AlfalfaGEDB | MS.gene79883

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene79883

KEGG: K08150
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PFAM: PF00083.27

Nr:

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MS.gene79883.t1	XP_003601664.2	97.8	492	11	0	160	651	5	496	2.10E-265	924.9

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Swissprot:

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MS.gene79883.t1	Q8VZR6	70.3	498	138	3	163	650	11	508	4.7e-197	689.1

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Trembl:

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MS.gene79883.t1	G7JAP8	97.8	492	11	0	160	651	5	496	1.5e-265	924.9

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Network:

Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
No data available in table

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MS.gene79883.t1	MTR_3g084110	97.764	492	11	0	160	651	5	496	0.0	969
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MS.gene79883.t1	MTR_2g049020	49.612	129	62	1	515	643	441	566	2.76e-34	138
MS.gene79883.t1	MTR_2g048720	56.734	349	143	1	171	511	6	354	2.99e-126	385
MS.gene79883.t1	MTR_2g048720	53.636	110	51	0	524	633	444	553	1.02e-25	112
MS.gene79883.t1	MTR_2g026160	56.932	339	140	1	179	511	23	361	3.49e-120	370

Showing 1 to 10 of 124 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene79883.t1	AT2G43330	70.281	498	138	3	163	650	11	508	0.0	688
MS.gene79883.t1	AT1G30220	57.185	341	143	1	178	515	23	363	1.65e-125	384
MS.gene79883.t1	AT1G30220	49.612	129	63	1	524	650	450	578	2.35e-36	144
MS.gene79883.t1	AT2G35740	53.846	338	150	2	181	512	24	361	2.90e-117	362
MS.gene79883.t1	AT2G35740	50.926	108	53	0	519	626	448	555	3.38e-29	123
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MS.gene79883.t1	AT4G16480	44.361	133	64	1	519	641	449	581	4.55e-30	125
MS.gene79883.t1	AT4G16480	54.412	340	149	1	178	511	22	361	3.30e-113	352

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Find 156 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAAAGCCACCTTGGAGACTC+AGG	0.507127	3.1:-65511235	None:intergenic
AACGAACCCCTTATTTCTGA+TGG	0.515934	3.1:-65509558	None:intergenic
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AATCATCTTTAATATATAAA+AGG	0.195436	3.1:-65508883	None:intergenic
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AATCTCTTGTGGAGCAGCTT+CGG	0.469275	3.1:-65502994	None:intergenic
AATGTCAATCCTTTCGTCTC+TGG	0.364858	3.1:-65512518	None:intergenic

Showing 1 to 10 of 156 entries

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CRISPR-GE

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badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr3.1	gene	65500034	65512628	65500034	ID=MS.gene79883
chr3.1	mRNA	65500034	65512628	65500034	ID=MS.gene79883.t1;Parent=MS.gene79883
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chr3.1	CDS	65500034	65500242	65500034	ID=cds.MS.gene79883.t1;Parent=MS.gene79883.t1
chr3.1	exon	65502896	65503170	65502896	ID=MS.gene79883.t1.exon2;Parent=MS.gene79883.t1
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chr3.1	CDS	65511157	65511264	65511157	ID=cds.MS.gene79883.t1;Parent=MS.gene79883.t1
chr3.1	exon	65511383	65511568	65511383	ID=MS.gene79883.t1.exon7;Parent=MS.gene79883.t1
chr3.1	CDS	65511383	65511568	65511383	ID=cds.MS.gene79883.t1;Parent=MS.gene79883.t1
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chr3.1	CDS	65511978	65512628	65511978	ID=cds.MS.gene79883.t1;Parent=MS.gene79883.t1

Gene Sequence

>MS.gene79883

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