAGGCAAATTTTCCAAGT+CGG - Chr6:85291381-85291400 None:intergenic 30.0%
! GTCTATTATAATAGCCTTGA+TGG - Chr6:85291219-85291238 None:intergenic 30.0%
!! ATGATAGTGTTTTTGCTAGT+AGG + Chr6:85290021-85290040 MsG0680034301.01.T01:CDS 30.0%
!! ATTTTTGAGAAAGGGATTGA+AGG - Chr6:85289914-85289933 None:intergenic 30.0%
!! TTTTTGAGAAAGGGATTGAA+GGG - Chr6:85289913-85289932 None:intergenic 30.0%
!!! GGTTTTTGGTTAATTCACTA+AGG + Chr6:85290204-85290223 MsG0680034301.01.T01:CDS 30.0%
AAATGGTAGGAAAAATCCAC+CGG + Chr6:85289827-85289846 MsG0680034301.01.T01:CDS 35.0%
AATGGCATCACAAAAATGGT+AGG + Chr6:85289814-85289833 MsG0680034301.01.T01:CDS 35.0%
ACATACCTGAAGATCAAATG+GGG - Chr6:85290414-85290433 None:intergenic 35.0%
AGACATGTCTAACTCATCAA+GGG - Chr6:85291762-85291781 None:intergenic 35.0%
AGGTTACCAATTATTGGCAA+TGG - Chr6:85289861-85289880 None:intergenic 35.0%
ATCACTCATGAACCAACAAA+TGG + Chr6:85291157-85291176 MsG0680034301.01.T01:CDS 35.0%
CATCTATAGCTGTAATTGAG+TGG + Chr6:85291261-85291280 MsG0680034301.01.T01:CDS 35.0%
CATTGATAGAACAACCATCA+AGG + Chr6:85291202-85291221 MsG0680034301.01.T01:CDS 35.0%
CCAAAACCATTGCCAATAAT+TGG + Chr6:85289852-85289871 MsG0680034301.01.T01:CDS 35.0%
CCTAACTTCAAGGACATTAT+GGG - Chr6:85289942-85289961 None:intergenic 35.0%
GATAGTAATGTAGATCTTCG+TGG + Chr6:85291602-85291621 MsG0680034301.01.T01:CDS 35.0%
TAAGAAAAGAGACGATAGGT+TGG - Chr6:85291833-85291852 None:intergenic 35.0%
TATGTCACATATGGTAGCAA+GGG + Chr6:85290065-85290084 MsG0680034301.01.T01:CDS 35.0%
TCAGGGATAGCTAATATTTG+AGG - Chr6:85289741-85289760 None:intergenic 35.0%
TCCTAACTTCAAGGACATTA+TGG - Chr6:85289943-85289962 None:intergenic 35.0%
TGAAGCATGCAATAATTGCA+TGG - Chr6:85290144-85290163 None:intergenic 35.0%
TGAAGTCTCTTCATTGTCTT+AGG - Chr6:85291311-85291330 None:intergenic 35.0%
TTATGTCACATATGGTAGCA+AGG + Chr6:85290064-85290083 MsG0680034301.01.T01:CDS 35.0%
! AACTACTGTGAAGTTTGTTC+TGG + Chr6:85291691-85291710 MsG0680034301.01.T01:CDS 35.0%
! ATTGGTAACCTTCACATGAT+AGG + Chr6:85289870-85289889 MsG0680034301.01.T01:CDS 35.0%
! CAACTTTTACCATTTGGATC+AGG + Chr6:85291635-85291654 MsG0680034301.01.T01:CDS 35.0%
! CCAATTATTGGCAATGGTTT+TGG - Chr6:85289855-85289874 None:intergenic 35.0%
! TTGGTAACCTTCACATGATA+GGG + Chr6:85289871-85289890 MsG0680034301.01.T01:CDS 35.0%
!! CTTCGTTTTATTCCCTTATG+AGG - Chr6:85291017-85291036 None:intergenic 35.0%
!! GGGTCCATATTTTTGAGAAA+GGG - Chr6:85289922-85289941 None:intergenic 35.0%
!! GTCATAAAATGATAATGGGC+CGG + Chr6:85290294-85290313 MsG0680034301.01.T01:CDS 35.0%
!! TGGGTCCATATTTTTGAGAA+AGG - Chr6:85289923-85289942 None:intergenic 35.0%
AAACACTATCATGGGTCTTG+AGG - Chr6:85290013-85290032 None:intergenic 40.0%
AACTTGTGCACTGCTTCAAT+TGG + Chr6:85291717-85291736 MsG0680034301.01.T01:CDS 40.0%
AATGGTAGGAAAAATCCACC+GGG + Chr6:85289828-85289847 MsG0680034301.01.T01:CDS 40.0%
ACATCTTGAAGACACTCATG+TGG - Chr6:85291461-85291480 None:intergenic 40.0%
ACTTGTGCACTGCTTCAATT+GGG + Chr6:85291718-85291737 MsG0680034301.01.T01:CDS 40.0%
AGGAATAGTTCAGCAGTTTG+AGG - Chr6:85289993-85290012 None:intergenic 40.0%
ATGTTGTGCTTGATGGAGAA+TGG - Chr6:85289675-85289694 None:intergenic 40.0%
CAGACATGTCTAACTCATCA+AGG - Chr6:85291763-85291782 None:intergenic 40.0%
CCCATAATGTCCTTGAAGTT+AGG + Chr6:85289939-85289958 MsG0680034301.01.T01:CDS 40.0%
CTTCAAGATGTTGTTGTCGA+TGG + Chr6:85291470-85291489 MsG0680034301.01.T01:CDS 40.0%
CTTCTTGGGATTCCATTTGT+TGG - Chr6:85291172-85291191 None:intergenic 40.0%
GAAGTTTCCCTATCATGTGA+AGG - Chr6:85289881-85289900 None:intergenic 40.0%
GACAATAGGGAGAGATACTA+AGG + Chr6:85291535-85291554 MsG0680034301.01.T01:CDS 40.0%
GTGATGAAACCACAATGGTT+TGG - Chr6:85289971-85289990 None:intergenic 40.0%
TAAGATCAACCACAACCTTG+TGG - Chr6:85290262-85290281 None:intergenic 40.0%
TAGGGAGAGATACTAAGGTT+TGG + Chr6:85291540-85291559 MsG0680034301.01.T01:CDS 40.0%
TCAAGATGAGCTCGAAAATG+TGG + Chr6:85291328-85291347 MsG0680034301.01.T01:CDS 40.0%
TCTCTTTGTTCTCCAATCGA+TGG - Chr6:85291104-85291123 None:intergenic 40.0%
TGAATCTATCATCCTTGCTC+CGG - Chr6:85290316-85290335 None:intergenic 40.0%
TGGTTGTGAAAGAGACCTTA+AGG + Chr6:85291408-85291427 MsG0680034301.01.T01:CDS 40.0%
TTCAATTGGGATCTTCCTGA+TGG + Chr6:85291731-85291750 MsG0680034301.01.T01:CDS 40.0%
TTGAGGTGATGAAACCACAA+TGG - Chr6:85289976-85289995 None:intergenic 40.0%
TTGGACTTGTCCTAACTTCA+AGG - Chr6:85289952-85289971 None:intergenic 40.0%
! AAAGGAAGAGTTGGGGTTTT+TGG + Chr6:85290190-85290209 MsG0680034301.01.T01:CDS 40.0%
! CCTTTGAGAAAGGAAGAGTT+GGG + Chr6:85290182-85290201 MsG0680034301.01.T01:CDS 40.0%
! CTTTGAGAAAGGAAGAGTTG+GGG + Chr6:85290183-85290202 MsG0680034301.01.T01:CDS 40.0%
! GATGTTTGCTCCTTTGAGAA+AGG + Chr6:85290172-85290191 MsG0680034301.01.T01:CDS 40.0%
! TCCTTTGAGAAAGGAAGAGT+TGG + Chr6:85290181-85290200 MsG0680034301.01.T01:CDS 40.0%
!! GATAGCAAGGGTTGACTTTT+TGG - Chr6:85291806-85291825 None:intergenic 40.0%
!!! TTTTGGGATGTTGTGCTTGA+TGG - Chr6:85289682-85289701 None:intergenic 40.0%
ACCTTAAGGTTGTACCCTGT+TGG + Chr6:85291422-85291441 MsG0680034301.01.T01:CDS 45.0%
AGGACAAGTCCAAACCATTG+TGG + Chr6:85289959-85289978 MsG0680034301.01.T01:CDS 45.0%
ATGGGTAAAGAGATGCGCAA+CGG + Chr6:85289612-85289631 MsG0680034301.01.T01:CDS 45.0%
CCAAAAAGCTCTTTCCGTGA+TGG - Chr6:85291127-85291146 None:intergenic 45.0%
CCCAACTCTTCCTTTCTCAA+AGG - Chr6:85290185-85290204 None:intergenic 45.0%
GAAGGAGTTTGACGAACTGT+TGG + Chr6:85291052-85291071 MsG0680034301.01.T01:CDS 45.0%
GATGAGCTCGAAAATGTGGT+TGG + Chr6:85291332-85291351 MsG0680034301.01.T01:CDS 45.0%
GGAGAACAAAGAGACCATCA+CGG + Chr6:85291110-85291129 MsG0680034301.01.T01:CDS 45.0%
GTGACAATTGGCGCAATATG+AGG + Chr6:85290108-85290127 MsG0680034301.01.T01:CDS 45.0%
GTGCTAACAAAGGTCCAACA+GGG - Chr6:85291439-85291458 None:intergenic 45.0%
TCACCGAGTATGGTGACAAT+TGG + Chr6:85290096-85290115 MsG0680034301.01.T01:CDS 45.0%
TCATCAAGGGACATACCATC+AGG - Chr6:85291749-85291768 None:intergenic 45.0%
TCCAACAGGGTACAACCTTA+AGG - Chr6:85291426-85291445 None:intergenic 45.0%
TGAGGTTGTTGATGTCCACA+AGG + Chr6:85290244-85290263 MsG0680034301.01.T01:CDS 45.0%
TGTTGATGTCCACAAGGTTG+TGG + Chr6:85290250-85290269 MsG0680034301.01.T01:CDS 45.0%
TTGTGCTTGATGGAGAATGG+AGG - Chr6:85289672-85289691 None:intergenic 45.0%
! ATAGGTTGGCACAGATAGCA+AGG - Chr6:85291819-85291838 None:intergenic 45.0%
! CACCATACTCGGTGAAAGTT+AGG - Chr6:85290091-85290110 None:intergenic 45.0%
! CACTCATGTGGTGCTAACAA+AGG - Chr6:85291449-85291468 None:intergenic 45.0%
! CCATCACGGAAAGAGCTTTT+TGG + Chr6:85291124-85291143 MsG0680034301.01.T01:CDS 45.0%
! TAGGTTGGCACAGATAGCAA+GGG - Chr6:85291818-85291837 None:intergenic 45.0%
!! CAAGGGTTGACTTTTTGGCA+TGG - Chr6:85291801-85291820 None:intergenic 45.0%
!!! ATTGGCAATGGTTTTGGACC+CGG - Chr6:85289849-85289868 None:intergenic 45.0%
!!! AATGTATATAATTTAATTTT+AGG + Chr6:85290482-85290501 MsG0680034301.01.T01:intron 5.0%
AGGGATTGAAGGGAACGATG+TGG - Chr6:85289903-85289922 None:intergenic 50.0%
CCATTTGGATCAGGTCGAAG+AGG + Chr6:85291644-85291663 MsG0680034301.01.T01:CDS 50.0%
CCTCTTCGACCTGATCCAAA+TGG - Chr6:85291647-85291666 None:intergenic 50.0%
GAAGAGGTTGTCCTGGAATG+CGG + Chr6:85291660-85291679 MsG0680034301.01.T01:CDS 50.0%
GAGCACGAGAATCCATCGAT+TGG + Chr6:85291089-85291108 MsG0680034301.01.T01:CDS 50.0%
GCGCCAATTGTCACCATACT+CGG - Chr6:85290102-85290121 None:intergenic 50.0%
GCTAGCCCCATTTGATCTTC+AGG + Chr6:85290406-85290425 MsG0680034301.01.T01:CDS 50.0%
GGCCTAACTTTCACCGAGTA+TGG + Chr6:85290086-85290105 MsG0680034301.01.T01:CDS 50.0%
GGTGCTAACAAAGGTCCAAC+AGG - Chr6:85291440-85291459 None:intergenic 50.0%
GTTAAACCCATCCGCATTCC+AGG - Chr6:85291674-85291693 None:intergenic 50.0%
! ATCTAGCTGACTTCGTGCCT+TGG + Chr6:85290384-85290403 MsG0680034301.01.T01:CDS 50.0%
! GCAAGTTGAAGAGACCGACT+TGG + Chr6:85291364-85291383 MsG0680034301.01.T01:CDS 50.0%
!! AATGATAATGGGCCGGAGCA+AGG + Chr6:85290301-85290320 MsG0680034301.01.T01:CDS 50.0%
!! AGATCAAATGGGGCTAGCCA+AGG - Chr6:85290404-85290423 None:intergenic 50.0%
AGGTTGTCCTGGAATGCGGA+TGG + Chr6:85291664-85291683 MsG0680034301.01.T01:CDS 55.0%
GGTTGTCCTGGAATGCGGAT+GGG + Chr6:85291665-85291684 MsG0680034301.01.T01:CDS 55.0%
TCAGGTCGAAGAGGTTGTCC+TGG + Chr6:85291653-85291672 MsG0680034301.01.T01:CDS 55.0%
!!! GGCAATGGTTTTGGACCCGG+TGG - Chr6:85289846-85289865 None:intergenic 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 85289600 85291853 85289600 ID=MsG0680034301.01;Name=MsG0680034301.01
Chr6 mRNA 85289600 85291853 85289600 ID=MsG0680034301.01.T01;Parent=MsG0680034301.01;Name=MsG0680034301.01.T01;_AED=0.49;_eAED=0.49;_QI=0|0|0|1|1|1|2|0|552
Chr6 exon 85289600 85290427 85289600 ID=MsG0680034301.01.T01:exon:1300;Parent=MsG0680034301.01.T01
Chr6 exon 85291023 85291853 85291023 ID=MsG0680034301.01.T01:exon:1301;Parent=MsG0680034301.01.T01
Chr6 CDS 85289600 85290427 85289600 ID=MsG0680034301.01.T01:cds;Parent=MsG0680034301.01.T01
Chr6 CDS 85291023 85291853 85291023 ID=MsG0680034301.01.T01:cds;Parent=MsG0680034301.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680034301.01.T01

ATGTTTGTGAACATGGGTAAAGAGATGCGCAACGGTGATCATATACGCTATATAAATACTAAAACTAGTCCTCCATTCTCCATCAAGCACAACATCCCAAAACCATTTCTATCTATTCTCTTTCAAGCAAACATGTTACCTCAAATATTAGCTATCCCTGAATTGATCTTTGTTATATTCATACTCATTCTATCAGCTACAATTTTTCACTCAAAATGGCATCACAAAAATGGTAGGAAAAATCCACCGGGTCCAAAACCATTGCCAATAATTGGTAACCTTCACATGATAGGGAAACTTCCACATCGTTCCCTTCAATCCCTTTCTCAAAAATATGGACCCATAATGTCCTTGAAGTTAGGACAAGTCCAAACCATTGTGGTTTCATCACCTCAAACTGCTGAACTATTCCTCAAGACCCATGATAGTGTTTTTGCTAGTAGGCCAAAAAATTTTGTTTCAGATTATGTCACATATGGTAGCAAGGGCCTAACTTTCACCGAGTATGGTGACAATTGGCGCAATATGAGGAAATTGTGTACCATGCAATTATTGCATGCTTCAAAAGTTGAGATGTTTGCTCCTTTGAGAAAGGAAGAGTTGGGGTTTTTGGTTAATTCACTAAGGAAATCATCTACATTACATGAGGTTGTTGATGTCCACAAGGTTGTGGTTGATCTTATAGAGAATATTGGTCATAAAATGATAATGGGCCGGAGCAAGGATGATAGATTCAATATAAATGGAATTATTCACGAAGCAATGAATTTGATTGAAGTTTTTAATCTAGCTGACTTCGTGCCTTGGCTAGCCCCATTTGATCTTCAGGGAATAAAACGAAGATCAAAGAAAACAATGAAGGAGTTTGACGAACTGTTGGAGCACATAATCAAAGAGCACGAGAATCCATCGATTGGAGAACAAAGAGACCATCACGGAAAGAGCTTTTTGGACATATTGTTATCACTCATGAACCAACAAATGGAATCCCAAGAAGAAAATTATGTCATTGATAGAACAACCATCAAGGCTATTATAATAGACATGATTTTAGCAGCAACAGAATCATCTATAGCTGTAATTGAGTGGGCACTTTCAGAACTCATAAAGCATCCTAAGACAATGAAGAGACTTCAAGATGAGCTCGAAAATGTGGTTGGAATGAATAGGCAAGTTGAAGAGACCGACTTGGAAAATTTGCCTTATTTGACTATGGTTGTGAAAGAGACCTTAAGGTTGTACCCTGTTGGACCTTTGTTAGCACCACATGAGTGTCTTCAAGATGTTGTTGTCGATGGTTTTTATATAAAGAAAAAGTCAATAGTTTTAATAAATGCATGGACAATAGGGAGAGATACTAAGGTTTGGTCTGATAATGCTGAGATGTTTTGTCCAGAGAGATTTGAAGATAGTAATGTAGATCTTCGTGGACATGATTTTCAACTTTTACCATTTGGATCAGGTCGAAGAGGTTGTCCTGGAATGCGGATGGGTTTAACTACTGTGAAGTTTGTTCTGGCTCAACTTGTGCACTGCTTCAATTGGGATCTTCCTGATGGTATGTCCCTTGATGAGTTAGACATGTCTGAAAAGTTTGAATTCGCCATGCCAAAAAGTCAACCCTTGCTATCTGTGCCAACCTATCGTCTCTTTTCTTAG

Protein sequence

>MsG0680034301.01.T01

MFVNMGKEMRNGDHIRYINTKTSPPFSIKHNIPKPFLSILFQANMLPQILAIPELIFVIFILILSATIFHSKWHHKNGRKNPPGPKPLPIIGNLHMIGKLPHRSLQSLSQKYGPIMSLKLGQVQTIVVSSPQTAELFLKTHDSVFASRPKNFVSDYVTYGSKGLTFTEYGDNWRNMRKLCTMQLLHASKVEMFAPLRKEELGFLVNSLRKSSTLHEVVDVHKVVVDLIENIGHKMIMGRSKDDRFNINGIIHEAMNLIEVFNLADFVPWLAPFDLQGIKRRSKKTMKEFDELLEHIIKEHENPSIGEQRDHHGKSFLDILLSLMNQQMESQEENYVIDRTTIKAIIIDMILAATESSIAVIEWALSELIKHPKTMKRLQDELENVVGMNRQVEETDLENLPYLTMVVKETLRLYPVGPLLAPHECLQDVVVDGFYIKKKSIVLINAWTIGRDTKVWSDNAEMFCPERFEDSNVDLRGHDFQLLPFGSGRRGCPGMRMGLTTVKFVLAQLVHCFNWDLPDGMSLDELDMSEKFEFAMPKSQPLLSVPTYRLFS*