AlfalfaGEDB | MS.gene052966

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene052966

KEGG: K01835
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PFAM: PF00408.23 PF02878.19 PF02879.19 PF02880.19

Nr:

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Showing 1 to 1 of 1 entries

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Swissprot:

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MS.gene052966.t1	Q9SM59	96.9	513	16	0	14	526	114	626	1.1e-292	1006.5

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Trembl:

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MS.gene052966.t1	G7IC40	98.6	513	7	0	14	526	116	628	1.2e-295	1024.6

Showing 1 to 1 of 1 entries

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

Showing 0 to 0 of 0 entries

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Network:

Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
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MS.gene049396	MS.gene052966	0.800894	1.16E-48	-1.69E-46

Showing 1 to 10 of 1,827 entries

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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
No data available in table

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene052966.t1	MTR_1g102010	97.313	521	14	0	6	526	108	628	0.0	1039
MS.gene052966.t1	MTR_1g102010	97.313	521	14	0	6	526	111	631	0.0	1036
MS.gene052966.t1	MTR_8g104540	58.209	536	200	7	14	526	120	654	0.0	615
MS.gene052966.t1	MTR_8g104540	58.209	536	200	7	14	526	48	582	0.0	613
MS.gene052966.t1	MTR_1g102035	77.561	205	14	2	354	526	20	224	3.34e-103	309
MS.gene052966.t1	MTR_4g120800	50.000	78	39	0	449	526	63	140	1.60e-17	79.7

Showing 1 to 6 of 6 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	bit score
MS.gene052966.t1	AT5G51820	87.524	521	65	0	6	526	103	623	950
MS.gene052966.t1	AT1G70730	58.550	538	198	6	14	526	125	662	630
MS.gene052966.t1	AT1G70730	58.550	538	198	6	14	526	48	585	630
MS.gene052966.t1	AT1G70730	58.550	538	198	6	14	526	68	605	630
MS.gene052966.t1	AT1G23190	59.777	537	192	7	14	526	47	583	624

Showing 1 to 5 of 5 entries

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Find 120 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAAATTCGGAAGCTTCAGTG+TGG	0.670150	1.3:+70096729	MS.gene052966:CDS
AAACCTGAATCCAATTTGCA+AGG	0.579422	1.3:-70093872	None:intergenic
AAACTTCAACAGGCGAATGG+TGG	0.601613	1.3:+70094539	MS.gene052966:intron
AACATTATGTATGCTGAAAA+TGG	0.287707	1.3:+70097438	MS.gene052966:CDS
AACTCCTTCAGACTCTGTAG+CGG	0.682045	1.3:+70097801	MS.gene052966:CDS
AACTTACCATACTTATCACC+GGG	0.580691	1.3:-70098903	None:intergenic
AAGAAAATTACCTTGCAAAT+TGG	0.263297	1.3:+70093862	MS.gene052966:CDS
AAGGAACATTGGGCAACCTA+TGG	0.541470	1.3:+70098624	MS.gene052966:CDS
AAGTGTGGTATCAAAACAAG+GGG	0.673050	1.3:+70099166	MS.gene052966:CDS
AAGTTTATCCACAAAGATGG+GGG	0.633720	1.3:-70097147	None:intergenic

Showing 1 to 10 of 120 entries

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CRISPR-GE

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Search:

badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr1.3	gene	70092250	70099588	70092250	ID=MS.gene052966
chr1.3	mRNA	70092250	70099588	70092250	ID=MS.gene052966.t1;Parent=MS.gene052966
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chr1.3	CDS	70092250	70092253	70092250	ID=cds.MS.gene052966.t1;Parent=MS.gene052966.t1
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chr1.3	CDS	70093846	70093890	70093846	ID=cds.MS.gene052966.t1;Parent=MS.gene052966.t1
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chr1.3	CDS	70094415	70094466	70094415	ID=cds.MS.gene052966.t1;Parent=MS.gene052966.t1
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chr1.3	CDS	70094551	70094619	70094551	ID=cds.MS.gene052966.t1;Parent=MS.gene052966.t1
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Gene Sequence

>MS.gene052966

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